CNRS Nantes University US2B US2B
home |  start a new run |  job status |  references&downloads |  examples |  help  

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.
elNémo has been hacked on november 27th.
It has been moved away and runs again.
**Still some additional cleaning from time to time**
Sorry for the inconvenience.


***  PDHK1 and DCA  ***

LOGs for ID: 2604162351172680512

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2604162351172680512.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2604162351172680512.atom to be opened. Openam> File opened: 2604162351172680512.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 365 First residue number = 41 Last residue number = 423 Number of atoms found = 2971 Mean number per residue = 8.1 Pdbmat> Coordinate statistics: = 2.161342 +/- 10.970344 From: -18.207000 To: 36.247000 = 27.047230 +/- 15.579856 From: -6.364000 To: 61.616000 = -7.309808 +/- 10.634582 From: -37.518000 To: 18.157000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 2.7717 % Filled. Pdbmat> 1101045 non-zero elements. Pdbmat> 120376 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 81.03 +/- 23.35 Maximum number = 130 Minimum number = 11 Pdbmat> Matrix trace = 2.407520E+06 Pdbmat> Larger element = 513.251 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 365 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2604162351172680512.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2604162351172680512.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2604162351172680512.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 2971 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 365 residues. Blocpdb> 9 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 11 atoms in block 2 Block first atom: 10 Blocpdb> 16 atoms in block 3 Block first atom: 21 Blocpdb> 19 atoms in block 4 Block first atom: 37 Blocpdb> 17 atoms in block 5 Block first atom: 56 Blocpdb> 22 atoms in block 6 Block first atom: 73 Blocpdb> 13 atoms in block 7 Block first atom: 95 Blocpdb> 13 atoms in block 8 Block first atom: 108 Blocpdb> 14 atoms in block 9 Block first atom: 121 Blocpdb> 17 atoms in block 10 Block first atom: 135 Blocpdb> 20 atoms in block 11 Block first atom: 152 Blocpdb> 16 atoms in block 12 Block first atom: 172 Blocpdb> 15 atoms in block 13 Block first atom: 188 Blocpdb> 6 atoms in block 14 Block first atom: 203 Blocpdb> 15 atoms in block 15 Block first atom: 209 Blocpdb> 16 atoms in block 16 Block first atom: 224 Blocpdb> 17 atoms in block 17 Block first atom: 240 Blocpdb> 19 atoms in block 18 Block first atom: 257 Blocpdb> 19 atoms in block 19 Block first atom: 276 Blocpdb> 18 atoms in block 20 Block first atom: 295 Blocpdb> 15 atoms in block 21 Block first atom: 313 Blocpdb> 18 atoms in block 22 Block first atom: 328 Blocpdb> 13 atoms in block 23 Block first atom: 346 Blocpdb> 16 atoms in block 24 Block first atom: 359 Blocpdb> 17 atoms in block 25 Block first atom: 375 Blocpdb> 17 atoms in block 26 Block first atom: 392 Blocpdb> 14 atoms in block 27 Block first atom: 409 Blocpdb> 15 atoms in block 28 Block first atom: 423 Blocpdb> 16 atoms in block 29 Block first atom: 438 Blocpdb> 16 atoms in block 30 Block first atom: 454 Blocpdb> 18 atoms in block 31 Block first atom: 470 Blocpdb> 13 atoms in block 32 Block first atom: 488 Blocpdb> 16 atoms in block 33 Block first atom: 501 Blocpdb> 15 atoms in block 34 Block first atom: 517 Blocpdb> 15 atoms in block 35 Block first atom: 532 Blocpdb> 26 atoms in block 36 Block first atom: 547 Blocpdb> 17 atoms in block 37 Block first atom: 573 Blocpdb> 14 atoms in block 38 Block first atom: 590 Blocpdb> 18 atoms in block 39 Block first atom: 604 Blocpdb> 16 atoms in block 40 Block first atom: 622 Blocpdb> 19 atoms in block 41 Block first atom: 638 Blocpdb> 17 atoms in block 42 Block first atom: 657 Blocpdb> 15 atoms in block 43 Block first atom: 674 Blocpdb> 14 atoms in block 44 Block first atom: 689 Blocpdb> 13 atoms in block 45 Block first atom: 703 Blocpdb> 14 atoms in block 46 Block first atom: 716 Blocpdb> 20 atoms in block 47 Block first atom: 730 Blocpdb> 19 atoms in block 48 Block first atom: 750 Blocpdb> 15 atoms in block 49 Block first atom: 769 Blocpdb> 14 atoms in block 50 Block first atom: 784 Blocpdb> 19 atoms in block 51 Block first atom: 798 Blocpdb> 19 atoms in block 52 Block first atom: 817 Blocpdb> 19 atoms in block 53 Block first atom: 836 Blocpdb> 18 atoms in block 54 Block first atom: 855 Blocpdb> 15 atoms in block 55 Block first atom: 873 Blocpdb> 15 atoms in block 56 Block first atom: 888 Blocpdb> 15 atoms in block 57 Block first atom: 903 Blocpdb> 14 atoms in block 58 Block first atom: 918 Blocpdb> 11 atoms in block 59 Block first atom: 932 Blocpdb> 17 atoms in block 60 Block first atom: 943 Blocpdb> 21 atoms in block 61 Block first atom: 960 Blocpdb> 15 atoms in block 62 Block first atom: 981 Blocpdb> 11 atoms in block 63 Block first atom: 996 Blocpdb> 15 atoms in block 64 Block first atom: 1007 Blocpdb> 14 atoms in block 65 Block first atom: 1022 Blocpdb> 15 atoms in block 66 Block first atom: 1036 Blocpdb> 15 atoms in block 67 Block first atom: 1051 Blocpdb> 21 atoms in block 68 Block first atom: 1066 Blocpdb> 19 atoms in block 69 Block first atom: 1087 Blocpdb> 19 atoms in block 70 Block first atom: 1106 Blocpdb> 23 atoms in block 71 Block first atom: 1125 Blocpdb> 14 atoms in block 72 Block first atom: 1148 Blocpdb> 19 atoms in block 73 Block first atom: 1162 Blocpdb> 14 atoms in block 74 Block first atom: 1181 Blocpdb> 19 atoms in block 75 Block first atom: 1195 Blocpdb> 16 atoms in block 76 Block first atom: 1214 Blocpdb> 17 atoms in block 77 Block first atom: 1230 Blocpdb> 16 atoms in block 78 Block first atom: 1247 Blocpdb> 16 atoms in block 79 Block first atom: 1263 Blocpdb> 15 atoms in block 80 Block first atom: 1279 Blocpdb> 18 atoms in block 81 Block first atom: 1294 Blocpdb> 10 atoms in block 82 Block first atom: 1312 Blocpdb> 16 atoms in block 83 Block first atom: 1322 Blocpdb> 15 atoms in block 84 Block first atom: 1338 Blocpdb> 14 atoms in block 85 Block first atom: 1353 Blocpdb> 15 atoms in block 86 Block first atom: 1367 Blocpdb> 16 atoms in block 87 Block first atom: 1382 Blocpdb> 17 atoms in block 88 Block first atom: 1398 Blocpdb> 12 atoms in block 89 Block first atom: 1415 Blocpdb> 21 atoms in block 90 Block first atom: 1427 Blocpdb> 13 atoms in block 91 Block first atom: 1448 Blocpdb> 22 atoms in block 92 Block first atom: 1461 Blocpdb> 14 atoms in block 93 Block first atom: 1483 Blocpdb> 16 atoms in block 94 Block first atom: 1497 Blocpdb> 24 atoms in block 95 Block first atom: 1513 Blocpdb> 16 atoms in block 96 Block first atom: 1537 Blocpdb> 13 atoms in block 97 Block first atom: 1553 Blocpdb> 17 atoms in block 98 Block first atom: 1566 Blocpdb> 17 atoms in block 99 Block first atom: 1583 Blocpdb> 18 atoms in block 100 Block first atom: 1600 Blocpdb> 16 atoms in block 101 Block first atom: 1618 Blocpdb> 14 atoms in block 102 Block first atom: 1634 Blocpdb> 13 atoms in block 103 Block first atom: 1648 Blocpdb> 13 atoms in block 104 Block first atom: 1661 Blocpdb> 15 atoms in block 105 Block first atom: 1674 Blocpdb> 16 atoms in block 106 Block first atom: 1689 Blocpdb> 19 atoms in block 107 Block first atom: 1705 Blocpdb> 14 atoms in block 108 Block first atom: 1724 Blocpdb> 16 atoms in block 109 Block first atom: 1738 Blocpdb> 20 atoms in block 110 Block first atom: 1754 Blocpdb> 25 atoms in block 111 Block first atom: 1774 Blocpdb> 18 atoms in block 112 Block first atom: 1799 Blocpdb> 17 atoms in block 113 Block first atom: 1817 Blocpdb> 20 atoms in block 114 Block first atom: 1834 Blocpdb> 13 atoms in block 115 Block first atom: 1854 Blocpdb> 19 atoms in block 116 Block first atom: 1867 Blocpdb> 12 atoms in block 117 Block first atom: 1886 Blocpdb> 17 atoms in block 118 Block first atom: 1898 Blocpdb> 20 atoms in block 119 Block first atom: 1915 Blocpdb> 13 atoms in block 120 Block first atom: 1935 Blocpdb> 15 atoms in block 121 Block first atom: 1948 Blocpdb> 19 atoms in block 122 Block first atom: 1963 Blocpdb> 14 atoms in block 123 Block first atom: 1982 Blocpdb> 17 atoms in block 124 Block first atom: 1996 Blocpdb> 17 atoms in block 125 Block first atom: 2013 Blocpdb> 14 atoms in block 126 Block first atom: 2030 Blocpdb> 12 atoms in block 127 Block first atom: 2044 Blocpdb> 17 atoms in block 128 Block first atom: 2056 Blocpdb> 16 atoms in block 129 Block first atom: 2073 Blocpdb> 14 atoms in block 130 Block first atom: 2089 Blocpdb> 17 atoms in block 131 Block first atom: 2103 Blocpdb> 14 atoms in block 132 Block first atom: 2120 Blocpdb> 15 atoms in block 133 Block first atom: 2134 Blocpdb> 8 atoms in block 134 Block first atom: 2149 Blocpdb> 14 atoms in block 135 Block first atom: 2157 Blocpdb> 19 atoms in block 136 Block first atom: 2171 Blocpdb> 17 atoms in block 137 Block first atom: 2190 Blocpdb> 19 atoms in block 138 Block first atom: 2207 Blocpdb> 19 atoms in block 139 Block first atom: 2226 Blocpdb> 20 atoms in block 140 Block first atom: 2245 Blocpdb> 20 atoms in block 141 Block first atom: 2265 Blocpdb> 13 atoms in block 142 Block first atom: 2285 Blocpdb> 12 atoms in block 143 Block first atom: 2298 Blocpdb> 18 atoms in block 144 Block first atom: 2310 Blocpdb> 18 atoms in block 145 Block first atom: 2328 Blocpdb> 16 atoms in block 146 Block first atom: 2346 Blocpdb> 17 atoms in block 147 Block first atom: 2362 Blocpdb> 12 atoms in block 148 Block first atom: 2379 Blocpdb> 15 atoms in block 149 Block first atom: 2391 Blocpdb> 9 atoms in block 150 Block first atom: 2406 Blocpdb> 15 atoms in block 151 Block first atom: 2415 Blocpdb> 16 atoms in block 152 Block first atom: 2430 Blocpdb> 15 atoms in block 153 Block first atom: 2446 Blocpdb> 14 atoms in block 154 Block first atom: 2461 Blocpdb> 19 atoms in block 155 Block first atom: 2475 Blocpdb> 17 atoms in block 156 Block first atom: 2494 Blocpdb> 21 atoms in block 157 Block first atom: 2511 Blocpdb> 20 atoms in block 158 Block first atom: 2532 Blocpdb> 12 atoms in block 159 Block first atom: 2552 Blocpdb> 17 atoms in block 160 Block first atom: 2564 Blocpdb> 32 atoms in block 161 Block first atom: 2581 Blocpdb> 14 atoms in block 162 Block first atom: 2613 Blocpdb> 13 atoms in block 163 Block first atom: 2627 Blocpdb> 16 atoms in block 164 Block first atom: 2640 Blocpdb> 15 atoms in block 165 Block first atom: 2656 Blocpdb> 12 atoms in block 166 Block first atom: 2671 Blocpdb> 20 atoms in block 167 Block first atom: 2683 Blocpdb> 17 atoms in block 168 Block first atom: 2703 Blocpdb> 13 atoms in block 169 Block first atom: 2720 Blocpdb> 13 atoms in block 170 Block first atom: 2733 Blocpdb> 14 atoms in block 171 Block first atom: 2746 Blocpdb> 17 atoms in block 172 Block first atom: 2760 Blocpdb> 19 atoms in block 173 Block first atom: 2777 Blocpdb> 14 atoms in block 174 Block first atom: 2796 Blocpdb> 20 atoms in block 175 Block first atom: 2810 Blocpdb> 14 atoms in block 176 Block first atom: 2830 Blocpdb> 19 atoms in block 177 Block first atom: 2844 Blocpdb> 19 atoms in block 178 Block first atom: 2863 Blocpdb> 20 atoms in block 179 Block first atom: 2882 Blocpdb> 15 atoms in block 180 Block first atom: 2902 Blocpdb> 13 atoms in block 181 Block first atom: 2917 Blocpdb> 22 atoms in block 182 Block first atom: 2930 Blocpdb> 13 atoms in block 183 Block first atom: 2952 Blocpdb> 7 atoms in block 184 Block first atom: 2964 Blocpdb> 184 blocks. Blocpdb> At most, 32 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 6 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 1101229 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 8913 Prepmat> Matrix trace = 2407520.0000 Prepmat> Last element read: 8913 8913 64.6734 Prepmat> 17021 lines saved. Prepmat> 15061 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2971 RTB> Total mass = 2971.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 2971 RTB> Number of blocks = 184 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 248090.3404 RTB> 67764 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1104 Diagstd> Nb of non-zero elements: 67764 Diagstd> Projected matrix trace = 248090.3404 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1104 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 248090.3404 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0001042 0.0015614 0.0298760 0.0553933 0.8332030 1.3383816 1.4684327 2.0113960 2.7728802 3.4012796 3.9412416 5.4598623 5.6733312 5.9957724 6.6108284 6.7725905 6.8439704 7.7877527 8.5706732 9.1187180 9.2686537 9.5186565 9.8927699 10.8224908 12.9490450 13.0238227 13.4371587 14.0737311 14.8023246 15.5586684 16.2921811 17.2700785 17.6374382 18.1714471 19.4025457 19.7291782 20.4386334 21.0152918 21.3637199 21.6759967 22.0494590 22.9313797 23.8035095 24.6758936 25.1585123 25.7220308 26.1045833 26.5677178 27.3796119 28.4337729 29.0632155 29.5234957 29.8963872 30.4551087 31.0652799 31.7371368 32.7435821 33.1273326 34.4870285 35.2410105 35.5384273 35.8752982 36.0287546 36.8258594 37.1003874 37.4466437 38.0351743 38.2280829 38.6495419 38.7805928 39.0619297 40.0935131 40.4145065 40.9364034 41.6812998 41.9927745 42.2688642 43.0454902 43.2428688 43.5402606 44.3427658 44.7407126 45.3332746 45.6420153 45.9459671 47.2183767 47.7796987 48.4552660 49.1648335 49.3415813 49.6614333 50.1710248 50.8132106 51.3218170 51.9372485 52.5468479 53.0083883 53.5600677 54.3586546 54.8452322 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034325 0.0034338 0.0034338 0.0034346 0.0034347 0.0034352 1.1084345 4.2909192 18.7696557 25.5578293 99.1221472 125.6276569 131.5898222 154.0082810 180.8259829 200.2702536 215.5816577 253.7383591 258.6511113 265.8997016 279.2050202 282.6003457 284.0856797 303.0409760 317.9089460 327.9156712 330.6005773 335.0295455 341.5499562 357.2390232 390.7636439 391.8903029 398.0604265 407.3801878 417.7921175 428.3329581 438.3135487 451.2762066 456.0506015 462.9030451 478.3267151 482.3361114 490.9318484 497.8092855 501.9190943 505.5741015 509.9108459 520.0084161 529.8046629 539.4258125 544.6753967 550.7416321 554.8219864 559.7220360 568.2100672 579.0452790 585.4194012 590.0368961 593.7513838 599.2738917 605.2473768 611.7572889 621.3815797 625.0122285 637.7099136 644.6432756 647.3577958 650.4187314 651.8083285 658.9792286 661.4309343 664.5103194 669.7118534 671.4080438 675.0989859 676.2425628 678.6910583 687.5944079 690.3414021 694.7845017 701.0773026 703.6919214 706.0014116 712.4577404 714.0893063 716.5405821 723.1138327 726.3513179 731.1455239 733.6310203 736.0697653 746.1923747 750.6145589 755.9024816 761.4169956 762.7844170 765.2527606 769.1689889 774.0759929 777.9403398 782.5908202 787.1701465 790.6196067 794.7231037 800.6258901 804.2012059 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2971 Rtb_to_modes> Number of blocs = 184 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9915E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9992E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0419E-04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.5614E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.9876E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.5393E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8332 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.338 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.468 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.011 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.773 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.401 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.941 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.460 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.673 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.996 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.611 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.773 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.844 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.788 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.571 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.119 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.269 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.519 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.893 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.01 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.85 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1104 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99997 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 0.99997 1.00004 0.99999 0.99996 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 1.00003 1.00001 0.99997 1.00002 0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 0.99997 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 0.99997 1.00003 0.99999 0.99997 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00003 1.00002 1.00000 1.00001 0.99997 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999 0.99997 1.00001 1.00001 0.99997 1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 53478 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99997 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 0.99997 1.00004 0.99999 0.99996 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 1.00003 1.00001 0.99997 1.00002 0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 0.99997 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 0.99997 1.00003 0.99999 0.99997 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00003 1.00002 1.00000 1.00001 0.99997 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999 0.99997 1.00001 1.00001 0.99997 1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3: 0.000-0.000 Vector 4:-0.000 0.000-0.000 Vector 5: 0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 6:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 9: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2604162351172680512.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2604162351172680512.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2604162351172680512.atom Openam> file on opening on unit 11: 2604162351172680512.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 365 First residue number = 41 Last residue number = 423 Number of atoms found = 2971 Mean number per residue = 8.1 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9915E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0419E-04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.5614E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.9876E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.5393E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8332 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.338 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.468 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.011 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.773 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.401 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.941 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.460 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.673 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.996 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.611 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.773 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.844 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.788 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.571 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.119 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.269 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.519 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.893 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.85 Bfactors> 106 vectors, 8913 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000104 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.105 for 367 C-alpha atoms. Bfactors> = 46.253 +/- 407.26 Bfactors> = 43.430 +/- 7.34 Bfactors> Shiftng-fct= -2.823 Bfactors> Scaling-fct= 0.018 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2604162351172680512.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2604162351172680512.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1.108 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.291 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 18.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 25.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 125.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 131.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 215.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 265.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 303.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 327.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 335.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 341.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 357.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 407.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 451.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 462.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 478.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 497.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 501.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 529.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 550.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 605.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 621.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 625.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 647.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 650.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 671.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 690.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 694.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 703.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 712.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 731.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 733.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 755.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 761.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 765.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 769.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 774.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 777.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 790.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 794.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 804.2 Chkmod> 106 vectors, 8913 coordinates in file. Chkmod> That is: 2971 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 45 is: 1.0001 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.8512 0.0034 0.8654 0.0034 0.8145 0.0034 0.7336 0.0034 0.7839 0.0034 0.8367 1.1084 0.0218 4.2908 0.0145 18.7689 0.0207 25.5567 0.0219 99.1177 0.0219 125.6044 0.5061 131.5648 0.0331 153.9865 0.0441 180.8221 0.4088 200.2534 0.0658 215.5658 0.4628 253.7307 0.0136 258.6325 0.5172 265.8933 0.1335 279.1967 0.1570 282.5968 0.3894 284.0741 0.2570 303.0328 0.3578 317.9014 0.4317 327.9067 0.4649 330.5926 0.5182 335.0212 0.0045 341.5393 0.3623 357.1826 0.4613 390.7613 0.3125 391.8160 0.5099 398.0854 0.3496 407.3087 0.2379 417.7414 0.2323 428.3329 0.4145 438.2654 0.2798 451.2558 0.2760 456.0641 0.3070 462.8647 0.4836 478.2748 0.3839 482.3255 0.3933 490.9272 0.3051 497.8437 0.4635 501.8539 0.0449 505.5991 0.3211 509.8952 0.3029 519.9705 0.3547 529.7429 0.3020 539.4475 0.4959 544.6681 0.4475 550.6962 0.2144 554.7495 0.0147 559.7220 0.2776 568.1897 0.3511 578.9820 0.3166 585.3619 0.3439 589.9766 0.4004 593.7618 0.2223 599.2963 0.4726 605.2674 0.3823 611.7586 0.3469 621.3209 0.2051 625.0106 0.3743 637.7100 0.3849 644.6064 0.0989 647.3443 0.1801 650.4334 0.0657 651.7916 0.1988 658.9880 0.1409 661.3991 0.3200 664.5116 0.2126 669.7256 0.4656 671.3961 0.1050 675.0740 0.2980 676.2084 0.3957 678.6452 0.4165 687.5348 0.5946 690.2733 0.2887 694.7852 0.4364 701.0363 0.4645 703.6385 0.3066 705.9806 0.3684 712.4645 0.0264 714.0350 0.4445 716.5077 0.5668 723.0602 0.3603 726.3144 0.4408 731.0877 0.3685 733.5833 0.3204 736.0705 0.4960 746.1732 0.4957 750.5847 0.4769 755.9070 0.3847 761.3469 0.4531 762.7394 0.0398 765.2089 0.3490 769.1281 0.3166 774.0183 0.3535 777.8932 0.2250 782.5780 0.4710 787.1600 0.4039 790.5977 0.3015 794.6885 0.3951 800.6014 0.4182 804.2016 0.4350 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 2604162351172680512 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom making animated gifs 11 models are in 2604162351172680512.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162351172680512.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162351172680512.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 2604162351172680512 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom making animated gifs 11 models are in 2604162351172680512.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162351172680512.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162351172680512.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2604162351172680512 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom making animated gifs 11 models are in 2604162351172680512.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162351172680512.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162351172680512.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2604162351172680512 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom making animated gifs 11 models are in 2604162351172680512.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162351172680512.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162351172680512.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2604162351172680512 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2604162351172680512.eigenfacs 2604162351172680512.atom making animated gifs 11 models are in 2604162351172680512.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162351172680512.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162351172680512.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2604162351172680512.10.pdb 2604162351172680512.11.pdb 2604162351172680512.7.pdb 2604162351172680512.8.pdb 2604162351172680512.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m18.627s user 0m18.514s sys 0m0.087s rm: cannot remove '2604162351172680512.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format




If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: december 26th, 2025.