*** TRANSFERASE 01-JUN-10 2KYL ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2602021513341103391.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2602021513341103391.atom to be opened.
Openam> File opened: 2602021513341103391.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1090
First residue number = 1
Last residue number = 109
Number of atoms found = 16820
Mean number per residue = 15.4
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.170049 +/- 9.956692 From: -22.073000 To: 26.707000
= -0.170565 +/- 6.658904 From: -17.247000 To: 21.997000
= -0.043775 +/- 6.122642 From: -15.972000 To: 15.296000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is -13.0725 % Filled.
Pdbmat> 114300044 non-zero elements.
Pdbmat> 12690956 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 1509.03 +/- 562.17
Maximum number = 2671
Minimum number = 89
Pdbmat> Matrix trace = 2.538191E+08
Pdbmat> Larger element = 9519.80
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1090 non-zero elements, NRBL set to 6
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2602021513341103391.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 6
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2602021513341103391.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2602021513341103391.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 16820 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 6 residue(s) per block.
Blocpdb> 1090 residues.
Blocpdb> 82 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 112 atoms in block 2
Block first atom: 83
Blocpdb> 89 atoms in block 3
Block first atom: 195
Blocpdb> 106 atoms in block 4
Block first atom: 284
Blocpdb> 97 atoms in block 5
Block first atom: 390
Blocpdb> 90 atoms in block 6
Block first atom: 487
Blocpdb> 108 atoms in block 7
Block first atom: 577
Blocpdb> 71 atoms in block 8
Block first atom: 685
Blocpdb> 72 atoms in block 9
Block first atom: 756
Blocpdb> 98 atoms in block 10
Block first atom: 828
Blocpdb> 83 atoms in block 11
Block first atom: 926
Blocpdb> 89 atoms in block 12
Block first atom: 1009
Blocpdb> 93 atoms in block 13
Block first atom: 1098
Blocpdb> 97 atoms in block 14
Block first atom: 1191
Blocpdb> 92 atoms in block 15
Block first atom: 1288
Blocpdb> 91 atoms in block 16
Block first atom: 1380
Blocpdb> 92 atoms in block 17
Block first atom: 1471
Blocpdb> 103 atoms in block 18
Block first atom: 1563
Blocpdb> 17 atoms in block 19
Block first atom: 1666
Blocpdb> 82 atoms in block 20
Block first atom: 1683
Blocpdb> 112 atoms in block 21
Block first atom: 1765
Blocpdb> 89 atoms in block 22
Block first atom: 1877
Blocpdb> 106 atoms in block 23
Block first atom: 1966
Blocpdb> 97 atoms in block 24
Block first atom: 2072
Blocpdb> 90 atoms in block 25
Block first atom: 2169
Blocpdb> 108 atoms in block 26
Block first atom: 2259
Blocpdb> 71 atoms in block 27
Block first atom: 2367
Blocpdb> 72 atoms in block 28
Block first atom: 2438
Blocpdb> 98 atoms in block 29
Block first atom: 2510
Blocpdb> 83 atoms in block 30
Block first atom: 2608
Blocpdb> 89 atoms in block 31
Block first atom: 2691
Blocpdb> 93 atoms in block 32
Block first atom: 2780
Blocpdb> 97 atoms in block 33
Block first atom: 2873
Blocpdb> 92 atoms in block 34
Block first atom: 2970
Blocpdb> 91 atoms in block 35
Block first atom: 3062
Blocpdb> 92 atoms in block 36
Block first atom: 3153
Blocpdb> 103 atoms in block 37
Block first atom: 3245
Blocpdb> 17 atoms in block 38
Block first atom: 3348
Blocpdb> 82 atoms in block 39
Block first atom: 3365
Blocpdb> 112 atoms in block 40
Block first atom: 3447
Blocpdb> 89 atoms in block 41
Block first atom: 3559
Blocpdb> 106 atoms in block 42
Block first atom: 3648
Blocpdb> 97 atoms in block 43
Block first atom: 3754
Blocpdb> 90 atoms in block 44
Block first atom: 3851
Blocpdb> 108 atoms in block 45
Block first atom: 3941
Blocpdb> 71 atoms in block 46
Block first atom: 4049
Blocpdb> 72 atoms in block 47
Block first atom: 4120
Blocpdb> 98 atoms in block 48
Block first atom: 4192
Blocpdb> 83 atoms in block 49
Block first atom: 4290
Blocpdb> 89 atoms in block 50
Block first atom: 4373
Blocpdb> 93 atoms in block 51
Block first atom: 4462
Blocpdb> 97 atoms in block 52
Block first atom: 4555
Blocpdb> 92 atoms in block 53
Block first atom: 4652
Blocpdb> 91 atoms in block 54
Block first atom: 4744
Blocpdb> 92 atoms in block 55
Block first atom: 4835
Blocpdb> 103 atoms in block 56
Block first atom: 4927
Blocpdb> 17 atoms in block 57
Block first atom: 5030
Blocpdb> 82 atoms in block 58
Block first atom: 5047
Blocpdb> 112 atoms in block 59
Block first atom: 5129
Blocpdb> 89 atoms in block 60
Block first atom: 5241
Blocpdb> 106 atoms in block 61
Block first atom: 5330
Blocpdb> 97 atoms in block 62
Block first atom: 5436
Blocpdb> 90 atoms in block 63
Block first atom: 5533
Blocpdb> 108 atoms in block 64
Block first atom: 5623
Blocpdb> 71 atoms in block 65
Block first atom: 5731
Blocpdb> 72 atoms in block 66
Block first atom: 5802
Blocpdb> 98 atoms in block 67
Block first atom: 5874
Blocpdb> 83 atoms in block 68
Block first atom: 5972
Blocpdb> 89 atoms in block 69
Block first atom: 6055
Blocpdb> 93 atoms in block 70
Block first atom: 6144
Blocpdb> 97 atoms in block 71
Block first atom: 6237
Blocpdb> 92 atoms in block 72
Block first atom: 6334
Blocpdb> 91 atoms in block 73
Block first atom: 6426
Blocpdb> 92 atoms in block 74
Block first atom: 6517
Blocpdb> 103 atoms in block 75
Block first atom: 6609
Blocpdb> 17 atoms in block 76
Block first atom: 6712
Blocpdb> 82 atoms in block 77
Block first atom: 6729
Blocpdb> 112 atoms in block 78
Block first atom: 6811
Blocpdb> 89 atoms in block 79
Block first atom: 6923
Blocpdb> 106 atoms in block 80
Block first atom: 7012
Blocpdb> 97 atoms in block 81
Block first atom: 7118
Blocpdb> 90 atoms in block 82
Block first atom: 7215
Blocpdb> 108 atoms in block 83
Block first atom: 7305
Blocpdb> 71 atoms in block 84
Block first atom: 7413
Blocpdb> 72 atoms in block 85
Block first atom: 7484
Blocpdb> 98 atoms in block 86
Block first atom: 7556
Blocpdb> 83 atoms in block 87
Block first atom: 7654
Blocpdb> 89 atoms in block 88
Block first atom: 7737
Blocpdb> 93 atoms in block 89
Block first atom: 7826
Blocpdb> 97 atoms in block 90
Block first atom: 7919
Blocpdb> 92 atoms in block 91
Block first atom: 8016
Blocpdb> 91 atoms in block 92
Block first atom: 8108
Blocpdb> 92 atoms in block 93
Block first atom: 8199
Blocpdb> 103 atoms in block 94
Block first atom: 8291
Blocpdb> 17 atoms in block 95
Block first atom: 8394
Blocpdb> 82 atoms in block 96
Block first atom: 8411
Blocpdb> 112 atoms in block 97
Block first atom: 8493
Blocpdb> 89 atoms in block 98
Block first atom: 8605
Blocpdb> 106 atoms in block 99
Block first atom: 8694
Blocpdb> 97 atoms in block 100
Block first atom: 8800
Blocpdb> 90 atoms in block 101
Block first atom: 8897
Blocpdb> 108 atoms in block 102
Block first atom: 8987
Blocpdb> 71 atoms in block 103
Block first atom: 9095
Blocpdb> 72 atoms in block 104
Block first atom: 9166
Blocpdb> 98 atoms in block 105
Block first atom: 9238
Blocpdb> 83 atoms in block 106
Block first atom: 9336
Blocpdb> 89 atoms in block 107
Block first atom: 9419
Blocpdb> 93 atoms in block 108
Block first atom: 9508
Blocpdb> 97 atoms in block 109
Block first atom: 9601
Blocpdb> 92 atoms in block 110
Block first atom: 9698
Blocpdb> 91 atoms in block 111
Block first atom: 9790
Blocpdb> 92 atoms in block 112
Block first atom: 9881
Blocpdb> 103 atoms in block 113
Block first atom: 9973
Blocpdb> 17 atoms in block 114
Block first atom: 10076
Blocpdb> 82 atoms in block 115
Block first atom: 10093
Blocpdb> 112 atoms in block 116
Block first atom: 10175
Blocpdb> 89 atoms in block 117
Block first atom: 10287
Blocpdb> 106 atoms in block 118
Block first atom: 10376
Blocpdb> 97 atoms in block 119
Block first atom: 10482
Blocpdb> 90 atoms in block 120
Block first atom: 10579
Blocpdb> 108 atoms in block 121
Block first atom: 10669
Blocpdb> 71 atoms in block 122
Block first atom: 10777
Blocpdb> 72 atoms in block 123
Block first atom: 10848
Blocpdb> 98 atoms in block 124
Block first atom: 10920
Blocpdb> 83 atoms in block 125
Block first atom: 11018
Blocpdb> 89 atoms in block 126
Block first atom: 11101
Blocpdb> 93 atoms in block 127
Block first atom: 11190
Blocpdb> 97 atoms in block 128
Block first atom: 11283
Blocpdb> 92 atoms in block 129
Block first atom: 11380
Blocpdb> 91 atoms in block 130
Block first atom: 11472
Blocpdb> 92 atoms in block 131
Block first atom: 11563
Blocpdb> 103 atoms in block 132
Block first atom: 11655
Blocpdb> 17 atoms in block 133
Block first atom: 11758
Blocpdb> 82 atoms in block 134
Block first atom: 11775
Blocpdb> 112 atoms in block 135
Block first atom: 11857
Blocpdb> 89 atoms in block 136
Block first atom: 11969
Blocpdb> 106 atoms in block 137
Block first atom: 12058
Blocpdb> 97 atoms in block 138
Block first atom: 12164
Blocpdb> 90 atoms in block 139
Block first atom: 12261
Blocpdb> 108 atoms in block 140
Block first atom: 12351
Blocpdb> 71 atoms in block 141
Block first atom: 12459
Blocpdb> 72 atoms in block 142
Block first atom: 12530
Blocpdb> 98 atoms in block 143
Block first atom: 12602
Blocpdb> 83 atoms in block 144
Block first atom: 12700
Blocpdb> 89 atoms in block 145
Block first atom: 12783
Blocpdb> 93 atoms in block 146
Block first atom: 12872
Blocpdb> 97 atoms in block 147
Block first atom: 12965
Blocpdb> 92 atoms in block 148
Block first atom: 13062
Blocpdb> 91 atoms in block 149
Block first atom: 13154
Blocpdb> 92 atoms in block 150
Block first atom: 13245
Blocpdb> 103 atoms in block 151
Block first atom: 13337
Blocpdb> 17 atoms in block 152
Block first atom: 13440
Blocpdb> 82 atoms in block 153
Block first atom: 13457
Blocpdb> 112 atoms in block 154
Block first atom: 13539
Blocpdb> 89 atoms in block 155
Block first atom: 13651
Blocpdb> 106 atoms in block 156
Block first atom: 13740
Blocpdb> 97 atoms in block 157
Block first atom: 13846
Blocpdb> 90 atoms in block 158
Block first atom: 13943
Blocpdb> 108 atoms in block 159
Block first atom: 14033
Blocpdb> 71 atoms in block 160
Block first atom: 14141
Blocpdb> 72 atoms in block 161
Block first atom: 14212
Blocpdb> 98 atoms in block 162
Block first atom: 14284
Blocpdb> 83 atoms in block 163
Block first atom: 14382
Blocpdb> 89 atoms in block 164
Block first atom: 14465
Blocpdb> 93 atoms in block 165
Block first atom: 14554
Blocpdb> 97 atoms in block 166
Block first atom: 14647
Blocpdb> 92 atoms in block 167
Block first atom: 14744
Blocpdb> 91 atoms in block 168
Block first atom: 14836
Blocpdb> 92 atoms in block 169
Block first atom: 14927
Blocpdb> 103 atoms in block 170
Block first atom: 15019
Blocpdb> 17 atoms in block 171
Block first atom: 15122
Blocpdb> 82 atoms in block 172
Block first atom: 15139
Blocpdb> 112 atoms in block 173
Block first atom: 15221
Blocpdb> 89 atoms in block 174
Block first atom: 15333
Blocpdb> 106 atoms in block 175
Block first atom: 15422
Blocpdb> 97 atoms in block 176
Block first atom: 15528
Blocpdb> 90 atoms in block 177
Block first atom: 15625
Blocpdb> 108 atoms in block 178
Block first atom: 15715
Blocpdb> 71 atoms in block 179
Block first atom: 15823
Blocpdb> 72 atoms in block 180
Block first atom: 15894
Blocpdb> 98 atoms in block 181
Block first atom: 15966
Blocpdb> 83 atoms in block 182
Block first atom: 16064
Blocpdb> 89 atoms in block 183
Block first atom: 16147
Blocpdb> 93 atoms in block 184
Block first atom: 16236
Blocpdb> 97 atoms in block 185
Block first atom: 16329
Blocpdb> 92 atoms in block 186
Block first atom: 16426
Blocpdb> 91 atoms in block 187
Block first atom: 16518
Blocpdb> 92 atoms in block 188
Block first atom: 16609
Blocpdb> 103 atoms in block 189
Block first atom: 16701
Blocpdb> 17 atoms in block 190
Block first atom: 16803
Blocpdb> 190 blocks.
Blocpdb> At most, 112 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 17 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 114300234 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 50460
Prepmat> Matrix trace = 253819120.0001
Prepmat> Last element read: 50460 50460 6971.8536
Prepmat> 18146 lines saved.
Prepmat> 5851 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 16820
RTB> Total mass = 16820.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 16820
RTB> Number of blocks = 190
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 5329566.3276
RTB> 439734 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1140
Diagstd> Nb of non-zero elements: 439734
Diagstd> Projected matrix trace = 5329566.3276
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1140 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues =5329566.3276
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 179.2132239 189.2450611 255.6203635 309.7852546
424.2038017 577.3111894 660.9463392 717.0526108 765.4508559
823.4136082 838.1401625 922.9089692 987.3165464 1036.4471668
1071.5880015 1102.9901765 1124.1181184 1134.3196588 1141.8319573
1165.0483174 1198.4369051 1232.3161522 1240.8349572 1243.7795164
1267.1347004 1291.6520240 1321.1778204 1336.5384479 1362.6066827
1375.6909880 1382.8719219 1413.1679064 1427.8301553 1466.6748571
1478.8907928 1494.9400392 1518.3000326 1534.0690237 1543.4731132
1577.0057950 1586.4990845 1594.7931547 1603.0777954 1607.5450238
1615.0282196 1634.8565442 1653.2681034 1683.6707072 1702.9511744
1746.0755480 1773.0426876 1805.9071855 1810.4847357 1822.9229629
1838.3152520 1857.7193729 1876.9107948 1895.1813693 1907.5279429
1916.6010780 1919.7626850 1938.2036074 1940.9925435 1943.4048632
1957.1893779 1970.2322248 1974.5556466 1988.2395942 1997.3407091
2012.1768191 2024.0285911 2031.3322866 2033.9183219 2042.4312520
2059.5805358 2066.5135928 2075.7256465 2093.5035709 2104.7030604
2118.9094591 2133.2886098 2140.1649467 2156.1298827 2165.2066663
2181.9504154 2195.7999133 2197.8900388 2216.9129631 2228.9278377
2236.9143648 2243.3618628 2256.3385608 2266.4860917 2280.3827848
2283.3287018 2293.9649526 2295.7601480 2299.3915037 2313.8513860
2316.1899474
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034235 0.0034283 0.0034316 0.0034316 0.0034331
0.0034505 1453.7184638 1493.8519467 1736.1730251 1911.2858797
2236.5703255 2609.1573318 2791.7619321 2907.8419056 3004.3735978
3116.0491577 3143.7905651 3298.9422544 3412.1136487 3495.9793978
3554.7511335 3606.4598574 3640.8371519 3657.3204107 3669.4111572
3706.5276887 3759.2643608 3812.0303591 3825.1836456 3829.7196257
3865.5088541 3902.7258472 3947.0798961 3969.9588807 4008.4875360
4027.6871220 4038.1854498 4082.1801183 4103.3026926 4158.7441579
4176.0273358 4198.6257714 4231.3025620 4253.2188560 4266.2353954
4312.3293759 4325.2896219 4336.5809902 4347.8302478 4353.8839896
4364.0059886 4390.7135564 4415.3681824 4455.7812155 4481.2211648
4537.6061265 4572.5122342 4614.6949031 4620.5397849 4636.3844236
4655.9174915 4680.4254838 4704.5392513 4727.3816976 4742.7554803
4754.0215309 4757.9410096 4780.7383902 4784.1767237 4787.1487547
4804.0963099 4820.0771466 4825.3627689 4842.0541209 4853.1236560
4871.1146439 4885.4390759 4894.2456778 4897.3600541 4907.5982604
4928.1585282 4936.4462591 4947.4368090 4968.5782428 4981.8505673
4998.6356258 5015.5675922 5023.6445548 5042.3471199 5052.9495022
5072.4493458 5088.5220651 5090.9433057 5112.9271129 5126.7635084
5135.9402128 5143.3365928 5158.1909249 5169.7769926 5185.6017128
5188.9501467 5201.0217445 5203.0564366 5207.1698198 5223.5169836
5226.1559669
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 16820
Rtb_to_modes> Number of blocs = 190
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9394E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0096E-09
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 189.2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1595.
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1823.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1895.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1908.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1917.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1920.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1938.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1941.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1943.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1957.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1970.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1975.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1988.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1997.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2012.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2024.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2031.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2034.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2042.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2060.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2076.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2094.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2105.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2119.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2133.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2140.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2156.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2165.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2182.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2196.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2198.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2229.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2237.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2243.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2256.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2266.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2280.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2283.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2294.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2296.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2299.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2314.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2316.
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1140 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002
1.00002 0.99999 1.00002 0.99998 1.00002
1.00002 1.00001 1.00001 1.00003 1.00000
1.00003 1.00002 1.00001 1.00002 1.00001
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1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000
1.00003 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999
1.00001 0.99999 0.99997 1.00002 1.00002
0.99999 1.00003 0.99995 1.00003 1.00002
1.00001 1.00002 1.00002 0.99998 0.99999
0.99998 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
1.00001 1.00001 0.99998 1.00001 0.99999
0.99996 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998
1.00004 1.00003 1.00002 0.99996 1.00002
1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
1.00004
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 302760 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000
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1.00002 0.99999 1.00002 0.99998 1.00002
1.00002 1.00001 1.00001 1.00003 1.00000
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1.00001 1.00001 0.99998 1.00001 0.99999
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1.00004 1.00003 1.00002 0.99996 1.00002
1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
1.00004
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602021513341103391.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602021513341103391.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2602021513341103391.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2602021513341103391.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1090
First residue number = 1
Last residue number = 109
Number of atoms found = 16820
Mean number per residue = 15.4
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9394E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9672E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9861E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9864E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9950E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0096E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 179.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 189.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 255.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 309.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 424.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 577.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 660.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2316.
Bfactors> 106 vectors, 50460 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 179.200000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.279 for 1090 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> = 1.174 +/- 0.59
Bfactors> Shiftng-fct= 1.174
Bfactors> Scaling-fct= 3429.287
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602021513341103391.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602021513341103391.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5223.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5226.
Chkmod> 106 vectors, 50460 coordinates in file.
Chkmod> That is: 16820 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 46 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 73 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
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getting mode 7
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602021513341103391.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602021513341103391.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602021513341103391.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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11 models are in 2602021513341103391.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602021513341103391.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2602021513341103391.10.pdb
2602021513341103391.11.pdb
2602021513341103391.7.pdb
2602021513341103391.8.pdb
2602021513341103391.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 2m53.446s
user 2m46.521s
sys 0m5.407s
rm: cannot remove '2602021513341103391.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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