***  ENDOCYTOSIS 29-JUN-09 3I2W  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2602230445411017275.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2602230445411017275.atom to be opened.
Openam> File opened: 2602230445411017275.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 544
First residue number = 14
Last residue number = 298
Number of atoms found = 4524
Mean number per residue = 8.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -7.455601 +/- 10.443807 From: -41.983000 To: 15.647000
= -25.756405 +/- 40.630814 From: -99.463000 To: 58.889000
= 15.098103 +/- 23.993930 From: -39.377000 To: 84.918000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.8018 % Filled.
Pdbmat> 1659589 non-zero elements.
Pdbmat> 181415 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 80.20 +/- 21.72
Maximum number = 131
Minimum number = 16
Pdbmat> Matrix trace = 3.628300E+06
Pdbmat> Larger element = 512.964
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
544 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2602230445411017275.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2602230445411017275.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2602230445411017275.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4524 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 544 residues.
Blocpdb> 20 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 34 atoms in block 2
Block first atom: 21
Blocpdb> 19 atoms in block 3
Block first atom: 55
Blocpdb> 32 atoms in block 4
Block first atom: 74
Blocpdb> 23 atoms in block 5
Block first atom: 106
Blocpdb> 28 atoms in block 6
Block first atom: 129
Blocpdb> 24 atoms in block 7
Block first atom: 157
Blocpdb> 23 atoms in block 8
Block first atom: 181
Blocpdb> 24 atoms in block 9
Block first atom: 204
Blocpdb> 26 atoms in block 10
Block first atom: 228
Blocpdb> 26 atoms in block 11
Block first atom: 254
Blocpdb> 24 atoms in block 12
Block first atom: 280
Blocpdb> 26 atoms in block 13
Block first atom: 304
Blocpdb> 21 atoms in block 14
Block first atom: 330
Blocpdb> 23 atoms in block 15
Block first atom: 351
Blocpdb> 32 atoms in block 16
Block first atom: 374
Blocpdb> 24 atoms in block 17
Block first atom: 406
Blocpdb> 27 atoms in block 18
Block first atom: 430
Blocpdb> 25 atoms in block 19
Block first atom: 457
Blocpdb> 20 atoms in block 20
Block first atom: 482
Blocpdb> 25 atoms in block 21
Block first atom: 502
Blocpdb> 23 atoms in block 22
Block first atom: 527
Blocpdb> 24 atoms in block 23
Block first atom: 550
Blocpdb> 20 atoms in block 24
Block first atom: 574
Blocpdb> 24 atoms in block 25
Block first atom: 594
Blocpdb> 26 atoms in block 26
Block first atom: 618
Blocpdb> 22 atoms in block 27
Block first atom: 644
Blocpdb> 17 atoms in block 28
Block first atom: 666
Blocpdb> 26 atoms in block 29
Block first atom: 683
Blocpdb> 24 atoms in block 30
Block first atom: 709
Blocpdb> 22 atoms in block 31
Block first atom: 733
Blocpdb> 21 atoms in block 32
Block first atom: 755
Blocpdb> 26 atoms in block 33
Block first atom: 776
Blocpdb> 30 atoms in block 34
Block first atom: 802
Blocpdb> 26 atoms in block 35
Block first atom: 832
Blocpdb> 32 atoms in block 36
Block first atom: 858
Blocpdb> 15 atoms in block 37
Block first atom: 890
Blocpdb> 26 atoms in block 38
Block first atom: 905
Blocpdb> 29 atoms in block 39
Block first atom: 931
Blocpdb> 25 atoms in block 40
Block first atom: 960
Blocpdb> 27 atoms in block 41
Block first atom: 985
Blocpdb> 23 atoms in block 42
Block first atom: 1012
Blocpdb> 25 atoms in block 43
Block first atom: 1035
Blocpdb> 28 atoms in block 44
Block first atom: 1060
Blocpdb> 21 atoms in block 45
Block first atom: 1088
Blocpdb> 25 atoms in block 46
Block first atom: 1109
Blocpdb> 23 atoms in block 47
Block first atom: 1134
Blocpdb> 25 atoms in block 48
Block first atom: 1157
Blocpdb> 21 atoms in block 49
Block first atom: 1182
Blocpdb> 22 atoms in block 50
Block first atom: 1203
Blocpdb> 26 atoms in block 51
Block first atom: 1225
Blocpdb> 12 atoms in block 52
Block first atom: 1251
Blocpdb> 29 atoms in block 53
Block first atom: 1263
Blocpdb> 25 atoms in block 54
Block first atom: 1292
Blocpdb> 24 atoms in block 55
Block first atom: 1317
Blocpdb> 25 atoms in block 56
Block first atom: 1341
Blocpdb> 26 atoms in block 57
Block first atom: 1366
Blocpdb> 30 atoms in block 58
Block first atom: 1392
Blocpdb> 23 atoms in block 59
Block first atom: 1422
Blocpdb> 22 atoms in block 60
Block first atom: 1445
Blocpdb> 24 atoms in block 61
Block first atom: 1467
Blocpdb> 26 atoms in block 62
Block first atom: 1491
Blocpdb> 27 atoms in block 63
Block first atom: 1517
Blocpdb> 17 atoms in block 64
Block first atom: 1544
Blocpdb> 20 atoms in block 65
Block first atom: 1561
Blocpdb> 29 atoms in block 66
Block first atom: 1581
Blocpdb> 22 atoms in block 67
Block first atom: 1610
Blocpdb> 29 atoms in block 68
Block first atom: 1632
Blocpdb> 26 atoms in block 69
Block first atom: 1661
Blocpdb> 31 atoms in block 70
Block first atom: 1687
Blocpdb> 26 atoms in block 71
Block first atom: 1718
Blocpdb> 27 atoms in block 72
Block first atom: 1744
Blocpdb> 23 atoms in block 73
Block first atom: 1771
Blocpdb> 22 atoms in block 74
Block first atom: 1794
Blocpdb> 24 atoms in block 75
Block first atom: 1816
Blocpdb> 22 atoms in block 76
Block first atom: 1840
Blocpdb> 24 atoms in block 77
Block first atom: 1862
Blocpdb> 29 atoms in block 78
Block first atom: 1886
Blocpdb> 26 atoms in block 79
Block first atom: 1915
Blocpdb> 25 atoms in block 80
Block first atom: 1941
Blocpdb> 21 atoms in block 81
Block first atom: 1966
Blocpdb> 26 atoms in block 82
Block first atom: 1987
Blocpdb> 25 atoms in block 83
Block first atom: 2013
Blocpdb> 37 atoms in block 84
Block first atom: 2038
Blocpdb> 22 atoms in block 85
Block first atom: 2075
Blocpdb> 22 atoms in block 86
Block first atom: 2097
Blocpdb> 8 atoms in block 87
Block first atom: 2119
Blocpdb> 5 atoms in block 88
Block first atom: 2127
Blocpdb> 29 atoms in block 89
Block first atom: 2132
Blocpdb> 24 atoms in block 90
Block first atom: 2161
Blocpdb> 28 atoms in block 91
Block first atom: 2185
Blocpdb> 20 atoms in block 92
Block first atom: 2213
Blocpdb> 34 atoms in block 93
Block first atom: 2233
Blocpdb> 19 atoms in block 94
Block first atom: 2267
Blocpdb> 32 atoms in block 95
Block first atom: 2286
Blocpdb> 23 atoms in block 96
Block first atom: 2318
Blocpdb> 28 atoms in block 97
Block first atom: 2341
Blocpdb> 24 atoms in block 98
Block first atom: 2369
Blocpdb> 23 atoms in block 99
Block first atom: 2393
Blocpdb> 24 atoms in block 100
Block first atom: 2416
Blocpdb> 26 atoms in block 101
Block first atom: 2440
Blocpdb> 26 atoms in block 102
Block first atom: 2466
Blocpdb> 24 atoms in block 103
Block first atom: 2492
Blocpdb> 26 atoms in block 104
Block first atom: 2516
Blocpdb> 21 atoms in block 105
Block first atom: 2542
Blocpdb> 23 atoms in block 106
Block first atom: 2563
Blocpdb> 32 atoms in block 107
Block first atom: 2586
Blocpdb> 24 atoms in block 108
Block first atom: 2618
Blocpdb> 27 atoms in block 109
Block first atom: 2642
Blocpdb> 25 atoms in block 110
Block first atom: 2669
Blocpdb> 20 atoms in block 111
Block first atom: 2694
Blocpdb> 25 atoms in block 112
Block first atom: 2714
Blocpdb> 23 atoms in block 113
Block first atom: 2739
Blocpdb> 24 atoms in block 114
Block first atom: 2762
Blocpdb> 20 atoms in block 115
Block first atom: 2786
Blocpdb> 24 atoms in block 116
Block first atom: 2806
Blocpdb> 26 atoms in block 117
Block first atom: 2830
Blocpdb> 22 atoms in block 118
Block first atom: 2856
Blocpdb> 17 atoms in block 119
Block first atom: 2878
Blocpdb> 26 atoms in block 120
Block first atom: 2895
Blocpdb> 24 atoms in block 121
Block first atom: 2921
Blocpdb> 22 atoms in block 122
Block first atom: 2945
Blocpdb> 21 atoms in block 123
Block first atom: 2967
Blocpdb> 26 atoms in block 124
Block first atom: 2988
Blocpdb> 30 atoms in block 125
Block first atom: 3014
Blocpdb> 26 atoms in block 126
Block first atom: 3044
Blocpdb> 32 atoms in block 127
Block first atom: 3070
Blocpdb> 15 atoms in block 128
Block first atom: 3102
Blocpdb> 26 atoms in block 129
Block first atom: 3117
Blocpdb> 29 atoms in block 130
Block first atom: 3143
Blocpdb> 25 atoms in block 131
Block first atom: 3172
Blocpdb> 27 atoms in block 132
Block first atom: 3197
Blocpdb> 23 atoms in block 133
Block first atom: 3224
Blocpdb> 25 atoms in block 134
Block first atom: 3247
Blocpdb> 28 atoms in block 135
Block first atom: 3272
Blocpdb> 21 atoms in block 136
Block first atom: 3300
Blocpdb> 25 atoms in block 137
Block first atom: 3321
Blocpdb> 23 atoms in block 138
Block first atom: 3346
Blocpdb> 25 atoms in block 139
Block first atom: 3369
Blocpdb> 21 atoms in block 140
Block first atom: 3394
Blocpdb> 22 atoms in block 141
Block first atom: 3415
Blocpdb> 26 atoms in block 142
Block first atom: 3437
Blocpdb> 20 atoms in block 143
Block first atom: 3463
Blocpdb> 29 atoms in block 144
Block first atom: 3483
Blocpdb> 21 atoms in block 145
Block first atom: 3512
Blocpdb> 19 atoms in block 146
Block first atom: 3533
Blocpdb> 20 atoms in block 147
Block first atom: 3552
Blocpdb> 24 atoms in block 148
Block first atom: 3572
Blocpdb> 25 atoms in block 149
Block first atom: 3596
Blocpdb> 29 atoms in block 150
Block first atom: 3621
Blocpdb> 25 atoms in block 151
Block first atom: 3650
Blocpdb> 24 atoms in block 152
Block first atom: 3675
Blocpdb> 25 atoms in block 153
Block first atom: 3699
Blocpdb> 26 atoms in block 154
Block first atom: 3724
Blocpdb> 30 atoms in block 155
Block first atom: 3750
Blocpdb> 23 atoms in block 156
Block first atom: 3780
Blocpdb> 22 atoms in block 157
Block first atom: 3803
Blocpdb> 24 atoms in block 158
Block first atom: 3825
Blocpdb> 26 atoms in block 159
Block first atom: 3849
Blocpdb> 27 atoms in block 160
Block first atom: 3875
Blocpdb> 17 atoms in block 161
Block first atom: 3902
Blocpdb> 20 atoms in block 162
Block first atom: 3919
Blocpdb> 29 atoms in block 163
Block first atom: 3939
Blocpdb> 22 atoms in block 164
Block first atom: 3968
Blocpdb> 29 atoms in block 165
Block first atom: 3990
Blocpdb> 26 atoms in block 166
Block first atom: 4019
Blocpdb> 31 atoms in block 167
Block first atom: 4045
Blocpdb> 26 atoms in block 168
Block first atom: 4076
Blocpdb> 27 atoms in block 169
Block first atom: 4102
Blocpdb> 23 atoms in block 170
Block first atom: 4129
Blocpdb> 22 atoms in block 171
Block first atom: 4152
Blocpdb> 24 atoms in block 172
Block first atom: 4174
Blocpdb> 22 atoms in block 173
Block first atom: 4198
Blocpdb> 24 atoms in block 174
Block first atom: 4220
Blocpdb> 29 atoms in block 175
Block first atom: 4244
Blocpdb> 26 atoms in block 176
Block first atom: 4273
Blocpdb> 25 atoms in block 177
Block first atom: 4299
Blocpdb> 21 atoms in block 178
Block first atom: 4324
Blocpdb> 26 atoms in block 179
Block first atom: 4345
Blocpdb> 25 atoms in block 180
Block first atom: 4371
Blocpdb> 37 atoms in block 181
Block first atom: 4396
Blocpdb> 22 atoms in block 182
Block first atom: 4433
Blocpdb> 22 atoms in block 183
Block first atom: 4455
Blocpdb> 8 atoms in block 184
Block first atom: 4477
Blocpdb> 5 atoms in block 185
Block first atom: 4485
Blocpdb> 29 atoms in block 186
Block first atom: 4490
Blocpdb> 6 atoms in block 187
Block first atom: 4518
Blocpdb> 187 blocks.
Blocpdb> At most, 37 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1659776 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 13572
Prepmat> Matrix trace = 3628300.0000
Prepmat> Last element read: 13572 13572 157.1532
Prepmat> 17579 lines saved.
Prepmat> 15955 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4524
RTB> Total mass = 4524.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4524
RTB> Number of blocks = 187
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 226184.3187
RTB> 55623 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1122
Diagstd> Nb of non-zero elements: 55623
Diagstd> Projected matrix trace = 226184.3187
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1122 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 226184.3187
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0358150 0.0598485 0.1082208 0.1811888
0.3261864 0.3594760 0.4956263 0.7314215 0.8471717
0.9637556 1.2197864 1.5133565 1.6384003 1.8870028
2.5350696 2.9115240 3.1136906 3.6384509 4.0033292
4.2817472 4.8380426 5.6818299 5.8907515 6.6561490
7.1123126 7.8010599 8.2448591 8.7805559 10.3242350
10.7898507 10.9215673 11.5545474 12.5531235 12.7978272
13.5528339 14.8798127 15.2225947 15.9438203 16.5246007
17.8495160 18.1661336 18.4361416 19.2930933 19.6480141
20.3569248 21.1188118 21.6090029 22.3743814 23.2912974
23.3533687 24.4344822 24.7182132 25.7478269 26.2452513
26.6938710 26.9233235 27.6360988 27.9686494 28.2618369
29.7372075 30.3683768 31.0144792 31.0693343 31.3551978
31.9667026 32.3609750 32.5409713 32.9676510 33.5887431
34.1990743 34.5904225 34.9570301 35.7315302 36.0033202
36.2327623 36.7045241 36.9343740 37.1560420 37.6092534
37.9711419 38.4869374 39.1744407 39.5178194 40.5945567
40.6583672 41.2517463 41.6782768 42.0445697 42.3167533
42.6624312 43.0377180 43.4522866 43.8736409 44.0863542
44.3219431 45.2204545 45.4118664 45.8405173 45.9983725
46.4430560
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034328 0.0034331 0.0034334 0.0034341 0.0034348
0.0034351 20.5507484 26.5657403 35.7232196 46.2233057
62.0194945 65.1073784 76.4491100 92.8707890 99.9495854
106.6052865 119.9325803 133.5875247 138.9969564 149.1700196
172.8981003 185.2914877 191.6165475 207.1350251 217.2730849
224.7014065 238.8526841 258.8447691 263.5606866 280.1604326
289.6014285 303.2997744 311.8077452 321.7779541 348.9186793
356.6999088 358.8705036 369.1235470 384.7434014 388.4752916
399.7701263 418.8842323 423.6816189 433.6021992 441.4289042
458.7842526 462.8353610 466.2622963 476.9756543 481.3429448
489.9495540 499.0338668 504.7922102 513.6541465 524.0734045
524.7712670 536.7806478 539.8881772 551.0177271 556.3148439
561.0493442 563.4554901 570.8653039 574.2897008 577.2919124
592.1685961 598.4199591 604.7522966 605.2868714 608.0650652
613.9658286 617.7405057 619.4561028 623.5040548 629.3498846
635.0420096 638.6651425 642.0406774 649.1141668 651.5782166
653.6511098 657.8927177 659.9494202 661.9268573 665.9515532
669.1478844 673.6773674 679.6677801 682.6400531 691.8774594
692.4210259 697.4554129 701.0518786 704.1257656 706.4012355
709.2805993 712.3934174 715.8163240 719.2785655 721.0201020
722.9440305 730.2351629 731.7790227 735.2246091 736.4894216
740.0408183
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4524
Rtb_to_modes> Number of blocs = 187
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.44
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1122 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000
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0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
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1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002
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1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001
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1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 1.00002
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 81432 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
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1.00001 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000
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1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
0.99999 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998
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1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002
0.99997 0.99999 0.99998 1.00001 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001
0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 1.00002
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602230445411017275.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602230445411017275.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2602230445411017275.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2602230445411017275.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 544
First residue number = 14
Last residue number = 298
Number of atoms found = 4524
Mean number per residue = 8.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9933E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.682
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.891
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.32
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.44
Bfactors> 106 vectors, 13572 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.035815
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.583 for 544 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.272 +/- 0.42
Bfactors> = 42.238 +/- 29.51
Bfactors> Shiftng-fct= 41.966
Bfactors> Scaling-fct= 70.347
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602230445411017275.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602230445411017275.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 26.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 35.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 46.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 65.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 76.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 92.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 106.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 133.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 139.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 172.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 185.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 191.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 217.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 224.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 289.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 303.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 311.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 348.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 369.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 384.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 388.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 399.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 418.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 423.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 441.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 462.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 466.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 481.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 598.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 605.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 619.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 629.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 635.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 642.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 649.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 704.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 712.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 715.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 719.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 722.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 730.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 731.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 740.0
Chkmod> 106 vectors, 13572 coordinates in file.
Chkmod> That is: 4524 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8337
0.0034 0.8541
0.0034 0.8105
0.0034 0.7246
0.0034 0.9265
0.0034 0.7873
20.5499 0.3553
26.5647 0.5064
35.7183 0.3817
46.2227 0.4883
62.0181 0.5476
65.1068 0.6030
76.4438 0.3257
92.8654 0.4622
99.9470 0.4484
106.6032 0.5357
119.9379 0.5000
133.5661 0.6216
138.9740 0.7729
149.1635 0.6018
172.8883 0.6498
185.2987 0.5265
191.6178 0.6382
207.1133 0.5631
217.2548 0.6562
224.6984 0.5785
238.8414 0.4477
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m25.946s
user 0m25.786s
sys 0m0.145s
rm: cannot remove '2602230445411017275.sdijf': No such file or directory
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