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* CUG *

LOGs for ID: 2604151314412192715

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2604151314412192715.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2604151314412192715.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2604151314412192715.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =     74
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     74
            Number of atoms found    =   1572
            Mean number per residue  =     21.2

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =    -3.224898 +/-     6.645189 From:   -20.107000 To:    15.241000
 =    -5.596441 +/-    16.354507 From:   -37.195000 To:    38.963000
 =    -9.628908 +/-    14.599601 From:   -39.880000 To:    29.632000
 Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'U   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'C   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........

%Pdbmat-W>     74 residue(s) not known.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   4.7701 % Filled.
 Pdbmat>       530565  non-zero elements.
 Pdbmat>        57912 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     73.68 +/-     25.25
         Maximum number =    143
         Minimum number =     15

 Pdbmat> Matrix trace   = 1.158240E+06
 Pdbmat> Larger element =  552.486    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
74 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2604151314412192715.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2604151314412192715.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2604151314412192715.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>  1572 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>    74 residues.
 Blocpdb>    21 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    23 atoms in block      2
 Block first atom:     22
 Blocpdb>    23 atoms in block      3
 Block first atom:     45
 Blocpdb>    23 atoms in block      4
 Block first atom:     68
 Blocpdb>    23 atoms in block      5
 Block first atom:     91
 Blocpdb>    20 atoms in block      6
 Block first atom:    114
 Blocpdb>    22 atoms in block      7
 Block first atom:    134
 Blocpdb>    20 atoms in block      8
 Block first atom:    156
 Blocpdb>    20 atoms in block      9
 Block first atom:    176
 Blocpdb>    23 atoms in block     10
 Block first atom:    196
 Blocpdb>    20 atoms in block     11
 Block first atom:    219
 Blocpdb>    20 atoms in block     12
 Block first atom:    239
 Blocpdb>    20 atoms in block     13
 Block first atom:    259
 Blocpdb>    22 atoms in block     14
 Block first atom:    279
 Blocpdb>    22 atoms in block     15
 Block first atom:    301
 Blocpdb>    20 atoms in block     16
 Block first atom:    323
 Blocpdb>    23 atoms in block     17
 Block first atom:    343
 Blocpdb>    23 atoms in block     18
 Block first atom:    366
 Blocpdb>    20 atoms in block     19
 Block first atom:    389
 Blocpdb>    22 atoms in block     20
 Block first atom:    409
 Blocpdb>    23 atoms in block     21
 Block first atom:    431
 Blocpdb>    23 atoms in block     22
 Block first atom:    454
 Blocpdb>    22 atoms in block     23
 Block first atom:    477
 Blocpdb>    20 atoms in block     24
 Block first atom:    499
 Blocpdb>    23 atoms in block     25
 Block first atom:    519
 Blocpdb>    20 atoms in block     26
 Block first atom:    542
 Blocpdb>    20 atoms in block     27
 Block first atom:    562
 Blocpdb>    23 atoms in block     28
 Block first atom:    582
 Blocpdb>    23 atoms in block     29
 Block first atom:    605
 Blocpdb>    20 atoms in block     30
 Block first atom:    628
 Blocpdb>    20 atoms in block     31
 Block first atom:    648
 Blocpdb>    20 atoms in block     32
 Block first atom:    668
 Blocpdb>    20 atoms in block     33
 Block first atom:    688
 Blocpdb>    20 atoms in block     34
 Block first atom:    708
 Blocpdb>    23 atoms in block     35
 Block first atom:    728
 Blocpdb>    23 atoms in block     36
 Block first atom:    751
 Blocpdb>    20 atoms in block     37
 Block first atom:    774
 Blocpdb>    22 atoms in block     38
 Block first atom:    794
 Blocpdb>    20 atoms in block     39
 Block first atom:    816
 Blocpdb>    20 atoms in block     40
 Block first atom:    836
 Blocpdb>    23 atoms in block     41
 Block first atom:    856
 Blocpdb>    20 atoms in block     42
 Block first atom:    879
 Blocpdb>    20 atoms in block     43
 Block first atom:    899
 Blocpdb>    22 atoms in block     44
 Block first atom:    919
 Blocpdb>    22 atoms in block     45
 Block first atom:    941
 Blocpdb>    20 atoms in block     46
 Block first atom:    963
 Blocpdb>    20 atoms in block     47
 Block first atom:    983
 Blocpdb>    22 atoms in block     48
 Block first atom:   1003
 Blocpdb>    22 atoms in block     49
 Block first atom:   1025
 Blocpdb>    23 atoms in block     50
 Block first atom:   1047
 Blocpdb>    23 atoms in block     51
 Block first atom:   1070
 Blocpdb>    20 atoms in block     52
 Block first atom:   1093
 Blocpdb>    20 atoms in block     53
 Block first atom:   1113
 Blocpdb>    20 atoms in block     54
 Block first atom:   1133
 Blocpdb>    23 atoms in block     55
 Block first atom:   1153
 Blocpdb>    22 atoms in block     56
 Block first atom:   1176
 Blocpdb>    23 atoms in block     57
 Block first atom:   1198
 Blocpdb>    20 atoms in block     58
 Block first atom:   1221
 Blocpdb>    20 atoms in block     59
 Block first atom:   1241
 Blocpdb>    20 atoms in block     60
 Block first atom:   1261
 Blocpdb>    20 atoms in block     61
 Block first atom:   1281
 Blocpdb>    20 atoms in block     62
 Block first atom:   1301
 Blocpdb>    23 atoms in block     63
 Block first atom:   1321
 Blocpdb>    20 atoms in block     64
 Block first atom:   1344
 Blocpdb>    22 atoms in block     65
 Block first atom:   1364
 Blocpdb>    20 atoms in block     66
 Block first atom:   1386
 Blocpdb>    20 atoms in block     67
 Block first atom:   1406
 Blocpdb>    20 atoms in block     68
 Block first atom:   1426
 Blocpdb>    20 atoms in block     69
 Block first atom:   1446
 Blocpdb>    22 atoms in block     70
 Block first atom:   1466
 Blocpdb>    23 atoms in block     71
 Block first atom:   1488
 Blocpdb>    20 atoms in block     72
 Block first atom:   1511
 Blocpdb>    20 atoms in block     73
 Block first atom:   1531
 Blocpdb>    22 atoms in block     74
 Block first atom:   1550

 Blocpdb>    74 blocks.

 Blocpdb> At most,     23 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,    20 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       530639 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       4716

 Prepmat> Matrix trace    =    1158240.0000
 Prepmat> Last element read:    4716   4716        81.1705
 Prepmat>         2776 lines saved.
 Prepmat>         2295 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:  1572
 RTB> Total mass =        1572.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:  1572
 RTB> Number of blocks =    74
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =   83856.5597
 RTB>     16170 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      444
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    16170
 Diagstd> Projected matrix trace =   83856.5597

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    444 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues =  83856.5597
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.0655246      0.1565493      0.2774087      0.4516691
      0.5126511      0.7620608      0.8918110      1.1340733      1.6868652
      1.7109763      2.1093522      2.4117263      3.2365859      3.5260157
      3.7488335      4.6161227      4.8025053      6.0871045      6.4280123
      7.2251421      7.3384887      8.3355778      9.7638243      9.9886233
     10.2681409     10.7035767     12.2317072     12.9451668     14.0386712
     14.4800121     15.3712631     15.9664172     16.7986123     17.4913808
     18.3500156     19.6261062     20.6815538     21.3072478     22.7126897
     23.2306631     24.3081660     25.0851984     26.1676220     26.4478866
     28.1188805     28.6735244     28.8934041     29.7495176     29.8905533
     30.4963288     30.8728745     31.4145551     32.8474363     33.1403161
     33.6948974     35.1811362     35.4230563     36.2713096     36.4869661
     37.7753166     38.3024860     38.9101568     39.1417526     40.7693321
     41.8835035     42.5316862     43.0002292     43.3522287     44.1135351
     45.4705335     46.3689141     46.5864450     48.0585897     48.7713251
     49.4765313     50.7126528     51.6561534     52.0988710     53.4151944
     54.2234101     54.5687575     55.5166793     56.2101696     57.2443336
     57.8108699     58.1795471     58.5502392     60.4083694     61.0022977
     61.3220616     61.6975744     63.3749926     63.9404967     64.5073694
     65.7300985     66.5810732     66.9295911     67.8520540     68.9572203
     70.1257707

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034334      0.0034336      0.0034338      0.0034340      0.0034344
      0.0034352     27.7969777     42.9655971     57.1946415     72.9802673
     77.7510458     94.7960188    102.5490602    115.6420639    141.0377831
    142.0421618    157.7138470    168.6394942    195.3614407    203.9094713
    210.2535605    233.3103207    237.9738332    267.9172398    275.3173802
    291.8895025    294.1701453    313.5184719    339.3167188    343.2006471
    347.9695080    355.2709882    379.7858845    390.7051226    406.8724479
    413.2184870    425.7454917    433.9093582    445.0737528    454.1583756
    465.1719290    481.0745171    493.8406808    501.2552781    517.5228905
    523.3907984    535.3913824    543.8812043    555.4914891    558.4583226
    575.8300084    581.4813892    583.7066433    592.2911512    593.6934498
    599.6793046    603.3701405    608.6403452    622.3662308    625.1346955
    630.3436022    644.0954193    646.3061595    653.9987199    655.9400621
    667.4201841    672.0611051    677.3712674    679.3841554    693.3652603
    702.7757732    708.1929198    712.0830782    714.9916911    721.2423357
    732.2515590    739.4498807    741.1823443    752.8020473    758.3637373
    763.8268181    773.3096771    780.4701756    783.8075390    793.6475627
    799.6292902    802.1716569    809.1089790    814.1468150    821.6020844
    825.6576942    828.2862435    830.9207742    844.0027013    848.1416229
    850.3616265    852.9612967    864.4785888    868.3269557    872.1675942
    880.3947048    886.0753926    888.3914415    894.4926570    901.7479289
    909.3563499

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =   1572
 Rtb_to_modes> Number of blocs =     74

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9969E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9981E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9992E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0007E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  6.5525E-02

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.1565    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.2774    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.4517    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.5127    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.7621    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.8918    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.134    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.687    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.711    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.109    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.412    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.237    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.526    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.749    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    22
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.616    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    23
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.803    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    24
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.087    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    25
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.428    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.225    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    27
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.338    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    28
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.336    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.764    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.989    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.37    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.80    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   17.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.31    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    45
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    46
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   24.31    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    48
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.17    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.45    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.12    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.67    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.89    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.75    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.89    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.50    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.87    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.41    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.85    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.69    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.42    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.78    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.77    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.88    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.53    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.11    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.47    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.37    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.59    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.06    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.77    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.66    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.42    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.22    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.57    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.52    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.21    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.81    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.55    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.41    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.37    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   65.73    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   66.58    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   66.93    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   67.85    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   68.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   70.13    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    444 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 1.00000 0.99999 0.99997 1.00000 0.99999
 1.00001 1.00001 0.99999 1.00004 1.00002
 1.00002 1.00003 1.00001 0.99999 0.99998
 1.00001 0.99997 1.00003 1.00003 1.00000
 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001
 0.99999 1.00002 0.99998 0.99998 1.00001
 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999
 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 0.99997
 1.00000 0.99996 1.00001 1.00002 1.00000
 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
 1.00002 1.00001 1.00002 1.00000 0.99997
 1.00001 1.00002 1.00003 0.99996 1.00001
 1.00000 1.00003 1.00001 1.00003 1.00001
 1.00001 1.00004 0.99999 0.99999 1.00001
 1.00001 1.00000 1.00003 1.00000 1.00003
 1.00002 1.00002 1.00000 0.99998 0.99999
 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000
 0.99999 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000
 1.00002 1.00001 1.00002 1.00003 1.00000
 1.00001 0.99996 1.00004 0.99999 1.00001
 1.00002 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999
 1.00000

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    28296 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 1.00000 0.99999 0.99997 1.00000 0.99999
 1.00001 1.00001 0.99999 1.00004 1.00002
 1.00002 1.00003 1.00001 0.99999 0.99998
 1.00001 0.99997 1.00003 1.00003 1.00000
 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001
 0.99999 1.00002 0.99998 0.99998 1.00001
 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999
 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 0.99997
 1.00000 0.99996 1.00001 1.00002 1.00000
 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
 1.00002 1.00001 1.00002 1.00000 0.99997
 1.00001 1.00002 1.00003 0.99996 1.00001
 1.00000 1.00003 1.00001 1.00003 1.00001
 1.00001 1.00004 0.99999 0.99999 1.00001
 1.00001 1.00000 1.00003 1.00000 1.00003
 1.00002 1.00002 1.00000 0.99998 0.99999
 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000
 0.99999 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000
 1.00002 1.00001 1.00002 1.00003 1.00000
 1.00001 0.99996 1.00004 0.99999 1.00001
 1.00002 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999
 1.00000

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2:-0.000
 Vector   3:-0.000-0.000
 Vector   4: 0.000-0.000 0.000
 Vector   5: 0.000 0.000 0.000 0.000
 Vector   6:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector   7:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
 Vector   8:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector   9: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
 Vector  10:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2604151314412192715.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2604151314412192715.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2604151314412192715.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2604151314412192715.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =     74
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     74
            Number of atoms found    =   1572
            Mean number per residue  =     21.2

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9969E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9981E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9992E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0007E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  6.5525E-02

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.1565    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.2774    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.4517    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.5127    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.7621    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.8918    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.134    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.687    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.711    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.109    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.412    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.237    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.526    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.749    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.616    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.803    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.087    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.428    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.225    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.338    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.336    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.764    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.989    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   17.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.31    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.31    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.45    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.67    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.87    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.85    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.42    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.78    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.88    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.53    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.11    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.47    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.59    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.66    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.42    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.22    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.52    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   65.73    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.85    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   68.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   70.13    

 Bfactors>  106 vectors,   4716 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.065525
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

%Bfactors-Wn>     0 negative values found in the B-factors column of pdb file.
%Bfactors-Wn> So, only mass-weighted predicted B-factors will be saved.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2604151314412192715.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2604151314412192715.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4333E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4335E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4337E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4340E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4343E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4350E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   27.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   42.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   57.19    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   72.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   77.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   94.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   102.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   115.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   141.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   142.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   157.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   168.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   195.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   203.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   210.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   233.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   238.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   267.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   275.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   291.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   294.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   313.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   339.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   343.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   348.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   355.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   379.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   390.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   406.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   413.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   425.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   433.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   445.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   454.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   465.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   481.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   493.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   501.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   517.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   523.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   535.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   543.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   555.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   558.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   575.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   581.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   583.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   592.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   593.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   599.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   603.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   608.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   622.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   625.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   630.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   644.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   646.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   655.9    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   679.3    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   693.3    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   708.1    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   712.1    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   714.9    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   721.2    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   732.2    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   868.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   872.1    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   880.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   886.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   888.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   894.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   901.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   909.3    

 Chkmod>  106 vectors,   4716 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:   1572 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.7130
      0.0034      0.6978
      0.0034      0.9858
      0.0034      0.8027
      0.0034      0.8588
      0.0034      0.6801
     27.7959      0.4475
     42.9570      0.4260
     57.1913      0.5935
     72.9796      0.4493
     77.7514      0.6403
     94.7944      0.1355
    102.5440      0.6301
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    142.0370      0.5209
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    517.4700      0.3098
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    802.1464      0.5499
    809.0984      0.3521
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2604151314412192715 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2604151314412192715.eigenfacs
2604151314412192715.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2604151314412192715.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=20
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2604151314412192715.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2604151314412192715.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604151314412192715.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
11 models are in 2604151314412192715.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604151314412192715 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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making animated gifs
11 models are in 2604151314412192715.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604151314412192715.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604151314412192715.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604151314412192715 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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making animated gifs
11 models are in 2604151314412192715.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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11 models are in 2604151314412192715.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2604151314412192715 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2604151314412192715.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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2604151314412192715.eigenfacs
2604151314412192715.atom
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calculating perturbed structure for DQ=0
2604151314412192715.eigenfacs
2604151314412192715.atom
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2604151314412192715.atom
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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11 models are in 2604151314412192715.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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11 models are in 2604151314412192715.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2604151314412192715 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
2604151314412192715.eigenfacs
2604151314412192715.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=0
2604151314412192715.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
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MODEL 1 will be plotted
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2604151314412192715.11.pdb
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2604151314412192715.8.pdb
2604151314412192715.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m2.718s
user	0m2.660s
sys	0m0.056s
rm: cannot remove '2604151314412192715.sdijf': No such file or directory
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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