***  LRRK2_7LI4_R1441C  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2605160929253032129.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2605160929253032129.atom to be opened.
Openam> File opened: 2605160929253032129.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1795
First residue number = 558
Last residue number = 2527
Number of atoms found = 14105
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 174.472458 +/- 20.810884 From: 128.501000 To: 235.962000
= 221.161837 +/- 20.821604 From: 170.335000 To: 275.584000
= 198.416653 +/- 32.657509 From: 122.728000 To: 257.408000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.5709 % Filled.
Pdbmat> 5111430 non-zero elements.
Pdbmat> 558610 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 79.21 +/- 21.15
Maximum number = 126
Minimum number = 8
Pdbmat> Matrix trace = 1.117220E+07
Pdbmat> Larger element = 480.769
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1795 non-zero elements, NRBL set to 9
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2605160929253032129.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 9
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2605160929253032129.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2605160929253032129.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 14105 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 9 residue(s) per block.
Blocpdb> 1795 residues.
Blocpdb> 64 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 68 atoms in block 2
Block first atom: 65
Blocpdb> 13 atoms in block 3
Block first atom: 133
Blocpdb> 60 atoms in block 4
Block first atom: 146
Blocpdb> 65 atoms in block 5
Block first atom: 206
Blocpdb> 61 atoms in block 6
Block first atom: 271
Blocpdb> 16 atoms in block 7
Block first atom: 332
Blocpdb> 63 atoms in block 8
Block first atom: 348
Blocpdb> 75 atoms in block 9
Block first atom: 411
Blocpdb> 67 atoms in block 10
Block first atom: 486
Blocpdb> 67 atoms in block 11
Block first atom: 553
Blocpdb> 70 atoms in block 12
Block first atom: 620
Blocpdb> 79 atoms in block 13
Block first atom: 690
Blocpdb> 71 atoms in block 14
Block first atom: 769
Blocpdb> 76 atoms in block 15
Block first atom: 840
Blocpdb> 62 atoms in block 16
Block first atom: 916
Blocpdb> 70 atoms in block 17
Block first atom: 978
Blocpdb> 66 atoms in block 18
Block first atom: 1048
Blocpdb> 70 atoms in block 19
Block first atom: 1114
Blocpdb> 58 atoms in block 20
Block first atom: 1184
Blocpdb> 60 atoms in block 21
Block first atom: 1242
Blocpdb> 70 atoms in block 22
Block first atom: 1302
Blocpdb> 68 atoms in block 23
Block first atom: 1372
Blocpdb> 73 atoms in block 24
Block first atom: 1440
Blocpdb> 62 atoms in block 25
Block first atom: 1513
Blocpdb> 76 atoms in block 26
Block first atom: 1575
Blocpdb> 60 atoms in block 27
Block first atom: 1651
Blocpdb> 60 atoms in block 28
Block first atom: 1711
Blocpdb> 70 atoms in block 29
Block first atom: 1771
Blocpdb> 75 atoms in block 30
Block first atom: 1841
Blocpdb> 67 atoms in block 31
Block first atom: 1916
Blocpdb> 79 atoms in block 32
Block first atom: 1983
Blocpdb> 45 atoms in block 33
Block first atom: 2062
Blocpdb> 77 atoms in block 34
Block first atom: 2107
Blocpdb> 71 atoms in block 35
Block first atom: 2184
Blocpdb> 63 atoms in block 36
Block first atom: 2255
Blocpdb> 78 atoms in block 37
Block first atom: 2318
Blocpdb> 70 atoms in block 38
Block first atom: 2396
Blocpdb> 74 atoms in block 39
Block first atom: 2466
Blocpdb> 74 atoms in block 40
Block first atom: 2540
Blocpdb> 71 atoms in block 41
Block first atom: 2614
Blocpdb> 70 atoms in block 42
Block first atom: 2685
Blocpdb> 72 atoms in block 43
Block first atom: 2755
Blocpdb> 61 atoms in block 44
Block first atom: 2827
Blocpdb> 73 atoms in block 45
Block first atom: 2888
Blocpdb> 76 atoms in block 46
Block first atom: 2961
Blocpdb> 68 atoms in block 47
Block first atom: 3037
Blocpdb> 77 atoms in block 48
Block first atom: 3105
Blocpdb> 59 atoms in block 49
Block first atom: 3182
Blocpdb> 77 atoms in block 50
Block first atom: 3241
Blocpdb> 71 atoms in block 51
Block first atom: 3318
Blocpdb> 66 atoms in block 52
Block first atom: 3389
Blocpdb> 66 atoms in block 53
Block first atom: 3455
Blocpdb> 71 atoms in block 54
Block first atom: 3521
Blocpdb> 70 atoms in block 55
Block first atom: 3592
Blocpdb> 72 atoms in block 56
Block first atom: 3662
Blocpdb> 68 atoms in block 57
Block first atom: 3734
Blocpdb> 71 atoms in block 58
Block first atom: 3802
Blocpdb> 71 atoms in block 59
Block first atom: 3873
Blocpdb> 79 atoms in block 60
Block first atom: 3944
Blocpdb> 77 atoms in block 61
Block first atom: 4023
Blocpdb> 63 atoms in block 62
Block first atom: 4100
Blocpdb> 84 atoms in block 63
Block first atom: 4163
Blocpdb> 77 atoms in block 64
Block first atom: 4247
Blocpdb> 66 atoms in block 65
Block first atom: 4324
Blocpdb> 70 atoms in block 66
Block first atom: 4390
Blocpdb> 76 atoms in block 67
Block first atom: 4460
Blocpdb> 75 atoms in block 68
Block first atom: 4536
Blocpdb> 74 atoms in block 69
Block first atom: 4611
Blocpdb> 72 atoms in block 70
Block first atom: 4685
Blocpdb> 77 atoms in block 71
Block first atom: 4757
Blocpdb> 74 atoms in block 72
Block first atom: 4834
Blocpdb> 79 atoms in block 73
Block first atom: 4908
Blocpdb> 56 atoms in block 74
Block first atom: 4987
Blocpdb> 75 atoms in block 75
Block first atom: 5043
Blocpdb> 63 atoms in block 76
Block first atom: 5118
Blocpdb> 72 atoms in block 77
Block first atom: 5181
Blocpdb> 80 atoms in block 78
Block first atom: 5253
Blocpdb> 76 atoms in block 79
Block first atom: 5333
Blocpdb> 74 atoms in block 80
Block first atom: 5409
Blocpdb> 80 atoms in block 81
Block first atom: 5483
Blocpdb> 73 atoms in block 82
Block first atom: 5563
Blocpdb> 62 atoms in block 83
Block first atom: 5636
Blocpdb> 82 atoms in block 84
Block first atom: 5698
Blocpdb> 56 atoms in block 85
Block first atom: 5780
Blocpdb> 65 atoms in block 86
Block first atom: 5836
Blocpdb> 52 atoms in block 87
Block first atom: 5901
Blocpdb> 68 atoms in block 88
Block first atom: 5953
Blocpdb> 80 atoms in block 89
Block first atom: 6021
Blocpdb> 62 atoms in block 90
Block first atom: 6101
Blocpdb> 77 atoms in block 91
Block first atom: 6163
Blocpdb> 75 atoms in block 92
Block first atom: 6240
Blocpdb> 66 atoms in block 93
Block first atom: 6315
Blocpdb> 76 atoms in block 94
Block first atom: 6381
Blocpdb> 73 atoms in block 95
Block first atom: 6457
Blocpdb> 74 atoms in block 96
Block first atom: 6530
Blocpdb> 77 atoms in block 97
Block first atom: 6604
Blocpdb> 70 atoms in block 98
Block first atom: 6681
Blocpdb> 74 atoms in block 99
Block first atom: 6751
Blocpdb> 72 atoms in block 100
Block first atom: 6825
Blocpdb> 68 atoms in block 101
Block first atom: 6897
Blocpdb> 77 atoms in block 102
Block first atom: 6965
Blocpdb> 68 atoms in block 103
Block first atom: 7042
Blocpdb> 65 atoms in block 104
Block first atom: 7110
Blocpdb> 49 atoms in block 105
Block first atom: 7175
Blocpdb> 83 atoms in block 106
Block first atom: 7224
Blocpdb> 72 atoms in block 107
Block first atom: 7307
Blocpdb> 66 atoms in block 108
Block first atom: 7379
Blocpdb> 73 atoms in block 109
Block first atom: 7445
Blocpdb> 71 atoms in block 110
Block first atom: 7518
Blocpdb> 78 atoms in block 111
Block first atom: 7589
Blocpdb> 85 atoms in block 112
Block first atom: 7667
Blocpdb> 66 atoms in block 113
Block first atom: 7752
Blocpdb> 84 atoms in block 114
Block first atom: 7818
Blocpdb> 80 atoms in block 115
Block first atom: 7902
Blocpdb> 64 atoms in block 116
Block first atom: 7982
Blocpdb> 69 atoms in block 117
Block first atom: 8046
Blocpdb> 69 atoms in block 118
Block first atom: 8115
Blocpdb> 67 atoms in block 119
Block first atom: 8184
Blocpdb> 70 atoms in block 120
Block first atom: 8251
Blocpdb> 79 atoms in block 121
Block first atom: 8321
Blocpdb> 63 atoms in block 122
Block first atom: 8400
Blocpdb> 79 atoms in block 123
Block first atom: 8463
Blocpdb> 57 atoms in block 124
Block first atom: 8542
Blocpdb> 74 atoms in block 125
Block first atom: 8599
Blocpdb> 66 atoms in block 126
Block first atom: 8673
Blocpdb> 72 atoms in block 127
Block first atom: 8739
Blocpdb> 67 atoms in block 128
Block first atom: 8811
Blocpdb> 71 atoms in block 129
Block first atom: 8878
Blocpdb> 78 atoms in block 130
Block first atom: 8949
Blocpdb> 69 atoms in block 131
Block first atom: 9027
Blocpdb> 66 atoms in block 132
Block first atom: 9096
Blocpdb> 67 atoms in block 133
Block first atom: 9162
Blocpdb> 76 atoms in block 134
Block first atom: 9229
Blocpdb> 78 atoms in block 135
Block first atom: 9305
Blocpdb> 73 atoms in block 136
Block first atom: 9383
Blocpdb> 63 atoms in block 137
Block first atom: 9456
Blocpdb> 71 atoms in block 138
Block first atom: 9519
Blocpdb> 68 atoms in block 139
Block first atom: 9590
Blocpdb> 72 atoms in block 140
Block first atom: 9658
Blocpdb> 76 atoms in block 141
Block first atom: 9730
Blocpdb> 73 atoms in block 142
Block first atom: 9806
Blocpdb> 74 atoms in block 143
Block first atom: 9879
Blocpdb> 75 atoms in block 144
Block first atom: 9953
Blocpdb> 66 atoms in block 145
Block first atom: 10028
Blocpdb> 68 atoms in block 146
Block first atom: 10094
Blocpdb> 43 atoms in block 147
Block first atom: 10162
Blocpdb> 62 atoms in block 148
Block first atom: 10205
Blocpdb> 63 atoms in block 149
Block first atom: 10267
Blocpdb> 78 atoms in block 150
Block first atom: 10330
Blocpdb> 73 atoms in block 151
Block first atom: 10408
Blocpdb> 65 atoms in block 152
Block first atom: 10481
Blocpdb> 75 atoms in block 153
Block first atom: 10546
Blocpdb> 71 atoms in block 154
Block first atom: 10621
Blocpdb> 67 atoms in block 155
Block first atom: 10692
Blocpdb> 77 atoms in block 156
Block first atom: 10759
Blocpdb> 74 atoms in block 157
Block first atom: 10836
Blocpdb> 72 atoms in block 158
Block first atom: 10910
Blocpdb> 67 atoms in block 159
Block first atom: 10982
Blocpdb> 74 atoms in block 160
Block first atom: 11049
Blocpdb> 69 atoms in block 161
Block first atom: 11123
Blocpdb> 70 atoms in block 162
Block first atom: 11192
Blocpdb> 67 atoms in block 163
Block first atom: 11262
Blocpdb> 73 atoms in block 164
Block first atom: 11329
Blocpdb> 70 atoms in block 165
Block first atom: 11402
Blocpdb> 68 atoms in block 166
Block first atom: 11472
Blocpdb> 69 atoms in block 167
Block first atom: 11540
Blocpdb> 70 atoms in block 168
Block first atom: 11609
Blocpdb> 65 atoms in block 169
Block first atom: 11679
Blocpdb> 74 atoms in block 170
Block first atom: 11744
Blocpdb> 69 atoms in block 171
Block first atom: 11818
Blocpdb> 72 atoms in block 172
Block first atom: 11887
Blocpdb> 77 atoms in block 173
Block first atom: 11959
Blocpdb> 57 atoms in block 174
Block first atom: 12036
Blocpdb> 76 atoms in block 175
Block first atom: 12093
Blocpdb> 63 atoms in block 176
Block first atom: 12169
Blocpdb> 63 atoms in block 177
Block first atom: 12232
Blocpdb> 64 atoms in block 178
Block first atom: 12295
Blocpdb> 72 atoms in block 179
Block first atom: 12359
Blocpdb> 68 atoms in block 180
Block first atom: 12431
Blocpdb> 76 atoms in block 181
Block first atom: 12499
Blocpdb> 74 atoms in block 182
Block first atom: 12575
Blocpdb> 69 atoms in block 183
Block first atom: 12649
Blocpdb> 64 atoms in block 184
Block first atom: 12718
Blocpdb> 71 atoms in block 185
Block first atom: 12782
Blocpdb> 79 atoms in block 186
Block first atom: 12853
Blocpdb> 64 atoms in block 187
Block first atom: 12932
Blocpdb> 79 atoms in block 188
Block first atom: 12996
Blocpdb> 77 atoms in block 189
Block first atom: 13075
Blocpdb> 70 atoms in block 190
Block first atom: 13152
Blocpdb> 74 atoms in block 191
Block first atom: 13222
Blocpdb> 57 atoms in block 192
Block first atom: 13296
Blocpdb> 75 atoms in block 193
Block first atom: 13353
Blocpdb> 79 atoms in block 194
Block first atom: 13428
Blocpdb> 68 atoms in block 195
Block first atom: 13507
Blocpdb> 66 atoms in block 196
Block first atom: 13575
Blocpdb> 74 atoms in block 197
Block first atom: 13641
Blocpdb> 73 atoms in block 198
Block first atom: 13715
Blocpdb> 73 atoms in block 199
Block first atom: 13788
Blocpdb> 74 atoms in block 200
Block first atom: 13861
Blocpdb> 81 atoms in block 201
Block first atom: 13935
Blocpdb> 74 atoms in block 202
Block first atom: 14016
Blocpdb> 16 atoms in block 203
Block first atom: 14089
Blocpdb> 203 blocks.
Blocpdb> At most, 85 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 13 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 5111633 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 42315
Prepmat> Matrix trace = 11172200.0000
Prepmat> Last element read: 42315 42315 130.4897
Prepmat> 20707 lines saved.
Prepmat> 19206 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 14105
RTB> Total mass = 14105.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 14105
RTB> Number of blocks = 203
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 188565.0694
RTB> 50955 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1218
Diagstd> Nb of non-zero elements: 50955
Diagstd> Projected matrix trace = 188565.0694
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1218 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 188565.0694
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.1057662 0.1495300 0.2534370 0.2793762
0.3681729 0.5182272 0.7752427 0.8182785 1.1893500
1.3740247 1.5907671 1.7401190 1.8023651 2.1033734
2.3186459 2.4505383 2.7342088 2.9622396 3.0445318
3.2296474 3.4804685 3.7048079 3.9018600 4.0777799
4.2309431 4.5704056 4.7896191 4.9184976 5.2129154
5.3951523 5.5236162 5.5966159 5.8390073 6.2558103
6.3195354 6.4890027 6.7323960 6.8775223 7.1691595
7.3253889 7.6887643 7.9686011 8.0437012 8.1044980
8.4322350 8.6883572 8.8764973 9.0971304 9.3800299
9.5895491 9.7367596 9.9467738 10.5718584 11.0646451
11.3120343 11.3317232 11.5590047 11.7521556 11.9168082
12.1969157 12.3782807 12.6314460 12.7535600 13.0295007
13.2579003 13.9168849 14.1505058 14.1715724 14.6763471
14.9028075 15.4895281 15.6671929 15.8705649 16.3915380
16.6905593 16.7822278 16.8782538 17.0865432 17.2545024
17.5963966 17.7871622 18.0170306 18.4183379 18.5621698
18.6890964 18.9615548 19.3041983 19.5310741 19.8393185
20.1871010 20.2794092 20.5131755 20.7227044 20.8314763
21.3295104 21.7306569 22.0513632 22.3548494 22.6311093
22.7211706
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034308 0.0034335 0.0034336 0.0034338 0.0034342
0.0034345 35.3157789 41.9913155 54.6676389 57.3971045
65.8902512 78.1727457 95.6123765 98.2303873 118.4268315
127.2894889 136.9615237 143.2467432 145.7862848 157.4901776
165.3531599 169.9910403 179.5606301 186.8983085 189.4765809
195.1519244 202.5881944 209.0153225 214.5018897 219.2841134
223.3643572 232.1521197 237.6543495 240.8305145 247.9337330
252.2302282 255.2154878 256.8964069 262.4005791 271.6045643
272.9844172 276.6204339 281.7604990 284.7811786 290.7564786
293.9074697 301.1088738 306.5394148 307.9805180 309.1422329
315.3309736 320.0841088 323.5311431 327.5272883 332.5809665
336.2748385 338.8461090 342.4809353 353.0782365 361.2135427
365.2293216 365.5470290 369.1947366 372.2665770 374.8653123
379.2453736 382.0546099 385.9417976 387.8028494 391.9757208
395.3963487 405.1037830 408.4898422 408.7937996 416.0104759
419.2077722 427.3801764 429.8242121 432.6049386 439.6480317
443.6400294 444.8566495 446.1275433 448.8718652 451.0726545
455.5196867 457.9822145 460.9320309 466.0371073 467.8532503
469.4500963 472.8596459 477.1129072 479.9083923 483.6805846
487.9016175 489.0158436 491.8262765 494.3317402 495.6273962
501.5170749 506.2111506 509.9328632 513.4298976 516.5926239
517.6195026
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 14105
Rtb_to_modes> Number of blocs = 203
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9815E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9971E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9979E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1058
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1495
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2534
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2794
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3682
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5182
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7752
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8183
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.189
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.374
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.591
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.740
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.802
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.103
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.319
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.451
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.734
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.962
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.045
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.230
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.480
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.705
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.902
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.078
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.231
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.570
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.790
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.918
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.213
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.395
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.524
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.597
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.839
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.256
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.320
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.489
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.732
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.878
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.169
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.325
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.689
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.969
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.044
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.104
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.432
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.688
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.876
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.097
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.380
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.590
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.737
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.947
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.72
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1218 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998
1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 0.99998
1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999
0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000
0.99997 1.00003 1.00003 0.99999 1.00001
0.99998 0.99999 1.00002 1.00002 0.99998
1.00003 1.00000 1.00003 1.00001 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99998
0.99995 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000
1.00001 1.00003 0.99998 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999
1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 0.99995
0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998
1.00002 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00004
1.00001 1.00001 0.99999 0.99997 1.00002
1.00002 1.00000 1.00002 1.00001 0.99999
1.00002 1.00002 1.00002 1.00000 1.00001
0.99999 1.00001 0.99997 1.00001 1.00000
1.00003 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 253890 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998
1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 0.99998
1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999
0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000
0.99997 1.00003 1.00003 0.99999 1.00001
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1.00003 1.00000 1.00003 1.00001 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99998
0.99995 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000
1.00001 1.00003 0.99998 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999
1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 0.99995
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1.00002 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00004
1.00001 1.00001 0.99999 0.99997 1.00002
1.00002 1.00000 1.00002 1.00001 0.99999
1.00002 1.00002 1.00002 1.00000 1.00001
0.99999 1.00001 0.99997 1.00001 1.00000
1.00003 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2605160929253032129.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2605160929253032129.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2605160929253032129.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2605160929253032129.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1795
First residue number = 558
Last residue number = 2527
Number of atoms found = 14105
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9815E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9971E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9979E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9990E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1058
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1495
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2534
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2794
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3682
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5182
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7752
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8183
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.189
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.374
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.72
Bfactors> 106 vectors, 42315 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.105800
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.555 for 1795 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.049 +/- 0.06
Bfactors> = 46.424 +/- 23.92
Bfactors> Shiftng-fct= 46.374
Bfactors> Scaling-fct= 417.398
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2605160929253032129.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2605160929253032129.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
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Chkmod> 106 vectors, 42315 coordinates in file.
Chkmod> That is: 14105 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 65 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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getting mode 10
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605160929253032129.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605160929253032129.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2605160929253032129.10.pdb
2605160929253032129.11.pdb
2605160929253032129.7.pdb
2605160929253032129.8.pdb
2605160929253032129.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m46.384s
user 1m45.945s
sys 0m0.399s
rm: cannot remove '2605160929253032129.sdijf': No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
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