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* tRNACUG *

LOGs for ID: 2605121351492136673

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2605121351492136673.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2605121351492136673.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2605121351492136673.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =     74
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     74
            Number of atoms found    =   1572
            Mean number per residue  =     21.2

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =    -1.580394 +/-    10.517332 From:   -24.536000 To:    24.719000
 =    -0.684866 +/-    14.214118 From:   -26.609000 To:    32.089000
 =     0.377710 +/-    14.571445 From:   -35.078000 To:    28.032000
 Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'U   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'C   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........

%Pdbmat-W>     74 residue(s) not known.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   4.9429 % Filled.
 Pdbmat>       549785  non-zero elements.
 Pdbmat>        60052 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     76.40 +/-     24.01
         Maximum number =    140
         Minimum number =     23

 Pdbmat> Matrix trace   = 1.201040E+06
 Pdbmat> Larger element =  524.687    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
74 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2605121351492136673.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2605121351492136673.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2605121351492136673.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>  1572 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>    74 residues.
 Blocpdb>    21 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    23 atoms in block      2
 Block first atom:     22
 Blocpdb>    23 atoms in block      3
 Block first atom:     45
 Blocpdb>    23 atoms in block      4
 Block first atom:     68
 Blocpdb>    23 atoms in block      5
 Block first atom:     91
 Blocpdb>    20 atoms in block      6
 Block first atom:    114
 Blocpdb>    22 atoms in block      7
 Block first atom:    134
 Blocpdb>    20 atoms in block      8
 Block first atom:    156
 Blocpdb>    20 atoms in block      9
 Block first atom:    176
 Blocpdb>    23 atoms in block     10
 Block first atom:    196
 Blocpdb>    20 atoms in block     11
 Block first atom:    219
 Blocpdb>    20 atoms in block     12
 Block first atom:    239
 Blocpdb>    20 atoms in block     13
 Block first atom:    259
 Blocpdb>    22 atoms in block     14
 Block first atom:    279
 Blocpdb>    22 atoms in block     15
 Block first atom:    301
 Blocpdb>    20 atoms in block     16
 Block first atom:    323
 Blocpdb>    23 atoms in block     17
 Block first atom:    343
 Blocpdb>    23 atoms in block     18
 Block first atom:    366
 Blocpdb>    20 atoms in block     19
 Block first atom:    389
 Blocpdb>    22 atoms in block     20
 Block first atom:    409
 Blocpdb>    23 atoms in block     21
 Block first atom:    431
 Blocpdb>    23 atoms in block     22
 Block first atom:    454
 Blocpdb>    22 atoms in block     23
 Block first atom:    477
 Blocpdb>    20 atoms in block     24
 Block first atom:    499
 Blocpdb>    23 atoms in block     25
 Block first atom:    519
 Blocpdb>    20 atoms in block     26
 Block first atom:    542
 Blocpdb>    20 atoms in block     27
 Block first atom:    562
 Blocpdb>    23 atoms in block     28
 Block first atom:    582
 Blocpdb>    23 atoms in block     29
 Block first atom:    605
 Blocpdb>    20 atoms in block     30
 Block first atom:    628
 Blocpdb>    20 atoms in block     31
 Block first atom:    648
 Blocpdb>    20 atoms in block     32
 Block first atom:    668
 Blocpdb>    20 atoms in block     33
 Block first atom:    688
 Blocpdb>    20 atoms in block     34
 Block first atom:    708
 Blocpdb>    23 atoms in block     35
 Block first atom:    728
 Blocpdb>    23 atoms in block     36
 Block first atom:    751
 Blocpdb>    20 atoms in block     37
 Block first atom:    774
 Blocpdb>    22 atoms in block     38
 Block first atom:    794
 Blocpdb>    20 atoms in block     39
 Block first atom:    816
 Blocpdb>    20 atoms in block     40
 Block first atom:    836
 Blocpdb>    23 atoms in block     41
 Block first atom:    856
 Blocpdb>    20 atoms in block     42
 Block first atom:    879
 Blocpdb>    20 atoms in block     43
 Block first atom:    899
 Blocpdb>    22 atoms in block     44
 Block first atom:    919
 Blocpdb>    22 atoms in block     45
 Block first atom:    941
 Blocpdb>    20 atoms in block     46
 Block first atom:    963
 Blocpdb>    20 atoms in block     47
 Block first atom:    983
 Blocpdb>    22 atoms in block     48
 Block first atom:   1003
 Blocpdb>    22 atoms in block     49
 Block first atom:   1025
 Blocpdb>    23 atoms in block     50
 Block first atom:   1047
 Blocpdb>    23 atoms in block     51
 Block first atom:   1070
 Blocpdb>    20 atoms in block     52
 Block first atom:   1093
 Blocpdb>    20 atoms in block     53
 Block first atom:   1113
 Blocpdb>    20 atoms in block     54
 Block first atom:   1133
 Blocpdb>    23 atoms in block     55
 Block first atom:   1153
 Blocpdb>    22 atoms in block     56
 Block first atom:   1176
 Blocpdb>    23 atoms in block     57
 Block first atom:   1198
 Blocpdb>    20 atoms in block     58
 Block first atom:   1221
 Blocpdb>    20 atoms in block     59
 Block first atom:   1241
 Blocpdb>    20 atoms in block     60
 Block first atom:   1261
 Blocpdb>    20 atoms in block     61
 Block first atom:   1281
 Blocpdb>    20 atoms in block     62
 Block first atom:   1301
 Blocpdb>    23 atoms in block     63
 Block first atom:   1321
 Blocpdb>    20 atoms in block     64
 Block first atom:   1344
 Blocpdb>    22 atoms in block     65
 Block first atom:   1364
 Blocpdb>    20 atoms in block     66
 Block first atom:   1386
 Blocpdb>    20 atoms in block     67
 Block first atom:   1406
 Blocpdb>    20 atoms in block     68
 Block first atom:   1426
 Blocpdb>    20 atoms in block     69
 Block first atom:   1446
 Blocpdb>    22 atoms in block     70
 Block first atom:   1466
 Blocpdb>    23 atoms in block     71
 Block first atom:   1488
 Blocpdb>    20 atoms in block     72
 Block first atom:   1511
 Blocpdb>    20 atoms in block     73
 Block first atom:   1531
 Blocpdb>    22 atoms in block     74
 Block first atom:   1550

 Blocpdb>    74 blocks.

 Blocpdb> At most,     23 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,    20 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       549859 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       4716

 Prepmat> Matrix trace    =    1201040.0000
 Prepmat> Last element read:    4716   4716       182.8483
 Prepmat>         2776 lines saved.
 Prepmat>         2297 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:  1572
 RTB> Total mass =        1572.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:  1572
 RTB> Number of blocks =    74
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =   88307.1273
 RTB>     16098 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      444
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    16098
 Diagstd> Projected matrix trace =   88307.1273

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    444 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues =  88307.1273
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.0764301      0.1983173      0.3119511      0.4253557
      0.5412838      0.6229732      1.1194918      1.3126731      1.8032232
      2.0715979      2.5902519      3.1434691      3.8081739      4.4667020
      5.0229681      5.2906459      6.4501387      7.4317285      8.5635880
      9.1200089     10.7768649     11.2978184     12.1622593     13.4972098
     14.2386591     15.1397130     16.0443785     17.6310522     18.2606476
     18.8741410     19.9393611     20.1225033     21.2642707     21.9354003
     23.2814130     24.1209588     25.8470809     26.4520970     28.2975629
     29.5960620     30.3108519     30.6566099     31.0796454     31.6343668
     32.4033860     32.9209929     33.9569017     34.6988737     35.2657891
     36.4540149     36.9528149     38.2053629     38.5543087     39.6404009
     40.5971887     41.4773486     42.5130399     44.0495037     44.3438704
     44.4997287     45.5163516     46.7843395     47.8093630     49.1718998
     49.8225380     50.9507924     51.9150847     53.0363140     53.4090484
     53.7964657     54.8585526     56.1848031     56.6775467     57.0460022
     58.7655665     59.0936786     59.7436700     60.1023450     60.5099748
     62.0664982     62.4044048     63.0626519     64.2869013     65.0252122
     67.6936570     67.8614026     69.5862532     70.2376775     70.7011821
     71.8301420     72.4634771     72.9348997     74.0852515     75.3363954
     76.5144229     77.5935150     77.9439965     78.3900327     79.7307605
     81.0979097

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034334      0.0034334      0.0034335      0.0034339      0.0034342
      0.0034344     30.0211531     48.3588072     60.6510771     70.8225250
     79.8928293     85.7096951    114.8962176    124.4152356    145.8209818
    156.2960516    174.7697574    192.5306512    211.9110818    229.5032122
    243.3747354    249.7753787    275.7908211    296.0330493    317.7775137
    327.9388815    356.4851967    364.9997576    378.7061954    398.9489066
    409.7602499    422.5266446    434.9674207    455.9680329    464.0378097
    471.7684330    484.8985651    487.1203619    500.7495030    508.5902882
    523.9621893    533.3257636    552.0787500    558.5027725    577.6566763
    590.7615820    597.8529159    601.2531210    605.3873029    610.7660001
    618.1451663    623.0626858    632.7895655    639.6655607    644.8698659
    655.6438076    660.1141516    671.2084958    674.2667448    683.6979840
    691.8998884    699.3599746    708.0376640    720.7186991    723.1228393
    724.3925277    732.6203910    742.7549099    750.8475346    761.4717116
    766.4930194    775.1232278    782.4238201    790.8278346    793.6019024
    796.4750076    804.2988592    813.9630903    817.5245477    820.1775688
    832.4472901    834.7680017    839.3463937    841.8621590    844.7121995
    855.5076586    857.8333036    862.3456857    870.6759062    875.6613259
    893.4479742    894.5542761    905.8514977    910.0816372    913.0795535
    920.3407309    924.3892046    927.3912100    934.6761481    942.5354608
    949.8760415    956.5506986    958.7085825    961.4477849    969.6348887
    977.9127543

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =   1572
 Rtb_to_modes> Number of blocs =     74

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9965E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9968E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9973E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9998E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0002E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0002E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  7.6430E-02

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.1983    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.3120    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.4254    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.5413    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.6230    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.119    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.313    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.803    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.072    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.590    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.143    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.808    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.467    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.023    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    22
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.291    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    23
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.450    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    24
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.432    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    25
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.564    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.120    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    27
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.78    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    28
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.16    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.50    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   17.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.26    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.87    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.12    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.26    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.28    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   24.12    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.85    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.45    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    45
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    46
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.60    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.31    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    48
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.66    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.08    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.63    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.92    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   34.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.45    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.21    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.55    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.64    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.60    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.34    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.50    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.52    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.78    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.81    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.17    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.82    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.92    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.41    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.80    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.86    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.77    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.74    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.06    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.29    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   65.03    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   67.69    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   67.86    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   69.59    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   70.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   70.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   71.83    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   72.46    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   72.93    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   75.34    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   76.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   77.59    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   77.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   78.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   79.73    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   81.10    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    444 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 1.00003
 1.00002 1.00001 1.00003 1.00001 1.00001
 0.99997 1.00001 1.00001 0.99999 0.99998
 0.99999 0.99998 1.00002 1.00000 0.99998
 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00002
 1.00003 0.99999 0.99998 1.00001 1.00003
 0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999
 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002
 1.00000 0.99999 1.00001 0.99996 1.00001
 0.99999 1.00002 0.99998 0.99996 1.00000
 1.00000 1.00000 0.99998 0.99997 1.00003
 1.00000 0.99999 1.00000 0.99996 1.00002
 1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002
 1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 1.00002
 1.00000 1.00003 0.99999 1.00001 0.99997
 0.99999 0.99999 1.00001 0.99997 0.99997
 0.99998 0.99999 1.00004 1.00001 1.00003
 1.00003 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000
 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999
 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 0.99996
 0.99998 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001
 1.00002

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    28296 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 1.00003
 1.00002 1.00001 1.00003 1.00001 1.00001
 0.99997 1.00001 1.00001 0.99999 0.99998
 0.99999 0.99998 1.00002 1.00000 0.99998
 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00002
 1.00003 0.99999 0.99998 1.00001 1.00003
 0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999
 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002
 1.00000 0.99999 1.00001 0.99996 1.00001
 0.99999 1.00002 0.99998 0.99996 1.00000
 1.00000 1.00000 0.99998 0.99997 1.00003
 1.00000 0.99999 1.00000 0.99996 1.00002
 1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002
 1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 1.00002
 1.00000 1.00003 0.99999 1.00001 0.99997
 0.99999 0.99999 1.00001 0.99997 0.99997
 0.99998 0.99999 1.00004 1.00001 1.00003
 1.00003 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000
 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999
 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 0.99996
 0.99998 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001
 1.00002

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2:-0.000
 Vector   3: 0.000-0.000
 Vector   4:-0.000 0.000 0.000
 Vector   5:-0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector   6:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector   8:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector   9:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
 Vector  10:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2605121351492136673.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2605121351492136673.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2605121351492136673.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2605121351492136673.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =     74
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     74
            Number of atoms found    =   1572
            Mean number per residue  =     21.2

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9965E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9968E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9973E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9998E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0002E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0002E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  7.6430E-02

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.1983    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.3120    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.4254    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.5413    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.6230    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.119    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.313    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.803    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.072    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.590    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.143    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.808    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.467    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.023    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.291    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.450    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.432    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.564    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.120    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.78    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.16    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   17.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.87    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.28    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.85    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.45    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.60    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.31    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.66    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.63    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.45    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.64    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.60    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.34    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.52    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.78    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.81    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.82    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.74    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   65.03    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   69.59    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   70.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   70.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.83    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   72.46    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   72.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   75.34    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   76.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   77.59    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   77.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   78.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   79.73    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.10    

 Bfactors>  106 vectors,   4716 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.076430
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

%Bfactors-Wn>     0 negative values found in the B-factors column of pdb file.
%Bfactors-Wn> So, only mass-weighted predicted B-factors will be saved.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2605121351492136673.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2605121351492136673.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4332E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4333E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4333E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4342E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4342E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   30.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   48.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   60.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   70.82    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   79.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   85.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   114.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   124.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   145.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   156.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   174.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   192.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   211.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   229.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   243.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   249.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   275.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   296.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   317.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   327.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   356.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   365.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   378.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   399.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   409.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   422.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   434.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   455.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   464.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   471.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   484.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   487.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   500.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   508.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   523.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   533.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   552.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   558.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   577.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   590.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   597.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   601.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   605.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   610.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   618.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   623.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   632.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   639.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   644.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   655.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   660.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   671.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   674.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   691.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   699.4    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   708.0    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   724.4    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   782.4    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   942.5    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   961.4    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   969.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   977.9    

 Chkmod>  106 vectors,   4716 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:   1572 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.7239
      0.0034      0.7231
      0.0034      0.6438
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      0.0034      0.8322
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     48.3546      0.3856
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     70.8232      0.4488
     79.8906      0.5824
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2605121351492136673 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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2605121351492136673.eigenfacs
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2605121351492136673.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2605121351492136673.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605121351492136673.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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11 models are in 2605121351492136673.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2605121351492136673 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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making animated gifs
11 models are in 2605121351492136673.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605121351492136673.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605121351492136673.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2605121351492136673 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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making animated gifs
11 models are in 2605121351492136673.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2605121351492136673 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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11 models are in 2605121351492136673.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2605121351492136673 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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2605121351492136673.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m2.458s
user	0m2.408s
sys	0m0.049s
rm: cannot remove '2605121351492136673.sdijf': No such file or directory
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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