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elNémo has been hacked on november 27th.
It has been moved away and runs again.
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* TRANSCRIPTION 01-DEC-01 1KHX *

LOGs for ID: 2604171708293065687

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2604171708293065687.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2604171708293065687.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2604171708293065687.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =    203
            First residue number     =    265
            Last  residue number     =    467
            Number of atoms found    =   1614
            Mean number per residue  =      8.0

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =    76.230890 +/-    10.894926 From:    45.925000 To:   100.361000
 =    93.217911 +/-    11.212171 From:    62.321000 To:   113.895000
 =    41.223910 +/-     8.866001 From:    16.976000 To:    60.956000
 Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'SEP ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'SEP ' is not a well known amino-acid.

%Pdbmat-W>      2 residue(s) not known.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   4.9104 % Filled.
 Pdbmat>       575736  non-zero elements.
 Pdbmat>        62908 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     77.95 +/-     25.24
         Maximum number =    132
         Minimum number =      9

 Pdbmat> Matrix trace   = 1.258160E+06
 Pdbmat> Larger element =  474.896    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
203 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2604171708293065687.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          2
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2604171708293065687.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2604171708293065687.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>  1614 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     2 residue(s) per block.
 Blocpdb>   203 residues.
 Blocpdb>    14 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    19 atoms in block      2
 Block first atom:     15
 Blocpdb>    15 atoms in block      3
 Block first atom:     34
 Blocpdb>    12 atoms in block      4
 Block first atom:     49
 Blocpdb>    25 atoms in block      5
 Block first atom:     61
 Blocpdb>    12 atoms in block      6
 Block first atom:     86
 Blocpdb>    13 atoms in block      7
 Block first atom:     98
 Blocpdb>    24 atoms in block      8
 Block first atom:    111
 Blocpdb>    17 atoms in block      9
 Block first atom:    135
 Blocpdb>    17 atoms in block     10
 Block first atom:    152
 Blocpdb>    18 atoms in block     11
 Block first atom:    169
 Blocpdb>    13 atoms in block     12
 Block first atom:    187
 Blocpdb>    18 atoms in block     13
 Block first atom:    200
 Blocpdb>    15 atoms in block     14
 Block first atom:    218
 Blocpdb>    15 atoms in block     15
 Block first atom:    233
 Blocpdb>    13 atoms in block     16
 Block first atom:    248
 Blocpdb>    15 atoms in block     17
 Block first atom:    261
 Blocpdb>    15 atoms in block     18
 Block first atom:    276
 Blocpdb>    15 atoms in block     19
 Block first atom:    291
 Blocpdb>    15 atoms in block     20
 Block first atom:    306
 Blocpdb>    14 atoms in block     21
 Block first atom:    321
 Blocpdb>    14 atoms in block     22
 Block first atom:    335
 Blocpdb>    20 atoms in block     23
 Block first atom:    349
 Blocpdb>    17 atoms in block     24
 Block first atom:    369
 Blocpdb>    12 atoms in block     25
 Block first atom:    386
 Blocpdb>    16 atoms in block     26
 Block first atom:    398
 Blocpdb>    14 atoms in block     27
 Block first atom:    414
 Blocpdb>    15 atoms in block     28
 Block first atom:    428
 Blocpdb>    19 atoms in block     29
 Block first atom:    443
 Blocpdb>    12 atoms in block     30
 Block first atom:    462
 Blocpdb>    16 atoms in block     31
 Block first atom:    474
 Blocpdb>    15 atoms in block     32
 Block first atom:    490
 Blocpdb>    22 atoms in block     33
 Block first atom:    505
 Blocpdb>    18 atoms in block     34
 Block first atom:    527
 Blocpdb>    15 atoms in block     35
 Block first atom:    545
 Blocpdb>    11 atoms in block     36
 Block first atom:    560
 Blocpdb>    19 atoms in block     37
 Block first atom:    571
 Blocpdb>    24 atoms in block     38
 Block first atom:    590
 Blocpdb>    12 atoms in block     39
 Block first atom:    614
 Blocpdb>    13 atoms in block     40
 Block first atom:    626
 Blocpdb>    18 atoms in block     41
 Block first atom:    639
 Blocpdb>    14 atoms in block     42
 Block first atom:    657
 Blocpdb>    14 atoms in block     43
 Block first atom:    671
 Blocpdb>    14 atoms in block     44
 Block first atom:    685
 Blocpdb>    11 atoms in block     45
 Block first atom:    699
 Blocpdb>    19 atoms in block     46
 Block first atom:    710
 Blocpdb>    16 atoms in block     47
 Block first atom:    729
 Blocpdb>    13 atoms in block     48
 Block first atom:    745
 Blocpdb>    14 atoms in block     49
 Block first atom:    758
 Blocpdb>    17 atoms in block     50
 Block first atom:    772
 Blocpdb>    23 atoms in block     51
 Block first atom:    789
 Blocpdb>    18 atoms in block     52
 Block first atom:    812
 Blocpdb>    17 atoms in block     53
 Block first atom:    830
 Blocpdb>    12 atoms in block     54
 Block first atom:    847
 Blocpdb>    13 atoms in block     55
 Block first atom:    859
 Blocpdb>    17 atoms in block     56
 Block first atom:    872
 Blocpdb>    14 atoms in block     57
 Block first atom:    889
 Blocpdb>    10 atoms in block     58
 Block first atom:    903
 Blocpdb>    16 atoms in block     59
 Block first atom:    913
 Blocpdb>    17 atoms in block     60
 Block first atom:    929
 Blocpdb>    19 atoms in block     61
 Block first atom:    946
 Blocpdb>    17 atoms in block     62
 Block first atom:    965
 Blocpdb>    20 atoms in block     63
 Block first atom:    982
 Blocpdb>    10 atoms in block     64
 Block first atom:   1002
 Blocpdb>    16 atoms in block     65
 Block first atom:   1012
 Blocpdb>    14 atoms in block     66
 Block first atom:   1028
 Blocpdb>    13 atoms in block     67
 Block first atom:   1042
 Blocpdb>    17 atoms in block     68
 Block first atom:   1055
 Blocpdb>    15 atoms in block     69
 Block first atom:   1072
 Blocpdb>    14 atoms in block     70
 Block first atom:   1087
 Blocpdb>    19 atoms in block     71
 Block first atom:   1101
 Blocpdb>    17 atoms in block     72
 Block first atom:   1120
 Blocpdb>    18 atoms in block     73
 Block first atom:   1137
 Blocpdb>    14 atoms in block     74
 Block first atom:   1155
 Blocpdb>    15 atoms in block     75
 Block first atom:   1169
 Blocpdb>    19 atoms in block     76
 Block first atom:   1184
 Blocpdb>    17 atoms in block     77
 Block first atom:   1203
 Blocpdb>    16 atoms in block     78
 Block first atom:   1220
 Blocpdb>    18 atoms in block     79
 Block first atom:   1236
 Blocpdb>     9 atoms in block     80
 Block first atom:   1254
 Blocpdb>    21 atoms in block     81
 Block first atom:   1263
 Blocpdb>    22 atoms in block     82
 Block first atom:   1284
 Blocpdb>    16 atoms in block     83
 Block first atom:   1306
 Blocpdb>    14 atoms in block     84
 Block first atom:   1322
 Blocpdb>    13 atoms in block     85
 Block first atom:   1336
 Blocpdb>    13 atoms in block     86
 Block first atom:   1349
 Blocpdb>    22 atoms in block     87
 Block first atom:   1362
 Blocpdb>    17 atoms in block     88
 Block first atom:   1384
 Blocpdb>    18 atoms in block     89
 Block first atom:   1401
 Blocpdb>    12 atoms in block     90
 Block first atom:   1419
 Blocpdb>    15 atoms in block     91
 Block first atom:   1431
 Blocpdb>    23 atoms in block     92
 Block first atom:   1446
 Blocpdb>    16 atoms in block     93
 Block first atom:   1469
 Blocpdb>    16 atoms in block     94
 Block first atom:   1485
 Blocpdb>    15 atoms in block     95
 Block first atom:   1501
 Blocpdb>    17 atoms in block     96
 Block first atom:   1516
 Blocpdb>    10 atoms in block     97
 Block first atom:   1533
 Blocpdb>    13 atoms in block     98
 Block first atom:   1543
 Blocpdb>    18 atoms in block     99
 Block first atom:   1556
 Blocpdb>    12 atoms in block    100
 Block first atom:   1574
 Blocpdb>    18 atoms in block    101
 Block first atom:   1586
 Blocpdb>    11 atoms in block    102
 Block first atom:   1603

 Blocpdb>   102 blocks.

 Blocpdb> At most,     25 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,     9 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       575838 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       4842

 Prepmat> Matrix trace    =    1258160.0000
 Prepmat> Last element read:    4842   4842       123.2860
 Prepmat>         5254 lines saved.
 Prepmat>         4257 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:  1614
 RTB> Total mass =        1614.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:  1614
 RTB> Number of blocks =   102
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =  131825.8772
 RTB>     34326 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      612
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    34326
 Diagstd> Projected matrix trace =  131825.8772

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    612 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues = 131825.8772
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.0520156      0.1328375      0.3357993      1.0074795
      1.3364105      1.4750641      2.8263366      3.4564154      4.5974174
      4.6544468      6.2210511      8.8818066      9.2300426      9.4560535
     10.0606484     11.8170181     13.1028245     14.2770091     14.3816934
     15.0900408     16.1022746     17.4661731     18.8089355     19.1976909
     20.3732905     20.6693461     21.2073080     22.9423928     23.6064788
     24.6698695     25.0328830     25.2680970     26.4300333     27.2244924
     28.3725970     28.6314242     30.1053048     30.6724458     32.2990605
     33.1311243     33.4998152     33.9391524     35.6166295     37.0323018
     37.5607992     37.8557275     38.9007175     39.2982185     40.6540267
     41.8533181     42.1432220     42.7765967     43.9896058     44.7560418
     45.0042986     46.2180227     46.8256925     48.3364449     48.9412028
     50.2777808     50.7051466     51.9798193     52.6526983     53.7643148
     53.9782790     55.7505356     56.4368775     57.3012811     58.0290830
     59.2731646     59.7268020     61.0122017     62.1791715     63.5638901
     63.7509775     64.5700240     65.3050341     66.2340507     66.8767456
     67.3463591     68.2381955     69.3982336     69.7161544     70.0665680
     71.1611308     71.9054752     73.0353109     73.1651561     73.7553217
     74.0426660     75.5005539     76.3755448     77.4627120     78.4880956
     79.8561236     80.0982861     81.3066188     81.6018820     82.1721507
     83.7919452

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034328      0.0034331      0.0034334      0.0034341      0.0034346
      0.0034361     24.7663545     39.5781654     62.9267269    108.9967118
    125.5351113    131.8866177    182.5606704    201.8869509    232.8371357
    234.2768163    270.8489551    323.6278859    329.9112568    333.9260047
    344.4357847    373.2924710    393.0770992    410.3116982    411.8132291
    421.8329369    435.7515034    453.8310023    470.9528062    475.7948943
    490.1464589    493.6949091    500.0783489    520.1332720    527.6074096
    539.3599636    543.3137731    545.8603482    558.2698008    566.5981811
    578.4220298    581.0543493    595.8223560    601.4083923    617.1492782
    625.0479960    628.5162137    632.6241643    648.0696597    660.8237363
    665.5224234    668.1301630    677.2890994    680.7406922    692.3840655
    702.5224825    704.9513529    710.2289897    720.2285212    726.4757391
    728.4877932    738.2457594    743.0831006    754.9751083    759.6833350
    769.9868890    773.2524447    782.9114830    787.9625851    796.2369692
    797.8197762    810.8113183    815.7869789    822.0106532    827.2144918
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    891.1531391    897.0342954    904.6268810    906.6966099    908.9724137
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    994.0229613

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =   1614
 Rtb_to_modes> Number of blocs =    102

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9935E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9950E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9967E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0012E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  5.2016E-02

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.1328    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.3358    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.007    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.336    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.475    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.826    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.456    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.597    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.654    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.221    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.882    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.230    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.456    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.06    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.82    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.10    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.38    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.10    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   17.47    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.81    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.20    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.37    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.67    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.21    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.61    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   24.67    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.03    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.43    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.22    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.37    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.11    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.67    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.30    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.13    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.62    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.03    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.86    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.90    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.85    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.78    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.99    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.76    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.22    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.83    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.34    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.94    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.28    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.98    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.76    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.98    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.75    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.44    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.03    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.73    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.75    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.57    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   65.31    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   66.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   66.88    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   67.35    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   68.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   69.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   69.72    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   70.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   76.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   77.46    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   78.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   79.86    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   80.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   81.31    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   81.60    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   82.17    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   83.79    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    612 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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 0.99998 0.99999 1.00001 0.99997 1.00001
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 1.00000

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    29052 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
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 1.00000 1.00000 0.99999 1.00003 0.99997
 1.00000

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3:-0.000 0.000
 Vector   4: 0.000 0.000-0.000
 Vector   5:-0.000 0.000 0.000 0.000
 Vector   6:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector   7: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
 Vector   8: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 Vector  10: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2604171708293065687.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2604171708293065687.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2604171708293065687.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2604171708293065687.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =    203
            First residue number     =    265
            Last  residue number     =    467
            Number of atoms found    =   1614
            Mean number per residue  =      8.0

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9935E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9950E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9967E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0012E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  5.2016E-02

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.1328    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.3358    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.007    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.336    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.475    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.826    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.456    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.597    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.654    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.221    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.882    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.230    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.456    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.82    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.28    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   17.47    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.20    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.67    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.61    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.67    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.03    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.43    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.22    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.11    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.67    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.62    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.03    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.85    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.78    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.99    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.22    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.83    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.34    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.28    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.44    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.03    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.73    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   65.31    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.88    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   68.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   69.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   69.72    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   70.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.16    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   73.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   73.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   73.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   75.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   76.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   77.46    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   78.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   79.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   80.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.31    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.60    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   82.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   83.79    

 Bfactors>  106 vectors,   4842 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.052016
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=      0.104 for    203 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.293 +/-   1.44
 Bfactors> =     20.354 +/-   8.42
 Bfactors> Shiftng-fct=     20.061
 Bfactors> Scaling-fct=      5.858

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2604171708293065687.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2604171708293065687.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4327E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4330E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4332E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4340E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4345E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4359E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   24.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   39.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   62.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   109.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   125.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   131.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   182.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   201.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   232.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   234.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   270.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   323.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   329.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   333.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   344.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   373.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   393.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   410.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   411.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   421.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   435.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   453.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   470.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   475.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   490.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   493.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   500.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   520.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   527.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   539.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   543.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   545.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   558.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   566.5    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   839.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   865.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   867.0    

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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   888.0    

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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   962.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   970.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   971.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   979.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   980.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   984.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   994.0    

 Chkmod>  106 vectors,   4842 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:   1614 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector    17 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    96 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.9974
      0.0034      0.6379
      0.0034      0.7749
      0.0034      0.6698
      0.0034      0.9889
      0.0034      0.7802
     24.7654      0.0552
     39.5709      0.0730
     62.9241      0.0270
    108.9661      0.0699
    125.5104      0.2000
    131.8781      0.0368
    182.5420      0.3429
    201.8662      0.3243
    232.8166      0.0941
    234.2555      0.2319
    270.8362      0.1741
    323.6175      0.3050
    329.8963      0.3983
    333.9107      0.1763
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    393.0179      0.4226
    410.3371      0.2121
    411.7713      0.2584
    421.8143      0.2000
    435.7020      0.4056
    453.8612      0.2193
    470.9459      0.3191
    475.8031      0.4166
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    500.0886      0.2236
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    527.6241      0.3417
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    543.2592      0.4177
    545.8575      0.5867
    558.2455      0.3296
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    578.3707      0.1233
    581.0150      0.1844
    595.8432      0.6646
    601.3586      0.2798
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    897.0076      0.4182
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    971.8358      0.5168
    979.1486      0.5527
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    984.3131      0.3441
    993.9688      0.2941
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2604171708293065687 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2604171708293065687.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-80
2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2604171708293065687.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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2604171708293065687.atom
making animated gifs
11 models are in 2604171708293065687.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171708293065687.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171708293065687.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604171708293065687 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=20
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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11 models are in 2604171708293065687.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171708293065687.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604171708293065687 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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2604171708293065687.atom
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2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
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2604171708293065687.atom
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2604171708293065687.atom
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2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
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2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
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2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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2604171708293065687.atom
making animated gifs
11 models are in 2604171708293065687.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171708293065687.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171708293065687.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2604171708293065687 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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2604171708293065687.atom
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2604171708293065687.atom
making animated gifs
11 models are in 2604171708293065687.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171708293065687.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171708293065687.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2604171708293065687 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
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2604171708293065687.eigenfacs
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2604171708293065687.eigenfacs
2604171708293065687.atom
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2604171708293065687.atom
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2604171708293065687.atom
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making animated gifs
11 models are in 2604171708293065687.11.pdb, 1 models will be skipped
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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11 models are in 2604171708293065687.11.pdb, 1 models will be skipped
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making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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2604171708293065687.11.pdb
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2604171708293065687.8.pdb
2604171708293065687.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m4.338s
user	0m4.267s
sys	0m0.067s
rm: cannot remove '2604171708293065687.sdijf': No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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