*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2602201018263887215.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2602201018263887215.atom to be opened.
Openam> File opened: 2602201018263887215.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 284
First residue number = 69
Last residue number = 399
Number of atoms found = 4611
Mean number per residue = 16.2
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 24.739797 +/- 15.704222 From: -4.874000 To: 59.849000
= 0.861789 +/- 8.322107 From: -19.176000 To: 21.247000
= 61.611729 +/- 10.070295 From: 42.331000 To: 88.351000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.3792 % Filled.
Pdbmat> 3233353 non-zero elements.
Pdbmat> 356243 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 154.52 +/- 46.03
Maximum number = 246
Minimum number = 25
Pdbmat> Matrix trace = 7.124860E+06
Pdbmat> Larger element = 931.708
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
284 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2602201018263887215.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2602201018263887215.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2602201018263887215.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4611 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 284 residues.
Blocpdb> 31 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 36 atoms in block 2
Block first atom: 32
Blocpdb> 37 atoms in block 3
Block first atom: 68
Blocpdb> 38 atoms in block 4
Block first atom: 105
Blocpdb> 21 atoms in block 5
Block first atom: 143
Blocpdb> 38 atoms in block 6
Block first atom: 164
Blocpdb> 24 atoms in block 7
Block first atom: 202
Blocpdb> 32 atoms in block 8
Block first atom: 226
Blocpdb> 38 atoms in block 9
Block first atom: 258
Blocpdb> 33 atoms in block 10
Block first atom: 296
Blocpdb> 29 atoms in block 11
Block first atom: 329
Blocpdb> 21 atoms in block 12
Block first atom: 358
Blocpdb> 38 atoms in block 13
Block first atom: 379
Blocpdb> 35 atoms in block 14
Block first atom: 417
Blocpdb> 27 atoms in block 15
Block first atom: 452
Blocpdb> 27 atoms in block 16
Block first atom: 479
Blocpdb> 34 atoms in block 17
Block first atom: 506
Blocpdb> 44 atoms in block 18
Block first atom: 540
Blocpdb> 36 atoms in block 19
Block first atom: 584
Blocpdb> 24 atoms in block 20
Block first atom: 620
Blocpdb> 28 atoms in block 21
Block first atom: 644
Blocpdb> 41 atoms in block 22
Block first atom: 672
Blocpdb> 36 atoms in block 23
Block first atom: 713
Blocpdb> 30 atoms in block 24
Block first atom: 749
Blocpdb> 29 atoms in block 25
Block first atom: 779
Blocpdb> 22 atoms in block 26
Block first atom: 808
Blocpdb> 36 atoms in block 27
Block first atom: 830
Blocpdb> 26 atoms in block 28
Block first atom: 866
Blocpdb> 39 atoms in block 29
Block first atom: 892
Blocpdb> 33 atoms in block 30
Block first atom: 931
Blocpdb> 30 atoms in block 31
Block first atom: 964
Blocpdb> 28 atoms in block 32
Block first atom: 994
Blocpdb> 33 atoms in block 33
Block first atom: 1022
Blocpdb> 38 atoms in block 34
Block first atom: 1055
Blocpdb> 28 atoms in block 35
Block first atom: 1093
Blocpdb> 45 atoms in block 36
Block first atom: 1121
Blocpdb> 38 atoms in block 37
Block first atom: 1166
Blocpdb> 33 atoms in block 38
Block first atom: 1204
Blocpdb> 33 atoms in block 39
Block first atom: 1237
Blocpdb> 29 atoms in block 40
Block first atom: 1270
Blocpdb> 26 atoms in block 41
Block first atom: 1299
Blocpdb> 43 atoms in block 42
Block first atom: 1325
Blocpdb> 40 atoms in block 43
Block first atom: 1368
Blocpdb> 28 atoms in block 44
Block first atom: 1408
Blocpdb> 39 atoms in block 45
Block first atom: 1436
Blocpdb> 25 atoms in block 46
Block first atom: 1475
Blocpdb> 32 atoms in block 47
Block first atom: 1500
Blocpdb> 43 atoms in block 48
Block first atom: 1532
Blocpdb> 36 atoms in block 49
Block first atom: 1575
Blocpdb> 21 atoms in block 50
Block first atom: 1611
Blocpdb> 30 atoms in block 51
Block first atom: 1632
Blocpdb> 31 atoms in block 52
Block first atom: 1662
Blocpdb> 45 atoms in block 53
Block first atom: 1693
Blocpdb> 26 atoms in block 54
Block first atom: 1738
Blocpdb> 36 atoms in block 55
Block first atom: 1764
Blocpdb> 28 atoms in block 56
Block first atom: 1800
Blocpdb> 37 atoms in block 57
Block first atom: 1828
Blocpdb> 28 atoms in block 58
Block first atom: 1865
Blocpdb> 44 atoms in block 59
Block first atom: 1893
Blocpdb> 25 atoms in block 60
Block first atom: 1937
Blocpdb> 38 atoms in block 61
Block first atom: 1962
Blocpdb> 32 atoms in block 62
Block first atom: 2000
Blocpdb> 39 atoms in block 63
Block first atom: 2032
Blocpdb> 41 atoms in block 64
Block first atom: 2071
Blocpdb> 29 atoms in block 65
Block first atom: 2112
Blocpdb> 40 atoms in block 66
Block first atom: 2141
Blocpdb> 33 atoms in block 67
Block first atom: 2181
Blocpdb> 27 atoms in block 68
Block first atom: 2214
Blocpdb> 26 atoms in block 69
Block first atom: 2241
Blocpdb> 28 atoms in block 70
Block first atom: 2267
Blocpdb> 33 atoms in block 71
Block first atom: 2295
Blocpdb> 30 atoms in block 72
Block first atom: 2328
Blocpdb> 27 atoms in block 73
Block first atom: 2358
Blocpdb> 36 atoms in block 74
Block first atom: 2385
Blocpdb> 24 atoms in block 75
Block first atom: 2421
Blocpdb> 33 atoms in block 76
Block first atom: 2445
Blocpdb> 36 atoms in block 77
Block first atom: 2478
Blocpdb> 37 atoms in block 78
Block first atom: 2514
Blocpdb> 18 atoms in block 79
Block first atom: 2551
Blocpdb> 29 atoms in block 80
Block first atom: 2569
Blocpdb> 29 atoms in block 81
Block first atom: 2598
Blocpdb> 24 atoms in block 82
Block first atom: 2627
Blocpdb> 34 atoms in block 83
Block first atom: 2651
Blocpdb> 35 atoms in block 84
Block first atom: 2685
Blocpdb> 26 atoms in block 85
Block first atom: 2720
Blocpdb> 31 atoms in block 86
Block first atom: 2746
Blocpdb> 27 atoms in block 87
Block first atom: 2777
Blocpdb> 40 atoms in block 88
Block first atom: 2804
Blocpdb> 33 atoms in block 89
Block first atom: 2844
Blocpdb> 33 atoms in block 90
Block first atom: 2877
Blocpdb> 36 atoms in block 91
Block first atom: 2910
Blocpdb> 35 atoms in block 92
Block first atom: 2946
Blocpdb> 35 atoms in block 93
Block first atom: 2981
Blocpdb> 39 atoms in block 94
Block first atom: 3016
Blocpdb> 33 atoms in block 95
Block first atom: 3055
Blocpdb> 33 atoms in block 96
Block first atom: 3088
Blocpdb> 36 atoms in block 97
Block first atom: 3121
Blocpdb> 37 atoms in block 98
Block first atom: 3157
Blocpdb> 10 atoms in block 99
Block first atom: 3194
Blocpdb> 28 atoms in block 100
Block first atom: 3204
Blocpdb> 30 atoms in block 101
Block first atom: 3232
Blocpdb> 29 atoms in block 102
Block first atom: 3262
Blocpdb> 39 atoms in block 103
Block first atom: 3291
Blocpdb> 21 atoms in block 104
Block first atom: 3330
Blocpdb> 38 atoms in block 105
Block first atom: 3351
Blocpdb> 26 atoms in block 106
Block first atom: 3389
Blocpdb> 35 atoms in block 107
Block first atom: 3415
Blocpdb> 40 atoms in block 108
Block first atom: 3450
Blocpdb> 39 atoms in block 109
Block first atom: 3490
Blocpdb> 32 atoms in block 110
Block first atom: 3529
Blocpdb> 41 atoms in block 111
Block first atom: 3561
Blocpdb> 25 atoms in block 112
Block first atom: 3602
Blocpdb> 40 atoms in block 113
Block first atom: 3627
Blocpdb> 33 atoms in block 114
Block first atom: 3667
Blocpdb> 33 atoms in block 115
Block first atom: 3700
Blocpdb> 27 atoms in block 116
Block first atom: 3733
Blocpdb> 35 atoms in block 117
Block first atom: 3760
Blocpdb> 32 atoms in block 118
Block first atom: 3795
Blocpdb> 26 atoms in block 119
Block first atom: 3827
Blocpdb> 24 atoms in block 120
Block first atom: 3853
Blocpdb> 27 atoms in block 121
Block first atom: 3877
Blocpdb> 35 atoms in block 122
Block first atom: 3904
Blocpdb> 17 atoms in block 123
Block first atom: 3939
Blocpdb> 38 atoms in block 124
Block first atom: 3956
Blocpdb> 30 atoms in block 125
Block first atom: 3994
Blocpdb> 36 atoms in block 126
Block first atom: 4024
Blocpdb> 43 atoms in block 127
Block first atom: 4060
Blocpdb> 28 atoms in block 128
Block first atom: 4103
Blocpdb> 30 atoms in block 129
Block first atom: 4131
Blocpdb> 21 atoms in block 130
Block first atom: 4161
Blocpdb> 30 atoms in block 131
Block first atom: 4182
Blocpdb> 33 atoms in block 132
Block first atom: 4212
Blocpdb> 37 atoms in block 133
Block first atom: 4245
Blocpdb> 33 atoms in block 134
Block first atom: 4282
Blocpdb> 34 atoms in block 135
Block first atom: 4315
Blocpdb> 36 atoms in block 136
Block first atom: 4349
Blocpdb> 45 atoms in block 137
Block first atom: 4385
Blocpdb> 21 atoms in block 138
Block first atom: 4430
Blocpdb> 31 atoms in block 139
Block first atom: 4451
Blocpdb> 45 atoms in block 140
Block first atom: 4482
Blocpdb> 36 atoms in block 141
Block first atom: 4527
Blocpdb> 28 atoms in block 142
Block first atom: 4563
Blocpdb> 21 atoms in block 143
Block first atom: 4590
Blocpdb> 143 blocks.
Blocpdb> At most, 45 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 10 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 3233496 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 13833
Prepmat> Matrix trace = 7124860.0000
Prepmat> Last element read: 13833 13833 254.6438
Prepmat> 10297 lines saved.
Prepmat> 8638 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4611
RTB> Total mass = 4611.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4611
RTB> Number of blocks = 143
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 369685.5282
RTB> 57543 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 858
Diagstd> Nb of non-zero elements: 57543
Diagstd> Projected matrix trace = 369685.5282
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 858 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 369685.5282
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 3.1867159 4.3094955 5.3565948 6.3597923
7.7490444 9.5069277 10.4179595 12.7284050 14.3056526
15.3439195 16.0815685 16.4532561 18.0122371 20.0566847
20.6951568 22.0061419 23.8037925 25.7552769 27.7427395
28.4217975 28.8344065 30.9920974 33.5479967 35.8664727
36.8250014 39.0818046 40.4178772 42.2295402 42.6639456
45.2427909 46.2004609 47.9622277 48.9149306 50.0219867
51.1067124 52.0765926 53.2926614 55.5476584 57.3263672
57.6253774 59.7178673 59.9943740 61.4881880 63.0103191
63.4489739 66.6386984 66.6694264 68.2359930 69.9200974
70.7629992 71.9833393 75.9974464 76.8771865 78.7250857
79.8842545 80.6213435 82.2755527 84.5778727 87.5445575
89.6594284 90.1958212 91.3611183 92.5497080 93.7902225
94.9309091 95.2587121 96.6583581 97.8681800 99.8662767
101.0955949 102.4752164 104.4619003 105.7503066 106.1995573
107.3464842 108.2544445 109.3835759 110.7685938 113.8381702
115.0013676 116.0673962 117.4916381 117.9629626 119.9761194
120.6063840 122.3335954 122.5931201 125.2570908 126.1010390
127.5387344 129.0996757 130.6051537 132.0948278 133.4763306
136.6473728 137.3830623 137.7635711 139.0624253 140.5190823
142.6191259
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034306 0.0034326 0.0034332 0.0034341 0.0034342
0.0034378 193.8505136 225.4283301 251.3273065 273.8525221
302.2869186 334.8230711 350.4988624 387.4202114 410.7230890
425.3666485 435.4712454 440.4749438 460.8707103 486.3230502
494.0030616 509.4097282 529.8078128 551.0974380 571.9656567
578.9233288 583.1104015 604.5340463 628.9680370 650.3387233
658.9715523 678.8636970 690.3701897 705.6729280 709.2931877
730.4154884 738.1054875 752.0469490 759.4794040 768.0256922
776.3083412 783.6399356 792.7367374 809.3346947 822.1905690
824.3320234 839.1651220 841.1056362 851.5126960 861.9878014
864.9830193 886.4587539 886.6631098 897.0198184 908.0218360
913.4786392 921.3216468 946.6616421 952.1251145 963.5002934
970.5677881 975.0352027 984.9874214 998.6738063 1016.0377781
1028.2370848 1031.3082426 1037.9489257 1044.6788606 1051.6568702
1058.0327240 1059.8578800 1067.6157867 1074.2764030 1085.1873172
1091.8460224 1099.2708262 1109.8754402 1116.6989243 1119.0684026
1125.0949953 1129.8431275 1135.7201697 1142.8878123 1158.6152312
1164.5195473 1169.9044724 1177.0604292 1179.4189891 1189.4404005
1192.5605220 1201.0695321 1202.3428618 1215.3362185 1219.4236475
1226.3553547 1233.8371883 1241.0104475 1248.0678238 1254.5772553
1269.3924866 1272.8050113 1274.5664319 1280.5607312 1287.2500955
1296.8333350
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4611
Rtb_to_modes> Number of blocs = 143
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9805E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.6
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 858 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 82998 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
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1.00002 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000
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1.00001 0.99999 1.00001 0.99998 1.00001
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1.00000 0.99998 1.00001 1.00002 0.99997
1.00002 1.00000 0.99998 1.00001 0.99999
0.99997 0.99999 0.99998 0.99999 0.99998
1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999
1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
0.99998 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602201018263887215.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602201018263887215.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2602201018263887215.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2602201018263887215.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 284
First residue number = 69
Last residue number = 399
Number of atoms found = 4611
Mean number per residue = 16.2
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0022E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.309
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.357
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.360
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.749
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.507
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.99
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.64
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.87
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.6
Bfactors> 106 vectors, 13833 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 3.187000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.270 for 284 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.008 +/- 0.01
Bfactors> = 72.605 +/- 32.17
Bfactors> Shiftng-fct= 72.597
Bfactors> Scaling-fct= 2962.423
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602201018263887215.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602201018263887215.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4305E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4376E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 225.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 350.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 410.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 435.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 440.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 460.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 486.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 529.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 629.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 650.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 690.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 705.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 730.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 738.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 752.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 768.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 783.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 809.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 822.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 824.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 839.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 841.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 851.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 861.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 865.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 886.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 886.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 897.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 908.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 913.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 921.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 946.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 952.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 963.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 970.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 975.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 985.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 998.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1016.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1028.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1031.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1038.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1045.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1052.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1058.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1060.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1068.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1074.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1085.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1092.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1099.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1110.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1117.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1119.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1125.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1130.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1136.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1143.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1158.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1164.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1170.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1177.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1180.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1190.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1192.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1201.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1202.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1215.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1219.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1226.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1234.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1241.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1248.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1255.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1269.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1273.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1275.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1281.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1287.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1297.
Chkmod> 106 vectors, 13833 coordinates in file.
Chkmod> That is: 4611 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9793
0.0034 0.7374
0.0034 0.7401
0.0034 0.7588
0.0034 0.7465
0.0034 0.9776
193.8508 0.1609
225.4057 0.0814
251.3260 0.3082
273.8452 0.6117
302.2731 0.3491
334.8100 0.2256
350.5181 0.2552
387.4279 0.2732
410.7679 0.2460
425.2941 0.2848
435.4313 0.2067
440.4125 0.3510
460.8223 0.1900
486.3424 0.3329
494.0397 0.2967
509.4325 0.4000
529.7429 0.3149
551.1243 0.3074
571.9129 0.5253
578.8802 0.3384
583.0408 0.5466
604.4876 0.2930
628.9598 0.3976
650.3428 0.4239
658.9880 0.6155
678.8189 0.4261
690.3587 0.3058
705.6465 0.5366
709.2299 0.4990
730.3616 0.3401
738.0701 0.5409
751.9972 0.3502
759.4085 0.4689
767.9775 0.4141
776.3000 0.0696
783.6319 0.2370
792.6829 0.3418
809.3170 0.4792
822.1813 0.4101
824.3297 0.4883
839.1441 0.3723
841.0389 0.4826
851.4887 0.2040
861.9486 0.2759
864.9529 0.3684
886.4294 0.3467
886.6289 0.4081
897.0076 0.3039
907.9822 0.3186
913.4201 0.4595
921.2607 0.4466
946.6369 0.2439
952.1017 0.4008
963.4890 0.4975
970.5003 0.3861
974.9852 0.3738
984.9718 0.4017
998.6435 0.3354
1015.9677 0.2840
1028.1962 0.3993
1031.2879 0.2673
1037.8980 0.3989
1044.6357 0.4473
1051.6105 0.3824
1057.9822 0.4572
1059.8195 0.4469
1067.5790 0.4011
1074.2403 0.4306
1085.1610 0.5228
1091.8229 0.5254
1099.3566 0.4021
1110.0302 0.4316
1116.9133 0.4742
1119.0227 0.1807
1124.8031 0.2825
1130.0323 0.4576
1135.7567 0.4973
1143.0008 0.3594
1158.3712 0.4563
1164.4626 0.2872
1170.0185 0.5124
1177.0518 0.4640
1179.5535 0.4229
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getting mode 11
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m16.855s
user 0m16.686s
sys 0m0.157s
rm: cannot remove '2602201018263887215.sdijf': No such file or directory
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