*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604161551582436833.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604161551582436833.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604161551582436833.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 583
First residue number = 1
Last residue number = 583
Number of atoms found = 9253
Mean number per residue = 15.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 40.855678 +/- 16.894964 From: -1.630000 To: 79.424000
= 0.270187 +/- 17.527641 From: -33.257000 To: 44.602000
= 9.543241 +/- 12.037698 From: -22.317000 To: 48.308000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'HSE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HSE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HSE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HSE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HSE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HSE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HSE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HSE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HSE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 17 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.6808 % Filled.
Pdbmat> 6475957 non-zero elements.
Pdbmat> 713506 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 154.22 +/- 43.38
Maximum number = 256
Minimum number = 30
Pdbmat> Matrix trace = 1.427012E+07
Pdbmat> Larger element = 909.133
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
583 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2604161551582436833.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2604161551582436833.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2604161551582436833.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 9253 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 583 residues.
Blocpdb> 45 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 48 atoms in block 2
Block first atom: 46
Blocpdb> 46 atoms in block 3
Block first atom: 94
Blocpdb> 66 atoms in block 4
Block first atom: 140
Blocpdb> 38 atoms in block 5
Block first atom: 206
Blocpdb> 47 atoms in block 6
Block first atom: 244
Blocpdb> 49 atoms in block 7
Block first atom: 291
Blocpdb> 54 atoms in block 8
Block first atom: 340
Blocpdb> 49 atoms in block 9
Block first atom: 394
Blocpdb> 49 atoms in block 10
Block first atom: 443
Blocpdb> 53 atoms in block 11
Block first atom: 492
Blocpdb> 45 atoms in block 12
Block first atom: 545
Blocpdb> 44 atoms in block 13
Block first atom: 590
Blocpdb> 57 atoms in block 14
Block first atom: 634
Blocpdb> 45 atoms in block 15
Block first atom: 691
Blocpdb> 48 atoms in block 16
Block first atom: 736
Blocpdb> 52 atoms in block 17
Block first atom: 784
Blocpdb> 41 atoms in block 18
Block first atom: 836
Blocpdb> 37 atoms in block 19
Block first atom: 877
Blocpdb> 38 atoms in block 20
Block first atom: 914
Blocpdb> 33 atoms in block 21
Block first atom: 952
Blocpdb> 52 atoms in block 22
Block first atom: 985
Blocpdb> 50 atoms in block 23
Block first atom: 1037
Blocpdb> 39 atoms in block 24
Block first atom: 1087
Blocpdb> 45 atoms in block 25
Block first atom: 1126
Blocpdb> 48 atoms in block 26
Block first atom: 1171
Blocpdb> 54 atoms in block 27
Block first atom: 1219
Blocpdb> 50 atoms in block 28
Block first atom: 1273
Blocpdb> 36 atoms in block 29
Block first atom: 1323
Blocpdb> 33 atoms in block 30
Block first atom: 1359
Blocpdb> 48 atoms in block 31
Block first atom: 1392
Blocpdb> 46 atoms in block 32
Block first atom: 1440
Blocpdb> 53 atoms in block 33
Block first atom: 1486
Blocpdb> 46 atoms in block 34
Block first atom: 1539
Blocpdb> 47 atoms in block 35
Block first atom: 1585
Blocpdb> 46 atoms in block 36
Block first atom: 1632
Blocpdb> 37 atoms in block 37
Block first atom: 1678
Blocpdb> 55 atoms in block 38
Block first atom: 1715
Blocpdb> 55 atoms in block 39
Block first atom: 1770
Blocpdb> 40 atoms in block 40
Block first atom: 1825
Blocpdb> 44 atoms in block 41
Block first atom: 1865
Blocpdb> 47 atoms in block 42
Block first atom: 1909
Blocpdb> 44 atoms in block 43
Block first atom: 1956
Blocpdb> 59 atoms in block 44
Block first atom: 2000
Blocpdb> 51 atoms in block 45
Block first atom: 2059
Blocpdb> 62 atoms in block 46
Block first atom: 2110
Blocpdb> 55 atoms in block 47
Block first atom: 2172
Blocpdb> 58 atoms in block 48
Block first atom: 2227
Blocpdb> 52 atoms in block 49
Block first atom: 2285
Blocpdb> 51 atoms in block 50
Block first atom: 2337
Blocpdb> 48 atoms in block 51
Block first atom: 2388
Blocpdb> 61 atoms in block 52
Block first atom: 2436
Blocpdb> 46 atoms in block 53
Block first atom: 2497
Blocpdb> 42 atoms in block 54
Block first atom: 2543
Blocpdb> 53 atoms in block 55
Block first atom: 2585
Blocpdb> 37 atoms in block 56
Block first atom: 2638
Blocpdb> 42 atoms in block 57
Block first atom: 2675
Blocpdb> 41 atoms in block 58
Block first atom: 2717
Blocpdb> 40 atoms in block 59
Block first atom: 2758
Blocpdb> 55 atoms in block 60
Block first atom: 2798
Blocpdb> 48 atoms in block 61
Block first atom: 2853
Blocpdb> 56 atoms in block 62
Block first atom: 2901
Blocpdb> 57 atoms in block 63
Block first atom: 2957
Blocpdb> 36 atoms in block 64
Block first atom: 3014
Blocpdb> 51 atoms in block 65
Block first atom: 3050
Blocpdb> 67 atoms in block 66
Block first atom: 3101
Blocpdb> 32 atoms in block 67
Block first atom: 3168
Blocpdb> 58 atoms in block 68
Block first atom: 3200
Blocpdb> 42 atoms in block 69
Block first atom: 3258
Blocpdb> 53 atoms in block 70
Block first atom: 3300
Blocpdb> 56 atoms in block 71
Block first atom: 3353
Blocpdb> 37 atoms in block 72
Block first atom: 3409
Blocpdb> 54 atoms in block 73
Block first atom: 3446
Blocpdb> 59 atoms in block 74
Block first atom: 3500
Blocpdb> 46 atoms in block 75
Block first atom: 3559
Blocpdb> 51 atoms in block 76
Block first atom: 3605
Blocpdb> 45 atoms in block 77
Block first atom: 3656
Blocpdb> 57 atoms in block 78
Block first atom: 3701
Blocpdb> 45 atoms in block 79
Block first atom: 3758
Blocpdb> 52 atoms in block 80
Block first atom: 3803
Blocpdb> 54 atoms in block 81
Block first atom: 3855
Blocpdb> 39 atoms in block 82
Block first atom: 3909
Blocpdb> 38 atoms in block 83
Block first atom: 3948
Blocpdb> 45 atoms in block 84
Block first atom: 3986
Blocpdb> 34 atoms in block 85
Block first atom: 4031
Blocpdb> 46 atoms in block 86
Block first atom: 4065
Blocpdb> 51 atoms in block 87
Block first atom: 4111
Blocpdb> 51 atoms in block 88
Block first atom: 4162
Blocpdb> 43 atoms in block 89
Block first atom: 4213
Blocpdb> 45 atoms in block 90
Block first atom: 4256
Blocpdb> 44 atoms in block 91
Block first atom: 4301
Blocpdb> 56 atoms in block 92
Block first atom: 4345
Blocpdb> 34 atoms in block 93
Block first atom: 4401
Blocpdb> 55 atoms in block 94
Block first atom: 4435
Blocpdb> 56 atoms in block 95
Block first atom: 4490
Blocpdb> 39 atoms in block 96
Block first atom: 4546
Blocpdb> 44 atoms in block 97
Block first atom: 4585
Blocpdb> 53 atoms in block 98
Block first atom: 4629
Blocpdb> 41 atoms in block 99
Block first atom: 4682
Blocpdb> 43 atoms in block 100
Block first atom: 4723
Blocpdb> 47 atoms in block 101
Block first atom: 4766
Blocpdb> 43 atoms in block 102
Block first atom: 4813
Blocpdb> 42 atoms in block 103
Block first atom: 4856
Blocpdb> 49 atoms in block 104
Block first atom: 4898
Blocpdb> 39 atoms in block 105
Block first atom: 4947
Blocpdb> 57 atoms in block 106
Block first atom: 4986
Blocpdb> 42 atoms in block 107
Block first atom: 5043
Blocpdb> 44 atoms in block 108
Block first atom: 5085
Blocpdb> 46 atoms in block 109
Block first atom: 5129
Blocpdb> 50 atoms in block 110
Block first atom: 5175
Blocpdb> 57 atoms in block 111
Block first atom: 5225
Blocpdb> 59 atoms in block 112
Block first atom: 5282
Blocpdb> 46 atoms in block 113
Block first atom: 5341
Blocpdb> 47 atoms in block 114
Block first atom: 5387
Blocpdb> 46 atoms in block 115
Block first atom: 5434
Blocpdb> 62 atoms in block 116
Block first atom: 5480
Blocpdb> 47 atoms in block 117
Block first atom: 5542
Blocpdb> 46 atoms in block 118
Block first atom: 5589
Blocpdb> 48 atoms in block 119
Block first atom: 5635
Blocpdb> 37 atoms in block 120
Block first atom: 5683
Blocpdb> 44 atoms in block 121
Block first atom: 5720
Blocpdb> 43 atoms in block 122
Block first atom: 5764
Blocpdb> 42 atoms in block 123
Block first atom: 5807
Blocpdb> 41 atoms in block 124
Block first atom: 5849
Blocpdb> 54 atoms in block 125
Block first atom: 5890
Blocpdb> 58 atoms in block 126
Block first atom: 5944
Blocpdb> 47 atoms in block 127
Block first atom: 6002
Blocpdb> 46 atoms in block 128
Block first atom: 6049
Blocpdb> 52 atoms in block 129
Block first atom: 6095
Blocpdb> 53 atoms in block 130
Block first atom: 6147
Blocpdb> 40 atoms in block 131
Block first atom: 6200
Blocpdb> 57 atoms in block 132
Block first atom: 6240
Blocpdb> 41 atoms in block 133
Block first atom: 6297
Blocpdb> 48 atoms in block 134
Block first atom: 6338
Blocpdb> 41 atoms in block 135
Block first atom: 6386
Blocpdb> 54 atoms in block 136
Block first atom: 6427
Blocpdb> 59 atoms in block 137
Block first atom: 6481
Blocpdb> 62 atoms in block 138
Block first atom: 6540
Blocpdb> 47 atoms in block 139
Block first atom: 6602
Blocpdb> 39 atoms in block 140
Block first atom: 6649
Blocpdb> 49 atoms in block 141
Block first atom: 6688
Blocpdb> 42 atoms in block 142
Block first atom: 6737
Blocpdb> 54 atoms in block 143
Block first atom: 6779
Blocpdb> 45 atoms in block 144
Block first atom: 6833
Blocpdb> 45 atoms in block 145
Block first atom: 6878
Blocpdb> 36 atoms in block 146
Block first atom: 6923
Blocpdb> 51 atoms in block 147
Block first atom: 6959
Blocpdb> 50 atoms in block 148
Block first atom: 7010
Blocpdb> 42 atoms in block 149
Block first atom: 7060
Blocpdb> 41 atoms in block 150
Block first atom: 7102
Blocpdb> 51 atoms in block 151
Block first atom: 7143
Blocpdb> 57 atoms in block 152
Block first atom: 7194
Blocpdb> 57 atoms in block 153
Block first atom: 7251
Blocpdb> 46 atoms in block 154
Block first atom: 7308
Blocpdb> 54 atoms in block 155
Block first atom: 7354
Blocpdb> 44 atoms in block 156
Block first atom: 7408
Blocpdb> 48 atoms in block 157
Block first atom: 7452
Blocpdb> 52 atoms in block 158
Block first atom: 7500
Blocpdb> 36 atoms in block 159
Block first atom: 7552
Blocpdb> 45 atoms in block 160
Block first atom: 7588
Blocpdb> 54 atoms in block 161
Block first atom: 7633
Blocpdb> 49 atoms in block 162
Block first atom: 7687
Blocpdb> 41 atoms in block 163
Block first atom: 7736
Blocpdb> 47 atoms in block 164
Block first atom: 7777
Blocpdb> 41 atoms in block 165
Block first atom: 7824
Blocpdb> 51 atoms in block 166
Block first atom: 7865
Blocpdb> 52 atoms in block 167
Block first atom: 7916
Blocpdb> 49 atoms in block 168
Block first atom: 7968
Blocpdb> 53 atoms in block 169
Block first atom: 8017
Blocpdb> 47 atoms in block 170
Block first atom: 8070
Blocpdb> 42 atoms in block 171
Block first atom: 8117
Blocpdb> 47 atoms in block 172
Block first atom: 8159
Blocpdb> 41 atoms in block 173
Block first atom: 8206
Blocpdb> 58 atoms in block 174
Block first atom: 8247
Blocpdb> 61 atoms in block 175
Block first atom: 8305
Blocpdb> 43 atoms in block 176
Block first atom: 8366
Blocpdb> 50 atoms in block 177
Block first atom: 8409
Blocpdb> 58 atoms in block 178
Block first atom: 8459
Blocpdb> 58 atoms in block 179
Block first atom: 8517
Blocpdb> 39 atoms in block 180
Block first atom: 8575
Blocpdb> 51 atoms in block 181
Block first atom: 8614
Blocpdb> 52 atoms in block 182
Block first atom: 8665
Blocpdb> 46 atoms in block 183
Block first atom: 8717
Blocpdb> 46 atoms in block 184
Block first atom: 8763
Blocpdb> 48 atoms in block 185
Block first atom: 8809
Blocpdb> 44 atoms in block 186
Block first atom: 8857
Blocpdb> 32 atoms in block 187
Block first atom: 8901
Blocpdb> 49 atoms in block 188
Block first atom: 8933
Blocpdb> 41 atoms in block 189
Block first atom: 8982
Blocpdb> 41 atoms in block 190
Block first atom: 9023
Blocpdb> 43 atoms in block 191
Block first atom: 9064
Blocpdb> 51 atoms in block 192
Block first atom: 9107
Blocpdb> 42 atoms in block 193
Block first atom: 9158
Blocpdb> 43 atoms in block 194
Block first atom: 9200
Blocpdb> 11 atoms in block 195
Block first atom: 9242
Blocpdb> 195 blocks.
Blocpdb> At most, 67 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 11 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 6476152 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 27759
Prepmat> Matrix trace = 14270120.0000
Prepmat> Last element read: 27759 27759 286.5763
Prepmat> 19111 lines saved.
Prepmat> 16929 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 9253
RTB> Total mass = 9253.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 9253
RTB> Number of blocks = 195
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 465748.3858
RTB> 75591 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1170
Diagstd> Nb of non-zero elements: 75591
Diagstd> Projected matrix trace = 465748.3858
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1170 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 465748.3858
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.5769759 2.0962663 2.7633847 3.5115472
4.1707116 4.9377066 5.8703977 7.7602243 8.1658663
9.4734380 10.0934601 11.5129500 11.8757256 13.4105756
13.8355575 16.3371092 17.1442314 18.5134238 19.3301418
19.7639816 20.4612013 22.4699968 23.1324897 23.8624292
25.4967899 26.9537579 27.7470023 28.6240127 29.7488650
30.9602630 31.9814010 32.7412098 33.5627916 35.6802669
36.1649755 36.9303915 38.1849017 39.2975678 40.0871126
41.9980023 42.6782076 43.1918230 44.4690340 45.9795044
47.1459733 48.5176948 50.1237417 50.5605299 51.5161788
51.7286210 53.5793379 53.7887426 56.0091928 56.6108267
57.2883865 58.0187049 59.9458370 61.8130541 62.6112025
63.2263717 65.8207262 66.3651790 67.0827472 68.2145110
68.7613121 69.8756450 71.0797904 72.0172721 72.6400244
73.4627524 74.1682253 74.8481770 76.3393904 77.5623901
78.5562863 78.9779943 80.0072131 80.8771801 82.1923465
82.9758810 83.6768310 84.3377058 85.0207139 85.2907844
86.1145370 88.1372669 88.3873672 90.4511670 91.7826807
92.9311397 93.3477166 94.3095540 94.8279001 95.9651367
96.4102281 97.5339312 99.0175833 99.4187234 99.8985192
101.2437670
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034296 0.0034311 0.0034319 0.0034340 0.0034343
0.0034347 136.3665372 157.2238797 180.5161059 203.4906865
221.7687572 241.3003332 263.1049637 302.5049028 310.3104577
334.2328170 344.9969972 368.4585077 374.2185895 397.6664844
403.9183761 438.9174890 449.6289744 467.2385326 477.4334029
482.7613586 491.2028116 514.7505102 522.2836965 530.4599585
548.3249814 563.7738684 572.0095973 580.9791385 592.2846547
604.2234841 614.1069646 621.3590689 629.1067118 648.6483649
653.0393748 659.9138393 671.0287364 680.7350561 687.5395230
703.7357221 709.4117315 713.6677105 724.1426517 736.3383550
745.6200594 756.3892698 768.8064561 772.1489561 779.4120237
781.0174382 794.8660566 796.4178334 812.6900398 817.0432169
821.9181591 827.1405180 840.7653292 853.7591698 859.2534856
863.4643481 881.0014331 884.6376430 889.4073214 896.8786080
900.4660804 907.7331485 915.5210821 921.5387755 925.5145929
930.7410704 935.1994095 939.4764409 948.7889630 956.3588297
962.4667888 965.0467012 971.3144545 976.5810222 984.4892310
989.1706375 993.3399278 997.2548836 1001.2848705 1002.8739133
1007.7052373 1019.4714542 1020.9168672 1032.7670357 1040.3408438
1046.8294019 1049.1730585 1054.5644473 1057.4585353 1063.7804959
1066.2445775 1072.4403477 1080.5663564 1082.7529396 1085.3624834
1092.6458688
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 9253
Rtb_to_modes> Number of blocs = 195
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9744E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9834E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9878E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.577
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.096
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.763
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.512
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.171
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.938
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.870
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.760
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.166
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.473
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.52
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.12
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.2
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1170 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
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0.99999 0.99997 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 0.99997 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00001 0.99998 1.00001 0.99999
1.00000 0.99999 0.99997 0.99999 1.00001
1.00002 0.99998 1.00001 1.00000 0.99999
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001
1.00002 1.00000 1.00000 0.99997 0.99999
1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999
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1.00001 1.00003 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00001 1.00002 1.00002 0.99999
1.00004 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000
1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000
1.00001 0.99997 1.00001 1.00000 1.00000
0.99998 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00002
1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001
1.00000 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 166554 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999
0.99999 0.99997 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 0.99997 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00001 0.99998 1.00001 0.99999
1.00000 0.99999 0.99997 0.99999 1.00001
1.00002 0.99998 1.00001 1.00000 0.99999
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001
1.00002 1.00000 1.00000 0.99997 0.99999
1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999
1.00001 1.00002 1.00001 0.99999 0.99999
1.00001 1.00003 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00001 1.00002 1.00002 0.99999
1.00004 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000
1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000
1.00001 0.99997 1.00001 1.00000 1.00000
0.99998 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00002
1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001
1.00000 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604161551582436833.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604161551582436833.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604161551582436833.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604161551582436833.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 583
First residue number = 1
Last residue number = 583
Number of atoms found = 9253
Mean number per residue = 15.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9744E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9834E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9878E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.577
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.096
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.763
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.512
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.171
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.938
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.870
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.760
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.166
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.473
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.2
Bfactors> 106 vectors, 27759 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.577000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.008 +/- 0.01
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.008
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604161551582436833.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604161551582436833.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 136.4
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 779.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 781.0
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 794.8
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 796.4
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 884.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 889.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 896.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 900.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 915.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 921.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 925.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 930.7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1092.
Chkmod> 106 vectors, 27759 coordinates in file.
Chkmod> That is: 9253 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 8
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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getting mode 9
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
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getting mode 11
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generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 11 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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STDERR:
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real 0m56.737s
user 0m56.367s
sys 0m0.348s
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pstopnm: Writing ppmraw format
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