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Still some additional cleaning from time to time
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* a somamer *

LOGs for ID: 251228183036573973

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 251228183036573973.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 251228183036573973.atom to be opened.

 Openam> File opened: 251228183036573973.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =     11
            First residue number     =      4
            Last  residue number     =     23
            Number of atoms found    =    225
            Mean number per residue  =     20.5

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =   -16.533907 +/-     7.552020 From:   -30.835000 To:    -1.119000
 =   -30.121187 +/-     7.285947 From:   -41.479000 To:   -10.862000
 =    34.017191 +/-     4.556212 From:    23.095000 To:    42.950000
 Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'DC  ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG  ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA  ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC  ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC  ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG  ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC  ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG  ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA  ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........

%Pdbmat-W>     11 residue(s) not known.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is  20.6623 % Filled.
 Pdbmat>        47141  non-zero elements.
 Pdbmat>         5089 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     45.24 +/-     21.97
         Maximum number =    103
         Minimum number =     13

 Pdbmat> Matrix trace   =  101780.    
 Pdbmat> Larger element =  401.341    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
11 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 251228183036573973.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 251228183036573973.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 251228183036573973.atom                                                                                                         

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>   225 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>    11 residues.
 Blocpdb>    19 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    22 atoms in block      2
 Block first atom:     20
 Blocpdb>    21 atoms in block      3
 Block first atom:     42
 Blocpdb>    19 atoms in block      4
 Block first atom:     63
 Blocpdb>    19 atoms in block      5
 Block first atom:     82
 Blocpdb>    22 atoms in block      6
 Block first atom:    101
 Blocpdb>    19 atoms in block      7
 Block first atom:    123
 Blocpdb>    22 atoms in block      8
 Block first atom:    142
 Blocpdb>    21 atoms in block      9
 Block first atom:    164
 Blocpdb>    22 atoms in block     10
 Block first atom:    185
 Blocpdb>    19 atoms in block     11
 Block first atom:    206

 Blocpdb>    11 blocks.

 Blocpdb> At most,     22 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,    19 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.

%Diagrtb-Wn>        66 eigenvectors, only, can be determined.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>        47152 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =        675

 Prepmat> Matrix trace    =     101780.0000
 Prepmat> Last element read:     675    675        86.7870
 Prepmat>           67 lines saved.
 Prepmat>           28 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:   225
 RTB> Total mass =         225.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:   225
 RTB> Number of blocks =    11
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =    5844.6398
 RTB>      1203 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =       66
 Diagstd> Nb of non-zero elements:     1203
 Diagstd> Projected matrix trace =    5844.6398

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>     66 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>     66 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues =   5844.6398
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>     17 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000
%Diagstd-Wn> Six expected. Parts of the structure interact too little ?

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.0000000      0.0653687      0.2240985      1.5050232
      2.0492118      8.6217717      9.3935714     12.6245040     15.5105511
     18.5122525     19.5625324     30.5500547     38.2525629     44.0529732
     47.2986357     47.5550038     52.1309604     62.9091599     69.0337384
     70.2388629     74.9095755     78.6567360     84.0147242     90.7557083
     91.0055802    102.8725079    105.3019869    112.8337918    120.9186219
    123.4247180    126.8945213    132.7039514    142.6900279    145.2758968
    147.5792024    164.1567346    166.9595299    172.5169253    178.4480985
    188.9403142    205.0767125    214.1795346    224.1908687    241.3146636
    251.2306100    252.7329557    276.1233731    332.7878136    357.2891667
    388.7641208

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034335      0.0034338      0.0034339      0.0034339      0.0034339
      0.0034339      0.0034339      0.0034339      0.0034339      0.0034340
      0.0034340      0.0034340      0.0034340      0.0034340      0.0034340
      0.0034340      0.0034341     27.7638874     51.4061113    133.2192192
    155.4492754    318.8552254    332.8209468    385.8357294    427.6701065
    467.2237527    480.2947261    600.2073045    671.6229825    720.7470819
    746.8262723    748.8475112    784.0488877    861.2955893    902.2481007
    910.0893166    939.8616913    963.0819439    995.3434968   1034.5041937
   1035.9273322   1101.3996749   1114.3293338   1153.4927565   1194.1032346
   1206.4139546   1223.2542018   1250.9420967   1297.1556501   1308.8565865
   1319.1915465   1391.3123255   1403.1396169   1426.3008300   1450.6119224
   1492.6486649   1555.0825701   1589.2208914   1625.9389699   1686.8914488
   1721.2008689   1726.3395432   1804.4583625   1980.9749669   2052.6041582
   2141.1069871

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =    225
 Rtb_to_modes> Number of blocs =     11

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9975E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9992E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9995E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9996E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9997E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9998E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9999E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9999E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9999E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  6.5369E-02

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.2241    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.505    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.049    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    22
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.622    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    23
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.394    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    24
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.62    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    25
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    27
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    28
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.55    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.25    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   69.03    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   70.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   78.66    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   84.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   90.76    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   91.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   102.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   105.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   112.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    45
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   120.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    46
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   123.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   126.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    48
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   132.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   142.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   145.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   147.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   164.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   167.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   172.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   178.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   188.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   205.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   214.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   224.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   241.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   251.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   252.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   276.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   332.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   357.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   388.8    

 Rtb_to_modes>   66 vectors, with     66 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 0.99999 1.00001 0.99993 1.00001 1.00002
 0.99998 0.99998 0.99999 0.99997 1.00008
 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999
 0.99998 1.00004 0.99998 0.99997 0.99994
 1.00000 0.99996 1.00001 0.99999 0.99998
 0.99997 1.00000 1.00003 1.00002 0.99998
 1.00002 0.99997 1.00001 0.99999 1.00002
 0.99996 1.00007 1.00001 0.99999 0.99999
 0.99997 1.00001 0.99997 1.00001 1.00006
 1.00002 1.00000 1.00000 1.00004 1.00005
 0.99993 1.00001 0.99997 1.00001 1.00002
 1.00005 1.00003 1.00002 1.00005 0.99997
 1.00001 1.00001 0.99997 0.99999 1.00005
 1.00001

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>     4050 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 0.99999 1.00001 0.99993 1.00001 1.00002
 0.99998 0.99998 0.99999 0.99997 1.00008
 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999
 0.99998 1.00004 0.99998 0.99997 0.99994
 1.00000 0.99996 1.00001 0.99999 0.99998
 0.99997 1.00000 1.00003 1.00002 0.99998
 1.00002 0.99997 1.00001 0.99999 1.00002
 0.99996 1.00007 1.00001 0.99999 0.99999
 0.99997 1.00001 0.99997 1.00001 1.00006
 1.00002 1.00000 1.00000 1.00004 1.00005
 0.99993 1.00001 0.99997 1.00001 1.00002
 1.00005 1.00003 1.00002 1.00005 0.99997
 1.00001 1.00001 0.99997 0.99999 1.00005
 1.00001

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3: 0.000-0.000
 Vector   4:-0.000 0.000 0.000
 Vector   5: 0.000 0.000 0.000 0.000
 Vector   6: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector   7: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 Vector   8: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 Vector   9: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 Vector  10: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000

 Rtb_to_modes>    66 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 251228183036573973.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 251228183036573973.eigenfacs                                    
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 251228183036573973.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 251228183036573973.atom                                         
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =     11
            First residue number     =      4
            Last  residue number     =     23
            Number of atoms found    =    225
            Mean number per residue  =     20.5

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9975E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9992E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9995E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9996E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9997E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9998E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9999E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9999E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9999E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  6.5369E-02

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.2241    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.505    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.049    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.622    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.394    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.62    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.25    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   69.03    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   70.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   78.66    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   84.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   90.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   91.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   102.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   105.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   112.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   120.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   123.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   126.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   132.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   142.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   145.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   147.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   164.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   167.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   172.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   178.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   188.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   205.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   214.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   224.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   241.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   251.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   252.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   276.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   332.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   357.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   388.8    

 Bfactors>   66 vectors,    675 coordinates in file.
%Bfactors-Wn> All vectors required were not found in vector file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>    17 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.065369
 Bfactors>    49 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

%Bfactors-Wn>     0 negative values found in the B-factors column of pdb file.
%Bfactors-Wn> So, only mass-weighted predicted B-factors will be saved.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 251228183036573973.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 251228183036573973.eigenfacs                                    

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4334E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4337E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4337E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4337E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4340E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   27.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   51.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   133.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   155.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   318.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   332.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   385.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   427.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   467.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   480.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   600.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   671.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   720.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   746.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   748.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   784.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   861.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   902.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   910.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   939.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   963.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   995.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1034.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1036.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1101.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1114.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1153.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1194.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1206.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1223.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1251.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1297.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1309.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1319.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1391.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1403.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1426.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1450.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1492.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1555.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1589.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1626.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1687.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1721.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1726.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1804.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1981.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   2053.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   2141.    

 Chkmod>   66 vectors,    675 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:    225 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector     3 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector     6 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    10 is:   1.0002 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    22 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    36 is:   0.9998 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    37 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    41 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    45 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    51 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    56 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    66 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 

 Chkmod> Normal end.
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
      0.0034         NaN
     27.7628         NaN
     51.4041         NaN
    133.2125         NaN
    155.4346         NaN
    318.8458         NaN
    332.8143         NaN
    385.7503         NaN
    427.6442         NaN
    467.1753         NaN
    480.2430         NaN
    600.1810         NaN
    671.5717         NaN
    720.6918         NaN
    746.8050         NaN
    748.8547         NaN
    784.0080         NaN
    861.2644         NaN
    902.1849         NaN
    910.0576         NaN
    939.8240         NaN
    963.0606         NaN
    995.2728         NaN
   1034.4842         NaN
   1035.9080         NaN
   1101.4995         NaN
   1114.2710         NaN
   1153.2705         NaN
   1193.9600         NaN
   1206.2414         NaN
   1223.2281         NaN
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   1297.1453         NaN
   1308.9090         NaN
   1319.2279         NaN
   1391.4359         NaN
   1403.2494         NaN
   1426.1696         NaN
   1450.3541         NaN
   1492.4253         NaN
   1555.1041         NaN
   1589.2286         NaN
   1625.9023         NaN
   1686.7678         NaN
   1721.0221         NaN
   1726.1529         NaN
   1804.3045         NaN
   1980.9262         NaN
   2052.5472         NaN
   2141.1139         NaN
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 251228183036573973 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
251228183036573973.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
251228183036573973.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
making animated gifs
11 models are in 251228183036573973.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 251228183036573973.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 251228183036573973.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 251228183036573973 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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251228183036573973.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 251228183036573973.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 251228183036573973.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 251228183036573973.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 251228183036573973 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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making animated gifs
11 models are in 251228183036573973.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 251228183036573973.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 251228183036573973.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 251228183036573973 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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251228183036573973.atom
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251228183036573973.eigenfacs
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251228183036573973.eigenfacs
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251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
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251228183036573973.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 251228183036573973.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 251228183036573973.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 251228183036573973.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 251228183036573973 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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251228183036573973.atom
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251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
251228183036573973.eigenfacs
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251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
251228183036573973.eigenfacs
251228183036573973.atom
making animated gifs
11 models are in 251228183036573973.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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251228183036573973.10.pdb
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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