*** hej ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2602191254433483827.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2602191254433483827.atom to be opened.
Openam> File opened: 2602191254433483827.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 241
First residue number = 61
Last residue number = 301
Number of atoms found = 1781
Mean number per residue = 7.4
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 3.766619 +/- 8.997895 From: -20.229000 To: 26.969000
= -0.791723 +/- 8.927536 From: -18.512000 To: 21.556000
= -4.708001 +/- 12.530362 From: -32.813000 To: 28.434000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.4468 % Filled.
Pdbmat> 634846 non-zero elements.
Pdbmat> 69360 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 77.89 +/- 25.10
Maximum number = 133
Minimum number = 13
Pdbmat> Matrix trace = 1.387200E+06
Pdbmat> Larger element = 461.786
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
241 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2602191254433483827.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2602191254433483827.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2602191254433483827.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1781 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 241 residues.
Blocpdb> 18 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 17 atoms in block 2
Block first atom: 19
Blocpdb> 17 atoms in block 3
Block first atom: 36
Blocpdb> 18 atoms in block 4
Block first atom: 53
Blocpdb> 21 atoms in block 5
Block first atom: 71
Blocpdb> 11 atoms in block 6
Block first atom: 92
Blocpdb> 16 atoms in block 7
Block first atom: 103
Blocpdb> 11 atoms in block 8
Block first atom: 119
Blocpdb> 18 atoms in block 9
Block first atom: 130
Blocpdb> 13 atoms in block 10
Block first atom: 148
Blocpdb> 12 atoms in block 11
Block first atom: 161
Blocpdb> 12 atoms in block 12
Block first atom: 173
Blocpdb> 17 atoms in block 13
Block first atom: 185
Blocpdb> 12 atoms in block 14
Block first atom: 202
Blocpdb> 17 atoms in block 15
Block first atom: 214
Blocpdb> 17 atoms in block 16
Block first atom: 231
Blocpdb> 14 atoms in block 17
Block first atom: 248
Blocpdb> 12 atoms in block 18
Block first atom: 262
Blocpdb> 17 atoms in block 19
Block first atom: 274
Blocpdb> 17 atoms in block 20
Block first atom: 291
Blocpdb> 10 atoms in block 21
Block first atom: 308
Blocpdb> 20 atoms in block 22
Block first atom: 318
Blocpdb> 15 atoms in block 23
Block first atom: 338
Blocpdb> 20 atoms in block 24
Block first atom: 353
Blocpdb> 17 atoms in block 25
Block first atom: 373
Blocpdb> 14 atoms in block 26
Block first atom: 390
Blocpdb> 8 atoms in block 27
Block first atom: 404
Blocpdb> 17 atoms in block 28
Block first atom: 412
Blocpdb> 13 atoms in block 29
Block first atom: 429
Blocpdb> 16 atoms in block 30
Block first atom: 442
Blocpdb> 18 atoms in block 31
Block first atom: 458
Blocpdb> 16 atoms in block 32
Block first atom: 476
Blocpdb> 8 atoms in block 33
Block first atom: 492
Blocpdb> 13 atoms in block 34
Block first atom: 500
Blocpdb> 19 atoms in block 35
Block first atom: 513
Blocpdb> 13 atoms in block 36
Block first atom: 532
Blocpdb> 16 atoms in block 37
Block first atom: 545
Blocpdb> 12 atoms in block 38
Block first atom: 561
Blocpdb> 16 atoms in block 39
Block first atom: 573
Blocpdb> 16 atoms in block 40
Block first atom: 589
Blocpdb> 13 atoms in block 41
Block first atom: 605
Blocpdb> 12 atoms in block 42
Block first atom: 618
Blocpdb> 17 atoms in block 43
Block first atom: 630
Blocpdb> 12 atoms in block 44
Block first atom: 647
Blocpdb> 14 atoms in block 45
Block first atom: 659
Blocpdb> 14 atoms in block 46
Block first atom: 673
Blocpdb> 11 atoms in block 47
Block first atom: 687
Blocpdb> 12 atoms in block 48
Block first atom: 698
Blocpdb> 18 atoms in block 49
Block first atom: 710
Blocpdb> 17 atoms in block 50
Block first atom: 728
Blocpdb> 16 atoms in block 51
Block first atom: 745
Blocpdb> 18 atoms in block 52
Block first atom: 761
Blocpdb> 14 atoms in block 53
Block first atom: 779
Blocpdb> 15 atoms in block 54
Block first atom: 793
Blocpdb> 11 atoms in block 55
Block first atom: 808
Blocpdb> 12 atoms in block 56
Block first atom: 819
Blocpdb> 16 atoms in block 57
Block first atom: 831
Blocpdb> 23 atoms in block 58
Block first atom: 847
Blocpdb> 16 atoms in block 59
Block first atom: 870
Blocpdb> 16 atoms in block 60
Block first atom: 886
Blocpdb> 11 atoms in block 61
Block first atom: 902
Blocpdb> 19 atoms in block 62
Block first atom: 913
Blocpdb> 14 atoms in block 63
Block first atom: 932
Blocpdb> 15 atoms in block 64
Block first atom: 946
Blocpdb> 18 atoms in block 65
Block first atom: 961
Blocpdb> 15 atoms in block 66
Block first atom: 979
Blocpdb> 16 atoms in block 67
Block first atom: 994
Blocpdb> 17 atoms in block 68
Block first atom: 1010
Blocpdb> 13 atoms in block 69
Block first atom: 1027
Blocpdb> 14 atoms in block 70
Block first atom: 1040
Blocpdb> 20 atoms in block 71
Block first atom: 1054
Blocpdb> 11 atoms in block 72
Block first atom: 1074
Blocpdb> 18 atoms in block 73
Block first atom: 1085
Blocpdb> 11 atoms in block 74
Block first atom: 1103
Blocpdb> 12 atoms in block 75
Block first atom: 1114
Blocpdb> 15 atoms in block 76
Block first atom: 1126
Blocpdb> 11 atoms in block 77
Block first atom: 1141
Blocpdb> 17 atoms in block 78
Block first atom: 1152
Blocpdb> 15 atoms in block 79
Block first atom: 1169
Blocpdb> 16 atoms in block 80
Block first atom: 1184
Blocpdb> 19 atoms in block 81
Block first atom: 1200
Blocpdb> 12 atoms in block 82
Block first atom: 1219
Blocpdb> 12 atoms in block 83
Block first atom: 1231
Blocpdb> 16 atoms in block 84
Block first atom: 1243
Blocpdb> 18 atoms in block 85
Block first atom: 1259
Blocpdb> 14 atoms in block 86
Block first atom: 1277
Blocpdb> 12 atoms in block 87
Block first atom: 1291
Blocpdb> 15 atoms in block 88
Block first atom: 1303
Blocpdb> 13 atoms in block 89
Block first atom: 1318
Blocpdb> 21 atoms in block 90
Block first atom: 1331
Blocpdb> 15 atoms in block 91
Block first atom: 1352
Blocpdb> 10 atoms in block 92
Block first atom: 1367
Blocpdb> 11 atoms in block 93
Block first atom: 1377
Blocpdb> 15 atoms in block 94
Block first atom: 1388
Blocpdb> 11 atoms in block 95
Block first atom: 1403
Blocpdb> 16 atoms in block 96
Block first atom: 1414
Blocpdb> 15 atoms in block 97
Block first atom: 1430
Blocpdb> 9 atoms in block 98
Block first atom: 1445
Blocpdb> 17 atoms in block 99
Block first atom: 1454
Blocpdb> 15 atoms in block 100
Block first atom: 1471
Blocpdb> 15 atoms in block 101
Block first atom: 1486
Blocpdb> 13 atoms in block 102
Block first atom: 1501
Blocpdb> 18 atoms in block 103
Block first atom: 1514
Blocpdb> 17 atoms in block 104
Block first atom: 1532
Blocpdb> 15 atoms in block 105
Block first atom: 1549
Blocpdb> 13 atoms in block 106
Block first atom: 1564
Blocpdb> 11 atoms in block 107
Block first atom: 1577
Blocpdb> 13 atoms in block 108
Block first atom: 1588
Blocpdb> 15 atoms in block 109
Block first atom: 1601
Blocpdb> 9 atoms in block 110
Block first atom: 1616
Blocpdb> 14 atoms in block 111
Block first atom: 1625
Blocpdb> 12 atoms in block 112
Block first atom: 1639
Blocpdb> 13 atoms in block 113
Block first atom: 1651
Blocpdb> 12 atoms in block 114
Block first atom: 1664
Blocpdb> 17 atoms in block 115
Block first atom: 1676
Blocpdb> 21 atoms in block 116
Block first atom: 1693
Blocpdb> 13 atoms in block 117
Block first atom: 1714
Blocpdb> 14 atoms in block 118
Block first atom: 1727
Blocpdb> 15 atoms in block 119
Block first atom: 1741
Blocpdb> 17 atoms in block 120
Block first atom: 1756
Blocpdb> 9 atoms in block 121
Block first atom: 1772
Blocpdb> 121 blocks.
Blocpdb> At most, 23 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 634967 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 5343
Prepmat> Matrix trace = 1387200.0000
Prepmat> Last element read: 5343 5343 109.5087
Prepmat> 7382 lines saved.
Prepmat> 6097 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1781
RTB> Total mass = 1781.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1781
RTB> Number of blocks = 121
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 160082.1690
RTB> 44409 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 726
Diagstd> Nb of non-zero elements: 44409
Diagstd> Projected matrix trace = 160082.1690
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 726 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 160082.1690
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.9941327 2.2506674 2.6361530 3.3228903
3.7347714 5.8192618 6.7890764 7.8601867 8.1799885
8.9558511 9.4197822 10.3260455 11.4347310 12.0137610
13.1958244 14.0831152 14.6132885 15.1514715 15.9715542
16.4865251 17.5207094 17.9831966 18.2483336 19.1597909
20.2084258 20.8556734 21.6103135 21.8955419 22.6513174
22.7461277 23.1243577 24.6332148 25.2537952 26.3082894
26.8061576 27.5006679 28.2436069 28.7341698 30.0636132
30.3883596 30.8924080 32.7265605 33.1185447 34.2579651
35.5264206 37.8433949 38.7038997 38.8166757 40.2014155
40.7088120 41.5057065 42.4212947 42.5744151 42.9624617
43.3523975 43.8822349 44.7169697 44.7531832 45.9028742
46.9638577 48.8542387 49.9261281 50.2014775 50.7878450
51.5505603 52.9521010 54.1296073 55.2350195 55.7703432
56.2676333 57.0597984 57.6783079 58.0513901 58.2241011
59.0805333 59.7219015 60.6219609 61.2123450 61.9056260
62.4325040 62.7023643 64.0745222 64.4712036 65.2555133
65.5850290 65.8945126 66.7213509 68.3153239 69.3641545
70.0866615 70.3140296 71.5684786 72.0080278 72.6766061
73.0789481 74.3408024 75.4387277 76.2061150 76.3366317
77.1266429
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034321 0.0034324 0.0034332 0.0034335 0.0034344
0.0034347 108.2723230 162.9111992 176.3114781 197.9489877
209.8588526 261.9565294 282.9440910 304.4470079 310.5786710
324.9740727 333.2849567 348.9492725 367.2047211 376.3871375
394.4696033 407.5159826 415.1157958 422.6906937 433.9791550
440.9200469 454.5389698 460.4990368 463.8813219 475.3250065
488.1592494 495.9151642 504.8075182 508.1280029 516.8232151
517.9037042 522.1918865 538.9591229 545.7058477 556.9825459
562.2281205 569.4648212 577.1056937 582.0959892 595.4096482
598.6168102 603.5609884 621.2200473 624.9293222 635.5885451
647.2484319 668.0213230 675.5735585 676.5570902 688.5190372
692.8504362 699.5990092 707.2732617 708.5485692 711.7702951
714.9930832 719.3490081 726.1585631 726.4525392 735.7245027
744.1785745 759.0080909 767.2894443 769.4023883 773.8827621
779.6720670 790.1997327 798.9373388 807.0538915 810.9553415
814.5628600 820.2767402 824.7105224 827.3734721 828.6033339
834.6751499 839.1934658 845.4934948 849.6005577 854.3982302
858.0264132 859.8787942 869.2365278 871.9230710 877.2106292
879.4226317 881.4951055 887.0083246 897.5411029 904.4047374
909.1027407 910.5761565 918.6628891 921.4796286 925.7476095
928.3065697 936.2868037 943.1753846 947.9603902 948.7718194
953.6686241
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1781
Rtb_to_modes> Number of blocs = 121
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9891E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9907E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9955E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9971E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9941
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.251
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.636
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.323
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.735
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.819
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.789
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.860
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.180
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.956
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.420
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.13
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 726 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 32058 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
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1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000
0.99999 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000
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1.00003 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602191254433483827.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602191254433483827.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2602191254433483827.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2602191254433483827.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 241
First residue number = 61
Last residue number = 301
Number of atoms found = 1781
Mean number per residue = 7.4
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9891E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9907E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9955E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9971E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9941
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.251
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.636
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.323
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.735
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.819
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.789
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.956
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.420
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.33
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.13
Bfactors> 106 vectors, 5343 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.994100
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.631 for 241 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.048 +/- 0.12
Bfactors> = 88.830 +/- 11.67
Bfactors> Shiftng-fct= 88.783
Bfactors> Scaling-fct= 98.901
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602191254433483827.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602191254433483827.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 108.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 162.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 176.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 197.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 209.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 261.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 310.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 325.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 349.0
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 394.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 407.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 415.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 422.7
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 454.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.2
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 635.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 647.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 699.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 708.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 711.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 719.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 767.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 769.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 773.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 779.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 790.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 798.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 807.1
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 839.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 845.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 849.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 879.4
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 897.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 921.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 925.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 936.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 943.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 947.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 948.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 953.6
Chkmod> 106 vectors, 5343 coordinates in file.
Chkmod> That is: 1781 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 11 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 51 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7728
0.0034 0.7702
0.0034 0.9159
0.0034 0.9334
0.0034 0.8550
0.0034 0.9711
108.2659 0.0389
162.9162 0.0856
176.2988 0.1209
197.9438 0.2212
209.8563 0.0692
261.9394 0.2106
282.9304 0.3024
304.4303 0.1789
310.5656 0.2064
324.9628 0.1541
333.2745 0.2847
349.0011 0.0600
367.1130 0.4399
376.3121 0.2216
394.5151 0.3844
407.4534 0.1910
415.0513 0.3231
422.6520 0.3885
433.9394 0.1687
440.9476 0.4913
454.5103 0.4297
460.4383 0.4717
463.8826 0.3118
475.3072 0.2508
488.1573 0.2614
495.9453 0.2310
504.7822 0.3755
508.1579 0.3558
516.7860 0.2782
517.9256 0.3590
522.1203 0.1562
538.9008 0.4657
545.6414 0.2628
556.9767 0.3849
562.2443 0.1137
569.4335 0.4272
577.0441 0.2430
582.0288 0.3097
595.3483 0.5135
598.6073 0.4480
603.5116 0.4547
621.2260 0.3545
624.9162 0.4358
635.5801 0.1514
647.2533 0.2542
667.9627 0.3223
675.5105 0.4144
676.5570 0.4356
688.4774 0.2752
692.8308 0.3529
699.6052 0.4940
707.2321 0.4208
708.4814 0.4333
711.7193 0.3741
714.9426 0.2508
719.2998 0.1568
726.1520 0.3948
726.3955 0.2844
735.6699 0.3833
744.1161 0.3486
758.9426 0.4718
767.2863 0.4759
769.3580 0.5275
773.8660 0.4338
779.6344 0.4191
790.1501 0.5124
798.9059 0.4189
807.0556 0.5476
810.9180 0.3844
814.5450 0.2188
820.2430 0.2625
824.6872 0.2691
827.3280 0.2632
828.5386 0.3266
834.6356 0.3739
839.1441 0.1886
845.4435 0.2941
849.5478 0.3930
854.3917 0.4392
857.9724 0.2795
859.8257 0.3397
869.1685 0.2866
871.8775 0.2858
877.2031 0.1279
879.4182 0.3679
881.4271 0.3147
886.9613 0.3750
897.5333 0.4547
904.3388 0.2965
909.0854 0.2432
910.5110 0.4416
918.6332 0.4283
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947.9439 0.4986
948.7520 0.4634
953.6484 0.3707
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2602191254433483827 7 -2 2 0.4 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-2
2602191254433483827.eigenfacs
2602191254433483827.atom
making animated gifs
1 models are in 2602191254433483827.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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1 models are in 2602191254433483827.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
1 models are in 2602191254433483827.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
making thumbnail 100x100
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getting mode 21
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getting mode 22
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getting mode 23
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making thumbnail 100x100
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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getting mode 28
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making thumbnail 100x100
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