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* tRNAUUG_Mg *

LOGs for ID: 2605121335302128955

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2605121335302128955.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2605121335302128955.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2605121335302128955.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =     74
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     74
            Number of atoms found    =   1570
            Mean number per residue  =     21.2

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =     2.307348 +/-    14.702951 From:   -36.984000 To:    29.431000
 =     0.554790 +/-     8.613678 From:   -24.062000 To:    17.973000
 =     0.812525 +/-    15.187484 From:   -27.804000 To:    40.751000
 Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'A   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........

%Pdbmat-W>     74 residue(s) not known.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   4.8459 % Filled.
 Pdbmat>       537624  non-zero elements.
 Pdbmat>        58696 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     74.77 +/-     24.25
         Maximum number =    133
         Minimum number =     17

 Pdbmat> Matrix trace   = 1.173920E+06
 Pdbmat> Larger element =  507.756    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
74 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2605121335302128955.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2605121335302128955.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2605121335302128955.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>  1570 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>    74 residues.
 Blocpdb>    23 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    23 atoms in block      2
 Block first atom:     24
 Blocpdb>    23 atoms in block      3
 Block first atom:     47
 Blocpdb>    23 atoms in block      4
 Block first atom:     70
 Blocpdb>    22 atoms in block      5
 Block first atom:     93
 Blocpdb>    20 atoms in block      6
 Block first atom:    115
 Blocpdb>    22 atoms in block      7
 Block first atom:    135
 Blocpdb>    20 atoms in block      8
 Block first atom:    157
 Blocpdb>    23 atoms in block      9
 Block first atom:    177
 Blocpdb>    23 atoms in block     10
 Block first atom:    200
 Blocpdb>    20 atoms in block     11
 Block first atom:    223
 Blocpdb>    23 atoms in block     12
 Block first atom:    243
 Blocpdb>    20 atoms in block     13
 Block first atom:    266
 Blocpdb>    22 atoms in block     14
 Block first atom:    286
 Blocpdb>    22 atoms in block     15
 Block first atom:    308
 Blocpdb>    20 atoms in block     16
 Block first atom:    330
 Blocpdb>    23 atoms in block     17
 Block first atom:    350
 Blocpdb>    23 atoms in block     18
 Block first atom:    373
 Blocpdb>    20 atoms in block     19
 Block first atom:    396
 Blocpdb>    22 atoms in block     20
 Block first atom:    416
 Blocpdb>    23 atoms in block     21
 Block first atom:    438
 Blocpdb>    20 atoms in block     22
 Block first atom:    461
 Blocpdb>    22 atoms in block     23
 Block first atom:    481
 Blocpdb>    20 atoms in block     24
 Block first atom:    503
 Blocpdb>    22 atoms in block     25
 Block first atom:    523
 Blocpdb>    22 atoms in block     26
 Block first atom:    545
 Blocpdb>    20 atoms in block     27
 Block first atom:    567
 Blocpdb>    22 atoms in block     28
 Block first atom:    587
 Blocpdb>    23 atoms in block     29
 Block first atom:    609
 Blocpdb>    22 atoms in block     30
 Block first atom:    632
 Blocpdb>    20 atoms in block     31
 Block first atom:    654
 Blocpdb>    20 atoms in block     32
 Block first atom:    674
 Blocpdb>    20 atoms in block     33
 Block first atom:    694
 Blocpdb>    20 atoms in block     34
 Block first atom:    714
 Blocpdb>    23 atoms in block     35
 Block first atom:    734
 Blocpdb>    23 atoms in block     36
 Block first atom:    757
 Blocpdb>    20 atoms in block     37
 Block first atom:    780
 Blocpdb>    20 atoms in block     38
 Block first atom:    800
 Blocpdb>    20 atoms in block     39
 Block first atom:    820
 Blocpdb>    20 atoms in block     40
 Block first atom:    840
 Blocpdb>    23 atoms in block     41
 Block first atom:    860
 Blocpdb>    20 atoms in block     42
 Block first atom:    883
 Blocpdb>    20 atoms in block     43
 Block first atom:    903
 Blocpdb>    20 atoms in block     44
 Block first atom:    923
 Blocpdb>    23 atoms in block     45
 Block first atom:    943
 Blocpdb>    20 atoms in block     46
 Block first atom:    966
 Blocpdb>    20 atoms in block     47
 Block first atom:    986
 Blocpdb>    20 atoms in block     48
 Block first atom:   1006
 Blocpdb>    22 atoms in block     49
 Block first atom:   1026
 Blocpdb>    23 atoms in block     50
 Block first atom:   1048
 Blocpdb>    23 atoms in block     51
 Block first atom:   1071
 Blocpdb>    20 atoms in block     52
 Block first atom:   1094
 Blocpdb>    20 atoms in block     53
 Block first atom:   1114
 Blocpdb>    20 atoms in block     54
 Block first atom:   1134
 Blocpdb>    23 atoms in block     55
 Block first atom:   1154
 Blocpdb>    22 atoms in block     56
 Block first atom:   1177
 Blocpdb>    22 atoms in block     57
 Block first atom:   1199
 Blocpdb>    20 atoms in block     58
 Block first atom:   1221
 Blocpdb>    20 atoms in block     59
 Block first atom:   1241
 Blocpdb>    20 atoms in block     60
 Block first atom:   1261
 Blocpdb>    20 atoms in block     61
 Block first atom:   1281
 Blocpdb>    20 atoms in block     62
 Block first atom:   1301
 Blocpdb>    23 atoms in block     63
 Block first atom:   1321
 Blocpdb>    20 atoms in block     64
 Block first atom:   1344
 Blocpdb>    22 atoms in block     65
 Block first atom:   1364
 Blocpdb>    20 atoms in block     66
 Block first atom:   1386
 Blocpdb>    20 atoms in block     67
 Block first atom:   1406
 Blocpdb>    20 atoms in block     68
 Block first atom:   1426
 Blocpdb>    20 atoms in block     69
 Block first atom:   1446
 Blocpdb>    20 atoms in block     70
 Block first atom:   1466
 Blocpdb>    23 atoms in block     71
 Block first atom:   1486
 Blocpdb>    20 atoms in block     72
 Block first atom:   1509
 Blocpdb>    20 atoms in block     73
 Block first atom:   1529
 Blocpdb>    22 atoms in block     74
 Block first atom:   1548

 Blocpdb>    74 blocks.

 Blocpdb> At most,     23 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,    20 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       537698 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       4710

 Prepmat> Matrix trace    =    1173920.0000
 Prepmat> Last element read:    4710   4710       126.0340
 Prepmat>         2776 lines saved.
 Prepmat>         2298 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:  1570
 RTB> Total mass =        1570.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:  1570
 RTB> Number of blocks =    74
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =   85709.6247
 RTB>     16062 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      444
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    16062
 Diagstd> Projected matrix trace =   85709.6247

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    444 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues =  85709.6247
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.0705485      0.1687408      0.2532178      0.3858340
      0.4845856      0.6285288      0.8030159      1.1084032      1.7020190
      1.8389694      2.1676040      2.4883994      3.2310772      3.6582873
      4.2709688      5.4250005      5.8279694      6.4940940      7.1785556
      8.1601332      9.0408546      9.6349055     10.5784463     11.7970621
     12.0678032     12.6511497     13.9673646     14.9173983     15.0567925
     16.4643591     16.6139100     18.6102385     18.7123744     19.2082521
     20.4632052     20.8900560     22.1420212     22.7384564     23.6147920
     24.8928715     26.5389671     27.0039219     28.1879462     28.5506719
     30.0905407     30.2650428     30.5275533     31.1033503     31.6234819
     32.1265957     32.9698776     34.1522706     35.5005986     35.7720066
     36.5335067     37.3899034     37.9742683     39.4283766     39.7173302
     40.1679466     40.9003739     42.0438997     42.6799223     44.2156518
     45.2823936     45.7247338     46.7128745     47.6461736     49.0211167
     49.3889381     50.6478834     51.6308245     52.0962153     52.8057929
     54.1839860     54.7537851     55.4727307     56.4189494     57.5250972
     58.1662968     59.1611199     60.0396148     60.2792157     61.6317312
     61.8367422     62.1676655     62.9031146     63.3798301     63.9603987
     65.4046271     65.9811139     67.4920232     68.3820883     68.7852596
     70.9566168     71.2969629     72.0552642     73.4592158     74.2073576
     74.8797105

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034324      0.0034326      0.0034336      0.0034342      0.0034346
      0.0034350     28.8429250     44.6072399     54.6439906     67.4521065
     75.5928158     86.0910255     97.3099725    114.3257759    141.6698660
    147.2592306    159.8767279    171.2991959    195.1951174    207.6988940
    224.4184100    252.9269868    262.1524438    276.7289304    290.9469537
    310.2015068    326.5126580    337.0691537    353.1882315    372.9771389
    377.2327507    386.2426940    405.8378186    419.4129382    421.3679628
    440.6235400    442.6201768    468.4586356    469.7423639    475.9257513
    491.2268645    496.3237784    510.9800107    517.8163634    527.7003017
    541.7922380    559.4190971    564.2982484    576.5367517    580.2343651
    595.6762384    597.4009739    599.9862249    605.6181270    610.6609136
    615.4994009    623.5251097    634.6073121    647.0131666    649.4817187
    656.3582686    664.0066847    669.1754311    681.8670872    684.3610818
    688.2323706    694.4786824    704.1201555    709.4259822    722.0766416
    730.7350986    734.2955107    742.1873994    749.5649920    760.3033082
    763.1503796    772.8156898    780.2788058    783.7875613    789.1073058
    799.3385446    803.5304775    808.7886585    815.6573942    823.6144566
    828.1919175    835.2442095    841.4227087    843.0999756    852.5060381
    853.9227435    856.2046061    861.2542046    864.5115814    868.4620819
    878.2123038    882.0741640    892.1163604    897.9795780    900.6228689
    914.7274890    916.9186267    921.7818187    930.7186664    935.4460895
    939.6743206

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =   1570
 Rtb_to_modes> Number of blocs =     74

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9911E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9922E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9979E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0002E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0006E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  7.0549E-02

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.1687    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.2532    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.3858    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.4846    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.6285    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.8030    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.108    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.702    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.839    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.168    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.488    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.231    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.658    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.271    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    22
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.425    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    23
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.828    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    24
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.494    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    25
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.179    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.160    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    27
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.041    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    28
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.635    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.58    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.80    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.92    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.06    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.46    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.61    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.61    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.21    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.46    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.89    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.74    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    45
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.61    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    46
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   24.89    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.54    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    48
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.19    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.55    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.53    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.62    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   34.15    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.50    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.77    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.53    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.43    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.72    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.17    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.90    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.22    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.28    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.72    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.02    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.81    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.75    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.47    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.42    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.53    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.17    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.16    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.28    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.84    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.17    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.90    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   65.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   65.98    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   67.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   68.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   68.79    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   70.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   71.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   72.06    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   73.46    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.21    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.88    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    444 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 0.99998 1.00004 1.00000 0.99999 0.99998
 1.00002 1.00000 0.99997 0.99999 0.99998
 1.00001 0.99999 0.99997 1.00000 0.99997
 0.99998 0.99998 1.00001 1.00000 1.00003
 1.00002 0.99998 0.99996 0.99998 1.00001
 0.99997 0.99998 1.00000 0.99999 0.99997
 0.99998 0.99999 0.99998 1.00001 1.00001
 0.99997 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999
 0.99998 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000
 0.99999 1.00000 1.00003 1.00000 0.99999
 0.99998 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999
 0.99996 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
 1.00002 0.99998 0.99999 0.99998 1.00000
 1.00003 0.99996 0.99997 0.99998 1.00002
 0.99998 1.00000 1.00003 1.00001 0.99997
 1.00000 1.00000 1.00002 1.00004 1.00001
 1.00002 1.00004 1.00000 0.99998 1.00001
 0.99997 1.00000 1.00002 1.00003 1.00002
 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
 0.99998 0.99998 1.00002 0.99997 1.00000
 0.99999 0.99999 0.99997 1.00004 0.99999
 0.99999

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    28260 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 0.99998 1.00004 1.00000 0.99999 0.99998
 1.00002 1.00000 0.99997 0.99999 0.99998
 1.00001 0.99999 0.99997 1.00000 0.99997
 0.99998 0.99998 1.00001 1.00000 1.00003
 1.00002 0.99998 0.99996 0.99998 1.00001
 0.99997 0.99998 1.00000 0.99999 0.99997
 0.99998 0.99999 0.99998 1.00001 1.00001
 0.99997 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999
 0.99998 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000
 0.99999 1.00000 1.00003 1.00000 0.99999
 0.99998 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999
 0.99996 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
 1.00002 0.99998 0.99999 0.99998 1.00000
 1.00003 0.99996 0.99997 0.99998 1.00002
 0.99998 1.00000 1.00003 1.00001 0.99997
 1.00000 1.00000 1.00002 1.00004 1.00001
 1.00002 1.00004 1.00000 0.99998 1.00001
 0.99997 1.00000 1.00002 1.00003 1.00002
 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
 0.99998 0.99998 1.00002 0.99997 1.00000
 0.99999 0.99999 0.99997 1.00004 0.99999
 0.99999

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3:-0.000-0.000
 Vector   4: 0.000-0.000-0.000
 Vector   5: 0.000 0.000 0.000-0.000
 Vector   6: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
 Vector   7: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   8:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   9: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
 Vector  10: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2605121335302128955.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2605121335302128955.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2605121335302128955.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2605121335302128955.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =     74
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     74
            Number of atoms found    =   1570
            Mean number per residue  =     21.2

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9911E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9922E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9979E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0002E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0006E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  7.0549E-02

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.1687    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.2532    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.3858    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.4846    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.6285    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.8030    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.108    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.702    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.839    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.168    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.488    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.231    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.658    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.271    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.425    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.828    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.494    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.179    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.160    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.041    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.635    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.46    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.61    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.61    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.46    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.74    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.61    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.54    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.19    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.53    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.62    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.15    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.53    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.43    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.72    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.22    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.28    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.72    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.47    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.42    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.53    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.16    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.28    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.84    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   65.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   65.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   68.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   68.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   70.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   72.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   73.46    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.88    

 Bfactors>  106 vectors,   4710 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.070549
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

%Bfactors-Wn>     0 negative values found in the B-factors column of pdb file.
%Bfactors-Wn> So, only mass-weighted predicted B-factors will be saved.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2605121335302128955.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2605121335302128955.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4323E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4325E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4335E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4342E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4345E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4348E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   28.84    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   44.60    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   54.64    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   67.45    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   75.59    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   86.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   97.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   114.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   141.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   147.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   159.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   171.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   195.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   207.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   224.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   252.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   262.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   276.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   290.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   310.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   326.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   337.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   353.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   373.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   377.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   386.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   405.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   419.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   421.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   440.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   442.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   468.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   469.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   475.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   491.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   496.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   510.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   517.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   527.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   541.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   559.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   564.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   576.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   580.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   595.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   597.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   600.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   605.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   610.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   615.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   623.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   634.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   647.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   656.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   664.0    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   669.1    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   742.1    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   900.6    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   921.8    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   930.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   935.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   939.6    

 Chkmod>  106 vectors,   4710 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:   1570 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.9807
      0.0034      0.6072
      0.0034      0.6471
      0.0034      0.9213
      0.0034      0.7794
      0.0034      0.8472
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     44.5999      0.3941
     54.6397      0.4974
     67.4462      0.4936
     75.5907      0.3189
     86.0854      0.3921
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2605121335302128955 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2605121335302128955.eigenfacs
2605121335302128955.atom
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2605121335302128955.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
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2605121335302128955.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2605121335302128955.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605121335302128955.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605121335302128955.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2605121335302128955 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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making animated gifs
11 models are in 2605121335302128955.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605121335302128955.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605121335302128955.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2605121335302128955 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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making animated gifs
11 models are in 2605121335302128955.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2605121335302128955 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2605121335302128955.atom
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605121335302128955.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2605121335302128955 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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2605121335302128955.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m2.484s
user	0m2.433s
sys	0m0.048s
rm: cannot remove '2605121335302128955.sdijf': No such file or directory
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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