*** tfg ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604141329192005174.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604141329192005174.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604141329192005174.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1198
First residue number = 1
Last residue number = 17
Number of atoms found = 9551
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 152.919436 +/- 12.638543 From: 119.653000 To: 188.646000
= 155.907228 +/- 14.441009 From: 115.311000 To: 192.188000
= 132.879882 +/- 31.569922 From: 71.117000 To: 203.690000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'UNK ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'UNK ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'UNK ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'UNK ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'UNK ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'UNK ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'UNK ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'UNK ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'UNK ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 17 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.8575 % Filled.
Pdbmat> 3520270 non-zero elements.
Pdbmat> 384841 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 80.59 +/- 19.24
Maximum number = 122
Minimum number = 11
Pdbmat> Matrix trace = 7.696820E+06
Pdbmat> Larger element = 507.038
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1198 non-zero elements, NRBL set to 6
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2604141329192005174.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 6
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2604141329192005174.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2604141329192005174.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 9551 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 6 residue(s) per block.
Blocpdb> 1198 residues.
Blocpdb> 49 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 43 atoms in block 2
Block first atom: 50
Blocpdb> 51 atoms in block 3
Block first atom: 93
Blocpdb> 55 atoms in block 4
Block first atom: 144
Blocpdb> 56 atoms in block 5
Block first atom: 199
Blocpdb> 50 atoms in block 6
Block first atom: 255
Blocpdb> 50 atoms in block 7
Block first atom: 305
Blocpdb> 42 atoms in block 8
Block first atom: 355
Blocpdb> 49 atoms in block 9
Block first atom: 397
Blocpdb> 62 atoms in block 10
Block first atom: 446
Blocpdb> 45 atoms in block 11
Block first atom: 508
Blocpdb> 45 atoms in block 12
Block first atom: 553
Blocpdb> 58 atoms in block 13
Block first atom: 598
Blocpdb> 67 atoms in block 14
Block first atom: 656
Blocpdb> 51 atoms in block 15
Block first atom: 723
Blocpdb> 41 atoms in block 16
Block first atom: 774
Blocpdb> 47 atoms in block 17
Block first atom: 815
Blocpdb> 42 atoms in block 18
Block first atom: 862
Blocpdb> 52 atoms in block 19
Block first atom: 904
Blocpdb> 48 atoms in block 20
Block first atom: 956
Blocpdb> 44 atoms in block 21
Block first atom: 1004
Blocpdb> 49 atoms in block 22
Block first atom: 1048
Blocpdb> 49 atoms in block 23
Block first atom: 1097
Blocpdb> 45 atoms in block 24
Block first atom: 1146
Blocpdb> 48 atoms in block 25
Block first atom: 1191
Blocpdb> 49 atoms in block 26
Block first atom: 1239
Blocpdb> 54 atoms in block 27
Block first atom: 1288
Blocpdb> 47 atoms in block 28
Block first atom: 1342
Blocpdb> 49 atoms in block 29
Block first atom: 1389
Blocpdb> 43 atoms in block 30
Block first atom: 1438
Blocpdb> 43 atoms in block 31
Block first atom: 1481
Blocpdb> 52 atoms in block 32
Block first atom: 1524
Blocpdb> 39 atoms in block 33
Block first atom: 1576
Blocpdb> 55 atoms in block 34
Block first atom: 1615
Blocpdb> 44 atoms in block 35
Block first atom: 1670
Blocpdb> 50 atoms in block 36
Block first atom: 1714
Blocpdb> 45 atoms in block 37
Block first atom: 1764
Blocpdb> 38 atoms in block 38
Block first atom: 1809
Blocpdb> 47 atoms in block 39
Block first atom: 1847
Blocpdb> 45 atoms in block 40
Block first atom: 1894
Blocpdb> 48 atoms in block 41
Block first atom: 1939
Blocpdb> 56 atoms in block 42
Block first atom: 1987
Blocpdb> 47 atoms in block 43
Block first atom: 2043
Blocpdb> 45 atoms in block 44
Block first atom: 2090
Blocpdb> 50 atoms in block 45
Block first atom: 2135
Blocpdb> 45 atoms in block 46
Block first atom: 2185
Blocpdb> 54 atoms in block 47
Block first atom: 2230
Blocpdb> 50 atoms in block 48
Block first atom: 2284
Blocpdb> 53 atoms in block 49
Block first atom: 2334
Blocpdb> 45 atoms in block 50
Block first atom: 2387
Blocpdb> 61 atoms in block 51
Block first atom: 2432
Blocpdb> 50 atoms in block 52
Block first atom: 2493
Blocpdb> 46 atoms in block 53
Block first atom: 2543
Blocpdb> 47 atoms in block 54
Block first atom: 2589
Blocpdb> 46 atoms in block 55
Block first atom: 2636
Blocpdb> 52 atoms in block 56
Block first atom: 2682
Blocpdb> 50 atoms in block 57
Block first atom: 2734
Blocpdb> 48 atoms in block 58
Block first atom: 2784
Blocpdb> 50 atoms in block 59
Block first atom: 2832
Blocpdb> 49 atoms in block 60
Block first atom: 2882
Blocpdb> 52 atoms in block 61
Block first atom: 2931
Blocpdb> 47 atoms in block 62
Block first atom: 2983
Blocpdb> 54 atoms in block 63
Block first atom: 3030
Blocpdb> 54 atoms in block 64
Block first atom: 3084
Blocpdb> 49 atoms in block 65
Block first atom: 3138
Blocpdb> 48 atoms in block 66
Block first atom: 3187
Blocpdb> 53 atoms in block 67
Block first atom: 3235
Blocpdb> 45 atoms in block 68
Block first atom: 3288
Blocpdb> 11 atoms in block 69
Block first atom: 3333
Blocpdb> 41 atoms in block 70
Block first atom: 3344
Blocpdb> 52 atoms in block 71
Block first atom: 3385
Blocpdb> 50 atoms in block 72
Block first atom: 3437
Blocpdb> 37 atoms in block 73
Block first atom: 3487
Blocpdb> 35 atoms in block 74
Block first atom: 3524
Blocpdb> 44 atoms in block 75
Block first atom: 3559
Blocpdb> 46 atoms in block 76
Block first atom: 3603
Blocpdb> 43 atoms in block 77
Block first atom: 3649
Blocpdb> 48 atoms in block 78
Block first atom: 3692
Blocpdb> 49 atoms in block 79
Block first atom: 3740
Blocpdb> 47 atoms in block 80
Block first atom: 3789
Blocpdb> 49 atoms in block 81
Block first atom: 3836
Blocpdb> 48 atoms in block 82
Block first atom: 3885
Blocpdb> 63 atoms in block 83
Block first atom: 3933
Blocpdb> 41 atoms in block 84
Block first atom: 3996
Blocpdb> 51 atoms in block 85
Block first atom: 4037
Blocpdb> 49 atoms in block 86
Block first atom: 4088
Blocpdb> 43 atoms in block 87
Block first atom: 4137
Blocpdb> 40 atoms in block 88
Block first atom: 4180
Blocpdb> 39 atoms in block 89
Block first atom: 4220
Blocpdb> 49 atoms in block 90
Block first atom: 4259
Blocpdb> 46 atoms in block 91
Block first atom: 4308
Blocpdb> 52 atoms in block 92
Block first atom: 4354
Blocpdb> 48 atoms in block 93
Block first atom: 4406
Blocpdb> 48 atoms in block 94
Block first atom: 4454
Blocpdb> 49 atoms in block 95
Block first atom: 4502
Blocpdb> 43 atoms in block 96
Block first atom: 4551
Blocpdb> 51 atoms in block 97
Block first atom: 4594
Blocpdb> 46 atoms in block 98
Block first atom: 4645
Blocpdb> 49 atoms in block 99
Block first atom: 4691
Blocpdb> 51 atoms in block 100
Block first atom: 4740
Blocpdb> 48 atoms in block 101
Block first atom: 4791
Blocpdb> 49 atoms in block 102
Block first atom: 4839
Blocpdb> 42 atoms in block 103
Block first atom: 4888
Blocpdb> 56 atoms in block 104
Block first atom: 4930
Blocpdb> 55 atoms in block 105
Block first atom: 4986
Blocpdb> 49 atoms in block 106
Block first atom: 5041
Blocpdb> 51 atoms in block 107
Block first atom: 5090
Blocpdb> 48 atoms in block 108
Block first atom: 5141
Blocpdb> 38 atoms in block 109
Block first atom: 5189
Blocpdb> 50 atoms in block 110
Block first atom: 5227
Blocpdb> 22 atoms in block 111
Block first atom: 5277
Blocpdb> 46 atoms in block 112
Block first atom: 5299
Blocpdb> 42 atoms in block 113
Block first atom: 5345
Blocpdb> 60 atoms in block 114
Block first atom: 5387
Blocpdb> 43 atoms in block 115
Block first atom: 5447
Blocpdb> 44 atoms in block 116
Block first atom: 5490
Blocpdb> 49 atoms in block 117
Block first atom: 5534
Blocpdb> 47 atoms in block 118
Block first atom: 5583
Blocpdb> 45 atoms in block 119
Block first atom: 5630
Blocpdb> 53 atoms in block 120
Block first atom: 5675
Blocpdb> 45 atoms in block 121
Block first atom: 5728
Blocpdb> 44 atoms in block 122
Block first atom: 5773
Blocpdb> 37 atoms in block 123
Block first atom: 5817
Blocpdb> 52 atoms in block 124
Block first atom: 5854
Blocpdb> 46 atoms in block 125
Block first atom: 5906
Blocpdb> 47 atoms in block 126
Block first atom: 5952
Blocpdb> 53 atoms in block 127
Block first atom: 5999
Blocpdb> 48 atoms in block 128
Block first atom: 6052
Blocpdb> 37 atoms in block 129
Block first atom: 6100
Blocpdb> 43 atoms in block 130
Block first atom: 6137
Blocpdb> 50 atoms in block 131
Block first atom: 6180
Blocpdb> 41 atoms in block 132
Block first atom: 6230
Blocpdb> 51 atoms in block 133
Block first atom: 6271
Blocpdb> 53 atoms in block 134
Block first atom: 6322
Blocpdb> 52 atoms in block 135
Block first atom: 6375
Blocpdb> 45 atoms in block 136
Block first atom: 6427
Blocpdb> 51 atoms in block 137
Block first atom: 6472
Blocpdb> 41 atoms in block 138
Block first atom: 6523
Blocpdb> 53 atoms in block 139
Block first atom: 6564
Blocpdb> 54 atoms in block 140
Block first atom: 6617
Blocpdb> 56 atoms in block 141
Block first atom: 6671
Blocpdb> 48 atoms in block 142
Block first atom: 6727
Blocpdb> 53 atoms in block 143
Block first atom: 6775
Blocpdb> 52 atoms in block 144
Block first atom: 6828
Blocpdb> 61 atoms in block 145
Block first atom: 6880
Blocpdb> 51 atoms in block 146
Block first atom: 6941
Blocpdb> 49 atoms in block 147
Block first atom: 6992
Blocpdb> 48 atoms in block 148
Block first atom: 7041
Blocpdb> 37 atoms in block 149
Block first atom: 7089
Blocpdb> 46 atoms in block 150
Block first atom: 7126
Blocpdb> 44 atoms in block 151
Block first atom: 7172
Blocpdb> 52 atoms in block 152
Block first atom: 7216
Blocpdb> 40 atoms in block 153
Block first atom: 7268
Blocpdb> 45 atoms in block 154
Block first atom: 7308
Blocpdb> 48 atoms in block 155
Block first atom: 7353
Blocpdb> 55 atoms in block 156
Block first atom: 7401
Blocpdb> 27 atoms in block 157
Block first atom: 7456
Blocpdb> 47 atoms in block 158
Block first atom: 7483
Blocpdb> 44 atoms in block 159
Block first atom: 7530
Blocpdb> 49 atoms in block 160
Block first atom: 7574
Blocpdb> 37 atoms in block 161
Block first atom: 7623
Blocpdb> 47 atoms in block 162
Block first atom: 7660
Blocpdb> 42 atoms in block 163
Block first atom: 7707
Blocpdb> 47 atoms in block 164
Block first atom: 7749
Blocpdb> 36 atoms in block 165
Block first atom: 7796
Blocpdb> 44 atoms in block 166
Block first atom: 7832
Blocpdb> 51 atoms in block 167
Block first atom: 7876
Blocpdb> 45 atoms in block 168
Block first atom: 7927
Blocpdb> 42 atoms in block 169
Block first atom: 7972
Blocpdb> 51 atoms in block 170
Block first atom: 8014
Blocpdb> 57 atoms in block 171
Block first atom: 8065
Blocpdb> 46 atoms in block 172
Block first atom: 8122
Blocpdb> 52 atoms in block 173
Block first atom: 8168
Blocpdb> 50 atoms in block 174
Block first atom: 8220
Blocpdb> 53 atoms in block 175
Block first atom: 8270
Blocpdb> 54 atoms in block 176
Block first atom: 8323
Blocpdb> 52 atoms in block 177
Block first atom: 8377
Blocpdb> 43 atoms in block 178
Block first atom: 8429
Blocpdb> 48 atoms in block 179
Block first atom: 8472
Blocpdb> 51 atoms in block 180
Block first atom: 8520
Blocpdb> 36 atoms in block 181
Block first atom: 8571
Blocpdb> 47 atoms in block 182
Block first atom: 8607
Blocpdb> 44 atoms in block 183
Block first atom: 8654
Blocpdb> 47 atoms in block 184
Block first atom: 8698
Blocpdb> 46 atoms in block 185
Block first atom: 8745
Blocpdb> 45 atoms in block 186
Block first atom: 8791
Blocpdb> 49 atoms in block 187
Block first atom: 8836
Blocpdb> 54 atoms in block 188
Block first atom: 8885
Blocpdb> 47 atoms in block 189
Block first atom: 8939
Blocpdb> 44 atoms in block 190
Block first atom: 8986
Blocpdb> 53 atoms in block 191
Block first atom: 9030
Blocpdb> 45 atoms in block 192
Block first atom: 9083
Blocpdb> 52 atoms in block 193
Block first atom: 9128
Blocpdb> 53 atoms in block 194
Block first atom: 9180
Blocpdb> 52 atoms in block 195
Block first atom: 9233
Blocpdb> 50 atoms in block 196
Block first atom: 9285
Blocpdb> 52 atoms in block 197
Block first atom: 9335
Blocpdb> 45 atoms in block 198
Block first atom: 9387
Blocpdb> 35 atoms in block 199
Block first atom: 9432
Blocpdb> 30 atoms in block 200
Block first atom: 9467
Blocpdb> 30 atoms in block 201
Block first atom: 9497
Blocpdb> 25 atoms in block 202
Block first atom: 9526
Blocpdb> 202 blocks.
Blocpdb> At most, 67 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 11 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 3520472 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 28653
Prepmat> Matrix trace = 7696820.0000
Prepmat> Last element read: 28653 28653 70.7709
Prepmat> 20504 lines saved.
Prepmat> 18784 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 9551
RTB> Total mass = 9551.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 9551
RTB> Number of blocks = 202
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 205761.9270
RTB> 58854 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1212
Diagstd> Nb of non-zero elements: 58854
Diagstd> Projected matrix trace = 205761.9270
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1212 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 205761.9270
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.5531009 0.7202974 0.9189772 2.6096582
2.7270434 2.9758639 3.0804756 4.1041219 4.6420531
5.0402645 5.5709315 5.8825043 6.9286503 7.3557622
7.5969485 7.7533812 8.1680670 8.5308469 8.8377694
9.1470853 9.6843918 9.9365369 10.8298211 11.2458433
11.4894025 11.7634798 11.8902637 12.0584386 12.2617197
12.7297624 12.9236315 13.3976050 13.6819926 14.0565246
14.1521597 14.5133563 14.7600558 15.2525518 15.4850684
15.9715088 16.3485076 17.0484809 17.1569710 17.6451528
17.8876739 18.0290115 18.2874606 18.8692342 19.6129672
19.6861314 19.8635064 20.3137695 20.5541361 20.8822743
21.5439716 21.8106574 21.8522998 22.3959538 22.9859721
23.2495722 23.8603786 24.0252429 24.6081939 24.7456461
24.9915466 25.7537937 25.9996562 26.2760333 26.6070188
26.7083952 26.9479169 27.2677350 27.8622101 28.5425429
28.6196627 28.8824973 28.9081433 29.3150115 29.7680052
30.2693565 30.4528711 30.6601002 30.8511899 31.3488953
31.5505876 32.3915707 32.5673958 32.9791326 33.0836038
33.2731615 33.6602729 33.9694390 34.3289537 34.5351833
34.9952520 35.5246620 35.7617655 36.1556850 36.3067753
36.7264327
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034332 0.0034332 0.0034341 0.0034341 0.0034341
0.0034350 80.7602152 92.1618516 104.0992636 175.4232252
179.3251917 187.3276189 190.5917819 219.9912490 233.9646967
243.7934005 256.3062451 263.3761273 285.8377620 294.5161538
299.3056196 302.3714957 310.3522702 317.1694544 322.8245937
328.4253306 337.9336638 342.3046550 357.3599853 364.1592073
368.0815097 372.4458899 374.4475753 377.0863555 380.2515324
387.4408681 390.3800033 397.4741272 401.6705168 407.1310808
408.5137139 413.6939874 417.1951772 424.0983036 427.3186471
433.9785383 439.0705787 448.3716281 449.7960003 456.1503292
459.2743747 461.0852591 464.3783691 471.7071044 480.9134581
481.8096233 483.9753442 489.4299487 492.3170699 496.2313276
504.0320636 507.1420921 507.6259968 513.9017082 520.6270364
523.6037687 530.4371653 532.2665503 538.6853317 540.1876851
542.8650054 551.0815696 553.7058130 556.6409880 560.1358742
561.2019569 563.7127784 567.0479864 573.1958822 580.1517570
580.9349912 583.5964624 583.8555058 587.9498912 592.4751594
597.4435470 599.2518764 601.2873470 603.1582048 608.0039506
609.9567004 618.0324583 619.7075634 623.6126194 624.5995773
626.3863917 630.0196520 632.9063708 636.2467308 638.1549801
642.3915845 647.2324117 649.3887428 652.9554891 654.3183782
658.0890336
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 9551
Rtb_to_modes> Number of blocs = 202
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9955E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9956E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5531
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7203
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9190
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.610
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.727
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.976
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.080
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.104
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.642
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.040
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.571
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.883
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.929
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.356
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.597
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.753
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.168
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.531
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.838
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.147
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.684
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.937
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.73
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1212 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 0.99998
1.00000 1.00000 0.99999 1.00003 0.99996
0.99997 0.99999 0.99999 1.00001 0.99998
1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001
1.00001 1.00001 0.99999 1.00002 1.00001
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999
1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001
0.99999 1.00003 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000 0.99999 1.00001 0.99997 0.99999
0.99998 0.99999 0.99998 1.00000 0.99999
0.99998 0.99997 1.00001 0.99998 1.00000
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 0.99998 0.99999 1.00001
0.99997 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 1.00000 1.00002 1.00000 1.00002
0.99999 1.00001 1.00001 1.00003 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 171918 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 0.99998
1.00000 1.00000 0.99999 1.00003 0.99996
0.99997 0.99999 0.99999 1.00001 0.99998
1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001
1.00001 1.00001 0.99999 1.00002 1.00001
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999
1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001
0.99999 1.00003 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000 0.99999 1.00001 0.99997 0.99999
0.99998 0.99999 0.99998 1.00000 0.99999
0.99998 0.99997 1.00001 0.99998 1.00000
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 0.99998 0.99999 1.00001
0.99997 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 1.00000 1.00002 1.00000 1.00002
0.99999 1.00001 1.00001 1.00003 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604141329192005174.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604141329192005174.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604141329192005174.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604141329192005174.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1198
First residue number = 1
Last residue number = 17
Number of atoms found = 9551
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9955E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9956E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5531
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7203
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9190
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.610
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.727
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.976
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.73
Bfactors> 106 vectors, 28653 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.553100
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.634 for 1198 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.018 +/- 0.02
Bfactors> = 151.870 +/- 26.74
Bfactors> Shiftng-fct= 151.852
Bfactors> Scaling-fct= 1761.944
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604141329192005174.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604141329192005174.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 649.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 658.1
Chkmod> 106 vectors, 28653 coordinates in file.
Chkmod> That is: 9551 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7573
0.0034 0.9828
0.0034 0.9522
0.0034 0.7393
0.0034 0.7540
0.0034 0.9959
80.7567 0.7302
92.1581 0.7111
104.0961 0.6987
175.4272 0.6541
179.3161 0.7635
187.3239 0.6911
190.5689 0.4449
219.9785 0.4341
233.9533 0.3911
243.7765 0.3858
256.2968 0.2448
263.3759 0.4948
285.8327 0.3349
294.5083 0.5125
299.2938 0.4603
302.3511 0.4560
310.3377 0.4214
317.1587 0.5167
322.8149 0.3158
328.4097 0.2413
337.9123 0.4583
342.2979 0.2245
357.3476 0.4464
364.2109 0.3855
368.0753 0.4195
372.3748 0.4034
374.4273 0.4441
377.0946 0.3318
380.2085 0.4957
387.4279 0.5642
390.3084 0.3553
397.4926 0.3568
401.6240 0.5554
407.1639 0.3547
408.4650 0.4581
413.6284 0.4921
417.1765 0.5356
424.0446 0.4342
427.3683 0.3066
433.9394 0.4990
439.0718 0.5468
448.3724 0.3924
449.8164 0.4448
456.1934 0.5436
459.2845 0.5564
461.0781 0.4320
464.3907 0.3918
471.6964 0.3553
480.8564 0.4719
481.8363 0.3423
483.9119 0.4162
489.3635 0.5184
492.2464 0.4665
496.1830 0.5441
503.9640 0.5371
507.1127 0.4498
507.5775 0.3782
513.9261 0.4018
520.6503 0.4569
523.5861 0.4206
530.4102 0.1885
532.2964 0.3385
538.6820 0.4046
540.2120 0.3834
542.8249 0.3337
551.0173 0.4002
553.6857 0.4073
556.6591 0.4175
560.1432 0.4058
561.1947 0.3237
563.7104 0.4863
567.0472 0.4162
573.1485 0.3848
580.1010 0.5706
580.9135 0.4977
583.5462 0.3406
583.8492 0.3413
587.9747 0.3961
592.4696 0.4963
597.4243 0.4629
599.1979 0.4444
601.2606 0.2682
603.1207 0.4064
607.9886 0.2919
609.9248 0.4243
617.9909 0.3406
619.7057 0.3989
623.5940 0.5304
624.5387 0.4018
626.3297 0.5032
629.9901 0.3034
632.8844 0.2456
636.2291 0.3774
638.1721 0.4747
642.4076 0.3442
647.1622 0.5193
649.3448 0.4507
652.9664 0.5137
654.3193 0.4945
658.0927 0.3518
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2604141329192005174.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604141329192005174.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2604141329192005174.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604141329192005174.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2604141329192005174.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2604141329192005174.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 92.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 190.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 256.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 294.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 299.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 310.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 322.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 328.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 342.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 357.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 380.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 397.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 407.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 408.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 448.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 449.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 471.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 480.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 481.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 492.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 496.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 507.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 507.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 523.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 532.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 538.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 540.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 580.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 580.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 588.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 597.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 609.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 618.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 619.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 630.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 636.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 642.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 647.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 649.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 658.1
Projmod> 106 vectors, 28653 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1198
First residue number = 1
Last residue number = 17
Number of atoms found = 9551
Mean number per residue = 8.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1198
First residue number = 1
Last residue number = 17
Number of atoms found = 9551
Mean number per residue = 8.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 9551 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 0.00
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 2 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 3 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 4 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 5 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 6 F= 0.00 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 7 F= 80.76 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 8 F= 92.16 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 9 F= 104.10 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 10 F= 175.43 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 11 F= 179.32 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 12 F= 187.32 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 13 F= 190.57 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 14 F= 219.98 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 15 F= 233.95 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 16 F= 243.78 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 17 F= 256.30 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 18 F= 263.38 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 19 F= 285.83 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 20 F= 294.51 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 21 F= 299.29 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 22 F= 302.35 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 23 F= 310.34 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 24 F= 317.16 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 25 F= 322.81 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 26 F= 328.41 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 27 F= 337.91 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 28 F= 342.30 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 29 F= 357.35 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 30 F= 364.21 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 31 F= 368.08 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 32 F= 372.37 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 33 F= 374.43 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 34 F= 377.09 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 35 F= 380.21 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 36 F= 387.43 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
Vector: 37 F= 390.31 Cos= NaN Sum= NaN q= 0.0000
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Projmod> Best zero-frequency found : 0.003433
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003435
Projmod> Lowest non-zero frequency : 80.756682
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 0.00 for mode -1 with F= 0.00 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2604141329192005174 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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2604141329192005174.eigenfacs
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2604141329192005174.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604141329192005174.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604141329192005174.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 1181 1.016 1181 1.016
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 1181 0.812 1181 0.812
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 1181 0.609 1181 0.609
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 1181 0.406 1181 0.406
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 1181 0.203 1181 0.203
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 1181 0.000 1181 0.000
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 1181 0.203 1181 0.203
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 1181 0.406 1181 0.406
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 1181 0.609 1181 0.609
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 1181 0.812 1181 0.812
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 1181 1.016 1181 1.016
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604141329192005174 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2604141329192005174.eigenfacs
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2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
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2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
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2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
making animated gifs
11 models are in 2604141329192005174.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604141329192005174.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604141329192005174.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 1181 1.012 1181 1.012
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 1181 0.810 1181 0.810
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 1181 0.607 1181 0.607
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 1181 0.405 1181 0.405
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 1181 0.202 1181 0.202
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 1181 0.000 1181 0.000
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 1181 0.202 1181 0.202
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 1181 0.405 1181 0.405
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 1181 0.607 1181 0.607
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 1181 0.810 1181 0.810
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 1181 1.012 1181 1.012
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604141329192005174 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604141329192005174.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
making animated gifs
11 models are in 2604141329192005174.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604141329192005174.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604141329192005174.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 1181 1.020 1181 1.020
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 1181 0.816 1181 0.816
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 1181 0.612 1181 0.612
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 1181 0.408 1181 0.408
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 1181 0.204 1181 0.204
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 1181 0.000 1181 0.000
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 1181 0.204 1181 0.204
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 1181 0.408 1181 0.408
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 1181 0.612 1181 0.612
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 1181 0.816 1181 0.816
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 1181 1.020 1181 1.020
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2604141329192005174 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
making animated gifs
11 models are in 2604141329192005174.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604141329192005174.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604141329192005174.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 1181 1.017 1180 1.014
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 1181 0.814 1181 0.814
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 1181 0.610 1181 0.610
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 1181 0.407 1181 0.407
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 1181 0.203 1181 0.203
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 1181 0.000 1181 0.000
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 1181 0.203 1181 0.203
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 1181 0.407 1181 0.407
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 1181 0.610 1181 0.610
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 1181 0.814 1181 0.814
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 1181 1.017 1180 1.014
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2604141329192005174 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2604141329192005174.eigenfacs
2604141329192005174.atom
making animated gifs
11 models are in 2604141329192005174.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604141329192005174.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604141329192005174.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 1181 1.018 1181 1.018
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 1181 0.814 1181 0.814
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 1181 0.611 1181 0.611
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 1181 0.407 1181 0.407
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 1181 0.204 1181 0.204
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 1181 0.000 1181 0.000
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 1181 0.204 1181 0.204
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 1181 0.407 1181 0.407
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 1181 0.611 1181 0.611
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 1181 0.814 1181 0.814
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 1181 1.018 1181 1.018
2604141329192005174.10.pdb
2604141329192005174.11.pdb
2604141329192005174.7.pdb
2604141329192005174.8.pdb
2604141329192005174.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m11.848s
user 1m11.367s
sys 0m0.451s
rm: cannot remove '2604141329192005174.sdijf': No such file or directory
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_INVALID_FLAG
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