*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260128021931177264.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260128021931177264.atom to be opened.
Openam> File opened: 260128021931177264.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 13
First residue number = 1
Last residue number = 13
Number of atoms found = 137
Mean number per residue = 10.5
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 30.671584 +/- 4.156088 From: 19.492000 To: 40.563000
= 30.870752 +/- 3.976159 From: 22.897000 To: 38.983000
= 30.692124 +/- 3.006375 From: 24.356000 To: 39.154000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 44.9307 % Filled.
Pdbmat> 38041 non-zero elements.
Pdbmat> 4136 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 60.38 +/- 19.99
Maximum number = 105
Minimum number = 19
Pdbmat> Matrix trace = 82720.0
Pdbmat> Larger element = 415.100
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
13 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260128021931177264.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260128021931177264.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260128021931177264.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 137 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 13 residues.
Blocpdb> 15 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 9 atoms in block 2
Block first atom: 16
Blocpdb> 12 atoms in block 3
Block first atom: 25
Blocpdb> 6 atoms in block 4
Block first atom: 37
Blocpdb> 9 atoms in block 5
Block first atom: 43
Blocpdb> 7 atoms in block 6
Block first atom: 52
Blocpdb> 14 atoms in block 7
Block first atom: 59
Blocpdb> 5 atoms in block 8
Block first atom: 73
Blocpdb> 8 atoms in block 9
Block first atom: 78
Blocpdb> 11 atoms in block 10
Block first atom: 86
Blocpdb> 17 atoms in block 11
Block first atom: 97
Blocpdb> 12 atoms in block 12
Block first atom: 114
Blocpdb> 12 atoms in block 13
Block first atom: 125
Blocpdb> 13 blocks.
Blocpdb> At most, 17 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
%Diagrtb-Wn> 78 eigenvectors, only, can be determined.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 38054 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 411
Prepmat> Matrix trace = 82720.0000
Prepmat> Last element read: 411 411 111.0411
Prepmat> 92 lines saved.
Prepmat> 7 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 137
RTB> Total mass = 137.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 137
RTB> Number of blocks = 13
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 13963.2207
RTB> 2829 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 78
Diagstd> Nb of non-zero elements: 2829
Diagstd> Projected matrix trace = 13963.2207
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 78 eigenvectors are computed.
Diagstd> 78 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 13963.2207
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 13.9305553 22.0767569 30.2488979 32.3539573
37.5895156 42.6076573 55.1649669 61.1224777 67.9240926
75.0521320 84.3153279 86.2647021 90.1284053 93.9879056
94.4282067 97.0782391 109.9148640 111.0471902 114.0699041
119.0141345 124.8305537 134.2942699 138.4497163 146.9159541
150.8058019 154.6442300 160.1679532 166.8077287 170.0109999
171.4742351 174.2338031 174.8738105 178.3001450 183.2412768
186.9460952 191.6818748 196.8408886 199.4471920 206.5585189
208.8538907 211.8335627 213.4357683 214.0069189 216.3343536
219.1210095 222.1610323 224.8582567 231.7157475 233.2360799
239.3707983 244.9161079 246.6083773 249.0014774 250.2212834
258.5315487 262.6132868 266.6973621 272.0608073 278.9089120
287.6766508 299.3530424 306.4032313 309.1150958 310.5545230
316.8210047 333.5054703 360.0867813 364.5954675 387.8397326
398.0294372 427.2038559 448.7048553
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034322 0.0034337 0.0034338 0.0034339 0.0034340
0.0034341 405.3026974 510.2263900 597.2416108 617.6735212
665.7767805 708.8251332 806.5419507 848.9766692 894.9673733
940.7555672 997.1225704 1008.5834643 1030.9227503 1052.7645835
1055.2276226 1069.9321196 1138.4749879 1144.3241601 1159.7938952
1184.6622556 1213.2651658 1258.4153917 1277.7365418 1316.2238630
1333.5346520 1350.3991022 1374.3048942 1402.5015977 1415.9039426
1421.9840248 1433.3804885 1436.0106704 1450.0104378 1469.9647991
1484.7504976 1503.4389743 1523.5367648 1533.5899131 1560.6906757
1569.3382688 1580.4933232 1586.4591034 1588.5803547 1597.1953069
1607.4493236 1618.5615629 1628.3572793 1653.0007670 1658.4147319
1680.0834910 1699.4326386 1705.2937212 1713.5478730 1717.7399010
1746.0314182 1759.7607540 1773.3915726 1791.1347985 1813.5372318
1841.8217074 1878.8284095 1900.8241927 1909.2174169 1913.6574905
1932.8683011 1983.1098022 2060.6245502 2073.4850716 2138.5599518
2166.4709827 2244.4651281 2300.2533121
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 137
Rtb_to_modes> Number of blocs = 13
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9895E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9983E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 146.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 150.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 154.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 160.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 166.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 170.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 171.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 174.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 174.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 178.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 183.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 186.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 191.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 196.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 199.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 206.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 208.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 211.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 213.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 214.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 216.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 219.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 222.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 224.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 231.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 233.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 239.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 244.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 246.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 249.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 250.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 258.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 262.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 266.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 272.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 278.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 287.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 299.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 306.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 309.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 310.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 316.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 333.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 360.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 364.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 387.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 398.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 427.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 448.7
Rtb_to_modes> 78 vectors, with 78 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00005 1.00001 1.00002 1.00003 0.99998
0.99996 1.00000 1.00001 0.99994 1.00000
0.99999 1.00003 0.99998 1.00006 0.99997
0.99998 0.99999 1.00003 0.99999 1.00002
0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 0.99999
1.00000 0.99996 1.00003 0.99996 0.99999
1.00001 1.00003 1.00004 0.99994 1.00004
1.00000 1.00005 1.00002 1.00000 1.00001
1.00002 1.00001 0.99999 1.00001 0.99998
0.99998 1.00000 0.99999 1.00004 1.00008
1.00000 1.00002 0.99999 1.00003 1.00001
1.00003 1.00004 0.99999 1.00003 0.99998
1.00004 1.00007 1.00000 0.99999 0.99999
0.99998 0.99999 0.99996 1.00002 0.99997
1.00001 1.00002 0.99999 0.99996 0.99999
1.00000 1.00000 1.00003
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 2466 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00005 1.00001 1.00002 1.00003 0.99998
0.99996 1.00000 1.00001 0.99994 1.00000
0.99999 1.00003 0.99998 1.00006 0.99997
0.99998 0.99999 1.00003 0.99999 1.00002
0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 0.99999
1.00000 0.99996 1.00003 0.99996 0.99999
1.00001 1.00003 1.00004 0.99994 1.00004
1.00000 1.00005 1.00002 1.00000 1.00001
1.00002 1.00001 0.99999 1.00001 0.99998
0.99998 1.00000 0.99999 1.00004 1.00008
1.00000 1.00002 0.99999 1.00003 1.00001
1.00003 1.00004 0.99999 1.00003 0.99998
1.00004 1.00007 1.00000 0.99999 0.99999
0.99998 0.99999 0.99996 1.00002 0.99997
1.00001 1.00002 0.99999 0.99996 0.99999
1.00000 1.00000 1.00003
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 78 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260128021931177264.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260128021931177264.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260128021931177264.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260128021931177264.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 13
First residue number = 1
Last residue number = 13
Number of atoms found = 137
Mean number per residue = 10.5
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9895E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9983E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 146.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 150.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 154.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 160.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 166.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 170.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 171.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 174.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 174.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 178.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 183.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 186.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 191.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 196.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 199.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 206.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 208.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 211.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 213.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 214.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 216.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 219.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 222.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 224.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 231.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 233.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 239.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 244.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 246.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 249.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 250.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 258.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 262.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 266.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 272.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 278.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 287.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 299.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 306.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 309.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 310.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 316.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 333.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 360.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 364.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 387.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 398.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 427.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 448.7
Bfactors> 78 vectors, 411 coordinates in file.
%Bfactors-Wn> All vectors required were not found in vector file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 13.930000
Bfactors> 72 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.039 +/- 0.01
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.039
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260128021931177264.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260128021931177264.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 510.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 597.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 708.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 848.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 894.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 940.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 997.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1009.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1031.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1053.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1055.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1070.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1138.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1144.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1160.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1185.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1213.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1258.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1277.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1316.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1333.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1350.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1374.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1402.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1416.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1422.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1433.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1436.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1450.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1470.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1485.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1503.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1523.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1533.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1561.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1569.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1580.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1586.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1588.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1597.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1607.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1619.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1628.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1653.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1658.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1680.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1699.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1705.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1713.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1718.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1746.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1760.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1773.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1791.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1813.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1842.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1879.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1901.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1909.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1914.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1933.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1983.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2061.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2073.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2138.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2166.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2244.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2300.
Chkmod> 78 vectors, 411 coordinates in file.
Chkmod> That is: 137 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 1 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 4 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 21 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 27 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 29 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 33 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 34 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 38 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 50 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 54 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 57 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 61 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 62 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7781
0.0034 0.9801
0.0034 0.8985
0.0034 0.6985
0.0034 0.9026
0.0034 0.7747
405.2772 0.2653
510.2420 0.1911
597.2269 0.5247
617.6092 0.4087
665.7525 0.3260
708.8142 0.4853
806.4710 0.4050
848.9230 0.4801
894.9020 0.5105
940.7018 0.4580
997.1074 0.6197
1008.5127 0.4128
1030.8876 0.3970
1052.7311 0.3441
1055.1923 0.2825
1069.8959 0.4784
1138.3491 0.3357
1144.0319 0.5625
1159.8971 0.3871
1184.5411 0.6261
1213.0646 0.6970
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.074s
user 0m0.065s
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rm: cannot remove '260128021931177264.sdijf': No such file or directory
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