*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2603121148542313773.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2603121148542313773.atom to be opened.
Openam> File opened: 2603121148542313773.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 29
First residue number = 1
Last residue number = 29
Number of atoms found = 243
Mean number per residue = 8.4
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 1.800934 +/- 10.645999 From: -18.329000 To: 23.009000
= -0.583173 +/- 7.039037 From: -15.196000 To: 12.877000
= -2.076091 +/- 3.487097 From: -11.019000 To: 7.849000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 23.0317 % Filled.
Pdbmat> 61284 non-zero elements.
Pdbmat> 6649 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 54.72 +/- 14.27
Maximum number = 83
Minimum number = 9
Pdbmat> Matrix trace = 132980.
Pdbmat> Larger element = 371.699
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
29 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2603121148542313773.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2603121148542313773.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2603121148542313773.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 243 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 29 residues.
Blocpdb> 8 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 11 atoms in block 2
Block first atom: 9
Blocpdb> 7 atoms in block 3
Block first atom: 20
Blocpdb> 9 atoms in block 4
Block first atom: 27
Blocpdb> 7 atoms in block 5
Block first atom: 36
Blocpdb> 7 atoms in block 6
Block first atom: 43
Blocpdb> 8 atoms in block 7
Block first atom: 50
Blocpdb> 6 atoms in block 8
Block first atom: 58
Blocpdb> 6 atoms in block 9
Block first atom: 64
Blocpdb> 8 atoms in block 10
Block first atom: 70
Blocpdb> 6 atoms in block 11
Block first atom: 78
Blocpdb> 11 atoms in block 12
Block first atom: 84
Blocpdb> 8 atoms in block 13
Block first atom: 95
Blocpdb> 8 atoms in block 14
Block first atom: 103
Blocpdb> 8 atoms in block 15
Block first atom: 111
Blocpdb> 11 atoms in block 16
Block first atom: 119
Blocpdb> 6 atoms in block 17
Block first atom: 130
Blocpdb> 11 atoms in block 18
Block first atom: 136
Blocpdb> 5 atoms in block 19
Block first atom: 147
Blocpdb> 7 atoms in block 20
Block first atom: 152
Blocpdb> 4 atoms in block 21
Block first atom: 159
Blocpdb> 8 atoms in block 22
Block first atom: 163
Blocpdb> 8 atoms in block 23
Block first atom: 171
Blocpdb> 12 atoms in block 24
Block first atom: 179
Blocpdb> 12 atoms in block 25
Block first atom: 191
Blocpdb> 7 atoms in block 26
Block first atom: 203
Blocpdb> 11 atoms in block 27
Block first atom: 210
Blocpdb> 8 atoms in block 28
Block first atom: 221
Blocpdb> 15 atoms in block 29
Block first atom: 228
Blocpdb> 29 blocks.
Blocpdb> At most, 15 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 61313 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 729
Prepmat> Matrix trace = 132980.0000
Prepmat> Last element read: 729 729 174.3172
Prepmat> 436 lines saved.
Prepmat> 228 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 243
RTB> Total mass = 243.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 243
RTB> Number of blocks = 29
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 27590.3471
RTB> 7017 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 174
Diagstd> Nb of non-zero elements: 7017
Diagstd> Projected matrix trace = 27590.3471
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 174 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 27590.3471
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.7317248 1.2347820 1.6506067 3.5498048
6.2701553 7.0249202 8.1866658 12.5814797 14.9362724
17.2635538 20.5518210 22.0857708 24.6362163 27.1615405
30.9071952 35.2325646 37.6734892 41.5783013 45.2026080
48.7600579 50.2649916 53.4883315 57.3376240 61.0270567
62.2596523 64.8279964 68.1777170 68.3874863 69.5764289
73.2190684 75.5999517 78.0310444 81.5333952 84.6211814
86.0095985 89.4816541 91.9180387 92.5259870 96.3761194
96.4850227 98.1778628 98.5696449 100.2647387 102.3126924
103.6220474 104.4995459 106.6217214 107.5100236 108.0615385
111.9770184 113.0113403 114.9693444 115.7809543 118.4719201
118.5599941 121.2672892 121.8544912 123.6138076 126.2279484
128.3017047 130.1931643 131.4138523 132.9765486 134.5182285
135.3991540 136.2034270 137.6149111 139.6393110 140.6013128
142.9609439 144.1563392 146.4359477 147.9111261 148.0057407
148.6058176 149.4765799 149.9582931 151.5963260 152.2267126
153.4452035 155.4837503 156.8842192 157.0091990 159.8957677
160.9280091 162.1248571 162.2487946 163.1408668 165.9148716
167.3799491 168.0695002 169.5794430 169.9692659 171.8646415
173.2641441 173.3060118 175.1444382 176.1194361 177.2310059
179.5382217
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034324 0.0034329 0.0034335 0.0034336 0.0034340
0.0034340 92.8900439 120.6675291 139.5137708 204.5961786
271.9157907 287.8166923 310.7054079 385.1777049 419.6781832
451.1909512 492.2893435 510.3305425 538.9919569 565.9427218
603.7054239 644.5660227 666.5200263 700.2105518 730.0910531
758.2761326 769.8889522 794.1907156 822.2712895 848.3137228
856.8378160 874.3324152 896.6366932 898.0150199 905.7875505
929.1961031 944.1827012 959.2437762 980.5348730 998.9294624
1007.0910594 1027.2171986 1041.1076909 1044.5449738 1066.0559490
1066.6580911 1075.9747188 1078.1194378 1087.3500867 1098.3987679
1105.4048477 1110.0754088 1121.2904552 1125.9516946 1128.8360061
1149.1050412 1154.3999337 1164.3574003 1168.4599808 1181.9605838
1182.3998469 1195.8235859 1198.7153058 1207.3377283 1220.0371136
1230.0180758 1239.0515392 1244.8466459 1252.2262649 1259.4642660
1263.5814910 1267.3287810 1273.8785571 1283.2141172 1287.6266838
1298.3864774 1303.8035307 1314.0719087 1320.6742252 1321.0965566
1323.7719852 1327.6446708 1329.7822279 1337.0252786 1339.8022865
1345.1537882 1354.0596106 1360.1440642 1360.6857272 1373.1366678
1377.5618265 1382.6749140 1383.2033108 1387.0006447 1398.7430379
1404.9051224 1407.7960246 1414.1057314 1415.7301453 1423.6018658
1429.3863453 1429.5590339 1437.1213972 1441.1159451 1445.6565609
1455.0360042
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 243
Rtb_to_modes> Number of blocs = 29
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9910E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9972E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7317
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.235
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.651
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.550
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.270
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.025
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.187
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 133.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 136.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 137.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 140.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 143.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 144.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 146.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 148.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 148.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 150.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 151.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 152.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 153.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 155.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 156.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 157.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 159.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 160.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 162.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 162.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 163.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 165.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 167.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 168.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 170.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 171.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 173.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 173.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 175.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 176.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 177.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 179.5
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 174 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99995 0.99997 0.99994 1.00001 1.00003
0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 1.00003
1.00004 1.00000 0.99998 0.99999 1.00001
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 0.99996
1.00000 1.00000 1.00000 1.00003 0.99997
1.00000 1.00001 1.00002 1.00004 0.99998
1.00001 0.99998 1.00000 0.99997 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
0.99998 0.99995 0.99998 0.99998 1.00005
1.00000 0.99997 1.00000 0.99999 0.99998
1.00003 0.99998 1.00002 0.99998 0.99997
1.00004 1.00003 0.99997 0.99995 0.99999
1.00002 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
1.00002 0.99999 1.00004 0.99999 1.00000
1.00002 1.00001 0.99996 1.00004 0.99998
0.99999 0.99998 0.99995 1.00003 0.99999
1.00002 1.00005 0.99996 1.00000 0.99999
1.00001 1.00003 0.99997 0.99999 0.99998
0.99994 1.00000 1.00001 1.00002 0.99997
1.00001 1.00001 0.99998 0.99996 0.99999
0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99998
1.00005
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 4374 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99995 0.99997 0.99994 1.00001 1.00003
0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 1.00003
1.00004 1.00000 0.99998 0.99999 1.00001
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 0.99996
1.00000 1.00000 1.00000 1.00003 0.99997
1.00000 1.00001 1.00002 1.00004 0.99998
1.00001 0.99998 1.00000 0.99997 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
0.99998 0.99995 0.99998 0.99998 1.00005
1.00000 0.99997 1.00000 0.99999 0.99998
1.00003 0.99998 1.00002 0.99998 0.99997
1.00004 1.00003 0.99997 0.99995 0.99999
1.00002 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
1.00002 0.99999 1.00004 0.99999 1.00000
1.00002 1.00001 0.99996 1.00004 0.99998
0.99999 0.99998 0.99995 1.00003 0.99999
1.00002 1.00005 0.99996 1.00000 0.99999
1.00001 1.00003 0.99997 0.99999 0.99998
0.99994 1.00000 1.00001 1.00002 0.99997
1.00001 1.00001 0.99998 0.99996 0.99999
0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99998
1.00005
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2603121148542313773.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2603121148542313773.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2603121148542313773.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2603121148542313773.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 29
First residue number = 1
Last residue number = 29
Number of atoms found = 243
Mean number per residue = 8.4
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9910E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9972E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7317
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.235
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.651
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.550
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.270
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.025
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.187
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 143.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 146.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 148.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 148.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 150.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 151.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 153.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 155.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 156.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 157.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 159.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 160.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 162.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 162.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 163.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 165.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 167.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 168.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 170.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 171.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 175.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 176.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 177.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 179.5
Bfactors> 106 vectors, 729 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.731700
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.256 for 29 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.192 +/- 0.11
Bfactors> = 92.420 +/- 6.15
Bfactors> Shiftng-fct= 92.228
Bfactors> Scaling-fct= 57.601
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2603121148542313773.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2603121148542313773.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4323E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 92.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 120.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 139.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 204.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 310.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 419.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 451.1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1455.
Chkmod> 106 vectors, 729 coordinates in file.
Chkmod> That is: 243 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 1 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 3 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 10 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 30 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
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%Chkmod-Wn> Norm of vector 78 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 82 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 87 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 91 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 105 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 106 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
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0.0034 0.8987
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120.6730 0.6622
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287.8060 0.4705
310.6984 0.7177
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2603121148542313773 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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2603121148542313773.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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2603121148542313773.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=60
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603121148542313773.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603121148542313773.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2603121148542313773 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
2603121148542313773.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
11 models are in 2603121148542313773.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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11 models are in 2603121148542313773.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 5 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603121148542313773.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.180s
user 0m0.172s
sys 0m0.008s
rm: cannot remove '2603121148542313773.sdijf': No such file or directory
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