*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2601191052443081849.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2601191052443081849.atom to be opened.
Openam> File opened: 2601191052443081849.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 355
First residue number = 1
Last residue number = 81
Number of atoms found = 4871
Mean number per residue = 13.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 32.830375 +/- 14.842126 From: -10.718000 To: 63.430000
= -9.193356 +/- 30.954834 From: -59.689000 To: 70.223000
= -1.464715 +/- 23.114681 From: -42.366000 To: 57.445000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 162 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.5692 % Filled.
Pdbmat> 1675571 non-zero elements.
Pdbmat> 182965 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 75.12 +/- 23.49
Maximum number = 130
Minimum number = 16
Pdbmat> Matrix trace = 3.659300E+06
Pdbmat> Larger element = 512.397
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
355 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2601191052443081849.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2601191052443081849.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2601191052443081849.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4871 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 355 residues.
Blocpdb> 13 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 15 atoms in block 2
Block first atom: 14
Blocpdb> 14 atoms in block 3
Block first atom: 29
Blocpdb> 17 atoms in block 4
Block first atom: 43
Blocpdb> 15 atoms in block 5
Block first atom: 60
Blocpdb> 20 atoms in block 6
Block first atom: 75
Blocpdb> 19 atoms in block 7
Block first atom: 95
Blocpdb> 17 atoms in block 8
Block first atom: 114
Blocpdb> 12 atoms in block 9
Block first atom: 131
Blocpdb> 15 atoms in block 10
Block first atom: 143
Blocpdb> 19 atoms in block 11
Block first atom: 158
Blocpdb> 14 atoms in block 12
Block first atom: 177
Blocpdb> 17 atoms in block 13
Block first atom: 191
Blocpdb> 16 atoms in block 14
Block first atom: 208
Blocpdb> 19 atoms in block 15
Block first atom: 224
Blocpdb> 20 atoms in block 16
Block first atom: 243
Blocpdb> 17 atoms in block 17
Block first atom: 263
Blocpdb> 22 atoms in block 18
Block first atom: 280
Blocpdb> 13 atoms in block 19
Block first atom: 302
Blocpdb> 17 atoms in block 20
Block first atom: 315
Blocpdb> 13 atoms in block 21
Block first atom: 332
Blocpdb> 16 atoms in block 22
Block first atom: 345
Blocpdb> 17 atoms in block 23
Block first atom: 361
Blocpdb> 10 atoms in block 24
Block first atom: 378
Blocpdb> 15 atoms in block 25
Block first atom: 388
Blocpdb> 19 atoms in block 26
Block first atom: 403
Blocpdb> 16 atoms in block 27
Block first atom: 422
Blocpdb> 19 atoms in block 28
Block first atom: 438
Blocpdb> 17 atoms in block 29
Block first atom: 457
Blocpdb> 20 atoms in block 30
Block first atom: 474
Blocpdb> 11 atoms in block 31
Block first atom: 494
Blocpdb> 19 atoms in block 32
Block first atom: 505
Blocpdb> 16 atoms in block 33
Block first atom: 524
Blocpdb> 11 atoms in block 34
Block first atom: 540
Blocpdb> 17 atoms in block 35
Block first atom: 551
Blocpdb> 15 atoms in block 36
Block first atom: 568
Blocpdb> 15 atoms in block 37
Block first atom: 583
Blocpdb> 16 atoms in block 38
Block first atom: 598
Blocpdb> 18 atoms in block 39
Block first atom: 614
Blocpdb> 14 atoms in block 40
Block first atom: 632
Blocpdb> 22 atoms in block 41
Block first atom: 646
Blocpdb> 11 atoms in block 42
Block first atom: 668
Blocpdb> 18 atoms in block 43
Block first atom: 679
Blocpdb> 17 atoms in block 44
Block first atom: 697
Blocpdb> 17 atoms in block 45
Block first atom: 714
Blocpdb> 16 atoms in block 46
Block first atom: 731
Blocpdb> 13 atoms in block 47
Block first atom: 747
Blocpdb> 13 atoms in block 48
Block first atom: 760
Blocpdb> 17 atoms in block 49
Block first atom: 773
Blocpdb> 10 atoms in block 50
Block first atom: 790
Blocpdb> 15 atoms in block 51
Block first atom: 800
Blocpdb> 15 atoms in block 52
Block first atom: 815
Blocpdb> 17 atoms in block 53
Block first atom: 830
Blocpdb> 17 atoms in block 54
Block first atom: 847
Blocpdb> 19 atoms in block 55
Block first atom: 864
Blocpdb> 12 atoms in block 56
Block first atom: 883
Blocpdb> 18 atoms in block 57
Block first atom: 895
Blocpdb> 16 atoms in block 58
Block first atom: 913
Blocpdb> 15 atoms in block 59
Block first atom: 929
Blocpdb> 14 atoms in block 60
Block first atom: 944
Blocpdb> 14 atoms in block 61
Block first atom: 958
Blocpdb> 17 atoms in block 62
Block first atom: 972
Blocpdb> 12 atoms in block 63
Block first atom: 989
Blocpdb> 18 atoms in block 64
Block first atom: 1001
Blocpdb> 16 atoms in block 65
Block first atom: 1019
Blocpdb> 19 atoms in block 66
Block first atom: 1035
Blocpdb> 13 atoms in block 67
Block first atom: 1054
Blocpdb> 13 atoms in block 68
Block first atom: 1067
Blocpdb> 13 atoms in block 69
Block first atom: 1080
Blocpdb> 13 atoms in block 70
Block first atom: 1093
Blocpdb> 20 atoms in block 71
Block first atom: 1106
Blocpdb> 17 atoms in block 72
Block first atom: 1126
Blocpdb> 19 atoms in block 73
Block first atom: 1143
Blocpdb> 15 atoms in block 74
Block first atom: 1162
Blocpdb> 10 atoms in block 75
Block first atom: 1177
Blocpdb> 17 atoms in block 76
Block first atom: 1187
Blocpdb> 18 atoms in block 77
Block first atom: 1204
Blocpdb> 23 atoms in block 78
Block first atom: 1222
Blocpdb> 12 atoms in block 79
Block first atom: 1245
Blocpdb> 18 atoms in block 80
Block first atom: 1257
Blocpdb> 15 atoms in block 81
Block first atom: 1275
Blocpdb> 15 atoms in block 82
Block first atom: 1290
Blocpdb> 16 atoms in block 83
Block first atom: 1305
Blocpdb> 12 atoms in block 84
Block first atom: 1321
Blocpdb> 16 atoms in block 85
Block first atom: 1333
Blocpdb> 17 atoms in block 86
Block first atom: 1349
Blocpdb> 13 atoms in block 87
Block first atom: 1366
Blocpdb> 21 atoms in block 88
Block first atom: 1379
Blocpdb> 14 atoms in block 89
Block first atom: 1400
Blocpdb> 21 atoms in block 90
Block first atom: 1414
Blocpdb> 16 atoms in block 91
Block first atom: 1435
Blocpdb> 13 atoms in block 92
Block first atom: 1451
Blocpdb> 17 atoms in block 93
Block first atom: 1464
Blocpdb> 19 atoms in block 94
Block first atom: 1481
Blocpdb> 16 atoms in block 95
Block first atom: 1500
Blocpdb> 16 atoms in block 96
Block first atom: 1516
Blocpdb> 17 atoms in block 97
Block first atom: 1532
Blocpdb> 39 atoms in block 98
Block first atom: 1549
Blocpdb> 41 atoms in block 99
Block first atom: 1588
Blocpdb> 41 atoms in block 100
Block first atom: 1629
Blocpdb> 42 atoms in block 101
Block first atom: 1670
Blocpdb> 42 atoms in block 102
Block first atom: 1712
Blocpdb> 41 atoms in block 103
Block first atom: 1754
Blocpdb> 39 atoms in block 104
Block first atom: 1795
Blocpdb> 42 atoms in block 105
Block first atom: 1834
Blocpdb> 43 atoms in block 106
Block first atom: 1876
Blocpdb> 42 atoms in block 107
Block first atom: 1919
Blocpdb> 42 atoms in block 108
Block first atom: 1961
Blocpdb> 39 atoms in block 109
Block first atom: 2003
Blocpdb> 42 atoms in block 110
Block first atom: 2042
Blocpdb> 39 atoms in block 111
Block first atom: 2084
Blocpdb> 39 atoms in block 112
Block first atom: 2123
Blocpdb> 43 atoms in block 113
Block first atom: 2162
Blocpdb> 40 atoms in block 114
Block first atom: 2205
Blocpdb> 40 atoms in block 115
Block first atom: 2245
Blocpdb> 41 atoms in block 116
Block first atom: 2285
Blocpdb> 40 atoms in block 117
Block first atom: 2326
Blocpdb> 43 atoms in block 118
Block first atom: 2366
Blocpdb> 44 atoms in block 119
Block first atom: 2409
Blocpdb> 42 atoms in block 120
Block first atom: 2453
Blocpdb> 42 atoms in block 121
Block first atom: 2495
Blocpdb> 41 atoms in block 122
Block first atom: 2537
Blocpdb> 41 atoms in block 123
Block first atom: 2578
Blocpdb> 42 atoms in block 124
Block first atom: 2619
Blocpdb> 41 atoms in block 125
Block first atom: 2661
Blocpdb> 40 atoms in block 126
Block first atom: 2702
Blocpdb> 42 atoms in block 127
Block first atom: 2742
Blocpdb> 43 atoms in block 128
Block first atom: 2784
Blocpdb> 42 atoms in block 129
Block first atom: 2827
Blocpdb> 41 atoms in block 130
Block first atom: 2869
Blocpdb> 41 atoms in block 131
Block first atom: 2910
Blocpdb> 42 atoms in block 132
Block first atom: 2951
Blocpdb> 40 atoms in block 133
Block first atom: 2993
Blocpdb> 39 atoms in block 134
Block first atom: 3033
Blocpdb> 40 atoms in block 135
Block first atom: 3072
Blocpdb> 40 atoms in block 136
Block first atom: 3112
Blocpdb> 43 atoms in block 137
Block first atom: 3152
Blocpdb> 22 atoms in block 138
Block first atom: 3195
Blocpdb> 39 atoms in block 139
Block first atom: 3217
Blocpdb> 42 atoms in block 140
Block first atom: 3256
Blocpdb> 42 atoms in block 141
Block first atom: 3298
Blocpdb> 41 atoms in block 142
Block first atom: 3340
Blocpdb> 42 atoms in block 143
Block first atom: 3381
Blocpdb> 42 atoms in block 144
Block first atom: 3423
Blocpdb> 41 atoms in block 145
Block first atom: 3465
Blocpdb> 42 atoms in block 146
Block first atom: 3506
Blocpdb> 38 atoms in block 147
Block first atom: 3548
Blocpdb> 40 atoms in block 148
Block first atom: 3586
Blocpdb> 41 atoms in block 149
Block first atom: 3626
Blocpdb> 40 atoms in block 150
Block first atom: 3667
Blocpdb> 41 atoms in block 151
Block first atom: 3707
Blocpdb> 41 atoms in block 152
Block first atom: 3748
Blocpdb> 42 atoms in block 153
Block first atom: 3789
Blocpdb> 38 atoms in block 154
Block first atom: 3831
Blocpdb> 41 atoms in block 155
Block first atom: 3869
Blocpdb> 42 atoms in block 156
Block first atom: 3910
Blocpdb> 38 atoms in block 157
Block first atom: 3952
Blocpdb> 38 atoms in block 158
Block first atom: 3990
Blocpdb> 40 atoms in block 159
Block first atom: 4028
Blocpdb> 42 atoms in block 160
Block first atom: 4068
Blocpdb> 42 atoms in block 161
Block first atom: 4110
Blocpdb> 41 atoms in block 162
Block first atom: 4152
Blocpdb> 41 atoms in block 163
Block first atom: 4193
Blocpdb> 41 atoms in block 164
Block first atom: 4234
Blocpdb> 44 atoms in block 165
Block first atom: 4275
Blocpdb> 41 atoms in block 166
Block first atom: 4319
Blocpdb> 42 atoms in block 167
Block first atom: 4360
Blocpdb> 42 atoms in block 168
Block first atom: 4402
Blocpdb> 38 atoms in block 169
Block first atom: 4444
Blocpdb> 40 atoms in block 170
Block first atom: 4482
Blocpdb> 41 atoms in block 171
Block first atom: 4522
Blocpdb> 40 atoms in block 172
Block first atom: 4563
Blocpdb> 42 atoms in block 173
Block first atom: 4603
Blocpdb> 42 atoms in block 174
Block first atom: 4645
Blocpdb> 40 atoms in block 175
Block first atom: 4687
Blocpdb> 39 atoms in block 176
Block first atom: 4727
Blocpdb> 40 atoms in block 177
Block first atom: 4766
Blocpdb> 44 atoms in block 178
Block first atom: 4806
Blocpdb> 22 atoms in block 179
Block first atom: 4849
Blocpdb> 179 blocks.
Blocpdb> At most, 44 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 10 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1675750 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 14613
Prepmat> Matrix trace = 3659300.0000
Prepmat> Last element read: 14613 14613 68.2775
Prepmat> 16111 lines saved.
Prepmat> 14688 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4871
RTB> Total mass = 4871.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4871
RTB> Number of blocks = 179
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 198617.9021
RTB> 48507 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1074
Diagstd> Nb of non-zero elements: 48507
Diagstd> Projected matrix trace = 198617.9021
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1074 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 198617.9021
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0024264 0.0035003 0.0077981 0.0132502
0.0709662 0.0760755 0.1059042 0.1217314 0.1703210
0.2066266 0.2648450 0.3411336 0.4152998 0.4489823
0.4988730 0.7007151 0.8559470 1.0790747 1.1697647
1.3705035 1.6776072 1.7482188 2.0774762 2.2276041
2.3366408 2.5958975 2.8335564 3.3932092 3.9777583
4.2106792 4.5148653 4.6076330 5.2116352 5.6408514
5.7907369 6.1525935 6.2407854 6.6028402 6.7884188
7.2621673 7.5691225 7.6276409 8.3030994 8.7221877
8.8629376 9.0243626 9.7769693 9.7939579 10.3849712
10.6697308 11.1138038 11.4121297 11.7461368 12.1239182
12.4240898 12.9067265 13.7587180 14.4314582 14.7064850
14.8947594 15.1718667 15.5089002 15.8772347 16.3859591
16.6724594 16.7423968 16.8210134 16.9988695 17.3550737
17.6584491 17.8135747 18.0821429 18.3194026 18.3914433
19.0112231 19.0992893 19.6017843 19.7084254 20.0610615
20.3747428 20.8134970 20.8632176 21.1286611 21.4776157
21.8139632 22.1462119 22.5183117 22.8179118 22.9052425
23.0968425 23.1751927 23.2531151 23.4860752 24.0093626
24.2439318 24.7455073 24.8164162 24.9021584 25.4058949
25.6504385
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034320 0.0034321 0.0034331 0.0034334 0.0034337
0.0034338 5.3490133 6.4245950 9.5893440 12.4998757
28.9281709 29.9514375 35.3388143 37.8875588 44.8156162
49.3615061 55.8844752 63.4245651 69.9803564 72.7628854
76.6991037 90.9004439 100.4659106 112.8031019 117.4477038
127.1262852 140.6502197 143.5797436 156.5176467 162.0743480
165.9935684 174.9601133 182.7936950 200.0325167 216.5780682
222.8288173 230.7372311 233.0956769 247.9032871 257.9096594
261.3137105 269.3545964 271.2782061 279.0362799 282.9303879
292.6364411 298.7569700 299.9096212 312.9070862 320.7066720
323.2839374 326.2147153 339.5450524 339.8399235 349.9434977
354.7088392 362.0150637 366.8416424 372.1712384 378.1087943
382.7609043 390.1245975 402.7951794 412.5251093 416.4373960
419.0945626 422.9750878 427.6473458 432.6958324 439.5732070
443.3994143 444.3284236 445.3704093 447.7187686 452.3853279
456.3221597 458.3221220 461.7641672 464.7837479 465.6967274
473.4785506 474.5739373 480.7763360 482.0823642 486.3761099
490.1639280 495.4134667 496.0048512 499.1502221 503.2552497
507.1805245 511.0283639 515.3036197 518.7202820 519.7119791
521.8811214 522.7655468 523.6436620 526.2601731 532.0906107
534.6835301 540.1861699 540.9595756 541.8932930 547.3467311
549.9746566
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4871
Rtb_to_modes> Number of blocs = 179
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9888E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9894E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9947E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9966E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.4264E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.5003E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.7981E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.3250E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.0966E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.6075E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1059
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1217
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1703
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2066
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2648
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3411
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4153
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4490
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4989
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7007
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8559
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.079
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.170
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.371
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.678
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.748
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.077
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.228
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.337
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.596
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.834
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.393
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.978
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.211
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.515
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.608
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.212
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.641
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.791
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.153
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.241
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.603
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.788
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.262
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.569
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.628
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.303
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.722
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.863
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.024
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.777
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.794
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.65
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1074 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99998 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000
1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 1.00002
1.00000 1.00001 0.99998 1.00001 0.99998
0.99999 1.00002 1.00001 0.99997 0.99998
1.00002 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000
1.00002 0.99998 1.00000 0.99999 1.00001
1.00002 0.99998 1.00000 0.99996 1.00002
0.99997 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002
0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001
0.99997 0.99998 0.99999 1.00000 0.99998
1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 1.00000
1.00003 1.00002 0.99999 1.00001 1.00001
1.00004 1.00001 0.99999 1.00001 1.00003
0.99999 1.00001 1.00002 1.00005 1.00002
1.00000 0.99998 1.00001 0.99997 0.99998
1.00002 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002
1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99994 0.99999 1.00000 1.00005
1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00003 0.99997 0.99999 1.00001
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 87678 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99998 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000
1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 1.00002
1.00000 1.00001 0.99998 1.00001 0.99998
0.99999 1.00002 1.00001 0.99997 0.99998
1.00002 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000
1.00002 0.99998 1.00000 0.99999 1.00001
1.00002 0.99998 1.00000 0.99996 1.00002
0.99997 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002
0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001
0.99997 0.99998 0.99999 1.00000 0.99998
1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 1.00000
1.00003 1.00002 0.99999 1.00001 1.00001
1.00004 1.00001 0.99999 1.00001 1.00003
0.99999 1.00001 1.00002 1.00005 1.00002
1.00000 0.99998 1.00001 0.99997 0.99998
1.00002 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002
1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99994 0.99999 1.00000 1.00005
1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00003 0.99997 0.99999 1.00001
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2601191052443081849.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2601191052443081849.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2601191052443081849.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2601191052443081849.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 355
First residue number = 1
Last residue number = 81
Number of atoms found = 4871
Mean number per residue = 13.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9888E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9894E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9947E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9966E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.4264E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.5003E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.7981E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.3250E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.0966E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.6075E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1059
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1217
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1703
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2066
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2648
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3411
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4153
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4490
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4989
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7007
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8559
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.079
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.170
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.371
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.678
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.748
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.077
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.228
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.337
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.596
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.834
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.393
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.978
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.211
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.515
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.608
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.212
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.641
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.791
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.153
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.241
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.603
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.788
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.262
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.569
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.628
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.303
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.722
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.863
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.024
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.777
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.794
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.65
Bfactors> 106 vectors, 14613 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.002426
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.672 for 193 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.585 +/- 0.35
Bfactors> = 87.716 +/- 8.99
Bfactors> Shiftng-fct= 87.131
Bfactors> Scaling-fct= 25.893
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2601191052443081849.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2601191052443081849.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.349
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.424
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 9.589
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 29.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 35.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 37.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 44.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 55.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 63.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 72.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 76.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 117.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 143.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 156.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 162.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 182.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 216.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 233.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 247.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 261.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 269.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 299.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 323.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 326.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 349.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 354.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 366.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 378.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 382.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 412.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 416.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 419.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 422.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 432.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 445.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 447.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 465.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 474.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 480.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 486.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 507.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 511.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 515.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 518.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 523.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 532.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 534.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 540.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 549.9
Chkmod> 106 vectors, 14613 coordinates in file.
Chkmod> That is: 4871 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.5633
0.0034 0.8815
0.0034 0.7808
0.0034 0.7174
0.0034 0.8151
0.0034 0.6391
5.3488 0.2556
6.4244 0.3917
9.5889 0.5253
12.4993 0.6654
28.9269 0.5110
29.9501 0.4248
35.3366 0.4108
37.8810 0.3654
44.8109 0.2116
49.3562 0.2032
55.8773 0.5213
63.4187 0.4872
69.9774 0.4866
72.7612 0.4488
76.6979 0.1945
90.8956 0.4690
100.4588 0.3800
112.7944 0.3340
117.4545 0.3680
127.1439 0.4235
140.6606 0.5331
143.5646 0.3310
156.4930 0.6253
162.0818 0.5694
165.9992 0.2145
174.9561 0.4503
182.8002 0.5819
200.0178 0.3865
216.5754 0.4994
222.8277 0.5834
230.7308 0.3927
233.0950 0.5873
247.9013 0.4106
257.9020 0.4516
261.3084 0.4679
269.3519 0.6491
271.2712 0.5447
279.0277 0.5172
282.9095 0.4909
292.6205 0.6173
298.7417 0.6012
299.9038 0.5919
312.8918 0.2187
320.6895 0.1637
323.2712 0.3466
326.1942 0.4459
339.5310 0.5900
339.8261 0.5521
349.8447 0.5965
354.6981 0.5126
361.9376 0.6090
366.7917 0.4130
372.2165 0.5763
378.0315 0.5771
382.6815 0.4397
390.1573 0.5107
402.7967 0.5171
412.4866 0.3496
416.4693 0.3729
419.0096 0.2497
422.9309 0.4382
427.6442 0.4130
432.7149 0.2490
439.6085 0.3062
443.3477 0.3065
444.2775 0.4596
445.3379 0.2480
447.7144 0.1862
452.4301 0.5405
456.3226 0.2392
458.2565 0.4388
461.7170 0.2132
464.7714 0.3075
465.6585 0.1844
473.4430 0.2022
474.5624 0.1311
480.7338 0.3214
482.0809 0.2427
486.3424 0.2878
490.0858 0.4590
495.3506 0.3849
495.9453 0.3344
499.1446 0.3314
503.2616 0.2970
507.1127 0.4091
511.0501 0.0909
515.3008 0.5316
518.7217 0.3970
519.7436 0.0997
521.8944 0.3305
522.7973 0.2836
523.5861 0.2059
526.2815 0.4497
532.0748 0.3664
534.6172 0.3777
540.2120 0.2677
540.9754 0.3545
541.8465 0.2594
547.3675 0.3641
549.9463 0.2347
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2601191052443081849 7 -300 300 60 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-300
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-240
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-180
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-120
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=120
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=180
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=240
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=300
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
making animated gifs
11 models are in 2601191052443081849.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601191052443081849.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601191052443081849.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2601191052443081849 8 -300 300 60 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-300
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-240
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-180
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-120
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=120
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=180
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=240
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=300
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
making animated gifs
11 models are in 2601191052443081849.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601191052443081849.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601191052443081849.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2601191052443081849 9 -300 300 60 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-300
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-240
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-180
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-120
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=120
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=180
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=240
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=300
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
making animated gifs
11 models are in 2601191052443081849.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601191052443081849.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601191052443081849.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2601191052443081849 10 -300 300 60 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-300
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-240
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-180
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-120
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=120
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=180
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=240
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=300
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
making animated gifs
11 models are in 2601191052443081849.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601191052443081849.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601191052443081849.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2601191052443081849 11 -300 300 60 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-300
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-240
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-180
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-120
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=120
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=180
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=240
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
calculating perturbed structure for DQ=300
2601191052443081849.eigenfacs
2601191052443081849.atom
making animated gifs
11 models are in 2601191052443081849.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601191052443081849.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601191052443081849.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2601191052443081849.10.pdb
2601191052443081849.11.pdb
2601191052443081849.7.pdb
2601191052443081849.8.pdb
2601191052443081849.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m22.246s
user 0m21.963s
sys 0m0.269s
rm: cannot remove '2601191052443081849.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: december 26th, 2025.
|
