*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260129101346375758.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260129101346375758.atom to be opened.
Openam> File opened: 260129101346375758.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 234
First residue number = 21
Last residue number = 254
Number of atoms found = 1764
Mean number per residue = 7.5
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 2.326014 +/- 12.451485 From: -25.006000 To: 26.142000
= -1.910559 +/- 8.414506 From: -20.040000 To: 16.593000
= 3.553120 +/- 8.489809 From: -20.119000 To: 22.205000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.8264 % Filled.
Pdbmat> 675952 non-zero elements.
Pdbmat> 73942 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.83 +/- 24.00
Maximum number = 134
Minimum number = 16
Pdbmat> Matrix trace = 1.478840E+06
Pdbmat> Larger element = 500.150
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
234 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260129101346375758.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260129101346375758.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260129101346375758.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1764 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 234 residues.
Blocpdb> 17 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 16 atoms in block 2
Block first atom: 18
Blocpdb> 10 atoms in block 3
Block first atom: 34
Blocpdb> 14 atoms in block 4
Block first atom: 44
Blocpdb> 16 atoms in block 5
Block first atom: 58
Blocpdb> 16 atoms in block 6
Block first atom: 74
Blocpdb> 10 atoms in block 7
Block first atom: 90
Blocpdb> 13 atoms in block 8
Block first atom: 100
Blocpdb> 16 atoms in block 9
Block first atom: 113
Blocpdb> 12 atoms in block 10
Block first atom: 129
Blocpdb> 14 atoms in block 11
Block first atom: 141
Blocpdb> 10 atoms in block 12
Block first atom: 155
Blocpdb> 19 atoms in block 13
Block first atom: 165
Blocpdb> 18 atoms in block 14
Block first atom: 184
Blocpdb> 19 atoms in block 15
Block first atom: 202
Blocpdb> 20 atoms in block 16
Block first atom: 221
Blocpdb> 24 atoms in block 17
Block first atom: 241
Blocpdb> 18 atoms in block 18
Block first atom: 265
Blocpdb> 14 atoms in block 19
Block first atom: 283
Blocpdb> 11 atoms in block 20
Block first atom: 297
Blocpdb> 13 atoms in block 21
Block first atom: 308
Blocpdb> 17 atoms in block 22
Block first atom: 321
Blocpdb> 22 atoms in block 23
Block first atom: 338
Blocpdb> 18 atoms in block 24
Block first atom: 360
Blocpdb> 20 atoms in block 25
Block first atom: 378
Blocpdb> 11 atoms in block 26
Block first atom: 398
Blocpdb> 15 atoms in block 27
Block first atom: 409
Blocpdb> 15 atoms in block 28
Block first atom: 424
Blocpdb> 21 atoms in block 29
Block first atom: 439
Blocpdb> 17 atoms in block 30
Block first atom: 460
Blocpdb> 20 atoms in block 31
Block first atom: 477
Blocpdb> 13 atoms in block 32
Block first atom: 497
Blocpdb> 18 atoms in block 33
Block first atom: 510
Blocpdb> 15 atoms in block 34
Block first atom: 528
Blocpdb> 12 atoms in block 35
Block first atom: 543
Blocpdb> 17 atoms in block 36
Block first atom: 555
Blocpdb> 13 atoms in block 37
Block first atom: 572
Blocpdb> 13 atoms in block 38
Block first atom: 585
Blocpdb> 17 atoms in block 39
Block first atom: 598
Blocpdb> 17 atoms in block 40
Block first atom: 615
Blocpdb> 14 atoms in block 41
Block first atom: 632
Blocpdb> 14 atoms in block 42
Block first atom: 646
Blocpdb> 17 atoms in block 43
Block first atom: 660
Blocpdb> 17 atoms in block 44
Block first atom: 677
Blocpdb> 12 atoms in block 45
Block first atom: 694
Blocpdb> 19 atoms in block 46
Block first atom: 706
Blocpdb> 18 atoms in block 47
Block first atom: 725
Blocpdb> 16 atoms in block 48
Block first atom: 743
Blocpdb> 20 atoms in block 49
Block first atom: 759
Blocpdb> 13 atoms in block 50
Block first atom: 779
Blocpdb> 18 atoms in block 51
Block first atom: 792
Blocpdb> 26 atoms in block 52
Block first atom: 810
Blocpdb> 13 atoms in block 53
Block first atom: 836
Blocpdb> 11 atoms in block 54
Block first atom: 849
Blocpdb> 14 atoms in block 55
Block first atom: 860
Blocpdb> 14 atoms in block 56
Block first atom: 874
Blocpdb> 12 atoms in block 57
Block first atom: 888
Blocpdb> 8 atoms in block 58
Block first atom: 900
Blocpdb> 8 atoms in block 59
Block first atom: 908
Blocpdb> 10 atoms in block 60
Block first atom: 916
Blocpdb> 8 atoms in block 61
Block first atom: 926
Blocpdb> 10 atoms in block 62
Block first atom: 934
Blocpdb> 8 atoms in block 63
Block first atom: 944
Blocpdb> 8 atoms in block 64
Block first atom: 952
Blocpdb> 14 atoms in block 65
Block first atom: 960
Blocpdb> 17 atoms in block 66
Block first atom: 974
Blocpdb> 15 atoms in block 67
Block first atom: 991
Blocpdb> 15 atoms in block 68
Block first atom: 1006
Blocpdb> 13 atoms in block 69
Block first atom: 1021
Blocpdb> 14 atoms in block 70
Block first atom: 1034
Blocpdb> 11 atoms in block 71
Block first atom: 1048
Blocpdb> 13 atoms in block 72
Block first atom: 1059
Blocpdb> 12 atoms in block 73
Block first atom: 1072
Blocpdb> 18 atoms in block 74
Block first atom: 1084
Blocpdb> 15 atoms in block 75
Block first atom: 1102
Blocpdb> 13 atoms in block 76
Block first atom: 1117
Blocpdb> 14 atoms in block 77
Block first atom: 1130
Blocpdb> 15 atoms in block 78
Block first atom: 1144
Blocpdb> 15 atoms in block 79
Block first atom: 1159
Blocpdb> 12 atoms in block 80
Block first atom: 1174
Blocpdb> 15 atoms in block 81
Block first atom: 1186
Blocpdb> 19 atoms in block 82
Block first atom: 1201
Blocpdb> 21 atoms in block 83
Block first atom: 1220
Blocpdb> 18 atoms in block 84
Block first atom: 1241
Blocpdb> 11 atoms in block 85
Block first atom: 1259
Blocpdb> 14 atoms in block 86
Block first atom: 1270
Blocpdb> 16 atoms in block 87
Block first atom: 1284
Blocpdb> 14 atoms in block 88
Block first atom: 1300
Blocpdb> 14 atoms in block 89
Block first atom: 1314
Blocpdb> 11 atoms in block 90
Block first atom: 1328
Blocpdb> 18 atoms in block 91
Block first atom: 1339
Blocpdb> 23 atoms in block 92
Block first atom: 1357
Blocpdb> 10 atoms in block 93
Block first atom: 1380
Blocpdb> 14 atoms in block 94
Block first atom: 1390
Blocpdb> 17 atoms in block 95
Block first atom: 1404
Blocpdb> 17 atoms in block 96
Block first atom: 1421
Blocpdb> 10 atoms in block 97
Block first atom: 1438
Blocpdb> 10 atoms in block 98
Block first atom: 1448
Blocpdb> 11 atoms in block 99
Block first atom: 1458
Blocpdb> 19 atoms in block 100
Block first atom: 1469
Blocpdb> 15 atoms in block 101
Block first atom: 1488
Blocpdb> 15 atoms in block 102
Block first atom: 1503
Blocpdb> 12 atoms in block 103
Block first atom: 1518
Blocpdb> 17 atoms in block 104
Block first atom: 1530
Blocpdb> 16 atoms in block 105
Block first atom: 1547
Blocpdb> 19 atoms in block 106
Block first atom: 1563
Blocpdb> 12 atoms in block 107
Block first atom: 1582
Blocpdb> 23 atoms in block 108
Block first atom: 1594
Blocpdb> 15 atoms in block 109
Block first atom: 1617
Blocpdb> 21 atoms in block 110
Block first atom: 1632
Blocpdb> 15 atoms in block 111
Block first atom: 1653
Blocpdb> 19 atoms in block 112
Block first atom: 1668
Blocpdb> 18 atoms in block 113
Block first atom: 1687
Blocpdb> 15 atoms in block 114
Block first atom: 1705
Blocpdb> 13 atoms in block 115
Block first atom: 1720
Blocpdb> 16 atoms in block 116
Block first atom: 1733
Blocpdb> 16 atoms in block 117
Block first atom: 1748
Blocpdb> 117 blocks.
Blocpdb> At most, 26 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 676069 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 5292
Prepmat> Matrix trace = 1478840.0000
Prepmat> Last element read: 5292 5292 171.7360
Prepmat> 6904 lines saved.
Prepmat> 5634 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1764
RTB> Total mass = 1764.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1764
RTB> Number of blocks = 117
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 162958.6390
RTB> 43929 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 702
Diagstd> Nb of non-zero elements: 43929
Diagstd> Projected matrix trace = 162958.6390
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 702 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 162958.6390
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 3.1356267 4.4750437 5.7201357 7.2071241
9.6937213 11.8345303 13.3862625 14.5122516 15.8146482
16.9081632 17.3630711 18.7989530 19.5023020 21.3829179
21.6539131 23.7796853 26.8905568 28.8330030 30.5862595
31.9197051 32.4843406 33.8956661 35.9091918 36.5093588
37.2058071 37.4336851 38.9868606 39.4100176 40.9876293
41.2988130 43.8636107 44.4063849 44.7432600 45.3283155
46.8678386 47.7361756 48.1487041 49.5928105 50.6323826
51.7860010 52.1676656 53.2690946 54.2883722 55.3430394
56.5132244 57.0626837 57.8571627 59.1305646 59.2982089
60.1733113 61.9199204 62.4965984 63.1948928 64.0327094
65.1960284 65.4360515 65.9837606 66.6542046 68.0485839
69.2922996 70.6164579 71.2572646 72.5492687 72.8434327
74.6979715 74.9210864 75.6942939 75.9621615 77.0710549
77.7679718 78.5728997 79.6536751 79.8993195 80.3552515
80.9790449 81.7299999 82.9561212 84.1187674 85.8042698
86.1572534 86.4562442 87.4798434 88.6573916 89.0446895
89.6659371 89.9418157 91.1444833 91.5989550 92.2407901
92.8786438 93.8434777 94.3756826 95.2123656 95.9324263
96.7439803 97.2618820 98.1948575 98.5715507 99.1910709
99.7987915
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034321 0.0034332 0.0034334 0.0034338 0.0034343
0.0034346 192.2903347 229.7174160 259.7158459 291.5253193
338.0963991 373.5689682 397.3058406 413.6782420 431.8421686
446.5226523 452.4895476 470.8278140 479.5547747 502.1445624
505.3164951 529.5394641 563.1125132 583.0962103 600.5628512
613.5143358 618.9168521 632.2187424 650.7259044 656.1413125
662.3699869 664.3953303 678.0385914 681.7083204 695.2190762
697.8531847 719.1963415 723.6323763 726.3719952 731.1055321
743.4174364 750.2726092 753.5075040 764.7238600 772.6974204
781.4504905 784.3248622 792.5614382 800.1081424 807.8426603
816.3385843 820.2974790 825.9882060 835.0284899 836.2113693
842.3590299 854.4968677 858.4667334 863.2493718 868.9528652
876.8107187 878.4232517 882.0918556 886.5618832 895.7871461
903.9361763 912.5322986 916.6633200 924.9362482 926.8095112
938.5332954 939.9339004 944.7716468 946.4418532 953.3248902
957.6254219 962.5685562 969.1660436 970.6593012 973.4248133
977.1958305 981.7163621 989.0528503 995.9596188 1005.8882383
1007.9551386 1009.7025726 1015.6621748 1022.4751343 1024.7060306
1028.2744055 1029.8550566 1036.7176056 1039.2990729 1042.9339079
1046.5336879 1051.9553995 1054.9341056 1059.6000205 1063.5991820
1068.0885417 1070.9436367 1076.0678407 1078.1298603 1081.5125660
1084.8205949
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1764
Rtb_to_modes> Number of blocs = 117
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9890E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9955E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.136
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.475
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.720
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.207
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.694
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.80
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 702 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 0.99998
1.00001 0.99998 0.99997 0.99998 0.99997
1.00003 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 0.99997 0.99998 1.00003 1.00002
1.00003 1.00000 0.99999 0.99999 1.00004
1.00001 0.99998 1.00002 0.99998 1.00001
1.00000 1.00002 0.99999 1.00001 0.99999
1.00002 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000
0.99998 1.00001 1.00001 0.99998 1.00003
0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999
1.00001 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999
1.00002 0.99999 1.00000 0.99998 0.99999
1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 0.99999
1.00001 1.00003 1.00001 0.99998 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 0.99996 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999
0.99999 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000
1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 0.99998
0.99998 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 31752 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 0.99998
1.00001 0.99998 0.99997 0.99998 0.99997
1.00003 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 0.99997 0.99998 1.00003 1.00002
1.00003 1.00000 0.99999 0.99999 1.00004
1.00001 0.99998 1.00002 0.99998 1.00001
1.00000 1.00002 0.99999 1.00001 0.99999
1.00002 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000
0.99998 1.00001 1.00001 0.99998 1.00003
0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999
1.00001 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999
1.00002 0.99999 1.00000 0.99998 0.99999
1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 0.99999
1.00001 1.00003 1.00001 0.99998 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 0.99996 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999
0.99999 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000
1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 0.99998
0.99998 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260129101346375758.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260129101346375758.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260129101346375758.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260129101346375758.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 234
First residue number = 21
Last residue number = 254
Number of atoms found = 1764
Mean number per residue = 7.5
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9890E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9955E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.136
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.475
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.720
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.207
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.694
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.80
Bfactors> 106 vectors, 5292 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 3.136000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.604 for 234 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.029 +/- 0.05
Bfactors> = 91.997 +/- 11.24
Bfactors> Shiftng-fct= 91.968
Bfactors> Scaling-fct= 230.756
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260129101346375758.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260129101346375758.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 229.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 373.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 397.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 431.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 470.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 479.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 529.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 618.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 650.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 662.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 681.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 695.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 719.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 731.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 781.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 784.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 807.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 816.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 820.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 826.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 835.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 836.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 842.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 854.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 858.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 863.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 868.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 876.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 878.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 882.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 886.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 895.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 903.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 912.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 916.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 924.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 926.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 938.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 939.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 944.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 946.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 953.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 957.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 962.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 969.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 970.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 973.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 977.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 981.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 989.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 995.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1006.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1008.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1010.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1016.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1022.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1025.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1028.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1030.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1037.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1039.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1043.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1046.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1052.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1055.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1060.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1064.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1068.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1071.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1076.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1078.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1081.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1085.
Chkmod> 106 vectors, 5292 coordinates in file.
Chkmod> That is: 1764 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 10 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6924
0.0034 0.7739
0.0034 0.7885
0.0034 0.9893
0.0034 0.8704
0.0034 0.7496
192.2935 0.5067
229.7064 0.5065
259.7016 0.5574
291.5103 0.0883
338.0867 0.4140
373.4814 0.5264
397.3442 0.4702
413.6284 0.4894
431.7602 0.1792
446.5277 0.5069
452.4301 0.3988
470.8207 0.3421
479.5059 0.0678
502.0887 0.5969
505.2491 0.6016
529.5202 0.4771
563.0825 0.4776
583.0408 0.2509
600.5738 0.3136
613.4908 0.4272
618.8489 0.4076
632.2320 0.2958
650.7053 0.4326
656.1189 0.3714
662.3789 0.3123
664.3341 0.4347
678.0368 0.3937
681.6789 0.3389
695.2093 0.3441
697.8333 0.3888
719.1359 0.3796
723.6308 0.3447
726.3144 0.4062
731.0877 0.2641
743.4027 0.4393
750.2705 0.4198
753.4853 0.2431
764.6694 0.4967
772.6461 0.4014
781.4471 0.4575
784.3087 0.4340
792.5342 0.3412
800.0858 0.3905
807.7858 0.4149
816.2803 0.2554
820.2430 0.5240
825.9730 0.3860
834.9887 0.5809
836.1881 0.3970
842.2997 0.3656
854.4607 0.4063
858.4532 0.1992
863.1789 0.5263
868.8972 0.4590
876.7998 0.1535
878.4120 0.4683
882.0289 0.3015
886.4959 0.4074
895.7580 0.4492
903.8824 0.4147
912.5160 0.3300
916.6416 0.4099
924.9012 0.4553
926.7479 0.4732
938.5057 0.5467
939.8867 0.4159
944.7043 0.5000
946.3878 0.4038
953.2774 0.4293
957.5968 0.2261
962.5095 0.5361
969.1021 0.4333
970.6218 0.2403
973.4118 0.4778
977.1596 0.3392
981.6742 0.3509
989.0335 0.1582
995.9242 0.4342
1005.8200 0.2633
1007.9279 0.4352
1009.6812 0.4636
1015.6195 0.4889
1022.4463 0.4876
1024.6351 0.4447
1028.2536 0.4939
1029.8005 0.4923
1036.6476 0.4818
1039.2604 0.4432
1042.8847 0.4077
1046.4964 0.5204
1051.8908 0.5092
1054.9129 0.3599
1059.5414 0.2602
1063.5401 0.4047
1068.0207 0.4271
1070.8873 0.3397
1075.9950 0.3483
1078.0751 0.3429
1081.4603 0.3727
1084.7806 0.3166
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 260129101346375758 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
making animated gifs
11 models are in 260129101346375758.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129101346375758.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129101346375758.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 260129101346375758 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
making animated gifs
11 models are in 260129101346375758.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129101346375758.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129101346375758.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 260129101346375758 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
making animated gifs
11 models are in 260129101346375758.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129101346375758.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129101346375758.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 260129101346375758 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
making animated gifs
11 models are in 260129101346375758.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129101346375758.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129101346375758.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 260129101346375758 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260129101346375758.eigenfacs
260129101346375758.atom
making animated gifs
11 models are in 260129101346375758.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129101346375758.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129101346375758.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
260129101346375758.10.pdb
260129101346375758.11.pdb
260129101346375758.7.pdb
260129101346375758.8.pdb
260129101346375758.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m5.271s
user 0m5.220s
sys 0m0.050s
rm: cannot remove '260129101346375758.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: december 26th, 2025.
|
