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* TRANSFERASE 09-OCT-07 2JWA *

LOGs for ID: 260323090812970209

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 260323090812970209.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 260323090812970209.atom to be opened.

 Openam> File opened: 260323090812970209.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =     88
            First residue number     =     41
            Last  residue number     =    184
            Number of atoms found    =    662
            Mean number per residue  =      7.5

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =     0.008285 +/-     6.245632 From:   -20.753000 To:    17.848000
 =    -0.115261 +/-     6.814878 From:   -18.530000 To:    18.458000
 =     2.497310 +/-    17.337034 From:   -27.988000 To:    33.278000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   8.4384 % Filled.
 Pdbmat>       166497  non-zero elements.
 Pdbmat>        18060 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     54.56 +/-     19.31
         Maximum number =    102
         Minimum number =     12

 Pdbmat> Matrix trace   =  361200.    
 Pdbmat> Larger element =  428.895    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
88 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 260323090812970209.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 260323090812970209.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 260323090812970209.atom                                                                                                         

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>   662 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>    88 residues.
 Blocpdb>     4 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>     6 atoms in block      2
 Block first atom:      5
 Blocpdb>     7 atoms in block      3
 Block first atom:     11
 Blocpdb>     5 atoms in block      4
 Block first atom:     18
 Blocpdb>     9 atoms in block      5
 Block first atom:     23
 Blocpdb>     9 atoms in block      6
 Block first atom:     32
 Blocpdb>    11 atoms in block      7
 Block first atom:     41
 Blocpdb>     5 atoms in block      8
 Block first atom:     52
 Blocpdb>     6 atoms in block      9
 Block first atom:     57
 Blocpdb>     7 atoms in block     10
 Block first atom:     63
 Blocpdb>     8 atoms in block     11
 Block first atom:     70
 Blocpdb>     7 atoms in block     12
 Block first atom:     78
 Blocpdb>     6 atoms in block     13
 Block first atom:     85
 Blocpdb>     8 atoms in block     14
 Block first atom:     91
 Blocpdb>     8 atoms in block     15
 Block first atom:     99
 Blocpdb>     6 atoms in block     16
 Block first atom:    107
 Blocpdb>     5 atoms in block     17
 Block first atom:    113
 Blocpdb>     7 atoms in block     18
 Block first atom:    118
 Blocpdb>     7 atoms in block     19
 Block first atom:    125
 Blocpdb>     4 atoms in block     20
 Block first atom:    132
 Blocpdb>     8 atoms in block     21
 Block first atom:    136
 Blocpdb>     8 atoms in block     22
 Block first atom:    144
 Blocpdb>     8 atoms in block     23
 Block first atom:    152
 Blocpdb>     7 atoms in block     24
 Block first atom:    160
 Blocpdb>     7 atoms in block     25
 Block first atom:    167
 Blocpdb>     7 atoms in block     26
 Block first atom:    174
 Blocpdb>     8 atoms in block     27
 Block first atom:    181
 Blocpdb>     4 atoms in block     28
 Block first atom:    189
 Blocpdb>     7 atoms in block     29
 Block first atom:    193
 Blocpdb>     7 atoms in block     30
 Block first atom:    200
 Blocpdb>    11 atoms in block     31
 Block first atom:    207
 Blocpdb>     4 atoms in block     32
 Block first atom:    218
 Blocpdb>     8 atoms in block     33
 Block first atom:    222
 Blocpdb>     8 atoms in block     34
 Block first atom:    230
 Blocpdb>     8 atoms in block     35
 Block first atom:    238
 Blocpdb>     9 atoms in block     36
 Block first atom:    246
 Blocpdb>    11 atoms in block     37
 Block first atom:    255
 Blocpdb>    11 atoms in block     38
 Block first atom:    266
 Blocpdb>     9 atoms in block     39
 Block first atom:    277
 Blocpdb>     9 atoms in block     40
 Block first atom:    286
 Blocpdb>     9 atoms in block     41
 Block first atom:    295
 Blocpdb>     8 atoms in block     42
 Block first atom:    304
 Blocpdb>    11 atoms in block     43
 Block first atom:    312
 Blocpdb>     9 atoms in block     44
 Block first atom:    323
 Blocpdb>     4 atoms in block     45
 Block first atom:    332
 Blocpdb>     6 atoms in block     46
 Block first atom:    336
 Blocpdb>     7 atoms in block     47
 Block first atom:    342
 Blocpdb>     5 atoms in block     48
 Block first atom:    349
 Blocpdb>     9 atoms in block     49
 Block first atom:    354
 Blocpdb>     9 atoms in block     50
 Block first atom:    363
 Blocpdb>    11 atoms in block     51
 Block first atom:    372
 Blocpdb>     5 atoms in block     52
 Block first atom:    383
 Blocpdb>     6 atoms in block     53
 Block first atom:    388
 Blocpdb>     7 atoms in block     54
 Block first atom:    394
 Blocpdb>     8 atoms in block     55
 Block first atom:    401
 Blocpdb>     7 atoms in block     56
 Block first atom:    409
 Blocpdb>     6 atoms in block     57
 Block first atom:    416
 Blocpdb>     8 atoms in block     58
 Block first atom:    422
 Blocpdb>     8 atoms in block     59
 Block first atom:    430
 Blocpdb>     6 atoms in block     60
 Block first atom:    438
 Blocpdb>     5 atoms in block     61
 Block first atom:    444
 Blocpdb>     7 atoms in block     62
 Block first atom:    449
 Blocpdb>     7 atoms in block     63
 Block first atom:    456
 Blocpdb>     4 atoms in block     64
 Block first atom:    463
 Blocpdb>     8 atoms in block     65
 Block first atom:    467
 Blocpdb>     8 atoms in block     66
 Block first atom:    475
 Blocpdb>     8 atoms in block     67
 Block first atom:    483
 Blocpdb>     7 atoms in block     68
 Block first atom:    491
 Blocpdb>     7 atoms in block     69
 Block first atom:    498
 Blocpdb>     7 atoms in block     70
 Block first atom:    505
 Blocpdb>     8 atoms in block     71
 Block first atom:    512
 Blocpdb>     4 atoms in block     72
 Block first atom:    520
 Blocpdb>     7 atoms in block     73
 Block first atom:    524
 Blocpdb>     7 atoms in block     74
 Block first atom:    531
 Blocpdb>    11 atoms in block     75
 Block first atom:    538
 Blocpdb>     4 atoms in block     76
 Block first atom:    549
 Blocpdb>     8 atoms in block     77
 Block first atom:    553
 Blocpdb>     8 atoms in block     78
 Block first atom:    561
 Blocpdb>     8 atoms in block     79
 Block first atom:    569
 Blocpdb>     9 atoms in block     80
 Block first atom:    577
 Blocpdb>    11 atoms in block     81
 Block first atom:    586
 Blocpdb>    11 atoms in block     82
 Block first atom:    597
 Blocpdb>     9 atoms in block     83
 Block first atom:    608
 Blocpdb>     9 atoms in block     84
 Block first atom:    617
 Blocpdb>     9 atoms in block     85
 Block first atom:    626
 Blocpdb>     8 atoms in block     86
 Block first atom:    635
 Blocpdb>    11 atoms in block     87
 Block first atom:    643
 Blocpdb>     9 atoms in block     88
 Block first atom:    653

 Blocpdb>    88 blocks.

 Blocpdb> At most,     11 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,     4 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       166585 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       1986

 Prepmat> Matrix trace    =     361200.0000
 Prepmat> Last element read:    1986   1986        92.5736
 Prepmat>         3917 lines saved.
 Prepmat>         3186 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:   662
 RTB> Total mass =         662.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:   662
 RTB> Number of blocks =    88
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =   83087.8304
 RTB>     24960 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      528
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    24960
 Diagstd> Projected matrix trace =   83087.8304

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    528 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues =  83087.8304
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.1137023      0.1636727      0.2625738      0.2846413
      0.3318109      0.3967280      0.4149410      0.4447043      0.6746218
      0.8582842      1.1737094      1.2086483      1.6840425      1.8899060
      2.1690611      2.2569046      2.3919219      2.8359037      3.2662276
      3.4261969      3.5965112      4.6762271      5.6760740      5.8044589
      6.7309009      7.1915244      7.7840991      7.9525209      8.1511866
      8.3417099      8.4327372      9.3300735     10.2533743     10.7655911
     11.3652421     12.0554972     12.5361167     12.7773935     13.1809416
     14.8254226     15.1928298     16.0885028     16.2285671     17.8360666
     18.0902087     18.9461739     19.7536439     19.9230186     22.5190456
     23.3885080     23.7595744     23.8855415     24.2355836     25.6755656
     26.6628569     26.7505221     27.2124702     28.1783472     28.2377865
     28.5797016     29.0898117     29.8765473     30.1150835     31.3207648
     32.3105228     32.5103449     33.2309034     33.7560764     34.4972576
     35.0224903     36.0983622     36.7214587     37.0212537     38.6759464
     39.1668669     39.3767266     41.8364254     42.2315256     42.5038726
     43.2848931     43.9480678     44.5796456     44.7001956     45.5416207
     46.0792489     46.4406628     48.0004077     48.8429352     49.4408861
     50.5047728     50.7676171     51.2734904     51.9841992     52.5415079
     53.4243464     53.7879756     54.8119689     56.3298310     56.3765105
     57.1536150

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034328      0.0034330      0.0034338      0.0034339      0.0034343
      0.0034344     36.6167518     43.9322484     55.6443413     57.9354346
     62.5519189     68.3977315     69.9501186     72.4154051     89.1919117
    100.6029766    117.6455677    119.3837621    140.9197318    149.2847293
    159.9304560    163.1367772    167.9456563    182.8693915    196.2539920
    201.0024894    205.9377609    234.8243213    258.7136273    261.6231382
    281.7292099    291.2096481    302.9698825    306.2299695    310.0314113
    313.6337731    315.3403630    331.6941513    347.7192107    356.2986855
    366.0872689    377.0403612    384.4826915    388.1650366    394.2470913
    418.1179589    423.2672018    435.5651207    437.4569972    458.6113757
    461.8671438    472.6678244    482.6350864    484.6998114    515.3120170
    525.1659254    529.3154961    530.7167881    534.5914661    550.2439670
    560.7233238    561.6443720    566.4730639    576.4385781    577.0462266
    580.5292751    585.6872032    593.5543381    595.9191145    607.7310971
    617.2587754    619.1645294    625.9884994    630.9155931    637.8044811
    642.6415358    652.4376719    658.0444684    660.7251542    675.3295531
    679.6020753    681.4203286    702.3806936    705.6895161    707.9613206
    714.4362047    719.8883960    725.0427026    726.0223528    732.8237255
    737.1366015    740.0217510    752.3462202    758.9202792    763.5516204
    771.7230842    773.7286348    777.5739838    782.9444673    787.1301480
    793.7155506    796.4121555    803.9572975    815.0129409    815.3505640
    820.9508042

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =    662
 Rtb_to_modes> Number of blocs =     88

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9930E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9945E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9991E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9995E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0002E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0002E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.1137    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.1637    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.2626    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.2846    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.3318    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.3967    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.4149    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.4447    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.6746    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.8583    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.174    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.209    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.684    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.890    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.169    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    22
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.257    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    23
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.392    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    24
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.836    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    25
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.266    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.426    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    27
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.597    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    28
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.676    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.676    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.804    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.731    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.192    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.784    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.953    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.151    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.342    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.433    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.330    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.25    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.77    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.37    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.06    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.54    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.78    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    45
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    46
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.83    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.19    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    48
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   17.84    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.75    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.92    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.52    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.76    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.89    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   24.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.66    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.75    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.21    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.58    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.88    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.12    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.31    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.76    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   34.50    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.02    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.72    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.02    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.17    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.84    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.50    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.28    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.58    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.54    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.08    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.44    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.84    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.44    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.50    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.77    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.98    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.54    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.42    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.79    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.81    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.33    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.15    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    528 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 0.99998 1.00001 1.00000 0.99997 1.00000
 0.99999 1.00004 0.99999 1.00001 0.99996
 0.99995 1.00002 0.99999 0.99999 1.00002
 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
 1.00002 1.00000 1.00002 1.00003 1.00000
 1.00000 0.99995 1.00000 1.00001 0.99998
 0.99998 0.99998 0.99997 0.99997 1.00001
 1.00000 1.00003 0.99998 1.00003 1.00000
 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001
 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 0.99999
 1.00001 0.99995 0.99997 1.00000 0.99999
 1.00003 1.00002 1.00001 0.99997 1.00001
 1.00003 1.00000 0.99996 1.00002 1.00006
 0.99998 1.00001 1.00002 0.99996 1.00001
 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 0.99998
 1.00005 1.00000 1.00003 1.00003 1.00000
 1.00000 0.99998 0.99997 1.00001 1.00000
 1.00000 0.99997 0.99999 1.00002 1.00000
 0.99997 0.99998 1.00001 1.00003 0.99999
 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
 0.99999 1.00004 1.00000 0.99996 1.00001
 0.99999

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    11916 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 0.99998 1.00001 1.00000 0.99997 1.00000
 0.99999 1.00004 0.99999 1.00001 0.99996
 0.99995 1.00002 0.99999 0.99999 1.00002
 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
 1.00002 1.00000 1.00002 1.00003 1.00000
 1.00000 0.99995 1.00000 1.00001 0.99998
 0.99998 0.99998 0.99997 0.99997 1.00001
 1.00000 1.00003 0.99998 1.00003 1.00000
 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001
 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 0.99999
 1.00001 0.99995 0.99997 1.00000 0.99999
 1.00003 1.00002 1.00001 0.99997 1.00001
 1.00003 1.00000 0.99996 1.00002 1.00006
 0.99998 1.00001 1.00002 0.99996 1.00001
 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 0.99998
 1.00005 1.00000 1.00003 1.00003 1.00000
 1.00000 0.99998 0.99997 1.00001 1.00000
 1.00000 0.99997 0.99999 1.00002 1.00000
 0.99997 0.99998 1.00001 1.00003 0.99999
 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
 0.99999 1.00004 1.00000 0.99996 1.00001
 0.99999

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2:-0.000
 Vector   3: 0.000 0.000
 Vector   4:-0.000 0.000 0.000
 Vector   5: 0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector   6: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector   7:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   8: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector   9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector  10:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 260323090812970209.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 260323090812970209.eigenfacs                                    
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 260323090812970209.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 260323090812970209.atom                                         
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =     88
            First residue number     =     41
            Last  residue number     =    184
            Number of atoms found    =    662
            Mean number per residue  =      7.5

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9930E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9945E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9991E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9995E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0002E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0002E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.1137    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.1637    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.2626    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.2846    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.3318    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.3967    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.4149    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.4447    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.6746    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.8583    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.174    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.209    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.684    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.890    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.169    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.257    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.392    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.836    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.266    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.426    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.597    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.676    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.676    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.804    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.731    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.192    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.784    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.953    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.151    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.342    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.433    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.330    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.25    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.54    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.78    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.83    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.19    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   17.84    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.52    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.66    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.88    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.31    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.72    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.84    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.28    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.54    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.44    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.84    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.44    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.54    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.42    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.15    

 Bfactors>  106 vectors,   1986 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.113700
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=      0.106 for     88 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.965 +/-   1.96
 Bfactors> =     35.776 +/-  22.52
 Bfactors> Shiftng-fct=     34.811
 Bfactors> Scaling-fct=     11.501

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 260323090812970209.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 260323090812970209.eigenfacs                                    

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4326E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4329E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4337E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4337E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4342E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4342E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   36.61    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   43.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   55.64    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   57.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   62.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   68.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   69.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   72.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   89.19    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   100.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   117.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   119.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   140.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   149.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   159.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   163.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   167.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   182.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   196.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   201.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   205.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   234.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   258.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   261.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   281.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   291.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   303.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   306.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   310.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   313.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   315.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   331.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   347.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   356.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   366.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   377.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   384.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   388.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   394.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   418.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   423.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   435.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   437.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   458.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   461.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   472.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   482.6    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   515.3    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   530.7    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   534.6    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   560.7    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   561.6    

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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   803.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   815.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   815.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   820.9    

 Chkmod>  106 vectors,   1986 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:    662 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector    10 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    11 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    53 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    65 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    76 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    78 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector   102 is:   1.0002 (instead of 1.0000). 

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.8569
      0.0034      0.8132
      0.0034      0.8775
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    310.0146      0.5521
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getting mode 7
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 8
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generate a series of perturbations for mode 8
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
11 models are in 260323090812970209.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260323090812970209.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 260323090812970209 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 260323090812970209 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 5 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m2.717s
user	0m2.679s
sys	0m0.036s
rm: cannot remove '260323090812970209.sdijf': No such file or directory
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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