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elNémo has been hacked on november 27th.
It has been moved away and runs again.
Still some additional cleaning from time to time
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* TRANSCRIPTION 01-DEC-01 1KHX *

LOGs for ID: 2604171715543070501

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2604171715543070501.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2604171715543070501.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2604171715543070501.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =    203
            First residue number     =    265
            Last  residue number     =    467
            Number of atoms found    =   1614
            Mean number per residue  =      8.0

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =    76.222423 +/-    10.887394 From:    45.925000 To:   100.361000
 =    93.211097 +/-    11.213302 From:    62.321000 To:   113.895000
 =    41.231693 +/-     8.861232 From:    16.976000 To:    60.956000
 Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'SEP ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'SEP ' is not a well known amino-acid.

%Pdbmat-W>      2 residue(s) not known.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   4.9088 % Filled.
 Pdbmat>       575556  non-zero elements.
 Pdbmat>        62888 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     77.93 +/-     25.29
         Maximum number =    132
         Minimum number =      9

 Pdbmat> Matrix trace   = 1.257760E+06
 Pdbmat> Larger element =  474.896    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
203 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2604171715543070501.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          2
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2604171715543070501.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2604171715543070501.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>  1614 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     2 residue(s) per block.
 Blocpdb>   203 residues.
 Blocpdb>    14 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    19 atoms in block      2
 Block first atom:     15
 Blocpdb>    15 atoms in block      3
 Block first atom:     34
 Blocpdb>    12 atoms in block      4
 Block first atom:     49
 Blocpdb>    25 atoms in block      5
 Block first atom:     61
 Blocpdb>    12 atoms in block      6
 Block first atom:     86
 Blocpdb>    13 atoms in block      7
 Block first atom:     98
 Blocpdb>    24 atoms in block      8
 Block first atom:    111
 Blocpdb>    17 atoms in block      9
 Block first atom:    135
 Blocpdb>    17 atoms in block     10
 Block first atom:    152
 Blocpdb>    18 atoms in block     11
 Block first atom:    169
 Blocpdb>    13 atoms in block     12
 Block first atom:    187
 Blocpdb>    18 atoms in block     13
 Block first atom:    200
 Blocpdb>    15 atoms in block     14
 Block first atom:    218
 Blocpdb>    15 atoms in block     15
 Block first atom:    233
 Blocpdb>    13 atoms in block     16
 Block first atom:    248
 Blocpdb>    15 atoms in block     17
 Block first atom:    261
 Blocpdb>    15 atoms in block     18
 Block first atom:    276
 Blocpdb>    15 atoms in block     19
 Block first atom:    291
 Blocpdb>    15 atoms in block     20
 Block first atom:    306
 Blocpdb>    13 atoms in block     21
 Block first atom:    321
 Blocpdb>    14 atoms in block     22
 Block first atom:    334
 Blocpdb>    20 atoms in block     23
 Block first atom:    348
 Blocpdb>    17 atoms in block     24
 Block first atom:    368
 Blocpdb>    12 atoms in block     25
 Block first atom:    385
 Blocpdb>    16 atoms in block     26
 Block first atom:    397
 Blocpdb>    14 atoms in block     27
 Block first atom:    413
 Blocpdb>    15 atoms in block     28
 Block first atom:    427
 Blocpdb>    19 atoms in block     29
 Block first atom:    442
 Blocpdb>    12 atoms in block     30
 Block first atom:    461
 Blocpdb>    16 atoms in block     31
 Block first atom:    473
 Blocpdb>    15 atoms in block     32
 Block first atom:    489
 Blocpdb>    22 atoms in block     33
 Block first atom:    504
 Blocpdb>    18 atoms in block     34
 Block first atom:    526
 Blocpdb>    15 atoms in block     35
 Block first atom:    544
 Blocpdb>    11 atoms in block     36
 Block first atom:    559
 Blocpdb>    19 atoms in block     37
 Block first atom:    570
 Blocpdb>    24 atoms in block     38
 Block first atom:    589
 Blocpdb>    12 atoms in block     39
 Block first atom:    613
 Blocpdb>    13 atoms in block     40
 Block first atom:    625
 Blocpdb>    18 atoms in block     41
 Block first atom:    638
 Blocpdb>    14 atoms in block     42
 Block first atom:    656
 Blocpdb>    14 atoms in block     43
 Block first atom:    670
 Blocpdb>    14 atoms in block     44
 Block first atom:    684
 Blocpdb>    11 atoms in block     45
 Block first atom:    698
 Blocpdb>    19 atoms in block     46
 Block first atom:    709
 Blocpdb>    16 atoms in block     47
 Block first atom:    728
 Blocpdb>    13 atoms in block     48
 Block first atom:    744
 Blocpdb>    14 atoms in block     49
 Block first atom:    757
 Blocpdb>    17 atoms in block     50
 Block first atom:    771
 Blocpdb>    23 atoms in block     51
 Block first atom:    788
 Blocpdb>    18 atoms in block     52
 Block first atom:    811
 Blocpdb>    17 atoms in block     53
 Block first atom:    829
 Blocpdb>    12 atoms in block     54
 Block first atom:    846
 Blocpdb>    13 atoms in block     55
 Block first atom:    858
 Blocpdb>    17 atoms in block     56
 Block first atom:    871
 Blocpdb>    14 atoms in block     57
 Block first atom:    888
 Blocpdb>    10 atoms in block     58
 Block first atom:    902
 Blocpdb>    16 atoms in block     59
 Block first atom:    912
 Blocpdb>    17 atoms in block     60
 Block first atom:    928
 Blocpdb>    19 atoms in block     61
 Block first atom:    945
 Blocpdb>    17 atoms in block     62
 Block first atom:    964
 Blocpdb>    20 atoms in block     63
 Block first atom:    981
 Blocpdb>    10 atoms in block     64
 Block first atom:   1001
 Blocpdb>    16 atoms in block     65
 Block first atom:   1011
 Blocpdb>    14 atoms in block     66
 Block first atom:   1027
 Blocpdb>    13 atoms in block     67
 Block first atom:   1041
 Blocpdb>    17 atoms in block     68
 Block first atom:   1054
 Blocpdb>    15 atoms in block     69
 Block first atom:   1071
 Blocpdb>    14 atoms in block     70
 Block first atom:   1086
 Blocpdb>    19 atoms in block     71
 Block first atom:   1100
 Blocpdb>    17 atoms in block     72
 Block first atom:   1119
 Blocpdb>    18 atoms in block     73
 Block first atom:   1136
 Blocpdb>    14 atoms in block     74
 Block first atom:   1154
 Blocpdb>    15 atoms in block     75
 Block first atom:   1168
 Blocpdb>    19 atoms in block     76
 Block first atom:   1183
 Blocpdb>    17 atoms in block     77
 Block first atom:   1202
 Blocpdb>    16 atoms in block     78
 Block first atom:   1219
 Blocpdb>    18 atoms in block     79
 Block first atom:   1235
 Blocpdb>     9 atoms in block     80
 Block first atom:   1253
 Blocpdb>    21 atoms in block     81
 Block first atom:   1262
 Blocpdb>    22 atoms in block     82
 Block first atom:   1283
 Blocpdb>    16 atoms in block     83
 Block first atom:   1305
 Blocpdb>    14 atoms in block     84
 Block first atom:   1321
 Blocpdb>    13 atoms in block     85
 Block first atom:   1335
 Blocpdb>    13 atoms in block     86
 Block first atom:   1348
 Blocpdb>    22 atoms in block     87
 Block first atom:   1361
 Blocpdb>    17 atoms in block     88
 Block first atom:   1383
 Blocpdb>    18 atoms in block     89
 Block first atom:   1400
 Blocpdb>    12 atoms in block     90
 Block first atom:   1418
 Blocpdb>    15 atoms in block     91
 Block first atom:   1430
 Blocpdb>    23 atoms in block     92
 Block first atom:   1445
 Blocpdb>    17 atoms in block     93
 Block first atom:   1468
 Blocpdb>    16 atoms in block     94
 Block first atom:   1485
 Blocpdb>    15 atoms in block     95
 Block first atom:   1501
 Blocpdb>    17 atoms in block     96
 Block first atom:   1516
 Blocpdb>    10 atoms in block     97
 Block first atom:   1533
 Blocpdb>    13 atoms in block     98
 Block first atom:   1543
 Blocpdb>    18 atoms in block     99
 Block first atom:   1556
 Blocpdb>    12 atoms in block    100
 Block first atom:   1574
 Blocpdb>    18 atoms in block    101
 Block first atom:   1586
 Blocpdb>    11 atoms in block    102
 Block first atom:   1603

 Blocpdb>   102 blocks.

 Blocpdb> At most,     25 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,     9 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       575658 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       4842

 Prepmat> Matrix trace    =    1257760.0000
 Prepmat> Last element read:    4842   4842       123.2860
 Prepmat>         5254 lines saved.
 Prepmat>         4258 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:  1614
 RTB> Total mass =        1614.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:  1614
 RTB> Number of blocks =   102
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =  131686.7880
 RTB>     34290 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      612
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    34290
 Diagstd> Projected matrix trace =  131686.7880

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    612 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues = 131686.7880
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.0520198      0.1329330      0.3358064      1.0020794
      1.3386302      1.3549720      2.8267158      3.4466385      4.5892836
      4.6351319      6.1619900      8.8989046      9.2171002      9.4901801
     10.0588051     11.7135621     13.0644979     14.2563695     14.3842591
     14.9013098     16.0394452     17.2111035     17.9217621     19.0396943
     19.5229398     20.5511596     21.2061701     22.7871428     23.1385679
     24.4213983     24.8758964     25.3031138     26.2047546     26.9822194
     28.3933899     28.6832296     30.0018068     30.7428653     32.2543923
     32.9992609     33.6309891     33.8356039     35.5292904     36.9013219
     37.5443062     37.8859824     38.8513717     39.1171623     40.5836803
     41.6281604     42.0828748     42.6288163     43.6490947     44.7066230
     44.9304437     46.7308490     47.0343109     47.9035176     48.8001394
     50.2278342     50.2832040     51.3333879     52.3338368     53.0016711
     53.6891671     54.5521525     55.9975402     57.0824040     57.9510867
     58.9969805     59.3872061     60.8109864     61.0777808     62.1259555
     63.6527710     64.0389969     65.2827127     66.0458643     66.7828247
     67.1510271     67.8939083     69.2448871     69.7231759     69.8057992
     70.8309173     71.6302752     72.7852290     73.1089463     73.3631024
     74.0429536     74.4535177     75.4758334     77.0470310     78.5116477
     79.7581690     79.9410240     81.0753666     81.1771027     82.2866711
     83.3605547

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034329      0.0034336      0.0034338      0.0034339      0.0034342
      0.0034348     24.7673659     39.5923814     62.9274012    108.7042052
    125.6393228    126.4038889    182.5729155    201.6012149    232.6310764
    233.7902130    269.5602025    323.9392370    329.6798725    334.5280262
    344.4042301    371.6548229    392.5017900    410.0150062    411.8499612
    419.1867072    434.9005451    450.5050236    459.7117824    473.8329588
    479.8084448    492.2814214    500.0649330    518.3704277    522.3523088
    536.6369140    541.6074749    546.2384472    555.8854783    564.0714449
    578.6339396    581.5797880    594.7972955    602.0983699    616.7223847
    623.8028965    629.7455397    631.6583572    647.2745731    659.6540640
    665.3762909    668.3971000    676.8593907    679.1707148    691.7847666
    700.6302593    704.4464422    709.0011134    717.4355630    726.0745482
    727.8898003    742.3301769    744.7365576    751.5865210    758.5877260
    769.6043364    770.0284150    778.0280312    785.5730355    790.5695116
    795.6803149    802.0495991    812.6054964    820.4392099    826.6583796
    834.0847340    836.8386445    846.8106361    848.6661978    855.9173325
    866.3710615    868.9955264    877.3934271    882.5068685    887.4168535
    889.8598462    894.7684970    903.6268689    906.7422675    907.2793624
    913.9169104    919.0594186    926.4391652    928.4970806    930.1095948
    934.4092897    936.9963326    943.4073138    953.1762976    962.1932951
    969.8015368    970.9125923    977.7768280    978.3901093    985.0539731
    991.4608693

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =   1614
 Rtb_to_modes> Number of blocs =    102

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9940E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9977E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9990E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9999E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0005E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  5.2020E-02

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.1329    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.3358    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.002    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.339    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.355    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.827    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.447    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.589    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.635    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.899    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.490    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.06    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.71    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.06    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.04    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   17.21    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   17.92    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.52    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.55    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.21    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.79    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.14    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   24.42    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   24.88    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.20    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.98    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.39    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.68    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.74    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.25    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.00    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.53    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.90    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.54    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.89    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.85    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.12    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.58    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.08    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.93    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.73    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.03    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.90    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.33    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.33    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.69    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.55    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.08    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.81    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.08    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   65.28    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   66.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   67.15    

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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   69.72    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   69.81    

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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   77.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   78.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   79.76    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   79.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   81.08    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   81.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   83.36    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    612 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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 0.99999

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    29052 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001
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 0.99999

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3:-0.000 0.000
 Vector   4:-0.000 0.000 0.000
 Vector   5: 0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   6: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
 Vector   7:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector   8:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
 Vector   9:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector  10: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2604171715543070501.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2604171715543070501.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2604171715543070501.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2604171715543070501.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =    203
            First residue number     =    265
            Last  residue number     =    467
            Number of atoms found    =   1614
            Mean number per residue  =      8.0

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9940E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9977E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9990E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9999E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0005E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  5.2020E-02

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.1329    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.3358    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.002    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.339    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.355    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.827    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.447    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.589    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.635    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.162    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.899    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.217    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.490    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   17.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   17.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.52    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.42    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.88    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.20    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.74    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.25    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.84    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.53    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.54    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.85    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.73    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.03    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.28    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   65.28    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.78    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.15    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   69.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   69.72    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   69.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   70.83    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   72.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   73.11    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   73.36    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.45    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   75.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   77.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   78.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   79.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   79.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   82.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   83.36    

 Bfactors>  106 vectors,   4842 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.052020
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=      0.106 for    203 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.294 +/-   1.44
 Bfactors> =     20.354 +/-   8.42
 Bfactors> Shiftng-fct=     20.060
 Bfactors> Scaling-fct=      5.859

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2604171715543070501.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2604171715543070501.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4328E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4334E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4336E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4340E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4347E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   24.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   39.59    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   62.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   108.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   125.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   126.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   182.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   201.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   232.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   233.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   269.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   323.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   329.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   334.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   344.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   371.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   392.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   410.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   411.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   419.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   434.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   450.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   459.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   473.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   479.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   492.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   500.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   518.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   522.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   536.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   541.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   546.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   555.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   564.0    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   962.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   969.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   970.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   977.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   978.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   985.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   991.4    

 Chkmod>  106 vectors,   4842 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:   1614 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector    25 is:   1.0002 (instead of 1.0000). 

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.9940
      0.0034      0.6678
      0.0034      0.7755
      0.0034      0.6385
      0.0034      0.9914
      0.0034      0.8040
     24.7663      0.0552
     39.5858      0.0730
     62.9241      0.0270
    108.6952      0.0740
    125.6513      0.2398
    126.3998      0.0383
    182.5743      0.3576
    201.6031      0.3304
    232.6139      0.1818
    233.7769      0.1664
    269.5489      0.1720
    323.9271      0.3073
    329.6639      0.4065
    334.5105      0.1404
    344.4099      0.1739
    371.5824      0.3874
    392.4174      0.4243
    410.0496      0.2267
    411.7713      0.2645
    419.1503      0.1927
    434.8894      0.3950
    450.4712      0.1675
    459.6694      0.2123
    473.8164      0.5325
    479.7517      0.2001
    492.2464      0.3298
    500.0886      0.2183
    518.3807      0.3651
    522.3460      0.3398
    536.5985      0.3148
    541.6289      0.5157
    546.1814      0.5578
    555.8112      0.4203
    564.0240      0.2629
    578.5746      0.0931
    581.5221      0.1933
    594.7539      0.6850
    602.0445      0.2697
    616.6539      0.3987
    623.7831      0.3349
    629.7092      0.2171
    631.6723      0.3179
    647.2533      0.6061
    659.6139      0.3247
    665.3096      0.0324
    668.4038      0.3693
    676.8184      0.2739
    679.1662      0.3168
    691.7237      0.3984
    700.6157      0.6174
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    708.9805      0.2479
    717.4122      0.4039
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    785.5105      0.4073
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    801.9993      0.3396
    812.5885      0.4698
    820.3867      0.3422
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    934.3505      0.3638
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    978.3656      0.5379
    985.0316      0.3125
    991.4150      0.4765
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2604171715543070501 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
2604171715543070501.eigenfacs
2604171715543070501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2604171715543070501.eigenfacs
2604171715543070501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2604171715543070501.eigenfacs
2604171715543070501.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
2604171715543070501.eigenfacs
2604171715543070501.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
2604171715543070501.eigenfacs
2604171715543070501.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2604171715543070501.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
2604171715543070501.eigenfacs
2604171715543070501.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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making animated gifs
11 models are in 2604171715543070501.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171715543070501.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171715543070501.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604171715543070501 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=60
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
11 models are in 2604171715543070501.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171715543070501.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604171715543070501 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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2604171715543070501.atom
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2604171715543070501.atom
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2604171715543070501.eigenfacs
2604171715543070501.atom
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2604171715543070501.atom
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2604171715543070501.eigenfacs
2604171715543070501.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604171715543070501.eigenfacs
2604171715543070501.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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2604171715543070501.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2604171715543070501.eigenfacs
2604171715543070501.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
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2604171715543070501.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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2604171715543070501.atom
making animated gifs
11 models are in 2604171715543070501.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171715543070501.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171715543070501.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2604171715543070501 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2604171715543070501.eigenfacs
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2604171715543070501.atom
making animated gifs
11 models are in 2604171715543070501.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171715543070501.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604171715543070501.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2604171715543070501 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2604171715543070501.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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2604171715543070501.eigenfacs
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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11 models are in 2604171715543070501.11.pdb, 1 models will be skipped
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MODEL 5 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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2604171715543070501.11.pdb
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2604171715543070501.8.pdb
2604171715543070501.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m3.817s
user	0m3.767s
sys	0m0.048s
rm: cannot remove '2604171715543070501.sdijf': No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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* TRANSCRIPTION 01-DEC-01 1KHX *
