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please let us know.
elNémo has been hacked on november 27th.
It has been moved away and runs again.
Still some additional cleaning from time to time
Sorry for the inconvenience.

* CELL ADHESION 08-OCT-08 3ETW *

LOGs for ID: 2602171910443029004

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2602171910443029004.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2602171910443029004.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2602171910443029004.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =    109
            First residue number     =      4
            Last  residue number     =    112
            Number of atoms found    =    873
            Mean number per residue  =      8.0

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =     6.558120 +/-    15.219887 From:   -20.447000 To:    40.855000
 =    22.934845 +/-    19.592890 From:   -20.971000 To:    60.686000
 =    60.170249 +/-     5.249065 From:    48.181000 To:    73.607000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   7.8592 % Filled.
 Pdbmat>       269639  non-zero elements.
 Pdbmat>        29384 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     67.32 +/-     18.81
         Maximum number =    114
         Minimum number =     14

 Pdbmat> Matrix trace   =  587680.    
 Pdbmat> Larger element =  479.598    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
109 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2602171910443029004.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2602171910443029004.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2602171910443029004.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>   873 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>   109 residues.
 Blocpdb>     5 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>     5 atoms in block      2
 Block first atom:      6
 Blocpdb>     6 atoms in block      3
 Block first atom:     11
 Blocpdb>     8 atoms in block      4
 Block first atom:     17
 Blocpdb>     7 atoms in block      5
 Block first atom:     25
 Blocpdb>     4 atoms in block      6
 Block first atom:     32
 Blocpdb>     9 atoms in block      7
 Block first atom:     36
 Blocpdb>     8 atoms in block      8
 Block first atom:     45
 Blocpdb>     9 atoms in block      9
 Block first atom:     53
 Blocpdb>     5 atoms in block     10
 Block first atom:     62
 Blocpdb>     8 atoms in block     11
 Block first atom:     67
 Blocpdb>     8 atoms in block     12
 Block first atom:     75
 Blocpdb>     5 atoms in block     13
 Block first atom:     83
 Blocpdb>     9 atoms in block     14
 Block first atom:     88
 Blocpdb>    12 atoms in block     15
 Block first atom:     97
 Blocpdb>     9 atoms in block     16
 Block first atom:    109
 Blocpdb>     8 atoms in block     17
 Block first atom:    118
 Blocpdb>     8 atoms in block     18
 Block first atom:    126
 Blocpdb>     5 atoms in block     19
 Block first atom:    134
 Blocpdb>     8 atoms in block     20
 Block first atom:    139
 Blocpdb>     9 atoms in block     21
 Block first atom:    147
 Blocpdb>     9 atoms in block     22
 Block first atom:    156
 Blocpdb>     9 atoms in block     23
 Block first atom:    165
 Blocpdb>     5 atoms in block     24
 Block first atom:    174
 Blocpdb>    11 atoms in block     25
 Block first atom:    179
 Blocpdb>    11 atoms in block     26
 Block first atom:    190
 Blocpdb>     8 atoms in block     27
 Block first atom:    201
 Blocpdb>     9 atoms in block     28
 Block first atom:    209
 Blocpdb>     9 atoms in block     29
 Block first atom:    218
 Blocpdb>    11 atoms in block     30
 Block first atom:    227
 Blocpdb>     5 atoms in block     31
 Block first atom:    238
 Blocpdb>     9 atoms in block     32
 Block first atom:    243
 Blocpdb>     5 atoms in block     33
 Block first atom:    252
 Blocpdb>     8 atoms in block     34
 Block first atom:    257
 Blocpdb>     5 atoms in block     35
 Block first atom:    265
 Blocpdb>     5 atoms in block     36
 Block first atom:    270
 Blocpdb>    11 atoms in block     37
 Block first atom:    275
 Blocpdb>     9 atoms in block     38
 Block first atom:    286
 Blocpdb>     5 atoms in block     39
 Block first atom:    295
 Blocpdb>     8 atoms in block     40
 Block first atom:    300
 Blocpdb>     5 atoms in block     41
 Block first atom:    308
 Blocpdb>     9 atoms in block     42
 Block first atom:    313
 Blocpdb>     8 atoms in block     43
 Block first atom:    322
 Blocpdb>     9 atoms in block     44
 Block first atom:    330
 Blocpdb>     9 atoms in block     45
 Block first atom:    339
 Blocpdb>     7 atoms in block     46
 Block first atom:    348
 Blocpdb>    12 atoms in block     47
 Block first atom:    355
 Blocpdb>     8 atoms in block     48
 Block first atom:    367
 Blocpdb>     9 atoms in block     49
 Block first atom:    375
 Blocpdb>     8 atoms in block     50
 Block first atom:    384
 Blocpdb>     6 atoms in block     51
 Block first atom:    392
 Blocpdb>     9 atoms in block     52
 Block first atom:    398
 Blocpdb>    11 atoms in block     53
 Block first atom:    407
 Blocpdb>     5 atoms in block     54
 Block first atom:    418
 Blocpdb>     9 atoms in block     55
 Block first atom:    423
 Blocpdb>    11 atoms in block     56
 Block first atom:    432
 Blocpdb>     8 atoms in block     57
 Block first atom:    443
 Blocpdb>     9 atoms in block     58
 Block first atom:    451
 Blocpdb>     5 atoms in block     59
 Block first atom:    460
 Blocpdb>     9 atoms in block     60
 Block first atom:    465
 Blocpdb>     5 atoms in block     61
 Block first atom:    474
 Blocpdb>     8 atoms in block     62
 Block first atom:    479
 Blocpdb>     7 atoms in block     63
 Block first atom:    487
 Blocpdb>    11 atoms in block     64
 Block first atom:    494
 Blocpdb>    11 atoms in block     65
 Block first atom:    505
 Blocpdb>    12 atoms in block     66
 Block first atom:    516
 Blocpdb>     9 atoms in block     67
 Block first atom:    528
 Blocpdb>     6 atoms in block     68
 Block first atom:    537
 Blocpdb>     9 atoms in block     69
 Block first atom:    543
 Blocpdb>    12 atoms in block     70
 Block first atom:    552
 Blocpdb>     9 atoms in block     71
 Block first atom:    564
 Blocpdb>     9 atoms in block     72
 Block first atom:    573
 Blocpdb>     8 atoms in block     73
 Block first atom:    582
 Blocpdb>     5 atoms in block     74
 Block first atom:    590
 Blocpdb>     6 atoms in block     75
 Block first atom:    595
 Blocpdb>     9 atoms in block     76
 Block first atom:    601
 Blocpdb>    12 atoms in block     77
 Block first atom:    610
 Blocpdb>     9 atoms in block     78
 Block first atom:    622
 Blocpdb>     8 atoms in block     79
 Block first atom:    631
 Blocpdb>     5 atoms in block     80
 Block first atom:    639
 Blocpdb>     8 atoms in block     81
 Block first atom:    644
 Blocpdb>     9 atoms in block     82
 Block first atom:    652
 Blocpdb>     9 atoms in block     83
 Block first atom:    661
 Blocpdb>     8 atoms in block     84
 Block first atom:    670
 Blocpdb>     9 atoms in block     85
 Block first atom:    678
 Blocpdb>     5 atoms in block     86
 Block first atom:    687
 Blocpdb>     9 atoms in block     87
 Block first atom:    692
 Blocpdb>     8 atoms in block     88
 Block first atom:    701
 Blocpdb>     9 atoms in block     89
 Block first atom:    709
 Blocpdb>     9 atoms in block     90
 Block first atom:    718
 Blocpdb>     9 atoms in block     91
 Block first atom:    727
 Blocpdb>     9 atoms in block     92
 Block first atom:    736
 Blocpdb>     5 atoms in block     93
 Block first atom:    745
 Blocpdb>     7 atoms in block     94
 Block first atom:    750
 Blocpdb>     8 atoms in block     95
 Block first atom:    757
 Blocpdb>     6 atoms in block     96
 Block first atom:    765
 Blocpdb>     8 atoms in block     97
 Block first atom:    771
 Blocpdb>    11 atoms in block     98
 Block first atom:    779
 Blocpdb>     9 atoms in block     99
 Block first atom:    790
 Blocpdb>     9 atoms in block    100
 Block first atom:    799
 Blocpdb>     8 atoms in block    101
 Block first atom:    808
 Blocpdb>     9 atoms in block    102
 Block first atom:    816
 Blocpdb>     5 atoms in block    103
 Block first atom:    825
 Blocpdb>     8 atoms in block    104
 Block first atom:    830
 Blocpdb>    11 atoms in block    105
 Block first atom:    838
 Blocpdb>     5 atoms in block    106
 Block first atom:    849
 Blocpdb>     4 atoms in block    107
 Block first atom:    854
 Blocpdb>     8 atoms in block    108
 Block first atom:    858
 Blocpdb>     8 atoms in block    109
 Block first atom:    865

 Blocpdb>   109 blocks.

 Blocpdb> At most,     12 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,     4 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       269748 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       2619

 Prepmat> Matrix trace    =     587680.0000
 Prepmat> Last element read:    2619   2619        28.3463
 Prepmat>         5996 lines saved.
 Prepmat>         4950 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:   873
 RTB> Total mass =         873.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:   873
 RTB> Number of blocks =   109
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =  128310.6058
 RTB>     35985 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      654
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    35985
 Diagstd> Projected matrix trace =  128310.6058

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    654 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues = 128310.6058
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.0776969      0.1343576      0.3341799      0.6674298
      0.7948054      1.1424279      1.8315060      2.3590862      2.6991174
      2.9021969      3.7954610      4.2407265      4.9938236      5.4230569
      6.4027584      7.7760797      8.6661453      9.3664000     10.5980019
     11.8363480     13.0504926     14.0373457     15.7449856     18.0960448
     18.6368457     18.9763334     20.3845954     21.3578062     21.8728475
     23.4583918     25.0132311     25.9683777     26.9330218     27.9586449
     28.7431813     30.2290972     31.7789699     32.9776833     33.7461326
     34.7076583     35.1702600     37.1980968     37.7620188     38.7499534
     39.4644312     41.1297104     41.8471365     43.1246653     43.1966844
     44.8953712     46.3261610     47.5043878     48.6970485     49.3616185
     49.8132299     51.5748050     52.4237964     53.2593779     54.0227900
     54.5670933     56.9177360     57.3871286     57.7879502     59.0219530
     60.3026032     60.6764520     61.8871183     62.4927941     63.3591244
     63.6962722     63.9121622     65.2455628     65.6995874     66.3754928
     68.6011774     69.1186405     69.9276683     70.9959049     71.7032579
     72.5614631     73.5235956     74.6464876     75.0914998     76.3838310
     76.8578193     78.0031664     78.6681365     80.0080420     80.9771429
     81.8427084     82.1425740     82.9047367     83.5415008     83.8309067
     84.0546138     84.6724523     85.6976892     86.4094073     87.1393560
     87.8153753

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034323      0.0034326      0.0034328      0.0034338      0.0034345
      0.0034346     30.2689378     39.8039641     62.7748183     88.7152089
     96.8112167    116.0672439    146.9601033    166.7889157    178.4046496
    184.9944592    211.5570728    223.6224550    242.6676477    252.8816760
    274.7760262    302.8137776    319.6746985    332.3392469    353.5145374
    373.5976565    392.2913505    406.8532386    430.8899992    461.9416399
    468.7933958    473.0438835    490.2824286    501.8496220    507.8646009
    525.9499257    543.1004690    553.3726495    563.5569648    574.1869785
    582.1872597    597.0461040    612.1603378    623.5989158    630.8226585
    639.7465271    643.9958519    662.3013502    667.3027007    675.9753706
    682.1787774    696.4230009    702.4706006    713.1126639    713.7078718
    727.6056515    739.1089072    748.4488804    757.7860395    762.9392812
    766.4214157    779.8553892    786.2479291    792.4891500    798.1486531
    802.1594248    819.2549775    822.6261818    825.4940083    834.2612431
    843.2635154    845.8734022    854.2705027    858.4406043    864.3703554
    866.6670562    868.1345398    877.1437457    880.1903469    884.7063807
    899.4169446    902.8027512    908.0709947    914.9806923    919.5275053
    925.0139790    931.1264187    938.2098087    941.0022666    949.0650895
    952.0051752    959.0724074    963.1517356    971.3194860    977.1843548
    982.3930393    984.1911015    988.7464849    992.5363399    994.2540345
    995.5797595    999.2320357   1005.2633195   1009.4290367   1013.6836770
   1017.6081137

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =    873
 Rtb_to_modes> Number of blocs =    109

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9902E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9919E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9935E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9993E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  7.7697E-02

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.1344    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.3342    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.6674    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.7948    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.142    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.832    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.359    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.699    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.902    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.795    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.241    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.366    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.05    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.74    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.64    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.98    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.46    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.01    

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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.93    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.74    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.78    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.98    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.75    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   34.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.17    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.20    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.76    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.75    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.46    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.85    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.12    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.20    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.90    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.33    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.50    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.36    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.81    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.57    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.42    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.26    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.02    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.79    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.02    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.89    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.36    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   65.25    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   65.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   66.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   68.60    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   69.12    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   69.93    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   71.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   71.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   72.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   73.52    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   75.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   76.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   76.86    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   78.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   78.67    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   80.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   80.98    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   81.84    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   82.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   82.90    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   83.54    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   83.83    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   84.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   84.67    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   85.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   86.41    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   87.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   87.82    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    654 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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 1.00004

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    15714 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
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 1.00001 0.99999 0.99998 1.00002 1.00001
 1.00004

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3: 0.000 0.000
 Vector   4: 0.000 0.000 0.000
 Vector   5: 0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   6:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   7: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector   8: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 Vector   9: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector  10: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2602171910443029004.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2602171910443029004.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2602171910443029004.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2602171910443029004.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =    109
            First residue number     =      4
            Last  residue number     =    112
            Number of atoms found    =    873
            Mean number per residue  =      8.0

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9902E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9919E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9935E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9993E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  7.7697E-02

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.1344    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.3342    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.6674    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.7948    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.142    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.832    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.359    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.699    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.902    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.795    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.241    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.994    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.423    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.403    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.776    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.666    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.366    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.60    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.84    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.74    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.64    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.36    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.87    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.46    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.74    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.78    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.20    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.46    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.85    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.20    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.36    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.42    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.36    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   65.25    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   65.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   68.60    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   69.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   69.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   72.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   73.52    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   75.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   76.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   76.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   78.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   78.67    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   80.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   80.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.84    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   82.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   82.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   83.54    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   83.83    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   84.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   84.67    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   85.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   86.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   87.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   87.82    

 Bfactors>  106 vectors,   2619 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.077697
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=      0.688 for    109 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.557 +/-   0.79
 Bfactors> =     44.495 +/-   8.50
 Bfactors> Shiftng-fct=     43.937
 Bfactors> Scaling-fct=     10.816

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2602171910443029004.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2602171910443029004.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4321E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4324E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4327E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4337E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4343E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4345E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   30.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   39.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   62.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   88.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   96.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   116.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   147.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   166.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   178.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   185.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   211.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   223.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   242.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   252.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   274.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   302.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   319.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   332.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   353.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   373.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   392.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   406.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   430.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   462.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   468.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   473.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   490.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   501.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   507.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   525.9    

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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   845.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   864.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   866.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   868.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   877.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   880.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   884.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   902.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   908.0    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   915.0    

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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   984.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   988.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   992.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   994.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   995.5    

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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1005.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1009.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1014.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1018.    

 Chkmod>  106 vectors,   2619 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:    873 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector   106 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.8037
      0.0034      0.6210
      0.0034      0.9465
      0.0034      0.8221
      0.0034      0.9349
      0.0034      0.8050
     30.2677      0.5271
     39.8085      0.4708
     62.7740      0.6290
     88.7094      0.5229
     96.8067      0.6025
    116.0405      0.2471
    146.9736      0.5154
    166.7787      0.4076
    178.3931      0.2310
    184.9802      0.5131
    211.5351      0.4070
    223.6201      0.4123
    242.6615      0.5792
    252.8695      0.4878
    274.7694      0.2447
    302.7992      0.1326
    319.6583      0.5804
    332.3179      0.7457
    353.5327      0.5232
    373.6392      0.7075
    392.2671      0.4590
    406.8742      0.5479
    430.8033      0.5732
    461.9723      0.3200
    468.8129      0.2823
    473.0693      0.3283
    490.2061      0.2179
    501.8539      0.2356
    507.8097      0.2356
    525.9454      0.4138
    543.0421      0.2308
    553.3662      0.6652
    563.5012      0.5283
    574.1762      0.3341
    582.1301      0.3919
    597.0294      0.4044
    612.1440      0.3666
    623.5940      0.5211
    630.8317      0.3290
    639.7406      0.4226
    643.9658      0.4057
    662.2899      0.3187
    667.2562      0.2491
    675.9468      0.3418
    682.1112      0.2447
    696.3956      0.1388
    702.4645      0.4408
    713.0435      0.5304
    713.7046      0.4022
    727.6119      0.3037
    739.1078      0.2596
    748.3822      0.2218
    757.7765      0.0447
    762.8940      0.1748
    766.3637      0.2210
    779.7856      0.4260
    786.1857      0.4111
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    798.0938      0.2081
    802.1464      0.1260
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    822.6114      0.5557
    825.4732      0.4489
    834.2116      0.1952
    843.2091      0.4090
    845.8618      0.4137
    854.2537      0.2385
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   1005.2337      0.3482
   1009.3892      0.2949
   1013.6439      0.3200
   1017.5912      0.3647
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2602171910443029004 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
making animated gifs
11 models are in 2602171910443029004.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602171910443029004.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602171910443029004.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2602171910443029004 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2602171910443029004.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
2602171910443029004.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
2602171910443029004.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2602171910443029004.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
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making animated gifs
11 models are in 2602171910443029004.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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normal mode computation
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
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normal mode computation
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making animated gifs
11 models are in 2602171910443029004.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602171910443029004.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602171910443029004.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2602171910443029004.eigenfacs
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2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
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2602171910443029004.eigenfacs
2602171910443029004.atom
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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2602171910443029004.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m3.777s
user	0m3.745s
sys	0m0.029s
rm: cannot remove '2602171910443029004.sdijf': No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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Still some additional cleaning from time to time
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* CELL ADHESION 08-OCT-08 3ETW *
