*** sdds ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260129173710417910.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260129173710417910.atom to be opened.
Openam> File opened: 260129173710417910.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 47
First residue number = 1
Last residue number = 25
Number of atoms found = 700
Mean number per residue = 14.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 6.994180 +/- 7.243178 From: -8.497000 To: 26.128000
= 0.203439 +/- 5.474615 From: -11.687000 To: 16.327000
= -5.224219 +/- 6.151039 From: -18.032000 To: 15.329000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 17.2367 % Filled.
Pdbmat> 380251 non-zero elements.
Pdbmat> 41789 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 119.40 +/- 42.80
Maximum number = 225
Minimum number = 20
Pdbmat> Matrix trace = 835780.
Pdbmat> Larger element = 850.823
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
47 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260129173710417910.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260129173710417910.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260129173710417910.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 700 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 47 residues.
Blocpdb> 9 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 19 atoms in block 2
Block first atom: 10
Blocpdb> 16 atoms in block 3
Block first atom: 29
Blocpdb> 12 atoms in block 4
Block first atom: 45
Blocpdb> 15 atoms in block 5
Block first atom: 57
Blocpdb> 10 atoms in block 6
Block first atom: 72
Blocpdb> 10 atoms in block 7
Block first atom: 82
Blocpdb> 19 atoms in block 8
Block first atom: 92
Blocpdb> 24 atoms in block 9
Block first atom: 111
Blocpdb> 14 atoms in block 10
Block first atom: 135
Blocpdb> 10 atoms in block 11
Block first atom: 149
Blocpdb> 11 atoms in block 12
Block first atom: 159
Blocpdb> 16 atoms in block 13
Block first atom: 170
Blocpdb> 12 atoms in block 14
Block first atom: 186
Blocpdb> 16 atoms in block 15
Block first atom: 198
Blocpdb> 19 atoms in block 16
Block first atom: 214
Blocpdb> 19 atoms in block 17
Block first atom: 233
Blocpdb> 11 atoms in block 18
Block first atom: 252
Blocpdb> 21 atoms in block 19
Block first atom: 263
Blocpdb> 11 atoms in block 20
Block first atom: 284
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 295
Blocpdb> 14 atoms in block 22
Block first atom: 312
Blocpdb> 17 atoms in block 23
Block first atom: 326
Blocpdb> 10 atoms in block 24
Block first atom: 343
Blocpdb> 16 atoms in block 25
Block first atom: 353
Blocpdb> 17 atoms in block 26
Block first atom: 369
Blocpdb> 14 atoms in block 27
Block first atom: 386
Blocpdb> 21 atoms in block 28
Block first atom: 400
Blocpdb> 10 atoms in block 29
Block first atom: 421
Blocpdb> 7 atoms in block 30
Block first atom: 431
Blocpdb> 24 atoms in block 31
Block first atom: 438
Blocpdb> 17 atoms in block 32
Block first atom: 462
Blocpdb> 19 atoms in block 33
Block first atom: 479
Blocpdb> 10 atoms in block 34
Block first atom: 498
Blocpdb> 24 atoms in block 35
Block first atom: 508
Blocpdb> 14 atoms in block 36
Block first atom: 532
Blocpdb> 19 atoms in block 37
Block first atom: 546
Blocpdb> 10 atoms in block 38
Block first atom: 565
Blocpdb> 12 atoms in block 39
Block first atom: 575
Blocpdb> 19 atoms in block 40
Block first atom: 587
Blocpdb> 10 atoms in block 41
Block first atom: 606
Blocpdb> 24 atoms in block 42
Block first atom: 616
Blocpdb> 15 atoms in block 43
Block first atom: 640
Blocpdb> 10 atoms in block 44
Block first atom: 655
Blocpdb> 7 atoms in block 45
Block first atom: 665
Blocpdb> 16 atoms in block 46
Block first atom: 672
Blocpdb> 13 atoms in block 47
Block first atom: 687
Blocpdb> 47 blocks.
Blocpdb> At most, 24 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 380298 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 2100
Prepmat> Matrix trace = 835780.0000
Prepmat> Last element read: 2100 2100 199.2691
Prepmat> 1129 lines saved.
Prepmat> 660 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 700
RTB> Total mass = 700.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 700
RTB> Number of blocks = 47
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 99244.3641
RTB> 16143 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 282
Diagstd> Nb of non-zero elements: 16143
Diagstd> Projected matrix trace = 99244.3641
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 282 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 99244.3641
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 4.1316145 7.8646931 8.0809491 12.3854069
13.3301773 21.4379563 22.2382864 27.7329518 32.0807832
36.7535017 39.4661580 43.6960883 45.1275041 45.4125474
48.9192701 52.9588107 59.3933274 62.1838084 68.4476794
75.9021123 76.9688560 81.6748543 84.8305140 87.1505069
94.0901746 94.8982320 99.8950864 102.0268100 107.5888047
108.6731146 113.7731229 116.0313642 119.1843867 122.1037942
130.1224329 134.1944986 137.5541618 142.4653442 145.1482437
149.0533337 151.9405004 152.6871705 156.8759257 160.4334021
162.2733030 163.8599805 166.6341096 167.7842619 169.0090701
175.7500842 179.0929460 180.0878215 184.4825568 187.3313725
189.4089639 192.7749122 194.3832024 196.0700096 196.6852340
200.1446061 200.8396607 205.0879219 210.3268312 213.6702032
215.9097456 220.1181833 222.0415341 224.1795231 226.1179342
228.7878765 229.3350618 231.8905350 233.6612500 235.0098237
237.0704044 241.1066791 241.1809628 245.2209872 247.5515725
248.6242055 251.5852174 254.6887138 258.0419910 258.7609851
261.9625502 262.7823872 263.6973865 266.3127684 269.0570757
271.4758443 272.9792132 274.8423612 275.7587455 278.5317030
280.5704361 282.9008580 283.1357980 285.8564421 286.0982319
289.3634610
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034318 0.0034320 0.0034326 0.0034338 0.0034341
0.0034341 220.7268544 304.5342696 308.6927752 382.1645678
396.4726582 502.7903932 512.0895814 571.8647516 615.0603927
658.3315093 682.1937013 717.8216630 729.4842803 731.7845099
759.5130926 790.2497952 836.8817721 856.3157628 898.4101392
946.0676916 952.6926095 981.3851100 1000.1642558 1013.7485339
1053.3371889 1057.8506106 1085.3438351 1096.8631196 1126.3641558
1132.0258325 1158.2841666 1169.7228655 1185.5092947 1199.9409095
1238.7149170 1257.9478474 1273.5973525 1296.1339791 1308.2814176
1325.7637109 1338.5421656 1341.8270845 1360.1081126 1375.4432515
1383.3077763 1390.0541852 1401.7715224 1406.6009006 1411.7255875
1439.6040215 1453.2305548 1457.2613699 1474.9351810 1486.2796715
1494.4987101 1507.7194496 1513.9957170 1520.5505593 1522.9342669
1536.2688525 1538.9340889 1555.1250696 1574.8624193 1587.3301369
1595.6270978 1611.1027544 1618.1262001 1625.8978276 1632.9120158
1642.5242267 1644.4872423 1653.6240941 1659.9256202 1664.7088508
1671.9910582 1686.1643423 1686.4240714 1700.4900633 1708.5517003
1712.2492492 1722.4151623 1733.0062557 1744.3774843 1746.8060130
1757.5791222 1760.3272301 1763.3892667 1772.1124424 1781.2196974
1789.2081862 1794.1554520 1800.2678086 1803.2665536 1812.3104619
1818.9310383 1826.4694505 1827.2277049 1835.9856069 1836.7619209
1847.2136341
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 700
Rtb_to_modes> Number of blocs = 47
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9876E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9885E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9918E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.132
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.865
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.081
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 137.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 145.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 151.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 152.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 156.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 160.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 162.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 163.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 166.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 167.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 175.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 179.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 180.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 184.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 187.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 189.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 192.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 194.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 196.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 196.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 200.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 200.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 205.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 210.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 213.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 215.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 220.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 222.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 224.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 226.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 228.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 229.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 231.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 233.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 235.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 237.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 241.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 241.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 245.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 247.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 248.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 251.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 254.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 258.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 258.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 262.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 262.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 263.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 266.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 269.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 271.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 273.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 274.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 275.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 278.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 280.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 282.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 283.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 285.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 286.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 289.4
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 282 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00005 1.00002 1.00003 1.00000
0.99996 0.99999 0.99999 1.00003 0.99999
1.00004 0.99999 0.99997 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00003 0.99998 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 0.99997
1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002
0.99999 1.00003 0.99998 1.00002 1.00004
1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
0.99997 1.00002 0.99997 0.99999 0.99999
1.00000 1.00002 1.00004 1.00003 1.00002
1.00002 0.99997 1.00002 0.99998 0.99998
0.99997 1.00002 1.00002 1.00003 0.99999
1.00001 1.00002 0.99998 0.99998 1.00001
0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 0.99999
1.00000 0.99997 1.00000 0.99999 1.00001
0.99997 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001
1.00001 1.00001 0.99996 0.99999 1.00001
1.00002 1.00003 1.00001 0.99999 1.00001
1.00003 0.99999 0.99997 0.99998 1.00000
1.00004 0.99999 0.99994 0.99996 1.00003
1.00001 1.00002 1.00002 1.00003 1.00001
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 12600 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00005 1.00002 1.00003 1.00000
0.99996 0.99999 0.99999 1.00003 0.99999
1.00004 0.99999 0.99997 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00003 0.99998 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 0.99997
1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002
0.99999 1.00003 0.99998 1.00002 1.00004
1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
0.99997 1.00002 0.99997 0.99999 0.99999
1.00000 1.00002 1.00004 1.00003 1.00002
1.00002 0.99997 1.00002 0.99998 0.99998
0.99997 1.00002 1.00002 1.00003 0.99999
1.00001 1.00002 0.99998 0.99998 1.00001
0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 0.99999
1.00000 0.99997 1.00000 0.99999 1.00001
0.99997 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001
1.00001 1.00001 0.99996 0.99999 1.00001
1.00002 1.00003 1.00001 0.99999 1.00001
1.00003 0.99999 0.99997 0.99998 1.00000
1.00004 0.99999 0.99994 0.99996 1.00003
1.00001 1.00002 1.00002 1.00003 1.00001
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260129173710417910.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260129173710417910.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260129173710417910.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260129173710417910.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 47
First residue number = 1
Last residue number = 25
Number of atoms found = 700
Mean number per residue = 14.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9876E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9885E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9918E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.132
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.865
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.081
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 145.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 151.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 156.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 160.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 162.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 163.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 166.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 167.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 175.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 179.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 180.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 184.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 187.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 189.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 192.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 194.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 196.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 196.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 200.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 200.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 205.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 210.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 213.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 215.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 220.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 222.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 224.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 226.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 228.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 229.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 231.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 233.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 235.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 237.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 241.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 241.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 245.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 247.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 248.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 251.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 254.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 258.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 258.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 262.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 262.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 263.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 266.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 269.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 271.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 273.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 274.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 275.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 278.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 280.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 282.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 283.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 285.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 286.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 289.4
Bfactors> 106 vectors, 2100 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 4.132000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.914 for 47 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.022 +/- 0.03
Bfactors> = 1.693 +/- 1.19
Bfactors> Shiftng-fct= 1.671
Bfactors> Scaling-fct= 41.774
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260129173710417910.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260129173710417910.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4317E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4318E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1847.
Chkmod> 106 vectors, 2100 coordinates in file.
Chkmod> That is: 700 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 11 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 48 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 98 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7457
0.0034 0.7113
0.0034 0.7908
0.0034 0.7142
0.0034 0.7193
0.0034 0.8522
220.7277 0.2470
304.5271 0.1557
308.6805 0.2142
382.2190 0.2879
396.4530 0.3809
502.7928 0.4811
512.0873 0.2931
571.8098 0.3594
615.0265 0.3589
658.2719 0.3555
682.1976 0.2441
717.8230 0.1592
729.4731 0.2974
731.7326 0.1730
759.4862 0.3435
790.2247 0.4738
836.8224 0.4594
856.2528 0.4815
898.3868 0.5274
946.0139 0.4534
952.6588 0.1664
981.3138 0.4292
1000.1183 0.4329
1013.7021 0.3608
1053.2910 0.4708
1057.8151 0.3856
1085.3239 0.4750
1096.6719 0.4072
1126.3744 0.4021
1132.1173 0.4553
1158.3712 0.4598
1169.5146 0.1621
1185.5360 0.4296
1199.8708 0.4149
1238.5550 0.2908
1257.9196 0.4779
1273.7549 0.0775
1296.2360 0.2564
1308.0078 0.0569
1325.9143 0.5866
1338.3063 0.3818
1341.8259 0.3980
1360.1541 0.2611
1375.2410 0.2186
1383.3622 0.1924
1390.1642 0.3312
1401.5679 0.3717
1406.6065 0.4380
1411.6271 0.3471
1439.7466 0.3610
1453.1968 0.4099
1457.2481 0.0924
1474.9416 0.3008
1486.0914 0.4218
1494.3992 0.2312
1507.7528 0.4809
1513.9961 0.2637
1520.6016 0.0950
1522.9261 0.3566
1536.0317 0.1512
1538.7161 0.4594
1555.1041 0.4222
1574.6944 0.4372
1587.3727 0.3644
1595.5226 0.3260
1610.9671 0.5118
1617.9054 0.1821
1625.9023 0.4987
1632.7772 0.2597
1642.4972 0.3904
1644.2909 0.4946
1653.5869 0.2375
1659.9920 0.2191
1664.6026 0.3540
1672.0236 0.4127
1686.0686 0.3410
1686.4182 0.2791
1700.3443 0.3008
1708.6455 0.3168
1712.0924 0.4726
1722.3918 0.3613
1732.9703 0.3498
1744.1607 0.4487
1746.8627 0.4541
1757.6293 0.3747
1760.3107 0.4692
1763.3223 0.5145
1771.9939 0.4414
1781.2853 0.4645
1789.2110 0.3203
1794.1467 0.3670
1800.0518 0.2298
1803.3240 0.3437
1812.1295 0.3690
1818.9488 0.4754
1826.3883 0.4825
1827.0338 0.3548
1836.0467 0.3574
1836.6887 0.2754
1847.2510 0.1561
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 260129173710417910.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260129173710417910.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 260129173710417910.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260129173710417910.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 260129173710417910.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
260129173710417910.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4317E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4318E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 382.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 396.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 658.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 729.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 790.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 836.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 856.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 946.0
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1200.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1239.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1258.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1274.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1308.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1390.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1660.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1665.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1672.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1686.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1686.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1700.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1709.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1712.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1722.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1733.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1744.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1747.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1758.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1760.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1763.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1772.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1781.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1789.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1794.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1800.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1803.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1812.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1819.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1826.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1827.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1836.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1837.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1847.
Projmod> 106 vectors, 2100 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 47
First residue number = 1
Last residue number = 25
Number of atoms found = 700
Mean number per residue = 14.9
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 47
First residue number = 1
Last residue number = 25
Number of atoms found = 700
Mean number per residue = 14.9
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 700 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 0.00
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 2 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 3 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 4 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 5 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 6 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 7 F= 220.73 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 8 F= 304.53 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 9 F= 308.68 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 10 F= 382.22 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
%Projmod-Wn> Eigenvector 11 Norm= 1.0001
Vector: 11 F= 396.45 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 12 F= 502.79 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 13 F= 512.09 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 14 F= 571.81 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 15 F= 615.03 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 16 F= 658.27 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 17 F= 682.20 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 18 F= 717.82 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 19 F= 729.47 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 20 F= 731.73 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 21 F= 759.49 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 22 F= 790.22 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 23 F= 836.82 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 24 F= 856.25 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 25 F= 898.39 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 26 F= 946.01 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 27 F= 952.66 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 28 F= 981.31 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 29 F= 1000.12 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 30 F= 1013.70 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 31 F= 1053.29 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 32 F= 1057.82 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 33 F= 1085.32 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 34 F= 1096.67 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 35 F= 1126.37 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 36 F= 1132.12 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 37 F= 1158.37 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 38 F= 1169.51 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 39 F= 1185.54 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 40 F= 1199.87 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 41 F= 1238.55 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 42 F= 1257.92 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 43 F= 1273.75 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 44 F= 1296.24 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 45 F= 1308.01 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 46 F= 1325.91 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 47 F= 1338.31 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
%Projmod-Wn> Eigenvector 48 Norm= 1.0001
Vector: 48 F= 1341.83 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 49 F= 1360.15 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 50 F= 1375.24 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 51 F= 1383.36 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 52 F= 1390.16 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 53 F= 1401.57 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 54 F= 1406.61 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 55 F= 1411.63 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 56 F= 1439.75 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 57 F= 1453.20 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 58 F= 1457.25 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 59 F= 1474.94 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 60 F= 1486.09 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 61 F= 1494.40 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 62 F= 1507.75 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 63 F= 1514.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 64 F= 1520.60 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 65 F= 1522.93 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 66 F= 1536.03 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 67 F= 1538.72 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 68 F= 1555.10 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 69 F= 1574.69 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 70 F= 1587.37 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 71 F= 1595.52 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 72 F= 1610.97 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 73 F= 1617.91 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 74 F= 1625.90 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 75 F= 1632.78 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 76 F= 1642.50 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 77 F= 1644.29 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 78 F= 1653.59 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 79 F= 1659.99 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 80 F= 1664.60 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 81 F= 1672.02 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 82 F= 1686.07 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 83 F= 1686.42 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 84 F= 1700.34 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 85 F= 1708.65 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 86 F= 1712.09 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 87 F= 1722.39 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 88 F= 1732.97 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 89 F= 1744.16 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 90 F= 1746.86 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 91 F= 1757.63 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 92 F= 1760.31 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 93 F= 1763.32 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 94 F= 1771.99 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 95 F= 1781.29 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 96 F= 1789.21 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 97 F= 1794.15 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
%Projmod-Wn> Eigenvector 98 Norm= 0.9998
Vector: 98 F= 1800.05 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 99 F= 1803.32 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 100 F= 1812.13 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 101 F= 1818.95 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 102 F= 1826.39 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 103 F= 1827.03 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 104 F= 1836.05 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 105 F= 1836.69 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 106 F= 1847.25 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003432
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 220.727677
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 0.00 for mode -1 with F= 0.00 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 260129173710417910 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
making animated gifs
11 models are in 260129173710417910.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129173710417910.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129173710417910.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 20 0.666 20 0.666
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 20 0.532 20 0.532
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 20 0.399 20 0.399
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 20 0.265 20 0.265
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 20 0.133 20 0.133
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 20 0.000 20 0.000
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 20 0.133 20 0.133
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 20 0.265 20 0.265
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 20 0.397 20 0.397
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 20 0.529 20 0.529
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 20 0.660 20 0.660
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 260129173710417910 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
making animated gifs
11 models are in 260129173710417910.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129173710417910.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129173710417910.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 20 0.448 20 0.448
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 20 0.356 20 0.356
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 20 0.266 20 0.266
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 20 0.177 20 0.177
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 20 0.088 20 0.088
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 20 0.000 20 0.000
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 20 0.088 20 0.088
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 20 0.177 20 0.177
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 20 0.267 20 0.267
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 20 0.358 20 0.358
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 20 0.451 20 0.451
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 260129173710417910 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
making animated gifs
11 models are in 260129173710417910.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129173710417910.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129173710417910.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 20 0.418 20 0.418
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 20 0.331 20 0.331
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 20 0.246 20 0.246
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 20 0.163 20 0.163
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 20 0.081 20 0.081
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 20 0.000 20 0.000
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 20 0.081 20 0.081
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 20 0.163 20 0.163
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 20 0.245 20 0.245
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 20 0.329 20 0.329
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 20 0.415 20 0.415
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 260129173710417910 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
making animated gifs
11 models are in 260129173710417910.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129173710417910.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129173710417910.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 20 0.491 20 0.491
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 20 0.387 20 0.387
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 20 0.286 20 0.286
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 20 0.189 20 0.189
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 20 0.094 20 0.094
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 20 0.000 20 0.000
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 20 0.095 20 0.095
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 20 0.192 20 0.192
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 20 0.293 20 0.293
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 20 0.398 20 0.398
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 20 0.507 20 0.507
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 260129173710417910 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260129173710417910.eigenfacs
260129173710417910.atom
making animated gifs
11 models are in 260129173710417910.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129173710417910.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260129173710417910.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 20 0.607 20 0.607
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 20 0.480 20 0.480
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 20 0.359 20 0.359
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 20 0.241 20 0.241
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 20 0.123 20 0.123
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 20 0.000 20 0.000
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 20 0.131 20 0.131
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 20 0.271 20 0.271
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 20 0.424 20 0.424
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 20 0.591 20 0.591
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 20 0.771 20 0.771
260129173710417910.10.pdb
260129173710417910.11.pdb
260129173710417910.7.pdb
260129173710417910.8.pdb
260129173710417910.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.724s
user 0m0.700s
sys 0m0.023s
rm: cannot remove '260129173710417910.sdijf': No such file or directory
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_INVALID_FLAG
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