*** TRANSFERASE 18-AUG-21 7PHT ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2602051024222626962.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2602051024222626962.atom to be opened.
Openam> File opened: 2602051024222626962.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 600
First residue number = 953
Last residue number = 982
Number of atoms found = 10480
Mean number per residue = 17.5
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 22.523712 +/- 8.417127 From: 2.261000 To: 43.479000
= -17.916533 +/- 11.286936 From: -44.623000 To: 3.977000
= -3.554337 +/- 3.128656 From: -12.429000 To: 4.946000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 19.8161 % Filled.
Pdbmat> 97941553 non-zero elements.
Pdbmat> 10877394 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 2075.84 +/- 614.96
Maximum number = 3203
Minimum number = 133
Pdbmat> Matrix trace = 2.175479E+08
Pdbmat> Larger element = 13504.9
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
600 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2602051024222626962.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2602051024222626962.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2602051024222626962.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 10480 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 600 residues.
Blocpdb> 65 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 64 atoms in block 2
Block first atom: 66
Blocpdb> 72 atoms in block 3
Block first atom: 130
Blocpdb> 75 atoms in block 4
Block first atom: 202
Blocpdb> 62 atoms in block 5
Block first atom: 277
Blocpdb> 58 atoms in block 6
Block first atom: 339
Blocpdb> 82 atoms in block 7
Block first atom: 397
Blocpdb> 46 atoms in block 8
Block first atom: 479
Blocpdb> 65 atoms in block 9
Block first atom: 525
Blocpdb> 64 atoms in block 10
Block first atom: 590
Blocpdb> 72 atoms in block 11
Block first atom: 654
Blocpdb> 75 atoms in block 12
Block first atom: 726
Blocpdb> 62 atoms in block 13
Block first atom: 801
Blocpdb> 58 atoms in block 14
Block first atom: 863
Blocpdb> 82 atoms in block 15
Block first atom: 921
Blocpdb> 46 atoms in block 16
Block first atom: 1003
Blocpdb> 65 atoms in block 17
Block first atom: 1049
Blocpdb> 64 atoms in block 18
Block first atom: 1114
Blocpdb> 72 atoms in block 19
Block first atom: 1178
Blocpdb> 75 atoms in block 20
Block first atom: 1250
Blocpdb> 62 atoms in block 21
Block first atom: 1325
Blocpdb> 58 atoms in block 22
Block first atom: 1387
Blocpdb> 82 atoms in block 23
Block first atom: 1445
Blocpdb> 46 atoms in block 24
Block first atom: 1527
Blocpdb> 65 atoms in block 25
Block first atom: 1573
Blocpdb> 64 atoms in block 26
Block first atom: 1638
Blocpdb> 72 atoms in block 27
Block first atom: 1702
Blocpdb> 75 atoms in block 28
Block first atom: 1774
Blocpdb> 62 atoms in block 29
Block first atom: 1849
Blocpdb> 58 atoms in block 30
Block first atom: 1911
Blocpdb> 82 atoms in block 31
Block first atom: 1969
Blocpdb> 46 atoms in block 32
Block first atom: 2051
Blocpdb> 65 atoms in block 33
Block first atom: 2097
Blocpdb> 64 atoms in block 34
Block first atom: 2162
Blocpdb> 72 atoms in block 35
Block first atom: 2226
Blocpdb> 75 atoms in block 36
Block first atom: 2298
Blocpdb> 62 atoms in block 37
Block first atom: 2373
Blocpdb> 58 atoms in block 38
Block first atom: 2435
Blocpdb> 82 atoms in block 39
Block first atom: 2493
Blocpdb> 46 atoms in block 40
Block first atom: 2575
Blocpdb> 65 atoms in block 41
Block first atom: 2621
Blocpdb> 64 atoms in block 42
Block first atom: 2686
Blocpdb> 72 atoms in block 43
Block first atom: 2750
Blocpdb> 75 atoms in block 44
Block first atom: 2822
Blocpdb> 62 atoms in block 45
Block first atom: 2897
Blocpdb> 58 atoms in block 46
Block first atom: 2959
Blocpdb> 82 atoms in block 47
Block first atom: 3017
Blocpdb> 46 atoms in block 48
Block first atom: 3099
Blocpdb> 65 atoms in block 49
Block first atom: 3145
Blocpdb> 64 atoms in block 50
Block first atom: 3210
Blocpdb> 72 atoms in block 51
Block first atom: 3274
Blocpdb> 75 atoms in block 52
Block first atom: 3346
Blocpdb> 62 atoms in block 53
Block first atom: 3421
Blocpdb> 58 atoms in block 54
Block first atom: 3483
Blocpdb> 82 atoms in block 55
Block first atom: 3541
Blocpdb> 46 atoms in block 56
Block first atom: 3623
Blocpdb> 65 atoms in block 57
Block first atom: 3669
Blocpdb> 64 atoms in block 58
Block first atom: 3734
Blocpdb> 72 atoms in block 59
Block first atom: 3798
Blocpdb> 75 atoms in block 60
Block first atom: 3870
Blocpdb> 62 atoms in block 61
Block first atom: 3945
Blocpdb> 58 atoms in block 62
Block first atom: 4007
Blocpdb> 82 atoms in block 63
Block first atom: 4065
Blocpdb> 46 atoms in block 64
Block first atom: 4147
Blocpdb> 65 atoms in block 65
Block first atom: 4193
Blocpdb> 64 atoms in block 66
Block first atom: 4258
Blocpdb> 72 atoms in block 67
Block first atom: 4322
Blocpdb> 75 atoms in block 68
Block first atom: 4394
Blocpdb> 62 atoms in block 69
Block first atom: 4469
Blocpdb> 58 atoms in block 70
Block first atom: 4531
Blocpdb> 82 atoms in block 71
Block first atom: 4589
Blocpdb> 46 atoms in block 72
Block first atom: 4671
Blocpdb> 65 atoms in block 73
Block first atom: 4717
Blocpdb> 64 atoms in block 74
Block first atom: 4782
Blocpdb> 72 atoms in block 75
Block first atom: 4846
Blocpdb> 75 atoms in block 76
Block first atom: 4918
Blocpdb> 62 atoms in block 77
Block first atom: 4993
Blocpdb> 58 atoms in block 78
Block first atom: 5055
Blocpdb> 82 atoms in block 79
Block first atom: 5113
Blocpdb> 46 atoms in block 80
Block first atom: 5195
Blocpdb> 65 atoms in block 81
Block first atom: 5241
Blocpdb> 64 atoms in block 82
Block first atom: 5306
Blocpdb> 72 atoms in block 83
Block first atom: 5370
Blocpdb> 75 atoms in block 84
Block first atom: 5442
Blocpdb> 62 atoms in block 85
Block first atom: 5517
Blocpdb> 58 atoms in block 86
Block first atom: 5579
Blocpdb> 82 atoms in block 87
Block first atom: 5637
Blocpdb> 46 atoms in block 88
Block first atom: 5719
Blocpdb> 65 atoms in block 89
Block first atom: 5765
Blocpdb> 64 atoms in block 90
Block first atom: 5830
Blocpdb> 72 atoms in block 91
Block first atom: 5894
Blocpdb> 75 atoms in block 92
Block first atom: 5966
Blocpdb> 62 atoms in block 93
Block first atom: 6041
Blocpdb> 58 atoms in block 94
Block first atom: 6103
Blocpdb> 82 atoms in block 95
Block first atom: 6161
Blocpdb> 46 atoms in block 96
Block first atom: 6243
Blocpdb> 65 atoms in block 97
Block first atom: 6289
Blocpdb> 64 atoms in block 98
Block first atom: 6354
Blocpdb> 72 atoms in block 99
Block first atom: 6418
Blocpdb> 75 atoms in block 100
Block first atom: 6490
Blocpdb> 62 atoms in block 101
Block first atom: 6565
Blocpdb> 58 atoms in block 102
Block first atom: 6627
Blocpdb> 82 atoms in block 103
Block first atom: 6685
Blocpdb> 46 atoms in block 104
Block first atom: 6767
Blocpdb> 65 atoms in block 105
Block first atom: 6813
Blocpdb> 64 atoms in block 106
Block first atom: 6878
Blocpdb> 72 atoms in block 107
Block first atom: 6942
Blocpdb> 75 atoms in block 108
Block first atom: 7014
Blocpdb> 62 atoms in block 109
Block first atom: 7089
Blocpdb> 58 atoms in block 110
Block first atom: 7151
Blocpdb> 82 atoms in block 111
Block first atom: 7209
Blocpdb> 46 atoms in block 112
Block first atom: 7291
Blocpdb> 65 atoms in block 113
Block first atom: 7337
Blocpdb> 64 atoms in block 114
Block first atom: 7402
Blocpdb> 72 atoms in block 115
Block first atom: 7466
Blocpdb> 75 atoms in block 116
Block first atom: 7538
Blocpdb> 62 atoms in block 117
Block first atom: 7613
Blocpdb> 58 atoms in block 118
Block first atom: 7675
Blocpdb> 82 atoms in block 119
Block first atom: 7733
Blocpdb> 46 atoms in block 120
Block first atom: 7815
Blocpdb> 65 atoms in block 121
Block first atom: 7861
Blocpdb> 64 atoms in block 122
Block first atom: 7926
Blocpdb> 72 atoms in block 123
Block first atom: 7990
Blocpdb> 75 atoms in block 124
Block first atom: 8062
Blocpdb> 62 atoms in block 125
Block first atom: 8137
Blocpdb> 58 atoms in block 126
Block first atom: 8199
Blocpdb> 82 atoms in block 127
Block first atom: 8257
Blocpdb> 46 atoms in block 128
Block first atom: 8339
Blocpdb> 65 atoms in block 129
Block first atom: 8385
Blocpdb> 64 atoms in block 130
Block first atom: 8450
Blocpdb> 72 atoms in block 131
Block first atom: 8514
Blocpdb> 75 atoms in block 132
Block first atom: 8586
Blocpdb> 62 atoms in block 133
Block first atom: 8661
Blocpdb> 58 atoms in block 134
Block first atom: 8723
Blocpdb> 82 atoms in block 135
Block first atom: 8781
Blocpdb> 46 atoms in block 136
Block first atom: 8863
Blocpdb> 65 atoms in block 137
Block first atom: 8909
Blocpdb> 64 atoms in block 138
Block first atom: 8974
Blocpdb> 72 atoms in block 139
Block first atom: 9038
Blocpdb> 75 atoms in block 140
Block first atom: 9110
Blocpdb> 62 atoms in block 141
Block first atom: 9185
Blocpdb> 58 atoms in block 142
Block first atom: 9247
Blocpdb> 82 atoms in block 143
Block first atom: 9305
Blocpdb> 46 atoms in block 144
Block first atom: 9387
Blocpdb> 65 atoms in block 145
Block first atom: 9433
Blocpdb> 64 atoms in block 146
Block first atom: 9498
Blocpdb> 72 atoms in block 147
Block first atom: 9562
Blocpdb> 75 atoms in block 148
Block first atom: 9634
Blocpdb> 62 atoms in block 149
Block first atom: 9709
Blocpdb> 58 atoms in block 150
Block first atom: 9771
Blocpdb> 82 atoms in block 151
Block first atom: 9829
Blocpdb> 46 atoms in block 152
Block first atom: 9911
Blocpdb> 65 atoms in block 153
Block first atom: 9957
Blocpdb> 64 atoms in block 154
Block first atom: 10022
Blocpdb> 72 atoms in block 155
Block first atom: 10086
Blocpdb> 75 atoms in block 156
Block first atom: 10158
Blocpdb> 62 atoms in block 157
Block first atom: 10233
Blocpdb> 58 atoms in block 158
Block first atom: 10295
Blocpdb> 82 atoms in block 159
Block first atom: 10353
Blocpdb> 46 atoms in block 160
Block first atom: 10434
Blocpdb> 160 blocks.
Blocpdb> At most, 82 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 46 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 97941713 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 31440
Prepmat> Matrix trace = 217547880.0000
Prepmat> Last element read: 31440 31440 387.2746
Prepmat> 12881 lines saved.
Prepmat> 6000 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 10480
RTB> Total mass = 10480.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 10480
RTB> Number of blocks = 160
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 5722071.2578
RTB> 245280 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 960
Diagstd> Nb of non-zero elements: 245280
Diagstd> Projected matrix trace = 5722071.2578
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 960 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues =5722071.2578
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 40.0397066 57.6434904 101.2603881 238.6560572
291.5752713 407.9067677 424.9637806 665.1011131 710.3431889
772.0466307 850.9408477 996.9978146 1009.4630766 1084.0633545
1139.3937154 1176.8124339 1209.9425945 1233.4079191 1271.0110985
1327.5314796 1341.5951980 1351.8761878 1388.4710455 1400.8720245
1429.2417474 1443.3503195 1483.3546327 1505.3058338 1522.4411918
1527.9715166 1593.9781348 1621.3641824 1639.8561905 1647.5453424
1700.9762528 1758.2128818 1795.6948918 1848.5449907 1875.7850221
1921.8120668 1941.3238375 1957.2100210 1989.7592076 2005.9895944
2027.1281593 2035.9675916 2061.3699068 2078.1971202 2093.9452944
2123.9868206 2138.5814551 2176.7273614 2187.6557317 2204.9792425
2211.3268250 2218.4613372 2221.8698959 2232.7550639 2245.0488334
2252.3385162 2299.9186279 2304.2211900 2308.7491602 2329.5665257
2361.4706135 2369.0046680 2388.1270060 2425.1060753 2429.6052195
2465.4592567 2480.4368818 2516.3460515 2522.1082069 2528.5845215
2557.0986570 2585.8056135 2617.5036014 2624.9556565 2638.8413361
2653.6816512 2687.7860596 2706.7627966 2717.7977105 2742.5267224
2758.7089741 2776.5060654 2807.4162898 2854.2304738 2858.3830198
2891.5555380 2899.5669966 2904.0230972 2917.4300838 2935.1959176
2967.9407591 2975.2861069 2980.5991263 2994.6441132 2998.6160497
3005.0353376
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034072 0.0034176 0.0034188 0.0034258 0.0034291
0.0034339 687.1328694 824.4615664 1092.7355547 1677.5733220
1854.2599772 2193.1873675 2238.5728838 2800.5228313 2894.2056738
3017.2899504 3167.7067211 3428.8018138 3450.1700385 3575.3833403
3665.4912752 3725.1940830 3777.2668147 3813.7186139 3871.4169903
3956.5594383 3977.4618963 3992.6729681 4046.3523156 4064.3819268
4105.3305104 4125.5433662 4182.3249854 4213.1570927 4237.0690657
4244.7577460 4335.4727425 4372.5578867 4397.4221749 4407.7196949
4478.6219628 4553.3497359 4601.6284970 4668.8539949 4703.1281463
4760.4799268 4784.5849946 4804.1216450 4843.9041607 4863.6198044
4889.1783904 4899.8265949 4930.2988643 4950.3812787 4969.1023934
5004.6209440 5021.7857329 5066.3746086 5079.0766812 5099.1470098
5106.4813181 5114.7123301 5118.6400762 5131.1631278 5145.2700809
5153.6166676 5207.7666447 5212.6355712 5217.7546707 5241.2254220
5276.9934247 5285.4046019 5306.6933226 5347.6213693 5352.5796206
5391.9293773 5408.2825205 5447.2895796 5453.5228598 5460.5201976
5491.2222598 5521.9595024 5555.7017630 5563.6047071 5578.3006764
5593.9643079 5629.7956200 5649.6348553 5661.1393401 5686.8361336
5703.5890175 5721.9570493 5753.7195304 5801.4933612 5805.7120485
5839.3035122 5847.3872200 5851.8786737 5865.3712861 5883.2029139
5915.9281981 5923.2443308 5928.5305914 5942.4821948 5946.4217849
5952.7832840
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 10480
Rtb_to_modes> Number of blocs = 160
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.8449E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2300.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2330.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2361.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2369.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2388.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2430.
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2688.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2718.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2743.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2759.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2892.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2900.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2904.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2917.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2935.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2968.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2975.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2981.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2995.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2999.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3005.
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 960 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 0.99998 0.99998 1.00002 1.00004
1.00000 1.00004 0.99999 0.99998 1.00000
1.00000 0.99998 0.99998 1.00001 0.99998
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1.00003 1.00003 0.99999 1.00000 0.99998
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1.00003 0.99998 0.99998 0.99996 0.99999
1.00003
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 188640 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 0.99998 0.99998 1.00002 1.00004
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1.00003 1.00003 0.99999 1.00000 0.99998
1.00001 0.99996 1.00000 1.00002 0.99999
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1.00002 1.00001 1.00002 0.99994 1.00000
0.99997 1.00002 0.99999 1.00001 1.00004
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1.00003 0.99995 0.99999 1.00002 1.00000
1.00003 0.99998 0.99998 0.99996 0.99999
1.00003
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602051024222626962.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602051024222626962.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2602051024222626962.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2602051024222626962.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 600
First residue number = 953
Last residue number = 982
Number of atoms found = 10480
Mean number per residue = 17.5
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9718E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 238.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 291.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 407.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 425.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1388.
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1401.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1443.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2529.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2718.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2743.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2759.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2777.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2807.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2900.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2904.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2917.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2935.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2968.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2975.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2981.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2995.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2999.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3005.
Bfactors> 106 vectors, 31440 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 40.040000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.000
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602051024222626962.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602051024222626962.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4071E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4175E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4187E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4256E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4290E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 824.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1093.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1678.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1854.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2193.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2239.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2800.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2894.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3017.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3167.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3429.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3449.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3575.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3665.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3725.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3777.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3813.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3871.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3957.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3978.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3993.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4045.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4064.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4105.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4125.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4182.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4213.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4236.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4245.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4335.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4372.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4397.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4408.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4478.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4553.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4602.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4669.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4703.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4761.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4784.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4804.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4844.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4863.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4889.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4900.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4930.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4950.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4969.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5004.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5022.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5066.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5079.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5099.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5106.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5114.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5119.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5131.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5145.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5153.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5208.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5212.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5218.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5241.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5276.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5285.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5306.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5347.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5353.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5391.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5408.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5447.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5453.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5461.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5491.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5522.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5556.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5563.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5578.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5594.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5630.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5650.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5661.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5687.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5704.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5722.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5753.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5801.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5805.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5840.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5848.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5852.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5865.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5883.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5916.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5923.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5929.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5943.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5947.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5952.
Chkmod> 106 vectors, 31440 coordinates in file.
Chkmod> That is: 10480 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 39 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 51 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 69 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 79 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 94 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 97 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 104 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9385
0.0034 0.7996
0.0034 0.6788
0.0034 0.8036
0.0034 0.8531
0.0034 0.7591
687.1059 0.6520
824.4012 0.5801
1092.9023 0.5567
1677.6557 0.6058
1854.2590 0.6388
2193.0750 0.5444
2238.5722 0.6071
2800.4003 0.0247
2893.9935 0.5114
3017.0693 0.5728
3167.4947 0.0348
3428.6584 0.0101
3449.2305 0.6093
3575.1254 0.0054
3664.7006 0.0216
3725.3310 0.0654
3777.1943 0.0117
3812.9242 0.2447
3871.2339 0.0110
3957.0877 0.0276
3977.8911 0.0657
3992.6844 0.0157
4045.4922 0.0207
4064.3931 0.0181
4104.8071 0.0786
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m32.251s
user 1m29.099s
sys 0m3.106s
rm: cannot remove '2602051024222626962.sdijf': No such file or directory
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