*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2602031626071395585.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2602031626071395585.atom to be opened.
Openam> File opened: 2602031626071395585.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 40
First residue number = 1
Last residue number = 40
Number of atoms found = 598
Mean number per residue = 14.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 24.781381 +/- 5.642833 From: 12.792000 To: 35.902000
= 25.334525 +/- 6.180946 From: 10.612000 To: 38.082000
= 23.413237 +/- 5.525041 From: 12.247000 To: 36.447000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 18.6741 % Filled.
Pdbmat> 300675 non-zero elements.
Pdbmat> 33078 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 110.63 +/- 38.95
Maximum number = 197
Minimum number = 24
Pdbmat> Matrix trace = 661560.
Pdbmat> Larger element = 744.952
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
40 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2602031626071395585.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2602031626071395585.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2602031626071395585.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 598 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 40 residues.
Blocpdb> 14 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 10 atoms in block 2
Block first atom: 15
Blocpdb> 15 atoms in block 3
Block first atom: 25
Blocpdb> 20 atoms in block 4
Block first atom: 40
Blocpdb> 24 atoms in block 5
Block first atom: 60
Blocpdb> 17 atoms in block 6
Block first atom: 84
Blocpdb> 12 atoms in block 7
Block first atom: 101
Blocpdb> 11 atoms in block 8
Block first atom: 113
Blocpdb> 7 atoms in block 9
Block first atom: 124
Blocpdb> 21 atoms in block 10
Block first atom: 131
Blocpdb> 15 atoms in block 11
Block first atom: 152
Blocpdb> 16 atoms in block 12
Block first atom: 167
Blocpdb> 17 atoms in block 13
Block first atom: 183
Blocpdb> 17 atoms in block 14
Block first atom: 200
Blocpdb> 17 atoms in block 15
Block first atom: 217
Blocpdb> 22 atoms in block 16
Block first atom: 234
Blocpdb> 19 atoms in block 17
Block first atom: 256
Blocpdb> 16 atoms in block 18
Block first atom: 275
Blocpdb> 20 atoms in block 19
Block first atom: 291
Blocpdb> 20 atoms in block 20
Block first atom: 311
Blocpdb> 10 atoms in block 21
Block first atom: 331
Blocpdb> 15 atoms in block 22
Block first atom: 341
Blocpdb> 12 atoms in block 23
Block first atom: 356
Blocpdb> 16 atoms in block 24
Block first atom: 368
Blocpdb> 7 atoms in block 25
Block first atom: 384
Blocpdb> 11 atoms in block 26
Block first atom: 391
Blocpdb> 14 atoms in block 27
Block first atom: 402
Blocpdb> 22 atoms in block 28
Block first atom: 416
Blocpdb> 7 atoms in block 29
Block first atom: 438
Blocpdb> 10 atoms in block 30
Block first atom: 445
Blocpdb> 19 atoms in block 31
Block first atom: 455
Blocpdb> 19 atoms in block 32
Block first atom: 474
Blocpdb> 7 atoms in block 33
Block first atom: 493
Blocpdb> 19 atoms in block 34
Block first atom: 500
Blocpdb> 17 atoms in block 35
Block first atom: 519
Blocpdb> 16 atoms in block 36
Block first atom: 536
Blocpdb> 7 atoms in block 37
Block first atom: 552
Blocpdb> 7 atoms in block 38
Block first atom: 559
Blocpdb> 16 atoms in block 39
Block first atom: 566
Blocpdb> 17 atoms in block 40
Block first atom: 581
Blocpdb> 40 blocks.
Blocpdb> At most, 24 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 300715 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 1794
Prepmat> Matrix trace = 661560.0000
Prepmat> Last element read: 1794 1794 122.8618
Prepmat> 821 lines saved.
Prepmat> 451 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 598
RTB> Total mass = 598.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 598
RTB> Number of blocks = 40
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 78296.9014
RTB> 12684 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 240
Diagstd> Nb of non-zero elements: 12684
Diagstd> Projected matrix trace = 78296.9014
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 240 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 78296.9014
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 9.6344847 15.3043408 20.3238204 25.0500128
27.2571975 31.8831060 36.9169149 39.9559993 46.3980220
48.0150013 51.1688776 55.1312449 57.2371604 59.9603623
63.0495811 66.1448820 71.1093560 75.5807534 77.4068429
81.6854165 85.1733195 88.7461534 91.0408992 94.6894747
99.1429009 104.5324891 109.5748051 111.8487161 113.3739654
116.7593532 123.8256416 131.4130081 134.4223599 135.5561800
138.0446814 142.4157265 149.0656679 151.7928215 153.0007397
157.0568562 157.9891369 162.4724135 164.1808544 169.0005399
170.8465606 171.3360899 177.5966028 180.3665160 182.1893891
185.4526875 186.4546560 187.9887610 190.1655447 190.9186636
195.0883638 197.3114176 198.2598093 200.1680339 202.6012873
203.6894970 204.7981943 206.9188001 213.2289368 213.9910827
215.5618974 217.4269372 221.4381459 224.5396183 225.8717345
226.6285045 229.4076141 235.6460552 236.5823404 239.7962540
240.5251297 241.6398286 245.9926341 247.5167430 250.7644084
252.0175306 255.0310404 259.1342118 260.3827473 262.3750451
264.4544524 266.4667680 267.4443920 267.9626737 269.1361400
273.1538576 275.0485442 277.6745270 278.8350714 280.4902456
281.9725952 285.4692993 287.3071114 288.1228436 289.9030453
292.0774022
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034308 0.0034323 0.0034325 0.0034338 0.0034347
0.0034352 337.0617921 424.8176910 489.5510145 543.4996340
566.9384094 613.1625081 659.7934203 686.4142308 739.6819369
752.4605795 776.7803410 806.2953962 821.5506054 840.8671854
862.2563135 883.1681594 915.7114674 944.0628077 955.3993855
981.4485648 1002.1830816 1022.9868458 1036.1283328 1056.6864389
1081.2499274 1110.2503691 1136.7124943 1148.4465355 1156.2505402
1173.3865900 1208.3717783 1244.8426478 1259.0153877 1264.3139831
1275.8661626 1295.9082511 1325.8185633 1337.8915079 1343.2042137
1360.8922168 1364.9253303 1384.1561803 1391.4145357 1411.6899610
1419.3790813 1421.4111113 1447.1468620 1458.3885250 1465.7395956
1478.8081858 1482.7976757 1488.8852348 1497.4805701 1500.4429012
1516.7393822 1525.3566113 1529.0180856 1536.3587634 1545.6685860
1549.8140658 1554.0262192 1562.0511679 1585.6902323 1588.5215771
1594.3412368 1601.2234967 1615.9261106 1627.2031276 1632.0228075
1634.7545195 1644.7473461 1666.9607236 1670.2690822 1681.5759116
1684.1295999 1688.0275866 1703.1634625 1708.4315029 1719.6031355
1723.8943892 1734.1705295 1748.0653213 1752.2714409 1758.9623489
1765.9187667 1772.6247446 1775.8735059 1777.5934099 1781.4813900
1794.7292851 1800.9429503 1809.5196378 1813.2971507 1818.6710834
1823.4704552 1834.7419242 1840.6383575 1843.2495073 1848.9351079
1855.8559298
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 598
Rtb_to_modes> Number of blocs = 40
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9816E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9901E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9915E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.634
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 151.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 153.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 157.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 158.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 162.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 164.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 170.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 171.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 177.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 180.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 182.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 185.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 186.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 188.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 190.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 190.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 195.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 197.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 198.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 200.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 202.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 203.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 204.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 206.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 213.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 214.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 215.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 217.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 221.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 224.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 225.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 226.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 229.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 235.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 236.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 239.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 240.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 241.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 246.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 247.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 250.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 252.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 255.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 259.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 260.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 262.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 264.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 266.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 267.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 268.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 269.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 273.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 275.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 277.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 278.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 280.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 282.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 285.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 287.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 288.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 289.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 292.1
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 240 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00002 1.00004 1.00003 1.00001
1.00002 1.00001 1.00000 0.99995 1.00003
1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
0.99998 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000
1.00003 1.00003 1.00000 1.00004 1.00002
1.00001 1.00001 1.00002 0.99998 0.99998
0.99997 1.00002 1.00000 1.00000 1.00003
1.00003 1.00001 0.99993 1.00000 0.99998
0.99998 1.00000 0.99995 1.00001 0.99998
1.00000 1.00003 1.00004 0.99999 1.00001
1.00001 0.99998 0.99998 1.00003 0.99999
0.99999 0.99998 1.00001 0.99999 1.00002
0.99998 1.00001 0.99999 0.99997 0.99997
1.00000 1.00000 0.99996 1.00004 1.00003
0.99999 1.00002 0.99996 1.00003 1.00000
0.99996 0.99996 1.00001 0.99999 1.00003
1.00003 1.00001 1.00001 1.00001 0.99996
1.00004 0.99999 1.00002 0.99996 1.00000
1.00003 0.99999 0.99997 1.00002 1.00001
1.00001 0.99999 0.99999 1.00003 0.99998
1.00001 0.99999 1.00003 0.99999 0.99997
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 10764 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00002 1.00004 1.00003 1.00001
1.00002 1.00001 1.00000 0.99995 1.00003
1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
0.99998 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000
1.00003 1.00003 1.00000 1.00004 1.00002
1.00001 1.00001 1.00002 0.99998 0.99998
0.99997 1.00002 1.00000 1.00000 1.00003
1.00003 1.00001 0.99993 1.00000 0.99998
0.99998 1.00000 0.99995 1.00001 0.99998
1.00000 1.00003 1.00004 0.99999 1.00001
1.00001 0.99998 0.99998 1.00003 0.99999
0.99999 0.99998 1.00001 0.99999 1.00002
0.99998 1.00001 0.99999 0.99997 0.99997
1.00000 1.00000 0.99996 1.00004 1.00003
0.99999 1.00002 0.99996 1.00003 1.00000
0.99996 0.99996 1.00001 0.99999 1.00003
1.00003 1.00001 1.00001 1.00001 0.99996
1.00004 0.99999 1.00002 0.99996 1.00000
1.00003 0.99999 0.99997 1.00002 1.00001
1.00001 0.99999 0.99999 1.00003 0.99998
1.00001 0.99999 1.00003 0.99999 0.99997
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602031626071395585.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602031626071395585.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2602031626071395585.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2602031626071395585.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 40
First residue number = 1
Last residue number = 40
Number of atoms found = 598
Mean number per residue = 14.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9816E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9901E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9915E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.634
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 151.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 153.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 157.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 162.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 164.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 170.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 171.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 177.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 180.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 182.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 185.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 186.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 188.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 190.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 190.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 195.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 197.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 198.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 200.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 202.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 203.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 204.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 206.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 213.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 214.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 215.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 217.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 221.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 224.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 225.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 226.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 229.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 235.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 236.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 239.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 240.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 241.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 246.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 247.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 250.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 252.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 255.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 259.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 260.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 262.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 264.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 266.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 267.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 268.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 269.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 273.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 275.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 277.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 278.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 280.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 282.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 285.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 287.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 288.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 289.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 292.1
Bfactors> 106 vectors, 1794 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 9.634000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.017 +/- 0.01
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.017
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602031626071395585.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602031626071395585.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4307E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4321E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1856.
Chkmod> 106 vectors, 1794 coordinates in file.
Chkmod> That is: 598 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 9 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 38 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 43 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8022
0.0034 0.9293
0.0034 0.7562
0.0034 0.9570
0.0034 0.9592
0.0034 0.8328
337.0388 0.3455
424.7392 0.4737
489.4840 0.4703
543.4762 0.4458
566.9432 0.2562
613.1063 0.3072
659.7927 0.2990
686.4191 0.4732
739.6660 0.3490
752.4674 0.4008
776.7555 0.3595
806.2517 0.4231
821.5357 0.4503
840.8285 0.5780
862.2222 0.3838
883.0977 0.5546
915.6763 0.3898
944.0176 0.5752
955.3779 0.4385
981.4340 0.4510
1002.1205 0.3140
1022.9651 0.2627
1036.0787 0.3677
1056.6440 0.4023
1081.1877 0.3859
1110.0302 0.5116
1136.7944 0.5461
1148.1471 0.4841
1156.3336 0.3905
1173.5404 0.4606
1208.1948 0.5271
1244.7276 0.2364
1258.8566 0.4119
1264.4640 0.5788
1275.6049 0.4866
1295.7811 0.5065
1325.9143 0.4516
1337.8657 0.5427
1343.1433 0.4341
1361.0207 0.5314
1364.9137 0.3810
1384.2143 0.3716
1391.4359 0.4287
1411.6271 0.3260
1419.1247 0.3938
1421.2004 0.3433
1447.0986 0.6603
1458.4613 0.5007
1465.7194 0.2490
1478.9333 0.2975
1482.9143 0.2236
1488.8658 0.3308
1497.5519 0.2118
1500.3052 0.3875
1516.7195 0.2939
1525.2470 0.3877
1529.1074 0.2781
1536.4155 0.3219
1545.5973 0.3528
1549.7875 0.4424
1553.9664 0.2620
1561.9132 0.3983
1585.5146 0.5056
1588.4865 0.4817
1594.4137 0.3213
1601.0556 0.4134
1615.7176 0.4743
1626.9897 0.3712
1632.0549 0.4771
1634.5815 0.5177
1644.6494 0.1226
1666.7263 0.5044
1670.2597 0.3265
1681.5169 0.2000
1683.9693 0.1124
1687.8160 0.3670
1703.1158 0.2083
1708.3004 0.3554
1719.6513 0.6051
1723.7604 0.4948
1733.9906 0.4415
1747.8749 0.5447
1752.2543 0.5423
1758.9705 0.3765
1765.9950 0.3298
1772.6592 0.3002
1775.6499 0.4708
1777.6409 0.2398
1781.2853 0.3437
1794.8038 0.1894
1800.7067 0.4062
1809.5250 0.4113
1813.1053 0.4337
1818.6246 0.1240
1823.4808 0.3788
1834.7618 0.3574
1840.5366 0.2501
1843.0973 0.4303
1848.8460 0.3311
1855.8481 0.4407
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2602031626071395585.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602031626071395585.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2602031626071395585.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2602031626071395585.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2602031626071395585.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2602031626071395585.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4307E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4321E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 566.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 739.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 752.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 821.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 840.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 862.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 883.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 915.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 944.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 981.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1002.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1081.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1849.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1856.
Projmod> 106 vectors, 1794 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 40
First residue number = 1
Last residue number = 40
Number of atoms found = 598
Mean number per residue = 14.9
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 40
First residue number = 1
Last residue number = 40
Number of atoms found = 598
Mean number per residue = 14.9
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 598 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 16.67
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.175 Sum= 0.031 q= -71.3141
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.087 Sum= 0.038 q= -35.3505
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.174 Sum= 0.069 q= -71.1425
Vector: 4 F= 0.00 Cos= -0.127 Sum= 0.085 q= -51.7486
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.176 Sum= 0.116 q= 71.6438
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.047 Sum= 0.118 q= -19.0086
Vector: 7 F= 337.04 Cos= 0.025 Sum= 0.118 q= 10.1282
Vector: 8 F= 424.74 Cos= 0.125 Sum= 0.134 q= 50.9972
%Projmod-Wn> Eigenvector 9 Norm= 0.9999
Vector: 9 F= 489.48 Cos= -0.015 Sum= 0.134 q= -5.9559
Vector: 10 F= 543.48 Cos= 0.015 Sum= 0.134 q= 6.3091
Vector: 11 F= 566.94 Cos= 0.059 Sum= 0.138 q= 24.1356
Vector: 12 F= 613.11 Cos= -0.014 Sum= 0.138 q= -5.6482
Vector: 13 F= 659.79 Cos= -0.054 Sum= 0.141 q= -22.1966
Vector: 14 F= 686.42 Cos= -0.099 Sum= 0.151 q= -40.5475
Vector: 15 F= 739.67 Cos= 0.025 Sum= 0.152 q= 10.0922
Vector: 16 F= 752.47 Cos= 0.053 Sum= 0.154 q= 21.5301
Vector: 17 F= 776.76 Cos= -0.075 Sum= 0.160 q= -30.5204
Vector: 18 F= 806.25 Cos= -0.053 Sum= 0.163 q= -21.5115
Vector: 19 F= 821.54 Cos= -0.198 Sum= 0.202 q= -80.8092
Vector: 20 F= 840.83 Cos= 0.239 Sum= 0.259 q= 97.6044
Vector: 21 F= 862.22 Cos= -0.181 Sum= 0.292 q= -73.8098
Vector: 22 F= 883.10 Cos= 0.076 Sum= 0.298 q= 31.1129
Vector: 23 F= 915.68 Cos= 0.021 Sum= 0.298 q= 8.5047
Vector: 24 F= 944.02 Cos= -0.160 Sum= 0.324 q= -65.0736
Vector: 25 F= 955.38 Cos= 0.135 Sum= 0.342 q= 55.1648
Vector: 26 F= 981.43 Cos= -0.023 Sum= 0.343 q= -9.2970
Vector: 27 F= 1002.12 Cos= 0.003 Sum= 0.343 q= 1.1943
Vector: 28 F= 1022.97 Cos= 0.268 Sum= 0.415 q= 109.4463
Vector: 29 F= 1036.08 Cos= -0.057 Sum= 0.418 q= -23.4084
Vector: 30 F= 1056.64 Cos= -0.054 Sum= 0.421 q= -22.0231
Vector: 31 F= 1081.19 Cos= 0.092 Sum= 0.429 q= 37.3299
Vector: 32 F= 1110.03 Cos= 0.308 Sum= 0.524 q= 125.4088
Vector: 33 F= 1136.79 Cos= -0.294 Sum= 0.610 q= -119.8427
Vector: 34 F= 1148.15 Cos= 0.056 Sum= 0.614 q= 22.7089
Vector: 35 F= 1156.33 Cos= -0.057 Sum= 0.617 q= -23.3751
Vector: 36 F= 1173.54 Cos= -0.024 Sum= 0.617 q= -9.9815
Vector: 37 F= 1208.19 Cos= -0.141 Sum= 0.637 q= -57.3102
%Projmod-Wn> Eigenvector 38 Norm= 0.9998
Vector: 38 F= 1244.73 Cos= -0.042 Sum= 0.639 q= -17.2888
Vector: 39 F= 1258.86 Cos= -0.036 Sum= 0.640 q= -14.6312
Vector: 40 F= 1264.46 Cos= 0.060 Sum= 0.644 q= 24.4713
Vector: 41 F= 1275.60 Cos= 0.130 Sum= 0.661 q= 53.1286
Vector: 42 F= 1295.78 Cos= -0.027 Sum= 0.662 q= -10.8992
%Projmod-Wn> Eigenvector 43 Norm= 0.9999
Vector: 43 F= 1325.91 Cos= -0.009 Sum= 0.662 q= -3.7342
Vector: 44 F= 1337.87 Cos= 0.025 Sum= 0.662 q= 10.0053
Vector: 45 F= 1343.14 Cos= -0.049 Sum= 0.665 q= -19.9788
Vector: 46 F= 1361.02 Cos= 0.115 Sum= 0.678 q= 46.8609
Vector: 47 F= 1364.91 Cos= 0.043 Sum= 0.680 q= 17.5282
Vector: 48 F= 1384.21 Cos= 0.018 Sum= 0.680 q= 7.3436
Vector: 49 F= 1391.44 Cos= 0.066 Sum= 0.684 q= 26.8274
Vector: 50 F= 1411.63 Cos= -0.007 Sum= 0.684 q= -2.7665
Vector: 51 F= 1419.12 Cos= -0.003 Sum= 0.684 q= -1.3092
Vector: 52 F= 1421.20 Cos= -0.098 Sum= 0.694 q= -40.1481
Vector: 53 F= 1447.10 Cos= -0.170 Sum= 0.723 q= -69.4778
Vector: 54 F= 1458.46 Cos= 0.022 Sum= 0.724 q= 8.9853
Vector: 55 F= 1465.72 Cos= -0.082 Sum= 0.730 q= -33.2405
Vector: 56 F= 1478.93 Cos= 0.077 Sum= 0.736 q= 31.2770
Vector: 57 F= 1482.91 Cos= -0.040 Sum= 0.738 q= -16.2356
Vector: 58 F= 1488.87 Cos= 0.024 Sum= 0.738 q= 9.9737
Vector: 59 F= 1497.55 Cos= -0.016 Sum= 0.739 q= -6.6363
Vector: 60 F= 1500.31 Cos= -0.041 Sum= 0.740 q= -16.5883
Vector: 61 F= 1516.72 Cos= 0.054 Sum= 0.743 q= 22.1194
Vector: 62 F= 1525.25 Cos= 0.054 Sum= 0.746 q= 22.0396
Vector: 63 F= 1529.11 Cos= 0.023 Sum= 0.747 q= 9.4749
Vector: 64 F= 1536.42 Cos= -0.111 Sum= 0.759 q= -45.4003
Vector: 65 F= 1545.60 Cos= 0.057 Sum= 0.762 q= 23.3919
Vector: 66 F= 1549.79 Cos= 0.012 Sum= 0.763 q= 4.9209
Vector: 67 F= 1553.97 Cos= -0.032 Sum= 0.764 q= -13.0942
Vector: 68 F= 1561.91 Cos= -0.075 Sum= 0.769 q= -30.4071
Vector: 69 F= 1585.51 Cos= -0.066 Sum= 0.773 q= -26.9844
Vector: 70 F= 1588.49 Cos= -0.018 Sum= 0.774 q= -7.1950
Vector: 71 F= 1594.41 Cos= -0.072 Sum= 0.779 q= -29.1879
Vector: 72 F= 1601.06 Cos= -0.057 Sum= 0.782 q= -23.2001
Vector: 73 F= 1615.72 Cos= -0.012 Sum= 0.782 q= -4.8835
Vector: 74 F= 1626.99 Cos= 0.015 Sum= 0.783 q= 6.2403
Vector: 75 F= 1632.05 Cos= -0.059 Sum= 0.786 q= -24.0952
Vector: 76 F= 1634.58 Cos= 0.002 Sum= 0.786 q= 0.7190
Vector: 77 F= 1644.65 Cos= -0.000 Sum= 0.786 q= -0.1053
Vector: 78 F= 1666.73 Cos= 0.037 Sum= 0.787 q= 15.0866
Vector: 79 F= 1670.26 Cos= -0.080 Sum= 0.794 q= -32.5235
Vector: 80 F= 1681.52 Cos= -0.051 Sum= 0.796 q= -20.6748
Vector: 81 F= 1683.97 Cos= -0.005 Sum= 0.796 q= -1.9059
Vector: 82 F= 1687.82 Cos= 0.007 Sum= 0.796 q= 3.0167
Vector: 83 F= 1703.12 Cos= 0.002 Sum= 0.796 q= 0.7974
Vector: 84 F= 1708.30 Cos= 0.030 Sum= 0.797 q= 12.1353
Vector: 85 F= 1719.65 Cos= -0.099 Sum= 0.807 q= -40.4859
Vector: 86 F= 1723.76 Cos= 0.045 Sum= 0.809 q= 18.5123
Vector: 87 F= 1733.99 Cos= 0.010 Sum= 0.809 q= 4.0284
Vector: 88 F= 1747.87 Cos= -0.040 Sum= 0.811 q= -16.3574
Vector: 89 F= 1752.25 Cos= 0.079 Sum= 0.817 q= 32.0377
Vector: 90 F= 1758.97 Cos= -0.007 Sum= 0.817 q= -2.8888
Vector: 91 F= 1766.00 Cos= 0.012 Sum= 0.817 q= 5.0197
Vector: 92 F= 1772.66 Cos= -0.049 Sum= 0.820 q= -19.8947
Vector: 93 F= 1775.65 Cos= -0.004 Sum= 0.820 q= -1.7781
Vector: 94 F= 1777.64 Cos= -0.009 Sum= 0.820 q= -3.4929
Vector: 95 F= 1781.29 Cos= 0.002 Sum= 0.820 q= 0.6613
Vector: 96 F= 1794.80 Cos= -0.027 Sum= 0.821 q= -10.9577
Vector: 97 F= 1800.71 Cos= 0.006 Sum= 0.821 q= 2.2747
Vector: 98 F= 1809.52 Cos= 0.043 Sum= 0.822 q= 17.4728
Vector: 99 F= 1813.11 Cos= 0.022 Sum= 0.823 q= 9.1342
Vector: 100 F= 1818.62 Cos= 0.012 Sum= 0.823 q= 4.9342
Vector: 101 F= 1823.48 Cos= 0.005 Sum= 0.823 q= 1.9411
Vector: 102 F= 1834.76 Cos= 0.038 Sum= 0.824 q= 15.3062
Vector: 103 F= 1840.54 Cos= -0.013 Sum= 0.825 q= -5.1041
Vector: 104 F= 1843.10 Cos= -0.014 Sum= 0.825 q= -5.8146
Vector: 105 F= 1848.85 Cos= 0.034 Sum= 0.826 q= 13.7242
Vector: 106 F= 1855.85 Cos= 0.015 Sum= 0.826 q= 6.0762
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003431
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003435
Projmod> Lowest non-zero frequency : 337.038845
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 0.31 for mode 32 with F= 1110.03 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.095 0.253 0.382 0.474 0.549 0.826
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2602031626071395585 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
making animated gifs
11 models are in 2602031626071395585.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602031626071395585.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602031626071395585.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 40 5.542 22 1.608
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 40 5.085 22 1.571
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 40 4.687 22 1.665
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 40 4.363 22 1.615
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 40 4.131 20 1.498
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 40 4.007 21 1.734
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 40 4.001 20 1.814
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 40 4.114 20 1.960
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 40 4.336 19 1.894
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 40 4.653 16 1.696
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 40 5.045 17 1.398
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2602031626071395585 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
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2602031626071395585.atom
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602031626071395585.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602031626071395585.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 40 5.692 12 1.952
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 40 5.229 13 1.951
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 40 4.814 17 1.898
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 40 4.461 21 1.764
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 40 4.187 21 1.618
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 40 4.007 21 1.734
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 40 3.934 20 1.965
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 40 3.974 18 1.847
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 40 4.124 19 1.809
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 40 4.373 17 1.959
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 40 4.704 13 2.017
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2602031626071395585 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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2602031626071395585.eigenfacs
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2602031626071395585.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2602031626071395585.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602031626071395585.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602031626071395585.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 40 6.048 8 1.498
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 40 5.545 17 1.826
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 40 5.077 18 1.868
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 40 4.655 13 1.929
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 40 4.293 19 1.909
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 40 4.007 21 1.734
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 40 3.813 23 1.615
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 40 3.728 23 1.504
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 40 3.757 25 1.714
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 40 3.898 22 1.704
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 40 4.140 18 1.637
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2602031626071395585 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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2602031626071395585.eigenfacs
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2602031626071395585.eigenfacs
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2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2602031626071395585.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
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making animated gifs
11 models are in 2602031626071395585.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602031626071395585.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602031626071395585.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 40 5.279 15 1.308
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 40 4.868 16 1.296
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 40 4.521 16 1.126
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 40 4.252 18 1.645
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 40 4.077 19 1.560
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 40 4.007 21 1.734
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 40 4.047 20 1.982
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 40 4.195 18 1.384
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 40 4.439 19 1.259
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 40 4.764 16 1.062
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 40 5.154 16 1.261
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2602031626071395585 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2602031626071395585.eigenfacs
2602031626071395585.atom
making animated gifs
11 models are in 2602031626071395585.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602031626071395585.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602031626071395585.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 40 5.159 17 1.178
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 40 4.830 17 1.124
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 40 4.543 17 1.102
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 40 4.304 17 1.111
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 40 4.123 18 1.529
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 40 4.007 21 1.734
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 40 3.961 23 1.708
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 40 3.990 23 1.660
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 40 4.089 24 1.718
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 40 4.256 22 1.602
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 40 4.482 21 1.664
2602031626071395585.10.pdb
2602031626071395585.11.pdb
2602031626071395585.7.pdb
2602031626071395585.8.pdb
2602031626071395585.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.561s
user 0m0.533s
sys 0m0.027s
rm: cannot remove '2602031626071395585.sdijf': No such file or directory
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