*** hiv1_open_cutoff10_ca ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604200934113787484.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 10.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604200934113787484.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604200934113787484.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 15.029303 +/- 6.944924 From: 0.398000 To: 27.258000
= 32.184020 +/- 7.214204 From: 16.615000 To: 46.235000
= 12.970677 +/- 8.500155 From: -7.093000 To: 30.470000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijf
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 16.2701 % Filled.
Pdbmat> 7200 non-zero elements.
Pdbmat> 734 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 14.83 +/- 5.35
Maximum number = 26
Minimum number = 3
Pdbmat> Matrix trace = 14680.0
Pdbmat> Larger element = 105.313
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
using diagstd (there are 99 atoms in your structure)
Diagstd> Version 1.05, August 2004.
Diagstd> Matrix to be read from file: pdbmat.sdijf
Diagstd> Lecture de la matrice -Format CERFACS-
Diagstd> Matrix dimension (Nord) = 297
Diagstd> Number of non-zero elements 7200
Diagstd> Nb of elements found twice: 0
Diagstd> Nb of elements > 1E+10 : 0
Diagstd> Matrix trace: 14680.0000003
%Diagstd-Wn: Nb on non-zero elements there: 297
Openam> file on opening on unit 11:
pdbmat.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 297 eigenvectors are about to be computed.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 14680.0000003
Diagstd> Eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0191531 0.2615936 0.2872375 0.3531996
0.4765539 0.6502334 1.0305963 1.2835636 1.6633812
1.8201752 1.8995072 2.3444063 2.9881962 3.2793546
3.3302962 3.7015996 3.8617309 4.0317526 4.1662946
4.5656968 4.7125264 5.3254681 5.5007506 5.7438091
6.2298191 6.3181391 6.7880358 6.8609362 7.1499429
7.3837032 7.8319273 7.9098651 8.5818077 9.0460651
9.4615981 9.6221173 9.7718834 10.0046562 10.4878622
11.0198723 11.2576491 11.4795170 11.6653913 11.7545179
12.5252465 12.6569071 12.9474692 13.4633168 13.5925827
13.9134223 14.4746245 15.0091093 15.3237149 15.6872233
15.8468765 16.6240039 16.8288088 17.4071707 17.8738612
18.3013785 19.0532100 19.2934894 19.7831161 20.4200827
20.6918707 20.8569650 21.4245891 21.5484749 21.7697576
22.0072209 22.1977071 22.4012519 22.7450021 23.0242210
23.1486252 23.6444167 23.9935784 24.2349176 24.4380246
24.9249148 25.2310785 25.6518730 25.9286936 26.1744822
26.5623756 26.7653397 27.0275493 27.3354732 27.7599862
28.0618951 28.1801941 28.6656328 28.9121196 29.0695794
29.5322570 29.6442664 29.9380509 30.4896779 30.6827225
31.1118728 31.3930021 31.6598258 32.5357686 32.7780163
32.8417039 32.8891662 33.0520503 33.1399417 33.6543258
33.8563498 34.3780710 34.7195026 34.8492638 35.2240570
35.2978019 35.5183017 35.8691605 35.9882565 36.3041072
36.5630881 36.8979184 37.5625382 37.6209632 37.8042618
38.0259462 38.2813215 38.7207018 38.9642722 39.1925120
39.6326188 40.0400562 40.1914936 40.4143642 40.8013608
41.3978163 41.4614105 41.8074967 41.9526150 42.1567696
42.5461305 42.6450114 42.7764480 43.2090039 43.3305213
43.7930130 43.9848103 44.4844787 44.7873620 45.2553637
45.4363953 45.5673741 45.7488915 46.1900372 46.4759843
47.0670933 47.5386943 48.0410286 48.2515337 48.5055680
48.7420205 49.8991887 50.0502255 50.1311430 50.5331068
51.2816009 51.6278024 52.1535394 52.5681744 52.8134160
52.8828628 53.2693421 53.6220149 54.2415818 54.6964624
55.5763727 55.8101858 56.2926919 56.7329672 57.0152561
57.1367456 57.5562071 58.0766868 58.3988034 58.9762822
59.1499686 59.4328118 60.0141082 60.5464755 61.2286403
61.3545281 61.7473770 62.5890933 62.6677039 63.0242493
63.9310519 64.6366124 64.7677774 64.9042533 65.3766193
65.7530332 65.8731730 66.0789460 66.6497591 67.2029635
67.6486347 67.8225970 68.1822022 68.3404118 69.1400055
69.8135281 70.2072403 70.3332324 70.7353654 70.8959128
71.1493640 71.5869537 72.7012578 72.9093283 73.3306887
73.6196932 74.0295048 74.7762001 75.0171467 75.7305255
76.7330531 77.1058267 77.7042189 78.1993320 78.8668760
79.5287136 79.8590011 80.2876324 80.4525979 81.5804047
81.8483239 82.3337937 82.7610438 84.2063330 84.5930201
85.0674590 85.5863918 85.8833608 86.9224188 87.1651928
87.6640024 88.1794247 88.9694688 89.7875383 90.1881526
90.9685415 92.0850931 92.2056504 92.7579986 94.2069304
94.6398876 95.3878986 96.1550719 96.4161740 97.7572734
98.6494864 99.3036060 99.6690813 100.6747706 101.7271941
102.4130511 103.5438984 104.1153419 105.7359362 106.2618734
108.1280913 108.8041665 109.5985433 112.4146314 114.5370769
114.6712605 115.5581566 117.4101416 117.8165456 119.4481385
121.4345788 124.9456817 125.7749478 127.6911031 129.6806622
131.1319121 133.5245955 136.0120415 141.6225702 142.6804168
148.9075962 155.2775883
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the matrix is a hessien in CHARMM units):
0.0034261 0.0034269 0.0034367 0.0034387 0.0034449
0.0034610 15.0284821 55.5403775 58.1990453 64.5364978
74.9637508 87.5648697 110.2400922 123.0280016 140.0525992
146.5048059 149.6634514 166.2691659 187.7153693 196.6479716
198.1694521 208.9248023 213.3960035 218.0430349 221.6512936
232.0324983 235.7339746 250.5960221 254.6866956 260.2527212
271.0397561 272.9542563 282.9224067 284.4375780 290.3665388
295.0749860 303.8992323 305.4075852 318.1153827 326.6067340
334.0238893 336.8453874 339.4567260 343.4759741 351.6727904
360.4819815 364.3503029 367.9231268 370.8898398 372.3039900
384.3159606 386.3305712 390.7398663 398.4476900 400.3559360
405.0533827 413.1416058 420.7002212 425.0864997 430.0988878
432.2819652 442.7546148 445.4735968 453.0638113 459.0970167
464.5550457 474.0011090 476.9805508 482.9949952 490.7090056
493.9638401 495.9305207 502.6336166 504.0847389 506.6663676
509.4222166 511.6221498 513.9624906 517.8908889 521.0600213
522.4658179 528.0311973 531.9156788 534.5841206 536.8195568
542.1408367 545.4603514 549.9900348 552.9496634 555.5642989
559.6657589 561.7999031 564.5450641 567.7518768 572.1434137
575.2462266 576.4574683 581.4013647 583.8956584 585.4834922
590.1244378 591.2424856 594.1649672 599.6139090 601.5091337
605.7010933 608.4315206 611.0117204 619.4065812 621.7082257
622.3119213 622.7614367 624.3016500 625.1311649 629.9639941
631.8519739 636.7017338 639.8556774 641.0502656 644.4881968
645.1624928 647.1744692 650.3630906 651.4418935 654.2943356
656.6239431 659.6236420 665.5378289 666.0552185 667.6758393
669.6306060 671.8754010 675.7201816 677.8421402 679.8245291
683.6308700 687.1358688 688.4340671 690.3401872 693.6375635
698.6891461 699.2255940 702.1378134 703.3553553 705.0646522
708.3131657 709.1357783 710.2277548 713.8096381 714.8126625
718.6173413 720.1892623 724.2683933 726.7298879 730.5169712
731.9766287 733.0308988 734.4894600 738.0222182 740.3031178
744.9960488 748.7190874 752.6644939 754.3116956 756.2947359
758.1358685 767.0824070 768.2424474 768.8632156 771.9395282
777.6354807 780.2559695 784.2186637 787.3298692 789.1642619
789.6829460 792.5632793 795.1825565 799.7632668 803.1097517
809.5438531 811.2449652 814.7442215 817.9241465 819.9565130
820.8296404 823.8371338 827.5537221 829.8455215 833.9384075
835.1654880 837.1599031 841.2439596 844.9669340 849.7136359
850.5867050 853.3054847 859.1017631 859.6411008 862.0830795
868.2628219 873.0408676 873.9262357 874.8465010 878.0242480
880.5482862 881.3523602 882.7278604 886.5323182 890.2039001
893.1508137 894.2984706 896.6661860 897.7058926 902.9422717
907.3295878 909.8844254 910.7004873 913.3002593 914.3361264
915.9690329 918.7814562 925.9046018 927.2286216 929.9040993
931.7347259 934.3244255 939.0246137 940.5362769 944.9977303
951.2321481 953.5399192 957.2328186 960.2776077 964.3675744
968.4055264 970.4143659 973.0151578 974.0142632 980.8175042
982.4267415 985.3359848 987.8892513 996.4778691 998.7632305
1001.5600899 1004.6103291 1006.3517260 1012.4210862 1013.8339441
1016.7306779 1019.7152419 1024.2731280 1028.9714207 1031.2643999
1035.7165026 1042.0533308 1042.7352326 1045.8537669 1053.9905252
1056.4097194 1060.5763070 1064.8326982 1066.2774561 1073.6675324
1078.5559887 1082.1258955 1084.1153853 1089.5711735 1095.2513900
1098.9373463 1104.9879354 1108.0328727 1116.6230477 1119.3966796
1129.1835656 1132.7081971 1136.8356162 1151.3482382 1162.1664342
1162.8469913 1167.3352036 1176.6521324 1178.6868075 1186.8203195
1196.6481277 1213.8245187 1217.8459414 1227.0876908 1236.6103871
1243.5105585 1254.8040615 1266.4380779 1292.2945599 1297.1119636
1325.1154168 1353.1616121
Diagstd> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604200934113787484.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604200934113787484.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604200934113787484.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604200934113787484.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9545E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9587E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0016E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0027E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0064E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0158E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.9153E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2616
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2872
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3532
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4766
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6502
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.031
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.284
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.663
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.820
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.900
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.344
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.988
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.279
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.330
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.702
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.862
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.032
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.166
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.566
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.713
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.325
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.501
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.744
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.230
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.318
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.788
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.861
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.150
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.384
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.832
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.910
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.582
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.046
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.462
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.622
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.772
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.11
%Rdmodfacs-Wn> More than 106 vectors in file.
Bfactors> 106 vectors, 297 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.019153
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.033 for 99 C-alpha atoms.
Bfactors> = 12.199 +/- 79.54
Bfactors> = 31.076 +/- 10.13
Bfactors> Shiftng-fct= 18.877
Bfactors> Scaling-fct= 0.127
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604200934113787484.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604200934113787484.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4260E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4267E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4366E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4384E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4448E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4608E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 15.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 55.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 58.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 64.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 74.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 87.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 110.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 146.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 196.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 198.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 208.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 221.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 232.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 235.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 272.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 303.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 326.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 336.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 343.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 351.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 384.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 386.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 400.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 430.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 432.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 445.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 453.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 493.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 511.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 517.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 534.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 549.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 575.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 591.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 605.7
%Rdmodfacs-Err> More than 106 vectors in file.
Chkmod> 106 vectors, 297 coordinates in file.
Chkmod> That is: 99 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 8 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 46 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 61 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7553
0.0034 0.8922
0.0034 0.7925
0.0034 0.9593
0.0034 0.7884
0.0035 0.7581
15.0278 0.0159
55.5387 0.1142
58.1927 0.1896
64.5338 0.1252
74.9642 0.2181
87.5589 0.1645
110.2569 0.3142
123.0436 0.2747
140.0305 0.1664
146.4915 0.2394
149.6764 0.5120
166.2476 0.2548
187.7011 0.2745
196.6289 0.4614
198.1521 0.3416
208.9271 0.3707
213.3943 0.2374
218.0404 0.3186
221.6339 0.5897
232.0302 0.3802
235.7357 0.3888
250.5743 0.5381
254.6815 0.2434
260.2459 0.5163
271.0321 0.4427
272.9395 0.4671
282.9095 0.5009
284.4267 0.2692
290.3552 0.5621
295.0682 0.7105
303.8876 0.3262
305.3971 0.3271
318.1053 0.4701
326.5915 0.2409
334.0166 0.3921
336.8289 0.3634
339.4442 0.3242
343.3813 0.2113
351.6935 0.4227
360.4686 0.3643
364.3727 0.3411
367.9151 0.4862
370.9472 0.1867
372.2165 0.4487
384.3724 0.4667
386.3612 0.6187
390.7613 0.1538
398.3815 0.5659
400.3007 0.2738
404.9862 0.4157
413.0579 0.2717
420.6946 0.2202
425.0167 0.2599
430.1185 0.4591
432.3060 0.5002
442.6823 0.5415
445.4702 0.3266
453.0812 0.5472
459.0277 0.3572
464.5176 0.4807
473.9408 0.4470
476.9169 0.4599
482.9362 0.4445
490.6869 0.4839
493.9203 0.5189
495.9453 0.5000
502.5582 0.3915
504.0809 0.4576
506.6474 0.2960
509.4325 0.4939
511.6266 0.4482
513.9261 0.4013
517.9256 0.5505
520.9899 0.5220
522.4589 0.5406
527.9592 0.4322
531.8532 0.3937
534.5069 0.3974
536.8182 0.3974
542.0641 0.5896
545.4253 0.4334
549.9463 0.3633
552.9399 0.4836
555.4929 0.4921
559.6167 0.4259
561.8247 0.6110
564.5464 0.5057
567.7745 0.5285
572.1190 0.4109
575.2021 0.5124
576.4307 0.4712
581.4207 0.4852
583.8492 0.2192
585.4626 0.5471
590.0766 0.4942
591.1746 0.3633
594.1588 0.4508
599.5913 0.5176
601.4566 0.5320
605.6569 0.4895
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2604200934113787484.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604200934113787484.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2604200934113787484.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604200934113787484.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2604200934113787484.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2604200934113787484.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4260E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4267E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4366E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4384E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4448E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4608E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 15.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 55.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 58.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 64.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 74.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 87.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 110.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 146.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 196.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 198.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 208.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 221.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 232.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 235.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 272.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 303.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 326.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 336.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 343.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 351.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 384.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 386.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 400.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 430.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 432.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 445.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 453.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 493.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 511.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 517.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 534.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 549.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 575.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 591.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 605.7
%Rdmodfacs-Err> More than 106 vectors in file.
Projmod> 106 vectors, 297 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 99 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 7.27
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.390 Sum= 0.152 q= -28.2116
Vector: 2 F= 0.00 Cos= 0.281 Sum= 0.231 q= 20.3312
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.749 Sum= 0.791 q= -54.1597
Vector: 4 F= 0.00 Cos= -0.151 Sum= 0.814 q= -10.8964
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.140 Sum= 0.834 q= 10.1216
Vector: 6 F= 0.00 Cos= 0.185 Sum= 0.868 q= 13.3631
Vector: 7 F= 15.03 Cos= 0.027 Sum= 0.869 q= 1.9191
%Projmod-Wn> Eigenvector 8 Norm= 0.9999
Vector: 8 F= 55.54 Cos= -0.044 Sum= 0.871 q= -3.1769
Vector: 9 F= 58.19 Cos= 0.037 Sum= 0.872 q= 2.7100
Vector: 10 F= 64.53 Cos= -0.056 Sum= 0.875 q= -4.0850
Vector: 11 F= 74.96 Cos= -0.004 Sum= 0.875 q= -0.2638
Vector: 12 F= 87.56 Cos= 0.000 Sum= 0.875 q= 0.0075
Vector: 13 F= 110.26 Cos= -0.020 Sum= 0.876 q= -1.4392
Vector: 14 F= 123.04 Cos= 0.005 Sum= 0.876 q= 0.3881
Vector: 15 F= 140.03 Cos= 0.004 Sum= 0.876 q= 0.2918
Vector: 16 F= 146.49 Cos= -0.040 Sum= 0.877 q= -2.8922
Vector: 17 F= 149.68 Cos= -0.013 Sum= 0.877 q= -0.9511
Vector: 18 F= 166.25 Cos= 0.014 Sum= 0.878 q= 1.0027
Vector: 19 F= 187.70 Cos= -0.047 Sum= 0.880 q= -3.4037
Vector: 20 F= 196.63 Cos= -0.004 Sum= 0.880 q= -0.2964
Vector: 21 F= 198.15 Cos= 0.004 Sum= 0.880 q= 0.2706
Vector: 22 F= 208.93 Cos= -0.021 Sum= 0.880 q= -1.4884
Vector: 23 F= 213.39 Cos= 0.047 Sum= 0.882 q= 3.3799
Vector: 24 F= 218.04 Cos= -0.023 Sum= 0.883 q= -1.6978
Vector: 25 F= 221.63 Cos= 0.028 Sum= 0.884 q= 2.0204
Vector: 26 F= 232.03 Cos= 0.025 Sum= 0.884 q= 1.7841
Vector: 27 F= 235.74 Cos= -0.056 Sum= 0.887 q= -4.0812
Vector: 28 F= 250.57 Cos= 0.100 Sum= 0.897 q= 7.2163
Vector: 29 F= 254.68 Cos= 0.051 Sum= 0.900 q= 3.6642
Vector: 30 F= 260.25 Cos= 0.057 Sum= 0.903 q= 4.1056
Vector: 31 F= 271.03 Cos= 0.022 Sum= 0.904 q= 1.6074
Vector: 32 F= 272.94 Cos= 0.032 Sum= 0.905 q= 2.3431
Vector: 33 F= 282.91 Cos= -0.071 Sum= 0.910 q= -5.1496
Vector: 34 F= 284.43 Cos= -0.013 Sum= 0.910 q= -0.9134
Vector: 35 F= 290.36 Cos= -0.047 Sum= 0.912 q= -3.3967
Vector: 36 F= 295.07 Cos= 0.050 Sum= 0.915 q= 3.6484
Vector: 37 F= 303.89 Cos= 0.019 Sum= 0.915 q= 1.3517
Vector: 38 F= 305.40 Cos= 0.027 Sum= 0.916 q= 1.9625
Vector: 39 F= 318.11 Cos= 0.059 Sum= 0.919 q= 4.2465
Vector: 40 F= 326.59 Cos= -0.014 Sum= 0.919 q= -1.0268
Vector: 41 F= 334.02 Cos= 0.038 Sum= 0.921 q= 2.7536
Vector: 42 F= 336.83 Cos= -0.027 Sum= 0.922 q= -1.9599
Vector: 43 F= 339.44 Cos= 0.002 Sum= 0.922 q= 0.1384
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Vector: 45 F= 351.69 Cos= -0.057 Sum= 0.927 q= -4.1078
%Projmod-Wn> Eigenvector 46 Norm= 1.0001
Vector: 46 F= 360.47 Cos= -0.020 Sum= 0.927 q= -1.4746
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Vector: 49 F= 370.95 Cos= -0.055 Sum= 0.933 q= -3.9686
Vector: 50 F= 372.22 Cos= -0.009 Sum= 0.933 q= -0.6658
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Vector: 55 F= 400.30 Cos= -0.006 Sum= 0.934 q= -0.4311
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Vector: 57 F= 413.06 Cos= -0.030 Sum= 0.935 q= -2.2062
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Vector: 60 F= 430.12 Cos= -0.035 Sum= 0.936 q= -2.5418
%Projmod-Wn> Eigenvector 61 Norm= 1.0001
Vector: 61 F= 432.31 Cos= -0.029 Sum= 0.937 q= -2.1275
Vector: 62 F= 442.68 Cos= -0.019 Sum= 0.938 q= -1.3924
Vector: 63 F= 445.47 Cos= 0.003 Sum= 0.938 q= 0.2140
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Vector: 67 F= 473.94 Cos= 0.002 Sum= 0.941 q= 0.1149
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Vector: 70 F= 490.69 Cos= 0.021 Sum= 0.942 q= 1.5112
Vector: 71 F= 493.92 Cos= 0.038 Sum= 0.943 q= 2.7267
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Vector: 73 F= 502.56 Cos= 0.041 Sum= 0.945 q= 2.9879
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Vector: 86 F= 542.06 Cos= 0.018 Sum= 0.950 q= 1.3198
Vector: 87 F= 545.43 Cos= 0.025 Sum= 0.950 q= 1.8275
Vector: 88 F= 549.95 Cos= 0.015 Sum= 0.950 q= 1.0939
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Vector: 90 F= 555.49 Cos= 0.045 Sum= 0.953 q= 3.2522
Vector: 91 F= 559.62 Cos= -0.020 Sum= 0.953 q= -1.4630
Vector: 92 F= 561.82 Cos= -0.002 Sum= 0.953 q= -0.1276
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Vector: 94 F= 567.77 Cos= 0.038 Sum= 0.955 q= 2.7617
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Vector: 96 F= 575.20 Cos= 0.017 Sum= 0.955 q= 1.2583
Vector: 97 F= 576.43 Cos= 0.024 Sum= 0.956 q= 1.7240
Vector: 98 F= 581.42 Cos= -0.004 Sum= 0.956 q= -0.3192
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Vector: 100 F= 585.46 Cos= 0.034 Sum= 0.957 q= 2.4636
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Vector: 102 F= 591.17 Cos= -0.018 Sum= 0.958 q= -1.2953
Vector: 103 F= 594.16 Cos= 0.049 Sum= 0.960 q= 3.5430
Vector: 104 F= 599.59 Cos= 0.040 Sum= 0.962 q= 2.9067
Vector: 105 F= 601.46 Cos= -0.013 Sum= 0.962 q= -0.9747
Vector: 106 F= 605.66 Cos= 0.025 Sum= 0.962 q= 1.7997
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003426
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003461
Projmod> Lowest non-zero frequency : 15.027787
Projmod> Best overlap with diff.vect. = -0.75 for mode 3 with F= 0.00 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.560 0.791 0.868 0.886 0.896 0.962
Projmod> Normal end.
getting mode 7
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-20
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normal mode computation
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generate a series of perturbations for mode 10
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calculating perturbed structure for DQ=20
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running: ../../bin/get_modes.sh 2604200934113787484 16 -20 20 20 0 on
normal mode computation
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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2604200934113787484.eigenfacs
2604200934113787484.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604200934113787484.eigenfacs
2604200934113787484.atom
compute RMSD to second conformer
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2604200934113787484.11.pdb
2604200934113787484.12.pdb
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2604200934113787484.9.pdb
STDERR:
real 0m0.393s
user 0m0.390s
sys 0m0.003s
rm: cannot remove '2604200934113787484.sdijb': No such file or directory
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