*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2601151307212516359.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2601151307212516359.atom to be opened.
Openam> File opened: 2601151307212516359.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 341
First residue number = 1
Last residue number = 341
Number of atoms found = 3382
Mean number per residue = 9.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -6.606356 +/- 20.790051 From: -69.873000 To: 28.396000
= -1.666652 +/- 10.560303 From: -25.669000 To: 28.464000
= 12.112359 +/- 29.072782 From: -30.338000 To: 119.552000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.5547 % Filled.
Pdbmat> 1315039 non-zero elements.
Pdbmat> 143883 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 85.09 +/- 30.52
Maximum number = 160
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 2.877660E+06
Pdbmat> Larger element = 575.537
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
341 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2601151307212516359.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2601151307212516359.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2601151307212516359.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3382 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 341 residues.
Blocpdb> 16 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 19 atoms in block 2
Block first atom: 17
Blocpdb> 15 atoms in block 3
Block first atom: 36
Blocpdb> 21 atoms in block 4
Block first atom: 51
Blocpdb> 16 atoms in block 5
Block first atom: 72
Blocpdb> 18 atoms in block 6
Block first atom: 88
Blocpdb> 17 atoms in block 7
Block first atom: 106
Blocpdb> 18 atoms in block 8
Block first atom: 123
Blocpdb> 21 atoms in block 9
Block first atom: 141
Blocpdb> 21 atoms in block 10
Block first atom: 162
Blocpdb> 17 atoms in block 11
Block first atom: 183
Blocpdb> 26 atoms in block 12
Block first atom: 200
Blocpdb> 21 atoms in block 13
Block first atom: 226
Blocpdb> 26 atoms in block 14
Block first atom: 247
Blocpdb> 26 atoms in block 15
Block first atom: 273
Blocpdb> 26 atoms in block 16
Block first atom: 299
Blocpdb> 13 atoms in block 17
Block first atom: 325
Blocpdb> 17 atoms in block 18
Block first atom: 338
Blocpdb> 16 atoms in block 19
Block first atom: 355
Blocpdb> 18 atoms in block 20
Block first atom: 371
Blocpdb> 15 atoms in block 21
Block first atom: 389
Blocpdb> 22 atoms in block 22
Block first atom: 404
Blocpdb> 17 atoms in block 23
Block first atom: 426
Blocpdb> 13 atoms in block 24
Block first atom: 443
Blocpdb> 22 atoms in block 25
Block first atom: 456
Blocpdb> 17 atoms in block 26
Block first atom: 478
Blocpdb> 20 atoms in block 27
Block first atom: 495
Blocpdb> 18 atoms in block 28
Block first atom: 515
Blocpdb> 23 atoms in block 29
Block first atom: 533
Blocpdb> 17 atoms in block 30
Block first atom: 556
Blocpdb> 17 atoms in block 31
Block first atom: 573
Blocpdb> 29 atoms in block 32
Block first atom: 590
Blocpdb> 23 atoms in block 33
Block first atom: 619
Blocpdb> 24 atoms in block 34
Block first atom: 642
Blocpdb> 13 atoms in block 35
Block first atom: 666
Blocpdb> 25 atoms in block 36
Block first atom: 679
Blocpdb> 16 atoms in block 37
Block first atom: 704
Blocpdb> 20 atoms in block 38
Block first atom: 720
Blocpdb> 13 atoms in block 39
Block first atom: 740
Blocpdb> 22 atoms in block 40
Block first atom: 753
Blocpdb> 26 atoms in block 41
Block first atom: 775
Blocpdb> 31 atoms in block 42
Block first atom: 801
Blocpdb> 21 atoms in block 43
Block first atom: 832
Blocpdb> 18 atoms in block 44
Block first atom: 853
Blocpdb> 22 atoms in block 45
Block first atom: 871
Blocpdb> 28 atoms in block 46
Block first atom: 893
Blocpdb> 21 atoms in block 47
Block first atom: 921
Blocpdb> 25 atoms in block 48
Block first atom: 942
Blocpdb> 18 atoms in block 49
Block first atom: 967
Blocpdb> 22 atoms in block 50
Block first atom: 985
Blocpdb> 26 atoms in block 51
Block first atom: 1007
Blocpdb> 29 atoms in block 52
Block first atom: 1033
Blocpdb> 27 atoms in block 53
Block first atom: 1062
Blocpdb> 24 atoms in block 54
Block first atom: 1089
Blocpdb> 13 atoms in block 55
Block first atom: 1113
Blocpdb> 21 atoms in block 56
Block first atom: 1126
Blocpdb> 23 atoms in block 57
Block first atom: 1147
Blocpdb> 29 atoms in block 58
Block first atom: 1170
Blocpdb> 18 atoms in block 59
Block first atom: 1199
Blocpdb> 12 atoms in block 60
Block first atom: 1217
Blocpdb> 19 atoms in block 61
Block first atom: 1229
Blocpdb> 19 atoms in block 62
Block first atom: 1248
Blocpdb> 14 atoms in block 63
Block first atom: 1267
Blocpdb> 17 atoms in block 64
Block first atom: 1281
Blocpdb> 14 atoms in block 65
Block first atom: 1298
Blocpdb> 21 atoms in block 66
Block first atom: 1312
Blocpdb> 26 atoms in block 67
Block first atom: 1333
Blocpdb> 20 atoms in block 68
Block first atom: 1359
Blocpdb> 14 atoms in block 69
Block first atom: 1379
Blocpdb> 21 atoms in block 70
Block first atom: 1393
Blocpdb> 21 atoms in block 71
Block first atom: 1414
Blocpdb> 21 atoms in block 72
Block first atom: 1435
Blocpdb> 24 atoms in block 73
Block first atom: 1456
Blocpdb> 18 atoms in block 74
Block first atom: 1480
Blocpdb> 17 atoms in block 75
Block first atom: 1498
Blocpdb> 25 atoms in block 76
Block first atom: 1515
Blocpdb> 14 atoms in block 77
Block first atom: 1540
Blocpdb> 20 atoms in block 78
Block first atom: 1554
Blocpdb> 14 atoms in block 79
Block first atom: 1574
Blocpdb> 22 atoms in block 80
Block first atom: 1588
Blocpdb> 22 atoms in block 81
Block first atom: 1610
Blocpdb> 18 atoms in block 82
Block first atom: 1632
Blocpdb> 26 atoms in block 83
Block first atom: 1650
Blocpdb> 17 atoms in block 84
Block first atom: 1676
Blocpdb> 25 atoms in block 85
Block first atom: 1693
Blocpdb> 19 atoms in block 86
Block first atom: 1718
Blocpdb> 23 atoms in block 87
Block first atom: 1737
Blocpdb> 25 atoms in block 88
Block first atom: 1760
Blocpdb> 27 atoms in block 89
Block first atom: 1785
Blocpdb> 19 atoms in block 90
Block first atom: 1812
Blocpdb> 20 atoms in block 91
Block first atom: 1831
Blocpdb> 16 atoms in block 92
Block first atom: 1851
Blocpdb> 22 atoms in block 93
Block first atom: 1867
Blocpdb> 22 atoms in block 94
Block first atom: 1889
Blocpdb> 29 atoms in block 95
Block first atom: 1911
Blocpdb> 19 atoms in block 96
Block first atom: 1940
Blocpdb> 19 atoms in block 97
Block first atom: 1959
Blocpdb> 22 atoms in block 98
Block first atom: 1978
Blocpdb> 18 atoms in block 99
Block first atom: 2000
Blocpdb> 29 atoms in block 100
Block first atom: 2018
Blocpdb> 19 atoms in block 101
Block first atom: 2047
Blocpdb> 14 atoms in block 102
Block first atom: 2066
Blocpdb> 17 atoms in block 103
Block first atom: 2080
Blocpdb> 25 atoms in block 104
Block first atom: 2097
Blocpdb> 28 atoms in block 105
Block first atom: 2122
Blocpdb> 23 atoms in block 106
Block first atom: 2150
Blocpdb> 21 atoms in block 107
Block first atom: 2173
Blocpdb> 12 atoms in block 108
Block first atom: 2194
Blocpdb> 17 atoms in block 109
Block first atom: 2206
Blocpdb> 15 atoms in block 110
Block first atom: 2223
Blocpdb> 19 atoms in block 111
Block first atom: 2238
Blocpdb> 19 atoms in block 112
Block first atom: 2257
Blocpdb> 18 atoms in block 113
Block first atom: 2276
Blocpdb> 26 atoms in block 114
Block first atom: 2294
Blocpdb> 14 atoms in block 115
Block first atom: 2320
Blocpdb> 19 atoms in block 116
Block first atom: 2334
Blocpdb> 23 atoms in block 117
Block first atom: 2353
Blocpdb> 25 atoms in block 118
Block first atom: 2376
Blocpdb> 22 atoms in block 119
Block first atom: 2401
Blocpdb> 16 atoms in block 120
Block first atom: 2423
Blocpdb> 20 atoms in block 121
Block first atom: 2439
Blocpdb> 17 atoms in block 122
Block first atom: 2459
Blocpdb> 22 atoms in block 123
Block first atom: 2476
Blocpdb> 18 atoms in block 124
Block first atom: 2498
Blocpdb> 19 atoms in block 125
Block first atom: 2516
Blocpdb> 18 atoms in block 126
Block first atom: 2535
Blocpdb> 16 atoms in block 127
Block first atom: 2553
Blocpdb> 13 atoms in block 128
Block first atom: 2569
Blocpdb> 14 atoms in block 129
Block first atom: 2582
Blocpdb> 23 atoms in block 130
Block first atom: 2596
Blocpdb> 18 atoms in block 131
Block first atom: 2619
Blocpdb> 22 atoms in block 132
Block first atom: 2637
Blocpdb> 17 atoms in block 133
Block first atom: 2659
Blocpdb> 19 atoms in block 134
Block first atom: 2676
Blocpdb> 16 atoms in block 135
Block first atom: 2695
Blocpdb> 20 atoms in block 136
Block first atom: 2711
Blocpdb> 19 atoms in block 137
Block first atom: 2731
Blocpdb> 23 atoms in block 138
Block first atom: 2750
Blocpdb> 15 atoms in block 139
Block first atom: 2773
Blocpdb> 21 atoms in block 140
Block first atom: 2788
Blocpdb> 23 atoms in block 141
Block first atom: 2809
Blocpdb> 12 atoms in block 142
Block first atom: 2832
Blocpdb> 21 atoms in block 143
Block first atom: 2844
Blocpdb> 17 atoms in block 144
Block first atom: 2865
Blocpdb> 21 atoms in block 145
Block first atom: 2882
Blocpdb> 15 atoms in block 146
Block first atom: 2903
Blocpdb> 22 atoms in block 147
Block first atom: 2918
Blocpdb> 18 atoms in block 148
Block first atom: 2940
Blocpdb> 18 atoms in block 149
Block first atom: 2958
Blocpdb> 16 atoms in block 150
Block first atom: 2976
Blocpdb> 17 atoms in block 151
Block first atom: 2992
Blocpdb> 19 atoms in block 152
Block first atom: 3009
Blocpdb> 16 atoms in block 153
Block first atom: 3028
Blocpdb> 13 atoms in block 154
Block first atom: 3044
Blocpdb> 17 atoms in block 155
Block first atom: 3057
Blocpdb> 17 atoms in block 156
Block first atom: 3074
Blocpdb> 17 atoms in block 157
Block first atom: 3091
Blocpdb> 15 atoms in block 158
Block first atom: 3108
Blocpdb> 13 atoms in block 159
Block first atom: 3123
Blocpdb> 13 atoms in block 160
Block first atom: 3136
Blocpdb> 17 atoms in block 161
Block first atom: 3149
Blocpdb> 33 atoms in block 162
Block first atom: 3166
Blocpdb> 34 atoms in block 163
Block first atom: 3199
Blocpdb> 24 atoms in block 164
Block first atom: 3233
Blocpdb> 22 atoms in block 165
Block first atom: 3257
Blocpdb> 16 atoms in block 166
Block first atom: 3279
Blocpdb> 15 atoms in block 167
Block first atom: 3295
Blocpdb> 23 atoms in block 168
Block first atom: 3310
Blocpdb> 16 atoms in block 169
Block first atom: 3333
Blocpdb> 16 atoms in block 170
Block first atom: 3349
Blocpdb> 18 atoms in block 171
Block first atom: 3364
Blocpdb> 171 blocks.
Blocpdb> At most, 34 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1315210 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 10146
Prepmat> Matrix trace = 2877660.0000
Prepmat> Last element read: 10146 10146 88.2589
Prepmat> 14707 lines saved.
Prepmat> 13180 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3382
RTB> Total mass = 3382.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3382
RTB> Number of blocks = 171
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 233421.3984
RTB> 52371 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1026
Diagstd> Nb of non-zero elements: 52371
Diagstd> Projected matrix trace = 233421.3984
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1026 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 233421.3984
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0017968 0.0028603 0.0125281 0.0137495
0.0318671 0.0620619 0.0923393 0.1560420 0.1677634
0.2074776 0.2391589 0.3247617 0.3668281 0.4398830
0.5371980 0.6435995 0.7390947 0.7917035 0.8635131
0.9337991 1.3286928 1.5217459 1.6988773 1.7825678
2.0281226 2.3177249 2.4708587 2.6206105 2.8411345
3.0465370 3.5691268 3.6666983 3.9484704 4.2265268
4.5949447 4.7945081 5.0314824 5.1976521 5.6703739
6.0415351 6.3444442 6.7112692 7.0398672 7.2299558
8.0346678 8.3554364 8.4478893 8.9114222 9.2959934
9.3792070 9.7409508 10.4215727 10.9269103 11.4726742
11.8922616 12.2569896 12.6205506 12.9691023 13.7012502
13.9646783 14.6769682 15.1659686 15.6492354 16.7676242
17.1587042 17.3292915 17.6442354 17.8541158 18.5586600
18.6831035 19.5738794 19.8257440 20.7785682 20.9560456
21.4240651 21.6840956 22.2242242 22.6530227 23.0277131
23.4900692 24.1007157 24.5065569 25.3391745 25.6817734
25.9371784 26.7837980 27.3650650 28.3998304 28.5133332
28.6984332 29.8080257 29.9927270 31.3360346 31.7342135
31.9348301 32.8314532 33.4194531 33.6236385 34.1296858
34.7779321
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034323 0.0034332 0.0034333 0.0034335 0.0034336
0.0034342 4.6030948 5.8076081 12.1545188 12.7332398
19.3850215 27.0525209 32.9980680 42.8959279 44.4778565
49.4630441 53.1053808 61.8839050 65.7698108 72.0217825
79.5907253 87.1170444 93.3566668 96.6221197 100.9089659
104.9353944 125.1721079 133.9572908 141.5390540 144.9834106
154.6473162 165.3203140 170.6943835 175.7909531 183.0379655
189.5389669 205.1522438 207.9375229 215.7792723 223.2477526
232.7745120 237.7756117 243.5809165 247.5704936 258.5836891
266.9125116 273.5218783 281.3180578 288.1227250 291.9867211
307.8075321 313.8917131 315.6235410 324.1669908 331.0878049
332.5663774 338.9190311 350.5596374 358.9582753 367.8134540
374.4790333 380.1781814 385.7753119 391.0661605 401.9530970
405.7987896 416.0192792 422.8928638 429.5778121 444.6630543
449.8187188 452.0491781 456.1384701 458.8433624 467.8090160
469.3748228 480.4339993 483.5150838 494.9975951 497.1070791
502.6274691 505.6685421 511.9276481 516.8426685 521.0995345
526.3049179 533.1019245 537.5717391 546.6275443 550.3104818
553.0401290 561.9935887 568.0591009 578.6995618 579.8548243
581.7339019 592.8732918 594.7072835 607.8792223 611.7291138
613.6596741 622.2147944 627.7618937 629.6767153 634.3974455
640.3938578
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3382
Rtb_to_modes> Number of blocs = 171
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9906E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9961E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9974E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.7968E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.8603E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.2528E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.3750E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.1867E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.2062E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.2339E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1560
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1678
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2075
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2392
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3248
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3668
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4399
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5372
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6436
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7391
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7917
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8635
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9338
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.329
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.522
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.699
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.783
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.028
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.318
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.471
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.621
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.841
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.047
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.569
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.667
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.948
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.227
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.595
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.795
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.031
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.198
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.670
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.042
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.344
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.711
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.040
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.230
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.035
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.355
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.448
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.911
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.296
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.379
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.741
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.78
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1026 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999
1.00000 1.00003 0.99997 0.99999 1.00000
0.99999 1.00000 0.99997 1.00003 0.99998
0.99997 0.99999 1.00002 0.99999 0.99996
1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
1.00002 1.00003 1.00002 0.99998 1.00002
1.00001 0.99999 1.00003 0.99999 1.00000
1.00000 0.99997 1.00004 0.99997 0.99997
0.99998 0.99997 1.00001 1.00000 0.99999
1.00000 1.00001 1.00003 1.00004 1.00002
1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 1.00002
1.00004 1.00001 1.00004 1.00001 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00002 0.99995 1.00000 1.00001
1.00000 0.99999 1.00003 1.00000 1.00002
1.00003 1.00000 0.99998 0.99997 1.00002
0.99998 1.00004 0.99999 1.00003 1.00002
1.00001 1.00003 1.00001 1.00001 1.00002
0.99999 1.00002 1.00002 0.99999 1.00001
1.00001 1.00002 0.99995 1.00002 1.00000
1.00002 0.99995 1.00001 0.99998 1.00000
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 60876 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999
1.00000 1.00003 0.99997 0.99999 1.00000
0.99999 1.00000 0.99997 1.00003 0.99998
0.99997 0.99999 1.00002 0.99999 0.99996
1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
1.00002 1.00003 1.00002 0.99998 1.00002
1.00001 0.99999 1.00003 0.99999 1.00000
1.00000 0.99997 1.00004 0.99997 0.99997
0.99998 0.99997 1.00001 1.00000 0.99999
1.00000 1.00001 1.00003 1.00004 1.00002
1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 1.00002
1.00004 1.00001 1.00004 1.00001 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00002 0.99995 1.00000 1.00001
1.00000 0.99999 1.00003 1.00000 1.00002
1.00003 1.00000 0.99998 0.99997 1.00002
0.99998 1.00004 0.99999 1.00003 1.00002
1.00001 1.00003 1.00001 1.00001 1.00002
0.99999 1.00002 1.00002 0.99999 1.00001
1.00001 1.00002 0.99995 1.00002 1.00000
1.00002 0.99995 1.00001 0.99998 1.00000
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2601151307212516359.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2601151307212516359.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2601151307212516359.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2601151307212516359.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 341
First residue number = 1
Last residue number = 341
Number of atoms found = 3382
Mean number per residue = 9.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9906E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9961E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9974E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.7968E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.8603E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.2528E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.3750E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.1867E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.2062E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.2339E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1560
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1678
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2075
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2392
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3248
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3668
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4399
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5372
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6436
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7391
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7917
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8635
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9338
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.329
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.522
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.699
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.783
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.028
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.318
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.471
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.621
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.841
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.047
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.569
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.667
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.948
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.227
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.595
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.795
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.031
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.198
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.670
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.042
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.344
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.711
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.040
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.230
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.035
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.355
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.448
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.911
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.296
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.379
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.741
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.78
Bfactors> 106 vectors, 10146 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.001797
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 4.936 +/- 14.82
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -4.936
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2601151307212516359.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2601151307212516359.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.603
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.807
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 19.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 27.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 33.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 42.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 44.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 53.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 61.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 65.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 72.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 79.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 87.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 96.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 125.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 134.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 141.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 145.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 165.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 170.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 183.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 189.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 205.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 215.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 232.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 247.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 266.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 281.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 288.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 307.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 324.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 331.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 350.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 359.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 380.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 416.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 422.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 429.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 449.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 480.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 497.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 511.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 546.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 550.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 607.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 622.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 627.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 629.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 634.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.4
Chkmod> 106 vectors, 10146 coordinates in file.
Chkmod> That is: 3382 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 38 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 40 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 82 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7033
0.0034 0.9868
0.0034 0.4469
0.0034 0.8880
0.0034 0.7215
0.0034 0.9652
4.6028 0.2958
5.8074 0.1421
12.1540 0.1174
12.7329 0.2579
19.3842 0.0353
27.0514 0.0752
32.9966 0.1290
42.8883 0.1357
44.4808 0.1868
49.4636 0.3189
53.1077 0.2069
61.8849 0.3559
65.7645 0.4883
72.0201 0.1142
79.5875 0.1369
87.1133 0.1401
93.3530 0.2023
96.6178 0.0354
100.9039 0.0538
104.9309 0.1710
125.1812 0.1430
133.9627 0.2327
141.5381 0.2476
144.9948 0.0712
154.6360 0.5405
165.3230 0.2626
170.6919 0.2019
175.7965 0.3888
183.0258 0.3499
189.5452 0.1364
205.1398 0.1382
207.9372 0.0416
215.7572 0.0938
223.2507 0.1703
232.7659 0.2333
237.7776 0.0477
243.5588 0.2864
247.5682 0.1945
258.5641 0.2374
266.9113 0.1462
273.5006 0.5985
281.3003 0.0529
288.1131 0.1882
291.9751 0.2104
307.8007 0.3925
313.8700 0.3010
315.6121 0.0833
324.1454 0.2406
331.0737 0.1972
332.5484 0.0754
338.9053 0.1262
350.5181 0.2870
358.9936 0.2178
367.7548 0.2376
374.4273 0.2032
380.2085 0.3200
385.7503 0.1385
391.0629 0.3692
401.9175 0.1810
405.7134 0.4521
416.0444 0.2053
422.9309 0.1186
429.5699 0.3041
444.6755 0.5285
449.8164 0.0371
452.0390 0.3243
456.0641 0.4330
458.7708 0.2454
467.8058 0.4556
469.3157 0.2521
480.3658 0.4451
483.5462 0.3137
494.9934 0.2682
497.1326 0.3889
502.5582 0.3853
505.5991 0.1113
511.8570 0.1111
516.7860 0.1621
521.1030 0.3679
526.2815 0.2987
533.0711 0.2313
537.5864 0.3148
546.6130 0.0453
550.2679 0.2621
553.0465 0.3820
561.9296 0.3407
568.0859 0.3820
578.6764 0.4246
579.7960 0.3204
581.7248 0.3896
592.8675 0.3586
594.6547 0.3347
607.8916 0.2952
611.6622 0.3689
613.5869 0.0708
622.1743 0.2333
627.7401 0.1827
629.6156 0.4437
634.3731 0.3450
640.3854 0.3322
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2601151307212516359 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
making animated gifs
11 models are in 2601151307212516359.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601151307212516359.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601151307212516359.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2601151307212516359 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
making animated gifs
11 models are in 2601151307212516359.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601151307212516359.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601151307212516359.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2601151307212516359 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
making animated gifs
11 models are in 2601151307212516359.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601151307212516359.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601151307212516359.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2601151307212516359 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
making animated gifs
11 models are in 2601151307212516359.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601151307212516359.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601151307212516359.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2601151307212516359 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2601151307212516359.eigenfacs
2601151307212516359.atom
making animated gifs
11 models are in 2601151307212516359.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601151307212516359.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601151307212516359.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2601151307212516359.10.pdb
2601151307212516359.11.pdb
2601151307212516359.7.pdb
2601151307212516359.8.pdb
2601151307212516359.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m14.334s
user 0m14.246s
sys 0m0.084s
rm: cannot remove '2601151307212516359.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: december 26th, 2025.
|
