*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2601261559164173851.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2601261559164173851.atom to be opened.
Openam> File opened: 2601261559164173851.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 46
First residue number = 1
Last residue number = 46
Number of atoms found = 1457
Mean number per residue = 31.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 21.488314 +/- 12.852604 From: -3.120000 To: 47.736000
= -0.160737 +/- 13.408092 From: -26.806000 To: 35.693000
= -92.840099 +/- 13.426016 From: -119.772000 To: -50.077000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'DA5 ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 46 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.3736 % Filled.
Pdbmat> 417899 non-zero elements.
Pdbmat> 45468 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 62.41 +/- 20.37
Maximum number = 146
Minimum number = 17
Pdbmat> Matrix trace = 909360.
Pdbmat> Larger element = 630.439
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
46 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2601261559164173851.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2601261559164173851.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2601261559164173851.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1457 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 46 residues.
Blocpdb> 30 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 33 atoms in block 2
Block first atom: 31
Blocpdb> 33 atoms in block 3
Block first atom: 64
Blocpdb> 32 atoms in block 4
Block first atom: 97
Blocpdb> 30 atoms in block 5
Block first atom: 129
Blocpdb> 32 atoms in block 6
Block first atom: 159
Blocpdb> 33 atoms in block 7
Block first atom: 191
Blocpdb> 32 atoms in block 8
Block first atom: 224
Blocpdb> 32 atoms in block 9
Block first atom: 256
Blocpdb> 33 atoms in block 10
Block first atom: 288
Blocpdb> 33 atoms in block 11
Block first atom: 321
Blocpdb> 30 atoms in block 12
Block first atom: 354
Blocpdb> 30 atoms in block 13
Block first atom: 384
Blocpdb> 32 atoms in block 14
Block first atom: 414
Blocpdb> 30 atoms in block 15
Block first atom: 446
Blocpdb> 32 atoms in block 16
Block first atom: 476
Blocpdb> 32 atoms in block 17
Block first atom: 508
Blocpdb> 32 atoms in block 18
Block first atom: 540
Blocpdb> 32 atoms in block 19
Block first atom: 572
Blocpdb> 33 atoms in block 20
Block first atom: 604
Blocpdb> 32 atoms in block 21
Block first atom: 637
Blocpdb> 30 atoms in block 22
Block first atom: 669
Blocpdb> 32 atoms in block 23
Block first atom: 699
Blocpdb> 30 atoms in block 24
Block first atom: 731
Blocpdb> 32 atoms in block 25
Block first atom: 761
Blocpdb> 30 atoms in block 26
Block first atom: 793
Blocpdb> 30 atoms in block 27
Block first atom: 823
Blocpdb> 32 atoms in block 28
Block first atom: 853
Blocpdb> 32 atoms in block 29
Block first atom: 885
Blocpdb> 32 atoms in block 30
Block first atom: 917
Blocpdb> 32 atoms in block 31
Block first atom: 949
Blocpdb> 32 atoms in block 32
Block first atom: 981
Blocpdb> 32 atoms in block 33
Block first atom: 1013
Blocpdb> 32 atoms in block 34
Block first atom: 1045
Blocpdb> 32 atoms in block 35
Block first atom: 1077
Blocpdb> 32 atoms in block 36
Block first atom: 1109
Blocpdb> 32 atoms in block 37
Block first atom: 1141
Blocpdb> 32 atoms in block 38
Block first atom: 1173
Blocpdb> 32 atoms in block 39
Block first atom: 1205
Blocpdb> 32 atoms in block 40
Block first atom: 1237
Blocpdb> 32 atoms in block 41
Block first atom: 1269
Blocpdb> 32 atoms in block 42
Block first atom: 1301
Blocpdb> 32 atoms in block 43
Block first atom: 1333
Blocpdb> 30 atoms in block 44
Block first atom: 1365
Blocpdb> 30 atoms in block 45
Block first atom: 1395
Blocpdb> 33 atoms in block 46
Block first atom: 1424
Blocpdb> 46 blocks.
Blocpdb> At most, 33 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 30 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 417945 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 4371
Prepmat> Matrix trace = 909360.0000
Prepmat> Last element read: 4371 4371 190.4837
Prepmat> 1082 lines saved.
Prepmat> 924 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1457
RTB> Total mass = 1457.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1457
RTB> Number of blocks = 46
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 32066.5819
RTB> 4962 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 276
Diagstd> Nb of non-zero elements: 4962
Diagstd> Projected matrix trace = 32066.5819
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 276 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 32066.5819
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0063185 0.0137190 0.0233401 0.0262196
0.0404097 0.0501909 0.0562723 0.0757212 0.0984744
0.1417417 0.1732642 0.2135752 0.2358120 0.2978641
0.3588035 0.4782778 0.5034080 0.5651043 0.6530781
0.7993469 0.8371913 0.9659688 1.0399141 1.1054479
1.1477447 1.4410895 1.5977029 1.6871474 1.8404431
2.3037978 2.3887598 2.5208420 2.6886226 2.8236859
3.1724156 3.2484135 3.4616600 3.5420578 3.8698863
4.3213326 4.4546369 5.0304638 5.2400186 5.6231853
5.9004656 6.2809210 7.0224685 7.0549843 7.6163296
7.7879705 8.7760539 8.9064253 9.0530547 9.7992635
9.8522610 10.3207082 10.5030022 11.0400953 11.5793939
11.9490240 12.1300856 12.4689358 13.1011010 13.6104283
13.8967998 14.8490549 15.5217559 16.8345855 17.1775897
17.3965798 18.1802346 18.3863974 18.5620422 19.8090224
21.2080141 21.3948378 22.9256795 22.9554766 23.6793497
23.9625751 25.3430322 25.8852053 26.3734991 26.7573884
27.3740791 28.1212869 28.5114153 29.5736395 30.9867836
32.0446476 32.6569874 33.2165642 33.8624698 36.2411685
36.9894877 37.7147139 38.6364145 39.6316675 41.6038594
42.7626983
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034338 0.0034339 0.0034339 0.0034340 0.0034340
0.0034343 8.6317916 12.7191247 16.5899961 17.5836197
21.8292186 24.3280751 25.7598059 29.8816052 34.0766578
40.8831222 45.2011684 50.1846280 52.7324800 59.2658320
65.0464527 75.0992173 77.0469277 81.6318411 87.7562038
97.0874142 99.3590993 106.7276192 110.7373220 114.1732667
116.3370170 130.3589193 137.2597793 141.0495783 147.3182235
164.8228655 167.8346105 172.4122396 178.0574718 182.4750428
193.4150749 195.7180749 202.0400580 204.3728029 213.6212148
225.7377169 229.1930453 243.5562579 248.5774309 257.5054809
263.7779094 272.1491261 287.7664631 288.4319106 299.6871663
303.0452140 321.6954521 324.0760930 326.7328889 339.9319597
340.8499503 348.8590794 351.9265301 360.8125969 369.5202077
375.3716733 378.2049546 383.4510883 393.0512457 400.6186626
404.8113506 418.4510737 427.8245524 445.5500471 450.0661940
452.9259640 463.0149585 465.6328396 467.8516415 483.3111357
500.0866742 502.2845033 519.9437812 520.2815641 528.4211182
531.5719107 546.6691525 552.4857580 557.6724079 561.7164488
568.1526537 575.8546474 579.8353223 590.5377537 604.4822178
614.7138952 620.5593726 625.8534272 631.9090796 653.7269306
660.4416267 666.8846009 674.9843270 683.6226647 700.4257282
710.1136006
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1457
Rtb_to_modes> Number of blocs = 46
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.3185E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.3719E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.3340E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.6220E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.0410E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.0191E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.6272E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.5721E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.8474E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1417
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1733
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2136
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2358
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2979
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3588
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4783
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5034
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5651
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6531
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7993
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8372
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9660
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.040
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.105
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.148
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.441
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.598
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.687
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.840
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.304
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.389
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.521
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.689
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.824
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.172
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.248
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.462
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.542
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.870
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.321
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.455
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.030
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.240
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.623
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.900
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.281
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.022
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.055
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.616
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.788
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.776
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.906
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.053
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.799
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.852
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.76
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 276 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00002 0.99998 1.00005 1.00000
0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001
1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000
1.00004 1.00003 1.00000 1.00002 1.00000
1.00002 1.00001 1.00002 0.99999 0.99998
1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00005
0.99999 1.00000 1.00002 0.99998 0.99999
0.99998 1.00002 1.00000 0.99996 0.99997
0.99999 0.99995 1.00002 1.00000 1.00001
0.99998 0.99997 1.00002 1.00002 1.00003
0.99999 1.00001 1.00003 0.99998 0.99999
0.99999 1.00004 0.99999 0.99999 0.99995
1.00006 1.00003 1.00001 1.00001 0.99999
0.99997 0.99997 0.99999 1.00001 1.00002
1.00001 1.00001 1.00003 1.00004 1.00001
1.00003 0.99994 1.00001 1.00000 1.00000
1.00003 0.99997 0.99999 1.00003 0.99998
1.00000 0.99999 0.99999 1.00003 1.00001
0.99998 0.99997 0.99998 0.99996 0.99999
1.00001 1.00001 0.99997 1.00001 1.00002
1.00000 0.99998 1.00000 0.99997 0.99999
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 26226 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00002 0.99998 1.00005 1.00000
0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001
1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000
1.00004 1.00003 1.00000 1.00002 1.00000
1.00002 1.00001 1.00002 0.99999 0.99998
1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00005
0.99999 1.00000 1.00002 0.99998 0.99999
0.99998 1.00002 1.00000 0.99996 0.99997
0.99999 0.99995 1.00002 1.00000 1.00001
0.99998 0.99997 1.00002 1.00002 1.00003
0.99999 1.00001 1.00003 0.99998 0.99999
0.99999 1.00004 0.99999 0.99999 0.99995
1.00006 1.00003 1.00001 1.00001 0.99999
0.99997 0.99997 0.99999 1.00001 1.00002
1.00001 1.00001 1.00003 1.00004 1.00001
1.00003 0.99994 1.00001 1.00000 1.00000
1.00003 0.99997 0.99999 1.00003 0.99998
1.00000 0.99999 0.99999 1.00003 1.00001
0.99998 0.99997 0.99998 0.99996 0.99999
1.00001 1.00001 0.99997 1.00001 1.00002
1.00000 0.99998 1.00000 0.99997 0.99999
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2601261559164173851.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2601261559164173851.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2601261559164173851.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2601261559164173851.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 46
First residue number = 1
Last residue number = 46
Number of atoms found = 1457
Mean number per residue = 31.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.3185E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.3719E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.3340E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.6220E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.0410E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.0191E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.6272E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.5721E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.8474E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1417
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1733
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2136
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2358
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2979
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3588
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4783
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5034
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5651
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6531
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7993
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8372
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9660
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.040
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.105
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.148
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.441
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.598
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.687
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.840
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.304
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.389
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.521
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.689
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.824
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.172
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.248
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.462
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.542
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.870
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.321
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.455
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.030
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.240
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.623
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.900
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.281
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.022
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.055
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.616
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.788
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.776
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.906
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.053
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.799
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.852
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.76
Bfactors> 106 vectors, 4371 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.006319
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> 0 negative values found in the B-factors column of pdb file.
%Bfactors-Wn> So, only mass-weighted predicted B-factors will be saved.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2601261559164173851.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2601261559164173851.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
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Chkmod> 106 vectors, 4371 coordinates in file.
Chkmod> That is: 1457 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 42 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 60 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 61 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 77 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 94 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8879
0.0034 0.7405
0.0034 0.8948
0.0034 0.9332
0.0034 0.6930
0.0034 0.7388
8.6314 0.6359
12.7186 0.6790
16.5893 0.5872
17.5830 0.6712
21.8284 0.3376
24.3271 0.3003
25.7586 0.4577
29.8803 0.6988
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40.8754 0.2000
45.2039 0.3722
50.1854 0.2682
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114.1452 0.4571
116.3450 0.5856
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137.2666 0.4591
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303.0328 0.3992
321.6807 0.3849
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2601261559164173851 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
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making animated gif 300x300
11 models are in 2601261559164173851.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601261559164173851.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2601261559164173851 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601261559164173851.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601261559164173851.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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11 models are in 2601261559164173851.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
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normal mode computation
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2601261559164173851.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 11 will be plotted
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making small animated gif 100x100
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getting mode 11
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MODEL 5 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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2601261559164173851.11.pdb
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m1.660s
user 0m1.613s
sys 0m0.047s
rm: cannot remove '2601261559164173851.sdijf': No such file or directory
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