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***  TRANSFERASE 10-JUL-18 6H0U  ***

LOGs for ID: 2604162352552689327

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2604162352552689327.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2604162352552689327.atom to be opened. Openam> File opened: 2604162352552689327.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 696 First residue number = 36 Last residue number = 383 Number of atoms found = 5580 Mean number per residue = 8.0 Pdbmat> Coordinate statistics: = 7.083719 +/- 12.868482 From: -28.183000 To: 36.385000 = -42.306613 +/- 18.660838 From: -85.554000 To: 1.454000 = -5.293275 +/- 16.029974 From: -46.341000 To: 32.390000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 1.4861 % Filled. Pdbmat> 2082369 non-zero elements. Pdbmat> 227691 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 81.61 +/- 22.47 Maximum number = 125 Minimum number = 8 Pdbmat> Matrix trace = 4.553820E+06 Pdbmat> Larger element = 480.212 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 696 non-zero elements, NRBL set to 4 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2604162352552689327.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 4 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2604162352552689327.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2604162352552689327.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 5580 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 4 residue(s) per block. Blocpdb> 696 residues. Blocpdb> 30 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 26 atoms in block 2 Block first atom: 31 Blocpdb> 24 atoms in block 3 Block first atom: 57 Blocpdb> 33 atoms in block 4 Block first atom: 81 Blocpdb> 31 atoms in block 5 Block first atom: 114 Blocpdb> 34 atoms in block 6 Block first atom: 145 Blocpdb> 28 atoms in block 7 Block first atom: 179 Blocpdb> 29 atoms in block 8 Block first atom: 207 Blocpdb> 30 atoms in block 9 Block first atom: 236 Blocpdb> 31 atoms in block 10 Block first atom: 266 Blocpdb> 24 atoms in block 11 Block first atom: 297 Blocpdb> 29 atoms in block 12 Block first atom: 321 Blocpdb> 33 atoms in block 13 Block first atom: 350 Blocpdb> 34 atoms in block 14 Block first atom: 383 Blocpdb> 39 atoms in block 15 Block first atom: 417 Blocpdb> 37 atoms in block 16 Block first atom: 456 Blocpdb> 36 atoms in block 17 Block first atom: 493 Blocpdb> 32 atoms in block 18 Block first atom: 529 Blocpdb> 34 atoms in block 19 Block first atom: 561 Blocpdb> 42 atoms in block 20 Block first atom: 595 Blocpdb> 35 atoms in block 21 Block first atom: 637 Blocpdb> 31 atoms in block 22 Block first atom: 672 Blocpdb> 36 atoms in block 23 Block first atom: 703 Blocpdb> 31 atoms in block 24 Block first atom: 739 Blocpdb> 35 atoms in block 25 Block first atom: 770 Blocpdb> 30 atoms in block 26 Block first atom: 805 Blocpdb> 35 atoms in block 27 Block first atom: 835 Blocpdb> 39 atoms in block 28 Block first atom: 870 Blocpdb> 34 atoms in block 29 Block first atom: 909 Blocpdb> 29 atoms in block 30 Block first atom: 943 Blocpdb> 36 atoms in block 31 Block first atom: 972 Blocpdb> 40 atoms in block 32 Block first atom: 1008 Blocpdb> 39 atoms in block 33 Block first atom: 1048 Blocpdb> 31 atoms in block 34 Block first atom: 1087 Blocpdb> 35 atoms in block 35 Block first atom: 1118 Blocpdb> 28 atoms in block 36 Block first atom: 1153 Blocpdb> 36 atoms in block 37 Block first atom: 1181 Blocpdb> 32 atoms in block 38 Block first atom: 1217 Blocpdb> 31 atoms in block 39 Block first atom: 1249 Blocpdb> 27 atoms in block 40 Block first atom: 1280 Blocpdb> 31 atoms in block 41 Block first atom: 1307 Blocpdb> 29 atoms in block 42 Block first atom: 1338 Blocpdb> 31 atoms in block 43 Block first atom: 1367 Blocpdb> 31 atoms in block 44 Block first atom: 1398 Blocpdb> 28 atoms in block 45 Block first atom: 1429 Blocpdb> 32 atoms in block 46 Block first atom: 1457 Blocpdb> 46 atoms in block 47 Block first atom: 1489 Blocpdb> 29 atoms in block 48 Block first atom: 1535 Blocpdb> 28 atoms in block 49 Block first atom: 1564 Blocpdb> 34 atoms in block 50 Block first atom: 1592 Blocpdb> 28 atoms in block 51 Block first atom: 1626 Blocpdb> 32 atoms in block 52 Block first atom: 1654 Blocpdb> 25 atoms in block 53 Block first atom: 1686 Blocpdb> 30 atoms in block 54 Block first atom: 1711 Blocpdb> 28 atoms in block 55 Block first atom: 1741 Blocpdb> 30 atoms in block 56 Block first atom: 1769 Blocpdb> 25 atoms in block 57 Block first atom: 1799 Blocpdb> 32 atoms in block 58 Block first atom: 1824 Blocpdb> 34 atoms in block 59 Block first atom: 1856 Blocpdb> 26 atoms in block 60 Block first atom: 1890 Blocpdb> 34 atoms in block 61 Block first atom: 1916 Blocpdb> 37 atoms in block 62 Block first atom: 1950 Blocpdb> 31 atoms in block 63 Block first atom: 1987 Blocpdb> 39 atoms in block 64 Block first atom: 2018 Blocpdb> 36 atoms in block 65 Block first atom: 2057 Blocpdb> 32 atoms in block 66 Block first atom: 2093 Blocpdb> 37 atoms in block 67 Block first atom: 2125 Blocpdb> 36 atoms in block 68 Block first atom: 2162 Blocpdb> 32 atoms in block 69 Block first atom: 2198 Blocpdb> 27 atoms in block 70 Block first atom: 2230 Blocpdb> 31 atoms in block 71 Block first atom: 2257 Blocpdb> 37 atoms in block 72 Block first atom: 2288 Blocpdb> 26 atoms in block 73 Block first atom: 2325 Blocpdb> 33 atoms in block 74 Block first atom: 2351 Blocpdb> 28 atoms in block 75 Block first atom: 2384 Blocpdb> 32 atoms in block 76 Block first atom: 2412 Blocpdb> 36 atoms in block 77 Block first atom: 2444 Blocpdb> 34 atoms in block 78 Block first atom: 2480 Blocpdb> 31 atoms in block 79 Block first atom: 2514 Blocpdb> 31 atoms in block 80 Block first atom: 2545 Blocpdb> 27 atoms in block 81 Block first atom: 2576 Blocpdb> 37 atoms in block 82 Block first atom: 2603 Blocpdb> 33 atoms in block 83 Block first atom: 2640 Blocpdb> 27 atoms in block 84 Block first atom: 2673 Blocpdb> 27 atoms in block 85 Block first atom: 2700 Blocpdb> 31 atoms in block 86 Block first atom: 2727 Blocpdb> 33 atoms in block 87 Block first atom: 2758 Blocpdb> 30 atoms in block 88 Block first atom: 2791 Blocpdb> 26 atoms in block 89 Block first atom: 2821 Blocpdb> 24 atoms in block 90 Block first atom: 2847 Blocpdb> 33 atoms in block 91 Block first atom: 2871 Blocpdb> 31 atoms in block 92 Block first atom: 2904 Blocpdb> 34 atoms in block 93 Block first atom: 2935 Blocpdb> 28 atoms in block 94 Block first atom: 2969 Blocpdb> 29 atoms in block 95 Block first atom: 2997 Blocpdb> 30 atoms in block 96 Block first atom: 3026 Blocpdb> 31 atoms in block 97 Block first atom: 3056 Blocpdb> 24 atoms in block 98 Block first atom: 3087 Blocpdb> 29 atoms in block 99 Block first atom: 3111 Blocpdb> 33 atoms in block 100 Block first atom: 3140 Blocpdb> 34 atoms in block 101 Block first atom: 3173 Blocpdb> 39 atoms in block 102 Block first atom: 3207 Blocpdb> 37 atoms in block 103 Block first atom: 3246 Blocpdb> 36 atoms in block 104 Block first atom: 3283 Blocpdb> 32 atoms in block 105 Block first atom: 3319 Blocpdb> 34 atoms in block 106 Block first atom: 3351 Blocpdb> 42 atoms in block 107 Block first atom: 3385 Blocpdb> 35 atoms in block 108 Block first atom: 3427 Blocpdb> 31 atoms in block 109 Block first atom: 3462 Blocpdb> 36 atoms in block 110 Block first atom: 3493 Blocpdb> 31 atoms in block 111 Block first atom: 3529 Blocpdb> 35 atoms in block 112 Block first atom: 3560 Blocpdb> 30 atoms in block 113 Block first atom: 3595 Blocpdb> 35 atoms in block 114 Block first atom: 3625 Blocpdb> 39 atoms in block 115 Block first atom: 3660 Blocpdb> 34 atoms in block 116 Block first atom: 3699 Blocpdb> 29 atoms in block 117 Block first atom: 3733 Blocpdb> 36 atoms in block 118 Block first atom: 3762 Blocpdb> 40 atoms in block 119 Block first atom: 3798 Blocpdb> 39 atoms in block 120 Block first atom: 3838 Blocpdb> 31 atoms in block 121 Block first atom: 3877 Blocpdb> 35 atoms in block 122 Block first atom: 3908 Blocpdb> 28 atoms in block 123 Block first atom: 3943 Blocpdb> 36 atoms in block 124 Block first atom: 3971 Blocpdb> 32 atoms in block 125 Block first atom: 4007 Blocpdb> 31 atoms in block 126 Block first atom: 4039 Blocpdb> 27 atoms in block 127 Block first atom: 4070 Blocpdb> 31 atoms in block 128 Block first atom: 4097 Blocpdb> 29 atoms in block 129 Block first atom: 4128 Blocpdb> 31 atoms in block 130 Block first atom: 4157 Blocpdb> 31 atoms in block 131 Block first atom: 4188 Blocpdb> 28 atoms in block 132 Block first atom: 4219 Blocpdb> 32 atoms in block 133 Block first atom: 4247 Blocpdb> 46 atoms in block 134 Block first atom: 4279 Blocpdb> 29 atoms in block 135 Block first atom: 4325 Blocpdb> 28 atoms in block 136 Block first atom: 4354 Blocpdb> 34 atoms in block 137 Block first atom: 4382 Blocpdb> 28 atoms in block 138 Block first atom: 4416 Blocpdb> 32 atoms in block 139 Block first atom: 4444 Blocpdb> 25 atoms in block 140 Block first atom: 4476 Blocpdb> 30 atoms in block 141 Block first atom: 4501 Blocpdb> 28 atoms in block 142 Block first atom: 4531 Blocpdb> 30 atoms in block 143 Block first atom: 4559 Blocpdb> 25 atoms in block 144 Block first atom: 4589 Blocpdb> 32 atoms in block 145 Block first atom: 4614 Blocpdb> 34 atoms in block 146 Block first atom: 4646 Blocpdb> 26 atoms in block 147 Block first atom: 4680 Blocpdb> 34 atoms in block 148 Block first atom: 4706 Blocpdb> 37 atoms in block 149 Block first atom: 4740 Blocpdb> 31 atoms in block 150 Block first atom: 4777 Blocpdb> 39 atoms in block 151 Block first atom: 4808 Blocpdb> 36 atoms in block 152 Block first atom: 4847 Blocpdb> 32 atoms in block 153 Block first atom: 4883 Blocpdb> 37 atoms in block 154 Block first atom: 4915 Blocpdb> 36 atoms in block 155 Block first atom: 4952 Blocpdb> 32 atoms in block 156 Block first atom: 4988 Blocpdb> 27 atoms in block 157 Block first atom: 5020 Blocpdb> 31 atoms in block 158 Block first atom: 5047 Blocpdb> 37 atoms in block 159 Block first atom: 5078 Blocpdb> 26 atoms in block 160 Block first atom: 5115 Blocpdb> 33 atoms in block 161 Block first atom: 5141 Blocpdb> 28 atoms in block 162 Block first atom: 5174 Blocpdb> 32 atoms in block 163 Block first atom: 5202 Blocpdb> 36 atoms in block 164 Block first atom: 5234 Blocpdb> 34 atoms in block 165 Block first atom: 5270 Blocpdb> 31 atoms in block 166 Block first atom: 5304 Blocpdb> 31 atoms in block 167 Block first atom: 5335 Blocpdb> 27 atoms in block 168 Block first atom: 5366 Blocpdb> 37 atoms in block 169 Block first atom: 5393 Blocpdb> 33 atoms in block 170 Block first atom: 5430 Blocpdb> 27 atoms in block 171 Block first atom: 5463 Blocpdb> 27 atoms in block 172 Block first atom: 5490 Blocpdb> 31 atoms in block 173 Block first atom: 5517 Blocpdb> 33 atoms in block 174 Block first atom: 5547 Blocpdb> 174 blocks. Blocpdb> At most, 46 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 24 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 2082543 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 16740 Prepmat> Matrix trace = 4553820.0000 Prepmat> Last element read: 16740 16740 207.5046 Prepmat> 15226 lines saved. Prepmat> 13583 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 5580 RTB> Total mass = 5580.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 5580 RTB> Number of blocks = 174 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 209206.2745 RTB> 56502 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1044 Diagstd> Nb of non-zero elements: 56502 Diagstd> Projected matrix trace = 209206.2745 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1044 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 209206.2745 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.7380533 0.8492508 1.6742207 3.1355475 3.6907187 4.1244217 4.1987330 4.8546154 5.0456384 5.0834695 5.1869754 5.8575728 8.3085075 8.7179872 8.9213916 9.3811359 9.6019173 10.1054488 10.2074461 10.6605436 11.1823893 11.7669520 11.9944818 12.4361804 12.5674603 12.9963315 13.6569465 13.9458959 14.4703546 14.6455786 14.8167385 15.8465321 16.2661489 16.3903303 16.6949977 17.1464393 17.7456173 17.9990700 18.2241874 18.6845648 19.0995550 19.1444192 19.7703600 19.9853055 20.1081004 21.5722950 22.1791260 22.3847707 22.9295815 23.0680163 23.1519869 23.6904558 24.7952536 25.0911777 25.7612256 26.3527382 26.5931543 27.1052329 27.5700598 28.1053286 28.5200310 29.4866404 29.6814812 29.9798795 30.2662537 30.3601958 31.2029410 31.4756535 31.7884185 32.3281132 32.8976859 33.1727064 33.5582099 33.9130104 34.2974032 34.7119538 34.9174742 35.2941395 35.6700146 36.4753047 36.5031828 37.1460603 37.1695558 37.8731148 38.2092394 38.9320100 39.6309792 39.8061985 40.1898964 40.5827751 40.8118939 41.5055198 41.8552236 42.5481930 43.5880607 43.8601214 43.9711924 44.3786802 44.7232922 45.1347155 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034324 0.0034327 0.0034336 0.0034338 0.0034343 0.0034344 93.2908678 100.0721561 140.5081880 192.2879057 208.6175086 220.5346373 222.5124979 239.2614310 243.9233300 244.8360653 247.3160919 262.8174073 313.0089743 320.6294377 324.3482671 332.6005736 336.4916268 345.2018260 346.9395636 354.5560946 363.1303801 372.5008532 376.0850106 382.9471024 384.9630460 391.4764762 401.3027023 405.5258000 413.0806646 415.5741712 417.9954822 432.2772680 437.9632318 439.6318353 443.6990118 449.6579261 457.4470548 460.7022282 463.5743162 469.3931782 474.5772377 475.1342936 482.8392530 485.4568973 486.9459996 504.3632742 511.4079729 513.7733881 519.9880278 521.5553506 522.5037536 528.5450242 540.7288704 543.9460196 551.1610781 557.4528676 559.9899166 565.3558000 570.1828293 575.6912302 579.9229250 589.6684983 591.6134855 594.5798978 597.4129246 598.3393486 606.5869251 609.2319316 612.2513356 617.4267754 622.8420927 625.4401144 629.0637701 632.3804742 635.9542875 639.7861135 641.6773221 645.1290215 648.5551673 655.8352338 656.0858131 661.8379409 662.0472190 668.2835832 671.2425470 677.5614569 683.6167290 685.1262899 688.4203881 691.7770518 693.7270913 699.5974352 702.5384750 708.3303335 716.9337971 719.1677355 720.0777663 723.4066079 726.2098966 729.5425634 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 5580 Rtb_to_modes> Number of blocs = 174 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9908E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9927E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9977E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9991E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7381 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8493 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.674 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.136 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.691 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.124 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.199 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.855 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.046 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.083 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.187 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.858 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.309 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.718 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.921 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.381 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.602 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.13 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1044 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 0.99999 1.00004 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 0.99997 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 1.00004 0.99998 0.99997 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 1.00001 0.99998 0.99995 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 1.00001 1.00003 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99997 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 1.00003 1.00000 1.00001 1.00000 0.99997 0.99998 0.99999 0.99998 0.99999 0.99996 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00002 0.99997 1.00000 0.99998 1.00002 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 100440 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 0.99999 1.00004 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 0.99997 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 1.00004 0.99998 0.99997 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 1.00001 0.99998 0.99995 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 1.00001 1.00003 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99997 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 1.00003 1.00000 1.00001 1.00000 0.99997 0.99998 0.99999 0.99998 0.99999 0.99996 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00002 0.99997 1.00000 0.99998 1.00002 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4: 0.000-0.000 0.000 Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 6:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 7:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 8: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2604162352552689327.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2604162352552689327.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2604162352552689327.atom Openam> file on opening on unit 11: 2604162352552689327.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 696 First residue number = 36 Last residue number = 383 Number of atoms found = 5580 Mean number per residue = 8.0 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9908E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9927E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9977E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9991E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7381 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8493 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.674 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.136 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.691 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.124 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.199 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.855 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.046 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.083 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.187 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.858 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.309 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.718 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.921 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.381 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.602 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.13 Bfactors> 106 vectors, 16740 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.738100 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.506 for 696 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.024 +/- 0.02 Bfactors> = 37.395 +/- 15.60 Bfactors> Shiftng-fct= 37.371 Bfactors> Scaling-fct= 715.921 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2604162352552689327.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2604162352552689327.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 208.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 244.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 247.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 262.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 324.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 336.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 345.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 354.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 363.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 383.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 415.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 418.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 432.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 449.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 457.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 460.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 474.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 486.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 511.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 540.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 575.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.7 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vecteur en lecture: 625.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 629.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 636.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 641.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 645.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 648.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 655.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 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Chkmod> That is: 5580 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. 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animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2604162352552689327 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom making animated gifs 11 models are in 2604162352552689327.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162352552689327.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162352552689327.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2604162352552689327 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=20 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100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162352552689327.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2604162352552689327 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2604162352552689327.eigenfacs 2604162352552689327.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2604162352552689327.eigenfacs 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MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2604162352552689327.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2604162352552689327.10.pdb 2604162352552689327.11.pdb 2604162352552689327.7.pdb 2604162352552689327.8.pdb 2604162352552689327.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m23.903s user 0m23.758s sys 0m0.132s rm: cannot remove '2604162352552689327.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: 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