***  LRRK2_7LI4_Y1699C  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2605160946073035982.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2605160946073035982.atom to be opened.
Openam> File opened: 2605160946073035982.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1795
First residue number = 558
Last residue number = 2527
Number of atoms found = 14099
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 174.465578 +/- 20.812632 From: 128.501000 To: 235.962000
= 221.171656 +/- 20.820605 From: 170.335000 To: 275.584000
= 198.435854 +/- 32.651183 From: 122.728000 To: 257.408000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.5710 % Filled.
Pdbmat> 5107547 non-zero elements.
Pdbmat> 558182 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 79.18 +/- 21.15
Maximum number = 126
Minimum number = 8
Pdbmat> Matrix trace = 1.116364E+07
Pdbmat> Larger element = 480.769
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1795 non-zero elements, NRBL set to 9
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2605160946073035982.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 9
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2605160946073035982.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2605160946073035982.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 14099 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 9 residue(s) per block.
Blocpdb> 1795 residues.
Blocpdb> 64 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 68 atoms in block 2
Block first atom: 65
Blocpdb> 13 atoms in block 3
Block first atom: 133
Blocpdb> 60 atoms in block 4
Block first atom: 146
Blocpdb> 65 atoms in block 5
Block first atom: 206
Blocpdb> 61 atoms in block 6
Block first atom: 271
Blocpdb> 16 atoms in block 7
Block first atom: 332
Blocpdb> 63 atoms in block 8
Block first atom: 348
Blocpdb> 75 atoms in block 9
Block first atom: 411
Blocpdb> 67 atoms in block 10
Block first atom: 486
Blocpdb> 67 atoms in block 11
Block first atom: 553
Blocpdb> 70 atoms in block 12
Block first atom: 620
Blocpdb> 79 atoms in block 13
Block first atom: 690
Blocpdb> 71 atoms in block 14
Block first atom: 769
Blocpdb> 76 atoms in block 15
Block first atom: 840
Blocpdb> 62 atoms in block 16
Block first atom: 916
Blocpdb> 70 atoms in block 17
Block first atom: 978
Blocpdb> 66 atoms in block 18
Block first atom: 1048
Blocpdb> 70 atoms in block 19
Block first atom: 1114
Blocpdb> 58 atoms in block 20
Block first atom: 1184
Blocpdb> 60 atoms in block 21
Block first atom: 1242
Blocpdb> 70 atoms in block 22
Block first atom: 1302
Blocpdb> 68 atoms in block 23
Block first atom: 1372
Blocpdb> 73 atoms in block 24
Block first atom: 1440
Blocpdb> 62 atoms in block 25
Block first atom: 1513
Blocpdb> 76 atoms in block 26
Block first atom: 1575
Blocpdb> 60 atoms in block 27
Block first atom: 1651
Blocpdb> 60 atoms in block 28
Block first atom: 1711
Blocpdb> 70 atoms in block 29
Block first atom: 1771
Blocpdb> 75 atoms in block 30
Block first atom: 1841
Blocpdb> 67 atoms in block 31
Block first atom: 1916
Blocpdb> 79 atoms in block 32
Block first atom: 1983
Blocpdb> 45 atoms in block 33
Block first atom: 2062
Blocpdb> 77 atoms in block 34
Block first atom: 2107
Blocpdb> 71 atoms in block 35
Block first atom: 2184
Blocpdb> 63 atoms in block 36
Block first atom: 2255
Blocpdb> 78 atoms in block 37
Block first atom: 2318
Blocpdb> 70 atoms in block 38
Block first atom: 2396
Blocpdb> 74 atoms in block 39
Block first atom: 2466
Blocpdb> 74 atoms in block 40
Block first atom: 2540
Blocpdb> 71 atoms in block 41
Block first atom: 2614
Blocpdb> 70 atoms in block 42
Block first atom: 2685
Blocpdb> 72 atoms in block 43
Block first atom: 2755
Blocpdb> 61 atoms in block 44
Block first atom: 2827
Blocpdb> 73 atoms in block 45
Block first atom: 2888
Blocpdb> 76 atoms in block 46
Block first atom: 2961
Blocpdb> 68 atoms in block 47
Block first atom: 3037
Blocpdb> 77 atoms in block 48
Block first atom: 3105
Blocpdb> 59 atoms in block 49
Block first atom: 3182
Blocpdb> 77 atoms in block 50
Block first atom: 3241
Blocpdb> 71 atoms in block 51
Block first atom: 3318
Blocpdb> 66 atoms in block 52
Block first atom: 3389
Blocpdb> 66 atoms in block 53
Block first atom: 3455
Blocpdb> 71 atoms in block 54
Block first atom: 3521
Blocpdb> 70 atoms in block 55
Block first atom: 3592
Blocpdb> 72 atoms in block 56
Block first atom: 3662
Blocpdb> 68 atoms in block 57
Block first atom: 3734
Blocpdb> 71 atoms in block 58
Block first atom: 3802
Blocpdb> 71 atoms in block 59
Block first atom: 3873
Blocpdb> 79 atoms in block 60
Block first atom: 3944
Blocpdb> 77 atoms in block 61
Block first atom: 4023
Blocpdb> 63 atoms in block 62
Block first atom: 4100
Blocpdb> 84 atoms in block 63
Block first atom: 4163
Blocpdb> 77 atoms in block 64
Block first atom: 4247
Blocpdb> 66 atoms in block 65
Block first atom: 4324
Blocpdb> 70 atoms in block 66
Block first atom: 4390
Blocpdb> 76 atoms in block 67
Block first atom: 4460
Blocpdb> 75 atoms in block 68
Block first atom: 4536
Blocpdb> 74 atoms in block 69
Block first atom: 4611
Blocpdb> 72 atoms in block 70
Block first atom: 4685
Blocpdb> 77 atoms in block 71
Block first atom: 4757
Blocpdb> 74 atoms in block 72
Block first atom: 4834
Blocpdb> 79 atoms in block 73
Block first atom: 4908
Blocpdb> 56 atoms in block 74
Block first atom: 4987
Blocpdb> 75 atoms in block 75
Block first atom: 5043
Blocpdb> 63 atoms in block 76
Block first atom: 5118
Blocpdb> 72 atoms in block 77
Block first atom: 5181
Blocpdb> 80 atoms in block 78
Block first atom: 5253
Blocpdb> 76 atoms in block 79
Block first atom: 5333
Blocpdb> 74 atoms in block 80
Block first atom: 5409
Blocpdb> 80 atoms in block 81
Block first atom: 5483
Blocpdb> 73 atoms in block 82
Block first atom: 5563
Blocpdb> 62 atoms in block 83
Block first atom: 5636
Blocpdb> 82 atoms in block 84
Block first atom: 5698
Blocpdb> 56 atoms in block 85
Block first atom: 5780
Blocpdb> 65 atoms in block 86
Block first atom: 5836
Blocpdb> 52 atoms in block 87
Block first atom: 5901
Blocpdb> 68 atoms in block 88
Block first atom: 5953
Blocpdb> 80 atoms in block 89
Block first atom: 6021
Blocpdb> 62 atoms in block 90
Block first atom: 6101
Blocpdb> 77 atoms in block 91
Block first atom: 6163
Blocpdb> 75 atoms in block 92
Block first atom: 6240
Blocpdb> 66 atoms in block 93
Block first atom: 6315
Blocpdb> 76 atoms in block 94
Block first atom: 6381
Blocpdb> 73 atoms in block 95
Block first atom: 6457
Blocpdb> 74 atoms in block 96
Block first atom: 6530
Blocpdb> 77 atoms in block 97
Block first atom: 6604
Blocpdb> 70 atoms in block 98
Block first atom: 6681
Blocpdb> 74 atoms in block 99
Block first atom: 6751
Blocpdb> 72 atoms in block 100
Block first atom: 6825
Blocpdb> 68 atoms in block 101
Block first atom: 6897
Blocpdb> 77 atoms in block 102
Block first atom: 6965
Blocpdb> 68 atoms in block 103
Block first atom: 7042
Blocpdb> 65 atoms in block 104
Block first atom: 7110
Blocpdb> 49 atoms in block 105
Block first atom: 7175
Blocpdb> 83 atoms in block 106
Block first atom: 7224
Blocpdb> 72 atoms in block 107
Block first atom: 7307
Blocpdb> 66 atoms in block 108
Block first atom: 7379
Blocpdb> 73 atoms in block 109
Block first atom: 7445
Blocpdb> 71 atoms in block 110
Block first atom: 7518
Blocpdb> 72 atoms in block 111
Block first atom: 7589
Blocpdb> 85 atoms in block 112
Block first atom: 7661
Blocpdb> 66 atoms in block 113
Block first atom: 7746
Blocpdb> 84 atoms in block 114
Block first atom: 7812
Blocpdb> 80 atoms in block 115
Block first atom: 7896
Blocpdb> 64 atoms in block 116
Block first atom: 7976
Blocpdb> 69 atoms in block 117
Block first atom: 8040
Blocpdb> 69 atoms in block 118
Block first atom: 8109
Blocpdb> 67 atoms in block 119
Block first atom: 8178
Blocpdb> 70 atoms in block 120
Block first atom: 8245
Blocpdb> 79 atoms in block 121
Block first atom: 8315
Blocpdb> 63 atoms in block 122
Block first atom: 8394
Blocpdb> 79 atoms in block 123
Block first atom: 8457
Blocpdb> 57 atoms in block 124
Block first atom: 8536
Blocpdb> 74 atoms in block 125
Block first atom: 8593
Blocpdb> 66 atoms in block 126
Block first atom: 8667
Blocpdb> 72 atoms in block 127
Block first atom: 8733
Blocpdb> 67 atoms in block 128
Block first atom: 8805
Blocpdb> 71 atoms in block 129
Block first atom: 8872
Blocpdb> 78 atoms in block 130
Block first atom: 8943
Blocpdb> 69 atoms in block 131
Block first atom: 9021
Blocpdb> 66 atoms in block 132
Block first atom: 9090
Blocpdb> 67 atoms in block 133
Block first atom: 9156
Blocpdb> 76 atoms in block 134
Block first atom: 9223
Blocpdb> 78 atoms in block 135
Block first atom: 9299
Blocpdb> 73 atoms in block 136
Block first atom: 9377
Blocpdb> 63 atoms in block 137
Block first atom: 9450
Blocpdb> 71 atoms in block 138
Block first atom: 9513
Blocpdb> 68 atoms in block 139
Block first atom: 9584
Blocpdb> 72 atoms in block 140
Block first atom: 9652
Blocpdb> 76 atoms in block 141
Block first atom: 9724
Blocpdb> 73 atoms in block 142
Block first atom: 9800
Blocpdb> 74 atoms in block 143
Block first atom: 9873
Blocpdb> 75 atoms in block 144
Block first atom: 9947
Blocpdb> 66 atoms in block 145
Block first atom: 10022
Blocpdb> 68 atoms in block 146
Block first atom: 10088
Blocpdb> 43 atoms in block 147
Block first atom: 10156
Blocpdb> 62 atoms in block 148
Block first atom: 10199
Blocpdb> 63 atoms in block 149
Block first atom: 10261
Blocpdb> 78 atoms in block 150
Block first atom: 10324
Blocpdb> 73 atoms in block 151
Block first atom: 10402
Blocpdb> 65 atoms in block 152
Block first atom: 10475
Blocpdb> 75 atoms in block 153
Block first atom: 10540
Blocpdb> 71 atoms in block 154
Block first atom: 10615
Blocpdb> 67 atoms in block 155
Block first atom: 10686
Blocpdb> 77 atoms in block 156
Block first atom: 10753
Blocpdb> 74 atoms in block 157
Block first atom: 10830
Blocpdb> 72 atoms in block 158
Block first atom: 10904
Blocpdb> 67 atoms in block 159
Block first atom: 10976
Blocpdb> 74 atoms in block 160
Block first atom: 11043
Blocpdb> 69 atoms in block 161
Block first atom: 11117
Blocpdb> 70 atoms in block 162
Block first atom: 11186
Blocpdb> 67 atoms in block 163
Block first atom: 11256
Blocpdb> 73 atoms in block 164
Block first atom: 11323
Blocpdb> 70 atoms in block 165
Block first atom: 11396
Blocpdb> 68 atoms in block 166
Block first atom: 11466
Blocpdb> 69 atoms in block 167
Block first atom: 11534
Blocpdb> 70 atoms in block 168
Block first atom: 11603
Blocpdb> 65 atoms in block 169
Block first atom: 11673
Blocpdb> 74 atoms in block 170
Block first atom: 11738
Blocpdb> 69 atoms in block 171
Block first atom: 11812
Blocpdb> 72 atoms in block 172
Block first atom: 11881
Blocpdb> 77 atoms in block 173
Block first atom: 11953
Blocpdb> 57 atoms in block 174
Block first atom: 12030
Blocpdb> 76 atoms in block 175
Block first atom: 12087
Blocpdb> 63 atoms in block 176
Block first atom: 12163
Blocpdb> 63 atoms in block 177
Block first atom: 12226
Blocpdb> 64 atoms in block 178
Block first atom: 12289
Blocpdb> 72 atoms in block 179
Block first atom: 12353
Blocpdb> 68 atoms in block 180
Block first atom: 12425
Blocpdb> 76 atoms in block 181
Block first atom: 12493
Blocpdb> 74 atoms in block 182
Block first atom: 12569
Blocpdb> 69 atoms in block 183
Block first atom: 12643
Blocpdb> 64 atoms in block 184
Block first atom: 12712
Blocpdb> 71 atoms in block 185
Block first atom: 12776
Blocpdb> 79 atoms in block 186
Block first atom: 12847
Blocpdb> 64 atoms in block 187
Block first atom: 12926
Blocpdb> 79 atoms in block 188
Block first atom: 12990
Blocpdb> 77 atoms in block 189
Block first atom: 13069
Blocpdb> 70 atoms in block 190
Block first atom: 13146
Blocpdb> 74 atoms in block 191
Block first atom: 13216
Blocpdb> 57 atoms in block 192
Block first atom: 13290
Blocpdb> 75 atoms in block 193
Block first atom: 13347
Blocpdb> 79 atoms in block 194
Block first atom: 13422
Blocpdb> 68 atoms in block 195
Block first atom: 13501
Blocpdb> 66 atoms in block 196
Block first atom: 13569
Blocpdb> 74 atoms in block 197
Block first atom: 13635
Blocpdb> 73 atoms in block 198
Block first atom: 13709
Blocpdb> 73 atoms in block 199
Block first atom: 13782
Blocpdb> 74 atoms in block 200
Block first atom: 13855
Blocpdb> 81 atoms in block 201
Block first atom: 13929
Blocpdb> 74 atoms in block 202
Block first atom: 14010
Blocpdb> 16 atoms in block 203
Block first atom: 14083
Blocpdb> 203 blocks.
Blocpdb> At most, 85 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 13 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 5107750 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 42297
Prepmat> Matrix trace = 11163640.0000
Prepmat> Last element read: 42297 42297 130.4897
Prepmat> 20707 lines saved.
Prepmat> 19207 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 14099
RTB> Total mass = 14099.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 14099
RTB> Number of blocks = 203
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 188512.0677
RTB> 50919 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1218
Diagstd> Nb of non-zero elements: 50919
Diagstd> Projected matrix trace = 188512.0677
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1218 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 188512.0677
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.1057833 0.1495676 0.2532907 0.2792049
0.3677936 0.5178426 0.7740557 0.8132210 1.1836218
1.3722960 1.5855547 1.7272868 1.7832357 2.0955777
2.2429234 2.3669998 2.7267467 2.9300318 3.0140315
3.1534387 3.4682818 3.7024977 3.8735593 4.0459939
4.2210835 4.5690816 4.7887411 4.9140736 5.1924471
5.3884478 5.4875885 5.4973921 5.8169501 6.2310576
6.3144462 6.4488924 6.7035404 6.8404799 7.1522787
7.2660183 7.6408601 7.9467731 8.0134711 8.0765683
8.4231943 8.6871349 8.8292302 8.9959047 9.3481810
9.5819925 9.7284412 9.9304843 10.5672584 10.9682821
11.2927796 11.3283938 11.5533177 11.7256631 11.8486010
12.1937026 12.3759672 12.6206632 12.6866906 13.0051033
13.2350710 13.8897532 14.1023132 14.1476968 14.5968251
14.8665160 15.4632859 15.5905652 15.7908892 16.3209354
16.5578039 16.6786140 16.8717308 17.0169583 17.2415184
17.5787065 17.6586109 17.9177143 18.2545898 18.5319313
18.6652062 18.9192580 19.1830138 19.5280950 19.8324076
20.0828217 20.2658675 20.4511826 20.6971907 20.8103694
21.2733138 21.4933261 21.8063322 22.0528039 22.3772457
22.6262694
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034319 0.0034329 0.0034331 0.0034336 0.0034344
0.0034346 35.3186336 41.9965897 54.6518525 57.3795027
65.8563079 78.1437343 95.5391547 97.9263541 118.1413011
127.2093907 136.7369512 142.7175908 145.0105699 157.1980535
162.6306892 167.0684301 179.3154352 185.8794782 188.5250959
192.8357177 202.2332076 208.9501464 213.7225675 218.4277914
223.1039470 232.1184901 237.6325666 240.7221812 247.4465033
252.0734584 254.3818066 254.6089332 261.9044924 271.0666958
272.8744758 275.7641744 281.1560253 284.0132264 290.4139638
292.7140204 300.1693920 306.1192826 307.4012415 308.6090912
315.1618843 320.0615935 322.6685969 325.6999585 332.0158643
336.1423199 338.7013361 342.2003856 353.0014123 359.6371821
364.9183534 365.4933250 369.1039029 371.8467465 373.7909806
379.1954170 382.0189053 385.7770328 386.7848503 391.6085669
395.0557785 404.7087042 407.7936499 408.4492959 414.8818945
418.6970308 427.0179910 428.7717954 431.5176597 438.7001708
441.8721675 443.4812456 446.0413263 447.9569171 450.9029066
455.2906564 456.3242495 459.6598644 463.9608324 467.4720193
469.1499521 472.3319571 475.6129813 479.8717895 483.5963337
486.6398246 488.8525443 491.0825404 494.0273362 495.3762423
500.8559681 503.4392765 507.0918055 509.9495204 513.6870243
516.5373824
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 14099
Rtb_to_modes> Number of blocs = 203
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9882E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9948E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1058
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1496
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2533
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2792
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3678
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5178
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7741
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8132
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.184
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.372
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.586
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.727
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.783
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.096
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.243
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.367
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.727
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.930
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.014
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.153
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.468
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.702
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.874
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.046
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.221
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.569
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.789
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.914
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.192
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.388
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.488
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.497
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.817
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.231
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.314
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.449
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.704
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.840
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.152
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.266
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.641
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.947
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.013
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.077
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.423
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.687
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.829
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.996
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.348
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.582
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.728
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.930
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.63
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1218 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998
1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00003
1.00000 0.99998 1.00003 0.99998 0.99999
0.99998 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999
1.00001 0.99998 1.00001 1.00001 0.99999
0.99995 1.00000 0.99995 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 1.00002 1.00001 1.00002
1.00000 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000
0.99999 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998
0.99999 0.99997 1.00000 1.00001 1.00000
0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 0.99996
0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002
1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999
0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 0.99997
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 253782 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00003 0.99998 1.00001
1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998
1.00000 1.00001 1.00002 1.00001 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00003
1.00000 0.99998 1.00003 0.99998 0.99999
0.99998 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999
1.00001 0.99998 1.00001 1.00001 0.99999
0.99995 1.00000 0.99995 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000
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1.00000 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000
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0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002
1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999
0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 0.99997
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2605160946073035982.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2605160946073035982.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2605160946073035982.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2605160946073035982.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1795
First residue number = 558
Last residue number = 2527
Number of atoms found = 14099
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9882E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9948E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1058
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1496
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2533
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2792
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3678
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5178
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7741
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8132
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.184
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.372
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.63
Bfactors> 106 vectors, 42297 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.105800
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.554 for 1795 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.049 +/- 0.06
Bfactors> = 46.411 +/- 23.94
Bfactors> Shiftng-fct= 46.361
Bfactors> Scaling-fct= 417.681
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2605160946073035982.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2605160946073035982.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Chkmod> 106 vectors, 42297 coordinates in file.
Chkmod> That is: 14099 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 46 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making animated gif 300x300
getting mode 8
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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MODEL 11 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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getting mode 10
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605160946073035982.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605160946073035982.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2605160946073035982.10.pdb
2605160946073035982.11.pdb
2605160946073035982.7.pdb
2605160946073035982.8.pdb
2605160946073035982.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m51.133s
user 1m50.634s
sys 0m0.463s
rm: cannot remove '2605160946073035982.sdijf': No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
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