*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2603121917152363778.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2603121917152363778.atom to be opened.
Openam> File opened: 2603121917152363778.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 96
First residue number = 513
Last residue number = 813
Number of atoms found = 737
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 190.859061 +/- 10.499722 From: 169.894000 To: 214.240000
= 121.392977 +/- 8.151016 From: 101.146000 To: 137.077000
= 130.206805 +/- 11.112039 From: 107.935000 To: 152.615000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 8.6360 % Filled.
Pdbmat> 211182 non-zero elements.
Pdbmat> 22980 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 62.36 +/- 15.70
Maximum number = 100
Minimum number = 17
Pdbmat> Matrix trace = 459600.
Pdbmat> Larger element = 490.859
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
96 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2603121917152363778.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2603121917152363778.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2603121917152363778.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 737 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 96 residues.
Blocpdb> 4 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 7 atoms in block 2
Block first atom: 5
Blocpdb> 11 atoms in block 3
Block first atom: 12
Blocpdb> 6 atoms in block 4
Block first atom: 23
Blocpdb> 11 atoms in block 5
Block first atom: 29
Blocpdb> 8 atoms in block 6
Block first atom: 40
Blocpdb> 8 atoms in block 7
Block first atom: 48
Blocpdb> 7 atoms in block 8
Block first atom: 56
Blocpdb> 8 atoms in block 9
Block first atom: 63
Blocpdb> 5 atoms in block 10
Block first atom: 71
Blocpdb> 12 atoms in block 11
Block first atom: 76
Blocpdb> 9 atoms in block 12
Block first atom: 88
Blocpdb> 8 atoms in block 13
Block first atom: 97
Blocpdb> 14 atoms in block 14
Block first atom: 105
Blocpdb> 8 atoms in block 15
Block first atom: 119
Blocpdb> 6 atoms in block 16
Block first atom: 127
Blocpdb> 8 atoms in block 17
Block first atom: 133
Blocpdb> 7 atoms in block 18
Block first atom: 141
Blocpdb> 11 atoms in block 19
Block first atom: 148
Blocpdb> 5 atoms in block 20
Block first atom: 159
Blocpdb> 12 atoms in block 21
Block first atom: 164
Blocpdb> 8 atoms in block 22
Block first atom: 176
Blocpdb> 4 atoms in block 23
Block first atom: 184
Blocpdb> 7 atoms in block 24
Block first atom: 188
Blocpdb> 6 atoms in block 25
Block first atom: 195
Blocpdb> 7 atoms in block 26
Block first atom: 201
Blocpdb> 7 atoms in block 27
Block first atom: 208
Blocpdb> 8 atoms in block 28
Block first atom: 215
Blocpdb> 11 atoms in block 29
Block first atom: 223
Blocpdb> 8 atoms in block 30
Block first atom: 234
Blocpdb> 7 atoms in block 31
Block first atom: 242
Blocpdb> 6 atoms in block 32
Block first atom: 249
Blocpdb> 7 atoms in block 33
Block first atom: 255
Blocpdb> 11 atoms in block 34
Block first atom: 262
Blocpdb> 6 atoms in block 35
Block first atom: 273
Blocpdb> 8 atoms in block 36
Block first atom: 279
Blocpdb> 6 atoms in block 37
Block first atom: 287
Blocpdb> 4 atoms in block 38
Block first atom: 293
Blocpdb> 11 atoms in block 39
Block first atom: 297
Blocpdb> 8 atoms in block 40
Block first atom: 308
Blocpdb> 7 atoms in block 41
Block first atom: 316
Blocpdb> 4 atoms in block 42
Block first atom: 323
Blocpdb> 4 atoms in block 43
Block first atom: 327
Blocpdb> 7 atoms in block 44
Block first atom: 331
Blocpdb> 14 atoms in block 45
Block first atom: 338
Blocpdb> 14 atoms in block 46
Block first atom: 352
Blocpdb> 11 atoms in block 47
Block first atom: 366
Blocpdb> 11 atoms in block 48
Block first atom: 377
Blocpdb> 7 atoms in block 49
Block first atom: 388
Blocpdb> 8 atoms in block 50
Block first atom: 395
Blocpdb> 8 atoms in block 51
Block first atom: 403
Blocpdb> 8 atoms in block 52
Block first atom: 411
Blocpdb> 8 atoms in block 53
Block first atom: 419
Blocpdb> 6 atoms in block 54
Block first atom: 427
Blocpdb> 6 atoms in block 55
Block first atom: 433
Blocpdb> 12 atoms in block 56
Block first atom: 439
Blocpdb> 7 atoms in block 57
Block first atom: 451
Blocpdb> 5 atoms in block 58
Block first atom: 458
Blocpdb> 8 atoms in block 59
Block first atom: 463
Blocpdb> 8 atoms in block 60
Block first atom: 471
Blocpdb> 5 atoms in block 61
Block first atom: 479
Blocpdb> 5 atoms in block 62
Block first atom: 484
Blocpdb> 11 atoms in block 63
Block first atom: 489
Blocpdb> 8 atoms in block 64
Block first atom: 500
Blocpdb> 7 atoms in block 65
Block first atom: 508
Blocpdb> 7 atoms in block 66
Block first atom: 515
Blocpdb> 9 atoms in block 67
Block first atom: 522
Blocpdb> 11 atoms in block 68
Block first atom: 531
Blocpdb> 5 atoms in block 69
Block first atom: 542
Blocpdb> 8 atoms in block 70
Block first atom: 547
Blocpdb> 6 atoms in block 71
Block first atom: 555
Blocpdb> 8 atoms in block 72
Block first atom: 561
Blocpdb> 6 atoms in block 73
Block first atom: 569
Blocpdb> 8 atoms in block 74
Block first atom: 575
Blocpdb> 7 atoms in block 75
Block first atom: 583
Blocpdb> 5 atoms in block 76
Block first atom: 590
Blocpdb> 4 atoms in block 77
Block first atom: 595
Blocpdb> 7 atoms in block 78
Block first atom: 599
Blocpdb> 11 atoms in block 79
Block first atom: 606
Blocpdb> 12 atoms in block 80
Block first atom: 617
Blocpdb> 8 atoms in block 81
Block first atom: 629
Blocpdb> 8 atoms in block 82
Block first atom: 637
Blocpdb> 7 atoms in block 83
Block first atom: 645
Blocpdb> 4 atoms in block 84
Block first atom: 652
Blocpdb> 4 atoms in block 85
Block first atom: 656
Blocpdb> 8 atoms in block 86
Block first atom: 660
Blocpdb> 4 atoms in block 87
Block first atom: 668
Blocpdb> 8 atoms in block 88
Block first atom: 672
Blocpdb> 5 atoms in block 89
Block first atom: 680
Blocpdb> 8 atoms in block 90
Block first atom: 685
Blocpdb> 8 atoms in block 91
Block first atom: 693
Blocpdb> 7 atoms in block 92
Block first atom: 701
Blocpdb> 5 atoms in block 93
Block first atom: 708
Blocpdb> 8 atoms in block 94
Block first atom: 713
Blocpdb> 8 atoms in block 95
Block first atom: 721
Blocpdb> 9 atoms in block 96
Block first atom: 728
Blocpdb> 96 blocks.
Blocpdb> At most, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 211278 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 2211
Prepmat> Matrix trace = 459600.0000
Prepmat> Last element read: 2211 2211 209.5646
Prepmat> 4657 lines saved.
Prepmat> 3835 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 737
RTB> Total mass = 737.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 737
RTB> Number of blocks = 96
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 102744.5249
RTB> 28116 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 576
Diagstd> Nb of non-zero elements: 28116
Diagstd> Projected matrix trace = 102744.5249
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 576 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 102744.5249
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0630591 0.1494635 0.3845894 0.5710055
1.0256629 1.1926763 1.6643931 2.1184082 2.5879532
3.2047475 4.3912498 4.6300217 4.9831976 5.2954638
7.3857996 7.5002469 8.6038565 9.2268743 9.3351564
10.1705163 11.3561922 11.6354791 12.9052533 13.5355525
15.3448853 16.1355325 16.8055907 17.8120261 18.4559995
19.1181662 19.7328552 21.2321273 22.1096745 22.2562786
23.1574153 23.9338542 25.4057930 26.2704048 27.1794526
28.7562277 29.2259717 31.0677411 31.9179270 33.6248092
35.2979914 36.0587065 36.7745099 37.4203574 37.8274418
38.9972966 40.6214106 41.0713424 41.9793938 43.3609308
45.1361940 45.5387767 46.6604956 46.8672818 47.9591480
49.0413403 51.0141129 52.3388147 52.4893127 53.7210435
54.7232591 55.0180352 57.0116191 57.6334849 58.5106421
59.2643793 60.7928002 61.8869337 62.2867550 63.0954853
63.8188983 64.3547111 65.9775323 66.6205798 66.9628140
67.4215008 68.8358313 71.0928620 71.8749870 72.6318257
73.3815512 73.7214220 74.8423636 75.4255683 76.4991212
76.9706581 77.4183831 78.7757139 79.0018290 79.6272024
80.3545536 80.7181674 81.1250496 81.3812609 81.9475346
82.3235285
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034331 0.0034334 0.0034335 0.0034336 0.0034346
0.0034347 27.2689986 41.9819786 67.3432248 82.0569570
109.9759219 118.5923219 140.0951929 158.0520379 174.6921901
194.3981783 227.5565550 233.6613038 242.4093323 249.8890820
295.1168737 297.3945880 318.5237782 329.8546284 331.7844900
346.3113937 365.9414858 370.4140197 390.1023325 399.5151693
425.3800361 436.2012759 445.1661892 458.3021997 466.5133381
474.8084036 482.3810564 500.3708894 510.6066360 512.2966961
522.5650044 531.2532512 547.3456333 556.5813668 566.1293008
582.3193711 587.0563089 605.2713524 613.4972475 629.6876771
645.1642245 652.0792071 658.5196319 664.2770463 667.8805035
678.1293341 692.1062650 695.9286711 703.5797991 715.0634472
729.5545123 732.8008435 741.7711771 743.4130204 752.0228038
760.4601239 775.6047311 785.6103957 786.7390795 795.9164854
803.3064563 805.4671238 819.9303600 824.3900107 830.6397540
835.9728066 846.6840030 854.2692282 857.0242940 862.5701456
867.5008951 871.1349799 882.0502231 886.3382350 888.6119070
891.6501526 900.9538820 915.6052605 920.6279799 925.4623615
930.2265363 932.3782459 939.4399561 943.0931181 949.7810569
952.7037623 955.4706006 963.8100582 965.1923105 969.0049803
973.4205861 975.6205214 978.0763730 979.6196489 983.0219753
985.2745581
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 737
Rtb_to_modes> Number of blocs = 96
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9947E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9971E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9978E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.3059E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1495
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3846
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5710
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.026
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.193
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.664
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.118
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.588
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.205
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.391
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.630
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.983
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.295
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.386
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.500
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.604
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.227
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.335
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.32
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 576 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00002 1.00002 1.00000 1.00002
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1.00003 1.00003 0.99999 0.99999 0.99999
0.99999 0.99999 1.00003 0.99997 1.00002
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1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999
0.99999 0.99998 0.99997 0.99998 0.99997
1.00000 1.00000 1.00000 1.00003 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001
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1.00000 0.99999 0.99999 0.99997 1.00002
1.00001 1.00003 1.00000 1.00001 0.99999
0.99999 0.99998 1.00001 0.99994 0.99999
0.99996 0.99999 0.99998 1.00001 1.00001
1.00000 1.00003 0.99999 1.00001 1.00000
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0.99998 1.00003 0.99997 1.00000 1.00000
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 13266 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00002 1.00002 1.00000 1.00002
1.00001 0.99997 0.99998 0.99997 0.99997
1.00001 1.00001 0.99999 1.00003 1.00000
1.00003 1.00003 0.99999 0.99999 0.99999
0.99999 0.99999 1.00003 0.99997 1.00002
1.00000 0.99999 0.99997 1.00000 1.00001
0.99998 1.00000 0.99999 0.99998 1.00003
1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999
0.99999 0.99998 0.99997 0.99998 0.99997
1.00000 1.00000 1.00000 1.00003 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001
1.00001 1.00000 1.00002 0.99997 1.00001
0.99998 0.99999 1.00000 0.99997 0.99997
1.00003 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000
1.00000 0.99999 0.99999 0.99997 1.00002
1.00001 1.00003 1.00000 1.00001 0.99999
0.99999 0.99998 1.00001 0.99994 0.99999
0.99996 0.99999 0.99998 1.00001 1.00001
1.00000 1.00003 0.99999 1.00001 1.00000
0.99999 1.00003 1.00000 0.99998 1.00001
0.99998 1.00003 0.99997 1.00000 1.00000
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2603121917152363778.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2603121917152363778.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2603121917152363778.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2603121917152363778.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 96
First residue number = 513
Last residue number = 813
Number of atoms found = 737
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9947E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9971E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9978E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.3059E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1495
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3846
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5710
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.026
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.193
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.664
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.118
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.588
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.205
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.391
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.630
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.983
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.295
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.386
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.500
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.604
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.227
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.335
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.32
Bfactors> 106 vectors, 2211 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.063059
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.557 for 96 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.695 +/- 1.05
Bfactors> = 211.325 +/- 43.97
Bfactors> Shiftng-fct= 210.631
Bfactors> Scaling-fct= 41.849
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2603121917152363778.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2603121917152363778.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 629.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 658.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 667.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 786.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 795.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 803.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 805.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 819.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 824.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 830.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 835.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 846.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 854.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 862.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 882.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 886.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 888.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 920.6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 963.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 969.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 975.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 979.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 983.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 985.2
Chkmod> 106 vectors, 2211 coordinates in file.
Chkmod> That is: 737 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 66 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 92 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6529
0.0034 0.7851
0.0034 0.7774
0.0034 0.9317
0.0034 0.9149
0.0034 0.7197
27.2678 0.2917
41.9853 0.4581
67.3413 0.5641
82.0530 0.5735
109.9893 0.4669
118.6033 0.2011
140.0726 0.6497
158.0300 0.6564
174.6863 0.4574
194.3975 0.3698
227.5403 0.3475
233.6507 0.3201
242.3941 0.4205
249.8674 0.4416
295.1082 0.5996
297.3769 0.4195
318.5128 0.4950
329.8427 0.3408
331.7675 0.5058
346.2877 0.2971
365.9871 0.5661
370.4701 0.4880
390.1573 0.5778
399.5636 0.5266
425.2941 0.4606
436.2429 0.5592
445.2055 0.6907
458.2565 0.3516
466.5439 0.4398
474.8108 0.4698
482.3255 0.5423
500.3243 0.5128
510.5885 0.4661
512.3175 0.4887
522.5717 0.3755
531.1877 0.5310
547.3675 0.4190
556.5532 0.5538
566.1107 0.5266
582.3326 0.2913
587.0716 0.5962
605.2674 0.4716
613.4908 0.3320
629.6156 0.3566
645.1549 0.5964
652.0629 0.2832
658.4510 0.3861
664.2454 0.1724
667.8744 0.3574
678.1237 0.3386
692.0645 0.3264
695.8874 0.4319
703.5547 0.3421
715.0251 0.5957
729.5540 0.3405
732.7792 0.1500
741.7354 0.1378
743.4027 0.4023
751.9972 0.0390
760.4171 0.3539
775.5402 0.3681
785.5856 0.3372
786.7105 0.1658
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805.4469 0.3532
819.8835 0.5674
824.3297 0.3680
830.5995 0.2717
835.9060 0.1691
846.6282 0.3176
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857.0098 0.3402
862.5640 0.2750
867.4711 0.3454
871.0657 0.3407
882.0289 0.3675
886.2963 0.1950
888.5551 0.3353
891.6020 0.2878
900.9425 0.3285
915.5475 0.4293
920.5565 0.4162
925.4110 0.3523
930.1768 0.3689
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978.0642 0.1254
979.5700 0.1389
982.9946 0.4800
985.2111 0.1707
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2603121917152363778 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2603121917152363778.eigenfacs
2603121917152363778.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2603121917152363778.eigenfacs
2603121917152363778.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2603121917152363778.eigenfacs
2603121917152363778.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2603121917152363778.eigenfacs
2603121917152363778.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2603121917152363778.eigenfacs
2603121917152363778.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2603121917152363778.eigenfacs
2603121917152363778.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2603121917152363778.eigenfacs
2603121917152363778.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2603121917152363778.eigenfacs
2603121917152363778.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2603121917152363778.eigenfacs
2603121917152363778.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2603121917152363778.eigenfacs
2603121917152363778.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2603121917152363778.eigenfacs
2603121917152363778.atom
making animated gifs
11 models are in 2603121917152363778.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603121917152363778.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603121917152363778.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m3.072s
user 0m3.038s
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rm: cannot remove '2603121917152363778.sdijf': No such file or directory
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