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elNémo has been hacked on november 27th.
It has been moved away and runs again.
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* MEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE 05-OCT-07 2RH1 *

LOGs for ID: 26040511183760305

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 26040511183760305.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 26040511183760305.atom to be opened.

 Openam> File opened: 26040511183760305.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =    442
            First residue number     =     29
            Last  residue number     =    342
            Number of atoms found    =   3543
            Mean number per residue  =      8.0

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =   -30.929591 +/-     9.789994 From:   -58.613000 To:    -9.131000
 =    34.830924 +/-    24.295748 From:   -14.578000 To:    80.415000
 =    13.467120 +/-    12.819471 From:   -12.993000 To:    49.172000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   2.2905 % Filled.
 Pdbmat>      1293994  non-zero elements.
 Pdbmat>       141439 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     79.84 +/-     20.99
         Maximum number =    132
         Minimum number =     16

 Pdbmat> Matrix trace   = 2.828780E+06
 Pdbmat> Larger element =  522.593    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
442 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 26040511183760305.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          3
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 26040511183760305.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 26040511183760305.atom                                                                                                          

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>  3543 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     3 residue(s) per block.
 Blocpdb>   442 residues.
 Blocpdb>    21 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    28 atoms in block      2
 Block first atom:     22
 Blocpdb>    16 atoms in block      3
 Block first atom:     50
 Blocpdb>    23 atoms in block      4
 Block first atom:     66
 Blocpdb>    22 atoms in block      5
 Block first atom:     89
 Blocpdb>    20 atoms in block      6
 Block first atom:    111
 Blocpdb>    26 atoms in block      7
 Block first atom:    131
 Blocpdb>    19 atoms in block      8
 Block first atom:    157
 Blocpdb>    23 atoms in block      9
 Block first atom:    176
 Blocpdb>    20 atoms in block     10
 Block first atom:    199
 Blocpdb>    25 atoms in block     11
 Block first atom:    219
 Blocpdb>    28 atoms in block     12
 Block first atom:    244
 Blocpdb>    23 atoms in block     13
 Block first atom:    272
 Blocpdb>    27 atoms in block     14
 Block first atom:    295
 Blocpdb>    26 atoms in block     15
 Block first atom:    322
 Blocpdb>    19 atoms in block     16
 Block first atom:    348
 Blocpdb>    19 atoms in block     17
 Block first atom:    367
 Blocpdb>    23 atoms in block     18
 Block first atom:    386
 Blocpdb>    17 atoms in block     19
 Block first atom:    409
 Blocpdb>    21 atoms in block     20
 Block first atom:    426
 Blocpdb>    20 atoms in block     21
 Block first atom:    447
 Blocpdb>    23 atoms in block     22
 Block first atom:    467
 Blocpdb>    25 atoms in block     23
 Block first atom:    490
 Blocpdb>    29 atoms in block     24
 Block first atom:    515
 Blocpdb>    23 atoms in block     25
 Block first atom:    544
 Blocpdb>    31 atoms in block     26
 Block first atom:    567
 Blocpdb>    34 atoms in block     27
 Block first atom:    598
 Blocpdb>    21 atoms in block     28
 Block first atom:    632
 Blocpdb>    23 atoms in block     29
 Block first atom:    653
 Blocpdb>    20 atoms in block     30
 Block first atom:    676
 Blocpdb>    19 atoms in block     31
 Block first atom:    696
 Blocpdb>    24 atoms in block     32
 Block first atom:    715
 Blocpdb>    21 atoms in block     33
 Block first atom:    739
 Blocpdb>    20 atoms in block     34
 Block first atom:    760
 Blocpdb>    34 atoms in block     35
 Block first atom:    780
 Blocpdb>    20 atoms in block     36
 Block first atom:    814
 Blocpdb>    24 atoms in block     37
 Block first atom:    834
 Blocpdb>    30 atoms in block     38
 Block first atom:    858
 Blocpdb>    22 atoms in block     39
 Block first atom:    888
 Blocpdb>    24 atoms in block     40
 Block first atom:    910
 Blocpdb>    25 atoms in block     41
 Block first atom:    934
 Blocpdb>    23 atoms in block     42
 Block first atom:    959
 Blocpdb>    23 atoms in block     43
 Block first atom:    982
 Blocpdb>    29 atoms in block     44
 Block first atom:   1005
 Blocpdb>    18 atoms in block     45
 Block first atom:   1034
 Blocpdb>    24 atoms in block     46
 Block first atom:   1052
 Blocpdb>    23 atoms in block     47
 Block first atom:   1076
 Blocpdb>    27 atoms in block     48
 Block first atom:   1099
 Blocpdb>    37 atoms in block     49
 Block first atom:   1126
 Blocpdb>    22 atoms in block     50
 Block first atom:   1163
 Blocpdb>    23 atoms in block     51
 Block first atom:   1185
 Blocpdb>    22 atoms in block     52
 Block first atom:   1208
 Blocpdb>    26 atoms in block     53
 Block first atom:   1230
 Blocpdb>    22 atoms in block     54
 Block first atom:   1256
 Blocpdb>    25 atoms in block     55
 Block first atom:   1278
 Blocpdb>    26 atoms in block     56
 Block first atom:   1303
 Blocpdb>    26 atoms in block     57
 Block first atom:   1329
 Blocpdb>    18 atoms in block     58
 Block first atom:   1355
 Blocpdb>    20 atoms in block     59
 Block first atom:   1373
 Blocpdb>    24 atoms in block     60
 Block first atom:   1393
 Blocpdb>    26 atoms in block     61
 Block first atom:   1417
 Blocpdb>    23 atoms in block     62
 Block first atom:   1443
 Blocpdb>    26 atoms in block     63
 Block first atom:   1466
 Blocpdb>    25 atoms in block     64
 Block first atom:   1492
 Blocpdb>    29 atoms in block     65
 Block first atom:   1517
 Blocpdb>    23 atoms in block     66
 Block first atom:   1546
 Blocpdb>    29 atoms in block     67
 Block first atom:   1569
 Blocpdb>     8 atoms in block     68
 Block first atom:   1598
 Blocpdb>    27 atoms in block     69
 Block first atom:   1606
 Blocpdb>    25 atoms in block     70
 Block first atom:   1633
 Blocpdb>    27 atoms in block     71
 Block first atom:   1658
 Blocpdb>    21 atoms in block     72
 Block first atom:   1685
 Blocpdb>    28 atoms in block     73
 Block first atom:   1706
 Blocpdb>    29 atoms in block     74
 Block first atom:   1734
 Blocpdb>    24 atoms in block     75
 Block first atom:   1763
 Blocpdb>    28 atoms in block     76
 Block first atom:   1787
 Blocpdb>    19 atoms in block     77
 Block first atom:   1815
 Blocpdb>    22 atoms in block     78
 Block first atom:   1834
 Blocpdb>    23 atoms in block     79
 Block first atom:   1856
 Blocpdb>    22 atoms in block     80
 Block first atom:   1879
 Blocpdb>    22 atoms in block     81
 Block first atom:   1901
 Blocpdb>    19 atoms in block     82
 Block first atom:   1923
 Blocpdb>    23 atoms in block     83
 Block first atom:   1942
 Blocpdb>    22 atoms in block     84
 Block first atom:   1965
 Blocpdb>    23 atoms in block     85
 Block first atom:   1987
 Blocpdb>    23 atoms in block     86
 Block first atom:   2010
 Blocpdb>    19 atoms in block     87
 Block first atom:   2033
 Blocpdb>    24 atoms in block     88
 Block first atom:   2052
 Blocpdb>    23 atoms in block     89
 Block first atom:   2076
 Blocpdb>    28 atoms in block     90
 Block first atom:   2099
 Blocpdb>    25 atoms in block     91
 Block first atom:   2127
 Blocpdb>    20 atoms in block     92
 Block first atom:   2152
 Blocpdb>    23 atoms in block     93
 Block first atom:   2172
 Blocpdb>    20 atoms in block     94
 Block first atom:   2195
 Blocpdb>    24 atoms in block     95
 Block first atom:   2215
 Blocpdb>    26 atoms in block     96
 Block first atom:   2239
 Blocpdb>    26 atoms in block     97
 Block first atom:   2265
 Blocpdb>    22 atoms in block     98
 Block first atom:   2291
 Blocpdb>    20 atoms in block     99
 Block first atom:   2313
 Blocpdb>    27 atoms in block    100
 Block first atom:   2333
 Blocpdb>    21 atoms in block    101
 Block first atom:   2360
 Blocpdb>    23 atoms in block    102
 Block first atom:   2381
 Blocpdb>    28 atoms in block    103
 Block first atom:   2404
 Blocpdb>    20 atoms in block    104
 Block first atom:   2432
 Blocpdb>    16 atoms in block    105
 Block first atom:   2452
 Blocpdb>    22 atoms in block    106
 Block first atom:   2468
 Blocpdb>    22 atoms in block    107
 Block first atom:   2490
 Blocpdb>    27 atoms in block    108
 Block first atom:   2512
 Blocpdb>    27 atoms in block    109
 Block first atom:   2539
 Blocpdb>    33 atoms in block    110
 Block first atom:   2566
 Blocpdb>    19 atoms in block    111
 Block first atom:   2599
 Blocpdb>    23 atoms in block    112
 Block first atom:   2618
 Blocpdb>    20 atoms in block    113
 Block first atom:   2641
 Blocpdb>    37 atoms in block    114
 Block first atom:   2661
 Blocpdb>    24 atoms in block    115
 Block first atom:   2698
 Blocpdb>    26 atoms in block    116
 Block first atom:   2722
 Blocpdb>    25 atoms in block    117
 Block first atom:   2748
 Blocpdb>    22 atoms in block    118
 Block first atom:   2773
 Blocpdb>    29 atoms in block    119
 Block first atom:   2795
 Blocpdb>    18 atoms in block    120
 Block first atom:   2824
 Blocpdb>    27 atoms in block    121
 Block first atom:   2842
 Blocpdb>    12 atoms in block    122
 Block first atom:   2869
 Blocpdb>    26 atoms in block    123
 Block first atom:   2881
 Blocpdb>    26 atoms in block    124
 Block first atom:   2907
 Blocpdb>    24 atoms in block    125
 Block first atom:   2933
 Blocpdb>    24 atoms in block    126
 Block first atom:   2957
 Blocpdb>    20 atoms in block    127
 Block first atom:   2981
 Blocpdb>    20 atoms in block    128
 Block first atom:   3001
 Blocpdb>    25 atoms in block    129
 Block first atom:   3021
 Blocpdb>    28 atoms in block    130
 Block first atom:   3046
 Blocpdb>    26 atoms in block    131
 Block first atom:   3074
 Blocpdb>    26 atoms in block    132
 Block first atom:   3100
 Blocpdb>    23 atoms in block    133
 Block first atom:   3126
 Blocpdb>    25 atoms in block    134
 Block first atom:   3149
 Blocpdb>    25 atoms in block    135
 Block first atom:   3174
 Blocpdb>    27 atoms in block    136
 Block first atom:   3199
 Blocpdb>    25 atoms in block    137
 Block first atom:   3226
 Blocpdb>    28 atoms in block    138
 Block first atom:   3251
 Blocpdb>    30 atoms in block    139
 Block first atom:   3279
 Blocpdb>    24 atoms in block    140
 Block first atom:   3309
 Blocpdb>    21 atoms in block    141
 Block first atom:   3333
 Blocpdb>    23 atoms in block    142
 Block first atom:   3354
 Blocpdb>    23 atoms in block    143
 Block first atom:   3377
 Blocpdb>    29 atoms in block    144
 Block first atom:   3400
 Blocpdb>    21 atoms in block    145
 Block first atom:   3429
 Blocpdb>    30 atoms in block    146
 Block first atom:   3450
 Blocpdb>    25 atoms in block    147
 Block first atom:   3480
 Blocpdb>    25 atoms in block    148
 Block first atom:   3505
 Blocpdb>    14 atoms in block    149
 Block first atom:   3529

 Blocpdb>   149 blocks.

 Blocpdb> At most,     37 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,     8 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>      1294143 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =      10629

 Prepmat> Matrix trace    =    2828780.0000
 Prepmat> Last element read:   10629  10629       166.8659
 Prepmat>        11176 lines saved.
 Prepmat>         9801 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:  3543
 RTB> Total mass =        3543.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:  3543
 RTB> Number of blocks =   149
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =  184995.2092
 RTB>     47229 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      894
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    47229
 Diagstd> Projected matrix trace =  184995.2092

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    894 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues = 184995.2092
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.1467511      0.1888574      0.2889654      1.0158234
      1.2234013      1.8230345      1.9377285      2.2727085      2.3887429
      3.4856570      3.8756341      4.3219754      5.1772143      6.1743198
      7.1094683      7.9949996      8.1625482      8.3826908      9.6550389
      9.8785061     10.4745638     11.2872679     11.3739610     12.2602269
     13.2034817     13.5318825     14.7158962     15.8016383     16.5428454
     16.8889220     17.3187397     17.6141494     18.0997054     18.5551846
     19.8034632     19.9473369     20.6845430     22.3211063     22.6013717
     24.4313082     25.0067709     25.5600368     25.8337791     26.2397694
     26.6453523     27.3070185     27.5780421     28.1396747     29.0121856
     29.4378762     30.1355250     30.4026521     31.3064796     31.8753592
     32.6685477     32.9082736     33.0851234     34.0807016     35.0949074
     36.0243082     36.1479948     36.3224963     37.5464456     38.1258536
     38.4894488     39.5815194     39.9887102     40.5544116     41.3964691
     41.7210781     42.6760747     42.8939381     43.4778292     43.7403029
     44.1072136     44.3522313     45.1101068     46.2734137     46.4370470
     47.4580923     48.1395495     48.6635948     49.3903584     50.0020683
     50.2184996     51.0215577     51.5407087     52.3482918     53.2064161
     53.9193417     54.2875598     54.4045048     54.9061327     55.0354767
     55.9566072     56.3348345     56.6176751     57.8098244     58.3879148
     58.7106501

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034329      0.0034333      0.0034334      0.0034337      0.0034344
      0.0034345     41.5992941     47.1913317     58.3738320    109.4471323
    120.1101591    146.6198331    151.1616925    163.7069626    167.8340155
    202.7391428    213.7797992    225.7545054    247.0832762    269.8297567
    289.5435147    307.0467487    310.2474056    314.4032328    337.4211441
    341.3036363    351.4497625    364.8292889    366.2276646    380.2283845
    394.5840394    399.4610045    416.5706213    431.6645049    441.6725271
    446.2685120    451.9115307    455.7494135    461.9883593    467.7652114
    483.2433132    484.9955363    493.8763672    513.0422578    516.2531076
    536.7457834    543.0303315    549.0046434    551.9366730    556.2567418
    560.5392311    567.4563006    570.2653652    576.0428851    584.9052284
    589.1807077    596.1213288    598.7575675    607.5924906    613.0880114
    620.6691995    622.9423117    624.6139213    633.9420263    643.3055980
    651.7681062    652.8860447    654.4600247    665.3952486    670.5097053
    673.6993466    683.1900160    686.6951479    691.5352657    698.6777773
    701.4117574    709.3940047    711.2024445    716.0266827    718.1847404
    721.1906564    723.1910068    729.3436527    738.6880106    739.9929417
    748.0840904    753.4358675    757.5257045    763.1613527    767.8727660
    769.5328200    775.6613237    779.5975640    785.6815191    792.0950213
    797.3840993    800.1021563    800.9634732    804.6475773    805.5947854
    812.3084435    815.0491365    817.0926357    825.6502281    829.7681544
    832.0582385

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =   3543
 Rtb_to_modes> Number of blocs =    149

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9939E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9961E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9966E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9985E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.1468    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.1889    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.2890    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.016    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.223    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.823    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.938    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.273    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.389    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.486    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.876    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.322    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.177    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.174    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.109    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    22
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.995    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    23
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.163    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    24
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.383    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    25
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.655    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.879    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    27
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.47    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    28
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.29    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.37    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.26    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.20    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.53    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.72    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.80    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.54    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.89    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   17.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   17.61    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.80    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    45
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.60    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    46
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   24.43    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    48
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.83    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.31    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.58    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.44    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.31    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.88    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.67    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   34.08    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.02    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.15    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.55    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.58    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.99    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.55    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.72    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.89    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.74    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.11    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.11    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.44    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.46    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.66    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.22    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.02    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.54    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.21    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.92    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.29    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.33    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.62    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.81    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.71    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    894 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
 1.00000 1.00000 0.99997 1.00001 1.00000
 0.99997 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
 0.99998 0.99997 0.99999 0.99998 0.99998
 1.00002 0.99997 1.00001 0.99998 1.00000
 0.99997 1.00002 0.99997 0.99998 1.00001
 0.99999 1.00001 1.00000 0.99997 1.00001
 1.00002 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999
 0.99998 0.99999 1.00004 0.99997 1.00002
 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001
 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002 1.00000
 0.99999 1.00002 1.00002 0.99999 1.00000
 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 0.99997
 1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 0.99999
 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001
 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001
 1.00000 1.00000 1.00004 1.00000 1.00000
 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998
 1.00001 1.00001 0.99999 0.99998 0.99999
 0.99999 1.00001 0.99999 1.00003 1.00000
 0.99999 0.99997 0.99999 1.00001 0.99999
 1.00000

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    63774 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
 1.00000 1.00000 0.99997 1.00001 1.00000
 0.99997 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
 0.99998 0.99997 0.99999 0.99998 0.99998
 1.00002 0.99997 1.00001 0.99998 1.00000
 0.99997 1.00002 0.99997 0.99998 1.00001
 0.99999 1.00001 1.00000 0.99997 1.00001
 1.00002 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999
 0.99998 0.99999 1.00004 0.99997 1.00002
 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001
 0.99999 1.00001 1.00002 1.00002 1.00000
 0.99999 1.00002 1.00002 0.99999 1.00000
 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 0.99997
 1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 0.99999
 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001
 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001
 1.00000 1.00000 1.00004 1.00000 1.00000
 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998
 1.00001 1.00001 0.99999 0.99998 0.99999
 0.99999 1.00001 0.99999 1.00003 1.00000
 0.99999 0.99997 0.99999 1.00001 0.99999
 1.00000

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2:-0.000
 Vector   3:-0.000 0.000
 Vector   4:-0.000-0.000 0.000
 Vector   5: 0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector   6: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   7:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   8: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   9:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector  10:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 26040511183760305.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 26040511183760305.eigenfacs                                     
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 26040511183760305.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 26040511183760305.atom                                          
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =    442
            First residue number     =     29
            Last  residue number     =    342
            Number of atoms found    =   3543
            Mean number per residue  =      8.0

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9939E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9961E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9966E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9985E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.1468    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.1889    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.2890    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.016    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.223    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.823    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.938    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.273    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.389    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.486    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.876    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.322    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.177    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.174    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.109    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.995    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.163    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.383    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.655    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.879    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.47    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.20    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.53    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.72    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.54    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   17.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   17.61    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.60    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.43    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.83    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.31    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.44    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.31    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.88    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.67    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.15    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.99    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.72    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.74    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.11    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.11    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.44    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.46    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.66    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.22    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.54    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.62    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.71    

 Bfactors>  106 vectors,  10629 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.146800
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=      0.331 for    442 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.100 +/-   0.09
 Bfactors> =     74.790 +/-   4.94
 Bfactors> Shiftng-fct=     74.690
 Bfactors> Scaling-fct=     57.836

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 26040511183760305.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 26040511183760305.eigenfacs                                     

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4328E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4331E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4332E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4336E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4343E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4343E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   41.60    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   47.19    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   596.1    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   598.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   607.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   613.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   620.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   622.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   624.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   654.4    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   665.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   670.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   683.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   686.7    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   716.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   718.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   723.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   729.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   738.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   740.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   748.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   753.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   757.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   763.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   767.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   769.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   775.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   779.6    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   785.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   797.4    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   800.1    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   804.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   805.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   812.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   815.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   817.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   825.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   829.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   832.0    

 Chkmod>  106 vectors,  10629 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:   3543 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.9811
      0.0034      0.7404
      0.0034      0.6617
      0.0034      0.6801
      0.0034      0.9833
      0.0034      0.9826
     41.6044      0.7062
     47.1946      0.5834
     58.3748      0.6828
    109.4519      0.5509
    120.0853      0.2063
    146.6122      0.4255
    151.1658      0.3473
    163.7104      0.6757
    167.8358      0.6054
    202.7404      0.4042
    213.7807      0.5097
    225.7455      0.5606
    247.0676      0.1260
    269.8112      0.3601
    289.5215      0.1572
    307.0336      0.2935
    310.2427      0.2212
    314.3955      0.2866
    337.4060      0.2531
    341.2975      0.2890
    351.3581      0.3146
    364.8578      0.4273
    366.1482      0.3782
    380.2085      0.4732
    394.5151      0.3952
    399.4161      0.4801
    416.6108      0.5403
    431.6236      0.2695
    441.6156      0.3213
    446.2636      0.3841
    451.9086      0.2851
    455.6762      0.2309
    461.9723      0.3171
    467.8058      0.4213
    483.1803      0.2704
    485.0071      0.5156
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    513.0075      0.3696
    516.2153      0.4071
    536.7084      0.3401
    543.0421      0.3931
    548.9807      0.3765
    551.8726      0.3204
    556.2353      0.4060
    560.5641      0.2952
    567.4629      0.5426
    570.2611      0.4716
    576.0215      0.3815
    584.8581      0.1987
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    651.7012      0.5053
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    670.5174      0.4307
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    686.6767      0.4445
    691.4680      0.5135
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    701.3726      0.3823
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    711.1393      0.4788
    716.0138      0.5769
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    738.6291      0.2171
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    753.4070      0.5129
    757.4652      0.5704
    763.1258      0.4992
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    829.7474      0.5931
    832.0179      0.4995
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 26040511183760305 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
26040511183760305.eigenfacs
26040511183760305.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
26040511183760305.eigenfacs
26040511183760305.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
26040511183760305.eigenfacs
26040511183760305.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
26040511183760305.eigenfacs
26040511183760305.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
26040511183760305.eigenfacs
26040511183760305.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
26040511183760305.eigenfacs
26040511183760305.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
26040511183760305.eigenfacs
26040511183760305.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
26040511183760305.eigenfacs
26040511183760305.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
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26040511183760305.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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26040511183760305.atom
making animated gifs
11 models are in 26040511183760305.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 26040511183760305.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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11 models are in 26040511183760305.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 26040511183760305.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 26040511183760305.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 26040511183760305.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 10
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calculating perturbed structure for DQ=40
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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11 models are in 26040511183760305.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 26040511183760305.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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calculating perturbed structure for DQ=20
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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26040511183760305.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m14.664s
user	0m14.507s
sys	0m0.118s
rm: cannot remove '26040511183760305.sdijf': No such file or directory
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.
elNémo has been hacked on november 27th.
It has been moved away and runs again.
Still some additional cleaning from time to time
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* MEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE 05-OCT-07 2RH1 *
