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please let us know.
elNémo has been hacked on november 27th.
It has been moved away and runs again.
**Still some additional cleaning from time to time**
Sorry for the inconvenience.


***  WT  ***

LOGs for ID: 2602020729451051934

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2602020729451051934.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2602020729451051934.atom to be opened. Openam> File opened: 2602020729451051934.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 130 First residue number = 1 Last residue number = 130 Number of atoms found = 2021 Mean number per residue = 15.5 Pdbmat> Coordinate statistics: = 0.000004 +/- 7.503850 From: -16.407000 To: 16.687000 = 0.000000 +/- 6.591475 From: -14.482000 To: 17.147000 = -0.000000 +/- 10.125642 From: -22.931000 To: 21.918000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 7.5279 % Filled. Pdbmat> 1383859 non-zero elements. Pdbmat> 152442 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 150.86 +/- 46.86 Maximum number = 237 Minimum number = 18 Pdbmat> Matrix trace = 3.048840E+06 Pdbmat> Larger element = 852.734 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 130 non-zero elements, NRBL set to 1 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2602020729451051934.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 1 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2602020729451051934.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2602020729451051934.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 2021 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 1 residue(s) per block. Blocpdb> 130 residues. Blocpdb> 24 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 16 atoms in block 2 Block first atom: 25 Blocpdb> 20 atoms in block 3 Block first atom: 41 Blocpdb> 15 atoms in block 4 Block first atom: 61 Blocpdb> 24 atoms in block 5 Block first atom: 76 Blocpdb> 10 atoms in block 6 Block first atom: 100 Blocpdb> 15 atoms in block 7 Block first atom: 110 Blocpdb> 19 atoms in block 8 Block first atom: 125 Blocpdb> 10 atoms in block 9 Block first atom: 144 Blocpdb> 24 atoms in block 10 Block first atom: 154 Blocpdb> 14 atoms in block 11 Block first atom: 178 Blocpdb> 19 atoms in block 12 Block first atom: 192 Blocpdb> 22 atoms in block 13 Block first atom: 211 Blocpdb> 24 atoms in block 14 Block first atom: 233 Blocpdb> 19 atoms in block 15 Block first atom: 257 Blocpdb> 7 atoms in block 16 Block first atom: 276 Blocpdb> 17 atoms in block 17 Block first atom: 283 Blocpdb> 12 atoms in block 18 Block first atom: 300 Blocpdb> 7 atoms in block 19 Block first atom: 312 Blocpdb> 21 atoms in block 20 Block first atom: 319 Blocpdb> 24 atoms in block 21 Block first atom: 340 Blocpdb> 7 atoms in block 22 Block first atom: 364 Blocpdb> 19 atoms in block 23 Block first atom: 371 Blocpdb> 11 atoms in block 24 Block first atom: 390 Blocpdb> 19 atoms in block 25 Block first atom: 401 Blocpdb> 10 atoms in block 26 Block first atom: 420 Blocpdb> 14 atoms in block 27 Block first atom: 430 Blocpdb> 24 atoms in block 28 Block first atom: 444 Blocpdb> 17 atoms in block 29 Block first atom: 468 Blocpdb> 10 atoms in block 30 Block first atom: 485 Blocpdb> 19 atoms in block 31 Block first atom: 495 Blocpdb> 10 atoms in block 32 Block first atom: 514 Blocpdb> 22 atoms in block 33 Block first atom: 524 Blocpdb> 24 atoms in block 34 Block first atom: 546 Blocpdb> 15 atoms in block 35 Block first atom: 570 Blocpdb> 11 atoms in block 36 Block first atom: 585 Blocpdb> 7 atoms in block 37 Block first atom: 596 Blocpdb> 21 atoms in block 38 Block first atom: 603 Blocpdb> 14 atoms in block 39 Block first atom: 624 Blocpdb> 14 atoms in block 40 Block first atom: 638 Blocpdb> 24 atoms in block 41 Block first atom: 652 Blocpdb> 10 atoms in block 42 Block first atom: 676 Blocpdb> 14 atoms in block 43 Block first atom: 686 Blocpdb> 14 atoms in block 44 Block first atom: 700 Blocpdb> 21 atoms in block 45 Block first atom: 714 Blocpdb> 14 atoms in block 46 Block first atom: 735 Blocpdb> 10 atoms in block 47 Block first atom: 749 Blocpdb> 7 atoms in block 48 Block first atom: 759 Blocpdb> 12 atoms in block 49 Block first atom: 766 Blocpdb> 24 atoms in block 50 Block first atom: 778 Blocpdb> 11 atoms in block 51 Block first atom: 802 Blocpdb> 14 atoms in block 52 Block first atom: 813 Blocpdb> 12 atoms in block 53 Block first atom: 827 Blocpdb> 21 atoms in block 54 Block first atom: 839 Blocpdb> 7 atoms in block 55 Block first atom: 860 Blocpdb> 19 atoms in block 56 Block first atom: 867 Blocpdb> 20 atoms in block 57 Block first atom: 886 Blocpdb> 17 atoms in block 58 Block first atom: 906 Blocpdb> 19 atoms in block 59 Block first atom: 923 Blocpdb> 14 atoms in block 60 Block first atom: 942 Blocpdb> 11 atoms in block 61 Block first atom: 956 Blocpdb> 24 atoms in block 62 Block first atom: 967 Blocpdb> 21 atoms in block 63 Block first atom: 991 Blocpdb> 24 atoms in block 64 Block first atom: 1012 Blocpdb> 10 atoms in block 65 Block first atom: 1036 Blocpdb> 14 atoms in block 66 Block first atom: 1046 Blocpdb> 12 atoms in block 67 Block first atom: 1060 Blocpdb> 7 atoms in block 68 Block first atom: 1072 Blocpdb> 22 atoms in block 69 Block first atom: 1079 Blocpdb> 14 atoms in block 70 Block first atom: 1101 Blocpdb> 14 atoms in block 71 Block first atom: 1115 Blocpdb> 7 atoms in block 72 Block first atom: 1129 Blocpdb> 10 atoms in block 73 Block first atom: 1136 Blocpdb> 16 atoms in block 74 Block first atom: 1146 Blocpdb> 14 atoms in block 75 Block first atom: 1162 Blocpdb> 10 atoms in block 76 Block first atom: 1176 Blocpdb> 10 atoms in block 77 Block first atom: 1186 Blocpdb> 17 atoms in block 78 Block first atom: 1196 Blocpdb> 19 atoms in block 79 Block first atom: 1213 Blocpdb> 11 atoms in block 80 Block first atom: 1232 Blocpdb> 10 atoms in block 81 Block first atom: 1243 Blocpdb> 11 atoms in block 82 Block first atom: 1253 Blocpdb> 10 atoms in block 83 Block first atom: 1264 Blocpdb> 19 atoms in block 84 Block first atom: 1274 Blocpdb> 19 atoms in block 85 Block first atom: 1293 Blocpdb> 17 atoms in block 86 Block first atom: 1312 Blocpdb> 12 atoms in block 87 Block first atom: 1329 Blocpdb> 14 atoms in block 88 Block first atom: 1341 Blocpdb> 19 atoms in block 89 Block first atom: 1355 Blocpdb> 10 atoms in block 90 Block first atom: 1374 Blocpdb> 12 atoms in block 91 Block first atom: 1384 Blocpdb> 10 atoms in block 92 Block first atom: 1396 Blocpdb> 16 atoms in block 93 Block first atom: 1406 Blocpdb> 10 atoms in block 94 Block first atom: 1422 Blocpdb> 10 atoms in block 95 Block first atom: 1432 Blocpdb> 10 atoms in block 96 Block first atom: 1442 Blocpdb> 22 atoms in block 97 Block first atom: 1452 Blocpdb> 24 atoms in block 98 Block first atom: 1474 Blocpdb> 16 atoms in block 99 Block first atom: 1498 Blocpdb> 16 atoms in block 100 Block first atom: 1514 Blocpdb> 24 atoms in block 101 Block first atom: 1530 Blocpdb> 12 atoms in block 102 Block first atom: 1554 Blocpdb> 14 atoms in block 103 Block first atom: 1566 Blocpdb> 17 atoms in block 104 Block first atom: 1580 Blocpdb> 7 atoms in block 105 Block first atom: 1597 Blocpdb> 19 atoms in block 106 Block first atom: 1604 Blocpdb> 24 atoms in block 107 Block first atom: 1623 Blocpdb> 10 atoms in block 108 Block first atom: 1647 Blocpdb> 24 atoms in block 109 Block first atom: 1657 Blocpdb> 16 atoms in block 110 Block first atom: 1681 Blocpdb> 10 atoms in block 111 Block first atom: 1697 Blocpdb> 24 atoms in block 112 Block first atom: 1707 Blocpdb> 24 atoms in block 113 Block first atom: 1731 Blocpdb> 14 atoms in block 114 Block first atom: 1755 Blocpdb> 24 atoms in block 115 Block first atom: 1769 Blocpdb> 10 atoms in block 116 Block first atom: 1793 Blocpdb> 17 atoms in block 117 Block first atom: 1803 Blocpdb> 14 atoms in block 118 Block first atom: 1820 Blocpdb> 24 atoms in block 119 Block first atom: 1834 Blocpdb> 12 atoms in block 120 Block first atom: 1858 Blocpdb> 16 atoms in block 121 Block first atom: 1870 Blocpdb> 24 atoms in block 122 Block first atom: 1886 Blocpdb> 17 atoms in block 123 Block first atom: 1910 Blocpdb> 21 atoms in block 124 Block first atom: 1927 Blocpdb> 16 atoms in block 125 Block first atom: 1948 Blocpdb> 17 atoms in block 126 Block first atom: 1964 Blocpdb> 7 atoms in block 127 Block first atom: 1981 Blocpdb> 10 atoms in block 128 Block first atom: 1988 Blocpdb> 7 atoms in block 129 Block first atom: 1998 Blocpdb> 17 atoms in block 130 Block first atom: 2004 Blocpdb> 130 blocks. Blocpdb> At most, 24 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 1383989 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 6063 Prepmat> Matrix trace = 3048840.0000 Prepmat> Last element read: 6063 6063 490.5494 Prepmat> 8516 lines saved. Prepmat> 6636 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2021 RTB> Total mass = 2021.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 2021 RTB> Number of blocks = 130 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 358745.2648 RTB> 65694 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 780 Diagstd> Nb of non-zero elements: 65694 Diagstd> Projected matrix trace = 358745.2648 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 780 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 358745.2648 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 8.1041550 11.2752568 18.4375389 22.3150748 26.0987238 31.3562737 33.3042333 36.9221572 38.0427307 42.4547922 45.5292954 48.5679711 50.5392177 51.8957449 56.8372354 59.6906184 61.9536850 63.8598139 70.7995575 71.7267469 73.6311548 75.5677449 76.8731048 81.7088601 83.8145212 86.6297578 89.4896518 93.4680528 96.0315452 98.0373437 99.5327655 101.9836310 104.8449895 106.8360257 110.6694637 112.6559959 113.8802616 115.2297720 118.3014240 119.7897894 120.6787331 123.4621496 124.7745583 127.8431906 129.4971067 132.2444505 133.3739107 133.7540591 135.2628318 138.0455059 141.1793678 144.0706851 145.2665226 146.9736504 149.9311114 151.0593267 152.8612592 153.9180793 156.1183814 156.3984774 157.9031470 159.0776663 163.6109133 165.1106308 165.8364152 166.3609890 168.4168558 169.3507846 172.5365722 173.2101838 175.2019960 176.1867227 176.9832917 178.8274347 180.0850121 180.9684423 182.4390548 183.8958616 184.9067943 187.3510364 188.9753894 190.1604940 191.2809502 192.6611428 193.5130789 194.1773656 195.9015991 198.3139799 199.1536452 200.1857616 202.4980141 203.4810104 204.2807004 205.6631458 208.4514725 209.6461243 210.5971779 212.1892616 212.9236364 216.3223918 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034311 0.0034326 0.0034328 0.0034335 0.0034341 0.0034382 309.1356916 364.6351241 466.2799648 512.9729371 554.7597149 608.0754974 626.6787963 659.8402651 669.7783756 707.5524512 732.7245533 756.7810714 771.9862018 782.2780694 818.6754230 838.9736471 854.7298122 867.7789367 913.7145735 919.6781052 931.8072524 943.9815610 952.0998377 981.5893917 994.1568621 1010.7152775 1027.2631027 1049.8490943 1064.1485039 1075.2044373 1083.3737681 1096.6309924 1111.9086798 1122.4167580 1142.3762956 1152.5836003 1158.8294093 1165.6754003 1181.1097822 1188.5164061 1192.9181641 1206.5968785 1212.9930175 1227.8182396 1235.7349016 1248.7744613 1254.0958277 1255.8817968 1262.9452328 1275.8699730 1290.2708826 1303.4161292 1308.8143573 1316.4822890 1329.6617032 1334.6551071 1342.5918196 1347.2248904 1356.8201990 1358.0368064 1364.5538311 1369.6193589 1388.9973422 1395.3488493 1398.4122860 1400.6222687 1409.2500467 1413.1520305 1426.3820440 1429.1637484 1437.3575187 1441.3912088 1444.6459166 1452.1529235 1457.2500033 1460.8199939 1466.7435498 1472.5880037 1476.6300931 1486.3576757 1492.7872075 1497.4606839 1501.8658440 1507.2744807 1510.6033438 1513.1939024 1519.8973955 1529.2269582 1532.4609271 1536.4267950 1545.2745944 1549.0207058 1552.0615832 1557.3044244 1567.8256449 1572.3118924 1575.8742309 1581.8197038 1584.5546331 1597.1511493 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2021 Rtb_to_modes> Number of blocs = 130 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9835E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9922E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9931E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9976E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0024E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.104 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> 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Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002 1.00001 1.00000 1.00003 1.00002 0.99996 1.00006 0.99996 1.00003 0.99999 0.99996 0.99999 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001 0.99998 1.00001 1.00000 0.99998 1.00002 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00002 1.00001 0.99999 0.99997 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001 1.00003 1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 1.00001 1.00002 1.00002 0.99998 1.00002 1.00001 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00003 1.00002 1.00004 0.99999 1.00002 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 0.99997 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 1.00003 1.00000 1.00003 1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 0.99998 0.99998 1.00002 1.00001 0.99999 0.99998 1.00003 0.99999 0.99998 1.00001 1.00002 1.00001 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4: 0.000 0.000-0.000 Vector 5:-0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 6:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 7:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 8:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2602020729451051934.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2602020729451051934.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2602020729451051934.atom Openam> file on opening on unit 11: 2602020729451051934.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 130 First residue number = 1 Last residue number = 130 Number of atoms found = 2021 Mean number per residue = 15.5 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9835E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9922E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9931E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9976E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0024E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.104 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.44 Rdmodfacs> Numero du 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lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.0 Rdmodfacs> Numero du 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Valeur propre du vecteur en lecture: 156.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 157.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 159.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 163.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 165.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 165.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 166.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 168.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 172.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 175.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 176.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 177.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 178.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 180.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 181.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 182.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 183.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 184.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 187.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 189.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 190.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 191.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 192.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 193.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 194.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 195.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 198.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 199.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 200.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 202.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 203.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 204.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 205.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 208.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 209.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 210.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 212.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 212.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 216.3 Bfactors> 106 vectors, 6063 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 8.104000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.609 for 130 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.007 +/- 0.01 Bfactors> = 15.959 +/- 5.01 Bfactors> Shiftng-fct= 15.952 Bfactors> Scaling-fct= 624.429 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2602020729451051934.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2602020729451051934.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4310E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4379E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 466.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 756.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 818.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 838.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 854.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 913.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 919.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 931.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 944.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 952.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 981.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 994.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1011. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1027. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1050. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1064. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1075. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1083. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1097. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1112. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1122. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1142. 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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1389. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1395. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1398. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1401. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1409. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1413. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1426. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1429. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1437. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1441. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1445. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1452. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1457. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1461. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1467. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1473. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1477. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1486. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1493. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1498. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1502. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1507. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1510. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1513. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1520. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1529. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1533. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1536. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1545. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1549. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1552. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1557. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1568. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1572. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1576. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1582. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1584. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1597. Chkmod> 106 vectors, 6063 coordinates in file. Chkmod> That is: 2021 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 10 is: 1.0001 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7923 0.0034 0.7775 0.0034 0.7521 0.0034 0.9375 0.0034 0.7719 0.0034 0.9872 309.1195 0.3832 364.6962 0.4792 466.2911 0.3682 513.0075 0.2412 554.7495 0.2294 608.0855 0.0695 626.6121 0.4154 659.7927 0.3640 669.7256 0.4687 707.4821 0.3833 732.6988 0.3329 756.7644 0.2847 771.9590 0.2375 782.2766 0.3502 818.6602 0.3976 838.9333 0.4406 854.6677 0.5237 867.7429 0.4566 913.6782 0.5039 919.6595 0.4802 931.7599 0.5026 943.9551 0.4280 952.0397 0.5191 981.5541 0.3365 994.0874 0.5813 1010.6733 0.4604 1027.2210 0.5099 1049.8150 0.5261 1064.0943 0.3953 1075.1728 0.3600 1083.3122 0.5101 1096.6719 0.2648 1111.6224 0.3525 1122.1793 0.5225 1142.4848 0.3283 1152.7592 0.2268 1158.8801 0.5720 1165.4748 0.2863 1181.0520 0.2955 1188.5160 0.3841 1192.9721 0.4243 1206.7300 0.2719 1213.0646 0.1710 1227.5581 0.3341 1235.6957 0.2527 1248.5110 0.1459 1254.1646 0.3563 1256.0435 0.3683 1263.0645 0.3893 1275.6049 0.3046 1290.3098 0.3700 1303.4928 0.4982 1308.9090 0.3575 1316.5438 0.2429 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