*** extreme ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2603251312011810462.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2603251312011810462.atom to be opened.
Openam> File opened: 2603251312011810462.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 773
First residue number = 1
Last residue number = 773
Number of atoms found = 12396
Mean number per residue = 16.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.162065 +/- 19.107509 From: -62.532000 To: 43.357000
= 0.078735 +/- 15.052282 From: -40.250000 To: 35.376000
= -0.209359 +/- 16.873699 From: -41.862000 To: 47.219000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.2772 % Filled.
Pdbmat> 8831788 non-zero elements.
Pdbmat> 973262 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 157.03 +/- 44.40
Maximum number = 247
Minimum number = 18
Pdbmat> Matrix trace = 1.946524E+07
Pdbmat> Larger element = 1062.76
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
773 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2603251312011810462.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2603251312011810462.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2603251312011810462.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 12396 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 773 residues.
Blocpdb> 54 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 60 atoms in block 2
Block first atom: 55
Blocpdb> 67 atoms in block 3
Block first atom: 115
Blocpdb> 58 atoms in block 4
Block first atom: 182
Blocpdb> 50 atoms in block 5
Block first atom: 240
Blocpdb> 73 atoms in block 6
Block first atom: 290
Blocpdb> 61 atoms in block 7
Block first atom: 363
Blocpdb> 81 atoms in block 8
Block first atom: 424
Blocpdb> 56 atoms in block 9
Block first atom: 505
Blocpdb> 74 atoms in block 10
Block first atom: 561
Blocpdb> 83 atoms in block 11
Block first atom: 635
Blocpdb> 80 atoms in block 12
Block first atom: 718
Blocpdb> 59 atoms in block 13
Block first atom: 798
Blocpdb> 58 atoms in block 14
Block first atom: 857
Blocpdb> 46 atoms in block 15
Block first atom: 915
Blocpdb> 73 atoms in block 16
Block first atom: 961
Blocpdb> 55 atoms in block 17
Block first atom: 1034
Blocpdb> 61 atoms in block 18
Block first atom: 1089
Blocpdb> 70 atoms in block 19
Block first atom: 1150
Blocpdb> 56 atoms in block 20
Block first atom: 1220
Blocpdb> 64 atoms in block 21
Block first atom: 1276
Blocpdb> 65 atoms in block 22
Block first atom: 1340
Blocpdb> 72 atoms in block 23
Block first atom: 1405
Blocpdb> 49 atoms in block 24
Block first atom: 1477
Blocpdb> 56 atoms in block 25
Block first atom: 1526
Blocpdb> 66 atoms in block 26
Block first atom: 1582
Blocpdb> 50 atoms in block 27
Block first atom: 1648
Blocpdb> 60 atoms in block 28
Block first atom: 1698
Blocpdb> 66 atoms in block 29
Block first atom: 1758
Blocpdb> 64 atoms in block 30
Block first atom: 1824
Blocpdb> 76 atoms in block 31
Block first atom: 1888
Blocpdb> 68 atoms in block 32
Block first atom: 1964
Blocpdb> 70 atoms in block 33
Block first atom: 2032
Blocpdb> 65 atoms in block 34
Block first atom: 2102
Blocpdb> 66 atoms in block 35
Block first atom: 2167
Blocpdb> 57 atoms in block 36
Block first atom: 2233
Blocpdb> 70 atoms in block 37
Block first atom: 2290
Blocpdb> 67 atoms in block 38
Block first atom: 2360
Blocpdb> 74 atoms in block 39
Block first atom: 2427
Blocpdb> 62 atoms in block 40
Block first atom: 2501
Blocpdb> 72 atoms in block 41
Block first atom: 2563
Blocpdb> 69 atoms in block 42
Block first atom: 2635
Blocpdb> 58 atoms in block 43
Block first atom: 2704
Blocpdb> 73 atoms in block 44
Block first atom: 2762
Blocpdb> 62 atoms in block 45
Block first atom: 2835
Blocpdb> 56 atoms in block 46
Block first atom: 2897
Blocpdb> 81 atoms in block 47
Block first atom: 2953
Blocpdb> 65 atoms in block 48
Block first atom: 3034
Blocpdb> 73 atoms in block 49
Block first atom: 3099
Blocpdb> 69 atoms in block 50
Block first atom: 3172
Blocpdb> 65 atoms in block 51
Block first atom: 3241
Blocpdb> 58 atoms in block 52
Block first atom: 3306
Blocpdb> 53 atoms in block 53
Block first atom: 3364
Blocpdb> 64 atoms in block 54
Block first atom: 3417
Blocpdb> 81 atoms in block 55
Block first atom: 3481
Blocpdb> 82 atoms in block 56
Block first atom: 3562
Blocpdb> 69 atoms in block 57
Block first atom: 3644
Blocpdb> 65 atoms in block 58
Block first atom: 3713
Blocpdb> 71 atoms in block 59
Block first atom: 3778
Blocpdb> 70 atoms in block 60
Block first atom: 3849
Blocpdb> 71 atoms in block 61
Block first atom: 3919
Blocpdb> 64 atoms in block 62
Block first atom: 3990
Blocpdb> 58 atoms in block 63
Block first atom: 4054
Blocpdb> 66 atoms in block 64
Block first atom: 4112
Blocpdb> 67 atoms in block 65
Block first atom: 4178
Blocpdb> 73 atoms in block 66
Block first atom: 4245
Blocpdb> 67 atoms in block 67
Block first atom: 4318
Blocpdb> 54 atoms in block 68
Block first atom: 4385
Blocpdb> 50 atoms in block 69
Block first atom: 4439
Blocpdb> 65 atoms in block 70
Block first atom: 4489
Blocpdb> 88 atoms in block 71
Block first atom: 4554
Blocpdb> 77 atoms in block 72
Block first atom: 4642
Blocpdb> 71 atoms in block 73
Block first atom: 4719
Blocpdb> 76 atoms in block 74
Block first atom: 4790
Blocpdb> 51 atoms in block 75
Block first atom: 4866
Blocpdb> 63 atoms in block 76
Block first atom: 4917
Blocpdb> 62 atoms in block 77
Block first atom: 4980
Blocpdb> 76 atoms in block 78
Block first atom: 5042
Blocpdb> 63 atoms in block 79
Block first atom: 5118
Blocpdb> 55 atoms in block 80
Block first atom: 5181
Blocpdb> 55 atoms in block 81
Block first atom: 5236
Blocpdb> 70 atoms in block 82
Block first atom: 5291
Blocpdb> 69 atoms in block 83
Block first atom: 5361
Blocpdb> 68 atoms in block 84
Block first atom: 5430
Blocpdb> 69 atoms in block 85
Block first atom: 5498
Blocpdb> 87 atoms in block 86
Block first atom: 5567
Blocpdb> 80 atoms in block 87
Block first atom: 5654
Blocpdb> 60 atoms in block 88
Block first atom: 5734
Blocpdb> 74 atoms in block 89
Block first atom: 5794
Blocpdb> 71 atoms in block 90
Block first atom: 5868
Blocpdb> 68 atoms in block 91
Block first atom: 5939
Blocpdb> 74 atoms in block 92
Block first atom: 6007
Blocpdb> 54 atoms in block 93
Block first atom: 6081
Blocpdb> 52 atoms in block 94
Block first atom: 6135
Blocpdb> 68 atoms in block 95
Block first atom: 6187
Blocpdb> 53 atoms in block 96
Block first atom: 6255
Blocpdb> 53 atoms in block 97
Block first atom: 6308
Blocpdb> 64 atoms in block 98
Block first atom: 6361
Blocpdb> 76 atoms in block 99
Block first atom: 6425
Blocpdb> 58 atoms in block 100
Block first atom: 6501
Blocpdb> 67 atoms in block 101
Block first atom: 6559
Blocpdb> 69 atoms in block 102
Block first atom: 6626
Blocpdb> 53 atoms in block 103
Block first atom: 6695
Blocpdb> 62 atoms in block 104
Block first atom: 6748
Blocpdb> 69 atoms in block 105
Block first atom: 6810
Blocpdb> 56 atoms in block 106
Block first atom: 6879
Blocpdb> 67 atoms in block 107
Block first atom: 6935
Blocpdb> 52 atoms in block 108
Block first atom: 7002
Blocpdb> 54 atoms in block 109
Block first atom: 7054
Blocpdb> 54 atoms in block 110
Block first atom: 7108
Blocpdb> 71 atoms in block 111
Block first atom: 7162
Blocpdb> 59 atoms in block 112
Block first atom: 7233
Blocpdb> 81 atoms in block 113
Block first atom: 7292
Blocpdb> 65 atoms in block 114
Block first atom: 7373
Blocpdb> 70 atoms in block 115
Block first atom: 7438
Blocpdb> 72 atoms in block 116
Block first atom: 7508
Blocpdb> 53 atoms in block 117
Block first atom: 7580
Blocpdb> 58 atoms in block 118
Block first atom: 7633
Blocpdb> 62 atoms in block 119
Block first atom: 7691
Blocpdb> 55 atoms in block 120
Block first atom: 7753
Blocpdb> 62 atoms in block 121
Block first atom: 7808
Blocpdb> 76 atoms in block 122
Block first atom: 7870
Blocpdb> 59 atoms in block 123
Block first atom: 7946
Blocpdb> 66 atoms in block 124
Block first atom: 8005
Blocpdb> 53 atoms in block 125
Block first atom: 8071
Blocpdb> 47 atoms in block 126
Block first atom: 8124
Blocpdb> 60 atoms in block 127
Block first atom: 8171
Blocpdb> 61 atoms in block 128
Block first atom: 8231
Blocpdb> 63 atoms in block 129
Block first atom: 8292
Blocpdb> 84 atoms in block 130
Block first atom: 8355
Blocpdb> 52 atoms in block 131
Block first atom: 8439
Blocpdb> 58 atoms in block 132
Block first atom: 8491
Blocpdb> 64 atoms in block 133
Block first atom: 8549
Blocpdb> 58 atoms in block 134
Block first atom: 8613
Blocpdb> 62 atoms in block 135
Block first atom: 8671
Blocpdb> 52 atoms in block 136
Block first atom: 8733
Blocpdb> 60 atoms in block 137
Block first atom: 8785
Blocpdb> 70 atoms in block 138
Block first atom: 8845
Blocpdb> 59 atoms in block 139
Block first atom: 8915
Blocpdb> 67 atoms in block 140
Block first atom: 8974
Blocpdb> 71 atoms in block 141
Block first atom: 9041
Blocpdb> 47 atoms in block 142
Block first atom: 9112
Blocpdb> 72 atoms in block 143
Block first atom: 9159
Blocpdb> 65 atoms in block 144
Block first atom: 9231
Blocpdb> 70 atoms in block 145
Block first atom: 9296
Blocpdb> 58 atoms in block 146
Block first atom: 9366
Blocpdb> 64 atoms in block 147
Block first atom: 9424
Blocpdb> 57 atoms in block 148
Block first atom: 9488
Blocpdb> 74 atoms in block 149
Block first atom: 9545
Blocpdb> 66 atoms in block 150
Block first atom: 9619
Blocpdb> 67 atoms in block 151
Block first atom: 9685
Blocpdb> 62 atoms in block 152
Block first atom: 9752
Blocpdb> 54 atoms in block 153
Block first atom: 9814
Blocpdb> 59 atoms in block 154
Block first atom: 9868
Blocpdb> 67 atoms in block 155
Block first atom: 9927
Blocpdb> 53 atoms in block 156
Block first atom: 9994
Blocpdb> 62 atoms in block 157
Block first atom: 10047
Blocpdb> 84 atoms in block 158
Block first atom: 10109
Blocpdb> 71 atoms in block 159
Block first atom: 10193
Blocpdb> 65 atoms in block 160
Block first atom: 10264
Blocpdb> 72 atoms in block 161
Block first atom: 10329
Blocpdb> 70 atoms in block 162
Block first atom: 10401
Blocpdb> 39 atoms in block 163
Block first atom: 10471
Blocpdb> 72 atoms in block 164
Block first atom: 10510
Blocpdb> 69 atoms in block 165
Block first atom: 10582
Blocpdb> 64 atoms in block 166
Block first atom: 10651
Blocpdb> 72 atoms in block 167
Block first atom: 10715
Blocpdb> 56 atoms in block 168
Block first atom: 10787
Blocpdb> 76 atoms in block 169
Block first atom: 10843
Blocpdb> 61 atoms in block 170
Block first atom: 10919
Blocpdb> 81 atoms in block 171
Block first atom: 10980
Blocpdb> 53 atoms in block 172
Block first atom: 11061
Blocpdb> 62 atoms in block 173
Block first atom: 11114
Blocpdb> 67 atoms in block 174
Block first atom: 11176
Blocpdb> 66 atoms in block 175
Block first atom: 11243
Blocpdb> 57 atoms in block 176
Block first atom: 11309
Blocpdb> 59 atoms in block 177
Block first atom: 11366
Blocpdb> 41 atoms in block 178
Block first atom: 11425
Blocpdb> 47 atoms in block 179
Block first atom: 11466
Blocpdb> 52 atoms in block 180
Block first atom: 11513
Blocpdb> 55 atoms in block 181
Block first atom: 11565
Blocpdb> 61 atoms in block 182
Block first atom: 11620
Blocpdb> 67 atoms in block 183
Block first atom: 11681
Blocpdb> 70 atoms in block 184
Block first atom: 11748
Blocpdb> 64 atoms in block 185
Block first atom: 11818
Blocpdb> 51 atoms in block 186
Block first atom: 11882
Blocpdb> 54 atoms in block 187
Block first atom: 11933
Blocpdb> 75 atoms in block 188
Block first atom: 11987
Blocpdb> 73 atoms in block 189
Block first atom: 12062
Blocpdb> 53 atoms in block 190
Block first atom: 12135
Blocpdb> 71 atoms in block 191
Block first atom: 12188
Blocpdb> 57 atoms in block 192
Block first atom: 12259
Blocpdb> 58 atoms in block 193
Block first atom: 12316
Blocpdb> 23 atoms in block 194
Block first atom: 12373
Blocpdb> 194 blocks.
Blocpdb> At most, 88 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 23 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 8831982 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 37188
Prepmat> Matrix trace = 19465240.0000
Prepmat> Last element read: 37188 37188 320.1864
Prepmat> 18916 lines saved.
Prepmat> 16959 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 12396
RTB> Total mass = 12396.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 12396
RTB> Number of blocks = 194
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 450202.5342
RTB> 67506 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1164
Diagstd> Nb of non-zero elements: 67506
Diagstd> Projected matrix trace = 450202.5342
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1164 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 450202.5342
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.2300712 0.4606111 1.0503664 2.4754641
3.2305748 3.6035083 4.1374986 5.2807875 5.4345358
6.2274734 6.7560868 7.1626074 7.4297779 9.0690858
9.9684394 11.0690052 11.4727770 12.0884437 13.6995463
14.1115487 14.5943210 14.7553974 16.1519436 17.1742653
18.1901271 19.0342545 20.3050505 20.6988345 21.4249768
22.9375521 23.8645133 24.8879063 26.4359820 27.1991280
27.4318726 28.4111004 30.8677995 31.5971718 31.9824159
33.4797065 35.4847009 35.6543540 37.0158051 37.4769766
37.9872365 39.8426535 40.2339279 41.8064577 41.9766356
43.3756984 44.1696170 44.9524560 45.4390668 45.7801508
46.1103222 47.0159673 47.7014384 50.3314251 51.0922141
52.1352731 52.5726664 53.8970898 55.2170874 55.7768527
56.8143309 57.0450946 57.8679634 58.3940792 60.6669026
61.2422875 61.9860074 62.3325263 64.1285547 65.1140675
65.4715149 66.2008831 67.8696239 68.3292996 70.1835832
70.5554946 71.9677764 72.3753648 72.5616874 73.6525804
74.5439602 74.9633296 76.7699793 77.4918997 77.5529709
78.7625801 80.3729040 81.0034232 81.2556060 82.4975354
82.7929833 84.1360249 84.9958974 85.7506370 87.1589975
88.1443288
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034288 0.0034300 0.0034316 0.0034317 0.0034322
0.0034330 52.0866473 73.6991520 111.2924461 170.8533883
195.1799393 206.1379939 220.8839766 249.5425598 253.1491693
270.9887252 282.2558104 290.6235844 295.9941964 327.0220498
342.8537209 361.2847047 367.8151021 377.5552180 401.9281024
407.9271575 414.8463054 417.1293368 436.4230455 450.0226414
463.1409129 473.7652641 489.3249014 494.0469548 502.6381645
520.0783969 530.4831227 541.7382014 558.3326233 566.3341763
568.7520934 578.8143737 603.3205461 610.4068319 614.1167088
628.3275480 646.8682785 648.4127805 660.6765316 664.7794010
669.2896835 685.4399409 688.7973964 702.1290883 703.5566846
715.1852032 721.7006509 728.0680824 731.9981473 734.7403479
737.3851012 744.5913181 749.9995761 770.3975516 776.1982192
784.0813189 787.3635079 797.2195465 806.9228756 811.0026675
818.5104502 820.1710440 826.0653000 829.8119552 845.8068369
849.8083272 854.9527469 857.3391279 869.6029536 876.2594060
878.6612527 883.5419443 894.6084617 897.6329058 909.7311147
912.1383181 921.2220456 923.8270261 925.0154081 931.9428133
937.5652683 940.1988474 951.4610014 955.9241511 956.3007578
963.7297092 973.5317289 977.3429097 978.8630768 986.3152942
988.0798579 996.0617775 1001.1387283 1005.5738192 1013.7979147
1019.5122956
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 12396
Rtb_to_modes> Number of blocs = 194
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.00
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.14
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1164 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00002 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 223128 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99997 1.00000 1.00003 0.99999 1.00000
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1.00002 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000
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1.00001 1.00002 0.99997 0.99999 1.00001
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
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1.00000 1.00002 1.00002 1.00000 0.99999
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1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000
1.00002 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2603251312011810462.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2603251312011810462.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2603251312011810462.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2603251312011810462.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 773
First residue number = 1
Last residue number = 773
Number of atoms found = 12396
Mean number per residue = 16.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9702E-10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9869E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.050
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.09
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.14
Bfactors> 106 vectors, 37188 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.230100
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.015 +/- 0.05
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.015
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2603251312011810462.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2603251312011810462.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4287E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4298E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4314E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4316E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 52.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 73.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 111.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 170.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 195.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 206.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 249.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 327.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 342.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 407.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 436.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 449.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 558.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 566.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 628.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 648.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 685.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 702.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 703.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 715.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 734.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 737.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 784.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 797.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 811.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 818.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 820.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 826.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 829.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 845.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 849.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 854.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 876.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 878.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 883.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 894.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 897.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 909.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 912.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 921.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 923.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 925.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 931.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 937.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 940.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 951.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 955.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 956.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 963.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 973.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 977.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 978.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 986.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 988.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 996.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1001.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1006.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1014.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1019.
Chkmod> 106 vectors, 37188 coordinates in file.
Chkmod> That is: 12396 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6546
0.0034 0.9239
0.0034 0.6951
0.0034 0.7509
0.0034 0.9670
0.0034 0.9078
52.0877 0.1139
73.6951 0.1246
111.2683 0.0549
170.8300 0.1635
195.1844 0.3976
206.1432 0.2609
220.8612 0.3567
249.5369 0.3149
253.1491 0.3164
270.9668 0.3977
282.2419 0.4076
290.6191 0.2281
295.9859 0.2095
327.0065 0.4201
342.8314 0.4683
361.2854 0.1713
367.7548 0.1468
377.5633 0.4989
401.9175 0.4033
407.8873 0.4521
414.7671 0.6081
417.1765 0.3689
436.3781 0.2058
449.9474 0.4985
463.1194 0.0970
473.6920 0.4987
489.3635 0.4839
494.0397 0.6333
502.5582 0.4730
520.0838 0.3170
530.4102 0.5475
541.7377 0.1820
558.3511 0.3035
566.3189 0.4015
568.7083 0.4627
578.7783 0.3054
603.3162 0.5809
610.4079 0.3041
614.0672 0.3295
628.3033 0.4170
646.7977 0.2913
648.3454 0.4542
660.6856 0.3454
664.7777 0.3464
669.2853 0.4807
685.3877 0.3462
688.7342 0.2398
702.1287 0.3686
703.5547 0.4608
715.1900 0.3623
721.6728 0.3479
728.0169 0.3720
731.9742 0.3924
734.7076 0.4799
737.3509 0.3600
744.5913 0.3199
749.9561 0.3882
770.3536 0.5512
776.1481 0.3073
784.0832 0.3368
787.3097 0.4069
797.2068 0.4576
806.9095 0.3516
810.9907 0.4348
818.4441 0.3960
820.1711 0.3105
826.0444 0.4779
829.7474 0.3450
845.7921 0.3003
849.7560 0.3635
854.9436 0.4702
857.2850 0.3152
869.5754 0.4672
876.1944 0.4689
878.6134 0.4932
883.4981 0.1288
894.5725 0.4106
897.5990 0.4284
909.6688 0.3989
912.1283 0.4823
921.1967 0.5450
923.8169 0.4513
924.9649 0.0859
931.8865 0.3693
937.5001 0.3310
940.1376 0.4295
951.4203 0.3304
955.8714 0.4443
956.2414 0.4233
963.6726 0.5078
973.4724 0.4093
977.2803 0.3971
978.8475 0.5026
986.2877 0.4701
988.0196 0.4784
996.0425 0.4408
1001.1199 0.2999
1005.5269 0.3595
1013.7602 0.4308
1019.4435 0.4502
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2603251312011810462.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2603251312011810462.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2603251312011810462.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2603251312011810462.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2603251312011810462.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2603251312011810462.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4287E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4298E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4314E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 648.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 685.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 734.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 784.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 797.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 811.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 820.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 876.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 878.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 883.5
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1001.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1006.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1014.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1019.
Projmod> 106 vectors, 37188 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 773
First residue number = 1
Last residue number = 773
Number of atoms found = 12396
Mean number per residue = 16.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 773
First residue number = 1
Last residue number = 773
Number of atoms found = 12396
Mean number per residue = 16.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 12396 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 10.39
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= 0.022 Sum= 0.000 q= 25.5333
Vector: 2 F= 0.00 Cos= 0.037 Sum= 0.002 q= 42.5106
Vector: 3 F= 0.00 Cos= 0.051 Sum= 0.004 q= 58.8662
Vector: 4 F= 0.00 Cos= 0.077 Sum= 0.010 q= 89.1377
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.012 Sum= 0.011 q= 14.2266
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.034 Sum= 0.012 q= -39.7221
Vector: 7 F= 52.09 Cos= 0.225 Sum= 0.062 q= 259.9854
Vector: 8 F= 73.70 Cos= -0.500 Sum= 0.312 q= -578.4347
Vector: 9 F= 111.27 Cos= 0.243 Sum= 0.371 q= 280.6617
Vector: 10 F= 170.83 Cos= 0.394 Sum= 0.526 q= 455.1597
Vector: 11 F= 195.18 Cos= -0.005 Sum= 0.526 q= -6.2052
Vector: 12 F= 206.14 Cos= 0.229 Sum= 0.579 q= 264.9542
Vector: 13 F= 220.86 Cos= -0.020 Sum= 0.579 q= -22.7360
Vector: 14 F= 249.54 Cos= -0.095 Sum= 0.588 q= -109.6716
Vector: 15 F= 253.15 Cos= -0.265 Sum= 0.658 q= -306.4293
Vector: 16 F= 270.97 Cos= -0.085 Sum= 0.665 q= -97.8651
Vector: 17 F= 282.24 Cos= -0.132 Sum= 0.683 q= -153.0096
Vector: 18 F= 290.62 Cos= -0.072 Sum= 0.688 q= -83.2891
Vector: 19 F= 295.99 Cos= -0.081 Sum= 0.695 q= -93.3898
Vector: 20 F= 327.01 Cos= -0.058 Sum= 0.698 q= -66.5200
Vector: 21 F= 342.83 Cos= 0.069 Sum= 0.703 q= 79.7622
Vector: 22 F= 361.29 Cos= 0.157 Sum= 0.727 q= 181.5147
Vector: 23 F= 367.75 Cos= 0.013 Sum= 0.728 q= 14.5523
Vector: 24 F= 377.56 Cos= -0.118 Sum= 0.741 q= -136.3309
Vector: 25 F= 401.92 Cos= 0.038 Sum= 0.743 q= 43.4045
Vector: 26 F= 407.89 Cos= -0.042 Sum= 0.745 q= -48.0134
Vector: 27 F= 414.77 Cos= -0.108 Sum= 0.756 q= -124.8345
Vector: 28 F= 417.18 Cos= -0.052 Sum= 0.759 q= -59.9854
Vector: 29 F= 436.38 Cos= 0.102 Sum= 0.769 q= 118.2346
Vector: 30 F= 449.95 Cos= 0.037 Sum= 0.771 q= 42.7175
Vector: 31 F= 463.12 Cos= 0.028 Sum= 0.771 q= 31.9093
Vector: 32 F= 473.69 Cos= 0.044 Sum= 0.773 q= 50.7914
Vector: 33 F= 489.36 Cos= -0.013 Sum= 0.774 q= -14.4830
Vector: 34 F= 494.04 Cos= -0.022 Sum= 0.774 q= -24.8668
Vector: 35 F= 502.56 Cos= 0.063 Sum= 0.778 q= 73.4167
Vector: 36 F= 520.08 Cos= -0.055 Sum= 0.781 q= -63.4732
Vector: 37 F= 530.41 Cos= 0.000 Sum= 0.781 q= 0.2117
Vector: 38 F= 541.74 Cos= -0.052 Sum= 0.784 q= -60.3430
Vector: 39 F= 558.35 Cos= 0.039 Sum= 0.785 q= 45.6576
Vector: 40 F= 566.32 Cos= 0.088 Sum= 0.793 q= 101.9073
Vector: 41 F= 568.71 Cos= 0.019 Sum= 0.793 q= 21.8659
Vector: 42 F= 578.78 Cos= -0.123 Sum= 0.809 q= -142.2623
Vector: 43 F= 603.32 Cos= 0.030 Sum= 0.810 q= 35.2337
Vector: 44 F= 610.41 Cos= -0.007 Sum= 0.810 q= -8.5851
Vector: 45 F= 614.07 Cos= 0.016 Sum= 0.810 q= 17.9851
Vector: 46 F= 628.30 Cos= 0.070 Sum= 0.815 q= 80.9866
Vector: 47 F= 646.80 Cos= 0.004 Sum= 0.815 q= 4.4495
Vector: 48 F= 648.35 Cos= 0.018 Sum= 0.815 q= 20.3453
Vector: 49 F= 660.69 Cos= -0.000 Sum= 0.815 q= -0.4013
Vector: 50 F= 664.78 Cos= -0.006 Sum= 0.815 q= -6.6351
Vector: 51 F= 669.29 Cos= -0.088 Sum= 0.823 q= -101.9130
Vector: 52 F= 685.39 Cos= -0.012 Sum= 0.823 q= -14.1258
Vector: 53 F= 688.73 Cos= -0.024 Sum= 0.824 q= -28.1559
Vector: 54 F= 702.13 Cos= -0.004 Sum= 0.824 q= -4.8134
Vector: 55 F= 703.55 Cos= -0.015 Sum= 0.824 q= -17.4633
Vector: 56 F= 715.19 Cos= -0.039 Sum= 0.825 q= -45.6712
Vector: 57 F= 721.67 Cos= 0.035 Sum= 0.827 q= 40.7687
Vector: 58 F= 728.02 Cos= -0.018 Sum= 0.827 q= -20.6715
Vector: 59 F= 731.97 Cos= 0.009 Sum= 0.827 q= 10.6877
Vector: 60 F= 734.71 Cos= -0.008 Sum= 0.827 q= -9.8101
Vector: 61 F= 737.35 Cos= 0.009 Sum= 0.827 q= 9.8767
Vector: 62 F= 744.59 Cos= 0.061 Sum= 0.831 q= 70.6074
Vector: 63 F= 749.96 Cos= 0.002 Sum= 0.831 q= 2.6265
Vector: 64 F= 770.35 Cos= -0.005 Sum= 0.831 q= -5.9377
Vector: 65 F= 776.15 Cos= 0.023 Sum= 0.831 q= 27.0231
Vector: 66 F= 784.08 Cos= -0.019 Sum= 0.832 q= -22.1816
Vector: 67 F= 787.31 Cos= -0.018 Sum= 0.832 q= -21.2182
Vector: 68 F= 797.21 Cos= 0.036 Sum= 0.834 q= 42.2060
Vector: 69 F= 806.91 Cos= 0.015 Sum= 0.834 q= 16.9480
Vector: 70 F= 810.99 Cos= -0.010 Sum= 0.834 q= -11.7700
Vector: 71 F= 818.44 Cos= -0.006 Sum= 0.834 q= -6.7882
Vector: 72 F= 820.17 Cos= -0.010 Sum= 0.834 q= -11.3848
Vector: 73 F= 826.04 Cos= 0.026 Sum= 0.835 q= 30.4106
Vector: 74 F= 829.75 Cos= 0.020 Sum= 0.835 q= 23.4522
Vector: 75 F= 845.79 Cos= 0.024 Sum= 0.836 q= 27.5136
Vector: 76 F= 849.76 Cos= -0.044 Sum= 0.838 q= -51.0789
Vector: 77 F= 854.94 Cos= -0.038 Sum= 0.839 q= -43.7398
Vector: 78 F= 857.28 Cos= -0.059 Sum= 0.842 q= -67.9008
Vector: 79 F= 869.58 Cos= -0.044 Sum= 0.844 q= -50.6057
Vector: 80 F= 876.19 Cos= -0.053 Sum= 0.847 q= -61.4772
Vector: 81 F= 878.61 Cos= 0.033 Sum= 0.848 q= 37.7849
Vector: 82 F= 883.50 Cos= 0.008 Sum= 0.848 q= 8.7688
Vector: 83 F= 894.57 Cos= -0.023 Sum= 0.849 q= -26.6141
Vector: 84 F= 897.60 Cos= 0.000 Sum= 0.849 q= 0.4061
Vector: 85 F= 909.67 Cos= 0.008 Sum= 0.849 q= 9.6164
Vector: 86 F= 912.13 Cos= 0.000 Sum= 0.849 q= 0.5737
Vector: 87 F= 921.20 Cos= 0.004 Sum= 0.849 q= 4.0486
Vector: 88 F= 923.82 Cos= -0.000 Sum= 0.849 q= -0.4882
Vector: 89 F= 924.96 Cos= -0.000 Sum= 0.849 q= -0.5213
Vector: 90 F= 931.89 Cos= -0.006 Sum= 0.849 q= -6.9968
Vector: 91 F= 937.50 Cos= -0.006 Sum= 0.849 q= -7.4464
Vector: 92 F= 940.14 Cos= 0.047 Sum= 0.851 q= 54.9174
Vector: 93 F= 951.42 Cos= -0.021 Sum= 0.852 q= -24.0059
Vector: 94 F= 955.87 Cos= -0.021 Sum= 0.852 q= -24.1969
Vector: 95 F= 956.24 Cos= 0.004 Sum= 0.852 q= 4.2494
Vector: 96 F= 963.67 Cos= 0.008 Sum= 0.852 q= 9.0861
Vector: 97 F= 973.47 Cos= 0.029 Sum= 0.853 q= 33.9298
Vector: 98 F= 977.28 Cos= -0.009 Sum= 0.853 q= -10.3292
Vector: 99 F= 978.85 Cos= 0.010 Sum= 0.853 q= 11.0710
Vector: 100 F= 986.29 Cos= 0.036 Sum= 0.855 q= 41.3739
Vector: 101 F= 988.02 Cos= -0.017 Sum= 0.855 q= -19.1345
Vector: 102 F= 996.04 Cos= 0.004 Sum= 0.855 q= 4.7751
Vector: 103 F= 1001.12 Cos= -0.015 Sum= 0.855 q= -17.2386
Vector: 104 F= 1005.53 Cos= 0.016 Sum= 0.855 q= 19.0046
Vector: 105 F= 1013.76 Cos= -0.012 Sum= 0.855 q= -13.3431
Vector: 106 F= 1019.44 Cos= -0.010 Sum= 0.856 q= -11.7087
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003429
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003433
Projmod> Lowest non-zero frequency : 52.087672
Projmod> Best overlap with diff.vect. = -0.50 for mode 8 with F= 73.70 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.250 0.475 0.637 0.694 0.730 0.856
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2603251312011810462 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
making animated gifs
11 models are in 2603251312011810462.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603251312011810462.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603251312011810462.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 773 10.534 599 1.347
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 773 10.475 599 1.346
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 773 10.418 599 1.344
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 773 10.364 599 1.343
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 773 10.313 600 1.348
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 773 10.264 600 1.347
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 773 10.218 599 1.341
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 773 10.175 599 1.339
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 773 10.134 598 1.338
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 773 10.097 597 1.333
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 773 10.062 596 1.328
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2603251312011810462 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
making animated gifs
11 models are in 2603251312011810462.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603251312011810462.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603251312011810462.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 773 9.853 600 1.338
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 773 9.930 600 1.339
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 773 10.010 598 1.331
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 773 10.092 598 1.331
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 773 10.177 597 1.327
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 773 10.264 600 1.347
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 773 10.353 600 1.349
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 773 10.445 599 1.348
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 773 10.539 599 1.345
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 773 10.635 598 1.343
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 773 10.734 598 1.346
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2603251312011810462 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
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2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
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2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
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2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
making animated gifs
11 models are in 2603251312011810462.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603251312011810462.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603251312011810462.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 773 10.515 599 1.347
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 773 10.460 599 1.345
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 773 10.406 599 1.344
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 773 10.356 600 1.350
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 773 10.309 600 1.348
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 773 10.264 600 1.347
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 773 10.222 600 1.345
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 773 10.183 597 1.327
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 773 10.148 596 1.322
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 773 10.115 597 1.326
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 773 10.085 597 1.326
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2603251312011810462 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
making animated gifs
11 models are in 2603251312011810462.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603251312011810462.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603251312011810462.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 773 10.682 595 1.286
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 773 10.593 596 1.296
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 773 10.507 599 1.320
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 773 10.423 599 1.325
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 773 10.342 598 1.328
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 773 10.264 600 1.347
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 773 10.188 600 1.355
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 773 10.115 600 1.371
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 773 10.045 600 1.389
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 773 9.978 600 1.411
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 773 9.914 599 1.431
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2603251312011810462 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2603251312011810462.eigenfacs
2603251312011810462.atom
making animated gifs
11 models are in 2603251312011810462.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603251312011810462.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2603251312011810462.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 773 10.314 592 1.359
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 773 10.298 593 1.338
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 773 10.285 596 1.331
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 773 10.275 596 1.320
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 773 10.268 598 1.331
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 773 10.264 600 1.347
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 773 10.263 599 1.362
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 773 10.265 601 1.385
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 773 10.271 601 1.419
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 773 10.279 598 1.446
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 773 10.291 594 1.488
2603251312011810462.10.pdb
2603251312011810462.11.pdb
2603251312011810462.7.pdb
2603251312011810462.8.pdb
2603251312011810462.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m20.464s
user 1m19.816s
sys 0m0.613s
rm: cannot remove '2603251312011810462.sdijf': No such file or directory
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