CNRS Nantes University US2B US2B
home |  start a new run |  job status |  references&downloads |  examples |  help  

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.
elNémo has been hacked on november 27th.
It has been moved away and runs again.
**Still some additional cleaning from time to time**
Sorry for the inconvenience.


***  8YTW  ***

LOGs for ID: 2603162343543426985

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2603162343543426985.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2603162343543426985.atom to be opened. Openam> File opened: 2603162343543426985.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 247 First residue number = 40 Last residue number = 289 Number of atoms found = 1793 Mean number per residue = 7.3 Pdbmat> Coordinate statistics: = -8.948885 +/- 9.952222 From: -30.552000 To: 11.994000 = -20.861512 +/- 9.537671 From: -43.957000 To: 1.159000 = 8.723998 +/- 8.305807 From: -10.423000 To: 28.972000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 4.8984 % Filled. Pdbmat> 708769 non-zero elements. Pdbmat> 77569 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 86.52 +/- 23.48 Maximum number = 131 Minimum number = 18 Pdbmat> Matrix trace = 1.551380E+06 Pdbmat> Larger element = 515.247 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 247 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2603162343543426985.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2603162343543426985.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2603162343543426985.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 1793 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 247 residues. Blocpdb> 16 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 13 atoms in block 2 Block first atom: 17 Blocpdb> 12 atoms in block 3 Block first atom: 30 Blocpdb> 12 atoms in block 4 Block first atom: 42 Blocpdb> 13 atoms in block 5 Block first atom: 54 Blocpdb> 15 atoms in block 6 Block first atom: 67 Blocpdb> 12 atoms in block 7 Block first atom: 82 Blocpdb> 10 atoms in block 8 Block first atom: 94 Blocpdb> 16 atoms in block 9 Block first atom: 104 Blocpdb> 12 atoms in block 10 Block first atom: 120 Blocpdb> 11 atoms in block 11 Block first atom: 132 Blocpdb> 15 atoms in block 12 Block first atom: 143 Blocpdb> 15 atoms in block 13 Block first atom: 158 Blocpdb> 16 atoms in block 14 Block first atom: 173 Blocpdb> 15 atoms in block 15 Block first atom: 189 Blocpdb> 8 atoms in block 16 Block first atom: 204 Blocpdb> 11 atoms in block 17 Block first atom: 212 Blocpdb> 19 atoms in block 18 Block first atom: 223 Blocpdb> 19 atoms in block 19 Block first atom: 242 Blocpdb> 12 atoms in block 20 Block first atom: 261 Blocpdb> 9 atoms in block 21 Block first atom: 273 Blocpdb> 19 atoms in block 22 Block first atom: 282 Blocpdb> 14 atoms in block 23 Block first atom: 301 Blocpdb> 12 atoms in block 24 Block first atom: 315 Blocpdb> 14 atoms in block 25 Block first atom: 327 Blocpdb> 11 atoms in block 26 Block first atom: 341 Blocpdb> 18 atoms in block 27 Block first atom: 352 Blocpdb> 13 atoms in block 28 Block first atom: 370 Blocpdb> 20 atoms in block 29 Block first atom: 383 Blocpdb> 17 atoms in block 30 Block first atom: 403 Blocpdb> 20 atoms in block 31 Block first atom: 420 Blocpdb> 12 atoms in block 32 Block first atom: 440 Blocpdb> 18 atoms in block 33 Block first atom: 452 Blocpdb> 12 atoms in block 34 Block first atom: 470 Blocpdb> 20 atoms in block 35 Block first atom: 482 Blocpdb> 15 atoms in block 36 Block first atom: 502 Blocpdb> 14 atoms in block 37 Block first atom: 517 Blocpdb> 11 atoms in block 38 Block first atom: 531 Blocpdb> 13 atoms in block 39 Block first atom: 542 Blocpdb> 14 atoms in block 40 Block first atom: 555 Blocpdb> 10 atoms in block 41 Block first atom: 569 Blocpdb> 19 atoms in block 42 Block first atom: 579 Blocpdb> 13 atoms in block 43 Block first atom: 598 Blocpdb> 15 atoms in block 44 Block first atom: 611 Blocpdb> 16 atoms in block 45 Block first atom: 626 Blocpdb> 17 atoms in block 46 Block first atom: 642 Blocpdb> 16 atoms in block 47 Block first atom: 659 Blocpdb> 10 atoms in block 48 Block first atom: 675 Blocpdb> 16 atoms in block 49 Block first atom: 685 Blocpdb> 19 atoms in block 50 Block first atom: 701 Blocpdb> 15 atoms in block 51 Block first atom: 720 Blocpdb> 11 atoms in block 52 Block first atom: 735 Blocpdb> 12 atoms in block 53 Block first atom: 746 Blocpdb> 12 atoms in block 54 Block first atom: 758 Blocpdb> 15 atoms in block 55 Block first atom: 770 Blocpdb> 16 atoms in block 56 Block first atom: 785 Blocpdb> 12 atoms in block 57 Block first atom: 801 Blocpdb> 18 atoms in block 58 Block first atom: 813 Blocpdb> 15 atoms in block 59 Block first atom: 831 Blocpdb> 12 atoms in block 60 Block first atom: 846 Blocpdb> 18 atoms in block 61 Block first atom: 858 Blocpdb> 14 atoms in block 62 Block first atom: 876 Blocpdb> 8 atoms in block 63 Block first atom: 890 Blocpdb> 8 atoms in block 64 Block first atom: 898 Blocpdb> 15 atoms in block 65 Block first atom: 906 Blocpdb> 14 atoms in block 66 Block first atom: 921 Blocpdb> 13 atoms in block 67 Block first atom: 935 Blocpdb> 17 atoms in block 68 Block first atom: 948 Blocpdb> 14 atoms in block 69 Block first atom: 965 Blocpdb> 11 atoms in block 70 Block first atom: 979 Blocpdb> 16 atoms in block 71 Block first atom: 990 Blocpdb> 9 atoms in block 72 Block first atom: 1006 Blocpdb> 14 atoms in block 73 Block first atom: 1015 Blocpdb> 13 atoms in block 74 Block first atom: 1029 Blocpdb> 21 atoms in block 75 Block first atom: 1042 Blocpdb> 16 atoms in block 76 Block first atom: 1063 Blocpdb> 17 atoms in block 77 Block first atom: 1079 Blocpdb> 16 atoms in block 78 Block first atom: 1096 Blocpdb> 16 atoms in block 79 Block first atom: 1112 Blocpdb> 14 atoms in block 80 Block first atom: 1128 Blocpdb> 19 atoms in block 81 Block first atom: 1142 Blocpdb> 11 atoms in block 82 Block first atom: 1161 Blocpdb> 14 atoms in block 83 Block first atom: 1172 Blocpdb> 16 atoms in block 84 Block first atom: 1186 Blocpdb> 15 atoms in block 85 Block first atom: 1202 Blocpdb> 12 atoms in block 86 Block first atom: 1217 Blocpdb> 12 atoms in block 87 Block first atom: 1229 Blocpdb> 19 atoms in block 88 Block first atom: 1241 Blocpdb> 12 atoms in block 89 Block first atom: 1260 Blocpdb> 18 atoms in block 90 Block first atom: 1272 Blocpdb> 20 atoms in block 91 Block first atom: 1290 Blocpdb> 10 atoms in block 92 Block first atom: 1310 Blocpdb> 9 atoms in block 93 Block first atom: 1320 Blocpdb> 16 atoms in block 94 Block first atom: 1329 Blocpdb> 18 atoms in block 95 Block first atom: 1345 Blocpdb> 17 atoms in block 96 Block first atom: 1363 Blocpdb> 13 atoms in block 97 Block first atom: 1380 Blocpdb> 9 atoms in block 98 Block first atom: 1393 Blocpdb> 18 atoms in block 99 Block first atom: 1402 Blocpdb> 22 atoms in block 100 Block first atom: 1420 Blocpdb> 14 atoms in block 101 Block first atom: 1442 Blocpdb> 12 atoms in block 102 Block first atom: 1456 Blocpdb> 15 atoms in block 103 Block first atom: 1468 Blocpdb> 14 atoms in block 104 Block first atom: 1483 Blocpdb> 17 atoms in block 105 Block first atom: 1497 Blocpdb> 13 atoms in block 106 Block first atom: 1514 Blocpdb> 13 atoms in block 107 Block first atom: 1527 Blocpdb> 22 atoms in block 108 Block first atom: 1540 Blocpdb> 20 atoms in block 109 Block first atom: 1562 Blocpdb> 18 atoms in block 110 Block first atom: 1582 Blocpdb> 12 atoms in block 111 Block first atom: 1600 Blocpdb> 16 atoms in block 112 Block first atom: 1612 Blocpdb> 22 atoms in block 113 Block first atom: 1628 Blocpdb> 14 atoms in block 114 Block first atom: 1650 Blocpdb> 18 atoms in block 115 Block first atom: 1664 Blocpdb> 10 atoms in block 116 Block first atom: 1682 Blocpdb> 16 atoms in block 117 Block first atom: 1692 Blocpdb> 9 atoms in block 118 Block first atom: 1708 Blocpdb> 12 atoms in block 119 Block first atom: 1717 Blocpdb> 11 atoms in block 120 Block first atom: 1729 Blocpdb> 22 atoms in block 121 Block first atom: 1740 Blocpdb> 13 atoms in block 122 Block first atom: 1762 Blocpdb> 11 atoms in block 123 Block first atom: 1775 Blocpdb> 8 atoms in block 124 Block first atom: 1785 Blocpdb> 124 blocks. Blocpdb> At most, 22 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 708893 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 5379 Prepmat> Matrix trace = 1551380.0000 Prepmat> Last element read: 5379 5379 58.7993 Prepmat> 7751 lines saved. Prepmat> 6289 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1793 RTB> Total mass = 1793.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 1793 RTB> Number of blocks = 124 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 185034.3618 RTB> 50736 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 744 Diagstd> Nb of non-zero elements: 50736 Diagstd> Projected matrix trace = 185034.3618 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 744 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 185034.3618 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 9.3097332 10.4013002 13.5225834 14.9804538 16.5560326 17.0236889 19.6601119 20.3389573 20.4378226 21.4620848 22.1221318 23.7839842 25.0482075 25.4672303 25.9650469 27.5512451 28.2322295 28.7682366 29.2677492 29.5806774 32.6993891 33.9442480 35.8420786 38.4783902 38.7634301 41.0999689 41.9520424 42.6463621 43.2434713 45.7522091 46.7551863 48.0720790 48.7528805 48.8996777 49.3399695 51.0559637 52.0816779 53.2050595 54.1684861 55.0866608 56.1015013 57.3720610 57.9756076 58.9827003 60.3957687 60.7647293 62.1712086 62.6885701 64.1062098 64.7500088 65.4341595 66.8465929 67.5959991 68.5527560 69.3402557 69.8905424 71.0187008 71.4843423 72.3563082 74.1540294 74.7470464 75.9930024 76.5060040 78.4350003 78.7932403 79.7719263 81.1481555 81.8883299 82.9325341 83.8258949 85.1362217 86.3663569 86.8745234 87.2301613 87.9831248 88.5927569 90.0895390 90.3937211 91.8560084 93.0692592 93.8683764 94.3246182 94.9304608 95.4037231 96.4456460 97.6193580 98.0215365 99.1176408 99.6309535 100.2826672 100.3881041 101.7865007 102.5626346 103.5993161 104.0014724 104.5807256 106.0546987 107.3893250 108.4350768 108.8297031 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034329 0.0034332 0.0034340 0.0034342 0.0034346 0.0034353 331.3323939 350.2185093 399.3237252 420.2984281 441.8485319 448.0454978 481.4911098 489.7332854 490.9221113 503.0732598 510.7504614 529.5873268 543.4800498 548.0070406 553.3371586 569.9882400 576.9894447 582.4409497 587.4757479 590.6080167 620.9621085 632.6716525 650.1175260 673.6025575 676.0929080 696.1711584 703.3505552 709.1470087 714.0942806 734.5160912 742.5234542 752.9076891 758.2203227 759.3609828 762.7719584 775.9228103 783.6781966 792.0849230 799.2242072 805.9693085 813.3594597 822.5181800 826.8332535 833.9837831 843.9146710 846.4885031 856.2290048 859.7842043 869.4514390 873.8063497 878.4105528 887.8404317 892.8032780 899.0994661 904.2489217 907.8299070 915.1275746 918.1227380 923.7053953 935.1099059 938.8415427 946.6339630 949.8237827 961.7235074 963.9172683 969.8851723 978.2156500 982.6668087 988.9122310 994.2243138 1001.9648046 1009.1775498 1012.1421189 1014.2117042 1018.5795940 1022.1023540 1030.7004429 1032.4390264 1040.7563391 1047.6070414 1052.0949435 1054.6486676 1058.0302258 1060.6642766 1066.4404108 1072.9099028 1075.1177528 1081.1121757 1083.9080047 1087.4472980 1088.0188172 1095.5706076 1099.7396022 1105.2835959 1107.4267870 1110.5065021 1118.3049251 1125.3194791 1130.7853571 1132.8411143 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1793 Rtb_to_modes> Number of blocs = 124 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9939E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9955E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.310 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.8 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 744 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 0.99998 0.99996 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 0.99996 1.00003 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 0.99997 1.00003 1.00001 0.99998 0.99999 1.00002 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 0.99997 1.00000 1.00001 0.99998 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 0.99996 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999 0.99996 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 1.00003 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00003 1.00002 0.99996 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 32274 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 0.99998 0.99996 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 0.99996 1.00003 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 0.99997 1.00003 1.00001 0.99998 0.99999 1.00002 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 0.99997 1.00000 1.00001 0.99998 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 0.99996 1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999 0.99996 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 1.00003 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00003 1.00002 0.99996 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3: 0.000 0.000 Vector 4:-0.000-0.000 0.000 Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 7: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2603162343543426985.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2603162343543426985.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2603162343543426985.atom Openam> file on opening on unit 11: 2603162343543426985.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 247 First residue number = 40 Last residue number = 289 Number of atoms found = 1793 Mean number per residue = 7.3 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9939E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9955E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.310 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.8 Bfactors> 106 vectors, 5379 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 9.310000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.494 for 247 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.018 +/- 0.03 Bfactors> = 58.809 +/- 9.67 Bfactors> Shiftng-fct= 58.790 Bfactors> Scaling-fct= 372.521 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2603162343543426985.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2603162343543426985.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4352E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 331.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 350.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 399.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 441.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 448.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 481.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 510.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 529.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 548.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 650.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 703.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 734.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 752.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 775.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 783.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 799.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 813.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 822.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 826.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 833.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 843.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 846.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 856.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 859.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 873.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 878.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 887.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 899.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 904.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 907.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 915.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 918.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 923.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 935.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 938.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 946.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 949.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 961.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 963.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 969.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 978.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 982.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 988.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 994.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1002. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1009. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1012. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1014. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1019. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1022. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1031. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1032. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1041. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1048. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1052. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1055. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1058. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1061. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1066. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1073. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1075. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1081. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1084. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1087. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1088. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1096. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1100. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1105. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1107. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1111. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1118. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1125. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1131. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1133. Chkmod> 106 vectors, 5379 coordinates in file. Chkmod> That is: 1793 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 27 is: 0.9999 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.8061 0.0034 0.8001 0.0034 0.7326 0.0034 0.9175 0.0034 0.8250 0.0034 0.7638 331.3229 0.5412 350.1816 0.4943 399.2684 0.2369 420.2740 0.0310 441.8825 0.2420 447.9777 0.4576 481.4691 0.4145 489.7248 0.0169 490.9272 0.5309 503.0272 0.5484 510.7039 0.4262 529.5202 0.3399 543.4762 0.5279 548.0133 0.6273 553.3662 0.3038 569.9509 0.2025 576.9419 0.5686 582.4338 0.3504 587.4731 0.6191 590.5759 0.5997 620.9413 0.0846 632.6049 0.3470 650.0708 0.3899 673.5877 0.4063 676.0340 0.3101 696.1415 0.3131 703.3032 0.3306 709.1468 0.5754 714.0350 0.2173 734.4668 0.5650 742.5298 0.2950 752.8591 0.4711 758.1654 0.4595 759.3309 0.2606 762.7394 0.2390 775.9202 0.5194 783.6319 0.5898 792.0877 0.5039 799.2011 0.4904 805.9591 0.3991 813.3137 0.4296 822.4681 0.5198 826.8291 0.5194 833.9289 0.4343 843.9080 0.4279 846.4192 0.4205 856.1839 0.5563 859.7571 0.4030 869.4398 0.4373 873.7688 0.4378 878.3449 0.4375 887.8249 0.5321 892.7914 0.5736 899.0428 0.5042 904.2084 0.5393 907.7874 0.5605 915.0967 0.5864 918.0554 0.5477 923.6893 0.4844 935.0444 0.2636 938.8198 0.5017 946.5746 0.4912 949.8078 0.4798 961.7129 0.4648 963.8561 0.4182 969.8318 0.4954 978.1848 0.5215 982.6346 0.4850 988.8547 0.4956 994.2060 0.5083 1001.9440 0.5472 1009.1555 0.5443 1012.0723 0.4428 1014.1672 0.5172 1018.5178 0.4526 1022.0426 0.3721 1030.6588 0.3730 1032.3735 0.3354 1040.7343 0.4990 1047.5662 0.4254 1052.0589 0.4718 1054.5776 0.1771 1057.9822 0.2933 1060.5980 0.3285 1066.4187 0.4721 1072.8674 0.3636 1075.0632 0.4501 1081.0786 0.4402 1083.8563 0.4994 1087.4946 0.5354 1088.0366 0.4221 1095.5962 0.3682 1099.8927 0.3887 1105.2398 0.4713 1107.3714 0.4250 1110.5612 0.4223 1118.4957 0.4781 1125.3271 0.4877 1130.5539 0.4028 1132.6379 0.4624 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 2603162343543426985 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom making animated gifs 11 models are in 2603162343543426985.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2603162343543426985.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2603162343543426985.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 2603162343543426985 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom making animated gifs 11 models are in 2603162343543426985.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2603162343543426985.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2603162343543426985.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2603162343543426985 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom making animated gifs 11 models are in 2603162343543426985.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2603162343543426985.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2603162343543426985.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2603162343543426985 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom making animated gifs 11 models are in 2603162343543426985.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2603162343543426985.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2603162343543426985.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2603162343543426985 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2603162343543426985.eigenfacs 2603162343543426985.atom making animated gifs 11 models are in 2603162343543426985.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2603162343543426985.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2603162343543426985.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2603162343543426985.10.pdb 2603162343543426985.11.pdb 2603162343543426985.7.pdb 2603162343543426985.8.pdb 2603162343543426985.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m6.653s user 0m6.578s sys 0m0.072s rm: cannot remove '2603162343543426985.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format




If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: december 26th, 2025.