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LOGs for ID: 2604010807503467178

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2604010807503467178.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2604010807503467178.atom to be opened. Openam> File opened: 2604010807503467178.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 364 First residue number = 208 Last residue number = 343 Number of atoms found = 2930 Mean number per residue = 8.0 Pdbmat> Coordinate statistics: = 145.295845 +/- 10.134711 From: 120.728000 To: 170.370000 = 129.442973 +/- 15.081887 From: 89.499000 To: 163.152000 = 152.930073 +/- 11.413490 From: 122.468000 To: 179.889000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 2.7017 % Filled. Pdbmat> 1043838 non-zero elements. Pdbmat> 114042 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 77.84 +/- 21.45 Maximum number = 124 Minimum number = 9 Pdbmat> Matrix trace = 2.280840E+06 Pdbmat> Larger element = 508.788 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 364 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2604010807503467178.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2604010807503467178.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2604010807503467178.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 2930 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 364 residues. Blocpdb> 13 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 21 atoms in block 2 Block first atom: 14 Blocpdb> 19 atoms in block 3 Block first atom: 35 Blocpdb> 12 atoms in block 4 Block first atom: 54 Blocpdb> 12 atoms in block 5 Block first atom: 66 Blocpdb> 16 atoms in block 6 Block first atom: 78 Blocpdb> 15 atoms in block 7 Block first atom: 94 Blocpdb> 15 atoms in block 8 Block first atom: 109 Blocpdb> 15 atoms in block 9 Block first atom: 124 Blocpdb> 19 atoms in block 10 Block first atom: 139 Blocpdb> 20 atoms in block 11 Block first atom: 158 Blocpdb> 18 atoms in block 12 Block first atom: 178 Blocpdb> 22 atoms in block 13 Block first atom: 196 Blocpdb> 5 atoms in block 14 Block first atom: 218 Blocpdb> 9 atoms in block 15 Block first atom: 223 Blocpdb> 16 atoms in block 16 Block first atom: 232 Blocpdb> 19 atoms in block 17 Block first atom: 248 Blocpdb> 15 atoms in block 18 Block first atom: 267 Blocpdb> 12 atoms in block 19 Block first atom: 282 Blocpdb> 15 atoms in block 20 Block first atom: 294 Blocpdb> 11 atoms in block 21 Block first atom: 309 Blocpdb> 10 atoms in block 22 Block first atom: 320 Blocpdb> 19 atoms in block 23 Block first atom: 330 Blocpdb> 16 atoms in block 24 Block first atom: 349 Blocpdb> 12 atoms in block 25 Block first atom: 365 Blocpdb> 15 atoms in block 26 Block first atom: 377 Blocpdb> 22 atoms in block 27 Block first atom: 392 Blocpdb> 10 atoms in block 28 Block first atom: 414 Blocpdb> 16 atoms in block 29 Block first atom: 424 Blocpdb> 17 atoms in block 30 Block first atom: 440 Blocpdb> 12 atoms in block 31 Block first atom: 457 Blocpdb> 15 atoms in block 32 Block first atom: 469 Blocpdb> 20 atoms in block 33 Block first atom: 484 Blocpdb> 19 atoms in block 34 Block first atom: 504 Blocpdb> 13 atoms in block 35 Block first atom: 523 Blocpdb> 15 atoms in block 36 Block first atom: 536 Blocpdb> 13 atoms in block 37 Block first atom: 551 Blocpdb> 12 atoms in block 38 Block first atom: 564 Blocpdb> 13 atoms in block 39 Block first atom: 576 Blocpdb> 13 atoms in block 40 Block first atom: 589 Blocpdb> 13 atoms in block 41 Block first atom: 602 Blocpdb> 17 atoms in block 42 Block first atom: 615 Blocpdb> 17 atoms in block 43 Block first atom: 632 Blocpdb> 22 atoms in block 44 Block first atom: 649 Blocpdb> 22 atoms in block 45 Block first atom: 671 Blocpdb> 16 atoms in block 46 Block first atom: 693 Blocpdb> 15 atoms in block 47 Block first atom: 709 Blocpdb> 9 atoms in block 48 Block first atom: 724 Blocpdb> 18 atoms in block 49 Block first atom: 733 Blocpdb> 10 atoms in block 50 Block first atom: 751 Blocpdb> 16 atoms in block 51 Block first atom: 761 Blocpdb> 18 atoms in block 52 Block first atom: 777 Blocpdb> 17 atoms in block 53 Block first atom: 795 Blocpdb> 13 atoms in block 54 Block first atom: 812 Blocpdb> 16 atoms in block 55 Block first atom: 825 Blocpdb> 18 atoms in block 56 Block first atom: 841 Blocpdb> 17 atoms in block 57 Block first atom: 859 Blocpdb> 12 atoms in block 58 Block first atom: 876 Blocpdb> 20 atoms in block 59 Block first atom: 888 Blocpdb> 23 atoms in block 60 Block first atom: 908 Blocpdb> 13 atoms in block 61 Block first atom: 931 Blocpdb> 18 atoms in block 62 Block first atom: 944 Blocpdb> 19 atoms in block 63 Block first atom: 962 Blocpdb> 13 atoms in block 64 Block first atom: 981 Blocpdb> 16 atoms in block 65 Block first atom: 994 Blocpdb> 21 atoms in block 66 Block first atom: 1010 Blocpdb> 18 atoms in block 67 Block first atom: 1031 Blocpdb> 18 atoms in block 68 Block first atom: 1049 Blocpdb> 13 atoms in block 69 Block first atom: 1067 Blocpdb> 20 atoms in block 70 Block first atom: 1080 Blocpdb> 16 atoms in block 71 Block first atom: 1100 Blocpdb> 17 atoms in block 72 Block first atom: 1116 Blocpdb> 13 atoms in block 73 Block first atom: 1133 Blocpdb> 19 atoms in block 74 Block first atom: 1146 Blocpdb> 13 atoms in block 75 Block first atom: 1165 Blocpdb> 16 atoms in block 76 Block first atom: 1178 Blocpdb> 14 atoms in block 77 Block first atom: 1194 Blocpdb> 19 atoms in block 78 Block first atom: 1208 Blocpdb> 19 atoms in block 79 Block first atom: 1227 Blocpdb> 16 atoms in block 80 Block first atom: 1246 Blocpdb> 19 atoms in block 81 Block first atom: 1262 Blocpdb> 16 atoms in block 82 Block first atom: 1281 Blocpdb> 12 atoms in block 83 Block first atom: 1297 Blocpdb> 17 atoms in block 84 Block first atom: 1309 Blocpdb> 15 atoms in block 85 Block first atom: 1326 Blocpdb> 15 atoms in block 86 Block first atom: 1341 Blocpdb> 13 atoms in block 87 Block first atom: 1356 Blocpdb> 16 atoms in block 88 Block first atom: 1369 Blocpdb> 15 atoms in block 89 Block first atom: 1385 Blocpdb> 15 atoms in block 90 Block first atom: 1400 Blocpdb> 14 atoms in block 91 Block first atom: 1415 Blocpdb> 24 atoms in block 92 Block first atom: 1429 Blocpdb> 23 atoms in block 93 Block first atom: 1453 Blocpdb> 11 atoms in block 94 Block first atom: 1476 Blocpdb> 14 atoms in block 95 Block first atom: 1487 Blocpdb> 13 atoms in block 96 Block first atom: 1501 Blocpdb> 19 atoms in block 97 Block first atom: 1514 Blocpdb> 12 atoms in block 98 Block first atom: 1533 Blocpdb> 20 atoms in block 99 Block first atom: 1545 Blocpdb> 13 atoms in block 100 Block first atom: 1565 Blocpdb> 16 atoms in block 101 Block first atom: 1578 Blocpdb> 22 atoms in block 102 Block first atom: 1594 Blocpdb> 16 atoms in block 103 Block first atom: 1616 Blocpdb> 19 atoms in block 104 Block first atom: 1632 Blocpdb> 13 atoms in block 105 Block first atom: 1651 Blocpdb> 15 atoms in block 106 Block first atom: 1664 Blocpdb> 15 atoms in block 107 Block first atom: 1679 Blocpdb> 15 atoms in block 108 Block first atom: 1694 Blocpdb> 12 atoms in block 109 Block first atom: 1709 Blocpdb> 12 atoms in block 110 Block first atom: 1721 Blocpdb> 12 atoms in block 111 Block first atom: 1733 Blocpdb> 15 atoms in block 112 Block first atom: 1745 Blocpdb> 23 atoms in block 113 Block first atom: 1760 Blocpdb> 22 atoms in block 114 Block first atom: 1783 Blocpdb> 16 atoms in block 115 Block first atom: 1805 Blocpdb> 16 atoms in block 116 Block first atom: 1821 Blocpdb> 22 atoms in block 117 Block first atom: 1837 Blocpdb> 18 atoms in block 118 Block first atom: 1859 Blocpdb> 15 atoms in block 119 Block first atom: 1877 Blocpdb> 12 atoms in block 120 Block first atom: 1892 Blocpdb> 13 atoms in block 121 Block first atom: 1904 Blocpdb> 17 atoms in block 122 Block first atom: 1917 Blocpdb> 13 atoms in block 123 Block first atom: 1934 Blocpdb> 18 atoms in block 124 Block first atom: 1947 Blocpdb> 18 atoms in block 125 Block first atom: 1965 Blocpdb> 12 atoms in block 126 Block first atom: 1983 Blocpdb> 18 atoms in block 127 Block first atom: 1995 Blocpdb> 19 atoms in block 128 Block first atom: 2013 Blocpdb> 12 atoms in block 129 Block first atom: 2032 Blocpdb> 22 atoms in block 130 Block first atom: 2044 Blocpdb> 15 atoms in block 131 Block first atom: 2066 Blocpdb> 16 atoms in block 132 Block first atom: 2081 Blocpdb> 21 atoms in block 133 Block first atom: 2097 Blocpdb> 22 atoms in block 134 Block first atom: 2118 Blocpdb> 13 atoms in block 135 Block first atom: 2140 Blocpdb> 15 atoms in block 136 Block first atom: 2153 Blocpdb> 19 atoms in block 137 Block first atom: 2168 Blocpdb> 15 atoms in block 138 Block first atom: 2187 Blocpdb> 13 atoms in block 139 Block first atom: 2202 Blocpdb> 15 atoms in block 140 Block first atom: 2215 Blocpdb> 22 atoms in block 141 Block first atom: 2230 Blocpdb> 23 atoms in block 142 Block first atom: 2252 Blocpdb> 14 atoms in block 143 Block first atom: 2275 Blocpdb> 12 atoms in block 144 Block first atom: 2289 Blocpdb> 15 atoms in block 145 Block first atom: 2301 Blocpdb> 20 atoms in block 146 Block first atom: 2316 Blocpdb> 17 atoms in block 147 Block first atom: 2336 Blocpdb> 25 atoms in block 148 Block first atom: 2353 Blocpdb> 15 atoms in block 149 Block first atom: 2378 Blocpdb> 14 atoms in block 150 Block first atom: 2393 Blocpdb> 15 atoms in block 151 Block first atom: 2407 Blocpdb> 18 atoms in block 152 Block first atom: 2422 Blocpdb> 15 atoms in block 153 Block first atom: 2440 Blocpdb> 13 atoms in block 154 Block first atom: 2455 Blocpdb> 18 atoms in block 155 Block first atom: 2468 Blocpdb> 16 atoms in block 156 Block first atom: 2486 Blocpdb> 19 atoms in block 157 Block first atom: 2502 Blocpdb> 14 atoms in block 158 Block first atom: 2521 Blocpdb> 14 atoms in block 159 Block first atom: 2535 Blocpdb> 16 atoms in block 160 Block first atom: 2549 Blocpdb> 15 atoms in block 161 Block first atom: 2565 Blocpdb> 12 atoms in block 162 Block first atom: 2580 Blocpdb> 21 atoms in block 163 Block first atom: 2592 Blocpdb> 17 atoms in block 164 Block first atom: 2613 Blocpdb> 12 atoms in block 165 Block first atom: 2630 Blocpdb> 22 atoms in block 166 Block first atom: 2642 Blocpdb> 13 atoms in block 167 Block first atom: 2664 Blocpdb> 12 atoms in block 168 Block first atom: 2677 Blocpdb> 15 atoms in block 169 Block first atom: 2689 Blocpdb> 17 atoms in block 170 Block first atom: 2704 Blocpdb> 22 atoms in block 171 Block first atom: 2721 Blocpdb> 14 atoms in block 172 Block first atom: 2743 Blocpdb> 10 atoms in block 173 Block first atom: 2757 Blocpdb> 10 atoms in block 174 Block first atom: 2767 Blocpdb> 22 atoms in block 175 Block first atom: 2777 Blocpdb> 12 atoms in block 176 Block first atom: 2799 Blocpdb> 13 atoms in block 177 Block first atom: 2811 Blocpdb> 19 atoms in block 178 Block first atom: 2824 Blocpdb> 15 atoms in block 179 Block first atom: 2843 Blocpdb> 24 atoms in block 180 Block first atom: 2858 Blocpdb> 24 atoms in block 181 Block first atom: 2882 Blocpdb> 18 atoms in block 182 Block first atom: 2906 Blocpdb> 7 atoms in block 183 Block first atom: 2923 Blocpdb> 183 blocks. Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 1044021 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 8790 Prepmat> Matrix trace = 2280840.0000 Prepmat> Last element read: 8790 8790 157.8328 Prepmat> 16837 lines saved. Prepmat> 14967 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2930 RTB> Total mass = 2930.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 2930 RTB> Number of blocks = 183 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 237021.6430 RTB> 64539 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1098 Diagstd> Nb of non-zero elements: 64539 Diagstd> Projected matrix trace = 237021.6430 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1098 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 237021.6430 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 1.7574603 1.9404693 2.9058578 3.7283606 4.4831218 4.7094543 5.5352746 6.2129256 6.6028165 7.1464257 7.9345222 8.6846589 8.9257123 9.8022215 10.1414217 10.6469479 11.3734382 11.5022694 12.3045107 12.6537032 13.5039554 14.0158143 14.4593853 14.7048710 15.8202287 16.1726615 16.3796550 17.1874383 17.7191743 17.9097640 18.6477328 18.9778534 20.0850026 20.3625426 20.8618062 21.2543493 22.2296961 22.6108355 23.1695421 23.4405047 23.9757510 24.6676272 24.8646364 25.3669377 25.9410054 26.9136737 27.1104288 28.3167133 28.6678675 28.9253061 29.4740288 30.2327349 30.9359030 31.4820871 31.9829517 32.2475678 32.5868923 33.0223376 33.9463399 34.4049819 34.8741675 35.8822327 36.4049532 36.8280781 37.2281240 37.3494555 38.0400948 38.3906561 38.7746694 39.0512429 39.4214090 39.8593715 40.1140266 41.0906556 41.6542353 41.9893725 43.1967805 43.5171871 43.7952043 44.0957816 44.3994806 44.8288384 45.4706023 45.8751131 46.4831405 47.0532135 47.5031446 48.0882268 48.1839971 48.6828857 49.2020812 49.5779286 49.7119966 50.6220041 51.4787265 51.9003768 52.3215352 52.4739584 52.9223049 53.2757649 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034304 0.0034329 0.0034330 0.0034347 0.0034348 0.0034348 143.9587418 151.2685588 185.1110998 209.6786623 229.9246574 235.6571233 255.4846810 270.6720164 279.0357796 290.2951120 305.8832310 320.0159778 324.4268003 339.9832625 345.8156961 354.3299352 366.2192481 368.2875594 380.9144553 386.2816709 399.0485873 406.5410906 412.9240665 416.4145440 431.9183531 436.7028523 439.4886409 450.1951963 457.1061038 459.5578736 468.9303038 473.0628280 486.6662464 490.0171536 495.9880732 500.6326697 511.9906660 516.3611809 522.7018124 525.7493678 531.7180334 539.3354520 541.4848829 546.9269217 553.0809272 563.3545052 565.4099848 577.8521079 581.4240270 584.0287973 589.5423828 597.0820269 603.9857311 609.2941917 614.1218525 616.6571370 619.8930291 624.0209736 632.6911479 636.9508879 641.2792758 650.4815899 655.2024595 658.9990796 662.5686091 663.6474312 669.7551715 672.8341829 676.1909163 678.5982113 681.8068367 685.5837316 687.7702865 696.0922774 700.8496540 703.6634162 713.7086659 716.3506974 718.6353201 721.0971889 723.5761197 727.0663132 732.2521136 735.5019938 740.3601105 744.8861937 748.4390865 753.0341328 753.7836138 757.6758363 761.7053691 764.6091117 765.6422367 772.6182235 779.1286560 782.3129796 785.4807020 786.6240016 789.9773790 792.6110585 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2930 Rtb_to_modes> Number of blocs = 183 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9794E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9941E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9945E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.757 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.940 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.906 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.728 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.483 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.709 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.535 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.213 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.603 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.146 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.935 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.685 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.926 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.802 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.28 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1098 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00003 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 0.99997 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002 1.00001 1.00003 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999 1.00003 0.99998 1.00003 0.99998 0.99999 0.99999 1.00003 1.00000 1.00003 1.00000 1.00001 1.00001 1.00003 1.00003 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 0.99998 1.00003 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 0.99997 0.99999 0.99999 1.00000 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00003 0.99997 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00003 0.99998 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 52740 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00003 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 0.99997 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002 1.00001 1.00003 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999 1.00003 0.99998 1.00003 0.99998 0.99999 0.99999 1.00003 1.00000 1.00003 1.00000 1.00001 1.00001 1.00003 1.00003 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 0.99998 1.00003 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 0.99997 0.99999 0.99999 1.00000 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00003 0.99997 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00003 0.99998 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3: 0.000 0.000 Vector 4:-0.000-0.000-0.000 Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 7:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 8:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2604010807503467178.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2604010807503467178.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2604010807503467178.atom Openam> file on opening on unit 11: 2604010807503467178.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 364 First residue number = 208 Last residue number = 343 Number of atoms found = 2930 Mean number per residue = 8.0 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9794E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9941E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9945E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.757 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.940 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.906 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.728 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.483 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.709 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.535 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.213 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.603 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.146 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.935 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.685 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.926 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.802 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.28 Bfactors> 106 vectors, 8790 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.757000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.548 for 364 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.030 +/- 0.03 Bfactors> = 127.949 +/- 34.01 Bfactors> Shiftng-fct= 127.918 Bfactors> Scaling-fct= 1098.334 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2604010807503467178.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2604010807503467178.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4303E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 143.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 151.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 185.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 209.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 229.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 235.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 255.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 324.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 340.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 345.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 354.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 366.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 380.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 386.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 399.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 406.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 412.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 416.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 431.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 436.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 450.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 457.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 468.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 486.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 546.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 597.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 609.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 619.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 636.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 641.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 650.4 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vecteur en lecture: 685.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 700.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 703.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 718.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 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Chkmod> That is: 2930 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. 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DQ=-80 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom making animated gifs 11 models are in 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animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2604010807503467178 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom making animated gifs 11 models are in 2604010807503467178.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604010807503467178.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604010807503467178.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2604010807503467178 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=20 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100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604010807503467178.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2604010807503467178 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604010807503467178.eigenfacs 2604010807503467178.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604010807503467178.eigenfacs 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MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604010807503467178.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2604010807503467178.10.pdb 2604010807503467178.11.pdb 2604010807503467178.7.pdb 2604010807503467178.8.pdb 2604010807503467178.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m19.581s user 0m19.495s sys 0m0.080s rm: cannot remove '2604010807503467178.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: 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