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LOGs for ID: 2603112210392177950

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2603112210392177950.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2603112210392177950.atom to be opened. Openam> File opened: 2603112210392177950.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 292 First residue number = 355 Last residue number = 1 Number of atoms found = 4669 Mean number per residue = 16.0 Pdbmat> Coordinate statistics: = 133.737500 +/- 10.299392 From: 109.082000 To: 160.250000 = 137.385407 +/- 9.314381 From: 114.626000 To: 160.223000 = 135.447526 +/- 15.440684 From: 100.862000 To: 166.234000 Pdbmat> Masses are all set to one. %Pdbmat-W> residue:'UNL ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> 1 residue(s) not known. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 3.3459 % Filled. Pdbmat> 3282521 non-zero elements. Pdbmat> 361678 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 154.93 +/- 44.16 Maximum number = 242 Minimum number = 28 Pdbmat> Matrix trace = 7.233560E+06 Pdbmat> Larger element = 920.372 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 292 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2603112210392177950.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2603112210392177950.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2603112210392177950.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 4669 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 292 residues. Blocpdb> 27 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 27 atoms in block 2 Block first atom: 28 Blocpdb> 36 atoms in block 3 Block first atom: 55 Blocpdb> 28 atoms in block 4 Block first atom: 91 Blocpdb> 33 atoms in block 5 Block first atom: 119 Blocpdb> 43 atoms in block 6 Block first atom: 152 Blocpdb> 35 atoms in block 7 Block first atom: 195 Blocpdb> 43 atoms in block 8 Block first atom: 230 Blocpdb> 39 atoms in block 9 Block first atom: 273 Blocpdb> 30 atoms in block 10 Block first atom: 312 Blocpdb> 29 atoms in block 11 Block first atom: 342 Blocpdb> 33 atoms in block 12 Block first atom: 371 Blocpdb> 21 atoms in block 13 Block first atom: 404 Blocpdb> 38 atoms in block 14 Block first atom: 425 Blocpdb> 35 atoms in block 15 Block first atom: 463 Blocpdb> 35 atoms in block 16 Block first atom: 498 Blocpdb> 33 atoms in block 17 Block first atom: 533 Blocpdb> 25 atoms in block 18 Block first atom: 566 Blocpdb> 38 atoms in block 19 Block first atom: 591 Blocpdb> 41 atoms in block 20 Block first atom: 629 Blocpdb> 30 atoms in block 21 Block first atom: 670 Blocpdb> 38 atoms in block 22 Block first atom: 700 Blocpdb> 39 atoms in block 23 Block first atom: 738 Blocpdb> 28 atoms in block 24 Block first atom: 777 Blocpdb> 33 atoms in block 25 Block first atom: 805 Blocpdb> 30 atoms in block 26 Block first atom: 838 Blocpdb> 23 atoms in block 27 Block first atom: 868 Blocpdb> 30 atoms in block 28 Block first atom: 891 Blocpdb> 26 atoms in block 29 Block first atom: 921 Blocpdb> 40 atoms in block 30 Block first atom: 947 Blocpdb> 38 atoms in block 31 Block first atom: 987 Blocpdb> 38 atoms in block 32 Block first atom: 1025 Blocpdb> 21 atoms in block 33 Block first atom: 1063 Blocpdb> 28 atoms in block 34 Block first atom: 1084 Blocpdb> 36 atoms in block 35 Block first atom: 1112 Blocpdb> 36 atoms in block 36 Block first atom: 1148 Blocpdb> 28 atoms in block 37 Block first atom: 1184 Blocpdb> 38 atoms in block 38 Block first atom: 1212 Blocpdb> 35 atoms in block 39 Block first atom: 1250 Blocpdb> 29 atoms in block 40 Block first atom: 1285 Blocpdb> 36 atoms in block 41 Block first atom: 1314 Blocpdb> 31 atoms in block 42 Block first atom: 1350 Blocpdb> 17 atoms in block 43 Block first atom: 1381 Blocpdb> 17 atoms in block 44 Block first atom: 1398 Blocpdb> 22 atoms in block 45 Block first atom: 1415 Blocpdb> 17 atoms in block 46 Block first atom: 1437 Blocpdb> 40 atoms in block 47 Block first atom: 1454 Blocpdb> 30 atoms in block 48 Block first atom: 1494 Blocpdb> 30 atoms in block 49 Block first atom: 1524 Blocpdb> 27 atoms in block 50 Block first atom: 1554 Blocpdb> 30 atoms in block 51 Block first atom: 1581 Blocpdb> 37 atoms in block 52 Block first atom: 1611 Blocpdb> 33 atoms in block 53 Block first atom: 1648 Blocpdb> 24 atoms in block 54 Block first atom: 1681 Blocpdb> 33 atoms in block 55 Block first atom: 1705 Blocpdb> 34 atoms in block 56 Block first atom: 1738 Blocpdb> 48 atoms in block 57 Block first atom: 1772 Blocpdb> 31 atoms in block 58 Block first atom: 1820 Blocpdb> 33 atoms in block 59 Block first atom: 1851 Blocpdb> 27 atoms in block 60 Block first atom: 1884 Blocpdb> 34 atoms in block 61 Block first atom: 1911 Blocpdb> 31 atoms in block 62 Block first atom: 1945 Blocpdb> 33 atoms in block 63 Block first atom: 1976 Blocpdb> 33 atoms in block 64 Block first atom: 2009 Blocpdb> 43 atoms in block 65 Block first atom: 2042 Blocpdb> 27 atoms in block 66 Block first atom: 2085 Blocpdb> 21 atoms in block 67 Block first atom: 2112 Blocpdb> 33 atoms in block 68 Block first atom: 2133 Blocpdb> 33 atoms in block 69 Block first atom: 2166 Blocpdb> 12 atoms in block 70 Block first atom: 2199 Blocpdb> 39 atoms in block 71 Block first atom: 2211 Blocpdb> 30 atoms in block 72 Block first atom: 2250 Blocpdb> 20 atoms in block 73 Block first atom: 2280 Blocpdb> 29 atoms in block 74 Block first atom: 2300 Blocpdb> 34 atoms in block 75 Block first atom: 2329 Blocpdb> 39 atoms in block 76 Block first atom: 2363 Blocpdb> 26 atoms in block 77 Block first atom: 2402 Blocpdb> 22 atoms in block 78 Block first atom: 2428 Blocpdb> 38 atoms in block 79 Block first atom: 2450 Blocpdb> 38 atoms in block 80 Block first atom: 2488 Blocpdb> 30 atoms in block 81 Block first atom: 2526 Blocpdb> 29 atoms in block 82 Block first atom: 2556 Blocpdb> 31 atoms in block 83 Block first atom: 2585 Blocpdb> 31 atoms in block 84 Block first atom: 2616 Blocpdb> 23 atoms in block 85 Block first atom: 2647 Blocpdb> 33 atoms in block 86 Block first atom: 2670 Blocpdb> 28 atoms in block 87 Block first atom: 2703 Blocpdb> 40 atoms in block 88 Block first atom: 2731 Blocpdb> 33 atoms in block 89 Block first atom: 2771 Blocpdb> 30 atoms in block 90 Block first atom: 2804 Blocpdb> 35 atoms in block 91 Block first atom: 2834 Blocpdb> 33 atoms in block 92 Block first atom: 2869 Blocpdb> 35 atoms in block 93 Block first atom: 2902 Blocpdb> 30 atoms in block 94 Block first atom: 2937 Blocpdb> 32 atoms in block 95 Block first atom: 2967 Blocpdb> 30 atoms in block 96 Block first atom: 2999 Blocpdb> 18 atoms in block 97 Block first atom: 3029 Blocpdb> 40 atoms in block 98 Block first atom: 3047 Blocpdb> 36 atoms in block 99 Block first atom: 3087 Blocpdb> 40 atoms in block 100 Block first atom: 3123 Blocpdb> 30 atoms in block 101 Block first atom: 3163 Blocpdb> 38 atoms in block 102 Block first atom: 3193 Blocpdb> 28 atoms in block 103 Block first atom: 3231 Blocpdb> 35 atoms in block 104 Block first atom: 3259 Blocpdb> 22 atoms in block 105 Block first atom: 3294 Blocpdb> 22 atoms in block 106 Block first atom: 3316 Blocpdb> 26 atoms in block 107 Block first atom: 3338 Blocpdb> 43 atoms in block 108 Block first atom: 3364 Blocpdb> 32 atoms in block 109 Block first atom: 3407 Blocpdb> 41 atoms in block 110 Block first atom: 3439 Blocpdb> 27 atoms in block 111 Block first atom: 3480 Blocpdb> 38 atoms in block 112 Block first atom: 3507 Blocpdb> 34 atoms in block 113 Block first atom: 3545 Blocpdb> 32 atoms in block 114 Block first atom: 3579 Blocpdb> 30 atoms in block 115 Block first atom: 3611 Blocpdb> 27 atoms in block 116 Block first atom: 3641 Blocpdb> 33 atoms in block 117 Block first atom: 3668 Blocpdb> 31 atoms in block 118 Block first atom: 3701 Blocpdb> 30 atoms in block 119 Block first atom: 3732 Blocpdb> 30 atoms in block 120 Block first atom: 3762 Blocpdb> 21 atoms in block 121 Block first atom: 3792 Blocpdb> 41 atoms in block 122 Block first atom: 3813 Blocpdb> 30 atoms in block 123 Block first atom: 3854 Blocpdb> 38 atoms in block 124 Block first atom: 3884 Blocpdb> 30 atoms in block 125 Block first atom: 3922 Blocpdb> 33 atoms in block 126 Block first atom: 3952 Blocpdb> 32 atoms in block 127 Block first atom: 3985 Blocpdb> 38 atoms in block 128 Block first atom: 4017 Blocpdb> 35 atoms in block 129 Block first atom: 4055 Blocpdb> 39 atoms in block 130 Block first atom: 4090 Blocpdb> 31 atoms in block 131 Block first atom: 4129 Blocpdb> 33 atoms in block 132 Block first atom: 4160 Blocpdb> 22 atoms in block 133 Block first atom: 4193 Blocpdb> 24 atoms in block 134 Block first atom: 4215 Blocpdb> 34 atoms in block 135 Block first atom: 4239 Blocpdb> 40 atoms in block 136 Block first atom: 4273 Blocpdb> 29 atoms in block 137 Block first atom: 4313 Blocpdb> 34 atoms in block 138 Block first atom: 4342 Blocpdb> 36 atoms in block 139 Block first atom: 4376 Blocpdb> 44 atoms in block 140 Block first atom: 4412 Blocpdb> 36 atoms in block 141 Block first atom: 4456 Blocpdb> 40 atoms in block 142 Block first atom: 4492 Blocpdb> 38 atoms in block 143 Block first atom: 4532 Blocpdb> 30 atoms in block 144 Block first atom: 4570 Blocpdb> 33 atoms in block 145 Block first atom: 4600 Blocpdb> 8 atoms in block 146 Block first atom: 4633 Blocpdb> 29 atoms in block 147 Block first atom: 4640 Blocpdb> 147 blocks. Blocpdb> At most, 48 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 3282668 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 14007 Prepmat> Matrix trace = 7233560.0000 Prepmat> Last element read: 14007 14007 340.0143 Prepmat> 10879 lines saved. Prepmat> 9180 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4669 RTB> Total mass = 4669.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 4669 RTB> Number of blocks = 147 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 382946.0996 RTB> 58923 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 882 Diagstd> Nb of non-zero elements: 58923 Diagstd> Projected matrix trace = 382946.0996 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 882 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 382946.0996 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 2.6963793 3.5478635 4.9933043 5.6881696 7.5514994 8.1696318 9.4215241 12.4434142 14.8822022 16.4870822 18.5408710 20.4958218 21.6373943 23.2729610 23.6352012 25.2501852 28.1086708 29.3582968 31.4494748 33.4769272 34.7794684 36.4453311 38.1648297 39.2559224 41.3807995 43.8799447 45.5743295 46.2771642 47.4819781 49.0552716 49.5508758 51.9584819 53.1138645 53.6350512 56.7828273 57.0760358 59.9274266 60.9589274 62.9936770 64.8808474 66.4613227 66.7835116 68.7879064 71.2201051 72.2196355 72.8980570 73.9570349 74.7858074 77.4680521 79.2505629 80.7030245 82.7911279 87.4612733 87.8656041 88.3486663 88.9231596 90.3429107 91.4226288 94.7909462 95.9971946 96.9934283 99.4968298 100.3627854 102.0206552 102.6483744 104.3124595 105.5978887 108.2310220 109.2799595 111.0297015 112.4820591 113.4149375 114.2820083 116.0163705 117.7995371 118.1813307 120.3866858 122.7182734 123.2004599 124.0835583 125.1104514 127.0554749 128.6023476 129.4005610 130.6986006 132.2221821 133.5692700 134.2718283 137.4389192 138.5513329 139.0209201 139.5658566 141.9206369 143.9742039 144.9546728 146.4264563 148.1426629 150.6302553 151.1365357 152.0457724 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034317 0.0034318 0.0034319 0.0034326 0.0034336 0.0034372 178.3141347 204.5402268 242.6550301 258.9891369 298.4089710 310.3819958 333.3157710 383.0584607 418.9178649 440.9274952 467.5847584 491.6181961 505.1237162 523.8670714 527.9282861 545.6668417 575.7254588 588.3838027 608.9785260 628.3014680 640.4080020 655.5657118 670.8523488 680.3742575 698.5455315 719.3302369 733.0868413 738.7179453 748.2723231 760.5681286 764.4004744 782.7507762 791.4058042 795.2792111 818.2834863 820.3934437 840.6362132 847.8400714 861.8739611 874.6887424 885.2782013 887.4214172 900.6401963 916.4242764 922.8325962 927.1569471 933.8669932 939.0849354 955.7770503 966.7105498 975.5290032 988.0687865 1015.5543672 1017.8990991 1020.6933355 1024.0065225 1032.1488179 1038.2982756 1057.2524726 1063.9581629 1069.4646529 1083.1781777 1087.8816049 1096.8300350 1100.1991834 1109.0812748 1115.8938852 1129.7208911 1135.1821224 1144.2340475 1151.6934829 1156.4594496 1160.8716681 1169.6472866 1178.6017245 1180.5101302 1191.4738349 1202.9564317 1205.3174517 1209.6295837 1214.6246084 1224.0297466 1231.4583518 1235.2741689 1241.4543341 1248.6693179 1255.0139593 1258.3102420 1273.0637321 1278.2053601 1280.3696160 1282.8765689 1293.6537627 1302.9796207 1307.4087594 1314.0293215 1321.7074981 1332.7582708 1334.9961461 1339.0057898 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4669 Rtb_to_modes> Number of blocs = 147 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9869E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9876E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9877E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9922E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9979E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0019E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.696 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.548 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.993 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.688 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.551 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.170 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.422 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.96 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> 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Corresponding eigenvalue: 94.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 129.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> 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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 150.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 151.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 152.0 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 882 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 0.99997 1.00001 1.00004 1.00002 1.00002 1.00002 1.00000 0.99998 0.99999 1.00003 0.99999 1.00001 0.99999 1.00003 1.00000 1.00001 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000 1.00003 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002 1.00003 1.00000 1.00003 1.00002 0.99998 0.99998 1.00002 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 1.00003 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000 0.99997 1.00001 0.99999 1.00004 0.99997 1.00000 0.99997 0.99999 1.00002 0.99999 1.00003 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00003 1.00002 0.99998 1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000 0.99997 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99997 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000 1.00003 0.99999 1.00001 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 84042 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 0.99997 1.00001 1.00004 1.00002 1.00002 1.00002 1.00000 0.99998 0.99999 1.00003 0.99999 1.00001 0.99999 1.00003 1.00000 1.00001 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000 1.00003 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002 1.00003 1.00000 1.00003 1.00002 0.99998 0.99998 1.00002 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 1.00003 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000 0.99997 1.00001 0.99999 1.00004 0.99997 1.00000 0.99997 0.99999 1.00002 0.99999 1.00003 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00003 1.00002 0.99998 1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000 0.99997 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99997 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000 1.00003 0.99999 1.00001 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3: 0.000-0.000 Vector 4:-0.000 0.000 0.000 Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 8:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2603112210392177950.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2603112210392177950.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2603112210392177950.atom Openam> file on opening on unit 11: 2603112210392177950.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 292 First residue number = 355 Last residue number = 1 Number of atoms found = 4669 Mean number per residue = 16.0 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9869E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9876E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9877E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9922E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9979E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0019E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.696 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.548 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.993 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.688 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.551 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.170 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.422 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.3 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lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 145.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 146.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 148.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 150.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 151.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.0 Bfactors> 106 vectors, 14007 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 2.696000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) %Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant ! Bfactors> = 0.009 +/- 0.01 Bfactors> = 0.000 +/- 0.00 Bfactors> Shiftng-fct= -0.009 Bfactors> Scaling-fct= 0.000 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2603112210392177950.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2603112210392177950.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4316E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4317E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4317E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4371E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 178.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 204.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 242.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 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vecteur en lecture: 791.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 795.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 818.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 820.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 840.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 847.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 861.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 874.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 885.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 887.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 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CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1016. 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