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***  LRRK2_7LI4_Y1699C  ***

LOGs for ID: 2605160946073035982

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2605160946073035982.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2605160946073035982.atom to be opened. Openam> File opened: 2605160946073035982.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1795 First residue number = 558 Last residue number = 2527 Number of atoms found = 14099 Mean number per residue = 7.9 Pdbmat> Coordinate statistics: = 174.465578 +/- 20.812632 From: 128.501000 To: 235.962000 = 221.171656 +/- 20.820605 From: 170.335000 To: 275.584000 = 198.435854 +/- 32.651183 From: 122.728000 To: 257.408000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 0.5710 % Filled. Pdbmat> 5107547 non-zero elements. Pdbmat> 558182 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 79.18 +/- 21.15 Maximum number = 126 Minimum number = 8 Pdbmat> Matrix trace = 1.116364E+07 Pdbmat> Larger element = 480.769 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 1795 non-zero elements, NRBL set to 9 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2605160946073035982.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 9 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2605160946073035982.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2605160946073035982.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 14099 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 9 residue(s) per block. Blocpdb> 1795 residues. Blocpdb> 64 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 68 atoms in block 2 Block first atom: 65 Blocpdb> 13 atoms in block 3 Block first atom: 133 Blocpdb> 60 atoms in block 4 Block first atom: 146 Blocpdb> 65 atoms in block 5 Block first atom: 206 Blocpdb> 61 atoms in block 6 Block first atom: 271 Blocpdb> 16 atoms in block 7 Block first atom: 332 Blocpdb> 63 atoms in block 8 Block first atom: 348 Blocpdb> 75 atoms in block 9 Block first atom: 411 Blocpdb> 67 atoms in block 10 Block first atom: 486 Blocpdb> 67 atoms in block 11 Block first atom: 553 Blocpdb> 70 atoms in block 12 Block first atom: 620 Blocpdb> 79 atoms in block 13 Block first atom: 690 Blocpdb> 71 atoms in block 14 Block first atom: 769 Blocpdb> 76 atoms in block 15 Block first atom: 840 Blocpdb> 62 atoms in block 16 Block first atom: 916 Blocpdb> 70 atoms in block 17 Block first atom: 978 Blocpdb> 66 atoms in block 18 Block first atom: 1048 Blocpdb> 70 atoms in block 19 Block first atom: 1114 Blocpdb> 58 atoms in block 20 Block first atom: 1184 Blocpdb> 60 atoms in block 21 Block first atom: 1242 Blocpdb> 70 atoms in block 22 Block first atom: 1302 Blocpdb> 68 atoms in block 23 Block first atom: 1372 Blocpdb> 73 atoms in block 24 Block first atom: 1440 Blocpdb> 62 atoms in block 25 Block first atom: 1513 Blocpdb> 76 atoms in block 26 Block first atom: 1575 Blocpdb> 60 atoms in block 27 Block first atom: 1651 Blocpdb> 60 atoms in block 28 Block first atom: 1711 Blocpdb> 70 atoms in block 29 Block first atom: 1771 Blocpdb> 75 atoms in block 30 Block first atom: 1841 Blocpdb> 67 atoms in block 31 Block first atom: 1916 Blocpdb> 79 atoms in block 32 Block first atom: 1983 Blocpdb> 45 atoms in block 33 Block first atom: 2062 Blocpdb> 77 atoms in block 34 Block first atom: 2107 Blocpdb> 71 atoms in block 35 Block first atom: 2184 Blocpdb> 63 atoms in block 36 Block first atom: 2255 Blocpdb> 78 atoms in block 37 Block first atom: 2318 Blocpdb> 70 atoms in block 38 Block first atom: 2396 Blocpdb> 74 atoms in block 39 Block first atom: 2466 Blocpdb> 74 atoms in block 40 Block first atom: 2540 Blocpdb> 71 atoms in block 41 Block first atom: 2614 Blocpdb> 70 atoms in block 42 Block first atom: 2685 Blocpdb> 72 atoms in block 43 Block first atom: 2755 Blocpdb> 61 atoms in block 44 Block first atom: 2827 Blocpdb> 73 atoms in block 45 Block first atom: 2888 Blocpdb> 76 atoms in block 46 Block first atom: 2961 Blocpdb> 68 atoms in block 47 Block first atom: 3037 Blocpdb> 77 atoms in block 48 Block first atom: 3105 Blocpdb> 59 atoms in block 49 Block first atom: 3182 Blocpdb> 77 atoms in block 50 Block first atom: 3241 Blocpdb> 71 atoms in block 51 Block first atom: 3318 Blocpdb> 66 atoms in block 52 Block first atom: 3389 Blocpdb> 66 atoms in block 53 Block first atom: 3455 Blocpdb> 71 atoms in block 54 Block first atom: 3521 Blocpdb> 70 atoms in block 55 Block first atom: 3592 Blocpdb> 72 atoms in block 56 Block first atom: 3662 Blocpdb> 68 atoms in block 57 Block first atom: 3734 Blocpdb> 71 atoms in block 58 Block first atom: 3802 Blocpdb> 71 atoms in block 59 Block first atom: 3873 Blocpdb> 79 atoms in block 60 Block first atom: 3944 Blocpdb> 77 atoms in block 61 Block first atom: 4023 Blocpdb> 63 atoms in block 62 Block first atom: 4100 Blocpdb> 84 atoms in block 63 Block first atom: 4163 Blocpdb> 77 atoms in block 64 Block first atom: 4247 Blocpdb> 66 atoms in block 65 Block first atom: 4324 Blocpdb> 70 atoms in block 66 Block first atom: 4390 Blocpdb> 76 atoms in block 67 Block first atom: 4460 Blocpdb> 75 atoms in block 68 Block first atom: 4536 Blocpdb> 74 atoms in block 69 Block first atom: 4611 Blocpdb> 72 atoms in block 70 Block first atom: 4685 Blocpdb> 77 atoms in block 71 Block first atom: 4757 Blocpdb> 74 atoms in block 72 Block first atom: 4834 Blocpdb> 79 atoms in block 73 Block first atom: 4908 Blocpdb> 56 atoms in block 74 Block first atom: 4987 Blocpdb> 75 atoms in block 75 Block first atom: 5043 Blocpdb> 63 atoms in block 76 Block first atom: 5118 Blocpdb> 72 atoms in block 77 Block first atom: 5181 Blocpdb> 80 atoms in block 78 Block first atom: 5253 Blocpdb> 76 atoms in block 79 Block first atom: 5333 Blocpdb> 74 atoms in block 80 Block first atom: 5409 Blocpdb> 80 atoms in block 81 Block first atom: 5483 Blocpdb> 73 atoms in block 82 Block first atom: 5563 Blocpdb> 62 atoms in block 83 Block first atom: 5636 Blocpdb> 82 atoms in block 84 Block first atom: 5698 Blocpdb> 56 atoms in block 85 Block first atom: 5780 Blocpdb> 65 atoms in block 86 Block first atom: 5836 Blocpdb> 52 atoms in block 87 Block first atom: 5901 Blocpdb> 68 atoms in block 88 Block first atom: 5953 Blocpdb> 80 atoms in block 89 Block first atom: 6021 Blocpdb> 62 atoms in block 90 Block first atom: 6101 Blocpdb> 77 atoms in block 91 Block first atom: 6163 Blocpdb> 75 atoms in block 92 Block first atom: 6240 Blocpdb> 66 atoms in block 93 Block first atom: 6315 Blocpdb> 76 atoms in block 94 Block first atom: 6381 Blocpdb> 73 atoms in block 95 Block first atom: 6457 Blocpdb> 74 atoms in block 96 Block first atom: 6530 Blocpdb> 77 atoms in block 97 Block first atom: 6604 Blocpdb> 70 atoms in block 98 Block first atom: 6681 Blocpdb> 74 atoms in block 99 Block first atom: 6751 Blocpdb> 72 atoms in block 100 Block first atom: 6825 Blocpdb> 68 atoms in block 101 Block first atom: 6897 Blocpdb> 77 atoms in block 102 Block first atom: 6965 Blocpdb> 68 atoms in block 103 Block first atom: 7042 Blocpdb> 65 atoms in block 104 Block first atom: 7110 Blocpdb> 49 atoms in block 105 Block first atom: 7175 Blocpdb> 83 atoms in block 106 Block first atom: 7224 Blocpdb> 72 atoms in block 107 Block first atom: 7307 Blocpdb> 66 atoms in block 108 Block first atom: 7379 Blocpdb> 73 atoms in block 109 Block first atom: 7445 Blocpdb> 71 atoms in block 110 Block first atom: 7518 Blocpdb> 72 atoms in block 111 Block first atom: 7589 Blocpdb> 85 atoms in block 112 Block first atom: 7661 Blocpdb> 66 atoms in block 113 Block first atom: 7746 Blocpdb> 84 atoms in block 114 Block first atom: 7812 Blocpdb> 80 atoms in block 115 Block first atom: 7896 Blocpdb> 64 atoms in block 116 Block first atom: 7976 Blocpdb> 69 atoms in block 117 Block first atom: 8040 Blocpdb> 69 atoms in block 118 Block first atom: 8109 Blocpdb> 67 atoms in block 119 Block first atom: 8178 Blocpdb> 70 atoms in block 120 Block first atom: 8245 Blocpdb> 79 atoms in block 121 Block first atom: 8315 Blocpdb> 63 atoms in block 122 Block first atom: 8394 Blocpdb> 79 atoms in block 123 Block first atom: 8457 Blocpdb> 57 atoms in block 124 Block first atom: 8536 Blocpdb> 74 atoms in block 125 Block first atom: 8593 Blocpdb> 66 atoms in block 126 Block first atom: 8667 Blocpdb> 72 atoms in block 127 Block first atom: 8733 Blocpdb> 67 atoms in block 128 Block first atom: 8805 Blocpdb> 71 atoms in block 129 Block first atom: 8872 Blocpdb> 78 atoms in block 130 Block first atom: 8943 Blocpdb> 69 atoms in block 131 Block first atom: 9021 Blocpdb> 66 atoms in block 132 Block first atom: 9090 Blocpdb> 67 atoms in block 133 Block first atom: 9156 Blocpdb> 76 atoms in block 134 Block first atom: 9223 Blocpdb> 78 atoms in block 135 Block first atom: 9299 Blocpdb> 73 atoms in block 136 Block first atom: 9377 Blocpdb> 63 atoms in block 137 Block first atom: 9450 Blocpdb> 71 atoms in block 138 Block first atom: 9513 Blocpdb> 68 atoms in block 139 Block first atom: 9584 Blocpdb> 72 atoms in block 140 Block first atom: 9652 Blocpdb> 76 atoms in block 141 Block first atom: 9724 Blocpdb> 73 atoms in block 142 Block first atom: 9800 Blocpdb> 74 atoms in block 143 Block first atom: 9873 Blocpdb> 75 atoms in block 144 Block first atom: 9947 Blocpdb> 66 atoms in block 145 Block first atom: 10022 Blocpdb> 68 atoms in block 146 Block first atom: 10088 Blocpdb> 43 atoms in block 147 Block first atom: 10156 Blocpdb> 62 atoms in block 148 Block first atom: 10199 Blocpdb> 63 atoms in block 149 Block first atom: 10261 Blocpdb> 78 atoms in block 150 Block first atom: 10324 Blocpdb> 73 atoms in block 151 Block first atom: 10402 Blocpdb> 65 atoms in block 152 Block first atom: 10475 Blocpdb> 75 atoms in block 153 Block first atom: 10540 Blocpdb> 71 atoms in block 154 Block first atom: 10615 Blocpdb> 67 atoms in block 155 Block first atom: 10686 Blocpdb> 77 atoms in block 156 Block first atom: 10753 Blocpdb> 74 atoms in block 157 Block first atom: 10830 Blocpdb> 72 atoms in block 158 Block first atom: 10904 Blocpdb> 67 atoms in block 159 Block first atom: 10976 Blocpdb> 74 atoms in block 160 Block first atom: 11043 Blocpdb> 69 atoms in block 161 Block first atom: 11117 Blocpdb> 70 atoms in block 162 Block first atom: 11186 Blocpdb> 67 atoms in block 163 Block first atom: 11256 Blocpdb> 73 atoms in block 164 Block first atom: 11323 Blocpdb> 70 atoms in block 165 Block first atom: 11396 Blocpdb> 68 atoms in block 166 Block first atom: 11466 Blocpdb> 69 atoms in block 167 Block first atom: 11534 Blocpdb> 70 atoms in block 168 Block first atom: 11603 Blocpdb> 65 atoms in block 169 Block first atom: 11673 Blocpdb> 74 atoms in block 170 Block first atom: 11738 Blocpdb> 69 atoms in block 171 Block first atom: 11812 Blocpdb> 72 atoms in block 172 Block first atom: 11881 Blocpdb> 77 atoms in block 173 Block first atom: 11953 Blocpdb> 57 atoms in block 174 Block first atom: 12030 Blocpdb> 76 atoms in block 175 Block first atom: 12087 Blocpdb> 63 atoms in block 176 Block first atom: 12163 Blocpdb> 63 atoms in block 177 Block first atom: 12226 Blocpdb> 64 atoms in block 178 Block first atom: 12289 Blocpdb> 72 atoms in block 179 Block first atom: 12353 Blocpdb> 68 atoms in block 180 Block first atom: 12425 Blocpdb> 76 atoms in block 181 Block first atom: 12493 Blocpdb> 74 atoms in block 182 Block first atom: 12569 Blocpdb> 69 atoms in block 183 Block first atom: 12643 Blocpdb> 64 atoms in block 184 Block first atom: 12712 Blocpdb> 71 atoms in block 185 Block first atom: 12776 Blocpdb> 79 atoms in block 186 Block first atom: 12847 Blocpdb> 64 atoms in block 187 Block first atom: 12926 Blocpdb> 79 atoms in block 188 Block first atom: 12990 Blocpdb> 77 atoms in block 189 Block first atom: 13069 Blocpdb> 70 atoms in block 190 Block first atom: 13146 Blocpdb> 74 atoms in block 191 Block first atom: 13216 Blocpdb> 57 atoms in block 192 Block first atom: 13290 Blocpdb> 75 atoms in block 193 Block first atom: 13347 Blocpdb> 79 atoms in block 194 Block first atom: 13422 Blocpdb> 68 atoms in block 195 Block first atom: 13501 Blocpdb> 66 atoms in block 196 Block first atom: 13569 Blocpdb> 74 atoms in block 197 Block first atom: 13635 Blocpdb> 73 atoms in block 198 Block first atom: 13709 Blocpdb> 73 atoms in block 199 Block first atom: 13782 Blocpdb> 74 atoms in block 200 Block first atom: 13855 Blocpdb> 81 atoms in block 201 Block first atom: 13929 Blocpdb> 74 atoms in block 202 Block first atom: 14010 Blocpdb> 16 atoms in block 203 Block first atom: 14083 Blocpdb> 203 blocks. Blocpdb> At most, 85 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 13 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 5107750 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 42297 Prepmat> Matrix trace = 11163640.0000 Prepmat> Last element read: 42297 42297 130.4897 Prepmat> 20707 lines saved. Prepmat> 19207 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 14099 RTB> Total mass = 14099.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 14099 RTB> Number of blocks = 203 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 188512.0677 RTB> 50919 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1218 Diagstd> Nb of non-zero elements: 50919 Diagstd> Projected matrix trace = 188512.0677 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1218 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 188512.0677 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.1057833 0.1495676 0.2532907 0.2792049 0.3677936 0.5178426 0.7740557 0.8132210 1.1836218 1.3722960 1.5855547 1.7272868 1.7832357 2.0955777 2.2429234 2.3669998 2.7267467 2.9300318 3.0140315 3.1534387 3.4682818 3.7024977 3.8735593 4.0459939 4.2210835 4.5690816 4.7887411 4.9140736 5.1924471 5.3884478 5.4875885 5.4973921 5.8169501 6.2310576 6.3144462 6.4488924 6.7035404 6.8404799 7.1522787 7.2660183 7.6408601 7.9467731 8.0134711 8.0765683 8.4231943 8.6871349 8.8292302 8.9959047 9.3481810 9.5819925 9.7284412 9.9304843 10.5672584 10.9682821 11.2927796 11.3283938 11.5533177 11.7256631 11.8486010 12.1937026 12.3759672 12.6206632 12.6866906 13.0051033 13.2350710 13.8897532 14.1023132 14.1476968 14.5968251 14.8665160 15.4632859 15.5905652 15.7908892 16.3209354 16.5578039 16.6786140 16.8717308 17.0169583 17.2415184 17.5787065 17.6586109 17.9177143 18.2545898 18.5319313 18.6652062 18.9192580 19.1830138 19.5280950 19.8324076 20.0828217 20.2658675 20.4511826 20.6971907 20.8103694 21.2733138 21.4933261 21.8063322 22.0528039 22.3772457 22.6262694 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034319 0.0034329 0.0034331 0.0034336 0.0034344 0.0034346 35.3186336 41.9965897 54.6518525 57.3795027 65.8563079 78.1437343 95.5391547 97.9263541 118.1413011 127.2093907 136.7369512 142.7175908 145.0105699 157.1980535 162.6306892 167.0684301 179.3154352 185.8794782 188.5250959 192.8357177 202.2332076 208.9501464 213.7225675 218.4277914 223.1039470 232.1184901 237.6325666 240.7221812 247.4465033 252.0734584 254.3818066 254.6089332 261.9044924 271.0666958 272.8744758 275.7641744 281.1560253 284.0132264 290.4139638 292.7140204 300.1693920 306.1192826 307.4012415 308.6090912 315.1618843 320.0615935 322.6685969 325.6999585 332.0158643 336.1423199 338.7013361 342.2003856 353.0014123 359.6371821 364.9183534 365.4933250 369.1039029 371.8467465 373.7909806 379.1954170 382.0189053 385.7770328 386.7848503 391.6085669 395.0557785 404.7087042 407.7936499 408.4492959 414.8818945 418.6970308 427.0179910 428.7717954 431.5176597 438.7001708 441.8721675 443.4812456 446.0413263 447.9569171 450.9029066 455.2906564 456.3242495 459.6598644 463.9608324 467.4720193 469.1499521 472.3319571 475.6129813 479.8717895 483.5963337 486.6398246 488.8525443 491.0825404 494.0273362 495.3762423 500.8559681 503.4392765 507.0918055 509.9495204 513.6870243 516.5373824 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 14099 Rtb_to_modes> Number of blocs = 203 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9882E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9937E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9948E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1058 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1496 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2533 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2792 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3678 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5178 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7741 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8132 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.184 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.372 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.586 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.727 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.783 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.096 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.243 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.367 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.727 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.930 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.014 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.153 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.468 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.702 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.874 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.046 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.221 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.569 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.789 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.914 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.192 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.388 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.488 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.497 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.817 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.231 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.314 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.449 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.704 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.840 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.152 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.266 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.641 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.947 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.013 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.077 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.423 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.687 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.829 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.996 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.348 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.582 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.728 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.930 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.01 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.63 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1218 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00003 0.99998 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00003 1.00000 0.99998 1.00003 0.99998 0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00001 1.00001 0.99999 0.99995 1.00000 0.99995 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 0.99997 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 0.99996 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 0.99997 0.99999 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 253782 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00003 0.99998 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00003 1.00000 0.99998 1.00003 0.99998 0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00001 1.00001 0.99999 0.99995 1.00000 0.99995 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 0.99997 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 0.99996 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 0.99997 0.99999 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3: 0.000-0.000 Vector 4: 0.000-0.000 0.000 Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2605160946073035982.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2605160946073035982.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2605160946073035982.atom Openam> file on opening on unit 11: 2605160946073035982.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 1795 First residue number = 558 Last residue number = 2527 Number of atoms found = 14099 Mean number per residue = 7.9 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9882E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9937E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9948E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1058 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1496 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2533 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2792 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3678 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5178 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7741 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8132 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.184 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.372 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.586 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.727 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.783 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.096 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.243 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.367 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.727 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.930 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.014 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.153 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.468 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.702 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.874 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.046 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.221 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.569 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.789 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.914 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.192 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.388 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.488 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.497 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.817 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.231 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.314 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.449 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.704 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.840 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.152 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.266 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.641 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.947 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.013 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.077 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.423 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.687 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.829 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.996 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.348 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.582 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.728 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.930 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.63 Bfactors> 106 vectors, 42297 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.105800 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.554 for 1795 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.049 +/- 0.06 Bfactors> = 46.411 +/- 23.94 Bfactors> Shiftng-fct= 46.361 Bfactors> Scaling-fct= 417.681 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2605160946073035982.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2605160946073035982.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4318E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 35.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 42.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 54.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 57.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 65.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 78.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 95.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 97.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 118.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 136.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 145.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 162.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 167.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 185.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 188.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 208.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 232.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 247.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 252.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du 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CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 507.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.6 Chkmod> 106 vectors, 42297 coordinates in file. Chkmod> That is: 14099 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 46 is: 0.9999 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7116 0.0034 0.7893 0.0034 0.9613 0.0034 0.9657 0.0034 0.9589 0.0034 0.7398 35.3199 0.5309 41.9993 0.4018 54.6505 0.5069 57.3765 0.3584 65.8541 0.4348 78.1372 0.6721 95.5378 0.2743 97.9209 0.6375 118.1551 0.5982 127.1902 0.6279 136.7503 0.2984 142.6996 0.5741 144.9948 0.5722 157.2071 0.6773 162.6265 0.5654 167.0613 0.4523 179.3161 0.3746 185.8705 0.5291 188.5160 0.5356 192.8140 0.3523 202.2163 0.5487 208.9271 0.0910 213.7256 0.2698 218.4186 0.4042 223.0922 0.3569 232.1065 0.0969 237.6288 0.1996 240.7100 0.4929 247.4252 0.2824 252.0522 0.3202 254.3804 0.3377 254.5889 0.4221 261.8944 0.3699 271.0538 0.2340 272.8531 0.0695 275.7546 0.2926 281.1536 0.2893 283.9911 0.3408 290.3958 0.3975 292.7011 0.1678 300.1593 0.3587 306.1105 0.3360 307.3790 0.4304 308.6041 0.4917 315.1447 0.4747 320.0454 0.3866 322.6505 0.4644 325.6877 0.2760 331.9984 0.4055 336.1280 0.4456 338.6791 0.3789 342.1774 0.3666 353.0320 0.3812 359.6499 0.4263 364.8578 0.3954 365.5035 0.3133 369.0351 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models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2605160946073035982.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2605160946073035982.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 2605160946073035982 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2605160946073035982.eigenfacs 2605160946073035982.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2605160946073035982.eigenfacs 2605160946073035982.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2605160946073035982.eigenfacs 2605160946073035982.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2605160946073035982.eigenfacs 2605160946073035982.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2605160946073035982.eigenfacs 2605160946073035982.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2605160946073035982.eigenfacs 2605160946073035982.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2605160946073035982.eigenfacs 2605160946073035982.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2605160946073035982.eigenfacs 2605160946073035982.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2605160946073035982.eigenfacs 2605160946073035982.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2605160946073035982.eigenfacs 2605160946073035982.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2605160946073035982.eigenfacs 2605160946073035982.atom making animated gifs 11 models are in 2605160946073035982.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2605160946073035982.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2605160946073035982.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making 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