*** hiv1_closed_cutoff8_ca ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604200934113787486.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604200934113787486.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604200934113787486.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 15.029313 +/- 8.088516 From: -0.457000 To: 30.150000
= 32.184020 +/- 6.760646 From: 15.572000 To: 43.982000
= 12.970626 +/- 7.707850 From: -8.380000 To: 27.707000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijf
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 10.1078 % Filled.
Pdbmat> 4473 non-zero elements.
Pdbmat> 431 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 8.71 +/- 3.12
Maximum number = 15
Minimum number = 2
Pdbmat> Matrix trace = 8620.00
Pdbmat> Larger element = 67.9354
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
using diagstd (there are 99 atoms in your structure)
Diagstd> Version 1.05, August 2004.
Diagstd> Matrix to be read from file: pdbmat.sdijf
Diagstd> Lecture de la matrice -Format CERFACS-
Diagstd> Matrix dimension (Nord) = 297
Diagstd> Number of non-zero elements 4473
Diagstd> Nb of elements found twice: 0
Diagstd> Nb of elements > 1E+10 : 0
Diagstd> Matrix trace: 8620.0000003
%Diagstd-Wn: Nb on non-zero elements there: 297
Openam> file on opening on unit 11:
pdbmat.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 297 eigenvectors are about to be computed.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 8620.0000003
Diagstd> Eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0251403 0.0323925 0.0449283
0.0723615 0.1029759 0.1128850 0.1349538 0.1508466
0.2272876 0.2554532 0.2857758 0.3911394 0.4299065
0.5246993 0.5725733 0.6279520 0.6922057 0.7853105
0.8346011 0.9719422 1.0783877 1.1376301 1.2474310
1.3906740 1.4281193 1.5092170 1.6216285 1.6324685
1.7447898 1.8041803 1.9366388 2.2066397 2.3298373
2.4065677 2.6199823 2.7565078 2.7724198 3.0136978
3.1532638 3.1697920 3.3964132 3.6538812 3.7546873
3.9751924 4.1775144 4.4071720 4.6349959 4.6569664
4.7308631 4.8235446 5.0858861 5.4978564 5.6207902
5.8384174 6.1960610 6.2536727 6.3583555 6.6098423
6.7924475 6.8960451 7.2154665 7.3854328 7.5549027
7.7045697 7.9501134 8.0705974 8.2500715 8.3376246
8.4594440 8.7658166 8.8407140 9.0229916 9.2849074
9.3380331 9.5180399 9.7534822 10.2824423 10.3678112
10.4935681 10.8247542 10.9708188 11.2350689 11.7541375
11.8354806 12.0161590 12.3113915 12.5999374 12.8179532
12.8558666 13.2025537 13.4378177 13.5312926 13.6197040
13.7766856 14.0083579 14.3383019 14.7303018 14.9678637
15.2157071 15.5266175 15.6259667 16.1526470 16.3318262
16.4648451 16.5935649 16.7488323 17.1447841 17.2565663
17.4063597 17.6996136 18.0689231 18.2500134 18.3809417
18.5603837 18.7293201 19.1811530 19.2221262 19.6657979
19.7923822 19.9574055 20.2343030 20.5542264 20.7841155
21.1325423 21.1970779 21.2981118 21.6567404 21.8792929
21.9568396 22.0763256 22.5849186 22.8857594 22.9264216
23.0715220 23.6627608 23.7210973 24.0008703 24.1305067
24.1655453 24.5604976 24.6895764 24.9472483 25.1799979
25.5004760 26.0991463 26.2943121 26.3891924 26.4850387
26.6362478 26.6636728 26.9927933 27.2514931 27.5060909
28.0129441 28.3920730 28.6488588 28.8704052 29.0918661
29.3687525 29.4926528 29.6216266 29.8187702 29.9033420
30.1876242 30.5670107 31.0189959 31.3120996 31.6921830
31.7784690 32.2325955 32.5351721 32.7691718 33.1397200
33.3555756 33.9213028 34.3039173 34.5068911 34.7691968
35.1235884 35.2988338 35.7157033 36.0610553 36.0948478
36.6373703 36.9838196 37.2048931 37.5539662 37.9100611
38.3202013 38.7805201 39.2429989 39.4396074 39.9547390
40.0908402 40.6871476 41.1971297 41.6244447 41.8154950
41.9949162 42.3192932 42.6022047 43.2341526 43.8620702
44.1106644 44.3426113 44.6483380 44.8954878 45.0220953
45.5597107 45.9028299 46.0107466 46.5953974 47.1494056
47.5528807 47.7090034 48.0533921 48.3105238 48.5871948
48.6354799 49.0769341 49.5440906 49.7488982 50.0883674
50.2464287 50.4982842 51.2059477 51.4673369 51.7709218
51.9491316 52.5231622 52.7348076 52.8401353 53.0589766
54.2987916 54.4552156 55.1097457 55.3868705 55.7786264
56.0980738 56.8548577 57.2235993 57.3206912 57.8771082
58.6529096 59.0541195 59.4684894 60.3038602 60.8109804
61.6944981 62.9043009 63.3719122 63.5852833 64.0716827
64.6441334 65.2372945 65.7231032 65.9705170 67.0880354
67.8249039 68.5830516 69.2297954 70.3680023 70.7669167
71.2398920 72.8740077 73.5659685 74.6512864 75.1562912
75.5642160 76.4904721 77.0841326 78.2587880 79.2790819
79.8668468 81.8177122 82.7372276 84.3503599 85.2170275
86.6000805 87.8562907 88.8774239 90.2565979 92.4980610
96.4600629 100.5236803
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the matrix is a hessien in CHARMM units):
0.0033949 0.0034257 0.0034274 0.0034292 0.0034332
0.0034339 0.0034347 0.0034360 0.0034403 0.0034407
0.0034451 0.0034600 17.2179085 19.5441871 23.0173446
29.2111790 34.8468154 36.4849125 39.8921856 42.1757792
51.7705926 54.8846559 58.0507678 67.9142698 71.2003777
78.6593826 82.1695314 86.0515151 90.3468215 96.2312200
99.2052757 107.0571046 112.7671879 115.8232687 121.2840103
128.0583627 129.7709604 133.4046994 138.2836918 138.7451079
143.4388659 145.8596759 151.1191821 161.3098889 165.7517339
168.4590408 175.7698806 180.2913503 180.8109714 188.5146611
192.8303688 193.3350789 200.1269325 207.5737780 210.4176507
216.5082051 221.9495439 227.9687303 233.7867854 234.3402207
236.1921553 238.4945333 244.8942545 254.6196847 257.4506349
262.3873248 270.3044036 271.5581571 273.8215878 279.1841957
283.0143289 285.1644133 291.6939939 295.1095440 298.4762085
301.4182019 306.1836111 308.4949936 311.9062917 313.5569631
315.8393151 321.5077676 322.8783683 326.1899346 330.8903257
331.8356074 335.0186942 339.1369643 348.2117486 349.6542569
351.7684399 357.2763772 359.6787678 363.9847184 372.2979661
373.5839670 376.4247006 381.0209469 385.4601388 388.7806321
389.3551810 394.5701726 398.0701876 399.4522967 400.7551522
403.0581009 406.4329362 411.1915106 416.7744656 420.1217730
423.5857586 427.8915476 429.2583264 436.4325471 438.8465165
440.6300429 442.3490816 444.4138119 449.6362219 451.0996311
453.0532567 456.8537275 461.5953386 463.9026722 465.5637511
467.8307400 469.9550124 475.5899130 476.0975996 481.5607325
483.1080953 485.1179234 488.4716967 492.3181517 495.0636663
499.1960656 499.9577189 501.1478036 505.3494829 507.9394232
508.8387706 510.2214067 516.0651651 519.4908992 519.9521965
521.5949797 528.2359897 528.8867268 531.9965006 533.4313075
533.8184506 538.1630313 539.5753478 542.3836697 544.9079259
548.3646159 554.7642043 556.8345668 557.8383019 558.8504259
560.4434576 560.7319022 564.1819595 566.8790820 569.5209667
574.7442798 578.6205203 581.2312334 583.4742840 585.7078840
588.4885673 589.7286124 591.0166716 592.9801348 593.8204424
596.6364027 600.3738459 604.7963314 607.6470241 611.3238761
612.1555137 616.5139665 619.4009035 621.6243423 625.1290732
627.1616582 632.4577841 636.0146787 637.8935295 640.3134277
643.5684126 645.1719228 648.9703919 652.1004444 652.4059119
657.2906089 660.3910233 662.3618503 665.4618849 668.6094687
672.2165048 676.2419296 680.2622547 681.9641925 686.4034049
687.5714879 692.6660511 696.9935508 700.5989892 702.2049743
703.7098656 706.4224343 708.7797769 714.0173351 719.1837121
721.2188678 723.1125730 725.6010943 727.6065966 728.6318171
732.9692565 735.7241474 736.5884767 741.2535571 745.6471998
748.8307943 750.0590446 752.7613375 754.7726477 756.9308274
757.3068467 760.7360415 764.3481360 765.9263549 768.5351204
769.7467784 771.6735085 777.0616650 779.0424601 781.3367097
782.6803423 786.9927166 788.5767408 789.3638634 790.9967786
800.1849203 801.3366781 806.1381678 808.1624987 811.0155627
813.3346133 818.8023277 821.4532755 822.1498649 826.1305681
831.6489834 834.4885454 837.4111398 843.2723042 846.8105944
852.9400316 861.2623259 864.4575788 865.9116554 869.2172675
873.0916591 877.0881657 880.3478558 882.0033283 889.4423768
894.3136793 899.2981146 903.5283925 910.9255661 913.5039243
916.5515717 927.0039982 931.3946921 938.2399650 941.4081427
943.9595196 949.7273632 953.4057683 960.6425946 966.8844739
970.4620332 982.2430080 987.7470982 997.3296954 1002.4401916
1010.5421393 1017.8451509 1023.7431512 1031.6556476 1044.3873305
1066.5201144 1088.7532652
Diagstd> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604200934113787486.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604200934113787486.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604200934113787486.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604200934113787486.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.7737E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.78
%Rdmodfacs-Wn> More than 106 vectors in file.
Bfactors> 106 vectors, 297 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 12 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.025140
Bfactors> 94 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.233 for 99 C-alpha atoms.
Bfactors> = 28.955 +/- 52.34
Bfactors> = 20.698 +/- 7.99
Bfactors> Shiftng-fct= -8.257
Bfactors> Scaling-fct= 0.153
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604200934113787486.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604200934113787486.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.8
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 188.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 216.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.0
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.2
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 326.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 331.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 335.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 348.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 349.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 351.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 357.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 359.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 373.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 388.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 394.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 399.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 400.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 403.1
%Rdmodfacs-Err> More than 106 vectors in file.
Chkmod> 106 vectors, 297 coordinates in file.
Chkmod> That is: 99 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 18 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 39 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 46 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.0133
0.0034 0.3984
0.0034 0.4675
0.0034 0.8993
0.0034 0.7092
0.0034 0.0436
0.0034 0.1644
0.0034 0.0464
0.0034 0.7023
0.0034 0.6979
0.0034 0.5702
0.0035 0.0276
17.2171 0.1815
19.5435 0.1551
23.0163 0.2286
29.2100 0.0639
34.8494 0.0643
36.4858 0.2280
39.8973 0.1302
42.1674 0.4174
51.7698 0.4075
54.8873 0.2437
58.0507 0.2614
67.9079 0.2505
71.1968 0.2387
78.6561 0.5100
82.1679 0.4277
86.0511 0.2211
90.3426 0.4973
96.2264 0.3659
99.2009 0.3619
107.0502 0.5193
112.7421 0.4501
115.8371 0.5620
121.2578 0.5624
128.0679 0.5422
129.7600 0.3685
133.3894 0.3303
138.2936 0.2789
138.7192 0.4179
143.4413 0.4138
145.8461 0.4923
151.1268 0.3981
161.3161 0.3371
165.7504 0.3796
168.4669 0.4675
175.7629 0.3390
180.2997 0.4130
180.7895 0.3413
188.5160 0.3427
192.8140 0.4294
193.3331 0.4481
200.1062 0.3108
207.5682 0.1997
210.4174 0.3832
216.4937 0.4008
221.9529 0.4738
227.9545 0.6280
233.7769 0.4958
234.3310 0.4701
236.1854 0.4194
238.4956 0.4401
244.8865 0.2114
254.6121 0.2562
257.4444 0.4319
262.3667 0.6098
270.2915 0.4207
271.5536 0.4999
273.8022 0.2781
279.1755 0.4415
282.9929 0.4826
285.1512 0.4612
291.6720 0.3783
295.0882 0.6532
298.4653 0.4520
301.4137 0.5300
306.1683 0.6798
308.4894 0.2219
311.8916 0.6360
313.5506 0.5755
315.8175 0.4571
321.4973 0.4941
322.8697 0.4788
326.1761 0.4358
330.8778 0.4327
331.8208 0.5128
335.0036 0.4305
339.1140 0.5725
348.1554 0.5096
349.6762 0.3370
351.6935 0.5352
357.1826 0.4488
359.6499 0.3111
364.0490 0.5642
372.2165 0.4518
373.6392 0.4935
376.4687 0.5270
380.9831 0.4576
385.4445 0.4648
388.7950 0.4845
389.4011 0.0873
394.5151 0.4799
398.0854 0.5582
399.4161 0.5810
400.7423 0.6206
403.0893 0.6120
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2604200934113787486.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604200934113787486.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2604200934113787486.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604200934113787486.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2604200934113787486.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2604200934113787486.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.3947E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4256E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4272E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4290E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4359E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4402E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4405E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4450E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4598E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 17.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 19.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 23.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 29.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 34.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 36.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 39.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 42.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 51.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 54.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 58.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 67.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 71.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 78.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 86.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 96.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 107.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 115.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 121.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 128.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 133.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 138.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 138.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 143.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 145.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 151.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 165.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 168.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 188.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 216.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 233.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 236.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 244.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 262.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 283.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 306.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 311.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 322.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 326.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 331.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 335.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 348.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 349.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 351.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 357.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 359.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 373.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 388.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 394.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 399.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 400.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 403.1
%Rdmodfacs-Err> More than 106 vectors in file.
Projmod> 106 vectors, 297 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 99 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 7.27
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= 0.012 Sum= 0.000 q= 0.8411
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.182 Sum= 0.033 q= -13.1316
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.333 Sum= 0.144 q= -24.0655
Vector: 4 F= 0.00 Cos= -0.214 Sum= 0.190 q= -15.5157
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.226 Sum= 0.241 q= 16.3393
Vector: 6 F= 0.00 Cos= 0.295 Sum= 0.328 q= 21.3390
Vector: 7 F= 0.00 Cos= -0.003 Sum= 0.328 q= -0.2286
Vector: 8 F= 0.00 Cos= 0.143 Sum= 0.348 q= 10.3324
Vector: 9 F= 0.00 Cos= 0.313 Sum= 0.446 q= 22.6553
Vector: 10 F= 0.00 Cos= -0.136 Sum= 0.465 q= -9.8720
Vector: 11 F= 0.00 Cos= -0.614 Sum= 0.842 q= -44.4529
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Vector: 13 F= 17.22 Cos= -0.119 Sum= 0.857 q= -8.6389
Vector: 14 F= 19.54 Cos= -0.087 Sum= 0.864 q= -6.2865
Vector: 15 F= 23.02 Cos= 0.038 Sum= 0.866 q= 2.7695
Vector: 16 F= 29.21 Cos= -0.026 Sum= 0.866 q= -1.8590
Vector: 17 F= 34.85 Cos= 0.026 Sum= 0.867 q= 1.8701
%Projmod-Wn> Eigenvector 18 Norm= 0.9999
Vector: 18 F= 36.49 Cos= 0.068 Sum= 0.872 q= 4.9556
Vector: 19 F= 39.90 Cos= -0.033 Sum= 0.873 q= -2.3880
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Vector: 24 F= 67.91 Cos= -0.002 Sum= 0.874 q= -0.1769
Vector: 25 F= 71.20 Cos= 0.054 Sum= 0.877 q= 3.9076
Vector: 26 F= 78.66 Cos= 0.027 Sum= 0.878 q= 1.9881
Vector: 27 F= 82.17 Cos= 0.008 Sum= 0.878 q= 0.5512
Vector: 28 F= 86.05 Cos= -0.044 Sum= 0.880 q= -3.1777
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Vector: 30 F= 96.23 Cos= -0.003 Sum= 0.880 q= -0.2334
Vector: 31 F= 99.20 Cos= -0.050 Sum= 0.883 q= -3.6150
Vector: 32 F= 107.05 Cos= -0.036 Sum= 0.884 q= -2.6206
Vector: 33 F= 112.74 Cos= -0.021 Sum= 0.884 q= -1.5539
Vector: 34 F= 115.84 Cos= -0.070 Sum= 0.889 q= -5.0882
Vector: 35 F= 121.26 Cos= 0.029 Sum= 0.890 q= 2.0809
Vector: 36 F= 128.07 Cos= 0.007 Sum= 0.890 q= 0.4808
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Vector: 38 F= 133.39 Cos= 0.005 Sum= 0.891 q= 0.3730
%Projmod-Wn> Eigenvector 39 Norm= 1.0001
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%Projmod-Wn> Eigenvector 46 Norm= 0.9999
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Vector: 54 F= 207.57 Cos= -0.007 Sum= 0.922 q= -0.4768
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Vector: 60 F= 234.33 Cos= -0.007 Sum= 0.932 q= -0.4831
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Vector: 63 F= 244.89 Cos= 0.042 Sum= 0.935 q= 3.0744
Vector: 64 F= 254.61 Cos= -0.015 Sum= 0.935 q= -1.0756
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Vector: 103 F= 398.09 Cos= -0.018 Sum= 0.968 q= -1.3339
Vector: 104 F= 399.42 Cos= -0.029 Sum= 0.968 q= -2.0855
Vector: 105 F= 400.74 Cos= -0.075 Sum= 0.974 q= -5.4506
Vector: 106 F= 403.09 Cos= 0.047 Sum= 0.976 q= 3.4179
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003395
Projmod> 12 frequencies less than: 0.003460
Projmod> Lowest non-zero frequency : 17.217071
Projmod> Best overlap with diff.vect. = -0.61 for mode 11 with F= 0.00 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.378 0.586 0.770 0.842 0.874 0.976
Projmod> Normal end.
getting mode 7
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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normal mode computation
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=20
2604200934113787486.eigenfacs
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2604200934113787486.9.pdb
STDERR:
real 0m0.385s
user 0m0.378s
sys 0m0.006s
rm: cannot remove '2604200934113787486.sdijb': No such file or directory
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