*** Dockingsaha ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2601111435011891593.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2601111435011891593.atom to be opened.
Openam> File opened: 2601111435011891593.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 917
First residue number = 1
Last residue number = 388
Number of atoms found = 8603
Mean number per residue = 9.4
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.099540 +/- 30.617596 From: -54.849000 To: 63.922000
= -0.091082 +/- 19.288382 From: -81.221000 To: 70.164000
= -0.004010 +/- 14.867539 From: -36.042000 To: 55.636000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.0691 % Filled.
Pdbmat> 3560840 non-zero elements.
Pdbmat> 389978 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 90.66 +/- 31.51
Maximum number = 154
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 7.799560E+06
Pdbmat> Larger element = 593.198
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
917 non-zero elements, NRBL set to 5
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2601111435011891593.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 5
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2601111435011891593.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2601111435011891593.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 8603 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 5 residue(s) per block.
Blocpdb> 917 residues.
Blocpdb> 36 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 35 atoms in block 2
Block first atom: 37
Blocpdb> 50 atoms in block 3
Block first atom: 72
Blocpdb> 34 atoms in block 4
Block first atom: 122
Blocpdb> 56 atoms in block 5
Block first atom: 156
Blocpdb> 49 atoms in block 6
Block first atom: 212
Blocpdb> 43 atoms in block 7
Block first atom: 261
Blocpdb> 45 atoms in block 8
Block first atom: 304
Blocpdb> 39 atoms in block 9
Block first atom: 349
Blocpdb> 34 atoms in block 10
Block first atom: 388
Blocpdb> 61 atoms in block 11
Block first atom: 422
Blocpdb> 48 atoms in block 12
Block first atom: 483
Blocpdb> 45 atoms in block 13
Block first atom: 531
Blocpdb> 44 atoms in block 14
Block first atom: 576
Blocpdb> 48 atoms in block 15
Block first atom: 620
Blocpdb> 45 atoms in block 16
Block first atom: 668
Blocpdb> 50 atoms in block 17
Block first atom: 713
Blocpdb> 47 atoms in block 18
Block first atom: 763
Blocpdb> 50 atoms in block 19
Block first atom: 810
Blocpdb> 44 atoms in block 20
Block first atom: 860
Blocpdb> 45 atoms in block 21
Block first atom: 904
Blocpdb> 43 atoms in block 22
Block first atom: 949
Blocpdb> 39 atoms in block 23
Block first atom: 992
Blocpdb> 56 atoms in block 24
Block first atom: 1031
Blocpdb> 41 atoms in block 25
Block first atom: 1087
Blocpdb> 41 atoms in block 26
Block first atom: 1128
Blocpdb> 40 atoms in block 27
Block first atom: 1169
Blocpdb> 32 atoms in block 28
Block first atom: 1209
Blocpdb> 59 atoms in block 29
Block first atom: 1241
Blocpdb> 42 atoms in block 30
Block first atom: 1300
Blocpdb> 41 atoms in block 31
Block first atom: 1342
Blocpdb> 42 atoms in block 32
Block first atom: 1383
Blocpdb> 41 atoms in block 33
Block first atom: 1425
Blocpdb> 49 atoms in block 34
Block first atom: 1466
Blocpdb> 42 atoms in block 35
Block first atom: 1515
Blocpdb> 34 atoms in block 36
Block first atom: 1557
Blocpdb> 54 atoms in block 37
Block first atom: 1591
Blocpdb> 53 atoms in block 38
Block first atom: 1645
Blocpdb> 48 atoms in block 39
Block first atom: 1698
Blocpdb> 50 atoms in block 40
Block first atom: 1746
Blocpdb> 66 atoms in block 41
Block first atom: 1796
Blocpdb> 46 atoms in block 42
Block first atom: 1862
Blocpdb> 55 atoms in block 43
Block first atom: 1908
Blocpdb> 53 atoms in block 44
Block first atom: 1963
Blocpdb> 48 atoms in block 45
Block first atom: 2016
Blocpdb> 54 atoms in block 46
Block first atom: 2064
Blocpdb> 54 atoms in block 47
Block first atom: 2118
Blocpdb> 40 atoms in block 48
Block first atom: 2172
Blocpdb> 38 atoms in block 49
Block first atom: 2212
Blocpdb> 54 atoms in block 50
Block first atom: 2250
Blocpdb> 39 atoms in block 51
Block first atom: 2304
Blocpdb> 53 atoms in block 52
Block first atom: 2343
Blocpdb> 56 atoms in block 53
Block first atom: 2396
Blocpdb> 38 atoms in block 54
Block first atom: 2452
Blocpdb> 43 atoms in block 55
Block first atom: 2490
Blocpdb> 48 atoms in block 56
Block first atom: 2533
Blocpdb> 40 atoms in block 57
Block first atom: 2581
Blocpdb> 56 atoms in block 58
Block first atom: 2621
Blocpdb> 47 atoms in block 59
Block first atom: 2677
Blocpdb> 38 atoms in block 60
Block first atom: 2724
Blocpdb> 41 atoms in block 61
Block first atom: 2762
Blocpdb> 53 atoms in block 62
Block first atom: 2803
Blocpdb> 51 atoms in block 63
Block first atom: 2856
Blocpdb> 38 atoms in block 64
Block first atom: 2907
Blocpdb> 42 atoms in block 65
Block first atom: 2945
Blocpdb> 52 atoms in block 66
Block first atom: 2987
Blocpdb> 39 atoms in block 67
Block first atom: 3039
Blocpdb> 50 atoms in block 68
Block first atom: 3078
Blocpdb> 62 atoms in block 69
Block first atom: 3128
Blocpdb> 38 atoms in block 70
Block first atom: 3190
Blocpdb> 55 atoms in block 71
Block first atom: 3228
Blocpdb> 52 atoms in block 72
Block first atom: 3283
Blocpdb> 45 atoms in block 73
Block first atom: 3335
Blocpdb> 48 atoms in block 74
Block first atom: 3380
Blocpdb> 53 atoms in block 75
Block first atom: 3428
Blocpdb> 54 atoms in block 76
Block first atom: 3481
Blocpdb> 44 atoms in block 77
Block first atom: 3535
Blocpdb> 56 atoms in block 78
Block first atom: 3579
Blocpdb> 48 atoms in block 79
Block first atom: 3635
Blocpdb> 46 atoms in block 80
Block first atom: 3683
Blocpdb> 42 atoms in block 81
Block first atom: 3729
Blocpdb> 39 atoms in block 82
Block first atom: 3771
Blocpdb> 50 atoms in block 83
Block first atom: 3810
Blocpdb> 46 atoms in block 84
Block first atom: 3860
Blocpdb> 46 atoms in block 85
Block first atom: 3906
Blocpdb> 50 atoms in block 86
Block first atom: 3952
Blocpdb> 46 atoms in block 87
Block first atom: 4002
Blocpdb> 42 atoms in block 88
Block first atom: 4048
Blocpdb> 49 atoms in block 89
Block first atom: 4090
Blocpdb> 60 atoms in block 90
Block first atom: 4139
Blocpdb> 56 atoms in block 91
Block first atom: 4199
Blocpdb> 40 atoms in block 92
Block first atom: 4255
Blocpdb> 36 atoms in block 93
Block first atom: 4295
Blocpdb> 49 atoms in block 94
Block first atom: 4331
Blocpdb> 44 atoms in block 95
Block first atom: 4380
Blocpdb> 32 atoms in block 96
Block first atom: 4424
Blocpdb> 41 atoms in block 97
Block first atom: 4456
Blocpdb> 60 atoms in block 98
Block first atom: 4497
Blocpdb> 48 atoms in block 99
Block first atom: 4557
Blocpdb> 46 atoms in block 100
Block first atom: 4605
Blocpdb> 37 atoms in block 101
Block first atom: 4651
Blocpdb> 51 atoms in block 102
Block first atom: 4688
Blocpdb> 47 atoms in block 103
Block first atom: 4739
Blocpdb> 54 atoms in block 104
Block first atom: 4786
Blocpdb> 61 atoms in block 105
Block first atom: 4840
Blocpdb> 37 atoms in block 106
Block first atom: 4901
Blocpdb> 50 atoms in block 107
Block first atom: 4938
Blocpdb> 55 atoms in block 108
Block first atom: 4988
Blocpdb> 37 atoms in block 109
Block first atom: 5043
Blocpdb> 54 atoms in block 110
Block first atom: 5080
Blocpdb> 51 atoms in block 111
Block first atom: 5134
Blocpdb> 42 atoms in block 112
Block first atom: 5185
Blocpdb> 44 atoms in block 113
Block first atom: 5227
Blocpdb> 47 atoms in block 114
Block first atom: 5271
Blocpdb> 43 atoms in block 115
Block first atom: 5318
Blocpdb> 33 atoms in block 116
Block first atom: 5361
Blocpdb> 51 atoms in block 117
Block first atom: 5394
Blocpdb> 47 atoms in block 118
Block first atom: 5445
Blocpdb> 53 atoms in block 119
Block first atom: 5492
Blocpdb> 46 atoms in block 120
Block first atom: 5545
Blocpdb> 43 atoms in block 121
Block first atom: 5591
Blocpdb> 52 atoms in block 122
Block first atom: 5634
Blocpdb> 41 atoms in block 123
Block first atom: 5686
Blocpdb> 34 atoms in block 124
Block first atom: 5727
Blocpdb> 51 atoms in block 125
Block first atom: 5761
Blocpdb> 48 atoms in block 126
Block first atom: 5812
Blocpdb> 47 atoms in block 127
Block first atom: 5860
Blocpdb> 46 atoms in block 128
Block first atom: 5907
Blocpdb> 52 atoms in block 129
Block first atom: 5953
Blocpdb> 63 atoms in block 130
Block first atom: 6005
Blocpdb> 54 atoms in block 131
Block first atom: 6068
Blocpdb> 47 atoms in block 132
Block first atom: 6122
Blocpdb> 48 atoms in block 133
Block first atom: 6169
Blocpdb> 46 atoms in block 134
Block first atom: 6217
Blocpdb> 55 atoms in block 135
Block first atom: 6263
Blocpdb> 48 atoms in block 136
Block first atom: 6318
Blocpdb> 54 atoms in block 137
Block first atom: 6366
Blocpdb> 34 atoms in block 138
Block first atom: 6420
Blocpdb> 42 atoms in block 139
Block first atom: 6454
Blocpdb> 43 atoms in block 140
Block first atom: 6496
Blocpdb> 54 atoms in block 141
Block first atom: 6539
Blocpdb> 52 atoms in block 142
Block first atom: 6593
Blocpdb> 41 atoms in block 143
Block first atom: 6645
Blocpdb> 57 atoms in block 144
Block first atom: 6686
Blocpdb> 53 atoms in block 145
Block first atom: 6743
Blocpdb> 38 atoms in block 146
Block first atom: 6796
Blocpdb> 47 atoms in block 147
Block first atom: 6834
Blocpdb> 45 atoms in block 148
Block first atom: 6881
Blocpdb> 48 atoms in block 149
Block first atom: 6926
Blocpdb> 51 atoms in block 150
Block first atom: 6974
Blocpdb> 39 atoms in block 151
Block first atom: 7025
Blocpdb> 46 atoms in block 152
Block first atom: 7064
Blocpdb> 62 atoms in block 153
Block first atom: 7110
Blocpdb> 55 atoms in block 154
Block first atom: 7172
Blocpdb> 55 atoms in block 155
Block first atom: 7227
Blocpdb> 37 atoms in block 156
Block first atom: 7282
Blocpdb> 50 atoms in block 157
Block first atom: 7319
Blocpdb> 39 atoms in block 158
Block first atom: 7369
Blocpdb> 59 atoms in block 159
Block first atom: 7408
Blocpdb> 50 atoms in block 160
Block first atom: 7467
Blocpdb> 41 atoms in block 161
Block first atom: 7517
Blocpdb> 50 atoms in block 162
Block first atom: 7558
Blocpdb> 54 atoms in block 163
Block first atom: 7608
Blocpdb> 40 atoms in block 164
Block first atom: 7662
Blocpdb> 52 atoms in block 165
Block first atom: 7702
Blocpdb> 40 atoms in block 166
Block first atom: 7754
Blocpdb> 43 atoms in block 167
Block first atom: 7794
Blocpdb> 37 atoms in block 168
Block first atom: 7837
Blocpdb> 41 atoms in block 169
Block first atom: 7874
Blocpdb> 55 atoms in block 170
Block first atom: 7915
Blocpdb> 48 atoms in block 171
Block first atom: 7970
Blocpdb> 52 atoms in block 172
Block first atom: 8018
Blocpdb> 47 atoms in block 173
Block first atom: 8070
Blocpdb> 39 atoms in block 174
Block first atom: 8117
Blocpdb> 36 atoms in block 175
Block first atom: 8156
Blocpdb> 39 atoms in block 176
Block first atom: 8192
Blocpdb> 44 atoms in block 177
Block first atom: 8231
Blocpdb> 56 atoms in block 178
Block first atom: 8275
Blocpdb> 53 atoms in block 179
Block first atom: 8331
Blocpdb> 58 atoms in block 180
Block first atom: 8384
Blocpdb> 45 atoms in block 181
Block first atom: 8442
Blocpdb> 48 atoms in block 182
Block first atom: 8487
Blocpdb> 45 atoms in block 183
Block first atom: 8535
Blocpdb> 24 atoms in block 184
Block first atom: 8579
Blocpdb> 184 blocks.
Blocpdb> At most, 66 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 24 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 3561024 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 25809
Prepmat> Matrix trace = 7799560.0000
Prepmat> Last element read: 25809 25809 100.5278
Prepmat> 17021 lines saved.
Prepmat> 15470 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 8603
RTB> Total mass = 8603.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 8603
RTB> Number of blocks = 184
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 225300.2841
RTB> 53040 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1104
Diagstd> Nb of non-zero elements: 53040
Diagstd> Projected matrix trace = 225300.2841
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1104 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 225300.2841
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0009227 0.0016056 0.0017158 0.0031443
0.0039946 0.0053602 0.0067815 0.0105713 0.0139058
0.0196543 0.0375298 0.0396796 0.0462084 0.0676591
0.1031293 0.1163264 0.1294442 0.1880010 0.2143540
0.2659776 0.2926221 0.3190905 0.3452422 0.3789803
0.3819761 0.4450609 0.4834834 0.5480216 0.5941753
0.6893023 0.7118840 0.8620327 0.9465215 1.0267929
1.0381026 1.2436554 1.2886335 1.4333859 1.6112349
1.6521539 1.7646815 1.8801456 2.0268714 2.0651055
2.2148715 2.5572969 2.5911266 2.6601525 2.8290195
2.8916038 3.1136260 3.3651697 3.7500421 3.7634856
3.8781303 4.1525644 4.2767821 4.4943028 4.7803913
5.1276175 5.6038784 5.7863950 5.9942212 6.1323880
6.4429319 6.5290621 6.6465306 6.9223028 7.4147374
7.6645338 7.8974948 8.2495344 8.5532558 9.1136830
9.4275057 9.7245602 10.0728327 10.5116567 10.5934020
10.9456608 11.0910479 11.2342469 11.8609880 12.6696435
12.7771700 12.8668833 13.0780093 13.6255218 13.9263043
14.0069380 14.6331217 14.9446704 15.0598196 15.2271068
15.6059262 15.7926303 16.2202944 16.7173402 17.4464436
18.0626396
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034319 0.0034325 0.0034330 0.0034331 0.0034339
0.0034367 3.2985081 4.3512194 4.4980617 6.0891640
6.8633216 7.9503370 8.9424659 11.1650417 12.8053819
15.2238205 21.0369709 21.6311055 23.3429439 28.2460994
34.8727649 37.0368822 39.0693862 47.0842198 50.2760390
56.0038361 58.7420157 61.3411917 63.8053661 66.8503356
67.1140356 72.4444336 75.5068025 80.3885388 83.7052265
90.1571414 91.6220248 100.8224252 105.6478163 110.0364827
110.6408294 121.1003274 123.2707345 130.0100269 137.8398221
139.5791432 144.2541945 148.8987389 154.5996023 156.0509462
161.6104902 173.6544264 174.7992613 177.1122275 182.6472983
184.6565306 191.6145589 199.2043255 210.2874499 210.6640405
213.8486340 221.2857601 224.5710868 230.2111976 237.4253058
245.8969215 257.0630356 261.2157268 265.8653037 268.9119444
275.6367047 277.4729673 279.9579365 285.7068005 295.6944459
300.6340389 305.1686762 311.8961385 317.5857530 327.8251280
333.4215616 338.6337698 344.6442931 352.0714946 353.4378088
359.2661276 361.6442548 363.9714027 373.9863174 386.5249009
388.1616419 389.5219726 392.7047013 400.8407368 405.2408534
406.4123381 415.3973982 419.7961502 421.4103186 423.7444051
428.9829733 431.5414488 437.3454834 443.9958082 453.5746104
461.5150714
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 8603
Rtb_to_modes> Number of blocs = 184
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9882E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.763
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.59
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.95
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.87
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.06
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1104 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 1.00003 1.00003 1.00000 0.99998
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1.00000 1.00002 0.99997 1.00002 1.00000
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1.00000 0.99997 0.99994 1.00001 1.00004
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 154854 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
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0.99997 1.00000 0.99994 1.00000 1.00003
1.00000 0.99997 0.99994 1.00001 1.00004
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2601111435011891593.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2601111435011891593.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2601111435011891593.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2601111435011891593.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 917
First residue number = 1
Last residue number = 388
Number of atoms found = 8603
Mean number per residue = 9.4
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9882E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9914E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9947E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9948E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0016E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.2267E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.6056E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.7158E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.1443E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.9946E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.3602E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.7815E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3191
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.443
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.922
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.897
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.250
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.553
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.114
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.428
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.725
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.06
Bfactors> 106 vectors, 25809 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000923
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 7.212 +/- 42.21
Bfactors> = 15.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= 7.788
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2601111435011891593.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2601111435011891593.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4318E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4323E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4366E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.298
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.351
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.498
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.089
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.863
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.950
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.942
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 11.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 15.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 21.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 21.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 23.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 34.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 37.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 39.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 47.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 50.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 56.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 58.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 61.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 63.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 67.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 72.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 75.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 91.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 105.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 110.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 110.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 121.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 137.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 139.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 144.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 148.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 156.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 174.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 177.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 182.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 184.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 191.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 221.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 224.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 261.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 265.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 268.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 275.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 300.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 311.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 327.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 333.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 352.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 353.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 359.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 363.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 386.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 388.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 392.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 400.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 406.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 415.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 419.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 421.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 423.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 429.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 431.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 437.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 453.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.5
Chkmod> 106 vectors, 25809 coordinates in file.
Chkmod> That is: 8603 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 40 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 74 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 81 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 84 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 98 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 103 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9771
0.0034 0.9560
0.0034 0.6629
0.0034 0.5208
0.0034 0.9649
0.0034 0.7479
3.2984 0.0111
4.3511 0.0367
4.4979 0.0749
6.0889 0.1709
6.8630 0.0673
7.9500 0.1282
8.9421 0.2004
11.1644 0.0385
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15.2231 0.1311
21.0361 0.0615
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23.3418 0.0419
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2601111435011891593 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2601111435011891593.eigenfacs
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2601111435011891593.eigenfacs
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2601111435011891593.eigenfacs
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2601111435011891593.eigenfacs
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2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
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2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
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2601111435011891593.eigenfacs
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2601111435011891593.eigenfacs
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2601111435011891593.eigenfacs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601111435011891593.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601111435011891593.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 388 34.801
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 388 34.805
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 388 34.813
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 388 34.825
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 388 34.840
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 388 34.859
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 388 34.881
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 388 34.907
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 388 34.936
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 388 34.969
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 388 35.005
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2601111435011891593 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2601111435011891593.atom
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2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
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2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
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2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601111435011891593.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601111435011891593.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 388 35.348
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 388 35.244
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 388 35.143
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 388 35.045
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 388 34.950
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 388 34.859
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 388 34.771
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 388 34.686
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 388 34.605
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 388 34.527
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 388 34.452
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2601111435011891593 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
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2601111435011891593.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601111435011891593.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601111435011891593.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 388 35.231
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 388 35.152
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 388 35.075
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 388 35.000
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 388 34.928
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 388 34.859
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 388 34.792
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 388 34.728
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 388 34.666
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 388 34.607
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 388 34.550
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2601111435011891593 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
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2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
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2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
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2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
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2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
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2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601111435011891593.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601111435011891593.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 388 35.242
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 388 35.160
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 388 35.081
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 388 35.004
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 388 34.930
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 388 34.859
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 388 34.790
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 388 34.724
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 388 34.661
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 388 34.600
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 388 34.542
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2601111435011891593 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
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2601111435011891593.eigenfacs
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2601111435011891593.eigenfacs
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2601111435011891593.eigenfacs
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2601111435011891593.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2601111435011891593.eigenfacs
2601111435011891593.atom
making animated gifs
11 models are in 2601111435011891593.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601111435011891593.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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11 models are in 2601111435011891593.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 388 35.367
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 388 35.261
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 388 35.157
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 388 35.055
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 388 34.956
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 388 34.859
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 388 34.764
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 388 34.672
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 388 34.582
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 388 34.494
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 388 34.409
2601111435011891593.10.pdb
2601111435011891593.11.pdb
2601111435011891593.7.pdb
2601111435011891593.8.pdb
2601111435011891593.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m42.387s
user 0m42.111s
sys 0m0.257s
rm: cannot remove '2601111435011891593.sdijf': No such file or directory
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