*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2602070118173194594.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2602070118173194594.atom to be opened.
Openam> File opened: 2602070118173194594.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 408
First residue number = 27
Last residue number = 434
Number of atoms found = 3681
Mean number per residue = 9.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -12.061269 +/- 11.358151 From: -40.516000 To: 14.721000
= -12.871323 +/- 14.766607 From: -57.065000 To: 24.170000
= 1.303971 +/- 11.698019 From: -26.802000 To: 31.479000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.7136 % Filled.
Pdbmat> 1654731 non-zero elements.
Pdbmat> 181435 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 98.58 +/- 29.96
Maximum number = 156
Minimum number = 15
Pdbmat> Matrix trace = 3.628700E+06
Pdbmat> Larger element = 594.520
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
408 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2602070118173194594.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2602070118173194594.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2602070118173194594.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3681 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 408 residues.
Blocpdb> 24 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 21 atoms in block 2
Block first atom: 25
Blocpdb> 23 atoms in block 3
Block first atom: 46
Blocpdb> 19 atoms in block 4
Block first atom: 69
Blocpdb> 23 atoms in block 5
Block first atom: 88
Blocpdb> 24 atoms in block 6
Block first atom: 111
Blocpdb> 25 atoms in block 7
Block first atom: 135
Blocpdb> 22 atoms in block 8
Block first atom: 160
Blocpdb> 22 atoms in block 9
Block first atom: 182
Blocpdb> 26 atoms in block 10
Block first atom: 204
Blocpdb> 24 atoms in block 11
Block first atom: 230
Blocpdb> 24 atoms in block 12
Block first atom: 254
Blocpdb> 26 atoms in block 13
Block first atom: 278
Blocpdb> 34 atoms in block 14
Block first atom: 304
Blocpdb> 32 atoms in block 15
Block first atom: 338
Blocpdb> 35 atoms in block 16
Block first atom: 370
Blocpdb> 24 atoms in block 17
Block first atom: 405
Blocpdb> 23 atoms in block 18
Block first atom: 429
Blocpdb> 26 atoms in block 19
Block first atom: 452
Blocpdb> 35 atoms in block 20
Block first atom: 478
Blocpdb> 32 atoms in block 21
Block first atom: 513
Blocpdb> 27 atoms in block 22
Block first atom: 545
Blocpdb> 27 atoms in block 23
Block first atom: 572
Blocpdb> 27 atoms in block 24
Block first atom: 599
Blocpdb> 22 atoms in block 25
Block first atom: 626
Blocpdb> 26 atoms in block 26
Block first atom: 648
Blocpdb> 24 atoms in block 27
Block first atom: 674
Blocpdb> 23 atoms in block 28
Block first atom: 698
Blocpdb> 26 atoms in block 29
Block first atom: 721
Blocpdb> 22 atoms in block 30
Block first atom: 747
Blocpdb> 30 atoms in block 31
Block first atom: 769
Blocpdb> 28 atoms in block 32
Block first atom: 799
Blocpdb> 20 atoms in block 33
Block first atom: 827
Blocpdb> 22 atoms in block 34
Block first atom: 847
Blocpdb> 37 atoms in block 35
Block first atom: 869
Blocpdb> 25 atoms in block 36
Block first atom: 906
Blocpdb> 33 atoms in block 37
Block first atom: 931
Blocpdb> 23 atoms in block 38
Block first atom: 964
Blocpdb> 38 atoms in block 39
Block first atom: 987
Blocpdb> 28 atoms in block 40
Block first atom: 1025
Blocpdb> 19 atoms in block 41
Block first atom: 1053
Blocpdb> 26 atoms in block 42
Block first atom: 1072
Blocpdb> 27 atoms in block 43
Block first atom: 1098
Blocpdb> 32 atoms in block 44
Block first atom: 1125
Blocpdb> 26 atoms in block 45
Block first atom: 1157
Blocpdb> 19 atoms in block 46
Block first atom: 1183
Blocpdb> 35 atoms in block 47
Block first atom: 1202
Blocpdb> 26 atoms in block 48
Block first atom: 1237
Blocpdb> 20 atoms in block 49
Block first atom: 1263
Blocpdb> 32 atoms in block 50
Block first atom: 1283
Blocpdb> 24 atoms in block 51
Block first atom: 1315
Blocpdb> 16 atoms in block 52
Block first atom: 1339
Blocpdb> 34 atoms in block 53
Block first atom: 1355
Blocpdb> 32 atoms in block 54
Block first atom: 1389
Blocpdb> 29 atoms in block 55
Block first atom: 1421
Blocpdb> 35 atoms in block 56
Block first atom: 1450
Blocpdb> 21 atoms in block 57
Block first atom: 1485
Blocpdb> 25 atoms in block 58
Block first atom: 1506
Blocpdb> 20 atoms in block 59
Block first atom: 1531
Blocpdb> 20 atoms in block 60
Block first atom: 1551
Blocpdb> 24 atoms in block 61
Block first atom: 1571
Blocpdb> 24 atoms in block 62
Block first atom: 1595
Blocpdb> 36 atoms in block 63
Block first atom: 1619
Blocpdb> 39 atoms in block 64
Block first atom: 1655
Blocpdb> 22 atoms in block 65
Block first atom: 1694
Blocpdb> 36 atoms in block 66
Block first atom: 1716
Blocpdb> 37 atoms in block 67
Block first atom: 1752
Blocpdb> 24 atoms in block 68
Block first atom: 1789
Blocpdb> 21 atoms in block 69
Block first atom: 1813
Blocpdb> 29 atoms in block 70
Block first atom: 1834
Blocpdb> 25 atoms in block 71
Block first atom: 1863
Blocpdb> 41 atoms in block 72
Block first atom: 1888
Blocpdb> 27 atoms in block 73
Block first atom: 1929
Blocpdb> 40 atoms in block 74
Block first atom: 1956
Blocpdb> 30 atoms in block 75
Block first atom: 1996
Blocpdb> 30 atoms in block 76
Block first atom: 2026
Blocpdb> 29 atoms in block 77
Block first atom: 2056
Blocpdb> 32 atoms in block 78
Block first atom: 2085
Blocpdb> 20 atoms in block 79
Block first atom: 2117
Blocpdb> 22 atoms in block 80
Block first atom: 2137
Blocpdb> 19 atoms in block 81
Block first atom: 2159
Blocpdb> 28 atoms in block 82
Block first atom: 2178
Blocpdb> 40 atoms in block 83
Block first atom: 2206
Blocpdb> 30 atoms in block 84
Block first atom: 2246
Blocpdb> 23 atoms in block 85
Block first atom: 2276
Blocpdb> 29 atoms in block 86
Block first atom: 2299
Blocpdb> 22 atoms in block 87
Block first atom: 2328
Blocpdb> 31 atoms in block 88
Block first atom: 2350
Blocpdb> 31 atoms in block 89
Block first atom: 2381
Blocpdb> 19 atoms in block 90
Block first atom: 2412
Blocpdb> 26 atoms in block 91
Block first atom: 2431
Blocpdb> 30 atoms in block 92
Block first atom: 2457
Blocpdb> 22 atoms in block 93
Block first atom: 2487
Blocpdb> 24 atoms in block 94
Block first atom: 2509
Blocpdb> 23 atoms in block 95
Block first atom: 2533
Blocpdb> 31 atoms in block 96
Block first atom: 2556
Blocpdb> 24 atoms in block 97
Block first atom: 2587
Blocpdb> 35 atoms in block 98
Block first atom: 2611
Blocpdb> 23 atoms in block 99
Block first atom: 2646
Blocpdb> 28 atoms in block 100
Block first atom: 2669
Blocpdb> 26 atoms in block 101
Block first atom: 2697
Blocpdb> 18 atoms in block 102
Block first atom: 2723
Blocpdb> 32 atoms in block 103
Block first atom: 2741
Blocpdb> 24 atoms in block 104
Block first atom: 2773
Blocpdb> 28 atoms in block 105
Block first atom: 2797
Blocpdb> 33 atoms in block 106
Block first atom: 2825
Blocpdb> 30 atoms in block 107
Block first atom: 2858
Blocpdb> 26 atoms in block 108
Block first atom: 2888
Blocpdb> 24 atoms in block 109
Block first atom: 2914
Blocpdb> 24 atoms in block 110
Block first atom: 2938
Blocpdb> 21 atoms in block 111
Block first atom: 2962
Blocpdb> 32 atoms in block 112
Block first atom: 2983
Blocpdb> 32 atoms in block 113
Block first atom: 3015
Blocpdb> 31 atoms in block 114
Block first atom: 3047
Blocpdb> 30 atoms in block 115
Block first atom: 3078
Blocpdb> 22 atoms in block 116
Block first atom: 3108
Blocpdb> 30 atoms in block 117
Block first atom: 3130
Blocpdb> 27 atoms in block 118
Block first atom: 3160
Blocpdb> 25 atoms in block 119
Block first atom: 3187
Blocpdb> 25 atoms in block 120
Block first atom: 3212
Blocpdb> 33 atoms in block 121
Block first atom: 3237
Blocpdb> 33 atoms in block 122
Block first atom: 3270
Blocpdb> 25 atoms in block 123
Block first atom: 3303
Blocpdb> 38 atoms in block 124
Block first atom: 3328
Blocpdb> 27 atoms in block 125
Block first atom: 3366
Blocpdb> 24 atoms in block 126
Block first atom: 3393
Blocpdb> 27 atoms in block 127
Block first atom: 3417
Blocpdb> 25 atoms in block 128
Block first atom: 3444
Blocpdb> 23 atoms in block 129
Block first atom: 3469
Blocpdb> 22 atoms in block 130
Block first atom: 3492
Blocpdb> 18 atoms in block 131
Block first atom: 3514
Blocpdb> 28 atoms in block 132
Block first atom: 3532
Blocpdb> 22 atoms in block 133
Block first atom: 3560
Blocpdb> 32 atoms in block 134
Block first atom: 3582
Blocpdb> 38 atoms in block 135
Block first atom: 3614
Blocpdb> 30 atoms in block 136
Block first atom: 3651
Blocpdb> 136 blocks.
Blocpdb> At most, 41 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 16 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1654867 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 11043
Prepmat> Matrix trace = 3628700.0000
Prepmat> Last element read: 11043 11043 84.8067
Prepmat> 9317 lines saved.
Prepmat> 7916 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3681
RTB> Total mass = 3681.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3681
RTB> Number of blocks = 136
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 209608.2864
RTB> 48360 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 816
Diagstd> Nb of non-zero elements: 48360
Diagstd> Projected matrix trace = 209608.2864
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 816 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 209608.2864
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0050159 0.0091948 0.0262175 0.0749140
0.2471686 0.4853787 0.8123931 1.2698913 2.2713124
2.3405383 2.6259947 3.5153803 3.6943022 5.0795530
5.3687925 5.6440324 5.9377961 7.0832012 7.6018253
8.4942305 8.6684413 10.0650250 10.6851792 12.2190456
13.3002609 14.2629925 15.8064776 16.1437027 16.8828237
17.7630268 18.1193430 18.4094656 18.9708577 19.7149989
20.9066196 22.1070973 22.3875982 23.5026655 23.8461685
24.1694364 25.1002283 25.7891786 26.6197347 28.0880475
28.3455828 28.9916861 30.0933552 30.5377124 30.7194455
32.2622194 33.2672738 34.2487605 34.4742670 37.1088393
37.6012785 37.9933804 38.4997608 39.2108991 40.0678948
40.9834173 41.4920838 41.9289802 42.7412804 43.7280317
44.6105774 45.5867594 46.6477812 47.8587294 48.6017240
49.0474206 50.5298227 51.0782577 51.8859666 53.2356771
54.2321239 54.3265264 56.0950911 57.6242194 58.2682650
59.1992074 59.5156824 59.7404043 61.0079236 61.2300205
61.9675647 62.6422935 63.0516129 63.8029755 64.1737339
66.6039471 66.6345588 67.2748022 68.3637299 68.8460110
69.3518743 69.8814596 71.2024270 71.4606287 71.9129858
72.5769358
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034294 0.0034325 0.0034332 0.0034343 0.0034347
0.0034348 7.6907363 10.4127895 17.5829027 29.7219092
53.9873436 75.6546555 97.8764895 122.3710117 163.6566728
166.1319487 175.9714453 203.6017179 208.7187618 244.7417307
251.6132985 257.9823700 264.6110157 289.0081372 299.4016734
316.4880397 319.7170431 344.5106948 354.9655328 379.5892657
396.0275147 410.1102343 431.7305987 436.3116970 446.1879353
457.6713910 462.2389129 465.9248473 472.9756286 482.1627539
496.5205060 510.5768755 513.8058349 526.4460115 530.2791900
533.8614254 544.0441144 551.4600241 560.2697072 575.5142157
578.1465991 584.6985509 595.7040958 600.0860496 601.8689884
616.7972098 626.3309702 635.5031528 637.5919143 661.5062712
665.8809436 669.3438051 673.7895883 679.9839795 687.3746994
695.1833534 699.4841911 703.1572035 709.9357466 718.0839914
725.2941962 733.1868050 741.6701082 751.2350844 757.0439925
760.5072638 771.9144442 776.0921983 782.2043666 792.3127987
799.6935382 800.3892540 813.3129904 824.3237412 828.9175289
835.5130281 837.7433499 839.3234537 848.1807316 849.7232134
854.8255507 859.4668002 862.2702070 867.3926677 869.9092218
886.2275850 886.4312202 890.6795787 897.8590303 901.0204981
904.3246763 907.7709151 916.3105331 917.9704404 920.8713057
925.1125962
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3681
Rtb_to_modes> Number of blocs = 136
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9735E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9916E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9953E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.0159E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.1948E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.6217E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.58
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 816 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99999 0.99998 0.99998 0.99999
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001
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1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99998
1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 0.99998
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1.00001 1.00000 1.00002 0.99997 1.00002
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0.99998 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 66258 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
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1.00000 0.99999 0.99998 0.99998 0.99999
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001
0.99997 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00002 0.99996 0.99999 1.00000
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99998
1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 0.99998
0.99997 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00002 0.99997 1.00002
0.99995 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998
0.99999 1.00001 1.00002 1.00002 0.99999
1.00002 1.00000 0.99998 1.00000 0.99996
1.00003 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
0.99998 1.00002 0.99999 1.00002 1.00000
0.99998 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602070118173194594.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602070118173194594.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2602070118173194594.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2602070118173194594.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 408
First residue number = 27
Last residue number = 434
Number of atoms found = 3681
Mean number per residue = 9.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9735E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9916E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9953E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.0159E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.1948E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.6217E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.4914E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2472
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4854
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8124
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.270
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.271
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.341
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.626
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.515
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.694
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.369
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.644
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.938
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.083
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.602
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.494
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.668
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.07
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.58
Bfactors> 106 vectors, 11043 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.005016
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.564 for 408 C-alpha atoms.
Bfactors> = 1.734 +/- 10.58
Bfactors> = 0.907 +/- 0.16
Bfactors> Shiftng-fct= -0.827
Bfactors> Scaling-fct= 0.015
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602070118173194594.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602070118173194594.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4293E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.690
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 10.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 29.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 53.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 75.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 97.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 496.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 510.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.0
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 575.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 635.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 695.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 699.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 703.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 718.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 725.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 733.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 741.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 751.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 757.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 771.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 799.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 813.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 824.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 828.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 837.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 849.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 854.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 859.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 886.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 886.4
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 897.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 901.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 904.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 907.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 916.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 917.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 920.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 925.1
Chkmod> 106 vectors, 11043 coordinates in file.
Chkmod> That is: 3681 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 10 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 14 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 25 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 90 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6263
0.0034 0.9607
0.0034 0.7123
0.0034 0.8839
0.0034 0.9588
0.0034 0.7532
7.6904 0.0328
10.4123 0.0617
17.5820 0.0967
29.7206 0.0595
53.9885 0.0252
75.6531 0.0174
97.8727 0.0381
122.3710 0.0325
163.6384 0.0383
166.1412 0.0271
175.9641 0.0511
203.5820 0.1032
208.7013 0.1418
244.7420 0.0305
251.6074 0.3353
257.9706 0.5076
264.6042 0.0586
288.9916 0.0330
299.3923 0.0671
316.4702 0.0650
319.6952 0.3416
344.5810 0.0435
355.0304 0.0295
379.5878 0.0504
396.0066 0.2401
410.0496 0.5236
431.7602 0.1384
436.2429 0.2239
446.1315 0.2983
457.6128 0.1016
462.2275 0.1900
465.9116 0.2091
472.9446 0.3339
482.0809 0.3019
496.5393 0.5415
510.5885 0.4857
513.8113 0.2433
526.3936 0.4520
530.2990 0.5249
533.8447 0.2388
544.0183 0.4708
551.4451 0.3001
560.2484 0.2194
575.5095 0.5186
578.1668 0.3308
584.6564 0.3914
595.6453 0.1615
600.0828 0.4359
601.8486 0.3100
616.7495 0.3189
626.3297 0.1039
635.4874 0.3705
637.5251 0.3368
661.4882 0.2967
665.8410 0.2618
669.2853 0.1402
673.7628 0.4773
679.9470 0.2285
687.3632 0.2120
695.1245 0.4479
699.4366 0.5244
703.1356 0.4663
709.8946 0.6057
718.0693 0.5757
725.2584 0.4963
733.1814 0.5385
741.6559 0.5410
751.2128 0.3702
756.9981 0.5519
760.4946 0.3503
771.8827 0.3536
776.0721 0.5673
782.2012 0.5089
792.3110 0.3619
799.6436 0.4860
800.3805 0.4754
813.3137 0.3846
824.2582 0.3155
828.8943 0.4646
835.4828 0.4770
837.7378 0.4158
839.2846 0.5159
848.1588 0.4770
849.6866 0.0525
854.8057 0.2020
859.4142 0.4895
862.2222 0.5154
867.3352 0.4120
869.8466 0.4044
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886.3628 0.1963
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m11.013s
user 0m10.880s
sys 0m0.129s
rm: cannot remove '2602070118173194594.sdijf': No such file or directory
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