CNRS Nantes University US2B US2B
home |  start a new run |  job status |  references&downloads |  examples |  help  

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.
 elNémo has been hacked on november 27th.
It has been moved away and runs again.
**Still some additional cleaning from time to time**
Sorry for the inconvenience.


***  TRANSPORT PROTEIN 23-FEB-99 1NGL  ***

CA distance fluctuations for 2604161210002404095

---  normal mode 11  ---

This matrix displays the maximum distance fluctuations between all pairs of CA atoms and between the two extreme conformations that were computed for this mode (DQMIN/DQMAX). Distance increases are plotted in blue and decreases in red for the strongest 10% of the residue pair distance changes. Every pixel corresponds to a single residue. Grey lines are drawn every 10 residues, yellow lines every 100 residues (counting from the upper left corner).

The following table indicates for every residue the two corresponding residues with the strongest CA distance fluctuations.

[HELP on distance fluctuations]

GD ok
largest increasereflargest decrease
PRO 163 0.91 MET 1 -0.06 ASP 3
PRO 163 0.35 GLN 2 -0.25 LEU 8
PRO 163 0.12 ASP 3 -0.33 LEU 8
ALA 11 0.13 SER 4 -0.38 ASP 46
ALA 11 0.35 THR 5 -0.43 ASP 46
MET 1 0.52 SER 6 -0.45 ASP 46
PRO 10 0.40 ASP 7 -0.54 ASN 165
MET 1 0.24 LEU 8 -0.41 GLU 164
MET 1 0.51 ILE 9 -0.32 GLU 164
MET 1 0.47 PRO 10 -0.32 ASN 130
MET 1 0.61 ALA 11 -0.31 GLU 132
MET 1 0.63 PRO 12 -0.21 GLU 132
MET 1 0.55 PRO 13 -0.21 ASN 130
MET 1 0.55 LEU 14 -0.17 ASN 130
MET 1 0.52 SER 15 -0.13 ASN 130
MET 1 0.56 LYS 16 -0.10 GLU 132
MET 1 0.54 VAL 17 -0.10 ASN 130
MET 1 0.49 PRO 18 -0.09 ASN 130
MET 1 0.46 LEU 19 -0.07 SER 106
MET 1 0.43 GLN 20 -0.07 LYS 99
MET 1 0.41 GLN 21 -0.08 LYS 99
MET 1 0.39 ASN 22 -0.09 LYS 99
MET 1 0.38 PHE 23 -0.08 LYS 99
MET 1 0.35 GLN 24 -0.08 LYS 99
MET 1 0.34 ASP 25 -0.06 LYS 99
MET 1 0.32 ASN 26 -0.05 LYS 99
MET 1 0.33 GLN 27 -0.05 LYS 99
MET 1 0.35 PHE 28 -0.05 LYS 99
MET 1 0.33 GLN 29 -0.05 SER 4
MET 1 0.33 GLY 30 -0.07 SER 4
MET 1 0.33 LYS 31 -0.10 SER 4
MET 1 0.36 TRP 32 -0.10 SER 4
MET 1 0.37 TYR 33 -0.13 SER 4
MET 1 0.40 VAL 34 -0.15 ASP 7
MET 1 0.42 VAL 35 -0.15 SER 4
MET 1 0.48 GLY 36 -0.18 ASP 7
MET 1 0.51 LEU 37 -0.23 ASP 7
MET 1 0.58 ALA 38 -0.27 ASP 7
MET 1 0.59 GLY 39 -0.31 ASP 7
MET 1 0.62 ASN 40 -0.41 ASP 7
MET 1 0.54 ALA 41 -0.41 ASP 7
MET 1 0.53 ILE 42 -0.39 ASP 7
MET 1 0.50 LEU 43 -0.44 ASP 7
MET 1 0.51 ARG 44 -0.44 ASP 7
MET 1 0.44 GLU 45 -0.48 ASP 7
MET 1 0.38 ASP 46 -0.46 ASP 7
MET 1 0.30 LYS 47 -0.44 ASP 7
MET 1 0.33 ASP 48 -0.40 ASP 7
MET 1 0.37 PRO 49 -0.36 ASP 7
MET 1 0.38 GLN 50 -0.32 ASP 7
MET 1 0.34 LYS 51 -0.27 ASP 7
MET 1 0.36 MET 52 -0.22 ASP 7
MET 1 0.34 TYR 53 -0.20 ASP 7
MET 1 0.34 ALA 54 -0.16 ASP 7
MET 1 0.34 THR 55 -0.15 ASP 7
MET 1 0.32 ILE 56 -0.11 ASP 7
MET 1 0.33 TYR 57 -0.09 ASP 7
MET 1 0.31 GLU 58 -0.08 ASP 7
MET 1 0.31 LEU 59 -0.05 ASP 7
MET 1 0.29 LYS 60 -0.06 ASP 7
MET 1 0.28 GLU 61 -0.05 LYS 99
MET 1 0.29 ASP 62 -0.07 LYS 99
MET 1 0.32 LYS 63 -0.08 LYS 99
MET 1 0.31 SER 64 -0.06 ASP 7
MET 1 0.32 TYR 65 -0.08 ASP 7
MET 1 0.30 ASN 66 -0.12 ASP 7
MET 1 0.31 VAL 67 -0.14 ASP 7
MET 1 0.29 THR 68 -0.16 ASP 7
MET 1 0.30 SER 69 -0.19 ASP 7
MET 1 0.29 VAL 70 -0.19 ASP 7
MET 1 0.28 LEU 71 -0.22 ASP 7
MET 1 0.26 PHE 72 -0.22 ASP 7
MET 1 0.22 ARG 73 -0.24 ASP 7
GLY 103 0.21 LYS 74 -0.23 ASP 7
MET 1 0.21 LYS 75 -0.20 ASP 7
MET 1 0.22 LYS 76 -0.20 ASP 7
MET 1 0.25 CYS 77 -0.19 ASP 7
MET 1 0.24 ASP 78 -0.20 ASP 7
MET 1 0.25 TYR 79 -0.19 ASP 7
MET 1 0.25 TRP 80 -0.22 ASP 7
MET 1 0.27 ILE 81 -0.19 ASP 7
MET 1 0.30 ARG 82 -0.18 ASP 7
MET 1 0.31 THR 83 -0.14 ASP 7
MET 1 0.34 PHE 84 -0.11 ASP 7
MET 1 0.34 VAL 85 -0.07 ASP 7
MET 1 0.36 PRO 86 -0.11 LYS 99
MET 1 0.37 GLY 87 -0.17 LYS 99
MET 1 0.36 CYS 88 -0.18 LYS 99
MET 1 0.37 GLN 89 -0.13 LYS 99
MET 1 0.38 PRO 90 -0.11 LYS 99
MET 1 0.41 GLY 91 -0.09 LYS 99
MET 1 0.41 GLU 92 -0.11 LYS 99
MET 1 0.38 PHE 93 -0.10 LYS 99
MET 1 0.37 THR 94 -0.10 ASP 7
MET 1 0.34 LEU 95 -0.15 ASP 7
MET 1 0.30 GLY 96 -0.17 ASP 7
MET 1 0.30 ASN 97 -0.15 ASP 7
MET 1 0.31 ILE 98 -0.17 ASP 7
MET 1 0.30 LYS 99 -0.18 CYS 88
MET 1 0.27 SER 100 -0.16 ASP 7
MET 1 0.27 TYR 101 -0.20 ASP 7
MET 1 0.25 PRO 102 -0.24 ASP 7
MET 1 0.27 GLY 103 -0.27 ASP 7
MET 1 0.30 LEU 104 -0.25 ASP 7
MET 1 0.33 THR 105 -0.23 ASP 7
MET 1 0.37 SER 106 -0.19 ASP 7
MET 1 0.38 TYR 107 -0.17 ASP 7
MET 1 0.41 LEU 108 -0.11 ASP 7
MET 1 0.42 VAL 109 -0.09 ASP 7
MET 1 0.45 ARG 110 -0.07 SER 106
MET 1 0.45 VAL 111 -0.05 LYS 99
MET 1 0.48 VAL 112 -0.06 SER 106
MET 1 0.46 SER 113 -0.05 LYS 99
MET 1 0.43 THR 114 -0.05 LYS 99
MET 1 0.41 ASN 115 -0.04 GLN 20
MET 1 0.38 TYR 116 -0.04 SER 4
MET 1 0.37 ASN 117 -0.04 SER 4
MET 1 0.39 GLN 118 -0.06 SER 4
MET 1 0.42 HIS 119 -0.07 SER 4
MET 1 0.44 ALA 120 -0.05 SER 4
MET 1 0.48 MET 121 -0.06 SER 4
MET 1 0.47 VAL 122 -0.07 ASP 7
MET 1 0.50 PHE 123 -0.08 ASP 7
MET 1 0.47 PHE 124 -0.15 ASP 7
MET 1 0.47 LYS 125 -0.18 ASP 7
MET 1 0.42 LYS 126 -0.22 ASP 7
MET 1 0.38 VAL 127 -0.28 ASP 7
MET 1 0.33 SER 128 -0.30 ASP 7
MET 1 0.29 GLN 129 -0.30 ASP 7
MET 1 0.31 ASN 130 -0.35 ASP 7
MET 1 0.36 ARG 131 -0.38 ASP 7
MET 1 0.43 GLU 132 -0.35 ASP 7
MET 1 0.47 TYR 133 -0.34 ASP 7
MET 1 0.51 PHE 134 -0.26 ASP 7
MET 1 0.52 LYS 135 -0.23 ASP 7
MET 1 0.53 ILE 136 -0.15 ASP 7
MET 1 0.49 THR 137 -0.14 ASP 7
MET 1 0.47 LEU 138 -0.11 SER 4
MET 1 0.42 TYR 139 -0.11 SER 4
MET 1 0.39 GLY 140 -0.10 SER 4
MET 1 0.36 ARG 141 -0.08 SER 4
MET 1 0.35 THR 142 -0.08 SER 4
MET 1 0.33 LYS 143 -0.10 SER 4
MET 1 0.34 GLU 144 -0.11 SER 4
MET 1 0.37 LEU 145 -0.10 SER 4
MET 1 0.38 THR 146 -0.10 SER 4
MET 1 0.38 SER 147 -0.13 SER 4
MET 1 0.42 GLU 148 -0.11 SER 4
MET 1 0.44 LEU 149 -0.11 SER 4
MET 1 0.46 LYS 150 -0.16 SER 4
MET 1 0.49 GLU 151 -0.15 SER 4
MET 1 0.50 ASN 152 -0.10 SER 4
MET 1 0.53 PHE 153 -0.12 SER 4
MET 1 0.58 ILE 154 -0.16 SER 4
MET 1 0.59 ARG 155 -0.12 SER 4
MET 1 0.57 PHE 156 -0.08 SER 4
MET 1 0.63 SER 157 -0.10 SER 4
MET 1 0.70 LYS 158 -0.14 SER 4
MET 1 0.64 SER 159 -0.10 GLU 132
MET 1 0.65 LEU 160 -0.13 GLU 132
MET 1 0.73 GLY 161 -0.12 GLU 132
MET 1 0.82 LEU 162 -0.13 SER 4
MET 1 0.91 PRO 163 -0.36 ASP 7
MET 1 0.89 GLU 164 -0.49 ASP 7
MET 1 0.79 ASN 165 -0.54 ASP 7
MET 1 0.67 HIS 166 -0.45 ASP 7
MET 1 0.67 ILE 167 -0.31 ASP 7
MET 1 0.59 VAL 168 -0.29 ASP 7
MET 1 0.51 PHE 169 -0.23 ASP 7
MET 1 0.45 PRO 170 -0.28 ASP 7
MET 1 0.41 VAL 171 -0.22 ASP 7
MET 1 0.37 PRO 172 -0.22 SER 4
MET 1 0.34 ILE 173 -0.19 SER 4
MET 1 0.30 ASP 174 -0.19 SER 4
MET 1 0.31 GLN 175 -0.16 SER 4
MET 1 0.28 CYS 176 -0.16 SER 4
MET 1 0.27 ILE 177 -0.14 SER 4
MET 1 0.26 ASP 178 -0.15 SER 4
MET 1 0.25 GLY 179 -0.17 SER 4

If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: december 26th, 2025.