*** winch 1 ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2602282132342775044.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2602282132342775044.atom to be opened.
Openam> File opened: 2602282132342775044.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1814
First residue number = 5
Last residue number = 369
Number of atoms found = 14849
Mean number per residue = 8.2
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 132.578616 +/- 17.541101 From: 92.486000 To: 172.403000
= 132.597750 +/- 17.191316 From: 91.218000 To: 172.042000
= 141.865270 +/- 34.014107 From: 73.592000 To: 201.220000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.5427 % Filled.
Pdbmat> 5384574 non-zero elements.
Pdbmat> 588480 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 79.26 +/- 18.04
Maximum number = 123
Minimum number = 8
Pdbmat> Matrix trace = 1.176960E+07
Pdbmat> Larger element = 498.862
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1814 non-zero elements, NRBL set to 10
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2602282132342775044.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 10
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2602282132342775044.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2602282132342775044.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 14849 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 10 residue(s) per block.
Blocpdb> 1814 residues.
Blocpdb> 84 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 84 atoms in block 2
Block first atom: 85
Blocpdb> 80 atoms in block 3
Block first atom: 169
Blocpdb> 77 atoms in block 4
Block first atom: 249
Blocpdb> 79 atoms in block 5
Block first atom: 326
Blocpdb> 84 atoms in block 6
Block first atom: 405
Blocpdb> 104 atoms in block 7
Block first atom: 489
Blocpdb> 77 atoms in block 8
Block first atom: 593
Blocpdb> 90 atoms in block 9
Block first atom: 670
Blocpdb> 79 atoms in block 10
Block first atom: 760
Blocpdb> 76 atoms in block 11
Block first atom: 839
Blocpdb> 83 atoms in block 12
Block first atom: 915
Blocpdb> 81 atoms in block 13
Block first atom: 998
Blocpdb> 82 atoms in block 14
Block first atom: 1079
Blocpdb> 79 atoms in block 15
Block first atom: 1161
Blocpdb> 86 atoms in block 16
Block first atom: 1240
Blocpdb> 82 atoms in block 17
Block first atom: 1326
Blocpdb> 90 atoms in block 18
Block first atom: 1408
Blocpdb> 73 atoms in block 19
Block first atom: 1498
Blocpdb> 87 atoms in block 20
Block first atom: 1571
Blocpdb> 84 atoms in block 21
Block first atom: 1658
Blocpdb> 88 atoms in block 22
Block first atom: 1742
Blocpdb> 73 atoms in block 23
Block first atom: 1830
Blocpdb> 82 atoms in block 24
Block first atom: 1903
Blocpdb> 71 atoms in block 25
Block first atom: 1985
Blocpdb> 78 atoms in block 26
Block first atom: 2056
Blocpdb> 74 atoms in block 27
Block first atom: 2134
Blocpdb> 79 atoms in block 28
Block first atom: 2208
Blocpdb> 81 atoms in block 29
Block first atom: 2287
Blocpdb> 78 atoms in block 30
Block first atom: 2368
Blocpdb> 87 atoms in block 31
Block first atom: 2446
Blocpdb> 91 atoms in block 32
Block first atom: 2533
Blocpdb> 85 atoms in block 33
Block first atom: 2624
Blocpdb> 93 atoms in block 34
Block first atom: 2709
Blocpdb> 85 atoms in block 35
Block first atom: 2802
Blocpdb> 86 atoms in block 36
Block first atom: 2887
Blocpdb> 77 atoms in block 37
Block first atom: 2973
Blocpdb> 86 atoms in block 38
Block first atom: 3050
Blocpdb> 85 atoms in block 39
Block first atom: 3136
Blocpdb> 72 atoms in block 40
Block first atom: 3221
Blocpdb> 74 atoms in block 41
Block first atom: 3293
Blocpdb> 85 atoms in block 42
Block first atom: 3367
Blocpdb> 84 atoms in block 43
Block first atom: 3452
Blocpdb> 99 atoms in block 44
Block first atom: 3536
Blocpdb> 89 atoms in block 45
Block first atom: 3635
Blocpdb> 85 atoms in block 46
Block first atom: 3724
Blocpdb> 75 atoms in block 47
Block first atom: 3809
Blocpdb> 83 atoms in block 48
Block first atom: 3884
Blocpdb> 84 atoms in block 49
Block first atom: 3967
Blocpdb> 74 atoms in block 50
Block first atom: 4051
Blocpdb> 89 atoms in block 51
Block first atom: 4125
Blocpdb> 89 atoms in block 52
Block first atom: 4214
Blocpdb> 85 atoms in block 53
Block first atom: 4303
Blocpdb> 74 atoms in block 54
Block first atom: 4388
Blocpdb> 81 atoms in block 55
Block first atom: 4462
Blocpdb> 78 atoms in block 56
Block first atom: 4543
Blocpdb> 83 atoms in block 57
Block first atom: 4621
Blocpdb> 92 atoms in block 58
Block first atom: 4704
Blocpdb> 79 atoms in block 59
Block first atom: 4796
Blocpdb> 76 atoms in block 60
Block first atom: 4875
Blocpdb> 77 atoms in block 61
Block first atom: 4951
Blocpdb> 71 atoms in block 62
Block first atom: 5028
Blocpdb> 80 atoms in block 63
Block first atom: 5099
Blocpdb> 72 atoms in block 64
Block first atom: 5179
Blocpdb> 81 atoms in block 65
Block first atom: 5251
Blocpdb> 74 atoms in block 66
Block first atom: 5332
Blocpdb> 80 atoms in block 67
Block first atom: 5406
Blocpdb> 81 atoms in block 68
Block first atom: 5486
Blocpdb> 79 atoms in block 69
Block first atom: 5567
Blocpdb> 45 atoms in block 70
Block first atom: 5646
Blocpdb> 83 atoms in block 71
Block first atom: 5691
Blocpdb> 91 atoms in block 72
Block first atom: 5774
Blocpdb> 79 atoms in block 73
Block first atom: 5865
Blocpdb> 23 atoms in block 74
Block first atom: 5944
Blocpdb> 86 atoms in block 75
Block first atom: 5967
Blocpdb> 85 atoms in block 76
Block first atom: 6053
Blocpdb> 72 atoms in block 77
Block first atom: 6138
Blocpdb> 74 atoms in block 78
Block first atom: 6210
Blocpdb> 85 atoms in block 79
Block first atom: 6284
Blocpdb> 84 atoms in block 80
Block first atom: 6369
Blocpdb> 99 atoms in block 81
Block first atom: 6453
Blocpdb> 89 atoms in block 82
Block first atom: 6552
Blocpdb> 85 atoms in block 83
Block first atom: 6641
Blocpdb> 75 atoms in block 84
Block first atom: 6726
Blocpdb> 83 atoms in block 85
Block first atom: 6801
Blocpdb> 84 atoms in block 86
Block first atom: 6884
Blocpdb> 74 atoms in block 87
Block first atom: 6968
Blocpdb> 89 atoms in block 88
Block first atom: 7042
Blocpdb> 89 atoms in block 89
Block first atom: 7131
Blocpdb> 85 atoms in block 90
Block first atom: 7220
Blocpdb> 74 atoms in block 91
Block first atom: 7305
Blocpdb> 81 atoms in block 92
Block first atom: 7379
Blocpdb> 78 atoms in block 93
Block first atom: 7460
Blocpdb> 83 atoms in block 94
Block first atom: 7538
Blocpdb> 92 atoms in block 95
Block first atom: 7621
Blocpdb> 79 atoms in block 96
Block first atom: 7713
Blocpdb> 76 atoms in block 97
Block first atom: 7792
Blocpdb> 77 atoms in block 98
Block first atom: 7868
Blocpdb> 71 atoms in block 99
Block first atom: 7945
Blocpdb> 80 atoms in block 100
Block first atom: 8016
Blocpdb> 72 atoms in block 101
Block first atom: 8096
Blocpdb> 81 atoms in block 102
Block first atom: 8168
Blocpdb> 74 atoms in block 103
Block first atom: 8249
Blocpdb> 80 atoms in block 104
Block first atom: 8323
Blocpdb> 81 atoms in block 105
Block first atom: 8403
Blocpdb> 79 atoms in block 106
Block first atom: 8484
Blocpdb> 45 atoms in block 107
Block first atom: 8563
Blocpdb> 83 atoms in block 108
Block first atom: 8608
Blocpdb> 91 atoms in block 109
Block first atom: 8691
Blocpdb> 79 atoms in block 110
Block first atom: 8782
Blocpdb> 23 atoms in block 111
Block first atom: 8861
Blocpdb> 84 atoms in block 112
Block first atom: 8884
Blocpdb> 84 atoms in block 113
Block first atom: 8968
Blocpdb> 80 atoms in block 114
Block first atom: 9052
Blocpdb> 77 atoms in block 115
Block first atom: 9132
Blocpdb> 79 atoms in block 116
Block first atom: 9209
Blocpdb> 84 atoms in block 117
Block first atom: 9288
Blocpdb> 104 atoms in block 118
Block first atom: 9372
Blocpdb> 77 atoms in block 119
Block first atom: 9476
Blocpdb> 90 atoms in block 120
Block first atom: 9553
Blocpdb> 79 atoms in block 121
Block first atom: 9643
Blocpdb> 76 atoms in block 122
Block first atom: 9722
Blocpdb> 83 atoms in block 123
Block first atom: 9798
Blocpdb> 81 atoms in block 124
Block first atom: 9881
Blocpdb> 82 atoms in block 125
Block first atom: 9962
Blocpdb> 79 atoms in block 126
Block first atom: 10044
Blocpdb> 86 atoms in block 127
Block first atom: 10123
Blocpdb> 82 atoms in block 128
Block first atom: 10209
Blocpdb> 90 atoms in block 129
Block first atom: 10291
Blocpdb> 73 atoms in block 130
Block first atom: 10381
Blocpdb> 87 atoms in block 131
Block first atom: 10454
Blocpdb> 84 atoms in block 132
Block first atom: 10541
Blocpdb> 88 atoms in block 133
Block first atom: 10625
Blocpdb> 73 atoms in block 134
Block first atom: 10713
Blocpdb> 82 atoms in block 135
Block first atom: 10786
Blocpdb> 71 atoms in block 136
Block first atom: 10868
Blocpdb> 78 atoms in block 137
Block first atom: 10939
Blocpdb> 74 atoms in block 138
Block first atom: 11017
Blocpdb> 79 atoms in block 139
Block first atom: 11091
Blocpdb> 81 atoms in block 140
Block first atom: 11170
Blocpdb> 78 atoms in block 141
Block first atom: 11251
Blocpdb> 87 atoms in block 142
Block first atom: 11329
Blocpdb> 91 atoms in block 143
Block first atom: 11416
Blocpdb> 85 atoms in block 144
Block first atom: 11507
Blocpdb> 93 atoms in block 145
Block first atom: 11592
Blocpdb> 85 atoms in block 146
Block first atom: 11685
Blocpdb> 86 atoms in block 147
Block first atom: 11770
Blocpdb> 77 atoms in block 148
Block first atom: 11856
Blocpdb> 86 atoms in block 149
Block first atom: 11933
Blocpdb> 85 atoms in block 150
Block first atom: 12019
Blocpdb> 72 atoms in block 151
Block first atom: 12104
Blocpdb> 74 atoms in block 152
Block first atom: 12176
Blocpdb> 85 atoms in block 153
Block first atom: 12250
Blocpdb> 84 atoms in block 154
Block first atom: 12335
Blocpdb> 99 atoms in block 155
Block first atom: 12419
Blocpdb> 89 atoms in block 156
Block first atom: 12518
Blocpdb> 85 atoms in block 157
Block first atom: 12607
Blocpdb> 75 atoms in block 158
Block first atom: 12692
Blocpdb> 83 atoms in block 159
Block first atom: 12767
Blocpdb> 84 atoms in block 160
Block first atom: 12850
Blocpdb> 74 atoms in block 161
Block first atom: 12934
Blocpdb> 89 atoms in block 162
Block first atom: 13008
Blocpdb> 89 atoms in block 163
Block first atom: 13097
Blocpdb> 85 atoms in block 164
Block first atom: 13186
Blocpdb> 74 atoms in block 165
Block first atom: 13271
Blocpdb> 81 atoms in block 166
Block first atom: 13345
Blocpdb> 78 atoms in block 167
Block first atom: 13426
Blocpdb> 83 atoms in block 168
Block first atom: 13504
Blocpdb> 92 atoms in block 169
Block first atom: 13587
Blocpdb> 79 atoms in block 170
Block first atom: 13679
Blocpdb> 76 atoms in block 171
Block first atom: 13758
Blocpdb> 77 atoms in block 172
Block first atom: 13834
Blocpdb> 71 atoms in block 173
Block first atom: 13911
Blocpdb> 80 atoms in block 174
Block first atom: 13982
Blocpdb> 72 atoms in block 175
Block first atom: 14062
Blocpdb> 81 atoms in block 176
Block first atom: 14134
Blocpdb> 74 atoms in block 177
Block first atom: 14215
Blocpdb> 80 atoms in block 178
Block first atom: 14289
Blocpdb> 81 atoms in block 179
Block first atom: 14369
Blocpdb> 79 atoms in block 180
Block first atom: 14450
Blocpdb> 45 atoms in block 181
Block first atom: 14529
Blocpdb> 83 atoms in block 182
Block first atom: 14574
Blocpdb> 91 atoms in block 183
Block first atom: 14657
Blocpdb> 79 atoms in block 184
Block first atom: 14748
Blocpdb> 23 atoms in block 185
Block first atom: 14826
Blocpdb> 185 blocks.
Blocpdb> At most, 104 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 23 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 5384759 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 44547
Prepmat> Matrix trace = 11769600.0000
Prepmat> Last element read: 44547 44547 74.3417
Prepmat> 17206 lines saved.
Prepmat> 15765 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 14849
RTB> Total mass = 14849.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 14849
RTB> Number of blocks = 185
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 165121.5971
RTB> 49065 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1110
Diagstd> Nb of non-zero elements: 49065
Diagstd> Projected matrix trace = 165121.5971
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1110 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 165121.5971
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.8385070 1.2016433 1.3651802 2.4822503
2.6012869 3.0818623 3.1781687 3.2693167 3.4984487
3.5865792 3.9083848 4.2079453 4.2861612 4.3446086
4.6625894 4.7014343 4.8750763 6.0676218 6.3991378
6.6320867 6.8642621 7.0693845 7.1832844 7.3958174
7.6061810 7.8233162 8.1184196 8.6864623 9.0118140
9.3968481 9.6645473 9.8578274 9.9552911 10.1981952
10.3921226 10.6379511 10.8012751 11.4554351 11.8555837
11.9292670 12.0489774 12.3460853 12.4007969 12.9567346
13.2350087 13.4018729 13.6159472 13.9188343 14.0927985
14.6796248 14.9990493 15.3015394 15.5974262 15.9137130
16.0827751 16.2604807 16.2744423 16.6283085 17.3789422
17.7719548 17.8952925 18.1300116 18.3745135 18.6365019
18.9536874 19.4053223 19.7134830 20.0036679 20.2068727
20.7511524 21.0287709 21.2826872 21.9220307 22.3213275
22.6904602 22.9784182 23.1369778 23.7194443 23.8940891
24.3502075 24.6256188 24.9541279 25.3024051 25.6133155
25.7958508 26.0487567 26.3280102 26.6582140 26.8890946
27.1500686 27.6924158 27.8398517 27.9959879 28.3671145
28.6347491 28.7256459 29.1191814 29.7308274 30.0422387
30.1703867
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034319 0.0034322 0.0034335 0.0034337 0.0034337
0.0034345 99.4371420 119.0372995 126.8791518 171.0874155
175.1416385 190.6346730 193.5903719 196.3467763 203.1108098
205.6532097 214.6811627 222.7564683 224.8171986 226.3448461
234.4816533 235.4563822 239.7651125 267.4881411 274.6983260
279.6535757 284.5065100 288.7261254 291.0427666 295.3169467
299.4874372 303.7321200 309.4076356 320.0492031 325.9878320
332.8789882 337.5872512 340.9462243 342.6275346 346.7823135
350.0639677 354.1801965 356.8886972 367.5370081 373.9011072
375.0612181 376.9383928 381.5574324 382.4019317 390.8796513
395.0548480 397.5374320 400.6998780 405.1321533 407.6560586
416.0569273 420.5592079 424.7788095 428.8661305 433.1926120
435.4875806 437.8869173 438.0748670 442.8119335 452.6963051
457.7863940 459.3721697 462.3749760 465.4823354 468.7890717
472.7615386 478.3609396 482.1442168 485.6798645 488.1404903
494.6709306 497.9689049 500.9662999 508.4352715 513.0447994
517.2695721 520.5414829 522.3343601 528.8682985 530.8117405
535.8541680 538.8760178 542.4584502 546.2307972 549.5765329
551.5313562 554.2284050 557.1912642 560.6745009 563.0972021
565.8231936 571.4466650 572.9658517 574.5703070 578.3661416
581.0880859 582.0096448 585.9827904 592.1050681 595.1979501
596.4660356
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 14849
Rtb_to_modes> Number of blocs = 185
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9879E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.20
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.63
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.89
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.17
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1110 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999
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1.00000 1.00002 0.99998 0.99999 1.00001
0.99997 0.99998 0.99999 0.99998 0.99999
0.99999 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998
1.00000 0.99999 0.99998 1.00002 0.99999
1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00001
0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 1.00002
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1.00003 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999
1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002
1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 1.00001
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1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 267282 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999
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0.99997 0.99998 0.99999 0.99998 0.99999
0.99999 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998
1.00000 0.99999 0.99998 1.00002 0.99999
1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00001
0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 1.00002
0.99997 0.99999 0.99999 1.00000 1.00003
1.00002 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998
1.00003 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
1.00003 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999
1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002
1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 1.00001
1.00001 1.00003 0.99999 1.00002 0.99998
1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 1.00001
1.00001 1.00001 1.00001 1.00002 1.00001
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1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602282132342775044.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602282132342775044.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2602282132342775044.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2602282132342775044.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1814
First residue number = 5
Last residue number = 369
Number of atoms found = 14849
Mean number per residue = 8.2
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9879E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9896E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9973E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9987E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8385
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.202
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.365
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.482
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.601
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.082
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.178
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.864
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.069
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.183
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.17
Bfactors> 106 vectors, 44547 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.838500
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.027 for 1814 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.012 +/- 0.01
Bfactors> = 9.846 +/- 16.24
Bfactors> Shiftng-fct= 9.833
Bfactors> Scaling-fct= 1269.191
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2602282132342775044.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602282132342775044.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4317E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 126.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 171.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 190.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 196.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 203.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 205.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 214.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 224.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 226.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 235.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 274.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 288.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 299.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 303.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 326.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 340.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 342.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 346.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 350.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 354.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 382.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 397.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 400.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 407.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 416.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 435.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 437.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 457.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 462.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 465.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 468.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 478.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 488.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 517.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 535.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 538.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 546.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 549.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 596.4
Chkmod> 106 vectors, 44547 coordinates in file.
Chkmod> That is: 14849 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7502
0.0034 0.7363
0.0034 0.8547
0.0034 0.9464
0.0034 0.8430
0.0034 0.7766
99.4325 0.4841
119.0499 0.6778
126.8653 0.6891
171.0714 0.3747
175.1245 0.4105
190.6307 0.6424
193.5769 0.6115
196.3288 0.4756
203.0891 0.2847
205.6564 0.1867
214.6614 0.2480
222.7484 0.1553
224.8033 0.3621
226.3453 0.2588
234.4819 0.2350
235.4354 0.1605
239.7529 0.0720
267.4850 0.4086
274.6836 0.4030
279.6397 0.5499
284.4889 0.5907
288.7059 0.5574
291.0245 0.4839
295.3079 0.5972
299.4710 0.4745
303.7129 0.4592
309.3864 0.4345
320.0269 0.4300
325.9772 0.5112
332.8674 0.5694
337.5807 0.5573
340.9346 0.5882
342.6078 0.4671
346.7981 0.5493
350.0132 0.4962
354.1991 0.5838
356.8523 0.4267
367.5944 0.4101
373.9547 0.4493
375.0566 0.4554
376.9382 0.4410
381.6015 0.3875
382.3732 0.6121
390.9121 0.5769
395.1124 0.4586
397.4926 0.4199
400.7423 0.4211
405.1317 0.3638
407.5981 0.4360
416.0444 0.5828
420.5545 0.4778
424.7392 0.6105
428.8831 0.5987
433.1235 0.5161
435.4313 0.4306
437.8616 0.5800
437.9963 0.5611
442.8154 0.4501
452.6906 0.5469
457.7416 0.4629
459.4129 0.3569
462.3550 0.5876
465.4052 0.3298
468.8129 0.4892
472.6953 0.4596
478.3981 0.4186
482.0809 0.5046
485.6145 0.5537
488.1573 0.5796
494.6360 0.5307
497.9621 0.5006
500.9132 0.5366
508.3899 0.4840
513.0075 0.4018
517.2421 0.4356
520.5371 0.4151
522.3460 0.4926
528.8518 0.4053
530.7435 0.5211
535.8289 0.2203
538.9008 0.5033
542.3903 0.4653
546.1814 0.5269
549.5174 0.2239
551.5520 0.5753
554.2178 0.3675
557.1884 0.4462
560.6692 0.3041
563.0825 0.4848
565.7982 0.5303
571.3972 0.5135
572.9428 0.3992
574.5868 0.4775
578.3707 0.4602
581.0150 0.5449
582.0288 0.4563
585.9659 0.4952
592.0714 0.5868
595.1502 0.4752
596.4366 0.4399
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2602282132342775044.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2602282132342775044.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2602282132342775044.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2602282132342775044.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2602282132342775044.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2602282132342775044.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4317E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 126.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 171.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 190.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 196.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 203.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 205.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 214.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 224.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 226.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 235.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 274.7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 303.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 340.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 342.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 346.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 350.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 354.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 382.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 397.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 400.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 407.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 416.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 435.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 437.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 457.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 462.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 465.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 468.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 478.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 488.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 517.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 535.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 538.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 546.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 549.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 596.4
Projmod> 106 vectors, 44547 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1814
First residue number = 5
Last residue number = 369
Number of atoms found = 14849
Mean number per residue = 8.2
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1822
First residue number = 5
Last residue number = 369
Number of atoms found = 14947
Mean number per residue = 8.2
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Wn> Different number of residues for the other conformer.
Projmod> All atoms of first conformer were found in second one.
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 14849 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 38.05
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= 0.093 Sum= 0.009 q= 432.3860
Vector: 2 F= 0.00 Cos= 0.099 Sum= 0.019 q= 460.2238
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.042 Sum= 0.020 q= -193.8355
Vector: 4 F= 0.00 Cos= -0.043 Sum= 0.022 q= -197.1651
Vector: 5 F= 0.00 Cos= -0.044 Sum= 0.024 q= -206.1621
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.080 Sum= 0.030 q= -371.1656
Vector: 7 F= 99.43 Cos= 0.012 Sum= 0.031 q= 55.4171
Vector: 8 F= 119.05 Cos= -0.033 Sum= 0.032 q= -154.2311
Vector: 9 F= 126.87 Cos= -0.006 Sum= 0.032 q= -28.0796
Vector: 10 F= 171.07 Cos= -0.021 Sum= 0.032 q= -99.3377
Vector: 11 F= 175.12 Cos= 0.033 Sum= 0.033 q= 155.1098
Vector: 12 F= 190.63 Cos= -0.006 Sum= 0.033 q= -27.0155
Vector: 13 F= 193.58 Cos= -0.011 Sum= 0.034 q= -52.9908
Vector: 14 F= 196.33 Cos= 0.087 Sum= 0.041 q= 404.4559
Vector: 15 F= 203.09 Cos= -0.032 Sum= 0.042 q= -148.7180
Vector: 16 F= 205.66 Cos= 0.097 Sum= 0.052 q= 450.3719
Vector: 17 F= 214.66 Cos= -0.102 Sum= 0.062 q= -474.6211
Vector: 18 F= 222.75 Cos= 0.018 Sum= 0.062 q= 81.5059
Vector: 19 F= 224.80 Cos= 0.120 Sum= 0.077 q= 556.3112
Vector: 20 F= 226.35 Cos= -0.086 Sum= 0.084 q= -399.6999
Vector: 21 F= 234.48 Cos= 0.010 Sum= 0.084 q= 47.5393
Vector: 22 F= 235.44 Cos= -0.031 Sum= 0.085 q= -144.3681
Vector: 23 F= 239.75 Cos= 0.036 Sum= 0.087 q= 166.3567
Vector: 24 F= 267.48 Cos= 0.126 Sum= 0.102 q= 584.7192
Vector: 25 F= 274.68 Cos= 0.208 Sum= 0.146 q= 963.3196
Vector: 26 F= 279.64 Cos= 0.066 Sum= 0.150 q= 305.6274
Vector: 27 F= 284.49 Cos= -0.121 Sum= 0.165 q= -561.8173
Vector: 28 F= 288.71 Cos= -0.007 Sum= 0.165 q= -33.0598
Vector: 29 F= 291.02 Cos= 0.060 Sum= 0.168 q= 277.9977
Vector: 30 F= 295.31 Cos= 0.062 Sum= 0.172 q= 286.6101
Vector: 31 F= 299.47 Cos= -0.001 Sum= 0.172 q= -3.8131
Vector: 32 F= 303.71 Cos= 0.012 Sum= 0.172 q= 57.2645
Vector: 33 F= 309.39 Cos= -0.057 Sum= 0.175 q= -262.0926
Vector: 34 F= 320.03 Cos= 0.156 Sum= 0.200 q= 723.1189
Vector: 35 F= 325.98 Cos= -0.209 Sum= 0.244 q= -970.0521
Vector: 36 F= 332.87 Cos= -0.016 Sum= 0.244 q= -73.6995
Vector: 37 F= 337.58 Cos= -0.346 Sum= 0.364 q= -1604.1998
Vector: 38 F= 340.93 Cos= 0.089 Sum= 0.371 q= 411.1055
Vector: 39 F= 342.61 Cos= -0.071 Sum= 0.376 q= -330.0436
Vector: 40 F= 346.80 Cos= 0.077 Sum= 0.382 q= 354.8645
Vector: 41 F= 350.01 Cos= 0.041 Sum= 0.384 q= 188.7455
Vector: 42 F= 354.20 Cos= -0.015 Sum= 0.384 q= -67.6443
Vector: 43 F= 356.85 Cos= -0.069 Sum= 0.389 q= -321.1340
Vector: 44 F= 367.59 Cos= 0.145 Sum= 0.410 q= 670.4821
Vector: 45 F= 373.95 Cos= 0.108 Sum= 0.422 q= 503.0377
Vector: 46 F= 375.06 Cos= 0.148 Sum= 0.443 q= 684.1104
Vector: 47 F= 376.94 Cos= -0.073 Sum= 0.449 q= -340.1513
Vector: 48 F= 381.60 Cos= -0.046 Sum= 0.451 q= -213.9961
Vector: 49 F= 382.37 Cos= 0.272 Sum= 0.525 q= 1261.5663
Vector: 50 F= 390.91 Cos= 0.098 Sum= 0.535 q= 455.6207
Vector: 51 F= 395.11 Cos= 0.003 Sum= 0.535 q= 14.6068
Vector: 52 F= 397.49 Cos= -0.052 Sum= 0.537 q= -243.3094
Vector: 53 F= 400.74 Cos= -0.025 Sum= 0.538 q= -114.2336
Vector: 54 F= 405.13 Cos= 0.293 Sum= 0.624 q= 1359.1092
Vector: 55 F= 407.60 Cos= 0.072 Sum= 0.629 q= 333.0447
Vector: 56 F= 416.04 Cos= -0.133 Sum= 0.647 q= -614.7369
Vector: 57 F= 420.55 Cos= -0.132 Sum= 0.664 q= -609.7971
Vector: 58 F= 424.74 Cos= 0.111 Sum= 0.676 q= 512.6895
Vector: 59 F= 428.88 Cos= -0.146 Sum= 0.697 q= -675.8629
Vector: 60 F= 433.12 Cos= -0.014 Sum= 0.698 q= -65.6684
Vector: 61 F= 435.43 Cos= 0.032 Sum= 0.699 q= 147.8485
Vector: 62 F= 437.86 Cos= 0.085 Sum= 0.706 q= 392.0821
Vector: 63 F= 438.00 Cos= -0.058 Sum= 0.709 q= -269.2142
Vector: 64 F= 442.82 Cos= -0.009 Sum= 0.709 q= -43.0708
Vector: 65 F= 452.69 Cos= 0.102 Sum= 0.720 q= 475.1642
Vector: 66 F= 457.74 Cos= 0.024 Sum= 0.720 q= 110.0828
Vector: 67 F= 459.41 Cos= 0.039 Sum= 0.722 q= 181.0250
Vector: 68 F= 462.35 Cos= 0.021 Sum= 0.722 q= 98.3991
Vector: 69 F= 465.41 Cos= -0.004 Sum= 0.722 q= -17.4313
Vector: 70 F= 468.81 Cos= -0.048 Sum= 0.725 q= -223.6061
Vector: 71 F= 472.70 Cos= -0.048 Sum= 0.727 q= -221.9026
Vector: 72 F= 478.40 Cos= -0.015 Sum= 0.727 q= -70.4792
Vector: 73 F= 482.08 Cos= 0.058 Sum= 0.730 q= 266.7536
Vector: 74 F= 485.61 Cos= -0.129 Sum= 0.747 q= -597.6809
Vector: 75 F= 488.16 Cos= -0.022 Sum= 0.748 q= -101.7985
Vector: 76 F= 494.64 Cos= -0.036 Sum= 0.749 q= -166.7229
Vector: 77 F= 497.96 Cos= -0.013 Sum= 0.749 q= -58.4087
Vector: 78 F= 500.91 Cos= 0.039 Sum= 0.751 q= 179.8395
Vector: 79 F= 508.39 Cos= 0.003 Sum= 0.751 q= 12.1455
Vector: 80 F= 513.01 Cos= -0.071 Sum= 0.755 q= -327.1819
Vector: 81 F= 517.24 Cos= 0.045 Sum= 0.757 q= 207.4932
Vector: 82 F= 520.54 Cos= 0.005 Sum= 0.758 q= 22.8824
Vector: 83 F= 522.35 Cos= -0.023 Sum= 0.758 q= -105.4856
Vector: 84 F= 528.85 Cos= 0.023 Sum= 0.759 q= 105.0657
Vector: 85 F= 530.74 Cos= -0.060 Sum= 0.762 q= -279.2721
Vector: 86 F= 535.83 Cos= 0.037 Sum= 0.764 q= 171.2288
Vector: 87 F= 538.90 Cos= 0.013 Sum= 0.764 q= 60.7367
Vector: 88 F= 542.39 Cos= 0.020 Sum= 0.764 q= 90.7624
Vector: 89 F= 546.18 Cos= -0.015 Sum= 0.764 q= -67.7150
Vector: 90 F= 549.52 Cos= -0.002 Sum= 0.764 q= -9.1518
Vector: 91 F= 551.55 Cos= 0.106 Sum= 0.776 q= 493.7638
Vector: 92 F= 554.22 Cos= -0.020 Sum= 0.776 q= -92.3562
Vector: 93 F= 557.19 Cos= 0.012 Sum= 0.776 q= 54.6186
Vector: 94 F= 560.67 Cos= 0.024 Sum= 0.777 q= 112.0960
Vector: 95 F= 563.08 Cos= 0.026 Sum= 0.777 q= 122.0528
Vector: 96 F= 565.80 Cos= 0.007 Sum= 0.778 q= 34.5360
Vector: 97 F= 571.40 Cos= 0.028 Sum= 0.778 q= 127.5127
Vector: 98 F= 572.94 Cos= -0.007 Sum= 0.778 q= -30.2309
Vector: 99 F= 574.59 Cos= 0.009 Sum= 0.778 q= 43.6657
Vector: 100 F= 578.37 Cos= 0.040 Sum= 0.780 q= 185.7558
Vector: 101 F= 581.01 Cos= 0.047 Sum= 0.782 q= 218.5929
Vector: 102 F= 582.03 Cos= -0.007 Sum= 0.782 q= -33.6784
Vector: 103 F= 585.97 Cos= 0.019 Sum= 0.783 q= 89.1068
Vector: 104 F= 592.07 Cos= -0.022 Sum= 0.783 q= -101.2915
Vector: 105 F= 595.15 Cos= -0.078 Sum= 0.789 q= -361.2767
Vector: 106 F= 596.44 Cos= -0.019 Sum= 0.790 q= -86.5682
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003432
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 99.432457
Projmod> Best overlap with diff.vect. = -0.35 for mode 37 with F= 337.58 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.120 0.280 0.391 0.455 0.506 0.790
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2602282132342775044 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
making animated gifs
11 models are in 2602282132342775044.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602282132342775044.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602282132342775044.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 370 0.753 370 0.753
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 370 0.681 370 0.681
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 370 0.615 370 0.615
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 370 0.555 370 0.555
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 370 0.505 370 0.505
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 370 0.467 370 0.467
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 370 0.444 370 0.444
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 370 0.439 370 0.439
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 370 0.453 370 0.453
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 370 0.483 370 0.483
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 370 0.528 370 0.528
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2602282132342775044 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
making animated gifs
11 models are in 2602282132342775044.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602282132342775044.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602282132342775044.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 370 0.769 370 0.769
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 370 0.661 370 0.661
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 370 0.568 370 0.568
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 370 0.497 370 0.497
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 370 0.461 370 0.461
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 370 0.467 370 0.467
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 370 0.513 370 0.513
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 370 0.590 370 0.590
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 370 0.688 370 0.688
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 370 0.799 370 0.799
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 370 0.919 370 0.919
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2602282132342775044 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
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2602282132342775044.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
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2602282132342775044.eigenfacs
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2602282132342775044.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
making animated gifs
11 models are in 2602282132342775044.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602282132342775044.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602282132342775044.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 370 1.086 370 1.086
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 370 0.934 370 0.934
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 370 0.788 370 0.788
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 370 0.655 370 0.655
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 370 0.542 370 0.542
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 370 0.467 370 0.467
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 370 0.447 370 0.447
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 370 0.489 370 0.489
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 370 0.581 370 0.581
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 370 0.702 370 0.702
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 370 0.841 369 0.827
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2602282132342775044 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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2602282132342775044.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=0
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
making animated gifs
11 models are in 2602282132342775044.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602282132342775044.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602282132342775044.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 370 0.550 370 0.550
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 370 0.520 370 0.520
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 370 0.495 370 0.495
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 370 0.478 370 0.478
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 370 0.468 370 0.468
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 370 0.467 370 0.467
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 370 0.473 370 0.473
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 370 0.488 370 0.488
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 370 0.510 370 0.510
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 370 0.538 370 0.538
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 370 0.571 370 0.571
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2602282132342775044 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2602282132342775044.eigenfacs
2602282132342775044.atom
making animated gifs
11 models are in 2602282132342775044.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602282132342775044.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2602282132342775044.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 370 0.481 370 0.481
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 370 0.455 370 0.455
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 370 0.440 370 0.440
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 370 0.437 370 0.437
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 370 0.446 370 0.446
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 370 0.467 370 0.467
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 370 0.498 370 0.498
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 370 0.537 370 0.537
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 370 0.583 370 0.583
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 370 0.635 370 0.635
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 370 0.690 370 0.690
2602282132342775044.10.pdb
2602282132342775044.11.pdb
2602282132342775044.7.pdb
2602282132342775044.8.pdb
2602282132342775044.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m40.342s
user 1m39.807s
sys 0m0.495s
rm: cannot remove '2602282132342775044.sdijf': No such file or directory
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elNémo
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