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elNémo has been hacked on november 27th.
It has been moved away and runs again.
Still some additional cleaning from time to time
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* b45 *

LOGs for ID: 2601131538292152480

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2601131538292152480.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2601131538292152480.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2601131538292152480.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =     45
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     45
            Number of atoms found    =    955
            Mean number per residue  =     21.2

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =     0.345454 +/-    11.942843 From:   -22.637000 To:    26.430000
 =    -0.922272 +/-    10.689513 From:   -18.189000 To:    22.708000
 =    -1.700939 +/-    13.288666 From:   -29.465000 To:    23.105000
 Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'C   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........

%Pdbmat-W>     45 residue(s) not known.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   6.9531 % Filled.
 Pdbmat>       285463  non-zero elements.
 Pdbmat>        31087 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     65.10 +/-     19.09
         Maximum number =    113
         Minimum number =     22

 Pdbmat> Matrix trace   =  621740.    
 Pdbmat> Larger element =  483.635    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
45 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2601131538292152480.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2601131538292152480.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2601131538292152480.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>   955 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>    45 residues.
 Blocpdb>    21 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    20 atoms in block      2
 Block first atom:     22
 Blocpdb>    20 atoms in block      3
 Block first atom:     42
 Blocpdb>    22 atoms in block      4
 Block first atom:     62
 Blocpdb>    22 atoms in block      5
 Block first atom:     84
 Blocpdb>    20 atoms in block      6
 Block first atom:    106
 Blocpdb>    22 atoms in block      7
 Block first atom:    126
 Blocpdb>    23 atoms in block      8
 Block first atom:    148
 Blocpdb>    22 atoms in block      9
 Block first atom:    171
 Blocpdb>    23 atoms in block     10
 Block first atom:    193
 Blocpdb>    22 atoms in block     11
 Block first atom:    216
 Blocpdb>    22 atoms in block     12
 Block first atom:    238
 Blocpdb>    20 atoms in block     13
 Block first atom:    260
 Blocpdb>    22 atoms in block     14
 Block first atom:    280
 Blocpdb>    22 atoms in block     15
 Block first atom:    302
 Blocpdb>    20 atoms in block     16
 Block first atom:    324
 Blocpdb>    20 atoms in block     17
 Block first atom:    344
 Blocpdb>    20 atoms in block     18
 Block first atom:    364
 Blocpdb>    22 atoms in block     19
 Block first atom:    384
 Blocpdb>    22 atoms in block     20
 Block first atom:    406
 Blocpdb>    22 atoms in block     21
 Block first atom:    428
 Blocpdb>    20 atoms in block     22
 Block first atom:    450
 Blocpdb>    20 atoms in block     23
 Block first atom:    470
 Blocpdb>    23 atoms in block     24
 Block first atom:    490
 Blocpdb>    22 atoms in block     25
 Block first atom:    513
 Blocpdb>    20 atoms in block     26
 Block first atom:    535
 Blocpdb>    22 atoms in block     27
 Block first atom:    555
 Blocpdb>    22 atoms in block     28
 Block first atom:    577
 Blocpdb>    20 atoms in block     29
 Block first atom:    599
 Blocpdb>    20 atoms in block     30
 Block first atom:    619
 Blocpdb>    20 atoms in block     31
 Block first atom:    639
 Blocpdb>    22 atoms in block     32
 Block first atom:    659
 Blocpdb>    22 atoms in block     33
 Block first atom:    681
 Blocpdb>    22 atoms in block     34
 Block first atom:    703
 Blocpdb>    20 atoms in block     35
 Block first atom:    725
 Blocpdb>    20 atoms in block     36
 Block first atom:    745
 Blocpdb>    20 atoms in block     37
 Block first atom:    765
 Blocpdb>    20 atoms in block     38
 Block first atom:    785
 Blocpdb>    22 atoms in block     39
 Block first atom:    805
 Blocpdb>    22 atoms in block     40
 Block first atom:    827
 Blocpdb>    23 atoms in block     41
 Block first atom:    849
 Blocpdb>    22 atoms in block     42
 Block first atom:    872
 Blocpdb>    20 atoms in block     43
 Block first atom:    894
 Blocpdb>    20 atoms in block     44
 Block first atom:    914
 Blocpdb>    22 atoms in block     45
 Block first atom:    933

 Blocpdb>    45 blocks.

 Blocpdb> At most,     23 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,    20 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       285508 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       2865

 Prepmat> Matrix trace    =     621740.0000
 Prepmat> Last element read:    2865   2865       138.4279
 Prepmat>         1036 lines saved.
 Prepmat>          824 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:   955
 RTB> Total mass =         955.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:   955
 RTB> Number of blocks =    45
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =   43293.2107
 RTB>      6921 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      270
 Diagstd> Nb of non-zero elements:     6921
 Diagstd> Projected matrix trace =   43293.2107

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    270 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues =  43293.2107
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.0540236      0.0737157      0.1104127      0.2274411
      0.3213292      0.4907158      0.7742805      0.9835837      1.3532359
      1.5081022      1.9266495      2.1564715      2.6435302      3.6726313
      4.2192655      4.4334340      5.8716564      7.0003162      7.8396392
      8.8248933     10.2523784     12.3908994     13.0682372     14.2672142
     15.2166484     16.9734726     17.8639843     19.0884677     20.4638726
     21.0399214     22.2125143     22.7317501     23.3031927     23.8522933
     24.2568241     25.2199149     25.7271135     26.3345562     27.1444071
     28.4295117     29.6093806     30.3513846     30.6555749     32.0930232
     33.9938244     34.8709199     35.7194484     36.8568369     38.1532743
     39.4726075     40.1434488     41.3587653     42.3325714     45.0528897
     46.2688866     46.4773189     47.5557336     49.7157584     50.7215787
     52.0798862     52.8028356     53.5858839     54.4994640     55.7611845
     56.0889929     57.0755755     59.0736736     59.3360953     60.9506289
     62.1920490     62.8467715     64.0272833     64.4217179     66.9782384
     68.8572495     70.5212293     71.7115894     74.0674787     74.2656317
     75.0312949     77.5401798     78.6783562     80.0373292     81.2672142
     82.3166754     84.5218003     86.2331734     87.4771507     88.5735917
     91.1814388     91.9860303     92.5123352     94.5643881     96.8465517
     97.9715501    100.4273369    101.2656293    102.6864718    105.7453837
    106.7849883

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034326      0.0034335      0.0034337      0.0034339      0.0034339
      0.0034341     25.2398593     29.4832491     36.0831824     51.7880756
     61.5559955     76.0694541     95.5530225    107.6963385    126.3228855
    133.3554167    150.7289386    159.4656468    176.5580061    208.1056864
    223.0558954    228.6469457    263.1331697    287.3122267    304.0488169
    322.5893397    347.7023235    382.2492978    392.5579564    410.1709244
    423.5988600    447.3841897    458.9701536    474.4394725    491.2348748
    498.1009124    511.7927632    517.7399968    524.2072144    530.3472864
    534.8256769    545.3396676    550.7960434    557.2605277    565.7641961
    579.0018887    590.8944914    598.2525171    601.2429716    615.1777162
    633.1335002    641.2494160    649.0044166    659.2563333    670.7507820
    682.2494411    688.0224683    698.3595283    706.5332506    728.8809610
    738.6518756    740.3137470    748.8532572    765.6712052    773.3777290
    783.6647164    789.0852097    794.9146109    801.6621807    810.8887504
    813.2687809    820.3901359    834.6266922    836.4784598    847.7823598
    856.3725005    860.8684004    868.9160472    871.5883791    888.7142438
    901.0940368    911.9168015    919.5809256    934.5640284    935.8133147
    940.6249649    956.2218918    963.2142945    971.4972473    978.9329945
    985.2335470    998.3427072   1008.3991351   1015.6465431   1021.9917926
   1036.9277584   1041.4926726   1044.4679119   1055.9882570   1068.6546044
   1074.8435879   1088.2314014   1092.7638342   1100.4033311   1116.6729320
   1122.1486273

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =    955
 Rtb_to_modes> Number of blocs =     45

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9920E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9970E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9984E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9995E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9998E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  5.4024E-02

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  7.3716E-02

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.15    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.47    

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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.36    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.33    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.72    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.72    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.08    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.80    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.59    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.50    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.76    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.08    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.34    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.85    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.03    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.42    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   66.98    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   68.86    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   70.52    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   71.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   75.03    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   77.54    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   78.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   80.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   81.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   82.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   84.52    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   86.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   87.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   88.57    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   91.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   91.99    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   92.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   94.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   96.85    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   97.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   100.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   101.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   102.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   105.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   106.8    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    270 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 1.00006 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001
 1.00001 0.99997 0.99999 1.00002 1.00003
 1.00002 1.00004 1.00000 1.00001 1.00000
 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 0.99997
 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00006
 1.00000 1.00000 0.99999 0.99996 0.99996
 1.00000 1.00001 0.99998 0.99997 0.99997
 1.00001 1.00004 1.00002 0.99999 0.99997
 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 1.00001
 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001
 0.99998 0.99993 0.99995 1.00002 1.00002
 0.99996 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002
 0.99999 0.99997 0.99999 1.00002 1.00003
 1.00001 0.99997 1.00002 0.99999 1.00002
 1.00000 1.00003 1.00000 1.00000 1.00003
 0.99997 0.99998 1.00002 1.00000 1.00001
 0.99999 1.00000 1.00003 0.99997 0.99998
 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000 1.00003
 0.99999 1.00000 1.00002 0.99997 1.00000
 1.00001 1.00001 1.00003 0.99997 0.99999
 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000
 0.99998

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    17190 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 1.00006 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001
 1.00001 0.99997 0.99999 1.00002 1.00003
 1.00002 1.00004 1.00000 1.00001 1.00000
 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 0.99997
 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00006
 1.00000 1.00000 0.99999 0.99996 0.99996
 1.00000 1.00001 0.99998 0.99997 0.99997
 1.00001 1.00004 1.00002 0.99999 0.99997
 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 1.00001
 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001
 0.99998 0.99993 0.99995 1.00002 1.00002
 0.99996 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002
 0.99999 0.99997 0.99999 1.00002 1.00003
 1.00001 0.99997 1.00002 0.99999 1.00002
 1.00000 1.00003 1.00000 1.00000 1.00003
 0.99997 0.99998 1.00002 1.00000 1.00001
 0.99999 1.00000 1.00003 0.99997 0.99998
 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000 1.00003
 0.99999 1.00000 1.00002 0.99997 1.00000
 1.00001 1.00001 1.00003 0.99997 0.99999
 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000
 0.99998

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3: 0.000-0.000
 Vector   4:-0.000 0.000 0.000
 Vector   5: 0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   6: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
 Vector   7:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector   8:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 Vector   9: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector  10: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2601131538292152480.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2601131538292152480.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2601131538292152480.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2601131538292152480.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =     45
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     45
            Number of atoms found    =    955
            Mean number per residue  =     21.2

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9920E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9970E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9984E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9995E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9998E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  5.4024E-02

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  7.3716E-02

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.1104    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.2274    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.3213    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.4907    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.7743    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.9836    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.353    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.508    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.927    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.156    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.644    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.673    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.219    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.433    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.872    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.000    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.840    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.825    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.25    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.22    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   17.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.46    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.73    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.85    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.22    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.73    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.43    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.61    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.66    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.99    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.87    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.72    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.15    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.47    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.36    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.72    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.72    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.59    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.34    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.19    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.85    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.03    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.42    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   68.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   70.52    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   75.03    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   77.54    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   78.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   80.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   82.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   84.52    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   86.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   87.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   88.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   91.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   91.99    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   92.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   94.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   96.85    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   97.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   100.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   101.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   102.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   105.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   106.8    

 Bfactors>  106 vectors,   2865 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.054024
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

%Bfactors-Wn>     0 negative values found in the B-factors column of pdb file.
%Bfactors-Wn> So, only mass-weighted predicted B-factors will be saved.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2601131538292152480.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2601131538292152480.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4324E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4333E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4335E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4337E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4340E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   25.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   29.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   36.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   51.78    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   61.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   76.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   95.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   107.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   126.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   133.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   150.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   159.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   176.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   208.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   223.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   228.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   263.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   287.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   304.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   322.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   347.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   382.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   392.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   410.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   423.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   447.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   458.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   474.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   491.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   498.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   511.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   517.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   524.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   530.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   534.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   545.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   550.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   557.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   565.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   579.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   590.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   598.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   601.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   615.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   633.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   641.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   649.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   659.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   670.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   682.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   688.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   698.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   706.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   728.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   738.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   740.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   748.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   765.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   773.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   783.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   789.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   794.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   801.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   810.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   813.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   820.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   834.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   836.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   847.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   856.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   860.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   868.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   871.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   888.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   901.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   911.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   919.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   934.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   935.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   940.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   956.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   963.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   971.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   978.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   985.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   998.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1008.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1016.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1022.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1037.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1041.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1044.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1056.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1069.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1075.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1088.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1093.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1100.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1116.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1122.    

 Chkmod>  106 vectors,   2865 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:    955 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector     1 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    25 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    52 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.6177
      0.0034      0.8472
      0.0034      0.9981
      0.0034      0.9758
      0.0034      0.7043
      0.0034      0.6937
     25.2389      0.5382
     29.4820      0.7013
     36.0796      0.7225
     51.7812      0.7492
     61.5506      0.6139
     76.0650      0.5566
     95.5501      0.5796
    107.6926      0.5537
    126.3065      0.5807
    133.3452      0.6578
    150.7362      0.5659
    159.4414      0.5572
    176.5661      0.4837
    208.1072      0.4807
    223.0393      0.5425
    228.6259      0.6307
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    287.2934      0.5753
    304.0428      0.5846
    322.5774      0.5770
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    447.3192      0.3225
    458.8993      0.5496
    474.4381      0.5269
    491.1673      0.3139
    498.0805      0.6629
    511.7418      0.5311
    517.6978      0.5852
    524.1488      0.5519
    530.2990      0.5795
    534.8377      0.5170
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   1036.8751      0.2061
   1041.4704      0.6077
   1044.4099      0.6365
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   1074.7889      0.6018
   1088.0366      0.4876
   1092.9023      0.5985
   1100.4286      0.5870
   1116.3854      0.7109
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2601131538292152480 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
making animated gifs
11 models are in 2601131538292152480.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601131538292152480.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601131538292152480.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2601131538292152480 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2601131538292152480.atom
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2601131538292152480.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
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2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
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2601131538292152480.eigenfacs
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2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
making animated gifs
11 models are in 2601131538292152480.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601131538292152480.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601131538292152480.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2601131538292152480 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
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2601131538292152480.eigenfacs
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2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2601131538292152480.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2601131538292152480.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
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making animated gifs
11 models are in 2601131538292152480.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601131538292152480.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601131538292152480.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2601131538292152480 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2601131538292152480.atom
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2601131538292152480.eigenfacs
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2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
making animated gifs
11 models are in 2601131538292152480.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601131538292152480.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601131538292152480.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2601131538292152480 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2601131538292152480.eigenfacs
2601131538292152480.atom
making animated gifs
11 models are in 2601131538292152480.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601131538292152480.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601131538292152480.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2601131538292152480.10.pdb
2601131538292152480.11.pdb
2601131538292152480.7.pdb
2601131538292152480.8.pdb
2601131538292152480.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m0.856s
user	0m0.836s
sys	0m0.018s
rm: cannot remove '2601131538292152480.sdijf': No such file or directory
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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