*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604200859463777853.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604200859463777853.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604200859463777853.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 238
First residue number = 1
Last residue number = 238
Number of atoms found = 238
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 22.016933 +/- 7.673025 From: 5.783000 To: 44.264000
= 59.291193 +/- 13.799616 From: 33.552000 To: 87.836000
= 45.190895 +/- 7.996367 From: 26.771000 To: 62.409000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.7074 % Filled.
Pdbmat> 12016 non-zero elements.
Pdbmat> 1177 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 9.89 +/- 2.65
Maximum number = 17
Minimum number = 3
Pdbmat> Matrix trace = 23540.0
Pdbmat> Larger element = 77.4251
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
238 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2604200859463777853.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2604200859463777853.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2604200859463777853.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 238 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 238 residues.
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 1 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 2th, in residue A 2
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 1
Block first atom: 1
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 2 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 6th, in residue A 6
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 2
Block first atom: 5
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 3 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 10th, in residue A 10
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 3
Block first atom: 9
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 4 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 14th, in residue A 14
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 4
Block first atom: 13
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 5 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 18th, in residue A 18
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 5
Block first atom: 17
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 6 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 22th, in residue A 22
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 6
Block first atom: 21
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 7 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 26th, in residue A 26
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 7
Block first atom: 25
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 8 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 30th, in residue A 30
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 8
Block first atom: 29
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 9 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 34th, in residue A 34
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 9
Block first atom: 33
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 10 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 38th, in residue A 38
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 10
Block first atom: 37
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 11 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 42th, in residue A 42
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 11
Block first atom: 41
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 12 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 46th, in residue A 46
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 12
Block first atom: 45
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 13 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 50th, in residue A 50
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 13
Block first atom: 49
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 14 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 54th, in residue A 54
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 14
Block first atom: 53
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 15 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 58th, in residue A 58
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 15
Block first atom: 57
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 16 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 62th, in residue A 62
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 16
Block first atom: 61
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 17 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 66th, in residue A 66
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 17
Block first atom: 65
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 18 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 70th, in residue A 70
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 18
Block first atom: 69
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 19 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 74th, in residue A 74
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 19
Block first atom: 73
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 20 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 78th, in residue A 78
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 20
Block first atom: 77
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 21 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 82th, in residue A 82
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 21
Block first atom: 81
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 22 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 86th, in residue A 86
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 22
Block first atom: 85
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 23 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 90th, in residue A 90
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 23
Block first atom: 89
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 24 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 94th, in residue A 94
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 24
Block first atom: 93
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 25 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 98th, in residue A 98
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 25
Block first atom: 97
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 26 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 102th, in residue A 102
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 26
Block first atom: 101
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 27 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 106th, in residue A 106
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 27
Block first atom: 105
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 28 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 110th, in residue A 110
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 28
Block first atom: 109
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 29 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 114th, in residue A 114
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 29
Block first atom: 113
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 30 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 118th, in residue A 118
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 30
Block first atom: 117
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 31 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 122th, in residue A 122
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 31
Block first atom: 121
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 32 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 126th, in residue A 126
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 32
Block first atom: 125
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 33 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 130th, in residue A 130
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 33
Block first atom: 129
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 34 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 134th, in residue A 134
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 34
Block first atom: 133
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 35 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 138th, in residue A 138
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 35
Block first atom: 137
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 36 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 142th, in residue A 142
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 36
Block first atom: 141
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 37 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 146th, in residue A 146
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 37
Block first atom: 145
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 38 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 150th, in residue A 150
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 38
Block first atom: 149
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 39 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 154th, in residue A 154
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 39
Block first atom: 153
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 40 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 158th, in residue A 158
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 40
Block first atom: 157
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 41 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 162th, in residue A 162
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 41
Block first atom: 161
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 42 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 166th, in residue A 166
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 42
Block first atom: 165
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 43 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 170th, in residue A 170
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 43
Block first atom: 169
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 44 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 174th, in residue A 174
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 44
Block first atom: 173
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 45 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 178th, in residue A 178
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 45
Block first atom: 177
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 46 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 182th, in residue A 182
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 46
Block first atom: 181
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 47 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 186th, in residue A 186
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 47
Block first atom: 185
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 48 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 190th, in residue A 190
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 48
Block first atom: 189
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 49 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 194th, in residue A 194
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 49
Block first atom: 193
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 50 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 198th, in residue A 198
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 50
Block first atom: 197
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 51 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 202th, in residue A 202
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 51
Block first atom: 201
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 52 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 206th, in residue A 206
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 52
Block first atom: 205
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 53 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 210th, in residue A 210
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 53
Block first atom: 209
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 54 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 214th, in residue A 214
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 54
Block first atom: 213
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 55 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 218th, in residue A 218
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 55
Block first atom: 217
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 56 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 222th, in residue A 222
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 56
Block first atom: 221
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 57 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 226th, in residue A 226
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 57
Block first atom: 225
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 58 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 230th, in residue A 230
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 58
Block first atom: 229
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 59 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 234th, in residue A 234
%Blocpdb-Wn> It will be merged with next block.
Blocpdb> 4 atoms in block 59
Block first atom: 233
%Blocpdb-Wn> 2 atoms in block 60 i.e., less than what is required for a rigid body.
%Blocpdb-Wn> Last atom in this block is the 238th, in residue A 238
%Blocpdb-Wn> It is merged with last block.
Blocpdb> 59 blocks.
Blocpdb> At most, 6 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 12075 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 714
Prepmat> Matrix trace = 23540.0000
Prepmat> Last element read: 714 714 7.3975
Prepmat> 1771 lines saved.
Prepmat> 1520 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 238
RTB> Total mass = 238.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 238
RTB> Number of blocks = 59
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 9092.9461
RTB> 8104 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 354
Diagstd> Nb of non-zero elements: 8104
Diagstd> Projected matrix trace = 9092.9461
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 354 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 9092.9461
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.1991405 0.2283351 0.2327394 0.3642019
0.4053072 0.4551778 0.5223887 0.6173287 0.6454732
0.6619534 0.7239713 0.8426408 0.8952667 0.9286456
1.0070447 1.1219115 1.2149938 1.2510823 1.3535338
1.4356963 1.5290658 1.5837717 1.6675332 1.8079785
1.8146690 1.9740616 2.0759541 2.1549300 2.2166518
2.3534927 2.4923695 2.6003821 2.6225335 2.8220078
2.9338430 2.9766656 3.1159725 3.1805238 3.1856661
3.3049198 3.3762405 3.4924483 3.5425124 3.7060923
3.8043249 3.8779644 3.9740292 4.0722258 4.2727147
4.3376038 4.5410296 4.6621552 4.6800911 4.7514945
4.8416551 4.9405723 5.0316906 5.3668791 5.5302571
5.6698653 5.8183927 5.8809483 5.9662098 6.0123145
6.1542960 6.3995521 6.4934223 6.5207581 6.7593962
6.8508139 6.9703962 7.1157721 7.3081567 7.3679002
7.4978360 7.6255292 7.6855813 7.9877473 8.0789498
8.2855752 8.3320733 8.4779581 8.5959017 8.7932645
8.9187273 9.0293784 9.1105267 9.2343573 9.3379544
9.6441678 9.7759330 9.8787819 9.9016335 10.0618850
10.2248171 10.2658861 10.4445521 10.5760921 10.7360782
10.8658683
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034334 0.0034338 0.0034338 0.0034339 0.0034340
0.0034340 48.4590757 51.8897542 52.3878117 65.5339595
69.1333240 73.2631852 78.4859963 85.3205240 87.2437658
88.3504921 92.3965907 99.6819513 102.7475552 104.6454366
108.9731854 115.0203244 119.6967345 121.4613845 126.3367888
130.1147608 134.2790824 136.6600472 140.2272830 146.0131282
146.2830427 152.5722799 156.4602999 159.4086410 161.6754275
166.5910667 171.4357914 175.1111758 175.8554367 182.4208125
186.0003292 187.3528507 191.6867477 193.6620869 193.8185796
197.4129977 199.5317300 202.9365508 204.3859174 209.0515505
211.8039633 213.8440594 216.4765251 219.1347252 224.4642739
226.1623043 231.4048442 234.4707344 234.9213206 236.7066160
238.9418414 241.3703433 243.5859560 251.5684567 255.3688611
258.5720941 261.9369679 263.3412922 265.2433719 266.2662512
269.3918607 274.7072167 276.7146197 277.2964607 282.3249323
284.2276769 286.6975703 289.6718508 293.5615736 294.7590490
297.3467852 299.8681038 301.0465409 306.9074552 308.6545858
312.5767079 313.4525597 316.1847453 318.3764976 322.0107334
324.2998317 326.3053604 327.7683555 329.9883576 331.8342089
337.2311308 339.5270563 341.3084010 341.7029305 344.4569517
347.2346477 347.9313011 350.9459144 353.1489281 355.8099698
357.9542290
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 238
Rtb_to_modes> Number of blocs = 59
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1991
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2283
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2327
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3642
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4053
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5224
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6173
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6620
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7240
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8426
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9286
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.007
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.122
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.215
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.251
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.354
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.436
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.529
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.584
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.668
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.808
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.815
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.974
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.076
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.155
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.217
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.353
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.492
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.600
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.623
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.822
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.934
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.977
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.116
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.181
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.186
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.305
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.376
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.492
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.543
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.706
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.804
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.878
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.974
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.072
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.273
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.338
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.541
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.662
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.680
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.751
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.842
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.941
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.032
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.367
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.530
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.670
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.818
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.881
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.966
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.012
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.154
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.400
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.493
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.521
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.759
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.851
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.970
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.116
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.308
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.368
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.498
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.626
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.686
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.988
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.079
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.286
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.332
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.478
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.596
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.793
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.919
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.029
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.111
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.234
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.338
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.644
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.776
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.879
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.902
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.87
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 354 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999 1.00002 1.00001 1.00002 0.99999
0.99998 1.00000 1.00003 0.99998 0.99998
0.99998 1.00002 1.00002 1.00001 1.00000
1.00001 1.00001 0.99998 1.00002 1.00000
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1.00004 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
1.00005 0.99998 0.99999 1.00000 0.99998
1.00001 0.99999 0.99996 1.00003 1.00000
1.00002 1.00001 1.00005 0.99998 1.00002
0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 1.00001
1.00000 1.00002 1.00002 1.00000 0.99999
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1.00000 0.99999 0.99999 1.00003 1.00002
0.99998 1.00004 0.99999 1.00002 1.00000
1.00005
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 4284 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001
0.99998 0.99998 1.00003 1.00003 0.99999
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0.99998 1.00000 1.00003 0.99998 0.99998
0.99998 1.00002 1.00002 1.00001 1.00000
1.00001 1.00001 0.99998 1.00002 1.00000
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1.00001 1.00001 0.99997 1.00002 1.00003
0.99999 1.00004 1.00001 0.99998 0.99999
1.00004 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
1.00005 0.99998 0.99999 1.00000 0.99998
1.00001 0.99999 0.99996 1.00003 1.00000
1.00002 1.00001 1.00005 0.99998 1.00002
0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 1.00001
1.00000 1.00002 1.00002 1.00000 0.99999
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1.00000 0.99999 0.99999 1.00003 1.00002
0.99998 1.00004 0.99999 1.00002 1.00000
1.00005
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604200859463777853.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604200859463777853.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604200859463777853.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604200859463777853.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 238
First residue number = 1
Last residue number = 238
Number of atoms found = 238
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1991
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2283
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.87
Bfactors> 106 vectors, 714 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.199100
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.576 for 238 C-alpha atoms.
Bfactors> = 3.642 +/- 3.44
Bfactors> = 20.283 +/- 8.39
Bfactors> Shiftng-fct= 16.641
Bfactors> Scaling-fct= 2.437
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604200859463777853.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604200859463777853.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 341.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 348.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 350.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 355.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.0
Chkmod> 106 vectors, 714 coordinates in file.
Chkmod> That is: 238 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 8 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 28 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 44 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 52 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 68 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 73 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 106 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
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0.0034 0.8105
0.0034 0.7143
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getting mode 7
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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making animated gifs
11 models are in 2604200859463777853.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604200859463777853.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604200859463777853.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604200859463777853 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604200859463777853.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604200859463777853.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604200859463777853 9 -100 100 20 on 0
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generate a series of perturbations for mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604200859463777853.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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making animated gifs
11 models are in 2604200859463777853.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604200859463777853.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2604200859463777853.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2604200859463777853.10.pdb
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