*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260210155356475615.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260210155356475615.atom to be opened.
Openam> File opened: 260210155356475615.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1323
First residue number = 1
Last residue number = 81
Number of atoms found = 12399
Mean number per residue = 9.4
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 0.988529 +/- 35.718817 From: -76.746000 To: 63.430000
= -0.203195 +/- 24.149983 From: -59.689000 To: 70.223000
= -0.751104 +/- 20.594271 From: -47.556000 To: 57.445000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 162 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.6415 % Filled.
Pdbmat> 4438015 non-zero elements.
Pdbmat> 484929 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 78.22 +/- 21.22
Maximum number = 130
Minimum number = 15
Pdbmat> Matrix trace = 9.698580E+06
Pdbmat> Larger element = 512.397
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1323 non-zero elements, NRBL set to 7
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260210155356475615.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 7
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260210155356475615.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260210155356475615.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 12399 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 7 residue(s) per block.
Blocpdb> 1323 residues.
Blocpdb> 48 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 57 atoms in block 2
Block first atom: 49
Blocpdb> 56 atoms in block 3
Block first atom: 106
Blocpdb> 52 atoms in block 4
Block first atom: 162
Blocpdb> 62 atoms in block 5
Block first atom: 214
Blocpdb> 57 atoms in block 6
Block first atom: 276
Blocpdb> 51 atoms in block 7
Block first atom: 333
Blocpdb> 58 atoms in block 8
Block first atom: 384
Blocpdb> 58 atoms in block 9
Block first atom: 442
Blocpdb> 48 atoms in block 10
Block first atom: 500
Blocpdb> 51 atoms in block 11
Block first atom: 548
Blocpdb> 50 atoms in block 12
Block first atom: 599
Blocpdb> 59 atoms in block 13
Block first atom: 649
Blocpdb> 49 atoms in block 14
Block first atom: 708
Blocpdb> 53 atoms in block 15
Block first atom: 757
Blocpdb> 57 atoms in block 16
Block first atom: 810
Blocpdb> 57 atoms in block 17
Block first atom: 867
Blocpdb> 18 atoms in block 18
Block first atom: 924
Blocpdb> 48 atoms in block 19
Block first atom: 942
Blocpdb> 57 atoms in block 20
Block first atom: 990
Blocpdb> 56 atoms in block 21
Block first atom: 1047
Blocpdb> 52 atoms in block 22
Block first atom: 1103
Blocpdb> 62 atoms in block 23
Block first atom: 1155
Blocpdb> 57 atoms in block 24
Block first atom: 1217
Blocpdb> 51 atoms in block 25
Block first atom: 1274
Blocpdb> 58 atoms in block 26
Block first atom: 1325
Blocpdb> 58 atoms in block 27
Block first atom: 1383
Blocpdb> 48 atoms in block 28
Block first atom: 1441
Blocpdb> 51 atoms in block 29
Block first atom: 1489
Blocpdb> 50 atoms in block 30
Block first atom: 1540
Blocpdb> 59 atoms in block 31
Block first atom: 1590
Blocpdb> 49 atoms in block 32
Block first atom: 1649
Blocpdb> 53 atoms in block 33
Block first atom: 1698
Blocpdb> 57 atoms in block 34
Block first atom: 1751
Blocpdb> 57 atoms in block 35
Block first atom: 1808
Blocpdb> 18 atoms in block 36
Block first atom: 1865
Blocpdb> 48 atoms in block 37
Block first atom: 1883
Blocpdb> 57 atoms in block 38
Block first atom: 1931
Blocpdb> 56 atoms in block 39
Block first atom: 1988
Blocpdb> 52 atoms in block 40
Block first atom: 2044
Blocpdb> 62 atoms in block 41
Block first atom: 2096
Blocpdb> 57 atoms in block 42
Block first atom: 2158
Blocpdb> 51 atoms in block 43
Block first atom: 2215
Blocpdb> 58 atoms in block 44
Block first atom: 2266
Blocpdb> 58 atoms in block 45
Block first atom: 2324
Blocpdb> 48 atoms in block 46
Block first atom: 2382
Blocpdb> 51 atoms in block 47
Block first atom: 2430
Blocpdb> 50 atoms in block 48
Block first atom: 2481
Blocpdb> 59 atoms in block 49
Block first atom: 2531
Blocpdb> 49 atoms in block 50
Block first atom: 2590
Blocpdb> 53 atoms in block 51
Block first atom: 2639
Blocpdb> 57 atoms in block 52
Block first atom: 2692
Blocpdb> 57 atoms in block 53
Block first atom: 2749
Blocpdb> 18 atoms in block 54
Block first atom: 2806
Blocpdb> 48 atoms in block 55
Block first atom: 2824
Blocpdb> 57 atoms in block 56
Block first atom: 2872
Blocpdb> 56 atoms in block 57
Block first atom: 2929
Blocpdb> 52 atoms in block 58
Block first atom: 2985
Blocpdb> 62 atoms in block 59
Block first atom: 3037
Blocpdb> 57 atoms in block 60
Block first atom: 3099
Blocpdb> 51 atoms in block 61
Block first atom: 3156
Blocpdb> 58 atoms in block 62
Block first atom: 3207
Blocpdb> 58 atoms in block 63
Block first atom: 3265
Blocpdb> 48 atoms in block 64
Block first atom: 3323
Blocpdb> 51 atoms in block 65
Block first atom: 3371
Blocpdb> 50 atoms in block 66
Block first atom: 3422
Blocpdb> 59 atoms in block 67
Block first atom: 3472
Blocpdb> 49 atoms in block 68
Block first atom: 3531
Blocpdb> 53 atoms in block 69
Block first atom: 3580
Blocpdb> 57 atoms in block 70
Block first atom: 3633
Blocpdb> 57 atoms in block 71
Block first atom: 3690
Blocpdb> 18 atoms in block 72
Block first atom: 3747
Blocpdb> 48 atoms in block 73
Block first atom: 3765
Blocpdb> 57 atoms in block 74
Block first atom: 3813
Blocpdb> 56 atoms in block 75
Block first atom: 3870
Blocpdb> 52 atoms in block 76
Block first atom: 3926
Blocpdb> 62 atoms in block 77
Block first atom: 3978
Blocpdb> 57 atoms in block 78
Block first atom: 4040
Blocpdb> 51 atoms in block 79
Block first atom: 4097
Blocpdb> 58 atoms in block 80
Block first atom: 4148
Blocpdb> 58 atoms in block 81
Block first atom: 4206
Blocpdb> 48 atoms in block 82
Block first atom: 4264
Blocpdb> 51 atoms in block 83
Block first atom: 4312
Blocpdb> 50 atoms in block 84
Block first atom: 4363
Blocpdb> 59 atoms in block 85
Block first atom: 4413
Blocpdb> 49 atoms in block 86
Block first atom: 4472
Blocpdb> 53 atoms in block 87
Block first atom: 4521
Blocpdb> 57 atoms in block 88
Block first atom: 4574
Blocpdb> 57 atoms in block 89
Block first atom: 4631
Blocpdb> 18 atoms in block 90
Block first atom: 4688
Blocpdb> 48 atoms in block 91
Block first atom: 4706
Blocpdb> 57 atoms in block 92
Block first atom: 4754
Blocpdb> 56 atoms in block 93
Block first atom: 4811
Blocpdb> 52 atoms in block 94
Block first atom: 4867
Blocpdb> 62 atoms in block 95
Block first atom: 4919
Blocpdb> 57 atoms in block 96
Block first atom: 4981
Blocpdb> 51 atoms in block 97
Block first atom: 5038
Blocpdb> 58 atoms in block 98
Block first atom: 5089
Blocpdb> 58 atoms in block 99
Block first atom: 5147
Blocpdb> 48 atoms in block 100
Block first atom: 5205
Blocpdb> 51 atoms in block 101
Block first atom: 5253
Blocpdb> 50 atoms in block 102
Block first atom: 5304
Blocpdb> 59 atoms in block 103
Block first atom: 5354
Blocpdb> 49 atoms in block 104
Block first atom: 5413
Blocpdb> 53 atoms in block 105
Block first atom: 5462
Blocpdb> 57 atoms in block 106
Block first atom: 5515
Blocpdb> 57 atoms in block 107
Block first atom: 5572
Blocpdb> 18 atoms in block 108
Block first atom: 5629
Blocpdb> 48 atoms in block 109
Block first atom: 5647
Blocpdb> 57 atoms in block 110
Block first atom: 5695
Blocpdb> 56 atoms in block 111
Block first atom: 5752
Blocpdb> 52 atoms in block 112
Block first atom: 5808
Blocpdb> 62 atoms in block 113
Block first atom: 5860
Blocpdb> 57 atoms in block 114
Block first atom: 5922
Blocpdb> 51 atoms in block 115
Block first atom: 5979
Blocpdb> 58 atoms in block 116
Block first atom: 6030
Blocpdb> 58 atoms in block 117
Block first atom: 6088
Blocpdb> 48 atoms in block 118
Block first atom: 6146
Blocpdb> 51 atoms in block 119
Block first atom: 6194
Blocpdb> 50 atoms in block 120
Block first atom: 6245
Blocpdb> 59 atoms in block 121
Block first atom: 6295
Blocpdb> 49 atoms in block 122
Block first atom: 6354
Blocpdb> 53 atoms in block 123
Block first atom: 6403
Blocpdb> 57 atoms in block 124
Block first atom: 6456
Blocpdb> 57 atoms in block 125
Block first atom: 6513
Blocpdb> 18 atoms in block 126
Block first atom: 6570
Blocpdb> 48 atoms in block 127
Block first atom: 6588
Blocpdb> 57 atoms in block 128
Block first atom: 6636
Blocpdb> 56 atoms in block 129
Block first atom: 6693
Blocpdb> 52 atoms in block 130
Block first atom: 6749
Blocpdb> 62 atoms in block 131
Block first atom: 6801
Blocpdb> 57 atoms in block 132
Block first atom: 6863
Blocpdb> 51 atoms in block 133
Block first atom: 6920
Blocpdb> 58 atoms in block 134
Block first atom: 6971
Blocpdb> 58 atoms in block 135
Block first atom: 7029
Blocpdb> 48 atoms in block 136
Block first atom: 7087
Blocpdb> 51 atoms in block 137
Block first atom: 7135
Blocpdb> 50 atoms in block 138
Block first atom: 7186
Blocpdb> 59 atoms in block 139
Block first atom: 7236
Blocpdb> 49 atoms in block 140
Block first atom: 7295
Blocpdb> 53 atoms in block 141
Block first atom: 7344
Blocpdb> 57 atoms in block 142
Block first atom: 7397
Blocpdb> 57 atoms in block 143
Block first atom: 7454
Blocpdb> 18 atoms in block 144
Block first atom: 7511
Blocpdb> 51 atoms in block 145
Block first atom: 7529
Blocpdb> 62 atoms in block 146
Block first atom: 7580
Blocpdb> 55 atoms in block 147
Block first atom: 7642
Blocpdb> 55 atoms in block 148
Block first atom: 7697
Blocpdb> 67 atoms in block 149
Block first atom: 7752
Blocpdb> 54 atoms in block 150
Block first atom: 7819
Blocpdb> 54 atoms in block 151
Block first atom: 7873
Blocpdb> 58 atoms in block 152
Block first atom: 7927
Blocpdb> 59 atoms in block 153
Block first atom: 7985
Blocpdb> 52 atoms in block 154
Block first atom: 8044
Blocpdb> 57 atoms in block 155
Block first atom: 8096
Blocpdb> 54 atoms in block 156
Block first atom: 8153
Blocpdb> 59 atoms in block 157
Block first atom: 8207
Blocpdb> 52 atoms in block 158
Block first atom: 8266
Blocpdb> 10 atoms in block 159
Block first atom: 8318
Blocpdb> 55 atoms in block 160
Block first atom: 8328
Blocpdb> 58 atoms in block 161
Block first atom: 8383
Blocpdb> 52 atoms in block 162
Block first atom: 8441
Blocpdb> 54 atoms in block 163
Block first atom: 8493
Blocpdb> 54 atoms in block 164
Block first atom: 8547
Blocpdb> 53 atoms in block 165
Block first atom: 8601
Blocpdb> 55 atoms in block 166
Block first atom: 8654
Blocpdb> 64 atoms in block 167
Block first atom: 8709
Blocpdb> 53 atoms in block 168
Block first atom: 8773
Blocpdb> 51 atoms in block 169
Block first atom: 8826
Blocpdb> 58 atoms in block 170
Block first atom: 8877
Blocpdb> 57 atoms in block 171
Block first atom: 8935
Blocpdb> 60 atoms in block 172
Block first atom: 8992
Blocpdb> 25 atoms in block 173
Block first atom: 9052
Blocpdb> 143 atoms in block 174
Block first atom: 9077
Blocpdb> 142 atoms in block 175
Block first atom: 9220
Blocpdb> 149 atoms in block 176
Block first atom: 9362
Blocpdb> 140 atoms in block 177
Block first atom: 9511
Blocpdb> 142 atoms in block 178
Block first atom: 9651
Blocpdb> 144 atoms in block 179
Block first atom: 9793
Blocpdb> 147 atoms in block 180
Block first atom: 9937
Blocpdb> 146 atoms in block 181
Block first atom: 10084
Blocpdb> 145 atoms in block 182
Block first atom: 10230
Blocpdb> 146 atoms in block 183
Block first atom: 10375
Blocpdb> 140 atoms in block 184
Block first atom: 10521
Blocpdb> 84 atoms in block 185
Block first atom: 10661
Blocpdb> 143 atoms in block 186
Block first atom: 10745
Blocpdb> 146 atoms in block 187
Block first atom: 10888
Blocpdb> 140 atoms in block 188
Block first atom: 11034
Blocpdb> 143 atoms in block 189
Block first atom: 11174
Blocpdb> 142 atoms in block 190
Block first atom: 11317
Blocpdb> 137 atoms in block 191
Block first atom: 11459
Blocpdb> 147 atoms in block 192
Block first atom: 11596
Blocpdb> 145 atoms in block 193
Block first atom: 11743
Blocpdb> 143 atoms in block 194
Block first atom: 11888
Blocpdb> 142 atoms in block 195
Block first atom: 12031
Blocpdb> 142 atoms in block 196
Block first atom: 12173
Blocpdb> 85 atoms in block 197
Block first atom: 12314
Blocpdb> 197 blocks.
Blocpdb> At most, 149 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 10 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 4438212 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 37197
Prepmat> Matrix trace = 9698580.0000
Prepmat> Last element read: 37197 37197 68.2775
Prepmat> 19504 lines saved.
Prepmat> 18152 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 12399
RTB> Total mass = 12399.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 12399
RTB> Number of blocks = 197
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 173152.1055
RTB> 45681 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1182
Diagstd> Nb of non-zero elements: 45681
Diagstd> Projected matrix trace = 173152.1055
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1182 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 173152.1055
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0599632 0.0856839 0.1035108 0.3182975
0.5196212 0.6502839 0.7652351 0.9332139 1.0822414
1.1068664 1.5507026 1.6632321 1.9204700 2.2856593
2.3878320 2.6734937 2.7700407 2.9150674 3.2293891
3.2341207 3.6096876 3.7141081 3.7603957 4.0484408
4.1926785 4.6226244 4.8957775 5.0562164 5.1062426
5.3927020 5.6663285 6.0518446 6.3265786 6.5592762
6.7976541 7.1330614 7.4836081 8.0219135 8.6806991
8.9210863 9.0027654 9.0608197 9.4491138 9.4856057
9.8791754 10.2362676 10.3325296 10.4914404 10.7114427
10.9605524 11.1282553 11.6264590 11.9605707 12.1828230
12.8357295 13.1653383 13.2470822 13.5903877 13.7807048
13.8854656 14.0294694 14.2864864 14.6942387 14.8906625
15.1475606 15.2812890 15.4697183 15.9452138 16.4078797
16.5725862 16.7327503 17.1900672 17.4879414 17.6291099
17.8982217 18.2791446 18.5723600 19.1205411 19.3427816
19.8829063 20.5054633 20.5868836 20.9624065 21.1613907
21.3405313 21.7332326 22.0075380 22.1037293 22.4119524
22.6696481 22.9215559 23.3416480 23.7699657 23.9786948
24.0567046 24.3150103 24.7521172 24.8763721 25.0653727
25.1069280
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034326 0.0034330 0.0034343 0.0034343 0.0034345
0.0034346 26.5911734 31.7866536 34.9372045 61.2649247
78.2778162 87.5682755 94.9932432 104.9025108 112.9684971
114.2464947 135.2257932 140.0463243 150.4870192 164.1727328
167.8020110 177.5557999 180.7333721 185.4042054 195.1441192
195.2870250 206.3146615 209.2775050 210.5775443 218.4938301
222.3520112 233.4745691 240.2736329 244.1788844 245.3838654
252.1729455 258.4914328 267.1401484 273.1364954 278.1142493
283.1227782 290.0235488 297.0645298 307.5631263 319.9430132
324.3427165 325.8241317 326.8729811 333.8034487 334.4473917
341.3151998 347.4290242 349.0588145 351.7327756 355.4015063
359.5104361 362.2503550 370.2704153 375.5529971 379.0262134
389.0501242 394.0136722 395.2349992 400.3236090 403.1168906
404.6462341 406.7390816 410.4478613 416.2639734 419.0369209
422.6361388 424.4976350 427.1067976 433.6211473 439.8671327
442.0693683 444.2004001 450.2296238 454.1137215 455.9429164
459.4097645 464.2727723 467.9816530 474.8378937 477.5894717
484.2116266 491.7338133 492.7091018 497.1825185 499.5366802
501.6466246 506.2411502 509.4258875 510.5379819 514.0852299
517.0322938 519.8970186 524.6395633 529.4312324 531.7506760
532.6149445 535.4667514 540.2583114 541.6126535 543.6662379
544.1167166
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 12399
Rtb_to_modes> Number of blocs = 197
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9920E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9945E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.9963E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.5684E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1035
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3183
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5196
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7652
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9332
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.082
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.107
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.551
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.663
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.920
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.286
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.388
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.673
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.770
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.915
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.229
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.234
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.610
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.714
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.760
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.048
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.193
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.623
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.896
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.056
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.106
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.393
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.666
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.052
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.327
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.559
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.798
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.133
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.484
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.022
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.681
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.921
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.003
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.061
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.449
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.486
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.879
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.96
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.11
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1182 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001
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1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001
1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002
1.00001 0.99998 1.00001 0.99997 1.00000
1.00000 1.00002 1.00001 1.00000 0.99998
1.00003 0.99998 0.99997 1.00002 0.99999
1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001
1.00000 0.99997 1.00000 0.99999 1.00001
0.99997 1.00001 1.00001 1.00001 1.00002
1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 1.00000
1.00002 1.00001 1.00002 0.99999 0.99999
0.99998 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001
0.99998 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000
1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001
1.00002 0.99999 0.99998 0.99999 1.00002
1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001
1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 223182 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 0.99996
1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001
1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002
1.00001 0.99998 1.00001 0.99997 1.00000
1.00000 1.00002 1.00001 1.00000 0.99998
1.00003 0.99998 0.99997 1.00002 0.99999
1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001
1.00000 0.99997 1.00000 0.99999 1.00001
0.99997 1.00001 1.00001 1.00001 1.00002
1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 1.00000
1.00002 1.00001 1.00002 0.99999 0.99999
0.99998 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001
0.99998 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000
1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001
1.00002 0.99999 0.99998 0.99999 1.00002
1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001
1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260210155356475615.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260210155356475615.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260210155356475615.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260210155356475615.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1323
First residue number = 1
Last residue number = 81
Number of atoms found = 12399
Mean number per residue = 9.4
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9920E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9945E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.9963E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.5684E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1035
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3183
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5196
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6503
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7652
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9332
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.082
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.11
Bfactors> 106 vectors, 37197 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.059963
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.108 for 1161 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.071 +/- 0.05
Bfactors> = 61.104 +/- 15.52
Bfactors> Shiftng-fct= 61.034
Bfactors> Scaling-fct= 310.913
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260210155356475615.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260210155356475615.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.1
Chkmod> 106 vectors, 37197 coordinates in file.
Chkmod> That is: 12399 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260210155356475615.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260210155356475615.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260210155356475615.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260210155356475615.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260210155356475615.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260210155356475615.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260210155356475615.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260210155356475615.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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260210155356475615.11.pdb
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260210155356475615.8.pdb
260210155356475615.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m27.484s
user 1m26.996s
sys 0m0.418s
rm: cannot remove '260210155356475615.sdijf': No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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