*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260210125125448910.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260210125125448910.atom to be opened.
Openam> File opened: 260210125125448910.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 100
First residue number = 2
Last residue number = 101
Number of atoms found = 820
Mean number per residue = 8.2
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -12.879617 +/- 6.194654 From: -27.133000 To: 3.348000
= 46.975683 +/- 7.900695 From: 29.185000 To: 63.572000
= 90.832968 +/- 9.379680 From: 72.915000 To: 113.882000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 9.0740 % Filled.
Pdbmat> 274673 non-zero elements.
Pdbmat> 29977 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 73.11 +/- 24.38
Maximum number = 125
Minimum number = 17
Pdbmat> Matrix trace = 599540.
Pdbmat> Larger element = 482.748
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
100 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260210125125448910.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260210125125448910.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260210125125448910.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 820 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 100 residues.
Blocpdb> 5 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 5 atoms in block 2
Block first atom: 6
Blocpdb> 9 atoms in block 3
Block first atom: 11
Blocpdb> 9 atoms in block 4
Block first atom: 20
Blocpdb> 8 atoms in block 5
Block first atom: 29
Blocpdb> 12 atoms in block 6
Block first atom: 37
Blocpdb> 12 atoms in block 7
Block first atom: 49
Blocpdb> 5 atoms in block 8
Block first atom: 61
Blocpdb> 8 atoms in block 9
Block first atom: 66
Blocpdb> 8 atoms in block 10
Block first atom: 74
Blocpdb> 4 atoms in block 11
Block first atom: 82
Blocpdb> 7 atoms in block 12
Block first atom: 86
Blocpdb> 7 atoms in block 13
Block first atom: 93
Blocpdb> 11 atoms in block 14
Block first atom: 100
Blocpdb> 8 atoms in block 15
Block first atom: 111
Blocpdb> 5 atoms in block 16
Block first atom: 119
Blocpdb> 7 atoms in block 17
Block first atom: 124
Blocpdb> 9 atoms in block 18
Block first atom: 131
Blocpdb> 9 atoms in block 19
Block first atom: 140
Blocpdb> 9 atoms in block 20
Block first atom: 149
Blocpdb> 8 atoms in block 21
Block first atom: 158
Blocpdb> 9 atoms in block 22
Block first atom: 166
Blocpdb> 11 atoms in block 23
Block first atom: 175
Blocpdb> 5 atoms in block 24
Block first atom: 186
Blocpdb> 12 atoms in block 25
Block first atom: 191
Blocpdb> 9 atoms in block 26
Block first atom: 203
Blocpdb> 11 atoms in block 27
Block first atom: 212
Blocpdb> 8 atoms in block 28
Block first atom: 223
Blocpdb> 5 atoms in block 29
Block first atom: 231
Blocpdb> 11 atoms in block 30
Block first atom: 236
Blocpdb> 9 atoms in block 31
Block first atom: 247
Blocpdb> 12 atoms in block 32
Block first atom: 256
Blocpdb> 10 atoms in block 33
Block first atom: 268
Blocpdb> 7 atoms in block 34
Block first atom: 278
Blocpdb> 8 atoms in block 35
Block first atom: 285
Blocpdb> 7 atoms in block 36
Block first atom: 293
Blocpdb> 8 atoms in block 37
Block first atom: 300
Blocpdb> 9 atoms in block 38
Block first atom: 308
Blocpdb> 6 atoms in block 39
Block first atom: 317
Blocpdb> 7 atoms in block 40
Block first atom: 323
Blocpdb> 9 atoms in block 41
Block first atom: 330
Blocpdb> 5 atoms in block 42
Block first atom: 339
Blocpdb> 9 atoms in block 43
Block first atom: 344
Blocpdb> 9 atoms in block 44
Block first atom: 353
Blocpdb> 9 atoms in block 45
Block first atom: 362
Blocpdb> 11 atoms in block 46
Block first atom: 371
Blocpdb> 9 atoms in block 47
Block first atom: 382
Blocpdb> 9 atoms in block 48
Block first atom: 391
Blocpdb> 8 atoms in block 49
Block first atom: 400
Blocpdb> 8 atoms in block 50
Block first atom: 408
Blocpdb> 9 atoms in block 51
Block first atom: 416
Blocpdb> 5 atoms in block 52
Block first atom: 425
Blocpdb> 12 atoms in block 53
Block first atom: 430
Blocpdb> 5 atoms in block 54
Block first atom: 442
Blocpdb> 7 atoms in block 55
Block first atom: 447
Blocpdb> 8 atoms in block 56
Block first atom: 454
Blocpdb> 6 atoms in block 57
Block first atom: 462
Blocpdb> 8 atoms in block 58
Block first atom: 468
Blocpdb> 7 atoms in block 59
Block first atom: 476
Blocpdb> 9 atoms in block 60
Block first atom: 483
Blocpdb> 9 atoms in block 61
Block first atom: 492
Blocpdb> 11 atoms in block 62
Block first atom: 501
Blocpdb> 11 atoms in block 63
Block first atom: 512
Blocpdb> 8 atoms in block 64
Block first atom: 523
Blocpdb> 12 atoms in block 65
Block first atom: 531
Blocpdb> 8 atoms in block 66
Block first atom: 543
Blocpdb> 7 atoms in block 67
Block first atom: 551
Blocpdb> 12 atoms in block 68
Block first atom: 558
Blocpdb> 4 atoms in block 69
Block first atom: 570
Blocpdb> 7 atoms in block 70
Block first atom: 574
Blocpdb> 7 atoms in block 71
Block first atom: 581
Blocpdb> 9 atoms in block 72
Block first atom: 588
Blocpdb> 5 atoms in block 73
Block first atom: 597
Blocpdb> 7 atoms in block 74
Block first atom: 602
Blocpdb> 7 atoms in block 75
Block first atom: 609
Blocpdb> 7 atoms in block 76
Block first atom: 616
Blocpdb> 7 atoms in block 77
Block first atom: 623
Blocpdb> 7 atoms in block 78
Block first atom: 630
Blocpdb> 7 atoms in block 79
Block first atom: 637
Blocpdb> 4 atoms in block 80
Block first atom: 644
Blocpdb> 4 atoms in block 81
Block first atom: 648
Blocpdb> 12 atoms in block 82
Block first atom: 652
Blocpdb> 8 atoms in block 83
Block first atom: 664
Blocpdb> 11 atoms in block 84
Block first atom: 672
Blocpdb> 6 atoms in block 85
Block first atom: 683
Blocpdb> 4 atoms in block 86
Block first atom: 689
Blocpdb> 11 atoms in block 87
Block first atom: 693
Blocpdb> 8 atoms in block 88
Block first atom: 704
Blocpdb> 7 atoms in block 89
Block first atom: 712
Blocpdb> 9 atoms in block 90
Block first atom: 719
Blocpdb> 8 atoms in block 91
Block first atom: 728
Blocpdb> 11 atoms in block 92
Block first atom: 736
Blocpdb> 6 atoms in block 93
Block first atom: 747
Blocpdb> 9 atoms in block 94
Block first atom: 753
Blocpdb> 11 atoms in block 95
Block first atom: 762
Blocpdb> 11 atoms in block 96
Block first atom: 773
Blocpdb> 9 atoms in block 97
Block first atom: 784
Blocpdb> 9 atoms in block 98
Block first atom: 793
Blocpdb> 8 atoms in block 99
Block first atom: 802
Blocpdb> 11 atoms in block 100
Block first atom: 809
Blocpdb> 100 blocks.
Blocpdb> At most, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 274773 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 2460
Prepmat> Matrix trace = 599540.0000
Prepmat> Last element read: 2460 2460 342.9259
Prepmat> 5051 lines saved.
Prepmat> 3963 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 820
RTB> Total mass = 820.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 820
RTB> Number of blocks = 100
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 128428.2631
RTB> 37632 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 600
Diagstd> Nb of non-zero elements: 37632
Diagstd> Projected matrix trace = 128428.2631
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 600 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 128428.2631
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 2.5335904 3.9605271 4.9203592 5.9211248
7.9546042 9.6234207 10.9326872 12.3280654 13.5835989
14.1327120 14.7194348 16.3652240 18.7073355 19.5024078
20.0965223 20.9801883 22.0759556 23.8761013 24.4093344
25.2300173 26.5535447 28.4579394 28.9617621 30.7663446
31.4979885 32.5588030 33.1639511 34.9840844 35.3650209
38.0734147 38.3416754 38.7712183 39.7158664 41.8046597
42.2523692 43.5798042 44.6474800 45.2509357 46.1425644
48.0287783 48.6103472 49.7467698 50.4632441 50.9776007
51.1925474 52.1997598 52.8630780 53.2610863 55.3886130
56.9898524 57.3942523 57.7063126 59.2973176 59.8303601
61.5440943 61.9264017 62.6222633 64.4274245 65.4280065
66.5691576 66.8231755 67.8195186 68.6412997 68.8046425
70.6711824 71.6424307 72.1810376 72.8269790 73.0848895
74.0329235 74.3243063 75.3661283 75.9635279 77.1343033
77.6726977 77.8342134 79.4638245 80.0126115 80.9220831
81.1391166 82.8848385 82.9846813 83.8937782 84.1486462
85.8864815 86.3370726 87.1569018 87.5169327 88.0827159
89.4105138 90.2046065 91.3803570 91.9330254 92.6767454
93.4221910 94.4375410 94.9655245 95.5383283 96.8601068
97.0336597
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034333 0.0034334 0.0034335 0.0034341 0.0034348
0.0034349 172.8476510 216.1084626 240.8760843 264.2392866
306.2700774 336.8682002 359.0531501 381.2788768 400.2236103
408.2329301 416.6207035 439.2949977 469.6791138 479.5560753
486.8057893 497.3933461 510.2171313 530.6119014 536.5043511
545.4488796 559.5727184 579.2912988 584.3967220 602.3282463
609.4480479 619.6258035 625.3575733 642.2890771 645.7765044
670.0484315 672.4048286 676.1608231 684.3484700 702.1139895
705.8636432 716.8658922 725.5941219 730.4812324 737.6428612
752.5685241 757.1111498 765.9099704 771.4057352 775.3271207
776.9599825 784.5660885 789.5352118 792.5018601 808.1752113
819.7738231 822.6772383 824.9107100 836.2050853 839.9551334
851.8997142 854.5415875 859.3293796 871.6269816 878.3692513
885.9961014 887.6849056 894.2781747 899.6799236 900.7497529
912.8858158 919.1373966 922.5859587 926.7048327 928.3443051
934.3459989 936.1829181 942.7214373 946.4503656 953.7159829
957.0386448 958.0331802 968.0103749 971.3472229 976.8520834
978.1611682 988.6278215 989.2230914 994.6267997 996.1364845
1006.3700094 1009.0064440 1013.7857260 1015.8774598 1019.1559135
1026.8087848 1031.3584671 1038.0582048 1041.1925609 1045.3955984
1049.5914991 1055.2797768 1058.2256059 1061.4122588 1068.7293887
1069.6864290
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 820
Rtb_to_modes> Number of blocs = 100
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9959E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9965E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9970E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.534
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.961
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.920
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.921
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.955
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.623
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.03
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 600 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000
0.99998 0.99998 0.99996 0.99997 1.00002
1.00004 0.99998 1.00002 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001
1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999
1.00003 0.99999 1.00000 0.99997 0.99999
0.99999 1.00000 0.99999 0.99997 0.99998
1.00001 0.99998 0.99996 0.99998 1.00002
1.00004 1.00002 1.00004 0.99996 0.99999
1.00001 1.00004 0.99997 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00001
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00003
1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 0.99998 1.00003 1.00006
0.99999 1.00000 0.99996 0.99999 0.99998
1.00004 0.99997 1.00000 0.99998 0.99998
1.00002 0.99995 0.99998 1.00004 1.00002
1.00000 1.00001 1.00003 1.00000 0.99999
0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001
0.99998 1.00001 1.00001 1.00000 1.00002
1.00000 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 14760 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000
0.99998 0.99998 0.99996 0.99997 1.00002
1.00004 0.99998 1.00002 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001
1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999
1.00003 0.99999 1.00000 0.99997 0.99999
0.99999 1.00000 0.99999 0.99997 0.99998
1.00001 0.99998 0.99996 0.99998 1.00002
1.00004 1.00002 1.00004 0.99996 0.99999
1.00001 1.00004 0.99997 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00001
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00003
1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 0.99998 1.00003 1.00006
0.99999 1.00000 0.99996 0.99999 0.99998
1.00004 0.99997 1.00000 0.99998 0.99998
1.00002 0.99995 0.99998 1.00004 1.00002
1.00000 1.00001 1.00003 1.00000 0.99999
0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001
0.99998 1.00001 1.00001 1.00000 1.00002
1.00000 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260210125125448910.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260210125125448910.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260210125125448910.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260210125125448910.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 100
First residue number = 2
Last residue number = 101
Number of atoms found = 820
Mean number per residue = 8.2
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9959E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9965E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9970E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.534
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.961
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.920
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.921
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.955
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.623
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.16
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.03
Bfactors> 106 vectors, 2460 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 2.534000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.388 for 100 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.058 +/- 0.08
Bfactors> = 24.813 +/- 11.65
Bfactors> Shiftng-fct= 24.755
Bfactors> Scaling-fct= 140.641
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260210125125448910.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260210125125448910.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 771.3
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 789.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 819.7
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 836.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 878.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 887.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 894.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 899.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 900.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 912.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 919.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 922.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 926.7
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 928.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 934.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 936.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 942.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 953.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 957.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 958.0
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1006.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1038.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1045.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1050.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1058.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1069.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1070.
Chkmod> 106 vectors, 2460 coordinates in file.
Chkmod> That is: 820 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 8 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 47 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 82 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 88 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 90 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9712
0.0034 0.8746
0.0034 0.7360
0.0034 0.7009
0.0034 0.8436
0.0034 0.7364
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216.1121 0.1184
240.8570 0.3737
264.2252 0.4058
306.2645 0.1509
336.8464 0.3915
358.9936 0.3541
381.2924 0.3973
400.1534 0.3179
408.1762 0.2684
416.6108 0.1709
439.3402 0.1743
469.6924 0.1951
479.5059 0.2557
486.8270 0.1761
497.3698 0.4466
510.2420 0.0846
530.6324 0.2051
536.4886 0.3344
545.4253 0.3202
559.5113 0.4916
579.2874 0.3440
584.3539 0.4729
602.3382 0.4600
609.4413 0.3627
619.6106 0.2959
625.2935 0.4090
642.2240 0.2711
645.7942 0.2864
669.9896 0.3440
672.3613 0.3481
676.1212 0.0425
684.3547 0.2230
702.0447 0.2077
705.8136 0.3400
716.8367 0.4469
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730.4423 0.2062
737.5907 0.3106
752.5458 0.2605
757.0759 0.0101
765.9020 0.3732
771.3478 0.3401
775.3121 0.3671
776.9073 0.3442
784.5342 0.2916
789.4783 0.2132
792.4598 0.4004
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819.7397 0.4195
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824.9017 0.3432
836.1881 0.4299
839.9165 0.3676
851.8348 0.3556
854.5297 0.2371
859.2770 0.4503
871.6070 0.3208
878.3449 0.3474
885.9637 0.2415
887.6257 0.4861
894.2430 0.2203
899.6328 0.1552
900.6807 0.3398
912.8390 0.3040
919.0823 0.2715
922.5397 0.4190
926.6843 0.2105
928.2734 0.1917
934.2874 0.3037
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942.7052 0.1715
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953.6484 0.3859
956.9809 0.2912
957.9661 0.1505
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971.2897 0.1474
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978.1245 0.3301
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1008.9802 0.2729
1013.7602 0.2510
1015.8517 0.2654
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1041.1307 0.3477
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1049.5341 0.3154
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1068.6829 0.3025
1069.6203 0.0488
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 260210125125448910 7 -25 25 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-25
260210125125448910.eigenfacs
260210125125448910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-5
260210125125448910.eigenfacs
260210125125448910.atom
calculating perturbed structure for DQ=15
260210125125448910.eigenfacs
260210125125448910.atom
making animated gifs
3 models are in 260210125125448910.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 260210125125448910.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 260210125125448910.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 260210125125448910 8 -25 25 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-25
260210125125448910.eigenfacs
260210125125448910.atom
calculating perturbed structure for DQ=-5
260210125125448910.eigenfacs
260210125125448910.atom
calculating perturbed structure for DQ=15
260210125125448910.eigenfacs
260210125125448910.atom
making animated gifs
3 models are in 260210125125448910.8.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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getting mode 9
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making animated gifs
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
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normal mode computation
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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making animated gifs
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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260210125125448910.11.pdb
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260210125125448910.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m2.763s
user 0m2.734s
sys 0m0.028s
rm: cannot remove '260210125125448910.sdijf': No such file or directory
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