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LOGs for ID: 2604010721573448436

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2604010721573448436.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2604010721573448436.atom to be opened. Openam> File opened: 2604010721573448436.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1223 First residue number = 1 Last residue number = 629 Number of atoms found = 9322 Mean number per residue = 7.6 Pdbmat> Coordinate statistics: = -10.685969 +/- 24.415717 From: -71.326000 To: 55.500000 = 4.055629 +/- 23.206953 From: -56.164000 To: 69.090000 = -12.149604 +/- 15.517187 From: -83.364000 To: 26.783000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 0.8726 % Filled. Pdbmat> 3412233 non-zero elements. Pdbmat> 372979 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 80.02 +/- 26.23 Maximum number = 165 Minimum number = 7 Pdbmat> Matrix trace = 7.459580E+06 Pdbmat> Larger element = 626.308 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 1223 non-zero elements, NRBL set to 7 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2604010721573448436.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 7 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2604010721573448436.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2604010721573448436.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 9322 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 7 residue(s) per block. Blocpdb> 1223 residues. Blocpdb> 51 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 51 atoms in block 2 Block first atom: 52 Blocpdb> 49 atoms in block 3 Block first atom: 103 Blocpdb> 55 atoms in block 4 Block first atom: 152 Blocpdb> 52 atoms in block 5 Block first atom: 207 Blocpdb> 58 atoms in block 6 Block first atom: 259 Blocpdb> 68 atoms in block 7 Block first atom: 317 Blocpdb> 44 atoms in block 8 Block first atom: 385 Blocpdb> 47 atoms in block 9 Block first atom: 429 Blocpdb> 46 atoms in block 10 Block first atom: 476 Blocpdb> 57 atoms in block 11 Block first atom: 522 Blocpdb> 62 atoms in block 12 Block first atom: 579 Blocpdb> 52 atoms in block 13 Block first atom: 641 Blocpdb> 52 atoms in block 14 Block first atom: 693 Blocpdb> 54 atoms in block 15 Block first atom: 745 Blocpdb> 56 atoms in block 16 Block first atom: 799 Blocpdb> 51 atoms in block 17 Block first atom: 855 Blocpdb> 48 atoms in block 18 Block first atom: 906 Blocpdb> 57 atoms in block 19 Block first atom: 954 Blocpdb> 49 atoms in block 20 Block first atom: 1011 Blocpdb> 55 atoms in block 21 Block first atom: 1060 Blocpdb> 52 atoms in block 22 Block first atom: 1115 Blocpdb> 56 atoms in block 23 Block first atom: 1167 Blocpdb> 56 atoms in block 24 Block first atom: 1223 Blocpdb> 58 atoms in block 25 Block first atom: 1279 Blocpdb> 50 atoms in block 26 Block first atom: 1337 Blocpdb> 51 atoms in block 27 Block first atom: 1387 Blocpdb> 42 atoms in block 28 Block first atom: 1438 Blocpdb> 57 atoms in block 29 Block first atom: 1480 Blocpdb> 49 atoms in block 30 Block first atom: 1537 Blocpdb> 48 atoms in block 31 Block first atom: 1586 Blocpdb> 52 atoms in block 32 Block first atom: 1634 Blocpdb> 55 atoms in block 33 Block first atom: 1686 Blocpdb> 59 atoms in block 34 Block first atom: 1741 Blocpdb> 62 atoms in block 35 Block first atom: 1800 Blocpdb> 56 atoms in block 36 Block first atom: 1862 Blocpdb> 56 atoms in block 37 Block first atom: 1918 Blocpdb> 56 atoms in block 38 Block first atom: 1974 Blocpdb> 57 atoms in block 39 Block first atom: 2030 Blocpdb> 57 atoms in block 40 Block first atom: 2087 Blocpdb> 60 atoms in block 41 Block first atom: 2144 Blocpdb> 52 atoms in block 42 Block first atom: 2204 Blocpdb> 50 atoms in block 43 Block first atom: 2256 Blocpdb> 52 atoms in block 44 Block first atom: 2306 Blocpdb> 45 atoms in block 45 Block first atom: 2358 Blocpdb> 52 atoms in block 46 Block first atom: 2403 Blocpdb> 55 atoms in block 47 Block first atom: 2455 Blocpdb> 45 atoms in block 48 Block first atom: 2510 Blocpdb> 50 atoms in block 49 Block first atom: 2555 Blocpdb> 58 atoms in block 50 Block first atom: 2605 Blocpdb> 46 atoms in block 51 Block first atom: 2663 Blocpdb> 57 atoms in block 52 Block first atom: 2709 Blocpdb> 56 atoms in block 53 Block first atom: 2766 Blocpdb> 59 atoms in block 54 Block first atom: 2822 Blocpdb> 56 atoms in block 55 Block first atom: 2881 Blocpdb> 58 atoms in block 56 Block first atom: 2937 Blocpdb> 57 atoms in block 57 Block first atom: 2995 Blocpdb> 53 atoms in block 58 Block first atom: 3052 Blocpdb> 60 atoms in block 59 Block first atom: 3105 Blocpdb> 56 atoms in block 60 Block first atom: 3165 Blocpdb> 56 atoms in block 61 Block first atom: 3221 Blocpdb> 53 atoms in block 62 Block first atom: 3277 Blocpdb> 52 atoms in block 63 Block first atom: 3330 Blocpdb> 44 atoms in block 64 Block first atom: 3382 Blocpdb> 60 atoms in block 65 Block first atom: 3426 Blocpdb> 45 atoms in block 66 Block first atom: 3486 Blocpdb> 54 atoms in block 67 Block first atom: 3531 Blocpdb> 57 atoms in block 68 Block first atom: 3585 Blocpdb> 45 atoms in block 69 Block first atom: 3642 Blocpdb> 51 atoms in block 70 Block first atom: 3687 Blocpdb> 46 atoms in block 71 Block first atom: 3738 Blocpdb> 46 atoms in block 72 Block first atom: 3784 Blocpdb> 45 atoms in block 73 Block first atom: 3830 Blocpdb> 52 atoms in block 74 Block first atom: 3875 Blocpdb> 70 atoms in block 75 Block first atom: 3927 Blocpdb> 60 atoms in block 76 Block first atom: 3997 Blocpdb> 48 atoms in block 77 Block first atom: 4057 Blocpdb> 52 atoms in block 78 Block first atom: 4105 Blocpdb> 59 atoms in block 79 Block first atom: 4157 Blocpdb> 62 atoms in block 80 Block first atom: 4216 Blocpdb> 61 atoms in block 81 Block first atom: 4278 Blocpdb> 63 atoms in block 82 Block first atom: 4339 Blocpdb> 54 atoms in block 83 Block first atom: 4402 Blocpdb> 54 atoms in block 84 Block first atom: 4456 Blocpdb> 46 atoms in block 85 Block first atom: 4510 Blocpdb> 45 atoms in block 86 Block first atom: 4556 Blocpdb> 52 atoms in block 87 Block first atom: 4601 Blocpdb> 48 atoms in block 88 Block first atom: 4653 Blocpdb> 58 atoms in block 89 Block first atom: 4701 Blocpdb> 42 atoms in block 90 Block first atom: 4759 Blocpdb> 38 atoms in block 91 Block first atom: 4801 Blocpdb> 33 atoms in block 92 Block first atom: 4839 Blocpdb> 45 atoms in block 93 Block first atom: 4872 Blocpdb> 54 atoms in block 94 Block first atom: 4917 Blocpdb> 48 atoms in block 95 Block first atom: 4971 Blocpdb> 51 atoms in block 96 Block first atom: 5019 Blocpdb> 58 atoms in block 97 Block first atom: 5070 Blocpdb> 49 atoms in block 98 Block first atom: 5128 Blocpdb> 51 atoms in block 99 Block first atom: 5177 Blocpdb> 53 atoms in block 100 Block first atom: 5228 Blocpdb> 57 atoms in block 101 Block first atom: 5281 Blocpdb> 52 atoms in block 102 Block first atom: 5338 Blocpdb> 47 atoms in block 103 Block first atom: 5390 Blocpdb> 60 atoms in block 104 Block first atom: 5437 Blocpdb> 49 atoms in block 105 Block first atom: 5497 Blocpdb> 57 atoms in block 106 Block first atom: 5546 Blocpdb> 48 atoms in block 107 Block first atom: 5603 Blocpdb> 44 atoms in block 108 Block first atom: 5651 Blocpdb> 47 atoms in block 109 Block first atom: 5695 Blocpdb> 52 atoms in block 110 Block first atom: 5742 Blocpdb> 52 atoms in block 111 Block first atom: 5794 Blocpdb> 55 atoms in block 112 Block first atom: 5846 Blocpdb> 61 atoms in block 113 Block first atom: 5901 Blocpdb> 55 atoms in block 114 Block first atom: 5962 Blocpdb> 61 atoms in block 115 Block first atom: 6017 Blocpdb> 52 atoms in block 116 Block first atom: 6078 Blocpdb> 56 atoms in block 117 Block first atom: 6130 Blocpdb> 50 atoms in block 118 Block first atom: 6186 Blocpdb> 44 atoms in block 119 Block first atom: 6236 Blocpdb> 54 atoms in block 120 Block first atom: 6280 Blocpdb> 55 atoms in block 121 Block first atom: 6334 Blocpdb> 47 atoms in block 122 Block first atom: 6389 Blocpdb> 52 atoms in block 123 Block first atom: 6436 Blocpdb> 56 atoms in block 124 Block first atom: 6488 Blocpdb> 65 atoms in block 125 Block first atom: 6544 Blocpdb> 65 atoms in block 126 Block first atom: 6609 Blocpdb> 48 atoms in block 127 Block first atom: 6674 Blocpdb> 58 atoms in block 128 Block first atom: 6722 Blocpdb> 61 atoms in block 129 Block first atom: 6780 Blocpdb> 49 atoms in block 130 Block first atom: 6841 Blocpdb> 67 atoms in block 131 Block first atom: 6890 Blocpdb> 58 atoms in block 132 Block first atom: 6957 Blocpdb> 46 atoms in block 133 Block first atom: 7015 Blocpdb> 55 atoms in block 134 Block first atom: 7061 Blocpdb> 53 atoms in block 135 Block first atom: 7116 Blocpdb> 49 atoms in block 136 Block first atom: 7169 Blocpdb> 51 atoms in block 137 Block first atom: 7218 Blocpdb> 51 atoms in block 138 Block first atom: 7269 Blocpdb> 47 atoms in block 139 Block first atom: 7320 Blocpdb> 43 atoms in block 140 Block first atom: 7367 Blocpdb> 59 atoms in block 141 Block first atom: 7410 Blocpdb> 48 atoms in block 142 Block first atom: 7469 Blocpdb> 58 atoms in block 143 Block first atom: 7517 Blocpdb> 53 atoms in block 144 Block first atom: 7575 Blocpdb> 58 atoms in block 145 Block first atom: 7628 Blocpdb> 62 atoms in block 146 Block first atom: 7686 Blocpdb> 54 atoms in block 147 Block first atom: 7748 Blocpdb> 58 atoms in block 148 Block first atom: 7802 Blocpdb> 56 atoms in block 149 Block first atom: 7860 Blocpdb> 60 atoms in block 150 Block first atom: 7916 Blocpdb> 54 atoms in block 151 Block first atom: 7976 Blocpdb> 51 atoms in block 152 Block first atom: 8030 Blocpdb> 50 atoms in block 153 Block first atom: 8081 Blocpdb> 54 atoms in block 154 Block first atom: 8131 Blocpdb> 55 atoms in block 155 Block first atom: 8185 Blocpdb> 56 atoms in block 156 Block first atom: 8240 Blocpdb> 51 atoms in block 157 Block first atom: 8296 Blocpdb> 64 atoms in block 158 Block first atom: 8347 Blocpdb> 50 atoms in block 159 Block first atom: 8411 Blocpdb> 46 atoms in block 160 Block first atom: 8461 Blocpdb> 48 atoms in block 161 Block first atom: 8507 Blocpdb> 40 atoms in block 162 Block first atom: 8555 Blocpdb> 43 atoms in block 163 Block first atom: 8595 Blocpdb> 52 atoms in block 164 Block first atom: 8638 Blocpdb> 75 atoms in block 165 Block first atom: 8690 Blocpdb> 54 atoms in block 166 Block first atom: 8765 Blocpdb> 55 atoms in block 167 Block first atom: 8819 Blocpdb> 59 atoms in block 168 Block first atom: 8874 Blocpdb> 60 atoms in block 169 Block first atom: 8933 Blocpdb> 56 atoms in block 170 Block first atom: 8993 Blocpdb> 55 atoms in block 171 Block first atom: 9049 Blocpdb> 60 atoms in block 172 Block first atom: 9104 Blocpdb> 53 atoms in block 173 Block first atom: 9164 Blocpdb> 58 atoms in block 174 Block first atom: 9217 Blocpdb> 48 atoms in block 175 Block first atom: 9274 Blocpdb> 175 blocks. Blocpdb> At most, 75 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 33 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 3412408 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 27966 Prepmat> Matrix trace = 7459580.0000 Prepmat> Last element read: 27966 27966 123.6399 Prepmat> 15401 lines saved. Prepmat> 14028 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 9322 RTB> Total mass = 9322.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 9322 RTB> Number of blocks = 175 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 176392.7660 RTB> 46767 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1050 Diagstd> Nb of non-zero elements: 46767 Diagstd> Projected matrix trace = 176392.7660 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1050 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 176392.7660 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000923 0.0002402 0.0010483 0.0014013 0.0097727 0.0137843 0.0384201 0.0507094 0.0723110 0.0931666 0.1925486 0.2025502 0.2383792 0.2682706 0.3729760 0.4510849 0.5620455 0.6461322 0.6842863 0.8508450 0.9293045 0.9332376 1.0952720 1.0975852 1.2794211 1.4808589 1.5539554 1.6860940 1.8391156 1.8693596 2.0911629 2.2559197 2.4414562 2.7583667 2.9706400 3.3999088 3.4170663 3.5739131 3.8191595 3.9451361 4.1350712 4.3210935 4.4534185 4.6259237 4.6518922 4.9827893 5.0780460 5.3328643 5.7818197 5.8614732 5.8681576 6.1069139 6.3293593 6.5340428 6.6784893 7.0135283 7.1336760 7.5483740 7.8671958 8.0511591 8.3425400 8.5188415 8.7348231 8.9286878 9.2302358 9.7410449 9.9941782 10.3894147 10.4385474 10.5164458 11.1160749 11.7488060 11.8532614 12.4283918 12.5343956 13.0235719 13.5945655 14.0591228 14.1412262 15.0191655 15.2173470 15.3746445 15.7792575 15.9922080 16.3369771 16.6706123 16.9107596 17.7242507 18.3976136 18.6999795 19.2839923 19.5359751 19.9224879 20.3237269 20.3999711 20.7836310 20.8646038 21.0578859 21.2392435 21.5912310 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034320 0.0034335 0.0034340 0.0034342 0.0034344 0.0034345 1.0433826 1.6831000 3.5158898 4.0650096 10.7350300 12.7493299 21.2850548 24.4534109 29.2009749 33.1455640 47.6502785 48.8721741 53.0187415 56.2447284 66.3186603 72.9330544 81.4106138 87.2882871 89.8285142 100.1660423 104.6825505 104.9038397 113.6465546 113.7665006 122.8293161 132.1454229 135.3675478 141.0055382 147.2650876 148.4710263 157.0323811 163.1011794 169.6757390 180.3521334 187.1631276 200.2298930 200.7344822 205.2897546 212.2165137 215.6881457 220.8191705 225.7314699 229.1617007 233.5578725 234.2125166 242.3993997 244.7054236 250.7699815 261.1124332 262.9048938 263.0547603 268.3528304 273.1965146 277.5787824 280.6301951 287.5832299 290.0360433 298.3472131 304.5827190 308.1232610 313.6493760 316.9462008 320.9388842 324.4808703 329.9147080 338.9206669 343.2960638 350.0183561 350.8450179 352.1516876 362.0520520 372.2135226 373.8644842 382.8271654 384.4562970 391.8865302 400.3851362 407.1687067 408.3558817 420.8411337 423.6085835 425.7923177 431.3587006 434.2596669 438.9157141 443.3748521 446.5569343 457.1715773 465.7748416 469.5867626 476.8631411 479.9686006 484.6933552 489.5498875 490.4672981 495.0578959 496.0213283 498.3135130 500.4547341 504.5845888 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 9322 Rtb_to_modes> Number of blocs = 175 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9889E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9975E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.2320E-05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.4023E-04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0483E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.4013E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.7727E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.3784E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.8420E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.0709E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.2311E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.3167E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1925 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2026 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2384 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2683 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3730 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4511 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5620 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6461 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6843 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8508 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9293 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9332 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.095 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.098 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.279 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.481 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.554 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.686 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.839 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.869 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.091 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.256 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.441 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.758 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.971 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.400 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.417 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.574 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.819 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.945 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.135 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.321 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.453 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.626 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.652 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.983 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.078 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.333 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.782 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.861 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.868 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.107 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.329 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.534 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.678 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.014 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.134 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.548 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.867 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.051 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.343 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.519 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.735 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.929 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.230 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.741 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.994 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.59 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1050 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002 1.00000 0.99999 0.99994 1.00001 1.00001 1.00002 0.99997 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99997 0.99997 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 1.00002 0.99998 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 1.00003 0.99997 1.00001 0.99998 1.00001 1.00003 1.00002 0.99998 1.00001 1.00000 1.00003 1.00001 0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 1.00002 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00004 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 0.99997 1.00002 0.99999 0.99995 1.00006 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999 1.00004 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 0.99997 1.00000 0.99998 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 167796 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002 1.00000 0.99999 0.99994 1.00001 1.00001 1.00002 0.99997 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99997 0.99997 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 1.00002 0.99998 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 1.00003 0.99997 1.00001 0.99998 1.00001 1.00003 1.00002 0.99998 1.00001 1.00000 1.00003 1.00001 0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 1.00002 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00004 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 0.99997 1.00002 0.99999 0.99995 1.00006 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999 1.00004 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 0.99997 1.00000 0.99998 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000 0.000 Vector 4:-0.000-0.000 0.000 Vector 5: 0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 6: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2604010721573448436.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2604010721573448436.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2604010721573448436.atom Openam> file on opening on unit 11: 2604010721573448436.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1223 First residue number = 1 Last residue number = 629 Number of atoms found = 9322 Mean number per residue = 7.6 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9889E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9975E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.2320E-05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.4023E-04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0483E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.4013E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.7727E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.3784E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.8420E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.0709E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.2311E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.3167E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1925 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2026 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2384 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2683 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3730 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4511 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5620 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6461 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6843 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8508 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9293 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9332 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.095 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.098 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.279 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.481 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.554 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.686 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.839 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.869 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.091 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.256 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.441 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.758 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.971 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.400 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.417 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.574 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.819 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.945 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.135 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.321 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.453 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.626 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.652 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.983 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.078 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.333 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.782 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.861 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.868 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.107 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.329 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.534 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.678 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.014 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.134 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.548 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.867 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.051 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.343 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.519 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.735 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.929 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.230 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.741 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.994 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.59 Bfactors> 106 vectors, 27966 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000092 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= -0.292 for 1223 C-alpha atoms. Bfactors> = 31.057 +/- 228.77 Bfactors> = 70.536 +/- 16.50 Bfactors> Shiftng-fct= 39.480 Bfactors> Scaling-fct= 0.072 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2604010721573448436.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2604010721573448436.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1.043 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1.683 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.516 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.065 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 10.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 21.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 24.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 29.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 33.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 47.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 48.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 53.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 56.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 72.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 81.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 87.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 89.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 113.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 113.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 132.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 135.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 141.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 148.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 169.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 205.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 212.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 215.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 225.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 229.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 233.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 242.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 244.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 261.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 262.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 268.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 316.9 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Chkmod> That is: 9322 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 11 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 71 is: 1.0001 (instead of 1.0000). 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perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom 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animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2604010721573448436 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=60 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gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604010721573448436.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2604010721573448436 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2604010721573448436.eigenfacs 2604010721573448436.atom making animated gifs 11 models are in 2604010721573448436.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604010721573448436.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604010721573448436.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2604010721573448436.10.pdb 2604010721573448436.11.pdb 2604010721573448436.7.pdb 2604010721573448436.8.pdb 2604010721573448436.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m52.541s user 0m52.222s sys 0m0.288s rm: cannot remove '2604010721573448436.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format 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