*** c_hıv_test ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2604201115453819784.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2604201115453819784.atom to be opened.
Openam> File opened: 2604201115453819784.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 14.987283 +/- 8.120864 From: -0.564000 To: 30.374000
= 32.098990 +/- 6.985104 From: 13.071000 To: 43.846000
= 13.002768 +/- 7.601882 From: -7.872000 To: 27.985000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijf
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 10.1078 % Filled.
Pdbmat> 4473 non-zero elements.
Pdbmat> 431 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 8.71 +/- 3.13
Maximum number = 15
Minimum number = 2
Pdbmat> Matrix trace = 8620.00
Pdbmat> Larger element = 68.8984
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
using diagstd (there are 99 atoms in your structure)
Diagstd> Version 1.05, August 2004.
Diagstd> Matrix to be read from file: pdbmat.sdijf
Diagstd> Lecture de la matrice -Format CERFACS-
Diagstd> Matrix dimension (Nord) = 297
Diagstd> Number of non-zero elements 4473
Diagstd> Nb of elements found twice: 0
Diagstd> Nb of elements > 1E+10 : 0
Diagstd> Matrix trace: 8620.0000003
%Diagstd-Wn: Nb on non-zero elements there: 297
Openam> file on opening on unit 11:
pdbmat.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 297 eigenvectors are about to be computed.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 8620.0000003
Diagstd> Eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0198112 0.0339457
0.0510400 0.0564177 0.1140410 0.1488381 0.1535198
0.2014187 0.2254206 0.2375813 0.3189537 0.3479783
0.4578792 0.5297610 0.5943496 0.7279364 0.8828201
0.9588889 1.0813766 1.1279413 1.1643809 1.2878022
1.4194375 1.4402394 1.5844801 1.6004056 1.6219274
1.8146097 1.9202025 2.0188969 2.1166782 2.5054065
2.5567880 2.6461785 2.7219688 3.1390726 3.1839158
3.5260075 3.6027630 3.8604900 4.1990416 4.2808181
4.3888204 4.6122185 4.8201359 5.1179463 5.2323630
5.3214609 5.3960732 5.4499983 5.7022745 5.8600276
6.0301870 6.3164898 6.7749811 6.8943815 6.9596254
7.1985632 7.2933624 7.7020590 7.9334170 8.0660597
8.1308360 8.2675574 8.3645944 8.4498132 8.6738506
8.7907725 9.0841092 9.3007641 9.3542124 9.7511855
9.7821726 9.9062672 10.4255965 10.6545764 10.8540830
11.0825295 11.3123999 11.4388714 11.4792296 11.9133643
12.1311106 12.2796872 12.4476632 12.7297972 12.9969262
13.1633938 13.3124263 13.4741570 13.5935398 13.9187049
14.2521857 14.3619806 14.6006982 14.9114278 15.0553071
15.3367144 15.5051959 15.5610722 15.7632611 16.2040879
16.5149765 16.9169345 17.1158141 17.1729539 17.4683877
17.5845430 17.7408483 17.8489209 18.3179432 18.5191218
18.8560549 19.1124565 19.4353762 19.5974894 19.8689793
20.0248778 20.3122911 20.4563833 20.5342699 20.9077571
20.9845012 21.2395145 21.4528969 21.7573119 21.9286925
22.0964829 22.1952386 22.4745609 22.5049959 22.9346802
23.3035257 23.4313094 23.7174473 24.2927393 24.5099797
24.6603848 24.9039165 24.9508524 25.1381910 25.2530388
25.4656793 25.7697293 26.0372892 26.3748218 26.4993402
26.7187302 26.7490767 27.0515258 27.3045926 27.7315977
28.2740039 28.4815332 28.5696398 28.8386434 29.4093104
29.5846614 29.7959840 30.0127674 30.2644086 30.5327669
30.5563539 30.8623021 31.1766727 31.2688038 31.4034755
31.7451580 31.9420847 32.1282076 32.3889442 33.0092570
33.2537511 33.5782854 33.5994274 34.6130287 34.6646101
35.2030325 35.4246795 35.4867699 35.7128111 36.1657415
36.4417425 36.7023279 37.4611778 37.8234061 38.0277580
38.4491192 38.9549321 39.0784902 39.6090999 40.0403300
40.2430552 40.3533015 40.7423026 41.0784404 41.3682481
41.6880142 42.0171520 42.3501842 42.4303264 42.9003434
43.1250764 43.6885803 43.9257348 44.2972575 44.9741986
45.1690338 45.5607416 45.9851767 46.2013119 46.3886799
47.0376234 47.4148702 47.5965080 47.7907088 48.1718840
48.5455100 48.6450168 49.0656473 49.1985470 49.8360155
50.0171968 50.0984200 50.6488525 51.2654530 51.4486897
52.1103388 52.4249453 52.7716157 52.9282049 53.5520869
53.8715607 54.3926871 54.5308748 54.9698673 55.5998596
55.9562939 55.9933462 56.7264083 56.8534213 57.3412630
58.0404538 58.6666565 59.1531581 60.6477376 60.9023713
61.1343485 61.3364578 61.8884303 62.4103978 63.2514840
63.9754929 64.2452384 64.8582602 66.1891609 67.4079590
67.5206995 68.4494221 68.6956065 69.8501978 70.8568874
72.2009653 72.8526465 73.1102543 73.7210646 74.6682405
75.0347150 75.6029996 76.3700997 77.6941315 79.2989894
80.3763200 81.9391325 83.0183328 84.6573047 84.9238284
86.6446803 87.5485990 89.3880275 90.1201743 93.1478805
94.5778350 103.8899627
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the matrix is a hessien in CHARMM units):
0.0033778 0.0034137 0.0034230 0.0034272 0.0034307
0.0034316 0.0034329 0.0034339 0.0034369 0.0034411
0.0034420 0.0034449 0.0034567 15.2844772 20.0072649
24.5330000 25.7930763 36.6712522 41.8940478 42.5478306
48.7354739 51.5575261 52.9299410 61.3280434 64.0577064
73.4802728 79.0378804 83.7175052 92.6492688 102.0308224
106.3357814 112.9233548 115.3289993 117.1771216 123.2309704
129.3759108 130.3204660 136.6906073 137.3758238 138.2964352
146.2806542 150.4765393 154.2951771 157.9874897 171.8835761
173.6371479 176.6464224 179.1582681 192.3959646 193.7653265
203.9092353 206.1166740 213.3617161 222.5206746 224.6770268
227.4935995 233.2116380 238.4102485 245.6649185 248.3957809
250.5017223 252.2517548 253.5090478 259.3100455 262.8724741
266.6617154 272.9186293 282.6502175 285.1300147 286.4759785
291.3521248 293.2642854 301.3690869 305.8619272 308.4082562
309.6441516 312.2366579 314.0636859 315.6594784 319.8167819
321.9651013 327.2928019 331.1727499 332.1229557 339.0970322
339.6353935 341.7828755 350.6273067 354.4568498 357.7600549
361.5053490 365.2352233 367.2711959 367.9185223 374.8111405
378.2209334 380.5300281 383.1238559 387.4413971 391.4854331
393.9845735 396.2085912 398.6080657 400.3700311 405.1302698
409.9548389 411.5308979 414.9369327 419.3289972 421.3471779
425.2667669 427.5962712 428.3660459 431.1399973 437.1269421
441.3003387 446.6384570 449.2561804 450.0054592 453.8597734
455.3662336 457.3855830 458.7766051 464.7652349 467.3104302
471.5423435 474.7374962 478.7312258 480.7236617 484.0420141
485.9372784 489.4121383 491.1449767 492.0790925 496.5340133
497.4444680 500.4579268 502.9655662 506.5215167 508.5125190
510.4542879 511.5937014 514.8027855 515.1512403 520.0458380
524.2109594 525.6462365 528.8460349 535.2214683 537.6092787
539.2562722 541.9124214 542.4228468 544.4553770 545.6976746
547.9903527 551.2520390 554.1063965 557.6863919 559.0012904
561.3105279 561.6291989 564.7954156 567.4310943 571.8507906
577.4161643 579.5313878 580.4270751 583.1532415 588.8947749
590.6477875 592.7535263 594.9059346 597.3947145 600.0374567
600.2691804 603.2668193 606.3315428 607.2267760 608.5330043
611.8345906 613.7293721 615.5148407 618.0074004 623.8973703
626.2036596 629.2519040 629.4499713 638.8738049 639.3496623
644.2958269 646.3209677 646.8871366 648.9441151 653.0462908
655.5334352 657.8730349 664.6392643 667.8448761 669.6465582
673.3463001 677.7608929 678.8349103 683.4279987 687.1382179
688.8755209 689.8184669 693.1353765 695.9888044 698.4395842
701.1337680 703.8961439 706.6802146 707.3485483 711.2555442
713.1160631 717.7599911 719.7054611 722.7426772 728.2441368
729.8198656 732.9775494 736.3837736 738.1122857 739.6074675
744.7627817 747.7433570 749.1742227 750.7010375 753.6888598
756.6060577 757.3810924 760.6485586 761.6780123 766.5966845
767.9889199 768.6122376 772.8230832 777.5130372 778.9013192
783.8937982 786.2565442 788.8518997 790.0214131 794.6638924
797.0307170 800.8764761 801.8931664 805.1144556 809.7148941
812.3061688 812.5750649 817.8768651 818.7919847 822.2973820
827.2955345 831.7464372 835.1880045 845.6732288 847.4466783
849.0591069 850.4614374 854.2795579 857.8744941 863.6358067
868.5645511 870.3937279 874.5364748 883.4637164 891.5606028
892.3058633 898.4215763 900.0357526 907.5678445 914.0844387
922.7133034 926.8681244 928.5053864 932.3759860 938.3465017
940.6464025 944.2017341 948.9797799 957.1706834 967.0058614
973.5524170 982.9715791 989.4236429 999.1426524 1000.7142000
1010.8023246 1016.0612308 1026.6796578 1030.8756743 1048.0494370
1056.0633341 1106.8329399
Diagstd> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604201115453819784.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604201115453819784.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2604201115453819784.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2604201115453819784.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 99
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.6758E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.25
%Rdmodfacs-Wn> More than 106 vectors in file.
Bfactors> 106 vectors, 297 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 13 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.019811
Bfactors> 93 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.309 for 99 C-alpha atoms.
Bfactors> = 29.278 +/- 52.47
Bfactors> = 31.076 +/- 10.13
Bfactors> Shiftng-fct= 1.798
Bfactors> Scaling-fct= 0.193
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2604201115453819784.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2604201115453819784.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 203.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 206.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 224.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 227.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 293.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 341.8
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 365.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 380.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 409.9
%Rdmodfacs-Err> More than 106 vectors in file.
Chkmod> 106 vectors, 297 coordinates in file.
Chkmod> That is: 99 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 35 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 39 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 42 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 49 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 56 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.0135
0.0034 0.0683
0.0034 0.7595
0.0034 0.7225
0.0034 0.0388
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2604201115453819784 7 -20 20 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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2604201115453819784.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2604201115453819784.eigenfacs
2604201115453819784.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2604201115453819784.eigenfacs
2604201115453819784.atom
making animated gifs
3 models are in 2604201115453819784.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2604201115453819784 8 -20 20 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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calculating perturbed structure for DQ=20
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making thumbnail 100x100
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getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2604201115453819784 9 -20 20 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2604201115453819784 10 -20 20 20 on 0
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generate a series of perturbations for mode 10
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making thumbnail 100x100
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getting mode 11
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generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 2604201115453819784 12 -20 20 20 on 0
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generate a series of perturbations for mode 12
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
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getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 2604201115453819784 13 -20 20 20 on 0
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
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getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 2604201115453819784 14 -20 20 20 on 0
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generate a series of perturbations for mode 14
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604201115453819784.14.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
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getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 2604201115453819784 15 -20 20 20 on 0
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
3 models are in 2604201115453819784.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
3 models are in 2604201115453819784.15.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 2604201115453819784 16 -20 20 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
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