*** Alexa_Lyz2 ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260304114903181096.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260304114903181096.atom to be opened.
Openam> File opened: 260304114903181096.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 191
First residue number = 1
Last residue number = 62
Number of atoms found = 2030
Mean number per residue = 10.6
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 34.567997 +/- 10.909695 From: 0.350000 To: 68.507000
= 34.506660 +/- 7.649125 From: -0.059000 To: 67.179000
= 34.409256 +/- 7.151340 From: 1.743000 To: 65.291000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'HSD ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'SOD ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'SOD ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'SOD ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'SOD ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'SOD ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'SOD ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'SOD ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'SOD ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 63 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 7.4213 % Filled.
Pdbmat> 1376444 non-zero elements.
Pdbmat> 151623 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 149.38 +/- 54.71
Maximum number = 254
Minimum number = 0
Pdbmat> Matrix trace = 3.032460E+06
Pdbmat> Larger element = 871.034
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
191 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260304114903181096.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260304114903181096.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260304114903181096.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2030 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 191 residues.
Blocpdb> 24 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 16 atoms in block 2
Block first atom: 25
Blocpdb> 20 atoms in block 3
Block first atom: 41
Blocpdb> 7 atoms in block 4
Block first atom: 61
Blocpdb> 24 atoms in block 5
Block first atom: 68
Blocpdb> 11 atoms in block 6
Block first atom: 92
Blocpdb> 15 atoms in block 7
Block first atom: 103
Blocpdb> 19 atoms in block 8
Block first atom: 118
Blocpdb> 10 atoms in block 9
Block first atom: 137
Blocpdb> 10 atoms in block 10
Block first atom: 147
Blocpdb> 10 atoms in block 11
Block first atom: 157
Blocpdb> 17 atoms in block 12
Block first atom: 167
Blocpdb> 22 atoms in block 13
Block first atom: 184
Blocpdb> 24 atoms in block 14
Block first atom: 206
Blocpdb> 17 atoms in block 15
Block first atom: 230
Blocpdb> 7 atoms in block 16
Block first atom: 247
Blocpdb> 19 atoms in block 17
Block first atom: 254
Blocpdb> 12 atoms in block 18
Block first atom: 273
Blocpdb> 14 atoms in block 19
Block first atom: 285
Blocpdb> 21 atoms in block 20
Block first atom: 299
Blocpdb> 24 atoms in block 21
Block first atom: 320
Blocpdb> 7 atoms in block 22
Block first atom: 344
Blocpdb> 21 atoms in block 23
Block first atom: 351
Blocpdb> 11 atoms in block 24
Block first atom: 372
Blocpdb> 19 atoms in block 25
Block first atom: 383
Blocpdb> 7 atoms in block 26
Block first atom: 402
Blocpdb> 14 atoms in block 27
Block first atom: 409
Blocpdb> 24 atoms in block 28
Block first atom: 423
Blocpdb> 16 atoms in block 29
Block first atom: 447
Blocpdb> 11 atoms in block 30
Block first atom: 463
Blocpdb> 10 atoms in block 31
Block first atom: 474
Blocpdb> 10 atoms in block 32
Block first atom: 484
Blocpdb> 22 atoms in block 33
Block first atom: 494
Blocpdb> 20 atoms in block 34
Block first atom: 516
Blocpdb> 15 atoms in block 35
Block first atom: 536
Blocpdb> 11 atoms in block 36
Block first atom: 551
Blocpdb> 14 atoms in block 37
Block first atom: 562
Blocpdb> 20 atoms in block 38
Block first atom: 576
Blocpdb> 14 atoms in block 39
Block first atom: 596
Blocpdb> 14 atoms in block 40
Block first atom: 610
Blocpdb> 17 atoms in block 41
Block first atom: 624
Blocpdb> 10 atoms in block 42
Block first atom: 641
Blocpdb> 14 atoms in block 43
Block first atom: 651
Blocpdb> 14 atoms in block 44
Block first atom: 665
Blocpdb> 24 atoms in block 45
Block first atom: 679
Blocpdb> 14 atoms in block 46
Block first atom: 703
Blocpdb> 14 atoms in block 47
Block first atom: 717
Blocpdb> 12 atoms in block 48
Block first atom: 731
Blocpdb> 7 atoms in block 49
Block first atom: 743
Blocpdb> 11 atoms in block 50
Block first atom: 750
Blocpdb> 14 atoms in block 51
Block first atom: 761
Blocpdb> 12 atoms in block 52
Block first atom: 775
Blocpdb> 21 atoms in block 53
Block first atom: 787
Blocpdb> 7 atoms in block 54
Block first atom: 808
Blocpdb> 19 atoms in block 55
Block first atom: 815
Blocpdb> 19 atoms in block 56
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Blocpdb> 17 atoms in block 57
Block first atom: 853
Blocpdb> 19 atoms in block 58
Block first atom: 870
Blocpdb> 14 atoms in block 59
Block first atom: 889
Blocpdb> 11 atoms in block 60
Block first atom: 903
Blocpdb> 24 atoms in block 61
Block first atom: 914
Blocpdb> 24 atoms in block 62
Block first atom: 938
Blocpdb> 24 atoms in block 63
Block first atom: 962
Blocpdb> 11 atoms in block 64
Block first atom: 986
Blocpdb> 14 atoms in block 65
Block first atom: 997
Blocpdb> 12 atoms in block 66
Block first atom: 1011
Blocpdb> 7 atoms in block 67
Block first atom: 1023
Blocpdb> 24 atoms in block 68
Block first atom: 1030
Blocpdb> 14 atoms in block 69
Block first atom: 1054
Blocpdb> 14 atoms in block 70
Block first atom: 1068
Blocpdb> 7 atoms in block 71
Block first atom: 1082
Blocpdb> 11 atoms in block 72
Block first atom: 1089
Blocpdb> 24 atoms in block 73
Block first atom: 1100
Blocpdb> 14 atoms in block 74
Block first atom: 1124
Blocpdb> 19 atoms in block 75
Block first atom: 1138
Blocpdb> 11 atoms in block 76
Block first atom: 1157
Blocpdb> 14 atoms in block 77
Block first atom: 1168
Blocpdb> 19 atoms in block 78
Block first atom: 1182
Blocpdb> 14 atoms in block 79
Block first atom: 1201
Blocpdb> 11 atoms in block 80
Block first atom: 1215
Blocpdb> 11 atoms in block 81
Block first atom: 1226
Blocpdb> 10 atoms in block 82
Block first atom: 1237
Blocpdb> 19 atoms in block 83
Block first atom: 1247
Blocpdb> 19 atoms in block 84
Block first atom: 1266
Blocpdb> 11 atoms in block 85
Block first atom: 1285
Blocpdb> 11 atoms in block 86
Block first atom: 1296
Blocpdb> 12 atoms in block 87
Block first atom: 1307
Blocpdb> 19 atoms in block 88
Block first atom: 1319
Blocpdb> 14 atoms in block 89
Block first atom: 1338
Blocpdb> 10 atoms in block 90
Block first atom: 1352
Blocpdb> 11 atoms in block 91
Block first atom: 1362
Blocpdb> 16 atoms in block 92
Block first atom: 1373
Blocpdb> 14 atoms in block 93
Block first atom: 1389
Blocpdb> 11 atoms in block 94
Block first atom: 1403
Blocpdb> 10 atoms in block 95
Block first atom: 1414
Blocpdb> 22 atoms in block 96
Block first atom: 1424
Blocpdb> 22 atoms in block 97
Block first atom: 1446
Blocpdb> 19 atoms in block 98
Block first atom: 1468
Blocpdb> 16 atoms in block 99
Block first atom: 1487
Blocpdb> 11 atoms in block 100
Block first atom: 1503
Blocpdb> 12 atoms in block 101
Block first atom: 1514
Blocpdb> 7 atoms in block 102
Block first atom: 1526
Blocpdb> 14 atoms in block 103
Block first atom: 1533
Blocpdb> 7 atoms in block 104
Block first atom: 1547
Blocpdb> 17 atoms in block 105
Block first atom: 1554
Blocpdb> 14 atoms in block 106
Block first atom: 1571
Blocpdb> 10 atoms in block 107
Block first atom: 1585
Blocpdb> 24 atoms in block 108
Block first atom: 1595
Blocpdb> 16 atoms in block 109
Block first atom: 1619
Blocpdb> 10 atoms in block 110
Block first atom: 1635
Blocpdb> 24 atoms in block 111
Block first atom: 1645
Blocpdb> 24 atoms in block 112
Block first atom: 1669
Blocpdb> 14 atoms in block 113
Block first atom: 1693
Blocpdb> 24 atoms in block 114
Block first atom: 1707
Blocpdb> 11 atoms in block 115
Block first atom: 1731
Blocpdb> 22 atoms in block 116
Block first atom: 1742
Blocpdb> 7 atoms in block 117
Block first atom: 1764
Blocpdb> 14 atoms in block 118
Block first atom: 1771
Blocpdb> 12 atoms in block 119
Block first atom: 1785
Blocpdb> 16 atoms in block 120
Block first atom: 1797
Blocpdb> 17 atoms in block 121
Block first atom: 1813
Blocpdb> 10 atoms in block 122
Block first atom: 1830
Blocpdb> 24 atoms in block 123
Block first atom: 1840
Blocpdb> 19 atoms in block 124
Block first atom: 1864
Blocpdb> 24 atoms in block 125
Block first atom: 1883
Blocpdb> 7 atoms in block 126
Block first atom: 1907
Blocpdb> 11 atoms in block 127
Block first atom: 1914
Blocpdb> 24 atoms in block 128
Block first atom: 1925
Blocpdb> 20 atoms in block 129
Block first atom: 1949
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 130 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1969th, in residue 1
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 130 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1970th, in residue 2
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 130
Block first atom: 1969
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 131 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1972th, in residue 4
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 131 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1973th, in residue 5
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 131
Block first atom: 1972
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%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1975th, in residue 7
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 132 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1976th, in residue 8
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 132
Block first atom: 1975
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%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 133 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1979th, in residue 11
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 133
Block first atom: 1978
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%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1981th, in residue 13
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 134 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1982th, in residue 14
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 134
Block first atom: 1981
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 135 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1984th, in residue 16
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 135 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1985th, in residue 17
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 135
Block first atom: 1984
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 136 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1987th, in residue 19
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 136 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1988th, in residue 20
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 136
Block first atom: 1987
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 137 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1990th, in residue 22
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 137 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1991th, in residue 23
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 137
Block first atom: 1990
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 138 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1993th, in residue 25
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 138 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1994th, in residue 26
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 138
Block first atom: 1993
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 139 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1996th, in residue 28
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 139 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1997th, in residue 29
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 139
Block first atom: 1996
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 140 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 1999th, in residue 31
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 140 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2000th, in residue 32
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 140
Block first atom: 1999
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 141 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2002th, in residue 34
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 141 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2003th, in residue 35
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 141
Block first atom: 2002
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 142 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2005th, in residue 37
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 142 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2006th, in residue 38
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 142
Block first atom: 2005
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 143 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2008th, in residue 40
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 143 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2009th, in residue 41
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 143
Block first atom: 2008
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 144 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2011th, in residue 43
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 144 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2012th, in residue 44
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 144
Block first atom: 2011
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 145 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2014th, in residue 46
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 145 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2015th, in residue 47
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 145
Block first atom: 2014
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 146 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2017th, in residue 49
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 146 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2018th, in residue 50
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 146
Block first atom: 2017
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 147 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2020th, in residue 52
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 147 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2021th, in residue 53
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 147
Block first atom: 2020
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 148 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2023th, in residue 55
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 148 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2024th, in residue 56
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 148
Block first atom: 2023
%Blocpdb-Wn> 1 atoms in block 149 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2026th, in residue 58
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 149 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2027th, in residue 59
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 3 atoms in block 149
Block first atom: 2026
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 150 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2030th, in residue 62
%Blocpdb-Wn> It is merged with last block.
Blocpdb> 149 blocks.
Blocpdb> At most, 24 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 3 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1376593 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 6090
Prepmat> Matrix trace = 3032460.0000
Prepmat> Last element read: 6090 6090 0.0000
Prepmat> 11176 lines saved.
Prepmat> 9218 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2030
RTB> Total mass = 2030.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2030
RTB> Number of blocks = 149
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 366398.8394
RTB> 68212 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 894
Diagstd> Nb of non-zero elements: 68212
Diagstd> Projected matrix trace = 366398.8394
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 894 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 366398.8394
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 79 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
%Diagstd-Wn> Six expected. Parts of the structure interact too little ?
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0180092
0.0436422 0.0902284 0.2346852 0.5805493 0.9172610
1.3022897 1.5995996 1.7774461 1.8481096 2.1737204
2.9248262 3.7834990 4.3784540 4.8568457 4.9994666
5.6907306 6.7435157 7.1378932 8.0310880 9.3622187
9.5596789 10.2595482 10.7945519 11.0831066 12.4617970
13.1629115
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034012 0.0034151 0.0034158 0.0034175 0.0034202
0.0034211 0.0034220 0.0034227 0.0034236 0.0034256
0.0034263 0.0034279 0.0034282 0.0034292 0.0034294
0.0034298 0.0034304 0.0034307 0.0034318 0.0034322
0.0034322 0.0034323 0.0034324 0.0034325 0.0034325
0.0034327 0.0034328 0.0034329 0.0034329 0.0034330
0.0034330 0.0034330 0.0034332 0.0034332 0.0034332
0.0034332 0.0034333 0.0034333 0.0034334 0.0034334
0.0034334 0.0034335 0.0034335 0.0034336 0.0034337
0.0034337 0.0034338 0.0034338 0.0034338 0.0034339
0.0034340 0.0034340 0.0034340 0.0034341 0.0034342
0.0034343 0.0034343 0.0034343 0.0034344 0.0034344
0.0034345 0.0034346 0.0034347 0.0034347 0.0034348
0.0034348 0.0034349 0.0034349 0.0034350 0.0034351
0.0034351 0.0034352 0.0034353 0.0034353 0.0034355
0.0034356 0.0034357 0.0034358 0.0034360 14.5727798
22.6855254 32.6187123 52.6063444 82.7398700 104.0020115
123.9221907 137.3412277 144.7749753 147.6247376 160.1021354
185.7142854 211.2234312 227.2247705 239.3163858 242.8047158
259.0474329 281.9930912 290.1217589 307.7389531 332.2650574
335.7507046 347.8238831 356.7776081 361.5147623 383.3413044
393.9773553
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2030
Rtb_to_modes> Number of blocs = 149
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.8104E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.8905E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.8945E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9046E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9199E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9254E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9303E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9347E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9395E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9516E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9554E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9646E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9667E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9725E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9734E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9760E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9791E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9812E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9872E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9897E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9900E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9902E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9909E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9912E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9917E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9925E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9932E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9936E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9941E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9942E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9946E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9953E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9954E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9957E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9961E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9962E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9966E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9970E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9974E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9995E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0010E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0010E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0010E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0012E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.8009E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.3642E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.0228E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2347
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5805
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9173
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.302
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.600
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.777
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.848
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.174
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.925
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.783
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.378
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.857
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.999
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.691
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.744
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.138
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.031
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.362
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.560
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.16
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 894 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00002 0.99999 1.00001 1.00000 0.99996
1.00002 1.00003 0.99998 1.00001 1.00006
1.00001 0.99999 0.99997 1.00002 0.99997
1.00008 1.00000 1.00002 1.00003 1.00000
0.99999 1.00002 0.99999 1.00000 1.00002
0.99999 0.99998 1.00000 1.00000 1.00002
0.99998 1.00000 1.00002 1.00000 0.99996
0.99997 1.00002 1.00000 1.00002 1.00001
1.00002 1.00003 1.00000 0.99996 1.00001
1.00001 1.00004 0.99998 0.99999 0.99997
1.00001 0.99997 0.99997 0.99999 0.99998
1.00005 0.99998 1.00001 1.00000 1.00004
0.99999 0.99997 1.00001 0.99997 0.99999
0.99995 1.00003 1.00000 0.99998 0.99999
1.00003 0.99999 1.00003 1.00000 0.99998
1.00003 1.00006 1.00001 1.00000 1.00000
1.00004 1.00001 1.00002 1.00001 1.00003
1.00001 1.00002 0.99997 1.00000 0.99998
0.99997 0.99998 0.99995 0.99999 0.99994
0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 0.99997
1.00002 1.00002 0.99998 1.00000 0.99995
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 36540 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00002 0.99999 1.00001 1.00000 0.99996
1.00002 1.00003 0.99998 1.00001 1.00006
1.00001 0.99999 0.99997 1.00002 0.99997
1.00008 1.00000 1.00002 1.00003 1.00000
0.99999 1.00002 0.99999 1.00000 1.00002
0.99999 0.99998 1.00000 1.00000 1.00002
0.99998 1.00000 1.00002 1.00000 0.99996
0.99997 1.00002 1.00000 1.00002 1.00001
1.00002 1.00003 1.00000 0.99996 1.00001
1.00001 1.00004 0.99998 0.99999 0.99997
1.00001 0.99997 0.99997 0.99999 0.99998
1.00005 0.99998 1.00001 1.00000 1.00004
0.99999 0.99997 1.00001 0.99997 0.99999
0.99995 1.00003 1.00000 0.99998 0.99999
1.00003 0.99999 1.00003 1.00000 0.99998
1.00003 1.00006 1.00001 1.00000 1.00000
1.00004 1.00001 1.00002 1.00001 1.00003
1.00001 1.00002 0.99997 1.00000 0.99998
0.99997 0.99998 0.99995 0.99999 0.99994
0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 0.99997
1.00002 1.00002 0.99998 1.00000 0.99995
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260304114903181096.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260304114903181096.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260304114903181096.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260304114903181096.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 191
First residue number = 1
Last residue number = 62
Number of atoms found = 2030
Mean number per residue = 10.6
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.8104E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.8905E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.8945E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9046E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9199E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9254E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9303E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9347E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9395E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9516E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9554E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9646E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9667E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9725E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9734E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9760E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9791E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9812E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9872E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9897E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9900E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9902E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9909E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9912E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9917E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9925E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9932E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9936E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9941E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9942E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9946E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9953E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9954E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9957E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9961E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9962E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9966E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9970E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9974E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9995E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0010E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0010E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0010E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0012E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.8009E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.3642E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.0228E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2347
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5805
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9173
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.302
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.600
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.777
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.848
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.174
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.925
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.783
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.378
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.857
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.999
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.691
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.744
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.138
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.031
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.362
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.560
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.16
Bfactors> 106 vectors, 6090 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 79 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.018009
Bfactors> 27 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.007 +/- 0.00
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.007
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260304114903181096.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260304114903181096.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4011E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4150E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4157E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4174E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4200E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4210E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4218E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4226E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4234E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4255E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4261E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4277E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4281E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4291E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4292E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4297E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4302E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4306E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4316E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4321E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4321E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4323E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4323E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 393.9
Chkmod> 106 vectors, 6090 coordinates in file.
Chkmod> That is: 2030 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 10 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 16 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 35 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 36 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 43 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 50 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 64 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 66 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 71 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 84 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 89 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 90 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 95 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
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getting mode 7
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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getting mode 8
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normal mode computation
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 260304114903181096 10 -100 100 20 on 0
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generate a series of perturbations for mode 10
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260304114903181096.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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260304114903181096.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
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260304114903181096.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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260304114903181096.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=80
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260304114903181096.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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260304114903181096.atom
making animated gifs
11 models are in 260304114903181096.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260304114903181096.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260304114903181096.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 260304114903181096 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
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11 models are in 260304114903181096.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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11 models are in 260304114903181096.11.pdb, 1 models will be skipped
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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260304114903181096.11.pdb
260304114903181096.7.pdb
260304114903181096.8.pdb
260304114903181096.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m12.034s
user 0m11.664s
sys 0m0.147s
rm: cannot remove '260304114903181096.sdijf': No such file or directory
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