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please let us know.
elNémo has been hacked on november 27th.
It has been moved away and runs again.
Still some additional cleaning from time to time
Sorry for the inconvenience.

* MEMBRANE PROTEIN 26-MAR-24 8YU7 *

LOGs for ID: 2603180302243688251

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2603180302243688251.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2603180302243688251.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2603180302243688251.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =    280
            First residue number     =     26
            Last  residue number     =    305
            Number of atoms found    =   2273
            Mean number per residue  =      8.1

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =   148.513872 +/-     9.625532 From:   126.977000 To:   166.638000
 =   158.512435 +/-     8.547270 From:   135.901000 To:   180.283000
 =   130.676661 +/-    16.382795 From:    96.954000 To:   163.522000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   3.5392 % Filled.
 Pdbmat>       822973  non-zero elements.
 Pdbmat>        89940 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     79.14 +/-     21.47
         Maximum number =    134
         Minimum number =     15

 Pdbmat> Matrix trace   = 1.798800E+06
 Pdbmat> Larger element =  535.953    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
280 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2603180302243688251.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          2
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2603180302243688251.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2603180302243688251.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>  2273 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     2 residue(s) per block.
 Blocpdb>   280 residues.
 Blocpdb>    16 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    17 atoms in block      2
 Block first atom:     17
 Blocpdb>    20 atoms in block      3
 Block first atom:     34
 Blocpdb>    17 atoms in block      4
 Block first atom:     54
 Blocpdb>    13 atoms in block      5
 Block first atom:     71
 Blocpdb>    19 atoms in block      6
 Block first atom:     84
 Blocpdb>    17 atoms in block      7
 Block first atom:    103
 Blocpdb>    19 atoms in block      8
 Block first atom:    120
 Blocpdb>    14 atoms in block      9
 Block first atom:    139
 Blocpdb>    20 atoms in block     10
 Block first atom:    153
 Blocpdb>    14 atoms in block     11
 Block first atom:    173
 Blocpdb>    19 atoms in block     12
 Block first atom:    187
 Blocpdb>    15 atoms in block     13
 Block first atom:    206
 Blocpdb>    12 atoms in block     14
 Block first atom:    221
 Blocpdb>    11 atoms in block     15
 Block first atom:    233
 Blocpdb>    12 atoms in block     16
 Block first atom:    244
 Blocpdb>    15 atoms in block     17
 Block first atom:    256
 Blocpdb>    16 atoms in block     18
 Block first atom:    271
 Blocpdb>    15 atoms in block     19
 Block first atom:    287
 Blocpdb>    16 atoms in block     20
 Block first atom:    302
 Blocpdb>    18 atoms in block     21
 Block first atom:    318
 Blocpdb>    17 atoms in block     22
 Block first atom:    336
 Blocpdb>    17 atoms in block     23
 Block first atom:    353
 Blocpdb>    15 atoms in block     24
 Block first atom:    370
 Blocpdb>    17 atoms in block     25
 Block first atom:    385
 Blocpdb>    23 atoms in block     26
 Block first atom:    402
 Blocpdb>    18 atoms in block     27
 Block first atom:    425
 Blocpdb>    14 atoms in block     28
 Block first atom:    443
 Blocpdb>    12 atoms in block     29
 Block first atom:    457
 Blocpdb>    16 atoms in block     30
 Block first atom:    469
 Blocpdb>    19 atoms in block     31
 Block first atom:    485
 Blocpdb>    15 atoms in block     32
 Block first atom:    504
 Blocpdb>    15 atoms in block     33
 Block first atom:    519
 Blocpdb>    18 atoms in block     34
 Block first atom:    534
 Blocpdb>    19 atoms in block     35
 Block first atom:    552
 Blocpdb>    15 atoms in block     36
 Block first atom:    571
 Blocpdb>    12 atoms in block     37
 Block first atom:    586
 Blocpdb>    13 atoms in block     38
 Block first atom:    598
 Blocpdb>    26 atoms in block     39
 Block first atom:    611
 Blocpdb>    15 atoms in block     40
 Block first atom:    637
 Blocpdb>    19 atoms in block     41
 Block first atom:    652
 Blocpdb>    14 atoms in block     42
 Block first atom:    671
 Blocpdb>    14 atoms in block     43
 Block first atom:    685
 Blocpdb>    17 atoms in block     44
 Block first atom:    699
 Blocpdb>    15 atoms in block     45
 Block first atom:    716
 Blocpdb>    19 atoms in block     46
 Block first atom:    731
 Blocpdb>    15 atoms in block     47
 Block first atom:    750
 Blocpdb>    20 atoms in block     48
 Block first atom:    765
 Blocpdb>    12 atoms in block     49
 Block first atom:    785
 Blocpdb>    15 atoms in block     50
 Block first atom:    797
 Blocpdb>    16 atoms in block     51
 Block first atom:    812
 Blocpdb>    16 atoms in block     52
 Block first atom:    828
 Blocpdb>    14 atoms in block     53
 Block first atom:    844
 Blocpdb>    16 atoms in block     54
 Block first atom:    858
 Blocpdb>    23 atoms in block     55
 Block first atom:    874
 Blocpdb>    13 atoms in block     56
 Block first atom:    897
 Blocpdb>    15 atoms in block     57
 Block first atom:    910
 Blocpdb>    15 atoms in block     58
 Block first atom:    925
 Blocpdb>    15 atoms in block     59
 Block first atom:    940
 Blocpdb>    15 atoms in block     60
 Block first atom:    955
 Blocpdb>    18 atoms in block     61
 Block first atom:    970
 Blocpdb>    20 atoms in block     62
 Block first atom:    988
 Blocpdb>    16 atoms in block     63
 Block first atom:   1008
 Blocpdb>    14 atoms in block     64
 Block first atom:   1024
 Blocpdb>    16 atoms in block     65
 Block first atom:   1038
 Blocpdb>    19 atoms in block     66
 Block first atom:   1054
 Blocpdb>    11 atoms in block     67
 Block first atom:   1073
 Blocpdb>    21 atoms in block     68
 Block first atom:   1084
 Blocpdb>    15 atoms in block     69
 Block first atom:   1105
 Blocpdb>    13 atoms in block     70
 Block first atom:   1120
 Blocpdb>    16 atoms in block     71
 Block first atom:   1133
 Blocpdb>    15 atoms in block     72
 Block first atom:   1149
 Blocpdb>    15 atoms in block     73
 Block first atom:   1164
 Blocpdb>    19 atoms in block     74
 Block first atom:   1179
 Blocpdb>    16 atoms in block     75
 Block first atom:   1198
 Blocpdb>    15 atoms in block     76
 Block first atom:   1214
 Blocpdb>    15 atoms in block     77
 Block first atom:   1229
 Blocpdb>    13 atoms in block     78
 Block first atom:   1244
 Blocpdb>    19 atoms in block     79
 Block first atom:   1257
 Blocpdb>    20 atoms in block     80
 Block first atom:   1276
 Blocpdb>    14 atoms in block     81
 Block first atom:   1296
 Blocpdb>    22 atoms in block     82
 Block first atom:   1310
 Blocpdb>    19 atoms in block     83
 Block first atom:   1332
 Blocpdb>    16 atoms in block     84
 Block first atom:   1351
 Blocpdb>    22 atoms in block     85
 Block first atom:   1367
 Blocpdb>    14 atoms in block     86
 Block first atom:   1389
 Blocpdb>    18 atoms in block     87
 Block first atom:   1403
 Blocpdb>    20 atoms in block     88
 Block first atom:   1421
 Blocpdb>    19 atoms in block     89
 Block first atom:   1441
 Blocpdb>    16 atoms in block     90
 Block first atom:   1460
 Blocpdb>    11 atoms in block     91
 Block first atom:   1476
 Blocpdb>    16 atoms in block     92
 Block first atom:   1487
 Blocpdb>    15 atoms in block     93
 Block first atom:   1503
 Blocpdb>    12 atoms in block     94
 Block first atom:   1518
 Blocpdb>    15 atoms in block     95
 Block first atom:   1530
 Blocpdb>    14 atoms in block     96
 Block first atom:   1545
 Blocpdb>    18 atoms in block     97
 Block first atom:   1559
 Blocpdb>    14 atoms in block     98
 Block first atom:   1577
 Blocpdb>    16 atoms in block     99
 Block first atom:   1591
 Blocpdb>    15 atoms in block    100
 Block first atom:   1607
 Blocpdb>    14 atoms in block    101
 Block first atom:   1622
 Blocpdb>    16 atoms in block    102
 Block first atom:   1636
 Blocpdb>    13 atoms in block    103
 Block first atom:   1652
 Blocpdb>    19 atoms in block    104
 Block first atom:   1665
 Blocpdb>    20 atoms in block    105
 Block first atom:   1684
 Blocpdb>    14 atoms in block    106
 Block first atom:   1704
 Blocpdb>    17 atoms in block    107
 Block first atom:   1718
 Blocpdb>    14 atoms in block    108
 Block first atom:   1735
 Blocpdb>    15 atoms in block    109
 Block first atom:   1749
 Blocpdb>    16 atoms in block    110
 Block first atom:   1764
 Blocpdb>    13 atoms in block    111
 Block first atom:   1780
 Blocpdb>    22 atoms in block    112
 Block first atom:   1793
 Blocpdb>    11 atoms in block    113
 Block first atom:   1815
 Blocpdb>    22 atoms in block    114
 Block first atom:   1826
 Blocpdb>    19 atoms in block    115
 Block first atom:   1848
 Blocpdb>    20 atoms in block    116
 Block first atom:   1867
 Blocpdb>    12 atoms in block    117
 Block first atom:   1887
 Blocpdb>    14 atoms in block    118
 Block first atom:   1899
 Blocpdb>    14 atoms in block    119
 Block first atom:   1913
 Blocpdb>    19 atoms in block    120
 Block first atom:   1927
 Blocpdb>    16 atoms in block    121
 Block first atom:   1946
 Blocpdb>    17 atoms in block    122
 Block first atom:   1962
 Blocpdb>    17 atoms in block    123
 Block first atom:   1979
 Blocpdb>    13 atoms in block    124
 Block first atom:   1996
 Blocpdb>    15 atoms in block    125
 Block first atom:   2009
 Blocpdb>    20 atoms in block    126
 Block first atom:   2024
 Blocpdb>    15 atoms in block    127
 Block first atom:   2044
 Blocpdb>    17 atoms in block    128
 Block first atom:   2059
 Blocpdb>    23 atoms in block    129
 Block first atom:   2076
 Blocpdb>    14 atoms in block    130
 Block first atom:   2099
 Blocpdb>    15 atoms in block    131
 Block first atom:   2113
 Blocpdb>    14 atoms in block    132
 Block first atom:   2128
 Blocpdb>    13 atoms in block    133
 Block first atom:   2142
 Blocpdb>    22 atoms in block    134
 Block first atom:   2155
 Blocpdb>    16 atoms in block    135
 Block first atom:   2177
 Blocpdb>    14 atoms in block    136
 Block first atom:   2193
 Blocpdb>    15 atoms in block    137
 Block first atom:   2207
 Blocpdb>    16 atoms in block    138
 Block first atom:   2222
 Blocpdb>    17 atoms in block    139
 Block first atom:   2238
 Blocpdb>    19 atoms in block    140
 Block first atom:   2254

 Blocpdb>   140 blocks.

 Blocpdb> At most,     26 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,    11 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       823113 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       6819

 Prepmat> Matrix trace    =    1798800.0000
 Prepmat> Last element read:    6819   6819       158.5095
 Prepmat>         9871 lines saved.
 Prepmat>         8526 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:  2273
 RTB> Total mass =        2273.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:  2273
 RTB> Number of blocks =   140
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =  182687.1417
 RTB>     46284 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      840
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    46284
 Diagstd> Projected matrix trace =  182687.1417

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    840 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues = 182687.1417
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      1.2370699      1.6926202      1.7947862      2.2333263
      2.8735727      3.3309783      4.5987626      4.9666082      5.5088193
      5.6957581      6.5600382      6.6271224      7.3883362      7.9899917
      8.5241078      8.9145237      9.2970743      9.5479451     10.3523341
     10.4368136     11.0329689     11.8843056     12.1622098     12.9264432
     13.9077438     14.5312485     15.1428633     15.9553439     16.0546779
     16.6964021     18.0894061     18.5862600     18.6916395     19.0727559
     20.5006209     21.1669812     21.4781212     22.0589101     22.8050166
     23.0905217     23.6260846     25.3819382     25.8951899     26.2852499
     27.0851198     28.1170126     28.8617242     29.9598126     30.6933844
     31.2567833     31.3749619     32.2317176     32.8574688     33.5667337
     33.9146392     34.6256335     34.7590436     35.1002631     35.5557568
     36.2727476     36.9520331     37.9856686     38.5533810     39.0060069
     39.9674977     40.1268497     41.6499710     42.4396627     43.2911518
     44.3926990     44.9305043     45.3235422     46.3762251     47.0609408
     47.6051749     48.0244799     49.4146171     49.5217217     49.7451364
     50.7885042     50.9097518     52.5876081     52.8866564     53.4846739
     54.1592269     54.2264210     54.5904562     55.7134723     56.4832091
     56.9607093     57.4606617     57.9218885     58.8718715     59.6782551
     60.3457585     60.8439429     61.4025148     61.6753029     63.0673646
     63.8660808

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034327      0.0034328      0.0034334      0.0034342      0.0034348
      0.0034348    120.7792715    141.2781620    145.4794457    162.2823825
    184.0799018    198.1897471    232.8711961    242.0054975    254.8734179
    259.1618358    278.1304029    279.5488929    295.1675472    306.9505705
    317.0441523    324.2233981    331.1070529    335.5445871    349.3931776
    350.8158795    360.6961260    374.3537475    378.7054249    390.4224671
    404.9707166    413.9489111    422.5706031    433.7588661    435.1070088
    443.7176738    461.8568978    468.1567448    469.4820355    474.2441750
    491.6757488    499.6026605    503.2611724    510.0201154    518.5736869
    521.8097065    527.8264600    547.0886082    552.5923013    556.7386026
    565.1460033    575.8108819    583.3865552    594.3808744    601.6136338
    607.1100488    608.2566755    616.5055703    622.4612674    629.1436559
    632.3956601    638.9901215    640.2199293    643.3546822    647.5156118
    654.0116846    660.1071689    669.2758705    674.2586328    678.2050616
    686.5129901    687.8802068    700.8137785    707.4263657    714.4878549
    723.5208575    727.8902918    731.0670371    739.5081726    744.9473551
    749.2424285    752.5348469    763.3487476    764.1755673    765.8973962
    773.8877844    774.8109863    787.4753882    789.7112695    794.1635611
    799.1558969    799.6514902    802.3311288    810.5417573    816.1217684
    819.5641908    823.1530498    826.4501006    833.1998845    838.8867569
    843.5652002    847.0400696    850.9192713    852.8073325    862.3779074
    867.8215155

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =   2273
 Rtb_to_modes> Number of blocs =    140

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9925E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9931E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9967E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0005E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0005E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.237    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.693    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.795    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.233    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.874    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.331    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.599    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.967    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.509    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.696    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.560    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.627    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.388    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.990    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.524    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    22
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.915    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    23
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.297    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    24
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.548    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    25
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.44    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    27
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.03    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    28
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.88    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.16    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.93    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.53    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.59    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.69    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.50    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.17    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.06    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    45
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.81    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    46
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    48
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.90    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.29    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.12    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.86    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.69    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.26    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.37    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.86    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.57    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   34.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   34.76    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.99    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.55    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.44    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.29    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.93    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.06    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.61    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.02    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.41    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.52    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.75    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.79    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.59    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.89    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.16    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.59    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.46    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.92    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.87    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.84    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.87    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    840 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 1.00002 1.00000 1.00000 0.99998 0.99997
 0.99999 1.00006 1.00001 1.00001 0.99999
 1.00005 0.99999 0.99999 1.00002 1.00002
 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998
 0.99999 0.99999 1.00004 1.00002 1.00000
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 0.99998 1.00001 0.99999 1.00003 1.00000
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 0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001
 1.00000 1.00001 1.00000 1.00004 1.00001
 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999
 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000
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 1.00001 0.99998 1.00003 1.00000 0.99998
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 1.00001 0.99998 1.00002 1.00000 0.99999
 1.00000

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    40914 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 1.00002 1.00000 1.00000 0.99998 0.99997
 0.99999 1.00006 1.00001 1.00001 0.99999
 1.00005 0.99999 0.99999 1.00002 1.00002
 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998
 0.99999 0.99999 1.00004 1.00002 1.00000
 0.99998 1.00000 1.00003 1.00000 1.00000
 0.99998 1.00001 0.99999 1.00003 1.00000
 0.99999 0.99996 1.00000 0.99999 0.99997
 0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001
 1.00000 1.00001 1.00000 1.00004 1.00001
 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999
 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000
 1.00001 0.99997 1.00001 0.99999 1.00001
 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001
 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000
 1.00001 0.99998 1.00003 1.00000 0.99998
 1.00001 1.00001 1.00001 1.00002 1.00002
 0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 1.00000
 1.00001 0.99998 0.99998 0.99995 1.00000
 1.00001 0.99998 1.00002 1.00000 0.99999
 1.00000

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2:-0.000
 Vector   3: 0.000-0.000
 Vector   4: 0.000 0.000 0.000
 Vector   5:-0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector   6:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   7: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   8: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
 Vector   9:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector  10: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2603180302243688251.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2603180302243688251.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2603180302243688251.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2603180302243688251.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =    280
            First residue number     =     26
            Last  residue number     =    305
            Number of atoms found    =   2273
            Mean number per residue  =      8.1

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9925E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9931E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9967E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0005E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0005E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.237    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.693    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.795    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.233    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.874    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.331    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.599    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.967    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.509    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.696    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.560    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.627    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.388    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.990    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.524    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.915    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.297    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.548    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.44    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.03    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.88    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.16    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.53    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.59    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.99    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.44    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.61    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.52    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.59    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.16    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.59    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.46    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.87    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.84    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.87    

 Bfactors>  106 vectors,   6819 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     1.237000
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=      0.667 for    280 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.047 +/-   0.07
 Bfactors> =     13.198 +/-  15.40
 Bfactors> Shiftng-fct=     13.151
 Bfactors> Scaling-fct=    211.237

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2603180302243688251.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2603180302243688251.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4325E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4326E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4332E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4340E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4347E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4347E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   120.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   141.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   145.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   162.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   184.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   198.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   232.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   242.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   608.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   616.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   622.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   629.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   632.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   639.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   640.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   643.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   647.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   654.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   660.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   669.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   674.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   678.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   686.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   687.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   700.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   707.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   714.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   723.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   727.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   731.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   739.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   744.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   749.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   752.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   763.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   764.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   765.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   773.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   774.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   787.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   789.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   794.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   799.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   799.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   802.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   810.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   816.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   819.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   823.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   826.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   833.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   838.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   843.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   847.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   850.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   852.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   862.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   867.8    

 Chkmod>  106 vectors,   6819 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:   2273 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector     7 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    99 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.8956
      0.0034      0.8378
      0.0034      0.9700
      0.0034      0.8216
      0.0034      0.7717
      0.0034      0.7402
    120.7707      0.0909
    141.2879      0.5797
    145.4819      0.2086
    162.2636      0.3407
    184.0857      0.2449
    198.1819      0.3535
    232.8672      0.3283
    242.0047      0.4280
    254.8667      0.2536
    259.1562      0.2205
    278.1177      0.3982
    279.5343      0.3659
    295.1482      0.4751
    306.9376      0.4435
    317.0285      0.4735
    324.2181      0.3887
    331.0915      0.4550
    335.5311      0.5567
    349.3388      0.2839
    350.8544      0.3144
    360.6321      0.4649
    374.2699      0.3693
    378.6548      0.1079
    390.4594      0.5465
    404.9862      0.1821
    413.9134      0.3499
    422.5125      0.2919
    433.8035      0.3512
    435.0249      0.5614
    443.7464      0.3609
    461.8447      0.2963
    468.1837      0.5935
    469.4413      0.3576
    474.1896      0.5239
    491.6472      0.3740
    499.6168      0.3309
    503.2616      0.5762
    510.0108      0.4433
    518.6081      0.5284
    521.7814      0.5407
    527.8475      0.5788
    547.0442      0.5866
    552.6199      0.6013
    556.7650      0.4505
    565.1727      0.4460
    575.8168      0.4968
    583.3441      0.5384
    594.3572      0.3780
    601.5546      0.5216
    607.1152      0.4514
    608.1825      0.4803
    616.4627      0.3851
    622.4585      0.4638
    629.1473      0.5376
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    639.0030      0.5330
    640.2013      0.4964
    643.3247      0.5362
    647.5264      0.3499
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    727.8550      0.5175
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    739.5065      0.3309
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    752.4674      0.2786
    763.2803      0.5013
    764.1295      0.6062
    765.9020      0.3453
    773.8660      0.5888
    774.7796      0.4618
    787.4595      0.3539
    789.7023      0.4692
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    799.6436      0.5239
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    816.0636      0.4445
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    850.8653      0.2915
    852.8032      0.4190
    862.3589      0.4556
    867.8109      0.5343
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2603180302243688251 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2603180302243688251.eigenfacs
2603180302243688251.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2603180302243688251.eigenfacs
2603180302243688251.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2603180302243688251.eigenfacs
2603180302243688251.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2603180302243688251.eigenfacs
2603180302243688251.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2603180302243688251.eigenfacs
2603180302243688251.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2603180302243688251.eigenfacs
2603180302243688251.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2603180302243688251.eigenfacs
2603180302243688251.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2603180302243688251.eigenfacs
2603180302243688251.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2603180302243688251.eigenfacs
2603180302243688251.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2603180302243688251.eigenfacs
2603180302243688251.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2603180302243688251.eigenfacs
2603180302243688251.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 5 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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making thumbnail 100x100
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getting mode 8
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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11 models are in 2603180302243688251.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603180302243688251.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603180302243688251.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2603180302243688251 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603180302243688251.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2603180302243688251.10.pdb
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2603180302243688251.8.pdb
2603180302243688251.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m9.417s
user	0m9.335s
sys	0m0.079s
rm: cannot remove '2603180302243688251.sdijf': No such file or directory
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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*** MEMBRANE PROTEIN 26-MAR-24 8YU7 ***

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Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.
elNémo has been hacked on november 27th.
It has been moved away and runs again.
Still some additional cleaning from time to time
Sorry for the inconvenience.

* MEMBRANE PROTEIN 26-MAR-24 8YU7 *
