***  LRRK2_7LI4_I2020T  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2605161552343073862.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2605161552343073862.atom to be opened.
Openam> File opened: 2605161552343073862.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1795
First residue number = 558
Last residue number = 2527
Number of atoms found = 14109
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 174.474588 +/- 20.808269 From: 128.501000 To: 235.962000
= 221.158546 +/- 20.819484 From: 170.335000 To: 275.584000
= 198.403539 +/- 32.660791 From: 122.728000 To: 257.408000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.5710 % Filled.
Pdbmat> 5114703 non-zero elements.
Pdbmat> 558971 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 79.24 +/- 21.16
Maximum number = 126
Minimum number = 8
Pdbmat> Matrix trace = 1.117942E+07
Pdbmat> Larger element = 480.769
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1795 non-zero elements, NRBL set to 9
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2605161552343073862.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 9
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2605161552343073862.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2605161552343073862.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 14109 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 9 residue(s) per block.
Blocpdb> 1795 residues.
Blocpdb> 64 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 68 atoms in block 2
Block first atom: 65
Blocpdb> 13 atoms in block 3
Block first atom: 133
Blocpdb> 60 atoms in block 4
Block first atom: 146
Blocpdb> 65 atoms in block 5
Block first atom: 206
Blocpdb> 61 atoms in block 6
Block first atom: 271
Blocpdb> 16 atoms in block 7
Block first atom: 332
Blocpdb> 63 atoms in block 8
Block first atom: 348
Blocpdb> 75 atoms in block 9
Block first atom: 411
Blocpdb> 67 atoms in block 10
Block first atom: 486
Blocpdb> 67 atoms in block 11
Block first atom: 553
Blocpdb> 70 atoms in block 12
Block first atom: 620
Blocpdb> 79 atoms in block 13
Block first atom: 690
Blocpdb> 71 atoms in block 14
Block first atom: 769
Blocpdb> 76 atoms in block 15
Block first atom: 840
Blocpdb> 62 atoms in block 16
Block first atom: 916
Blocpdb> 70 atoms in block 17
Block first atom: 978
Blocpdb> 66 atoms in block 18
Block first atom: 1048
Blocpdb> 70 atoms in block 19
Block first atom: 1114
Blocpdb> 58 atoms in block 20
Block first atom: 1184
Blocpdb> 60 atoms in block 21
Block first atom: 1242
Blocpdb> 70 atoms in block 22
Block first atom: 1302
Blocpdb> 68 atoms in block 23
Block first atom: 1372
Blocpdb> 73 atoms in block 24
Block first atom: 1440
Blocpdb> 62 atoms in block 25
Block first atom: 1513
Blocpdb> 76 atoms in block 26
Block first atom: 1575
Blocpdb> 60 atoms in block 27
Block first atom: 1651
Blocpdb> 60 atoms in block 28
Block first atom: 1711
Blocpdb> 70 atoms in block 29
Block first atom: 1771
Blocpdb> 75 atoms in block 30
Block first atom: 1841
Blocpdb> 67 atoms in block 31
Block first atom: 1916
Blocpdb> 79 atoms in block 32
Block first atom: 1983
Blocpdb> 45 atoms in block 33
Block first atom: 2062
Blocpdb> 77 atoms in block 34
Block first atom: 2107
Blocpdb> 71 atoms in block 35
Block first atom: 2184
Blocpdb> 63 atoms in block 36
Block first atom: 2255
Blocpdb> 78 atoms in block 37
Block first atom: 2318
Blocpdb> 70 atoms in block 38
Block first atom: 2396
Blocpdb> 74 atoms in block 39
Block first atom: 2466
Blocpdb> 74 atoms in block 40
Block first atom: 2540
Blocpdb> 71 atoms in block 41
Block first atom: 2614
Blocpdb> 70 atoms in block 42
Block first atom: 2685
Blocpdb> 72 atoms in block 43
Block first atom: 2755
Blocpdb> 61 atoms in block 44
Block first atom: 2827
Blocpdb> 73 atoms in block 45
Block first atom: 2888
Blocpdb> 76 atoms in block 46
Block first atom: 2961
Blocpdb> 68 atoms in block 47
Block first atom: 3037
Blocpdb> 77 atoms in block 48
Block first atom: 3105
Blocpdb> 59 atoms in block 49
Block first atom: 3182
Blocpdb> 77 atoms in block 50
Block first atom: 3241
Blocpdb> 71 atoms in block 51
Block first atom: 3318
Blocpdb> 66 atoms in block 52
Block first atom: 3389
Blocpdb> 66 atoms in block 53
Block first atom: 3455
Blocpdb> 71 atoms in block 54
Block first atom: 3521
Blocpdb> 70 atoms in block 55
Block first atom: 3592
Blocpdb> 72 atoms in block 56
Block first atom: 3662
Blocpdb> 68 atoms in block 57
Block first atom: 3734
Blocpdb> 71 atoms in block 58
Block first atom: 3802
Blocpdb> 71 atoms in block 59
Block first atom: 3873
Blocpdb> 79 atoms in block 60
Block first atom: 3944
Blocpdb> 77 atoms in block 61
Block first atom: 4023
Blocpdb> 63 atoms in block 62
Block first atom: 4100
Blocpdb> 84 atoms in block 63
Block first atom: 4163
Blocpdb> 77 atoms in block 64
Block first atom: 4247
Blocpdb> 66 atoms in block 65
Block first atom: 4324
Blocpdb> 70 atoms in block 66
Block first atom: 4390
Blocpdb> 76 atoms in block 67
Block first atom: 4460
Blocpdb> 75 atoms in block 68
Block first atom: 4536
Blocpdb> 74 atoms in block 69
Block first atom: 4611
Blocpdb> 72 atoms in block 70
Block first atom: 4685
Blocpdb> 77 atoms in block 71
Block first atom: 4757
Blocpdb> 74 atoms in block 72
Block first atom: 4834
Blocpdb> 79 atoms in block 73
Block first atom: 4908
Blocpdb> 56 atoms in block 74
Block first atom: 4987
Blocpdb> 75 atoms in block 75
Block first atom: 5043
Blocpdb> 63 atoms in block 76
Block first atom: 5118
Blocpdb> 72 atoms in block 77
Block first atom: 5181
Blocpdb> 80 atoms in block 78
Block first atom: 5253
Blocpdb> 76 atoms in block 79
Block first atom: 5333
Blocpdb> 74 atoms in block 80
Block first atom: 5409
Blocpdb> 80 atoms in block 81
Block first atom: 5483
Blocpdb> 73 atoms in block 82
Block first atom: 5563
Blocpdb> 62 atoms in block 83
Block first atom: 5636
Blocpdb> 82 atoms in block 84
Block first atom: 5698
Blocpdb> 61 atoms in block 85
Block first atom: 5780
Blocpdb> 65 atoms in block 86
Block first atom: 5841
Blocpdb> 52 atoms in block 87
Block first atom: 5906
Blocpdb> 68 atoms in block 88
Block first atom: 5958
Blocpdb> 80 atoms in block 89
Block first atom: 6026
Blocpdb> 62 atoms in block 90
Block first atom: 6106
Blocpdb> 77 atoms in block 91
Block first atom: 6168
Blocpdb> 75 atoms in block 92
Block first atom: 6245
Blocpdb> 66 atoms in block 93
Block first atom: 6320
Blocpdb> 76 atoms in block 94
Block first atom: 6386
Blocpdb> 73 atoms in block 95
Block first atom: 6462
Blocpdb> 74 atoms in block 96
Block first atom: 6535
Blocpdb> 77 atoms in block 97
Block first atom: 6609
Blocpdb> 70 atoms in block 98
Block first atom: 6686
Blocpdb> 74 atoms in block 99
Block first atom: 6756
Blocpdb> 72 atoms in block 100
Block first atom: 6830
Blocpdb> 68 atoms in block 101
Block first atom: 6902
Blocpdb> 77 atoms in block 102
Block first atom: 6970
Blocpdb> 68 atoms in block 103
Block first atom: 7047
Blocpdb> 65 atoms in block 104
Block first atom: 7115
Blocpdb> 49 atoms in block 105
Block first atom: 7180
Blocpdb> 83 atoms in block 106
Block first atom: 7229
Blocpdb> 72 atoms in block 107
Block first atom: 7312
Blocpdb> 66 atoms in block 108
Block first atom: 7384
Blocpdb> 73 atoms in block 109
Block first atom: 7450
Blocpdb> 71 atoms in block 110
Block first atom: 7523
Blocpdb> 78 atoms in block 111
Block first atom: 7594
Blocpdb> 85 atoms in block 112
Block first atom: 7672
Blocpdb> 66 atoms in block 113
Block first atom: 7757
Blocpdb> 84 atoms in block 114
Block first atom: 7823
Blocpdb> 80 atoms in block 115
Block first atom: 7907
Blocpdb> 64 atoms in block 116
Block first atom: 7987
Blocpdb> 69 atoms in block 117
Block first atom: 8051
Blocpdb> 69 atoms in block 118
Block first atom: 8120
Blocpdb> 67 atoms in block 119
Block first atom: 8189
Blocpdb> 70 atoms in block 120
Block first atom: 8256
Blocpdb> 79 atoms in block 121
Block first atom: 8326
Blocpdb> 63 atoms in block 122
Block first atom: 8405
Blocpdb> 79 atoms in block 123
Block first atom: 8468
Blocpdb> 57 atoms in block 124
Block first atom: 8547
Blocpdb> 74 atoms in block 125
Block first atom: 8604
Blocpdb> 66 atoms in block 126
Block first atom: 8678
Blocpdb> 72 atoms in block 127
Block first atom: 8744
Blocpdb> 67 atoms in block 128
Block first atom: 8816
Blocpdb> 71 atoms in block 129
Block first atom: 8883
Blocpdb> 78 atoms in block 130
Block first atom: 8954
Blocpdb> 69 atoms in block 131
Block first atom: 9032
Blocpdb> 66 atoms in block 132
Block first atom: 9101
Blocpdb> 67 atoms in block 133
Block first atom: 9167
Blocpdb> 76 atoms in block 134
Block first atom: 9234
Blocpdb> 78 atoms in block 135
Block first atom: 9310
Blocpdb> 73 atoms in block 136
Block first atom: 9388
Blocpdb> 63 atoms in block 137
Block first atom: 9461
Blocpdb> 71 atoms in block 138
Block first atom: 9524
Blocpdb> 68 atoms in block 139
Block first atom: 9595
Blocpdb> 72 atoms in block 140
Block first atom: 9663
Blocpdb> 76 atoms in block 141
Block first atom: 9735
Blocpdb> 73 atoms in block 142
Block first atom: 9811
Blocpdb> 74 atoms in block 143
Block first atom: 9884
Blocpdb> 75 atoms in block 144
Block first atom: 9958
Blocpdb> 66 atoms in block 145
Block first atom: 10033
Blocpdb> 67 atoms in block 146
Block first atom: 10099
Blocpdb> 43 atoms in block 147
Block first atom: 10166
Blocpdb> 62 atoms in block 148
Block first atom: 10209
Blocpdb> 63 atoms in block 149
Block first atom: 10271
Blocpdb> 78 atoms in block 150
Block first atom: 10334
Blocpdb> 73 atoms in block 151
Block first atom: 10412
Blocpdb> 65 atoms in block 152
Block first atom: 10485
Blocpdb> 75 atoms in block 153
Block first atom: 10550
Blocpdb> 71 atoms in block 154
Block first atom: 10625
Blocpdb> 67 atoms in block 155
Block first atom: 10696
Blocpdb> 77 atoms in block 156
Block first atom: 10763
Blocpdb> 74 atoms in block 157
Block first atom: 10840
Blocpdb> 72 atoms in block 158
Block first atom: 10914
Blocpdb> 67 atoms in block 159
Block first atom: 10986
Blocpdb> 74 atoms in block 160
Block first atom: 11053
Blocpdb> 69 atoms in block 161
Block first atom: 11127
Blocpdb> 70 atoms in block 162
Block first atom: 11196
Blocpdb> 67 atoms in block 163
Block first atom: 11266
Blocpdb> 73 atoms in block 164
Block first atom: 11333
Blocpdb> 70 atoms in block 165
Block first atom: 11406
Blocpdb> 68 atoms in block 166
Block first atom: 11476
Blocpdb> 69 atoms in block 167
Block first atom: 11544
Blocpdb> 70 atoms in block 168
Block first atom: 11613
Blocpdb> 65 atoms in block 169
Block first atom: 11683
Blocpdb> 74 atoms in block 170
Block first atom: 11748
Blocpdb> 69 atoms in block 171
Block first atom: 11822
Blocpdb> 72 atoms in block 172
Block first atom: 11891
Blocpdb> 77 atoms in block 173
Block first atom: 11963
Blocpdb> 57 atoms in block 174
Block first atom: 12040
Blocpdb> 76 atoms in block 175
Block first atom: 12097
Blocpdb> 63 atoms in block 176
Block first atom: 12173
Blocpdb> 63 atoms in block 177
Block first atom: 12236
Blocpdb> 64 atoms in block 178
Block first atom: 12299
Blocpdb> 72 atoms in block 179
Block first atom: 12363
Blocpdb> 68 atoms in block 180
Block first atom: 12435
Blocpdb> 76 atoms in block 181
Block first atom: 12503
Blocpdb> 74 atoms in block 182
Block first atom: 12579
Blocpdb> 69 atoms in block 183
Block first atom: 12653
Blocpdb> 64 atoms in block 184
Block first atom: 12722
Blocpdb> 71 atoms in block 185
Block first atom: 12786
Blocpdb> 79 atoms in block 186
Block first atom: 12857
Blocpdb> 64 atoms in block 187
Block first atom: 12936
Blocpdb> 79 atoms in block 188
Block first atom: 13000
Blocpdb> 77 atoms in block 189
Block first atom: 13079
Blocpdb> 70 atoms in block 190
Block first atom: 13156
Blocpdb> 74 atoms in block 191
Block first atom: 13226
Blocpdb> 57 atoms in block 192
Block first atom: 13300
Blocpdb> 75 atoms in block 193
Block first atom: 13357
Blocpdb> 79 atoms in block 194
Block first atom: 13432
Blocpdb> 68 atoms in block 195
Block first atom: 13511
Blocpdb> 66 atoms in block 196
Block first atom: 13579
Blocpdb> 74 atoms in block 197
Block first atom: 13645
Blocpdb> 73 atoms in block 198
Block first atom: 13719
Blocpdb> 73 atoms in block 199
Block first atom: 13792
Blocpdb> 74 atoms in block 200
Block first atom: 13865
Blocpdb> 81 atoms in block 201
Block first atom: 13939
Blocpdb> 74 atoms in block 202
Block first atom: 14020
Blocpdb> 16 atoms in block 203
Block first atom: 14093
Blocpdb> 203 blocks.
Blocpdb> At most, 85 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 13 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 5114906 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 42327
Prepmat> Matrix trace = 11179420.0000
Prepmat> Last element read: 42327 42327 130.4897
Prepmat> 20707 lines saved.
Prepmat> 19204 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 14109
RTB> Total mass = 14109.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 14109
RTB> Number of blocks = 203
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 188653.8601
RTB> 51027 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1218
Diagstd> Nb of non-zero elements: 51027
Diagstd> Projected matrix trace = 188653.8601
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1218 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 188653.8601
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.1057560 0.1495160 0.2535144 0.2794355
0.3682940 0.5181510 0.7753351 0.8193462 1.1898151
1.3747260 1.5909675 1.7403621 1.8027111 2.1071595
2.3227353 2.4635629 2.7367757 2.9679231 3.0542174
3.2421837 3.4833839 3.7055817 3.9029970 4.0914282
4.2330342 4.5711744 4.7902265 4.9193117 5.2138496
5.3955999 5.5329123 5.6023508 5.8401249 6.2568316
6.3204304 6.4924334 6.7397690 6.8857723 7.1736768
7.3309785 7.7065617 7.9699510 8.0501809 8.1258739
8.4359754 8.6894571 8.8942834 9.1497040 9.3966719
9.6019405 9.7375998 9.9809508 10.5971148 11.0957346
11.3142362 11.3394627 11.5809239 11.7655837 11.9289796
12.1994522 12.3790708 12.6356511 12.7684141 13.0396130
13.2705947 13.9275202 14.1504040 14.1940721 14.6897725
14.9092097 15.4910245 15.6644671 15.8888517 16.4013616
16.6956212 16.7949288 16.8771021 17.1349364 17.2523873
17.5962298 17.7912199 18.0251626 18.4182152 18.5630542
18.6888506 18.9610087 19.3410389 19.5297656 19.8478908
20.2048788 20.2874613 20.5136482 20.7241027 20.8613097
21.3337598 21.7237526 22.0503803 22.3590638 22.6389399
22.7461281
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034332 0.0034339 0.0034342 0.0034343 0.0034345
0.0034348 35.3140696 41.9893519 54.6759794 57.4031931
65.9010899 78.1670034 95.6180777 98.2944500 118.4499851
127.3219718 136.9701512 143.2567497 145.8002767 157.6318549
165.4989103 170.4421913 179.6448968 187.0775204 189.7777318
195.5303110 202.6730255 209.0371494 214.5331392 219.6507797
223.4195478 232.1716424 237.6694193 240.8504448 247.9559466
252.2406932 255.4301581 257.0279965 262.4256893 271.6267355
273.0037466 276.6935477 281.9147426 284.9519332 290.8480686
294.0195811 301.4571642 306.5653785 308.1045423 309.5496513
315.4009022 320.1043700 323.8551164 328.4723381 332.8758683
336.4920327 338.8607296 343.0688105 353.4997416 361.7206564
365.2648657 365.6718413 369.5446199 372.4791940 375.0567006
379.2848050 382.0668030 386.0060328 388.0286211 392.1277993
395.5855990 405.2585426 408.4883729 409.1181841 416.2007087
419.2978076 427.4008194 429.7868197 432.8541009 439.7797544
443.7072972 445.0249543 446.1123218 449.5070720 451.0450071
455.5175276 458.0344506 461.0360401 466.0355548 467.8643951
469.4470088 472.8528370 477.5679572 479.8923160 483.7850691
488.1164060 489.1129171 491.8319432 494.3484179 495.9821713
501.5670294 506.1307270 509.9214985 513.4782916 516.6819898
517.9037081
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 14109
Rtb_to_modes> Number of blocs = 203
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9955E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1058
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1495
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2535
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2794
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3683
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5182
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7753
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8193
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.190
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.375
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.591
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.740
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.803
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.107
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.323
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.464
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.737
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.968
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.054
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.242
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.483
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.706
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.903
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.091
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.233
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.571
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.790
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.919
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.214
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.396
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.533
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.602
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.840
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.257
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.320
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.492
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.740
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.886
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.174
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.331
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.707
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.970
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.050
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.126
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.436
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.689
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.894
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.150
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.397
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.602
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.738
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.981
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.75
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1218 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
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0.99999 0.99999 1.00003 0.99999 0.99999
1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00003 0.99998 1.00000
0.99999 0.99999 0.99997 1.00001 1.00000
0.99997 1.00003 0.99999 0.99998 1.00001
0.99996 0.99999 1.00002 0.99999 0.99998
0.99998 0.99999 0.99998 1.00000 1.00001
0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001
1.00000 0.99997 0.99999 0.99997 1.00000
1.00003 1.00000 0.99998 0.99999 0.99999
1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999
1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 0.99998 1.00003 1.00002
1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999
0.99998 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999
1.00000 0.99999 1.00004 1.00000 1.00000
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 253962 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 1.00003
0.99997 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000
0.99999 0.99999 1.00003 0.99999 0.99999
1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00003 0.99998 1.00000
0.99999 0.99999 0.99997 1.00001 1.00000
0.99997 1.00003 0.99999 0.99998 1.00001
0.99996 0.99999 1.00002 0.99999 0.99998
0.99998 0.99999 0.99998 1.00000 1.00001
0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001
1.00000 0.99997 0.99999 0.99997 1.00000
1.00003 1.00000 0.99998 0.99999 0.99999
1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999
1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 0.99998 1.00003 1.00002
1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999
0.99998 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999
1.00000 0.99999 1.00004 1.00000 1.00000
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2605161552343073862.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2605161552343073862.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2605161552343073862.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2605161552343073862.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1795
First residue number = 558
Last residue number = 2527
Number of atoms found = 14109
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9955E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1058
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1495
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2535
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2794
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3683
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5182
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7753
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8193
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.190
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.375
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.75
Bfactors> 106 vectors, 42327 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.105800
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.555 for 1795 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.049 +/- 0.06
Bfactors> = 46.412 +/- 23.92
Bfactors> Shiftng-fct= 46.362
Bfactors> Scaling-fct= 417.530
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2605161552343073862.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2605161552343073862.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Chkmod> 106 vectors, 42327 coordinates in file.
Chkmod> That is: 14109 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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getting mode 10
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605161552343073862.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605161552343073862.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2605161552343073862.10.pdb
2605161552343073862.11.pdb
2605161552343073862.7.pdb
2605161552343073862.8.pdb
2605161552343073862.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m53.505s
user 1m52.575s
sys 0m0.861s
rm: cannot remove '2605161552343073862.sdijf': No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
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