*** hiv1_closed_cutoff10_ca ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604200934113787487.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 10.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604200934113787487.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604200934113787487.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 15.029313 +/- 8.088516 From: -0.457000 To: 30.150000
= 32.184020 +/- 6.760646 From: 15.572000 To: 43.982000
= 12.970626 +/- 7.707850 From: -8.380000 To: 27.707000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijf
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 15.5583 % Filled.
Pdbmat> 6885 non-zero elements.
Pdbmat> 699 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 14.12 +/- 5.29
Maximum number = 26
Minimum number = 2
Pdbmat> Matrix trace = 13980.0
Pdbmat> Larger element = 117.204
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
using diagstd (there are 99 atoms in your structure)
Diagstd> Version 1.05, August 2004.
Diagstd> Matrix to be read from file: pdbmat.sdijf
Diagstd> Lecture de la matrice -Format CERFACS-
Diagstd> Matrix dimension (Nord) = 297
Diagstd> Number of non-zero elements 6885
Diagstd> Nb of elements found twice: 0
Diagstd> Nb of elements > 1E+10 : 0
Diagstd> Matrix trace: 13980.0000003
%Diagstd-Wn: Nb on non-zero elements there: 297
Openam> file on opening on unit 11:
pdbmat.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 297 eigenvectors are about to be computed.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 13980.0000003
Diagstd> Eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.1444841 0.2183256 0.2764304
0.3361405 0.4385300 0.5953014 0.9236652 1.2517304
1.4133766 1.7097849 1.8728165 2.1815439 2.3420882
2.7146314 3.1962914 3.3864359 3.4813375 3.5981619
3.8641203 4.0531260 4.4301312 4.6760442 4.8536143
4.9264631 5.1374235 5.4559932 5.7027698 5.9443499
6.2436231 6.4769351 6.9353087 7.1059155 7.6565583
7.9103739 8.4260234 8.6001802 8.8182817 9.1347891
9.3614577 9.5438903 9.8824674 10.0827979 10.4851484
10.7990842 11.0054739 11.4218684 11.5168785 11.9838041
12.2226733 12.7450777 12.8368463 13.0047632 13.5130370
13.8753334 14.0741890 14.7591497 15.2583831 15.3740512
15.5523177 15.6905468 16.1153341 16.3027407 16.8307052
17.2180374 17.8432028 18.5260257 18.7097289 19.0502982
19.5112986 19.9438432 20.2901909 20.4771678 20.7360993
21.1363796 21.2479155 21.4455277 21.9297116 22.4413190
22.6415197 22.8986696 23.1246338 23.4907976 23.7101113
24.2622115 24.4386284 24.7386995 25.1033383 25.3702007
25.9247220 26.2314318 26.3644518 26.7600974 27.0518345
27.5884180 27.9128340 28.0330994 28.2309055 28.6568101
28.8074560 29.1171838 29.4404304 29.8963190 30.0136778
30.2340062 30.4828148 31.0536832 31.3725468 31.5496761
31.8216674 31.8627894 32.4308821 32.5958538 33.1163286
33.3197721 33.7613515 34.0575785 34.3485298 34.6414651
34.7787365 35.0074771 35.3170122 35.4353651 35.8416118
35.9135070 36.5621712 36.8690609 36.9381562 37.1944699
37.3874416 37.8169234 38.0118025 38.3317385 38.6437653
38.9079837 39.3172172 39.5111115 39.7169021 39.8870835
40.6250509 40.7344916 40.9425290 41.0823763 41.4812607
41.8307847 42.2104241 42.2962502 42.7814564 43.2932447
43.5070969 43.7950934 43.9938056 44.0526245 44.2778250
44.7741947 45.3891670 45.4994320 45.6662693 46.1072562
46.3012593 46.8245464 47.0614004 47.1980724 47.9715898
48.3513841 48.6884329 48.8889766 49.2760527 49.6298340
50.1893717 50.3545824 50.9600464 51.5129495 51.6320261
52.1476296 52.4742749 53.3392808 53.5598299 54.3772528
54.4656897 54.6322006 55.1368942 55.3462730 56.3893662
56.7242417 57.2313353 57.7051614 58.4123366 58.6628856
58.8874876 59.2520301 59.6018692 60.1999131 60.3255224
61.0875036 61.3871129 61.7326148 61.9284220 62.2365269
62.7831083 63.3222553 63.9110899 64.3004681 64.9831993
65.2637517 65.3531918 65.4938052 66.3217581 66.7833401
66.8797575 67.0792209 67.6668235 67.9094577 68.5980601
69.1442011 69.5752354 69.7678967 70.0943477 70.5584216
71.1894790 71.9143706 72.2325967 72.5484002 72.9894097
73.2677886 73.5573266 73.8457058 74.3960428 75.3073505
75.9863245 76.5468028 76.7657385 77.6083762 78.0913778
78.5198656 79.2296806 79.6150277 79.7952182 81.0928276
81.7028403 82.1103323 82.4211450 82.6441153 83.5109591
84.5854794 85.1637998 85.2216796 85.8760037 86.2507746
86.9834330 87.2933771 87.8306687 89.3422393 90.2996509
90.5899989 92.2436561 92.7284674 93.7608853 94.3279008
95.1026147 96.2574981 96.9501128 97.5325946 97.9086708
98.3238002 100.2737251 101.4213745 102.5299553 104.1815870
104.7780066 106.8354502 107.3808475 109.6188100 110.6998526
111.7590970 113.1520156 113.6800027 114.1371620 117.1694845
118.3937275 120.0613607 121.5245626 122.7278339 127.5308420
129.1397697 130.1617544 133.0414871 138.3993343 140.2056393
143.8438815 148.6509961
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the matrix is a hessien in CHARMM units):
0.0034199 0.0034324 0.0034362 0.0034373 0.0034441
0.0034507 0.0034565 41.2767256 50.7396666 57.0937028
62.9586919 71.9109340 83.7845124 104.3644470 121.4928378
129.0993992 141.9926993 148.6082410 160.3899892 166.1869453
178.9166335 194.1415371 199.8327698 202.6134848 205.9850165
213.4620127 218.6202217 228.5617611 234.8197303 239.2367589
241.0254470 246.1319349 253.6484362 259.3213062 264.7570060
271.3398748 276.3630983 285.9750715 289.4711595 300.4775829
305.4174082 315.2148081 318.4557205 322.4684756 328.2045092
332.2515540 335.4733292 341.3720619 344.8147304 351.6272884
356.8524998 360.2464033 366.9981347 368.5213660 375.9175759
379.6456102 387.6738652 389.0670483 391.6034456 399.1827471
404.4985731 407.3868152 417.1823718 424.1793647 425.7841025
428.2455320 430.1444457 435.9281724 438.4555694 445.4986951
450.5957626 458.7031119 467.3975280 469.7091584 473.9648880
479.6653730 484.9530625 489.1458199 491.3944251 494.4914794
499.2413864 500.5568921 502.8791728 508.5243349 514.4219245
516.7114284 519.6374056 522.1950035 526.3130785 528.7642402
534.8850659 536.8261888 540.1118585 544.0778180 546.9620964
552.9073137 556.1683598 557.5767459 561.7448828 564.7986390
570.3726320 573.7163764 574.9510069 576.9759148 581.3118863
582.8378322 585.9626898 589.2062670 593.7507071 594.9149574
597.0945799 599.5464200 605.1343968 608.2332648 609.9478897
612.5714426 612.9671169 618.4073757 619.9782604 624.9084139
626.8249738 630.9648880 633.7269312 636.4281147 639.1361845
640.4012642 642.5037795 645.3380289 646.4184388 650.1132930
650.7650023 656.6157094 659.3656497 659.9832095 662.2690614
663.9848252 667.7876410 669.5060603 672.3176898 675.0485335
677.3523517 680.9052243 682.5821133 684.3573937 685.8220142
692.1372757 693.0689310 694.8364820 696.0221466 699.3929559
702.3333419 705.5131910 706.2300838 710.2693314 714.5051254
716.2676431 718.6344102 720.2629012 720.7442296 722.5841318
726.6230523 731.5961083 732.4842114 733.8259186 737.3605860
738.9102341 743.0740066 744.9509929 746.0319227 752.1203438
755.0917682 757.7190020 759.2778895 762.2777368 765.0092591
769.3096137 770.5747596 775.1936165 779.3875944 780.2878853
784.1742300 786.6263738 793.0833970 794.7213397 800.7628406
801.4137403 802.6378347 806.3367053 807.8662602 815.4435217
817.8612461 821.5087993 824.9024816 829.9416688 831.7197054
833.3103832 835.8857040 838.3497137 842.5452071 843.4237497
848.7337436 850.8125442 853.2034773 854.5555268 856.6786722
860.4322638 864.1188268 868.1272572 870.7677734 875.3783970
877.2660004 877.8669151 878.8108134 884.3481985 887.4202780
888.0606463 889.3839444 893.2708769 894.8709529 899.3965088
902.9696675 905.7797821 907.0330154 909.1525884 912.1572383
916.2272146 920.8801721 922.9154028 924.9307119 927.7377018
929.5051963 931.3399845 933.1638435 936.6346027 942.3537526
946.5923697 950.0770080 951.4347213 956.6422965 959.6145468
962.2436507 966.5831788 968.9308987 970.0267562 977.8821129
981.5532321 983.9979304 985.8585380 987.1911374 992.3548944
998.7187142 1002.1270740 1002.4675538 1006.3086208 1008.5020428
1012.7763522 1014.5791376 1017.6967200 1026.4166707 1031.9016712
1033.5593197 1042.9501101 1045.6872705 1051.4923804 1054.6670186
1058.9891461 1065.3996875 1069.2258249 1072.4329996 1074.4986089
1076.7741179 1087.3988134 1093.6038396 1099.5643841 1108.3853187
1111.5534376 1122.4137347 1125.2750609 1136.9407215 1142.5331285
1147.9863449 1155.1182023 1157.8100577 1160.1357640 1175.4456144
1181.5704670 1189.8628655 1197.0914078 1203.0032895 1226.3174093
1234.0287676 1238.9020659 1252.5319868 1277.5040360 1285.8136188
1302.3897726 1323.9731939
Diagstd> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604200934113787487.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604200934113787487.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604200934113787487.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604200934113787487.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9181E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9908E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0013E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0020E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0059E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0098E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0132E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1445
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2183
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2764
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3361
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4385
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5953
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9237
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.252
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.413
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.710
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.873
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.182
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.342
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.715
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.196
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.386
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.481
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.598
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.864
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.053
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.430
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.676
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.854
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.926
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.137
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.456
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.703
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.944
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.244
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.477
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.935
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.106
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.657
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.910
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.426
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.600
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.818
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.135
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.361
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.544
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.882
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.81
%Rdmodfacs-Wn> More than 106 vectors in file.
Bfactors> 106 vectors, 297 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 7 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.144500
Bfactors> 99 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.164 for 99 C-alpha atoms.
Bfactors> = 5.512 +/- 11.16
Bfactors> = 20.698 +/- 7.99
Bfactors> Shiftng-fct= 15.186
Bfactors> Scaling-fct= 0.716
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604200934113787487.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604200934113787487.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4197E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4360E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4372E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4439E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4506E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4564E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 41.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 50.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 57.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 71.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 121.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 148.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 160.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 178.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 206.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 241.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 246.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 276.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 286.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 289.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 300.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 322.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 328.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 335.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 341.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 351.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 379.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 399.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 407.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 430.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 436.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 445.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 450.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 479.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 484.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 514.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 534.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 540.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 546.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.8
%Rdmodfacs-Err> More than 106 vectors in file.
Chkmod> 106 vectors, 297 coordinates in file.
Chkmod> That is: 99 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 96 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6887
0.0034 0.8167
0.0034 0.9106
0.0034 0.7997
0.0034 0.9120
0.0035 0.8847
0.0035 0.0146
41.2772 0.0771
50.7345 0.2378
57.0881 0.1411
62.9522 0.0468
71.9054 0.1049
83.7808 0.0723
104.3619 0.3274
121.5007 0.5842
129.0767 0.4274
141.9955 0.1506
148.6091 0.2464
160.3999 0.2535
166.1767 0.4282
178.9211 0.3782
194.1244 0.5070
199.8113 0.3791
202.5950 0.2629
205.9715 0.1189
213.4495 0.2590
218.6074 0.6334
228.5486 0.1869
234.8085 0.4119
239.2360 0.5542
241.0038 0.4401
246.1112 0.3894
253.6377 0.4295
259.3154 0.4702
264.7378 0.3560
271.3364 0.3177
276.3526 0.3271
285.9564 0.6760
289.4605 0.5243
300.4734 0.4973
305.3971 0.5106
315.2008 0.5938
318.4387 0.4772
322.4495 0.4060
328.1942 0.4189
332.2292 0.2973
335.4609 0.3813
341.3493 0.4305
344.7521 0.3946
351.6935 0.3547
356.8523 0.3496
360.3050 0.3707
366.9524 0.4602
368.5555 0.1347
375.8418 0.5891
379.5878 0.2769
387.7321 0.3748
389.0981 0.1684
391.5149 0.5264
399.1208 0.4309
404.5492 0.2474
407.3087 0.4025
417.1765 0.5003
424.1836 0.4219
425.7097 0.3590
428.1952 0.3071
430.1185 0.4237
435.9726 0.3899
438.3999 0.4460
445.4702 0.5027
450.6021 0.5622
458.6423 0.4843
467.4276 0.4409
469.6924 0.4742
473.9408 0.3935
479.6288 0.3033
484.8855 0.5809
489.1225 0.4264
491.4073 0.6017
494.5168 0.4183
499.2627 0.4972
500.5600 0.5664
502.9100 0.5386
508.5058 0.3805
514.3847 0.3862
516.6719 0.3736
519.6302 0.3921
522.1203 0.4260
526.2815 0.4534
528.7403 0.5684
534.8377 0.2611
536.8182 0.5030
540.1029 0.3984
544.0183 0.3964
546.9365 0.5600
552.8332 0.3951
556.1293 0.4040
557.5057 0.5034
561.7197 0.5543
564.7552 0.4636
570.3645 0.5331
573.6626 0.4129
574.8945 0.5522
576.9419 0.5490
581.3193 0.4739
582.8385 0.5066
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2604200934113787487.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604200934113787487.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2604200934113787487.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604200934113787487.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2604200934113787487.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2604200934113787487.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4197E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4360E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4372E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4439E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4506E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4564E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 41.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 50.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 57.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 71.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 121.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 148.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 160.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 178.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 206.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 241.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 246.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 276.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 286.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 289.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 300.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 322.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 328.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 335.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 341.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 351.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 379.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 399.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 407.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 430.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 436.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 445.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 450.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 479.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 484.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 514.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 534.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 540.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 546.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.8
%Rdmodfacs-Err> More than 106 vectors in file.
Projmod> 106 vectors, 297 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 99 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 7.27
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.050 Sum= 0.002 q= -3.6029
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.285 Sum= 0.084 q= -20.6523
Vector: 3 F= 0.00 Cos= 0.644 Sum= 0.499 q= 46.6084
Vector: 4 F= 0.00 Cos= -0.198 Sum= 0.538 q= -14.3036
Vector: 5 F= 0.00 Cos= -0.019 Sum= 0.538 q= -1.4043
Vector: 6 F= 0.00 Cos= 0.541 Sum= 0.831 q= 39.1576
Vector: 7 F= 0.00 Cos= 0.081 Sum= 0.838 q= 5.8582
Vector: 8 F= 41.28 Cos= -0.075 Sum= 0.844 q= -5.4474
Vector: 9 F= 50.73 Cos= -0.070 Sum= 0.849 q= -5.0404
Vector: 10 F= 57.09 Cos= 0.054 Sum= 0.852 q= 3.9357
Vector: 11 F= 62.95 Cos= 0.068 Sum= 0.856 q= 4.9300
Vector: 12 F= 71.91 Cos= -0.054 Sum= 0.859 q= -3.9334
Vector: 13 F= 83.78 Cos= -0.022 Sum= 0.860 q= -1.5814
Vector: 14 F= 104.36 Cos= 0.060 Sum= 0.863 q= 4.3641
Vector: 15 F= 121.50 Cos= -0.060 Sum= 0.867 q= -4.3589
Vector: 16 F= 129.08 Cos= 0.025 Sum= 0.867 q= 1.8406
Vector: 17 F= 142.00 Cos= -0.013 Sum= 0.868 q= -0.9690
Vector: 18 F= 148.61 Cos= -0.047 Sum= 0.870 q= -3.4226
Vector: 19 F= 160.40 Cos= -0.031 Sum= 0.871 q= -2.2460
Vector: 20 F= 166.18 Cos= 0.033 Sum= 0.872 q= 2.3717
Vector: 21 F= 178.92 Cos= -0.027 Sum= 0.873 q= -1.9172
Vector: 22 F= 194.12 Cos= -0.021 Sum= 0.873 q= -1.4906
Vector: 23 F= 199.81 Cos= -0.047 Sum= 0.875 q= -3.4198
Vector: 24 F= 202.59 Cos= 0.027 Sum= 0.876 q= 1.9265
Vector: 25 F= 205.97 Cos= 0.004 Sum= 0.876 q= 0.2629
Vector: 26 F= 213.45 Cos= 0.014 Sum= 0.876 q= 0.9989
Vector: 27 F= 218.61 Cos= 0.015 Sum= 0.876 q= 1.0890
Vector: 28 F= 228.55 Cos= -0.066 Sum= 0.881 q= -4.7437
Vector: 29 F= 234.81 Cos= 0.017 Sum= 0.881 q= 1.2466
Vector: 30 F= 239.24 Cos= 0.106 Sum= 0.892 q= 7.6929
Vector: 31 F= 241.00 Cos= -0.006 Sum= 0.892 q= -0.4049
Vector: 32 F= 246.11 Cos= -0.050 Sum= 0.895 q= -3.5989
Vector: 33 F= 253.64 Cos= 0.093 Sum= 0.903 q= 6.6941
Vector: 34 F= 259.32 Cos= 0.028 Sum= 0.904 q= 1.9949
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Vector: 36 F= 271.34 Cos= 0.015 Sum= 0.905 q= 1.0597
Vector: 37 F= 276.35 Cos= -0.028 Sum= 0.906 q= -2.0387
Vector: 38 F= 285.96 Cos= 0.030 Sum= 0.907 q= 2.1443
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Vector: 55 F= 375.84 Cos= 0.008 Sum= 0.928 q= 0.5576
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Vector: 65 F= 425.71 Cos= -0.025 Sum= 0.932 q= -1.8416
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Vector: 74 F= 469.69 Cos= 0.037 Sum= 0.937 q= 2.6963
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Vector: 84 F= 508.51 Cos= 0.028 Sum= 0.944 q= 2.0424
Vector: 85 F= 514.38 Cos= -0.001 Sum= 0.944 q= -0.0947
Vector: 86 F= 516.67 Cos= -0.003 Sum= 0.944 q= -0.2019
Vector: 87 F= 519.63 Cos= -0.012 Sum= 0.944 q= -0.8460
Vector: 88 F= 522.12 Cos= 0.004 Sum= 0.944 q= 0.3007
Vector: 89 F= 526.28 Cos= -0.000 Sum= 0.944 q= -0.0302
Vector: 90 F= 528.74 Cos= -0.032 Sum= 0.946 q= -2.3369
Vector: 91 F= 534.84 Cos= 0.025 Sum= 0.946 q= 1.8081
Vector: 92 F= 536.82 Cos= 0.010 Sum= 0.946 q= 0.7271
Vector: 93 F= 540.10 Cos= -0.027 Sum= 0.947 q= -1.9793
Vector: 94 F= 544.02 Cos= -0.029 Sum= 0.948 q= -2.0702
Vector: 95 F= 546.94 Cos= 0.012 Sum= 0.948 q= 0.8796
%Projmod-Wn> Eigenvector 96 Norm= 1.0001
Vector: 96 F= 552.83 Cos= 0.045 Sum= 0.950 q= 3.2203
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Vector: 98 F= 557.51 Cos= -0.025 Sum= 0.951 q= -1.8053
Vector: 99 F= 561.72 Cos= -0.067 Sum= 0.956 q= -4.8697
Vector: 100 F= 564.76 Cos= 0.043 Sum= 0.958 q= 3.1385
Vector: 101 F= 570.36 Cos= 0.035 Sum= 0.959 q= 2.5494
Vector: 102 F= 573.66 Cos= -0.027 Sum= 0.960 q= -1.9566
Vector: 103 F= 574.89 Cos= 0.029 Sum= 0.961 q= 2.0777
Vector: 104 F= 576.94 Cos= -0.001 Sum= 0.961 q= -0.0510
Vector: 105 F= 581.32 Cos= 0.042 Sum= 0.962 q= 3.0380
Vector: 106 F= 582.84 Cos= 0.021 Sum= 0.963 q= 1.5222
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003420
Projmod> 7 frequencies less than: 0.003456
Projmod> Lowest non-zero frequency : 41.277231
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 0.64 for mode 3 with F= 0.00 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.415 0.790 0.848 0.866 0.879 0.963
Projmod> Normal end.
getting mode 7
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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generate a series of perturbations for mode 10
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calculating perturbed structure for DQ=20
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running: ../../bin/get_modes.sh 2604200934113787487 16 -20 20 20 0 on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-20
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2604200934113787487.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
2604200934113787487.eigenfacs
2604200934113787487.atom
compute RMSD to second conformer
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2604200934113787487.9.pdb
STDERR:
real 0m0.360s
user 0m0.354s
sys 0m0.006s
rm: cannot remove '2604200934113787487.sdijb': No such file or directory
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